Up-dating the Cholodny method using PET films to sample microbial communities in soil
The aim of this work was to investigate the use of PET (polyethylene terephtalate) films as a modern development of Cholodny’s glass slides, to enable microscopy and molecular-based analysis of soil communities where
 spatial detail at the scale of microbial habitatsis essential to understan...
Saved in:
| Published in: | Вiopolymers and Cell |
|---|---|
| Date: | 2011 |
| Main Authors: | , , , , |
| Format: | Article |
| Language: | English |
| Published: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2011
|
| Subjects: | |
| Online Access: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/156399 |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| Journal Title: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Cite this: | Up-dating the Cholodny method using PET films to sample microbial communities in soil / O.V. Moshynets, A. Koza, P.Dello Sterpaio, V.A. Kordium, A.J. Spiers // Вiopolymers and Cell. — 2011. — Т. 27, № 3. — С. 199-205. — Бібліогр.: 29 назв. — англ. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1862577495062085632 |
|---|---|
| author | Moshynets, O.V. Koza, A. Dello Sterpaio, P. Kordium, V.A. Spiers, A.J. |
| author_facet | Moshynets, O.V. Koza, A. Dello Sterpaio, P. Kordium, V.A. Spiers, A.J. |
| citation_txt | Up-dating the Cholodny method using PET films to sample microbial communities in soil / O.V. Moshynets, A. Koza, P.Dello Sterpaio, V.A. Kordium, A.J. Spiers // Вiopolymers and Cell. — 2011. — Т. 27, № 3. — С. 199-205. — Бібліогр.: 29 назв. — англ. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Вiopolymers and Cell |
| description | The aim of this work was to investigate the use of PET (polyethylene terephtalate) films as a modern development of Cholodny’s glass slides, to enable microscopy and molecular-based analysis of soil communities where
spatial detail at the scale of microbial habitatsis essential to understand microbial associations and interactions
in this complex environment. Methods. Classical microbiological methods; attachment assay; surface tension
measurements; moleculartechniques: DNA extraction, PCR; confocal laserscanning microscopy (CLSM); micro-focus X-ray computed tomography (µCT). Results. We first show, using the model soil and rhizosphere bacteria Pseudomonas fluorescens SBW25 and P. putida KT2440, that bacteria are able to attach and detach from
PET films, and that pre-conditioning with a filtered soil suspension improved the levels of attachment. Bacteria
attached to the films were viable and could develop substantial biofilms. PET films buried in soil were rapidly
colonised by microorganisms which could be investigated by CLSM and recovered onto agar plates. Secondly,
we demonstrate that µCT can be used to non-destructively visualise soil aggregate contact points and pore spaces across the surface of PET films buried in soil. Conclusions. PET films are a successful development of Cholodny’s glass slides and can be used to sample soil communities in which bacterial adherence, growth, biofilm
and community development can be investigated. The use of these films with µCT imaging in soil will enable a
better understanding of soil micro-habitats and the spatially-explicit nature of microbial interactions in this
complex environment.
Keywords: Pseudomonas, soil, buried slide, PET film.
Мета цієї роботи полягала у дослідженні можливості використання плівок, виготовлених із ПЕТ (поліетилентетрафталат),
як модифікації методу скелець обростання Холодного для мікроскопічного і молекулярно-генетичного аналізу ґрунтових спільнот із збереженням їхньої просторової архітектури на мікрорівні. Таке збереження деталей просторового розташування
об’єктів дозволило б глибше вивчити їх у подібних складних середовищах проживання. Методи. Класичні мікробіологічні методи; аналіз прикріплення; вимірювання поверхневого натягнення;
молекулярно-генетичні методи: екстракція ДНК, ПЛР; конфокальна лазерна скануюча мікроскопія (КЛСМ); мікрофокусна рентгенівська комп’ютерна томографія (мікроКТ). Результати.
По-перше, використовуючи модельні ґрунтові і ризосферні бактерії Pseudomonas fluorescens SBW25 і P. putida KT2440, ми показали, що бактерії здатні до прикріплення і відкріплення від ПЕТ
плівок, а прекультивація за умов відфільтрованої ґрунтової суспензії покращує рівень прикріплення. Бактерії, які прикріпилися
до плівок, зберігають свою життєздатність і спроможні до
формування повноцінної біоплівки. ПЕТ плівки, занурені в ґрунт,
колонізуються мікроорганізмами, що спостерігали як за допомогою КЛСМ, так і методом культивування ПЕТ плівок, видалених
з ґрунту, на агаризованому поживному середовищі. По-друге, ми
продемонстрували, що мікроКТ можна використовувати для неруйнівного спостереження сайтів зв’язування ґрунтових агрегатів і ґрунтових пор з поверхнею плівки, що перебуває в ґрунті.
