Synthesis of model DNA and their application as substrates of nucleotide excision repair
Aim. Nucleotide excision repair (NER) is DNA repair system responsible to remove bulky lesions from DNA. These lesions appear in DNA as consequence of UV-light irradiation or environmental stress. Study of NER is extremely important to improve action of chemotherapeutic drugs. Methods. In vitro NER-...
Збережено в:
| Опубліковано в: : | Вiopolymers and Cell |
|---|---|
| Дата: | 2012 |
| Автори: | , , , , , , |
| Формат: | Стаття |
| Мова: | English |
| Опубліковано: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2012
|
| Теми: | |
| Онлайн доступ: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/156845 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Цитувати: | Synthesis of model DNA and their application as substrates of nucleotide excision repair / A.N. Evdokimov, A.Yu. Tsidulko, I.O. Petruseva, L.S. Koroleva, I.Yu. Serpokrylova, V.N. Silnikov, O.I. Lavrik // Вiopolymers and Cell. — 2012. — Т. 28, № 3. — С. 212–217. — Бібліогр.: 20 назв. — англ. |
Репозитарії
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| id |
nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-156845 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
Evdokimov, A.N. Tsidulko, A.Yu. Petruseva, I.O. Koroleva, L.S. Serpokrylova, I.Yu. Silnikov, V.N. Lavrik, O.I. 2019-06-19T06:53:56Z 2019-06-19T06:53:56Z 2012 Synthesis of model DNA and their application as substrates of nucleotide excision repair / A.N. Evdokimov, A.Yu. Tsidulko, I.O. Petruseva, L.S. Koroleva, I.Yu. Serpokrylova, V.N. Silnikov, O.I. Lavrik // Вiopolymers and Cell. — 2012. — Т. 28, № 3. — С. 212–217. — Бібліогр.: 20 назв. — англ. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.000050 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/156845 577.213.3 Aim. Nucleotide excision repair (NER) is DNA repair system responsible to remove bulky lesions from DNA. These lesions appear in DNA as consequence of UV-light irradiation or environmental stress. Study of NER is extremely important to improve action of chemotherapeutic drugs. Methods. In vitro NER-assay and photoaffinity modification were used. Results. Long linear DNA analogs mimicking NER substrates have been synthesized. DNA analogs are 137-mer duplexes containing in their internal positions nucleotides with bulky substitutes imitating lesions with fluorochloroazidopyridyl and fluorescein groups introduced using spacer fragments at the 4N and 5C positions of dCMP and dUMP (Fap-dC- and Flu-dU-DNA) and DNA containing a (+)-cis-stereoisomer of benzo[a]pyrene-N2-deoxyguanosine (BP-dG-DNA). The interaction of the modified DNA duplexes with the proteins of NER-competent HeLa extract was investigated. The substrate properties of the model DNA in the reaction ofspecific excision were shown to vary in the row Fap-dC-DNA << Flu-dU-DNA < BP-dG-DNA. Conclusions. In vitro assay show that DNA analogs represent an interesting tool for the estimation of cellular repair activities. The developed approach should be of general use forthe incorporation of NER-sensitive distortions into model DNA and seems to be very promising for repair mechanism studies. Keywords: nucleotide excision repair, model bulky substituted DNA substrates. Мета. Ексцизійна репарація нуклеотидів (NER) – це система репарації ДНК, відповідальна за видалення об’ємних пошкоджень зі складу ДНК. Такі пошкодження можуть виникати за впливу як опромінення ультрафіолетом, так і факторів довкілля. Вивчення системи NER є вкрай важливим для підвищення ефективності хіміотерапевтичних препаратів. Методи. Використано реакцію NER in vitro та фотоафінну модификацію. Результати. Синтезовано довгі лінійні ДНК, які імітують субстрати NER, що являють собою 137-мірні ДНК-дуплекси і містять у внутрішніх положеннях ланцюгів нуклеотиди із введеними за допомогою спейсерних фрагментів по 4N- і 5C-положеннях dC і dU фторхлоразидопіридильною і флуоресцеїновою групами (Fap-dC- і Flu-dU- ДНК), а такожДНК, яка вміщує (+)-цис-стереоізомер бензо[a]пі