Консервативные структурные мотивы в 3'-нетранслируемой области геномной РНК вируса SARS-CoV
Сигнальные последовательности в 3'-нетранслируемой области (UTR) «плюс»-РНК вирусов контролируют процессы репликации, транскрипции и трансляции РНК. В представленной работе методом компьютерного моделирования (Zuker, 2003) впервые изучены вторичная и третичная структуры 3' UTR геномной РНК...
Збережено в:
| Опубліковано в: : | Біополімери і клітина |
|---|---|
| Дата: | 2003 |
| Автори: | , , |
| Формат: | Стаття |
| Мова: | Російська |
| Опубліковано: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2003
|
| Теми: | |
| Онлайн доступ: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/156527 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Цитувати: | Консервативные структурные мотивы в 
 3'-нетранслируемой области геномной 
 РНК вируса SARS-CoV / М.И. Зарудная, А.Л. Потягайло, Д.Н. Говорун // Вiopolymers and Cell. — 2003. — Т. 19, № 3. — С. 
 298-303. — Бібліогр.: 18 назв. — рос. |
Репозитарії
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1862696493781090304 |
|---|---|
| author | Зарудная, М.И. Потягайло, А.Л. Говорун, Д.Н. |
| author_facet | Зарудная, М.И. Потягайло, А.Л. Говорун, Д.Н. |
| citation_txt | Консервативные структурные мотивы в 
 3'-нетранслируемой области геномной 
 РНК вируса SARS-CoV / М.И. Зарудная, А.Л. Потягайло, Д.Н. Говорун // Вiopolymers and Cell. — 2003. — Т. 19, № 3. — С. 
 298-303. — Бібліогр.: 18 назв. — рос. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Біополімери і клітина |
| description | Сигнальные последовательности в 3'-нетранслируемой области (UTR) «плюс»-РНК вирусов контролируют процессы репликации, транскрипции и трансляции РНК. В представленной работе методом компьютерного моделирования (Zuker, 2003) впервые изучены вторичная и третичная структуры 3' UTR геномной РНК вируса SARS-CoV. Показано, что эта область содержит последовательность, образующую псевдоузел, который по своей структуре наиболее близок к псевдоузлам, обнаруженным в РНК коронавирусов группы I. Так же, как и в случае других коронавирусов, последовательность, соответствующая одной из цепей стебля I псевдоузла РНК вируса SARS-CoV, может участвовать в образовании альтернативного мотива — высокостабильной иіпилькообразной структуры. Кроме этого, 3' UTR РНК вируса SARS-CoV содержит мотив s2m, найденный в 3' UTR РНК вируса IBV (коронавирус группы III) и отсутствующий в ряде РНК коронавирусов первой и второй групп. Обсуждаются также и другие структурные мотивы, образующиеся в 3' UTR РНК вируса SARS-CoV. Полученные нами результаты поддерживают существующую точку зрения о том, что вирус SARS-CoV является уникальным и не может быть отнесен ни к одной из трех известных групп коронавирусов.
Сигнальні послідовності в З'-нетрансльованій області (UTR) «плюс»-РНК вірусів контролюють процеси реплікації, транскрипції та трансляції РНК. У цій роботі методом комп'ютерного моделювання (Zuker, 2003) вперше вивчено вторинну і третинну структуру 3' UTR геномної РНК вірусу SARSCoV. Показано, що ця область містить послідовність, яка утворює псевдовузол, найближчий за свою структурою до псевдовузлів, виявлених в РНК коронавірусів групи І. Як і у випадку інших коронавірусів, послідовність, що відповідає одному з ланцюгів стебла І псевдовузла РНК вірусу SARS-CoV, може брати участь в утворенні альтернативного мотиву – високостабільної шпилькоподібної структури. Окрім того, 3' UTR РНК вірусу SARS-CoV містить мотив s2m, виявлений в аналогічній області вірусу IBV (коронавірус групи III), але відсутній в низці РНК коронавірусів груп І і II. Обговорюються також інші структурні мотиви, які утворюються в 3' UTR РНК вірусу SARS-CoV. Отримані нами результати підтримують існуючу точку юру про те, що вірус SARS-CoV є унікальним і не може бути віднесений до жодної з трьох відомих груп коронавірусів.
