Структурные характеристики интеркаляционного комплекса шпилечной формы дезоксигептануклеотида d(GCGAAGC) с антрациклиновым антибиотиком дауномицином - Костюков, В.В.; Пахомов, В.И.; Дымант, Л.Н. (Біополімери і клітина, 2006)
Методами одно- и двухмерной ¹H ЯМР-спектроскопии и молекулярной механики исследован интеркаляционный комплекс шпильки дезоксигептануклеотида d(GCGAAGC) с антрациклиновым антибиотиком дауномицином в водно-солевом растворе. Определены равновесные термодинамические параметры комплексообразования, рассчитана пространственная структура комплекса, проведен сравнительный анализ конформационных и энергетических параметров шпильки гептамера без лиганда и в составе комплекса. Изучена молекулярная динамика комплекса в наносекундном временном интервале, оценена подвижность его структурных элементов. Проанал Методами одно- та двовимірної ¹H ЯМР-спектроскопи і молекулярної механіки досліджено інтеркаляційний комплекс шпильки дезоксигептануклеотиду d(GCGAAGC) з антрацикліновим антибіотиком дауноміцином у водно-сольовому розчині. Визначено рівноважні термодинамічні параметри комплексоутворення, розраховано просторову структуру комплексу, проведено порівняльний аналіз конформаційних та енергетичних параметрів гептамеру без ліганду та в складі комплексу. Вивчено молекулярну динаміку комплексу у наносекундному часовому інтервалі, оцінено рухливість його структурних елементів. Проаналізовано взаємодію комплексу з найближчим водним оточенням.изировано взаимодействие комплекса с ближайшим водным окружением. The investigation of intercalation complex of deoxyheptanucleotide d(GCGAAGC) hairpin and anthracycline antibiotic daunomycin (DAU) in aqueous-saline solution has been performed by one- and two-dimensional ¹H NMR spectroscopy and molecular mechanics methods. The equilibrium thermodynamic parameters of complexation have been obtained. The spatial structure of the complex has been calculated and the comparative analysis of conformational and energetic parameters of associated and free heptamer hairpin has been carried out. The molecular dynamics of the complex in nanosecond time scale has been studied and mobility of structure elements has been evaluated. The interaction of the complex of heptamer-DAU with nearest hydration shell has been analyzed.