Identification of novel TDRD7 isoforms
Aim. The aim of our study was to investigate the tudor domain-containing protein 7 (TDRD7 ) subcellular
 localization, which could be linked to diverse functions of this protein within the cell. Methods. In this study we
 employed cell imaging technique for detecting TDRD7 subcellula...
Gespeichert in:
| Veröffentlicht in: | Вiopolymers and Cell |
|---|---|
| Datum: | 2011 |
| Hauptverfasser: | , , |
| Format: | Artikel |
| Sprache: | Englisch |
| Veröffentlicht: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2011
|
| Schlagworte: | |
| Online Zugang: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/156491 |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Zitieren: | Identification of novel TDRD7 isoforms / O.M. Skorokhod, D.O. Gudkova, V.V. Filonenko // Вiopolymers and Cell. — 2011. — Т. 27, № 6. — С. 459-453. — Бібліогр.: 27 назв. — англ. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1862667047625818112 |
|---|---|
| author | Skorokhod, O.M. Gudkova, D.O. Filonenko, V.V. |
| author_facet | Skorokhod, O.M. Gudkova, D.O. Filonenko, V.V. |
| citation_txt | Identification of novel TDRD7 isoforms / O.M. Skorokhod, D.O. Gudkova, V.V. Filonenko // Вiopolymers and Cell. — 2011. — Т. 27, № 6. — С. 459-453. — Бібліогр.: 27 назв. — англ. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Вiopolymers and Cell |
| description | Aim. The aim of our study was to investigate the tudor domain-containing protein 7 (TDRD7 ) subcellular
localization, which could be linked to diverse functions of this protein within the cell. Methods. In this study we
employed cell imaging technique for detecting TDRD7 subcellular localization, Western blot analysis of
HEK293 cell fractions with anti-TDRD7 monoclonal antibodies and bioinformatical search of possible TDRD7
isoforms in Uniprot, Ensemble, UCSC databases. Results. We have observed specific TDRD7-containing
structures in cytoplasm as well as in the nucleus in HEK293 cells. The Western blot analysis of subcellular
fractions (cytoplasm, mitochondria, nucleus) allowed us to detect three lower immunoreactive bands, with the
aproximate molecular weight of 130, 110 and 60 kDa (we termed them as TDRD7b, TDRD7g and TDRD7d) and
specific subcellular localization. The bioinformatical analysis of TDRD7 primary structure allowed us to
determine two alternative transcripts from TDRD7 gene coding for proteins with calculated molecular weight of
130 and 60 kDa. Conclusion. The presented data demonstrate the existence at protein level of potential TDRD7
isoforms: TDRD7b, TDRD7g and TDRD7d. The expression profile of these splice variants and their role in cells
remains to be elucidated.
Keywords: TDRD7, S6 kinase, isoform, piRNAs, translation.
Мета. Мета досліджень полягала у вивченні внутрішньоклітинної локалізації TDRD7, що може бути пов’язано з різними функціями даного білка в клітинах. Методи. Застосовано метод імуноцитохімії для детекції субклітинної локалізації TDRD7, вестерн-блот аналіз клітинних фракцій НЕК293 з використанням
анти-TDRD7 моноклональних антитіл та біоінформатичний пошук можливих ізоформ TDRD7 у базах даних Uniprot, Ensemble,
UCSC. Результати. Специфічні TDRD7-вмісні структури виявлено в цитоплазмі, а також у ядрах клітин НЕК293. Імуноблотаналізом субклітинних фракцій (цитоплазма, мітохондрії, ядро)
детектовано три імунореактивні смуги з молекулярними масами
130, 110 і 60 кДа (ми назвали їх TDRD7b, TDRD7g і TDRD7d), які до
сьогодні не були охарактеризовані. Біоінформатичним аналізом
первинної структури TDRD7 визначено два альтернативних
транскрипти TDRD7-гена, продукти трансляції яких відповідають двом гіпотетичним ізоформам, ідентифікованим в імуноблоті (TDRD7b (130 кДа) та TDRD7d (60 кДа)). Висновки. Отримані дані вказують на можливість існування потенційних ізоформ TDRD7: TDRD7b, TDRD7g і TDRD7d у клітинах НЕК293 на
білковому рівні. З’ясування особливостей експресії та ролі нових
форм TDRD7 у клітинах потребує подальших досліджень.
