Бактеріальна експресія та мічення ізотопами ¹³C/¹⁵N цитокіну EMAP II для структурних досліджень методом ЯМР-спектроскопії
Мета. Отримання рекомбінантного цитокіна EMAP II в препаративних кількостях з використанням бактеріальної експресії та його ізотопне мічення для дослідження просторової структури методами мультивимірної ЯМР-спектроскопії. Методи. EMAP II експресовано в клітинах Еscherichia соli BL21 (DE3)pLysE н...
Gespeichert in:
| Veröffentlicht in: | Вiopolymers and Cell |
|---|---|
| Datum: | 2011 |
| Hauptverfasser: | , , |
| Format: | Artikel |
| Sprache: | Ukrainian |
| Veröffentlicht: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2011
|
| Schlagworte: | |
| Online Zugang: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/156378 |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Zitieren: | Бактеріальна експресія та мічення ізотопами ¹³C/¹⁵N цитокіну EMAP II для структурних досліджень методом ЯМР-спектроскопії / Д.М. Ложко, I.Ю. Жуков, О.І. Корнелюк // Вiopolymers and Cell. — 2011. — Т. 27, № 4. — С. 273-278. — Бібліогр.: 17 назв. — укр. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| id |
nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-156378 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
Ложко, Д.М. Жуков, I.Ю. Корнелюк, О.І. 2019-06-18T12:22:04Z 2019-06-18T12:22:04Z 2011 Бактеріальна експресія та мічення ізотопами ¹³C/¹⁵N цитокіну EMAP II для структурних досліджень методом ЯМР-спектроскопії / Д.М. Ложко, I.Ю. Жуков, О.І. Корнелюк // Вiopolymers and Cell. — 2011. — Т. 27, № 4. — С. 273-278. — Бібліогр.: 17 назв. — укр. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.000109 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/156378 577.217:577.322 Мета. Отримання рекомбінантного цитокіна EMAP II в препаративних кількостях з використанням бактеріальної експресії та його ізотопне мічення для дослідження просторової структури методами мультивимірної ЯМР-спектроскопії. Методи. EMAP II експресовано в клітинах Еscherichia соli BL21 (DE3)pLysE на мінімальному середовищі з міченням ізотопами ¹³C/¹⁵N та очищено методом метал-хелатуючої хроматографії на Ni-NTA-агарозі. Для перевірки маси і чистоти мічених рекомбінантних білків застосовано метод мас-спектрометрії. Одержано двомірні ЯМР-спектри рекомбінантного цитокіну EMAP II у розчині. Результати. Отримано препарати рекомбінантного білка EMAP II, мічені ізотопами ¹³C/¹⁵N, які проаналізовано методом ЯМР-спектроскопії. Висновки. Дисперсія сигналів ЯМР у двомірних спектрах ¹H/¹⁵N і ¹³C/¹⁵N-HSQC підтверджує наявність компактної тривимірної структури білка. Ізотопно мічені препарати EMAP II зберігають стабільність протягом 5–6 днів, що дає можливість подальшого визначення просторової структури білка в розчині методом ЯМР-спектроскопії. Ключові слова: цитокін, EMAP II, ізотопне мічення, мас-спектрометрія, ЯМР-сектроскопія, двомірні спектри. Цель. Получение рекомбинантного цитокина EMAP II в препаративных количествах с использованием бактериальной экспрессии и его изотопное мечение для исследования пространственной структуры методами мультимерной ЯМР-спектроскопии. Методы. EMAP II экспрессирован в клетках Еscherichia соli BL21 (DE3)pLysE на минимальной среде с мечением изотопами ¹³C/¹⁵N, а также очищен методом металл-хелатирующей хроматографии на Ni-NTA-агарозе. Для проверки массы и чистоты меченых рекомбинантных