Висновки. Застосування ПЕТ плівок виявилося вдалою модифікацією методу скелець обростання Холодного та може бути корисним для відбору ґрунтових мікробних спільнот, дослідження
бактерійного прикріплення, росту і розвитку як біоплівок, так і
спільноти. Використання цих плівок при аналізі ґрунтів за допомогою мікроКТ дозволить краще визначити ґрунтові мікроеконіші і природу архітектури мікробних взаємодій за таких складних екологічних умов.
Ключові слова: Pseudomonas, ґрунт, скельця обростання, ПЕТ
плівки.
Цель данной работы состояла в исследовании возможности использования плeнок, изготовленных из ПЭТ (полиэтилентерефталат), как современной модификации метода стeкол обрастаний Холодного для микроскопического и молекулярно-генетического анализа почвенных сообществ с сохранением их пространственной архитектуры на микроуровне. Такая сохранность
деталей пространственного расположения объектов позволила
бы глубже изучить их в подобных сложных условиях обитания.
Методы. Классические микробиологические методы; анализ прикрепления; измерение поверхностного натяжения; молекулярногенетические методы: экстракция ДНК, ПЦР; конфокальная лазерная сканирующая микроскопия (КЛСМ); микрофокусная рентгеновская компьютерная томография (микроКТ). Результаты. Во-первых, используя модельные почвенные и ризосферные
бактерии Pseudomonas fluorescens SBW25 и P. putida KT2440, мы
показали, что бактерии способны к прикреплению и откреплению
от ПЭТ плeнок, а прекультивирование в условиях отфильтрованной почвенной суспензии улучшает уровень прикрепления. Бактерии, прикреплeнные к плeнкам, сохраняют жизнеспособность и
могут формировать полноценную биоплeнку. ПЕТ плeнки, погружeнные в почву, колонизируются микроорганизмами, что наблюдали как с применением КЛСМ, так и методом культивирования
извлечe нных из почвы плeнок на агаризованной питательной среде. Во-вторых, мы продемонстрировали, что микроКТ можно
использоватьа для недеструктивного наблюдения за сайтами
связывания почвенных агрегатов и почвенных пор с поверхностью ПЕТ плeнки, находящейся в почве. Выводы. Применение
ПЕТ плeнок оказалось удачной модификацией метода стeкол обрастаний Холодного и может стать полезным для отбора почвенных микробных сообществ, изучения бактериального прикрепления, роста, развития как биоплeнок, так и сообщества.
Использование этих плeнок при анализе почвы с помощью микроКТ позволит лучше определять почвенные микроэкониши и
природу архитектуры микробных взаимодействий в таких сложных экологических условиях.
Ключевые слова: Pseudomonas, почва, стeкла обрастания,
ПЭТ плeнки.
|
| first_indexed | 2025-11-26T15:29:56Z |
| format | Article |
| fulltext | |
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-156399 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 0233-7657 |
| language | English |
| last_indexed | 2025-11-26T15:29:56Z |
| publishDate | 2011 |
| publisher | Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Moshynets, O.V. Koza, A. Dello Sterpaio, P. Kordium, V.A. Spiers, A.J. 2019-06-18T12:40:29Z 2019-06-18T12:40:29Z 2011 Up-dating the Cholodny method using PET films to sample microbial communities in soil / O.V. Moshynets, A. Koza, P.Dello Sterpaio, V.A. Kordium, A.J. Spiers // Вiopolymers and Cell. — 2011. — Т. 27, № 3. — С. 199-205. — Бібліогр.: 29 назв. — англ. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.0000BA https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/156399 579.262 + 57.083.1 The aim of this work was to investigate the use of PET (polyethylene terephtalate) films as a modern development of Cholodny’s glass slides, to enable microscopy and molecular-based analysis of soil communities where
 spatial detail at the scale of microbial habitatsis essential to understand microbial associations and interactions
 in this complex environment. Methods. Classical microbiological methods; attachment assay; surface tension
 measurements; moleculartechniques: DNA extraction, PCR; confocal laserscanning microscopy (CLSM); micro-focus X-ray computed tomography (µCT). Results. We first show, using the model soil and rhizosphere bacteria Pseudomonas fluorescens SBW25 and P. putida KT2440, that bacteria are able to attach and detach from
 PET films, and that pre-conditioning with a filtered soil suspension improved the levels of attachment. Bacteria
 attached to the films were viable and could develop substantial biofilms. PET films buried in soil were rapidly
 colonised by microorganisms which could be investigated by CLSM and recovered onto agar plates. Secondly,
 we demonstrate that µCT can be used to non-destructively visualise soil aggregate contact points and pore spaces across the surface of PET films buried in soil. Conclusions. PET films are a successful development of Cholodny’s glass slides and can be used to sample soil communities in which bacterial adherence, growth, biofilm
 and community development can be investigated. The use of these films with µCT imaging in soil will enable a
 better understanding of soil micro-habitats and the spatially-explicit nature of microbial interactions in this
 complex environment.
