PTI-1: novel way to oncogenicity
Aim. The prostate tumor-inducing oncogene (PTI-1), presumably encoding a truncated form of eukaryotic translation elongation factor 1A1 (eEF1A1), was discovered as a gene overexpressed in prostate tumor samples and absent in normal tissues. The mechanism of PTI-1 oncogenicity remains obscure. Method...
Збережено в:
| Опубліковано в: : | Вiopolymers and Cell |
|---|---|
| Дата: | 2012 |
| Автори: | , , , , , , |
| Формат: | Стаття |
| Мова: | Англійська |
| Опубліковано: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2012
|
| Теми: | |
| Онлайн доступ: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/156941 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Цитувати: | PTI-1: novel way to oncogenicity / A.A. Vislovukh, V.F. Shalak, O.V. Savytskyi, N.I. Kovalenko, N.L. Gralievska, B.S. Negrutskii, A.V. El’skaya // Вiopolymers and Cell. — 2012. — Т. 28, № 5. — С. 404-410. — Бібліогр.: 47 назв. — англ. |
Репозитарії
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1862738584939790336 |
|---|---|
| author | Vislovukh, A.A. Shalak, V.F. Savytskyi, O.V. Kovalenko, N.I. Gralievska, N.L. Negrutskii, B.S. El’skaya, A.V. |
| author_facet | Vislovukh, A.A. Shalak, V.F. Savytskyi, O.V. Kovalenko, N.I. Gralievska, N.L. Negrutskii, B.S. El’skaya, A.V. |
| citation_txt | PTI-1: novel way to oncogenicity / A.A. Vislovukh, V.F. Shalak, O.V. Savytskyi, N.I. Kovalenko, N.L. Gralievska, B.S. Negrutskii, A.V. El’skaya // Вiopolymers and Cell. — 2012. — Т. 28, № 5. — С. 404-410. — Бібліогр.: 47 назв. — англ. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Вiopolymers and Cell |
| description | Aim. The prostate tumor-inducing oncogene (PTI-1), presumably encoding a truncated form of eukaryotic translation elongation factor 1A1 (eEF1A1), was discovered as a gene overexpressed in prostate tumor samples and absent in normal tissues. The mechanism of PTI-1 oncogenicity remains obscure. Methods. Several bioinformatics methods were applied to analyze the PTI-1 mRNA structure, translation efficiency and coding potential. Results. In silico analysis of 5'UTR of its mRNA suggest that PTI-1 mRNA most probably belongs to the class of templates with low translation efficiency. Additionally, novel open reading frame (ORF) starting with alternative initiation site situated upstream of the main ORF start codon was found. Finally, the peptide that does not resemble eEF1A1 but is partially homologous to relaxin can be synthesized. Conclusions. We suggest that the alternative upstream start codon may initiate synthesis of a peptide (uPTI-1) homologous to relaxin, the hormone shown to promote the prostate cancer progression. uPTI-1 protein may interact with the respective relaxin-specific receptors, suggesting that the tumorigenic outcome of PTI-1 is possibly realized via the relaxin-dependent pathway.
Keywords: prostate cancer, PTI-1, eEF1A1, non-coding RNA, relaxin, ORF, uAUG.
Мета. Онкоген, який індукує рак простати (PTI-1), може кодувати вкорочену форму фактора елонгації eEF1A1. PTI-1 відкрито як ген, що надекспресується у зразках раку простати і не екпресується у нормальній тканині. Механізм онкогенної дії PTI-1 на сьогодні залишається нез’ясованим. Методи. Біоінформатичні методи застосовано для аналізу структури, ефективності трансляції і кодуючого потенціалу мРНК PTI-1. Результати. Аналізом in silico 5'UTR мРНК PTI-1 виявлено, що зазначений транскрипт належить до класу мРНК з низькою ефективністю трансляції. Додатково визначено нову відкриту рамку зчитування (ORF), яка починається з альтернативного старт-кодону і передує основній ORF. Пептид, що не має гомології з eEF1A1, але частково гомологічний релаксину, потенційно може синтезуватися з цієї альтернативної ORF. Висновки. Ми припустили, що з альтернативного старт-кодону починається синтез пептиду (uPTI-1), гомологічного релаксину, – гормону, що, як відомо, бере участь в індукції раку простати. Білок uPTI-1 може взаємодіяти з відповідним рецептором клітини, специфічним для релаксину, спричиняючи її трансформацію. Таким чином, онкогенна дія гена PTI-1 може реалізуватися релаксин-опосередкованим шляхом.
Ключові слова: рак простати, PTI-1, eEF1A1, некодуюча РНК, релаксин, ORF, uAUG.