белков применен метод масс-спектрометрии. Получены двухмерные ЯМР-спектры рекомбинантного цитокина EMAP II в растворе. Результаты. Выделены препараты рекомбинантного белка EMAP II, меченные изотопами ¹³C/¹⁵N, которые исследовали методом двухмерной ЯМР-спектроскопии. Выводы. Дисперсия сигналов ЯМР в спектрах ¹H/¹⁵N и ¹³C/¹⁵NHSQC подтверждает наличие компактной трехмерной структуры белка. Изотопно меченные препараты EMAP II сохраняют стабильность на протяжении 5–6 дней, что дает возможность дальнейшего определения пространственной структуры белка в растворе методом ЯМР-спектроскопии. Ключевые слова: цитокин, EMAP II, изотопное мечение, массспектрометрия, ЯМР-спектроскопия, двухмерные спектры. Aim. Bacterial expression and isotopic labeling of recombinant EMAP II in preparative scale with the aim to study its spatial structure by NMR spectroscopy. Methods. The recombinant ¹⁵N, ¹³C/¹⁵-double labeled EMAP II protein was expressed in Еscherichia соli BL21(DE3) pLysE on M9 minimal medium and purified by metal-chelated chromatography on Ni-NTA agarose. Quality of obtained for NMR studies ¹H/¹⁵N і ¹³C/¹⁵-double labeled EMAP II was confirmed by mass spectroscopy and used for preparation of NMR samples. Results. The preparations of ¹⁵N and ¹³C/¹⁵N double labelled EMAP II were obtained. The recorded NMR spectra of EMAP II were analyzed. Conclusions. Dispersion of NMR signals in two-dimensional ¹H/¹⁵N і ¹³C/¹⁵NHSQC spectra confirm the presence of compact three-dimensional structure of the protein. The NMR samples were stable at least for 5–6 days at chosen conditions. These results will be used as a starting point for determination of high resolution three-dimensional structure of recombinant EMAP II cytokine in solution by NMR spectroscopy. Keywords: cytokine, EMAP II, isotopic labeling, mass spectroscopy, NMR spectroscopy, two-dimensional spectra. Автори висловлюють щиру подяку д-ру М. Дадлесу (лабораторія масспектрометрії, Інститут біохімії і біофізики Польської Академії Наук) за допомогу у вимірюванні масспектрів препаратів білків. Дослідження частково підтримані грантом Польського Міністерства науки та вищої освіти (грант № 301 07131/2159) та грантом № 34/11 цільової комплексної міждисциплінарної програми НАН України «Фундаментальні основи молекулярних і клітинних технологій». Доступ до ЯМР-спектрометра VNMRS 800 у Словенському центрі ЯМР в Національному Інституті хімії (м. Любляна, Словенія) надано в рамках європейського проекта «EastNMR FP7» (грант № 228461). uk Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Вiopolymers and Cell Structure and Function of Biopolymers Бактеріальна експресія та мічення ізотопами ¹³C/¹⁵N цитокіну EMAP II для структурних досліджень методом ЯМР-спектроскопії Bacterial expression and ¹³C/¹⁵N isotopic labeling of EMA PII cytokine for structural studies by NMR spectroscopy Бактериальная экспрессия и мечение изотопами ¹³C/¹⁵N цитокина EMAP II для структурных исследований методом ЯМР-спектроскопии Article published earlier |
| institution |
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| collection |
DSpace DC |
| title |
Бактеріальна експресія та мічення ізотопами ¹³C/¹⁵N цитокіну EMAP II для структурних досліджень методом ЯМР-спектроскопії |
| spellingShingle |
Бактеріальна експресія та мічення ізотопами ¹³C/¹⁵N цитокіну EMAP II для структурних досліджень методом ЯМР-спектроскопії Ложко, Д.М. Жуков, I.Ю. Корнелюк, О.І. Structure and Function of Biopolymers |