 Keywords: Pseudomonas, soil, buried slide, PET film. Мета цієї роботи полягала у дослідженні можливості використання плівок, виготовлених із ПЕТ (поліетилентетрафталат),
 як модифікації методу скелець обростання Холодного для мікроскопічного і молекулярно-генетичного аналізу ґрунтових спільнот із збереженням їхньої просторової архітектури на мікрорівні. Таке збереження деталей просторового розташування
 об’єктів дозволило б глибше вивчити їх у подібних складних середовищах проживання. Методи. Класичні мікробіологічні методи; аналіз прикріплення; вимірювання поверхневого натягнення;
 молекулярно-генетичні методи: екстракція ДНК, ПЛР; конфокальна лазерна скануюча мікроскопія (КЛСМ); мікрофокусна рентгенівська комп’ютерна томографія (мікроКТ). Результати.
 По-перше, використовуючи модельні ґрунтові і ризосферні бактерії Pseudomonas fluorescens SBW25 і P. putida KT2440, ми показали, що бактерії здатні до прикріплення і відкріплення від ПЕТ
 плівок, а прекультивація за умов відфільтрованої ґрунтової суспензії покращує рівень прикріплення. Бактерії, які прикріпилися
 до плівок, зберігають свою життєздатність і спроможні до
 формування повноцінної біоплівки. ПЕТ плівки, занурені в ґрунт,
 колонізуються мікроорганізмами, що спостерігали як за допомогою КЛСМ, так і методом культивування ПЕТ плівок, видалених
 з ґрунту, на агаризованому поживному середовищі. По-друге, ми
 продемонстрували, що мікроКТ можна використовувати для неруйнівного спостереження сайтів зв’язування ґрунтових агрегатів і ґрунтових пор з поверхнею плівки, що перебуває в ґрунті.
 Висновки. Застосування ПЕТ плівок виявилося вдалою модифікацією методу скелець обростання Холодного та може бути корисним для відбору ґрунтових мікробних спільнот, дослідження
 бактерійного прикріплення, росту і розвитку як біоплівок, так і
 спільноти. Використання цих плівок при аналізі ґрунтів за допомогою мікроКТ дозволить краще визначити ґрунтові мікроеконіші і природу архітектури мікробних взаємодій за таких складних екологічних умов.
 Ключові слова: Pseudomonas, ґрунт, скельця обростання, ПЕТ
 плівки. Цель данной работы состояла в исследовании возможности использования плeнок, изготовленных из ПЭТ (полиэтилентерефталат), как современной модификации метода стeкол обрастаний Холодного для микроскопического и молекулярно-генетического анализа почвенных сообществ с сохранением их пространственной архитектуры на микроуровне. Такая сохранность
 деталей пространственного расположения объектов позволила
 бы глубже изучить их в подобных сложных условиях обитания.
 Методы. Классические микробиологические методы; анализ прикрепления; измерение поверхностного натяжения; молекулярногенетические методы: экстракция ДНК, ПЦР; конфокальная лазерная сканирующая микроскопия (КЛСМ); микрофокусная рентгеновская компьютерная томография (микроКТ). Результаты. Во-первых, используя модельные почвенные и ризосферные
 бактерии Pseudomonas fluorescens SBW25 и P. putida KT2440, мы
 показали, что бактерии способны к прикреплению и откреплению
 от ПЭТ плeнок, а прекультивирование в условиях отфильтрованной почвенной суспензии улучшает уровень прикрепления. Бактерии, прикреплeнные к плeнкам, сохраняют жизнеспособность и
 могут формировать полноценную биоплeнку. ПЕТ плeнки, погружeнные в почву, колонизируются микроорганизмами, что наблюдали как с применением КЛСМ, так и методом культивирования
 извлечe нных из почвы плeнок на агаризованной питательной среде. Во-вторых, мы продемонстрировали, что микроКТ можно
 использоватьа для недеструктивного наблюдения за сайтами
 связывания почвенных агрегатов и почвенных пор с поверхностью ПЕТ плeнки, находящейся в почве. Выводы. Применение
 ПЕТ плeнок оказалось удачной модификацией метода стeкол обрастаний Холодного и может стать полезным для отбора почвенных микробных сообществ, изучения бактериального прикрепления, роста, развития как биоплeнок, так и сообщества.
