Консервативные структурные мотивы в 3'-нетранслируемой области геномной РНК вируса SARS-CoV

Консервативные структурные мотивы в 3'-нетранслируемой области геномной РНК вируса SARS-CoV

Сигнальные последовательности в 3'-нетранслируемой области (UTR) «плюс»-РНК вирусов контролируют процессы репликации, транскрипции и трансляции РНК. В представленной работе методом компьютерного моделирования (Zuker, 2003) впервые изучены вторичная и третичная структуры 3' UTR геномной РНК...

Full description

Saved in:
Bibliographic Details
Published in:Біополімери і клітина
Date:2003
Main Authors: Зарудная, М.И., Потягайло, А.Л., Говорун, Д.Н.
Format: Article
Language:Russian
Published: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2003
Subjects:
Короткі повідомлення
Online Access:https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/156527
Tags: Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
Journal Title:Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Cite this:Консервативные структурные мотивы в 3'-нетранслируемой области геномной РНК вируса SARS-CoV / М.И. Зарудная, А.Л. Потягайло, Д.Н. Говорун // Вiopolymers and Cell. — 2003. — Т. 19, № 3. — С. 298-303. — Бібліогр.: 18 назв. — рос.

Institution

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
id nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-156527
record_format dspace
spelling Зарудная, М.И.
Потягайло, А.Л.
Говорун, Д.Н.
2019-06-18T15:23:28Z
2019-06-18T15:23:28Z
2003
Консервативные структурные мотивы в 3'-нетранслируемой области геномной РНК вируса SARS-CoV / М.И. Зарудная, А.Л. Потягайло, Д.Н. Говорун // Вiopolymers and Cell. — 2003. — Т. 19, № 3. — С. 298-303. — Бібліогр.: 18 назв. — рос.
0233-7657
DOI:http://dx.doi.org/10.7124/bc.000661
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/156527
577.21
Сигнальные последовательности в 3'-нетранслируемой области (UTR) «плюс»-РНК вирусов контролируют процессы репликации, транскрипции и трансляции РНК. В представленной работе методом компьютерного моделирования (Zuker, 2003) впервые изучены вторичная и третичная структуры 3' UTR геномной РНК вируса SARS-CoV. Показано, что эта область содержит последовательность, образующую псевдоузел, который по своей структуре наиболее близок к псевдоузлам, обнаруженным в РНК коронавирусов группы I. Так же, как и в случае других коронавирусов, последовательность, соответствующая одной из цепей стебля I псевдоузла РНК вируса SARS-CoV, может участвовать в образовании альтернативного мотива — высокостабиль­ной иіпилькообразной структуры. Кроме этого, 3' UTR РНК вируса SARS-CoV содержит мотив s2m, найденный в 3' UTR РНК вируса IBV (коронавирус группы III) и отсутствующий в ряде РНК коронавирусов первой и второй групп. Обсуждаются также и другие структурные мотивы, образующиеся в 3' UTR РНК вируса SARS-CoV. Полученные нами результаты поддерживают существующую точку зрения о том, что вирус SARS-CoV является уникальным и не может быть отнесен ни к одной из трех известных групп коронавирусов.
Сигнальні послідовності в З'-нетрансльованій області (UTR) «плюс»-РНК вірусів контролюють процеси реплікації, транс­крипції та трансляції РНК. У цій роботі методом комп'ю­терного моделювання (Zuker, 2003) вперше вивчено вторинну і третинну структуру 3' UTR геномної РНК вірусу SARSCoV. Показано, що ця область містить послідовність, яка утворює псевдовузол, найближчий за свою структурою до псевдовузлів, виявлених в РНК коронавірусів групи І. Як і у випадку інших коронавірусів, послідовність, що відповідає од­ному з ланцюгів стебла І псевдовузла РНК вірусу SARS-CoV, може брати участь в утворенні альтернативного мотиву – високостабільної шпилькоподібної структури. Окрім того, 3' UTR РНК вірусу SARS-CoV містить мотив s2m, виявлений в аналогічній області вірусу IBV (коронавірус групи III), але відсутній в низці РНК коронавірусів груп І і II. Обговорюють­ся також інші структурні мотиви, які утворюються в 3' UTR РНК вірусу SARS-CoV. Отримані нами результати підтримують існуючу точку юру про те, що вірус SARS-CoV є унікальним і не може бути віднесений до жодної з трьох відомих груп коронавірусів.