рен-N2- дезоксигуанозину. Досліджено взаємодію модифікованих ДНК-дуплексів з білками NER-компетентного екстракту клітин HeLa. Показано, що субстратні властивості модельних ДНК у реакції специфічної ексцизії змінюються в ряду Fap-dC-ДНК << Flu-dU-ДНК < BP-dG-ДНК. Висновки. Дослідженнями in vitro встановлено, що ДНК-аналоги є важливим інструментом для оцінки клітинної репарації. Розроблений підхід виявився універсальним для включення до складу ДНК пошкоджень, які упізнаються системою NER, а також досить перспективним для вивчення механізмів репарації. Ключові слова: ексцизійна репарація нуклеотидів, модельні ДНК-субстрати. Цель. Эксцизионная репарация нуклеотидов (NER) – это система репарации ДНК, отвечающая за удаление объемных повреждений из состава ДНК. Такие повреждения могут появляться под воздействием как облучения ультрафиолетом, так и факторов окружающей среды. Изучение системы NER крайне важно для повышения эффективности химиотерапевтических препаратов. Методы. Использованы реакция NER in vitro и фотоаффинная модификаця. Результаты. Синтезированы протяженные линейные ДНК, имитирующие субстраты NER, которые представляют собой 137-мерные ДНК-дуплексы, содержащие во внутренних положениях цепей нуклеотиды с введенными с помощью спейсерных фрагментов по 4N- и 5C-положениям dC и dU фторхлоразидопиридильной и флуоресцеиновой группировками (Fap-dC- и Flu-dU- ДНК), а также ДНК, включающая (+)-цис-стереоизомер бензо[a]пирен-N2-дезоксигуанозина. Исследовано взаимодействие модифицированных ДНК-дуплексов с белками NER-компетентно го экстракта клеток HeLa. Показано, что субстратные свойства модельных ДНК в реакции специфической эксцизии меняются в ряду Fap-dC-ДНК << Flu-dU-ДНК < BP-dG-ДНК. Выводы. Исследованиями in vitro установлено, что ДНК- аналоги являются важным инструментом для оценки клеточной репарации. Разработанный подход оказался универсальным для включения в состав ДНК повреждений, узнаваемых системой NER, а также достаточно перспективным для изучения механизмов репарации. Ключевые слова: эксцизионная репарация нуклеотидов, модельные ДНК-субстраты. en Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Вiopolymers and Cell Structure and Function of Biopolymers Synthesis of model DNA and their application as substrates of nucleotide excision repair Синтез модельних ДНК та їхнє застосування як субстратів ексцизійної репарації нуклеотидів Синтез модельных ДНК и их применение в качастве субстратов эксцизионной репарации нуклеотидов Article published earlier |
| institution |
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| collection |
DSpace DC |
| title |
Synthesis of model DNA and their application as substrates of nucleotide excision repair |
| spellingShingle |
Synthesis of model DNA and their application as substrates of nucleotide excision repair Evdokimov, A.N. Tsidulko, A.Yu. Petruseva, I.O. Koroleva, L.S. Serpokrylova, I.Yu. Silnikov, V.N. Lavrik, O.I. Structure and Function of Biopolymers |
| title_short |
Synthesis of model DNA and their application as substrates of nucleotide excision repair |
| title_full |
Synthesis of model DNA and their application as substrates of nucleotide excision repair |
| title_fullStr |
Synthesis of model DNA and their application as substrates of nucleotide excision repair |
| title_full_unstemmed |
Synthesis of model DNA and their application as substrates of nucleotide excision repair |
| title_sort |
synthesis of model dna and their application as substrates of nucleotide excision repair |
| author |
Evdokimov, A.N. Tsidulko, A.Yu. Petruseva, I.O. Koroleva, L.S. Serpokrylova, I.Yu. Silnikov, V.N. Lavrik, O.I. |
| author_facet |
Evdokimov, A.N. Tsidulko, A.Yu. Petruseva, I.O. Koroleva, L.S. Serpokrylova, I.Yu. Silnikov, V.N. Lavrik, O.I. |
| topic |
Structure and Function of Biopolymers |
| topic_facet |
Structure and Function of Biopolymers |
| publishDate |
2012 |
| language |
English |
| container_title |
Вiopolymers and Cell |
| publisher |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| format |
Article |
| title_alt |