Цель. Онкоген, индуцирующий рак простаты (PTI-1), может кодировать укороченную форму фактора элонгации eEF1A1. PTI-1 открыт как ген, сверхэкспрессирующийся в образцах рака простаты и не экспрессирующийся в нормальной ткани. Механизм онкогенного действия PTI-1 на сегодня остается неизвестным. Методы. Биоинформатические методы применены для анализа структуры, эффективности трансляции и кодирующего потенциала мРНК PTI-1. Результаты. С использованием анализа in silico 5'UTR мРНК PTI-1 виявлено, что указанный транскрипт принадлежит к классу мРНК с низкой эффективностью трансляции. Дополнительно определена новая открытая рамка считывания (ORF), начинающаяся с альтернативного старт-кодона и находящаяся перед основной ORF. Пептид, не имеющий гомологии с eEF1A1, но частично гомологичный релаксину, потенциально может синтезироваться с этой альтернативной ORF. Выводы. Мы предположили, что с альтернативного старт-кодона начинается синтез пептида (uPTI-1), гомологичного релаксину, – гормону, участвующему, как известно, в индукции рака простаты. Белок uPTI-1 может взаимодействовать с соответствующим рецептором клетки, специфическим для релаксина, приводя к ее трансформации. Таким образом, онкогенное действие гена PTI-1 может реализоваться релаксин-опосредованным путем.
Ключевые слова: рак простаты, PTI-1, eEF1A1, некодирующая РНК, релаксин, ORF, uAUG.
|
| first_indexed | 2025-12-07T20:04:15Z |
| format | Article |
| fulltext | |
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-156941 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 0233-7657 |
| language | English |
| last_indexed | 2025-12-07T20:04:15Z |
| publishDate | 2012 |
| publisher | Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Vislovukh, A.A. Shalak, V.F. Savytskyi, O.V. Kovalenko, N.I. Gralievska, N.L. Negrutskii, B.S. El’skaya, A.V. 2019-06-19T11:14:49Z 2019-06-19T11:14:49Z 2012 PTI-1: novel way to oncogenicity / A.A. Vislovukh, V.F. Shalak, O.V. Savytskyi, N.I. Kovalenko, N.L. Gralievska, B.S. Negrutskii, A.V. El’skaya // Вiopolymers and Cell. — 2012. — Т. 28, № 5. — С. 404-410. — Бібліогр.: 47 назв. — англ. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.00006C https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/156941 577.2 + 616-006 Aim. The prostate tumor-inducing oncogene (PTI-1), presumably encoding a truncated form of eukaryotic translation elongation factor 1A1 (eEF1A1), was discovered as a gene overexpressed in prostate tumor samples and absent in normal tissues. The mechanism of PTI-1 oncogenicity remains obscure. Methods. Several bioinformatics methods were applied to analyze the PTI-1 mRNA structure, translation efficiency and coding potential. Results. In silico analysis of 5'UTR of its mRNA suggest that PTI-1 mRNA most probably belongs to the class of templates with low translation efficiency. Additionally, novel open reading frame (ORF) starting with alternative initiation site situated upstream of the main ORF start codon was found. Finally, the peptide that does not resemble eEF1A1 but is partially homologous to relaxin can be synthesized. Conclusions. We suggest that the alternative upstream start codon may initiate synthesis of a peptide (uPTI-1) homologous to relaxin, the hormone shown to promote the prostate cancer progression. uPTI-1 protein may interact with the respective relaxin-specific receptors, suggesting that the tumorigenic outcome of PTI-1 is possibly realized via the relaxin-dependent pathway.
 Keywords: prostate cancer, PTI-1, eEF1A1, non-coding RNA, relaxin, ORF, uAUG. Мета. Онкоген, який індукує рак простати (PTI-1), може кодувати вкорочену форму фактора елонгації eEF1A1. PTI-1 відкрито як ген, що надекспресується у зразках раку простати і не екпресується у нормальній тканині. Механізм онкогенної дії PTI-1 на сьогодні залишається нез’ясованим. Методи. Біоінформатичні методи застосовано для аналізу структури, ефективності трансляції і кодуючого потенціалу мРНК PTI-1. Результати. Аналізом in silico 5'UTR мРНК PTI-1 виявлено, що зазначений транскрипт належить до класу мРНК з низькою ефективністю трансляції. Додатково визначено нову відкриту рамку зчитування (ORF), яка починається з альтернативного старт-кодону і передує основній ORF. Пептид, що не має гомології з eEF1A1, але частково гомологічний релаксину, потенційно може синтезуватися з цієї альтернативної ORF. Висновки. Ми припустили, що з альтернативного старт-кодону починається синтез пептиду (uPTI-1), гомологічного релаксину, – гормону, що, як відомо, бере участь в індукції раку простати. Білок uPTI-1 може взаємодіяти з відповідним рецептором клітини, специфічним для релаксину, спричиняючи її трансформацію. Таким чином, онкогенна дія гена PTI-1 може реалізуватися релаксин-опосередкованим шляхом.