Signal elements in the 3' untranslated region (UTR) of «plus»-RNA viruses function as control elements in RNA replication, transcription and translation. Here we performed computer-assisted (Zuker, 2003) secondary structure analysis and prediction of tertiary structure of 3' UTR of SARS coronavirus. We found that this region contains a sequence potentially able to form a pseudoknot which was earlier observed in 3' UTR of every coronavirus genome that was sequenced. The SARS-CoV pseudoknot structure is similar to the pseudoknot structure of the group 1 coronaviruses. As in the case of other coronaviruses the formation of the SARS-CoV pseudoknot interferes with the formation of a bulged stem-loop structure with high negative free energy value located in the most upstream part of 3' UTR. Besides the SARS-CoV 3' UTR, like the same region of 1BV coronavirus, contains the s2m motif which is absent in 3' UTR of a number of group 1 and 2 coronaviruses. Other structural motifs in 3' UTR of SARS-CoV has been discussed as well. As a result, the SARS-CoV 3' UTR structure established supports the present opinion on a unique character of this virus which cannot be assigned to any of three known groups of coronaviruses.
ru
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
Біополімери і клітина
Короткі повідомлення
Консервативные структурные мотивы в 3'-нетранслируемой области геномной РНК вируса SARS-CoV
Консервативні структурні мотиви в 3'-нетрансльованій області геномної РНК вірусу SARS-CoV
Conservative structural motifs in the 3' untranslated region of SARS coronavirus
Article
published earlier
institution Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection DSpace DC
title Консервативные структурные мотивы в 3'-нетранслируемой области геномной РНК вируса SARS-CoV
spellingShingle Консервативные структурные мотивы в 3'-нетранслируемой области геномной РНК вируса SARS-CoV
Зарудная, М.И.
Потягайло, А.Л.
Говорун, Д.Н.
Короткі повідомлення
title_short Консервативные структурные мотивы в 3'-нетранслируемой области геномной РНК вируса SARS-CoV
title_full Консервативные структурные мотивы в 3'-нетранслируемой области геномной РНК вируса SARS-CoV
title_fullStr Консервативные структурные мотивы в 3'-нетранслируемой области геномной РНК вируса SARS-CoV
title_full_unstemmed Консервативные структурные мотивы в 3'-нетранслируемой области геномной РНК вируса SARS-CoV
title_sort консервативные структурные мотивы в 3'-нетранслируемой области геномной рнк вируса sars-cov
author Зарудная, М.И.
Потягайло, А.Л.
Говорун, Д.Н.
author_facet Зарудная, М.И.
Потягайло, А.Л.
Говорун, Д.Н.
topic Короткі повідомлення
topic_facet Короткі повідомлення
publishDate 2003
language Russian
container_title Біополімери і клітина
publisher Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
format Article
title_alt Консервативні структурні мотиви в 3'-нетрансльованій області геномної РНК вірусу SARS-CoV
Conservative structural motifs in the 3' untranslated region of SARS coronavirus
description Сигнальные последовательности в 3'-нетранслируемой области (UTR) «плюс»-РНК вирусов контролируют процессы репликации, транскрипции и трансляции РНК. В представленной работе методом компьютерного моделирования (Zuker, 2003) впервые изучены вторичная и третичная структуры 3' UTR геномной РНК вируса SARS-CoV. Показано, что эта область содержит последовательность, образующую псевдоузел, который по своей структуре наиболее близок к псевдоузлам, обнаруженным в РНК коронавирусов группы I. Так же, как и в случае других коронавирусов, последовательность, соответствующая одной из цепей стебля I псевдоузла РНК вируса SARS-CoV, может участвовать в образовании альтернативного мотива — высокостабиль­ной иіпилькообразной структуры. Кроме этого, 3' UTR РНК вируса SARS-CoV содержит мотив s2m, найденный в 3' UTR РНК вируса