Signal elements in the 3' untranslated region (UTR) of «plus»-RNA viruses function as control elements in RNA replication, transcription and translation. Here we performed computer-assisted (Zuker, 2003) secondary structure analysis and prediction of tertiary structure of 3' UTR of SARS coronavirus. We found that this region contains a sequence potentially able to form a pseudoknot which was earlier observed in 3' UTR of every coronavirus genome that was sequenced. The SARS-CoV pseudoknot structure is similar to the pseudoknot structure of the group 1 coronaviruses. As in the case of other coronaviruses the formation of the SARS-CoV pseudoknot interferes with the formation of a bulged stem-loop structure with high negative free energy value located in the most upstream part of 3' UTR. Besides the SARS-CoV 3' UTR, like the same region of 1BV coronavirus, contains the s2m motif which is absent in 3' UTR of a number of group 1 and 2 coronaviruses. Other structural motifs in 3' UTR of SARS-CoV has been discussed as well. As a result, the SARS-CoV 3' UTR structure established supports the present opinion on a unique character of this virus which cannot be assigned to any of three known groups of coronaviruses.
|
| first_indexed | 2025-12-07T16:27:23Z |
| format | Article |
| fulltext | |
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-156527 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 0233-7657 |
| language | Russian |
| last_indexed | 2025-12-07T16:27:23Z |
| publishDate | 2003 |
| publisher | Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Зарудная, М.И. Потягайло, А.Л. Говорун, Д.Н. 2019-06-18T15:23:28Z 2019-06-18T15:23:28Z 2003 Консервативные структурные мотивы в 
 3'-нетранслируемой области геномной 
 РНК вируса SARS-CoV / М.И. Зарудная, А.Л. Потягайло, Д.Н. Говорун // Вiopolymers and Cell. — 2003. — Т. 19, № 3. — С. 
 298-303. — Бібліогр.: 18 назв. — рос. 0233-7657 DOI:http://dx.doi.org/10.7124/bc.000661 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/156527 577.21 Сигнальные последовательности в 3'-нетранслируемой области (UTR) «плюс»-РНК вирусов контролируют процессы репликации, транскрипции и трансляции РНК. В представленной работе методом компьютерного моделирования (Zuker, 2003) впервые изучены вторичная и третичная структуры 3' UTR геномной РНК вируса SARS-CoV. Показано, что эта область содержит последовательность, образующую псевдоузел, который по своей структуре наиболее близок к псевдоузлам, обнаруженным в РНК коронавирусов группы I. Так же, как и в случае других коронавирусов, последовательность, соответствующая одной из цепей стебля I псевдоузла РНК вируса SARS-CoV, может участвовать в образовании альтернативного мотива — высокостабильной иіпилькообразной структуры. Кроме этого, 3' UTR РНК вируса SARS-CoV содержит мотив s2m, найденный в 3' UTR РНК вируса IBV (коронавирус группы III) и отсутствующий в ряде РНК коронавирусов первой и второй групп. Обсуждаются также и другие структурные мотивы, образующиеся в 3' UTR РНК вируса SARS-CoV. Полученные нами результаты поддерживают существующую точку зрения о том, что вирус SARS-CoV является уникальным и не может быть отнесен ни к одной из трех известных групп коронавирусов. Сигнальні послідовності в З'-нетрансльованій області (UTR) «плюс»-РНК вірусів контролюють процеси реплікації, транскрипції та трансляції РНК. У цій роботі методом комп'ютерного моделювання (Zuker, 2003) вперше вивчено вторинну і третинну структуру 3' UTR геномної РНК вірусу SARSCoV. Показано, що ця область містить послідовність, яка утворює псевдовузол, найближчий за свою структурою до псевдовузлів, виявлених в РНК коронавірусів групи І. Як і у випадку інших коронавірусів, послідовність, що відповідає одному з ланцюгів стебла І псевдовузла РНК вірусу SARS-CoV, може брати участь в утворенні альтернативного мотиву – високостабільної шпилькоподібної структури. Окрім того, 3' UTR РНК вірусу SARS-CoV містить мотив s2m, виявлений в аналогічній