Синтез модельних ДНК та їхнє застосування як субстратів ексцизійної репарації нуклеотидів Синтез модельных ДНК и их применение в качастве субстратов эксцизионной репарации нуклеотидов |
| issn |
0233-7657 |
| url |
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/156845 |
| citation_txt |
Synthesis of model DNA and their application as substrates of nucleotide excision repair / A.N. Evdokimov, A.Yu. Tsidulko, I.O. Petruseva, L.S. Koroleva, I.Yu. Serpokrylova, V.N. Silnikov, O.I. Lavrik // Вiopolymers and Cell. — 2012. — Т. 28, № 3. — С. 212–217. — Бібліогр.: 20 назв. — англ. |
| work_keys_str_mv |
AT evdokimovan synthesisofmodeldnaandtheirapplicationassubstratesofnucleotideexcisionrepair AT tsidulkoayu synthesisofmodeldnaandtheirapplicationassubstratesofnucleotideexcisionrepair AT petrusevaio synthesisofmodeldnaandtheirapplicationassubstratesofnucleotideexcisionrepair AT korolevals synthesisofmodeldnaandtheirapplicationassubstratesofnucleotideexcisionrepair AT serpokrylovaiyu synthesisofmodeldnaandtheirapplicationassubstratesofnucleotideexcisionrepair AT silnikovvn synthesisofmodeldnaandtheirapplicationassubstratesofnucleotideexcisionrepair AT lavrikoi synthesisofmodeldnaandtheirapplicationassubstratesofnucleotideexcisionrepair AT evdokimovan sintezmodelʹnihdnktaíhnêzastosuvannââksubstratívekscizíinoíreparacíínukleotidív AT tsidulkoayu sintezmodelʹnihdnktaíhnêzastosuvannââksubstratívekscizíinoíreparacíínukleotidív AT petrusevaio sintezmodelʹnihdnktaíhnêzastosuvannââksubstratívekscizíinoíreparacíínukleotidív AT korolevals sintezmodelʹnihdnktaíhnêzastosuvannââksubstratívekscizíinoíreparacíínukleotidív AT serpokrylovaiyu sintezmodelʹnihdnktaíhnêzastosuvannââksubstratívekscizíinoíreparacíínukleotidív AT silnikovvn sintezmodelʹnihdnktaíhnêzastosuvannââksubstratívekscizíinoíreparacíínukleotidív AT lavrikoi sintezmodelʹnihdnktaíhnêzastosuvannââksubstratívekscizíinoíreparacíínukleotidív AT evdokimovan sintezmodelʹnyhdnkiihprimenenievkačastvesubstratovékscizionnoireparaciinukleotidov AT tsidulkoayu sintezmodelʹnyhdnkiihprimenenievkačastvesubstratovékscizionnoireparaciinukleotidov AT petrusevaio sintezmodelʹnyhdnkiihprimenenievkačastvesubstratovékscizionnoireparaciinukleotidov AT korolevals sintezmodelʹnyhdnkiihprimenenievkačastvesubstratovékscizionnoireparaciinukleotidov AT serpokrylovaiyu sintezmodelʹnyhdnkiihprimenenievkačastvesubstratovékscizionnoireparaciinukleotidov AT silnikovvn sintezmodelʹnyhdnkiihprimenenievkačastvesubstratovékscizionnoireparaciinukleotidov AT lavrikoi sintezmodelʹnyhdnkiihprimenenievkačastvesubstratovékscizionnoireparaciinukleotidov |
| first_indexed |
2025-11-28T11:09:43Z |
| last_indexed |
2025-11-28T11:09:43Z |
| _version_ |
1850853576344076288 |
| description |
Aim. Nucleotide excision repair (NER) is DNA repair system responsible to remove bulky lesions from DNA. These lesions appear in DNA as consequence of UV-light irradiation or environmental stress. Study of NER is extremely important to improve action of chemotherapeutic drugs. Methods. In vitro NER-assay and photoaffinity modification were used. Results. Long linear DNA analogs mimicking NER substrates have been synthesized. DNA analogs are 137-mer duplexes containing in their internal positions nucleotides with bulky substitutes imitating lesions with fluorochloroazidopyridyl and fluorescein groups introduced using spacer fragments at the 4N and 5C positions of dCMP and dUMP (Fap-dC- and Flu-dU-DNA) and DNA containing a (+)-cis-stereoisomer of benzo[a]pyrene-N2-deoxyguanosine (BP-dG-DNA). The interaction of the modified DNA duplexes with the proteins of NER-competent HeLa extract was investigated. The substrate properties of the model DNA in the reaction ofspecific excision were shown to vary in the row Fap-dC-DNA << Flu-dU-DNA < BP-dG-DNA. Conclusions. In vitro assay show that DNA analogs represent an interesting tool for the estimation of cellular repair activities. The developed approach should be of general use forthe incorporation of NER-sensitive distortions into model DNA and seems to be very promising for repair mechanism studies.