 Использование этих плeнок при анализе почвы с помощью микроКТ позволит лучше определять почвенные микроэкониши и
 природу архитектуры микробных взаимодействий в таких сложных экологических условиях.
 Ключевые слова: Pseudomonas, почва, стeкла обрастания,
 ПЭТ плeнки. Some of the work presented
 here was undertaken by OE during a visit to the SIMBIOS Centre. We thank W. Otten for his help with the
 µCT. AS is funded by the University of Abertay Dundee and is a member of the Scottish Alliance for Geoscience Environment and Society (SAGES). AK is a
 SAGES-associated PhD student. The University of
 Abertay Dundee is a charity registered in Scotland, No:
 SC016040. en Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Вiopolymers and Cell Molecular and Cell Biotechnologies Up-dating the Cholodny method using PET films to sample microbial communities in soil Модифікація методу Холодного із застосуванням ПЕТ плівок для відбору зразків мікробних ценозів у ґрунті Модификация метода Холодного с применением ПЭТ плeнок для отбора образцов микробных ценозов в почве Article published earlier |
| spellingShingle | Up-dating the Cholodny method using PET films to sample microbial communities in soil Moshynets, O.V. Koza, A. Dello Sterpaio, P. Kordium, V.A. Spiers, A.J. Molecular and Cell Biotechnologies |
| title | Up-dating the Cholodny method using PET films to sample microbial communities in soil |
| title_alt | Модифікація методу Холодного із застосуванням ПЕТ плівок для відбору зразків мікробних ценозів у ґрунті Модификация метода Холодного с применением ПЭТ плeнок для отбора образцов микробных ценозов в почве |
| title_full | Up-dating the Cholodny method using PET films to sample microbial communities in soil |
| title_fullStr | Up-dating the Cholodny method using PET films to sample microbial communities in soil |
| title_full_unstemmed | Up-dating the Cholodny method using PET films to sample microbial communities in soil |
| title_short | Up-dating the Cholodny method using PET films to sample microbial communities in soil |
| title_sort | up-dating the cholodny method using pet films to sample microbial communities in soil |
| topic | Molecular and Cell Biotechnologies |
| topic_facet | Molecular and Cell Biotechnologies |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/156399 |
| work_keys_str_mv | AT moshynetsov updatingthecholodnymethodusingpetfilmstosamplemicrobialcommunitiesinsoil AT kozaa updatingthecholodnymethodusingpetfilmstosamplemicrobialcommunitiesinsoil AT dellosterpaiop updatingthecholodnymethodusingpetfilmstosamplemicrobialcommunitiesinsoil AT kordiumva updatingthecholodnymethodusingpetfilmstosamplemicrobialcommunitiesinsoil AT spiersaj updatingthecholodnymethodusingpetfilmstosamplemicrobialcommunitiesinsoil AT moshynetsov modifíkacíâmetoduholodnogoízzastosuvannâmpetplívokdlâvídboruzrazkívmíkrobnihcenozívugruntí AT kozaa modifíkacíâmetoduholodnogoízzastosuvannâmpetplívokdlâvídboruzrazkívmíkrobnihcenozívugruntí AT dellosterpaiop modifíkacíâmetoduholodnogoízzastosuvannâmpetplívokdlâvídboruzrazkívmíkrobnihcenozívugruntí AT kordiumva modifíkacíâmetoduholodnogoízzastosuvannâmpetplívokdlâvídboruzrazkívmíkrobnihcenozívugruntí AT spiersaj modifíkacíâmetoduholodnogoízzastosuvannâmpetplívokdlâvídboruzrazkívmíkrobnihcenozívugruntí AT moshynetsov modifikaciâmetodaholodnogosprimeneniempétplenokdlâotboraobrazcovmikrobnyhcenozovvpočve AT kozaa modifikaciâmetodaholodnogosprimeneniempétplenokdlâotboraobrazcovmikrobnyhcenozovvpočve AT dellosterpaiop modifikaciâmetodaholodnogosprimeneniempétplenokdlâotboraobrazcovmikrobnyhcenozovvpočve AT kordiumva modifikaciâmetodaholodnogosprimeneniempétplenokdlâotboraobrazcovmikrobnyhcenozovvpočve AT spiersaj modifikaciâmetodaholodnogosprimeneniempétplenokdlâotboraobrazcovmikrobnyhcenozovvpočve |