 Ключові слова: рак простати, PTI-1, eEF1A1, некодуюча РНК, релаксин, ORF, uAUG. Цель. Онкоген, индуцирующий рак простаты (PTI-1), может кодировать укороченную форму фактора элонгации eEF1A1. PTI-1 открыт как ген, сверхэкспрессирующийся в образцах рака простаты и не экспрессирующийся в нормальной ткани. Механизм онкогенного действия PTI-1 на сегодня остается неизвестным. Методы. Биоинформатические методы применены для анализа структуры, эффективности трансляции и кодирующего потенциала мРНК PTI-1. Результаты. С использованием анализа in silico 5'UTR мРНК PTI-1 виявлено, что указанный транскрипт принадлежит к классу мРНК с низкой эффективностью трансляции. Дополнительно определена новая открытая рамка считывания (ORF), начинающаяся с альтернативного старт-кодона и находящаяся перед основной ORF. Пептид, не имеющий гомологии с eEF1A1, но частично гомологичный релаксину, потенциально может синтезироваться с этой альтернативной ORF. Выводы. Мы предположили, что с альтернативного старт-кодона начинается синтез пептида (uPTI-1), гомологичного релаксину, – гормону, участвующему, как известно, в индукции рака простаты. Белок uPTI-1 может взаимодействовать с соответствующим рецептором клетки, специфическим для релаксина, приводя к ее трансформации. Таким образом, онкогенное действие гена PTI-1 может реализоваться релаксин-опосредованным путем.
 Ключевые слова: рак простаты, PTI-1, eEF1A1, некодирующая РНК, релаксин, ORF, uAUG. Authors would like to thank
 Anton Iershov and Semen Yesylevskyy for consultations on python script methodology of modeling in silico and some technical support. We thank Charlotte
 R. Knudsen for stimulating discussions. en Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Вiopolymers and Cell Bioinformatics PTI-1: novel way to oncogenicity PTI-1: новий шлях участі в онкогенезі PTI-1: новый путь участия в онкогенезе Article published earlier |
| spellingShingle | PTI-1: novel way to oncogenicity Vislovukh, A.A. Shalak, V.F. Savytskyi, O.V. Kovalenko, N.I. Gralievska, N.L. Negrutskii, B.S. El’skaya, A.V. Bioinformatics |
| title | PTI-1: novel way to oncogenicity |
| title_alt | PTI-1: новий шлях участі в онкогенезі PTI-1: новый путь участия в онкогенезе |
| title_full | PTI-1: novel way to oncogenicity |
| title_fullStr | PTI-1: novel way to oncogenicity |
| title_full_unstemmed | PTI-1: novel way to oncogenicity |
| title_short | PTI-1: novel way to oncogenicity |
| title_sort | pti-1: novel way to oncogenicity |
| topic | Bioinformatics |
| topic_facet | Bioinformatics |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/156941 |
| work_keys_str_mv | AT vislovukhaa pti1novelwaytooncogenicity AT shalakvf pti1novelwaytooncogenicity AT savytskyiov pti1novelwaytooncogenicity AT kovalenkoni pti1novelwaytooncogenicity AT gralievskanl pti1novelwaytooncogenicity AT negrutskiibs pti1novelwaytooncogenicity AT elskayaav pti1novelwaytooncogenicity AT vislovukhaa pti1noviišlâhučastívonkogenezí AT shalakvf pti1noviišlâhučastívonkogenezí AT savytskyiov pti1noviišlâhučastívonkogenezí AT kovalenkoni pti1noviišlâhučastívonkogenezí AT gralievskanl pti1noviišlâhučastívonkogenezí AT negrutskiibs pti1noviišlâhučastívonkogenezí AT elskayaav pti1noviišlâhučastívonkogenezí AT vislovukhaa pti1novyiputʹučastiâvonkogeneze AT shalakvf pti1novyiputʹučastiâvonkogeneze AT savytskyiov pti1novyiputʹučastiâvonkogeneze AT kovalenkoni pti1novyiputʹučastiâvonkogeneze AT gralievskanl pti1novyiputʹučastiâvonkogeneze AT negrutskiibs pti1novyiputʹučastiâvonkogeneze AT elskayaav pti1novyiputʹučastiâvonkogeneze |