| title_short |
Бактеріальна експресія та мічення ізотопами ¹³C/¹⁵N цитокіну EMAP II для структурних досліджень методом ЯМР-спектроскопії |
| title_full |
Бактеріальна експресія та мічення ізотопами ¹³C/¹⁵N цитокіну EMAP II для структурних досліджень методом ЯМР-спектроскопії |
| title_fullStr |
Бактеріальна експресія та мічення ізотопами ¹³C/¹⁵N цитокіну EMAP II для структурних досліджень методом ЯМР-спектроскопії |
| title_full_unstemmed |
Бактеріальна експресія та мічення ізотопами ¹³C/¹⁵N цитокіну EMAP II для структурних досліджень методом ЯМР-спектроскопії |
| title_sort |
бактеріальна експресія та мічення ізотопами ¹³c/¹⁵n цитокіну emap ii для структурних досліджень методом ямр-спектроскопії |
| author |
Ложко, Д.М. Жуков, I.Ю. Корнелюк, О.І. |
| author_facet |
Ложко, Д.М. Жуков, I.Ю. Корнелюк, О.І. |
| topic |
Structure and Function of Biopolymers |
| topic_facet |
Structure and Function of Biopolymers |
| publishDate |
2011 |
| language |
Ukrainian |
| container_title |
Вiopolymers and Cell |
| publisher |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| format |
Article |
| title_alt |
Bacterial expression and ¹³C/¹⁵N isotopic labeling of EMA PII cytokine for structural studies by NMR spectroscopy Бактериальная экспрессия и мечение изотопами ¹³C/¹⁵N цитокина EMAP II для структурных исследований методом ЯМР-спектроскопии |
| description |
Мета. Отримання рекомбінантного цитокіна EMAP II в препаративних кількостях з використанням
бактеріальної експресії та його ізотопне мічення для дослідження просторової структури методами
мультивимірної ЯМР-спектроскопії. Методи. EMAP II експресовано в клітинах Еscherichia соli BL21 (DE3)pLysE на мінімальному середовищі з міченням ізотопами ¹³C/¹⁵N та очищено методом метал-хелатуючої хроматографії на Ni-NTA-агарозі. Для перевірки маси і чистоти мічених рекомбінантних
білків застосовано метод мас-спектрометрії. Одержано двомірні ЯМР-спектри рекомбінантного цитокіну EMAP II у розчині. Результати. Отримано препарати рекомбінантного білка EMAP II, мічені ізотопами ¹³C/¹⁵N, які проаналізовано методом ЯМР-спектроскопії. Висновки. Дисперсія сигналів ЯМР у двомірних спектрах ¹H/¹⁵N і
¹³C/¹⁵N-HSQC підтверджує наявність компактної тривимірної структури
білка. Ізотопно мічені препарати EMAP II зберігають стабільність протягом 5–6 днів, що дає можливість подальшого визначення просторової структури білка в розчині методом ЯМР-спектроскопії.
Ключові слова: цитокін, EMAP II, ізотопне мічення, мас-спектрометрія, ЯМР-сектроскопія, двомірні спектри.
Цель. Получение рекомбинантного цитокина EMAP II в препаративных количествах с использованием бактериальной экспрессии и его изотопное мечение для исследования пространственной структуры методами мультимерной ЯМР-спектроскопии. Методы. EMAP II экспрессирован в клетках Еscherichia соli BL21
(DE3)pLysE на минимальной среде с мечением изотопами ¹³C/¹⁵N, а также очищен методом металл-хелатирующей хроматографии на Ni-NTA-агарозе. Для проверки массы и чистоты меченых рекомбинантных белков применен метод масс-спектрометрии. Получены двухмерные ЯМР-спектры рекомбинантного цитокина EMAP II в растворе. Результаты. Выделены препараты
рекомбинантного белка EMAP II, меченные изотопами ¹³C/¹⁵N,
которые исследовали методом двухмерной ЯМР-спектроскопии.