Ключові слова: TDRD7, S6 кіназа, ізоформа, піРНК, трансляція.
Цель. Цель исследования состояла в изучении внутриклеточной
локализации TDRD7, что может быть связано с различными
функциями данного белка в клетках. Методы. Применен метод
иммуноцитохимии для детекции субклеточной локализации
TDRD7, вестерн-блот анализ клеточных фракций НЕК293 с использовавнием анти-TDRD7 моноклональных антител и биоин -
форматический поиск возможных изоформ TDRD7 в базах данных Uniprot, Ensemble, UCSC. Результаты. Специфические
TDRD7-содержащие структуры выявлены в цитоплазме, а также в ядрах клеток НЕК293. Иммуноблот-анализом субклеточных фракций (цитоплазма, митохондрии, ядро) определены три
иммунореактивные полосы с молекулярными массами 130, 110 и
60 кДа (мы назвали их TDRD7b, TDRD7g и TDRD7d), которые до
настоящего времени не были охарактеризованы. Биоинформатическим анализом первичной структуры TDRD7 детектированы два альтернативных транскрипта TDRD7-гена, продукты
трансляции которых соответствуют двум гипотетическим
изоформам, идентифицированным в иммуноблоте (TDRD7b (130
кДа) и TDRD7d (60 кДа)). Выводы. Полученные данные указывают на возможность существования потенциальных изоформ
TDRD7: TDRD7b, TDRD7g и TDRD7d в клетках НЕК293 на белковом уровне. Выяснение особенностей экспрессии и роли новых
форм TDRD7 в клетках требует дальнейших исследований.
Ключевые слова: TDRD7, S6 киназа, изоформа, пиРНК,
трансляция.
|
| first_indexed | 2025-12-07T15:21:09Z |
| format | Article |
| fulltext | |
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-156491 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 0233-7657 |
| language | English |
| last_indexed | 2025-12-07T15:21:09Z |
| publishDate | 2011 |
| publisher | Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Skorokhod, O.M. Gudkova, D.O. Filonenko, V.V. 2019-06-18T14:47:24Z 2019-06-18T14:47:24Z 2011 Identification of novel TDRD7 isoforms / O.M. Skorokhod, D.O. Gudkova, V.V. Filonenko // Вiopolymers and Cell. — 2011. — Т. 27, № 6. — С. 459-453. — Бібліогр.: 27 назв. — англ. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.000118 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/156491 577.217 Aim. The aim of our study was to investigate the tudor domain-containing protein 7 (TDRD7 ) subcellular
 localization, which could be linked to diverse functions of this protein within the cell. Methods. In this study we
 employed cell imaging technique for detecting TDRD7 subcellular localization, Western blot analysis of
 HEK293 cell fractions with anti-TDRD7 monoclonal antibodies and bioinformatical search of possible TDRD7
 isoforms in Uniprot, Ensemble, UCSC databases. Results. We have observed specific TDRD7-containing
 structures in cytoplasm as well as in the nucleus in HEK293 cells. The Western blot analysis of subcellular
 fractions (cytoplasm, mitochondria, nucleus) allowed us to detect three lower immunoreactive bands, with the
 aproximate molecular weight of 130, 110 and 60 kDa (we termed them as TDRD7b, TDRD7g and TDRD7d) and
 specific subcellular localization. The bioinformatical analysis of TDRD7 primary structure allowed us to
 determine two alternative transcripts from TDRD7 gene coding for proteins with calculated molecular weight of
 130 and 60 kDa. Conclusion. The presented data demonstrate the existence at protein level of potential TDRD7
 isoforms: TDRD7b, TDRD7g and TDRD7d. The expression profile of these splice variants and their role in cells
 remains to be elucidated.