Keywords: nucleotide excision repair, model bulky substituted DNA substrates.
Мета. Ексцизійна репарація нуклеотидів (NER) – це система репарації ДНК, відповідальна за видалення об’ємних пошкоджень зі складу ДНК. Такі пошкодження можуть виникати за впливу як опромінення ультрафіолетом, так і факторів довкілля. Вивчення системи NER є вкрай важливим для підвищення ефективності хіміотерапевтичних препаратів. Методи. Використано реакцію NER in vitro та фотоафінну модификацію. Результати. Синтезовано довгі лінійні ДНК, які імітують субстрати NER, що являють собою 137-мірні ДНК-дуплекси і містять у внутрішніх положеннях ланцюгів нуклеотиди із введеними за допомогою спейсерних фрагментів по 4N- і 5C-положеннях dC і dU фторхлоразидопіридильною і флуоресцеїновою групами (Fap-dC- і Flu-dU- ДНК), а такожДНК, яка вміщує (+)-цис-стереоізомер бензо[a]пі рен-N2- дезоксигуанозину. Досліджено взаємодію модифікованих ДНК-дуплексів з білками NER-компетентного екстракту клітин HeLa. Показано, що субстратні властивості модельних ДНК у реакції специфічної ексцизії змінюються в ряду Fap-dC-ДНК << Flu-dU-ДНК < BP-dG-ДНК. Висновки. Дослідженнями in vitro встановлено, що ДНК-аналоги є важливим інструментом для оцінки клітинної репарації. Розроблений підхід виявився універсальним для включення до складу ДНК пошкоджень, які упізнаються системою NER, а також досить перспективним для вивчення механізмів репарації.
Ключові слова: ексцизійна репарація нуклеотидів, модельні ДНК-субстрати.
Цель. Эксцизионная репарация нуклеотидов (NER) – это система репарации ДНК, отвечающая за удаление объемных повреждений из состава ДНК. Такие повреждения могут появляться под воздействием как облучения ультрафиолетом, так и факторов окружающей среды. Изучение системы NER крайне важно для повышения эффективности химиотерапевтических препаратов. Методы. Использованы реакция NER in vitro и фотоаффинная модификаця. Результаты. Синтезированы протяженные линейные ДНК, имитирующие субстраты NER, которые представляют собой 137-мерные ДНК-дуплексы, содержащие во внутренних положениях цепей нуклеотиды с введенными с помощью спейсерных фрагментов по 4N- и 5C-положениям dC и dU фторхлоразидопиридильной и флуоресцеиновой группировками (Fap-dC- и Flu-dU- ДНК), а также ДНК, включающая (+)-цис-стереоизомер бензо[a]пирен-N2-дезоксигуанозина. Исследовано взаимодействие модифицированных ДНК-дуплексов с белками NER-компетентно го экстракта клеток HeLa. Показано, что субстратные свойства модельных ДНК в реакции специфической эксцизии меняются в ряду Fap-dC-ДНК << Flu-dU-ДНК < BP-dG-ДНК. Выводы. Исследованиями in vitro установлено, что ДНК- аналоги являются важным инструментом для оценки клеточной репарации. Разработанный подход оказался универсальным для включения в состав ДНК повреждений, узнаваемых системой NER, а также достаточно перспективным для изучения механизмов репарации.
Ключевые слова: эксцизионная репарация нуклеотидов, модельные ДНК-субстраты.
|