області вірусу IBV (коронавірус групи III), але відсутній в низці РНК коронавірусів груп І і II. Обговорюються також інші структурні мотиви, які утворюються в 3' UTR РНК вірусу SARS-CoV. Отримані нами результати підтримують існуючу точку юру про те, що вірус SARS-CoV є унікальним і не може бути віднесений до жодної з трьох відомих груп коронавірусів. Signal elements in the 3' untranslated region (UTR) of «plus»-RNA viruses function as control elements in RNA replication, transcription and translation. Here we performed computer-assisted (Zuker, 2003) secondary structure analysis and prediction of tertiary structure of 3' UTR of SARS coronavirus. We found that this region contains a sequence potentially able to form a pseudoknot which was earlier observed in 3' UTR of every coronavirus genome that was sequenced. The SARS-CoV pseudoknot structure is similar to the pseudoknot structure of the group 1 coronaviruses. As in the case of other coronaviruses the formation of the SARS-CoV pseudoknot interferes with the formation of a bulged stem-loop structure with high negative free energy value located in the most upstream part of 3' UTR. Besides the SARS-CoV 3' UTR, like the same region of 1BV coronavirus, contains the s2m motif which is absent in 3' UTR of a number of group 1 and 2 coronaviruses. Other structural motifs in 3' UTR of SARS-CoV has been discussed as well. As a result, the SARS-CoV 3' UTR structure established supports the present opinion on a unique character of this virus which cannot be assigned to any of three known groups of coronaviruses. ru Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Біополімери і клітина Короткі повідомлення Консервативные структурные мотивы в 3'-нетранслируемой области геномной РНК вируса SARS-CoV Консервативні структурні мотиви в 3'-нетрансльованій області геномної РНК вірусу SARS-CoV Conservative structural motifs in the 3' untranslated region of SARS coronavirus Article published earlier |
| spellingShingle | Консервативные структурные мотивы в 3'-нетранслируемой области геномной РНК вируса SARS-CoV Зарудная, М.И. Потягайло, А.Л. Говорун, Д.Н. Короткі повідомлення |
| title | Консервативные структурные мотивы в 3'-нетранслируемой области геномной РНК вируса SARS-CoV |
| title_alt | Консервативні структурні мотиви в 3'-нетрансльованій області геномної РНК вірусу SARS-CoV Conservative structural motifs in the 3' untranslated region of SARS coronavirus |
| title_full | Консервативные структурные мотивы в 3'-нетранслируемой области геномной РНК вируса SARS-CoV |
| title_fullStr | Консервативные структурные мотивы в 3'-нетранслируемой области геномной РНК вируса SARS-CoV |
| title_full_unstemmed | Консервативные структурные мотивы в 3'-нетранслируемой области геномной РНК вируса SARS-CoV |
| title_short | Консервативные структурные мотивы в 3'-нетранслируемой области геномной РНК вируса SARS-CoV |
| title_sort | консервативные структурные мотивы в 3'-нетранслируемой области геномной рнк вируса sars-cov |
| topic | Короткі повідомлення |
| topic_facet | Короткі повідомлення |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/156527 |
| work_keys_str_mv | AT zarudnaâmi konservativnyestrukturnyemotivyv3netransliruemoioblastigenomnoirnkvirusasarscov AT potâgailoal konservativnyestrukturnyemotivyv3netransliruemoioblastigenomnoirnkvirusasarscov AT govorundn konservativnyestrukturnyemotivyv3netransliruemoioblastigenomnoirnkvirusasarscov AT zarudnaâmi konservativnístrukturnímotiviv3netranslʹovaníioblastígenomnoírnkvírususarscov AT potâgailoal konservativnístrukturnímotiviv3netranslʹovaníioblastígenomnoírnkvírususarscov AT govorundn konservativnístrukturnímotiviv3netranslʹovaníioblastígenomnoírnkvírususarscov AT zarudnaâmi conservativestructuralmotifsinthe3untranslatedregionofsarscoronavirus AT potâgailoal conservativestructuralmotifsinthe3untranslatedregionofsarscoronavirus AT govorundn conservativestructuralmotifsinthe3untranslatedregionofsarscoronavirus |