2М ¹Н ЯМР анализ комплексообразования феноксазонового антибиотика актиноцил-бис-(2-диметиламиноэтил)амида с дезокситетрануклеотидом 5'-d(TpGpCpA) в водном растворе

• Published in: Біополімери і клітина
• Date: 2003
• Main Authors: Веселков, А.Н., Итон, Р.Дж., Лантушенко, А.О., Рогова, О.В., Эрнандес, Сантьяго А., Дэвис, Д.Б.
• Format: Article
• Language: Russian
• Published: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2003
• Subjects: Структура та функції біополімерів
• Online Access: https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/156681
• Journal Title: Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
• Cite this: 2М 1Н ЯМР анализ комплексообразования 
 феноксазонового антибиотика 
 актиноцил-бис-(2-диметиламиноэтил)амида 
 с дезокситетрануклеотидом 5'-d(TpGpCpA) 
 в водном растворе / А.Н. Веселков, Р.Дж. Итон, А.О. Лантушенко, О.В. Рогова, А. Сантьяго Эрнандес, Д.Б. Дэвис // Вiopolymers and Cell. — 2003. — Т. 19, № 6. — С. 
 504-512. — Бібліогр.: 21 назв. — рос.

Представлены результаты исследования комплексообразования синтетического феноксазонового соединения актиноцил-бис-(2-диметиламиноэтил)амида (ActII) с самокомплементарным дезок­ситетрануклеотидом 5'-d(TpGpCpA) в водном растворе методом двухмерной 1Н ЯМР спектро­скопии (500 МГц). Двухмерные эксперименты 2M-TOCSY и 2M-NOESY использованы для полного отнесения сигналов протонов феноксазонового соединения и нуклеотидов в смешанном растворе и для установления структуры интеркалированного комплекса ActII с дуплексом тетрамера На основании анализа межмолекулярных NOE-контактов сделан вывод о преимущественной интеркаляции ActII в терминальный d(TG)-сайт олигонуклеотида и построены наиболее вероятные пространственные структуры комплексов ActII с 5'-d(TpGpCpA). Анализ показывает, что боковые аминоалкильные цепи феноксазонового лиганда располагаются в малой канавке дуплекса ДНК. Представлено результати дослідження комплексоутворення синтетичної феноксазонової сполуки актиноцил-біс-(2-диметиламіноетил)аміду (ActII) з самокомплементарним дезок­ситетрануклеотидом 5'-d(TpGpCpA) у водному розчині мето­дом двовимірної 1Н ЯМР спектроскопії (500 МГц). Двовимірні екперименти 2M-TOCSY і 2M-NOESY використано для повно­го віднесення сигналів протонів феноксазонової сполуки і нуклеотидів у змішаному розчині та для визначення інтеркальованого комплексу ActII з дуплексом тетрамеру. На основі аналізу міжмолекулярних NOE-контактів зроблено вис­новок щодо переважної інтеркаляції ActII у термінальний d(TG)-сайт олігонуклеотиду та побудовано найвірогідніші просторові структури комплексів ActII з 5'-d(TpGpCpA). З аналізу випливає, що бічні аміноалкільні ланцюги феноксазоно­вого ліганду розміщуються в малій борозенці дуплексу ДНК. Complexation of a synthetic phenoxazone compound actinocyl-bis-(2-dimethylaminoethyl) amide (ActII) with self-complementary deoxytetranucleotide 5'-d(TpGpCpA) in aqueous solution has been studied by two-dimensional 1H-NMR spectroscopy (500 MHz). Two-dimensional homonuclear correlation NMR spectroscopy (2D-TOCSY and 2D-NOESY) has been used for complete assignment of proton signals of phenoxazone compound and nucleotides in the mixed solution and for determining the structure of the intercalated complex of ActII with the tetramer duplex. Analysis of inter-molecular NOE-contacts enables to conclude that ActII preferentially intercalates into the terminal d(TG)-site of the tetranucleotide and to propose the most favourable spatial structures of ActII-d(TpGpCpA) complexes. It follows that aminoalkyl side chains of ActII are situated in the minor groove of the tetramer duplex.