Выводы. Дисперсия сигналов ЯМР в спектрах ¹H/¹⁵N и
¹³C/¹⁵NHSQC подтверждает наличие компактной трехмерной структуры белка. Изотопно меченные препараты EMAP II сохраняют
стабильность на протяжении 5–6 дней, что дает возможность
дальнейшего определения пространственной структуры белка в
растворе методом ЯМР-спектроскопии.
Ключевые слова: цитокин, EMAP II, изотопное мечение, массспектрометрия, ЯМР-спектроскопия, двухмерные спектры.
Aim. Bacterial expression and isotopic labeling of recombinant EMAP
II in preparative scale with the aim to study its spatial structure by
NMR spectroscopy. Methods. The recombinant ¹⁵N, ¹³C/¹⁵-double labeled
EMAP II protein was expressed in Еscherichia соli BL21(DE3) pLysE
on M9 minimal medium and purified by metal-chelated chromatography on Ni-NTA agarose. Quality of obtained for NMR studies ¹H/¹⁵N і ¹³C/¹⁵-double labeled EMAP II was confirmed by mass spectroscopy and used for preparation of NMR samples. Results. The preparations of ¹⁵N and ¹³C/¹⁵N double labelled EMAP II were obtained.
The recorded NMR spectra of EMAP II were analyzed. Conclusions.
Dispersion of NMR signals in two-dimensional ¹H/¹⁵N і ¹³C/¹⁵NHSQC spectra confirm the presence of compact three-dimensional
structure of the protein. The NMR samples were stable at least for 5–6
days at chosen conditions. These results will be used as a starting point
for determination of high resolution three-dimensional structure of
recombinant EMAP II cytokine in solution by NMR spectroscopy.
Keywords: cytokine, EMAP II, isotopic labeling, mass
spectroscopy, NMR spectroscopy, two-dimensional spectra.
|
| issn |
0233-7657 |
| url |
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/156378 |
| citation_txt |
Бактеріальна експресія та мічення ізотопами ¹³C/¹⁵N цитокіну EMAP II для структурних досліджень методом ЯМР-спектроскопії / Д.М. Ложко, I.Ю. Жуков, О.І. Корнелюк // Вiopolymers and Cell. — 2011. — Т. 27, № 4. — С. 273-278. — Бібліогр.: 17 назв. — укр. |
| work_keys_str_mv |
AT ložkodm bakteríalʹnaekspresíâtamíčennâízotopami13c15ncitokínuemapiidlâstrukturnihdoslídženʹmetodomâmrspektroskopíí AT žukoviû bakteríalʹnaekspresíâtamíčennâízotopami13c15ncitokínuemapiidlâstrukturnihdoslídženʹmetodomâmrspektroskopíí AT kornelûkoí bakteríalʹnaekspresíâtamíčennâízotopami13c15ncitokínuemapiidlâstrukturnihdoslídženʹmetodomâmrspektroskopíí AT ložkodm bacterialexpressionand13c15nisotopiclabelingofemapiicytokineforstructuralstudiesbynmrspectroscopy AT žukoviû bacterialexpressionand13c15nisotopiclabelingofemapiicytokineforstructuralstudiesbynmrspectroscopy AT kornelûkoí bacterialexpressionand13c15nisotopiclabelingofemapiicytokineforstructuralstudiesbynmrspectroscopy AT ložkodm bakterialʹnaâékspressiâimečenieizotopami13c15ncitokinaemapiidlâstrukturnyhissledovaniimetodomâmrspektroskopii AT žukoviû bakterialʹnaâékspressiâimečenieizotopami13c15ncitokinaemapiidlâstrukturnyhissledovaniimetodomâmrspektroskopii AT kornelûkoí bakterialʹnaâékspressiâimečenieizotopami13c15ncitokinaemapiidlâstrukturnyhissledovaniimetodomâmrspektroskopii |
| first_indexed |
2025-12-07T17:09:03Z |
| last_indexed |
2025-12-07T17:09:03Z |
| _version_ |
1850870169409159168 |