IBV (коронавирус группы III) и отсутствующий в ряде РНК коронавирусов первой и второй групп. Обсуждаются также и другие структурные мотивы, образующиеся в 3' UTR РНК вируса SARS-CoV. Полученные нами результаты поддерживают существующую точку зрения о том, что вирус SARS-CoV является уникальным и не может быть отнесен ни к одной из трех известных групп коронавирусов. Сигнальні послідовності в З'-нетрансльованій області (UTR) «плюс»-РНК вірусів контролюють процеси реплікації, транс­крипції та трансляції РНК. У цій роботі методом комп'ю­терного моделювання (Zuker, 2003) вперше вивчено вторинну і третинну структуру 3' UTR геномної РНК вірусу SARSCoV. Показано, що ця область містить послідовність, яка утворює псевдовузол, найближчий за свою структурою до псевдовузлів, виявлених в РНК коронавірусів групи І. Як і у випадку інших коронавірусів, послідовність, що відповідає од­ному з ланцюгів стебла І псевдовузла РНК вірусу SARS-CoV, може брати участь в утворенні альтернативного мотиву – високостабільної шпилькоподібної структури. Окрім того, 3' UTR РНК вірусу SARS-CoV містить мотив s2m, виявлений в аналогічній області вірусу IBV (коронавірус групи III), але відсутній в низці РНК коронавірусів груп І і II. Обговорюють­ся також інші структурні мотиви, які утворюються в 3' UTR РНК вірусу SARS-CoV. Отримані нами результати підтримують існуючу точку юру про те, що вірус SARS-CoV є унікальним і не може бути віднесений до жодної з трьох відомих груп коронавірусів. Signal elements in the 3' untranslated region (UTR) of «plus»-RNA viruses function as control elements in RNA replication, transcription and translation. Here we performed computer-assisted (Zuker, 2003) secondary structure analysis and prediction of tertiary structure of 3' UTR of SARS coronavirus. We found that this region contains a sequence potentially able to form a pseudoknot which was earlier observed in 3' UTR of every coronavirus genome that was sequenced. The SARS-CoV pseudoknot structure is similar to the pseudoknot structure of the group 1 coronaviruses. As in the case of other coronaviruses the formation of the SARS-CoV pseudoknot interferes with the formation of a bulged stem-loop structure with high negative free energy value located in the most upstream part of 3' UTR. Besides the SARS-CoV 3' UTR, like the same region of 1BV coronavirus, contains the s2m motif which is absent in 3' UTR of a number of group 1 and 2 coronaviruses. Other structural motifs in 3' UTR of SARS-CoV has been discussed as well. As a result, the SARS-CoV 3' UTR structure established supports the present opinion on a unique character of this virus which cannot be assigned to any of three known groups of coronaviruses.
issn 0233-7657
url https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/156527
citation_txt Консервативные структурные мотивы в 3'-нетранслируемой области геномной РНК вируса SARS-CoV / М.И. Зарудная, А.Л. Потягайло, Д.Н. Говорун // Вiopolymers and Cell. — 2003. — Т. 19, № 3. — С. 298-303. — Бібліогр.: 18 назв. — рос.
work_keys_str_mv AT zarudnaâmi konservativnyestrukturnyemotivyv3netransliruemoioblastigenomnoirnkvirusasarscov
AT potâgailoal konservativnyestrukturnyemotivyv3netransliruemoioblastigenomnoirnkvirusasarscov
AT govorundn konservativnyestrukturnyemotivyv3netransliruemoioblastigenomnoirnkvirusasarscov
AT zarudnaâmi konservativnístrukturnímotiviv3netranslʹovaníioblastígenomnoírnkvírususarscov
AT potâgailoal konservativnístrukturnímotiviv3netranslʹovaníioblastígenomnoírnkvírususarscov
AT govorundn konservativnístrukturnímotiviv3netranslʹovaníioblastígenomnoírnkvírususarscov
AT zarudnaâmi conservativestructuralmotifsinthe3untranslatedregionofsarscoronavirus
AT potâgailoal conservativestructuralmotifsinthe3untranslatedregionofsarscoronavirus
AT govorundn conservativestructuralmotifsinthe3untranslatedregionofsarscoronavirus
first_indexed 2025-12-07T16:27:23Z
last_indexed 2025-12-07T16:27:23Z
_version_ 1850867547796144128

Similar Items