 Keywords: TDRD7, S6 kinase, isoform, piRNAs, translation. Мета. Мета досліджень полягала у вивченні внутрішньоклітинної локалізації TDRD7, що може бути пов’язано з різними функціями даного білка в клітинах. Методи. Застосовано метод імуноцитохімії для детекції субклітинної локалізації TDRD7, вестерн-блот аналіз клітинних фракцій НЕК293 з використанням
 анти-TDRD7 моноклональних антитіл та біоінформатичний пошук можливих ізоформ TDRD7 у базах даних Uniprot, Ensemble,
 UCSC. Результати. Специфічні TDRD7-вмісні структури виявлено в цитоплазмі, а також у ядрах клітин НЕК293. Імуноблотаналізом субклітинних фракцій (цитоплазма, мітохондрії, ядро)
 детектовано три імунореактивні смуги з молекулярними масами
 130, 110 і 60 кДа (ми назвали їх TDRD7b, TDRD7g і TDRD7d), які до
 сьогодні не були охарактеризовані. Біоінформатичним аналізом
 первинної структури TDRD7 визначено два альтернативних
 транскрипти TDRD7-гена, продукти трансляції яких відповідають двом гіпотетичним ізоформам, ідентифікованим в імуноблоті (TDRD7b (130 кДа) та TDRD7d (60 кДа)). Висновки. Отримані дані вказують на можливість існування потенційних ізоформ TDRD7: TDRD7b, TDRD7g і TDRD7d у клітинах НЕК293 на
 білковому рівні. З’ясування особливостей експресії та ролі нових
 форм TDRD7 у клітинах потребує подальших досліджень.
 Ключові слова: TDRD7, S6 кіназа, ізоформа, піРНК, трансляція. Цель. Цель исследования состояла в изучении внутриклеточной
 локализации TDRD7, что может быть связано с различными
 функциями данного белка в клетках. Методы. Применен метод
 иммуноцитохимии для детекции субклеточной локализации
 TDRD7, вестерн-блот анализ клеточных фракций НЕК293 с использовавнием анти-TDRD7 моноклональных антител и биоин -
 форматический поиск возможных изоформ TDRD7 в базах данных Uniprot, Ensemble, UCSC. Результаты. Специфические
 TDRD7-содержащие структуры выявлены в цитоплазме, а также в ядрах клеток НЕК293. Иммуноблот-анализом субклеточных фракций (цитоплазма, митохондрии, ядро) определены три
 иммунореактивные полосы с молекулярными массами 130, 110 и
 60 кДа (мы назвали их TDRD7b, TDRD7g и TDRD7d), которые до
 настоящего времени не были охарактеризованы. Биоинформатическим анализом первичной структуры TDRD7 детектированы два альтернативных транскрипта TDRD7-гена, продукты
 трансляции которых соответствуют двум гипотетическим
 изоформам, идентифицированным в иммуноблоте (TDRD7b (130
 кДа) и TDRD7d (60 кДа)). Выводы. Полученные данные указывают на возможность существования потенциальных изоформ
 TDRD7: TDRD7b, TDRD7g и TDRD7d в клетках НЕК293 на белковом уровне. Выяснение особенностей экспрессии и роли новых
 форм TDRD7 в клетках требует дальнейших исследований.
 Ключевые слова: TDRD7, S6 киназа, изоформа, пиРНК,
 трансляция. The work was supported with
 grants from the National Academy of Sciences of Ukraine. We thank Dr. V. Gorchev and Dr. S. Karahim for
 help in confocal studies. en Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Вiopolymers and Cell Structure and Function of Biopolymers Identification of novel TDRD7 isoforms Виявлення нових ізоформ TDRD7 Идентификация новых изоформ TDRD7 Article published earlier |
| spellingShingle | Identification of novel TDRD7 isoforms Skorokhod, O.M. Gudkova, D.O. Filonenko, V.V. Structure and Function of Biopolymers |
| title | Identification of novel TDRD7 isoforms |
| title_alt | Виявлення нових ізоформ TDRD7 Идентификация новых изоформ TDRD7 |
| title_full | Identification of novel TDRD7 isoforms |
| title_fullStr | Identification of novel TDRD7 isoforms |
| title_full_unstemmed | Identification of novel TDRD7 isoforms |
| title_short | Identification of novel TDRD7 isoforms |
| title_sort | identification of novel tdrd7 isoforms |
| topic | Structure and Function of Biopolymers |
| topic_facet | Structure and Function of Biopolymers |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/156491 |
| work_keys_str_mv | AT skorokhodom identificationofnoveltdrd7isoforms AT gudkovado identificationofnoveltdrd7isoforms AT filonenkovv identificationofnoveltdrd7isoforms AT skorokhodom viâvlennânovihízoformtdrd7 AT gudkovado viâvlennânovihízoformtdrd7 AT filonenkovv viâvlennânovihízoformtdrd7 AT skorokhodom identifikaciânovyhizoformtdrd7 AT gudkovado identifikaciânovyhizoformtdrd7 AT filonenkovv identifikaciânovyhizoformtdrd7 |