Локалізація сайтів 5'-CG-3' , 5'-CNG-3' , 5'-GC-3' та 5'-GNC-3' у послідовностях мікроРНК - Галицький, В.А.; Комісаренко, С.В. (Вiopolymers and Cell, 2011)
Мета. Встановлення закономірностей у локалізації динуклеотидів 5'-CG-3' та тринуклеотидів 5'-
CNG-3' у послідовностях мікроРНК (miRNA). Методи. Біоінформатичний та статистичний аналіз послідовностей зрілих miRNA. Результати. Один із найвищих піків концентрації сайта 5'-CG-3' локалізується у місці розташування нуклеотиду 10 з 5'-кінця miRNA. Рівень концентрації сайта 5'-CG-3' у
даному піку більш ніж учетверо перевищує середню концентрацію даного динуклеотиду у геномі. Інші
еволюційно консервативні піки у послідовності miRNA локалізуються в районі нуклеотидів 16 та 21.
Піки концентрації сайта 5'-CNG-3 відповідають нуклеотидам 4 і 8. Приблизно половина послідовностей miRNA містить два чи більше сайтів 5'-CG-3' та 5'- CNG-3', відстань між якими становить у
більшості випадків 1 або 3–9 нуклеотидів. Висновки. Піки концентрації сайтів 5'-CG-3' і 5'-CNG-3' не
зосереджені в межах seed-ділянки, а розподілені уздовж усієї послідовності miRNA. Однак в одній і тій
же молекулі miRNA дані сайти розташовані в межах одного витка подвійної спіралі. Така картина розподілу зазначених сайтів може вказувати на участь у miRNA-залежному метилюванні ДНК усієї послідовності miRNA.
Ключові слова: мікроРНК, динуклеотид 5'-CG-3', тринуклеотид 5'-CNG-3', розподіл сайтів. Aim. Discovery of localization pattern of 5'-CG-3' dinucleotide and
5'-CNG-3' trinucleotide in microRNA (miRNA) sequences. Methods. Bioinformatic and statistic analysis of mature miRNA sequences. Results. One of the highest peaks of 5'-CG-3' dinucleotides concentration is located close to the nucleotide 10 from 5'-end
of miRNA. The level of 5'-CG-3' in thіs peak exceeds more than four
times the average genomic frequency of this dinucleotide. Other
evolutionary conservative peaks are located around the nucleotides
16 and 21 in miRNA sequence. Peaks of 5'-CNG-3' trinucleotides
concentration correspond to the nucleotides 4 and 8. Approximately
50 % of miRNA sequences contain two or more 5'-CG-3' or 5'-
CNG-3' sites. The distance between these sites amounts mostly to 1
or 3–9 nucleotides. Conclusions. The peaks of 5'-CG-3' and 5'-
CNG-3' sites concentration are located not only within seed region,
but also along the full length of miRNA sequence. Nevertheless,
these sites are disposed in the same miRNA molecule mainly within
one turn of double helix. Such site localization pattern may be an
evidence of participation of the whole miRNA sequence in miRNAdependent DNA methylation.
Keywords: microRNA, 5'-CG-3' dinucleotide, 5'-CNG-3'
trinucleotide, site pattern. Цель. Установление закономерностей в локализации динуклеотидов 5'-CG-3' и тринуклеотидов 5'- CNG-3' в последовательностях микроРНК (miRNA). Методы. Биоинформатический и статистический анализ последовательностей зрелых miRNA. Результаты. Один из наиболее высоких пиков концентрации сайта
5'-CG-3' локализуется в месте расположения нуклеотида 10 с
5'-конца miRNA. Уровень концентрации сайта 5'-CG-3' в данном
пике более чем в четыре раза превышает среднюю концентрацию этого динуклеотида в геноме. Другие эволюционно консервативные пики в последовательности miRNA локализуются в
районе нуклеотидов 16 и 21. Пики концентрации сайта 5'-CNG-3
соответствуют нуклеотидам 4 и 8. Приблизительно половина
последовательностей miRNA содержит два или больше сайтов
5'-CG-3' или 5'-CNG-3', расстояние между которыми в большинстве случаев составляет 1 или 3–9 нуклеотидов. Выводы. Пики
концентрации сайтов 5'-CG-3' и 5'-CNG-3' не сосредоточены в
пределах seed-участка, а распределены по всей длине последовательности miRNA. Однако в одной и той же молекуле miRNA данные сайты расположены в пределах одного витка двойной
спирали. Такая картина распределения упомянутых сайтов может указывать на участие в miRNA-зависимом метилировании
ДНК всей последовательности miRNA.
Ключевые слова: микроРНК, динуклеотид 5'-CG-3', тринуклеотид 5'-CNG-3', распределение сайтов.