Особенности процесса самоассоциации дезоксигексануклеотида 5'-d(GpCpApTpGpC) и его комплексообразования с антрациклиновым антибиотиком дауномицином в водном растворе

Особенности процесса самоассоциации дезоксигексануклеотида 5'-d(GpCpApTpGpC) и его комплексообразования с антрациклиновым антибиотиком дауномицином в водном растворе

Методами одномерной и двухмерной корреляционной 1Н-ЯМР спектроскопии (2M-TOCSY и 2M-NOESY) исследована самоассоциация самокомплементарного дезоксигексануклеотида 5'-d(GpCpApTpGpC) и его комплексообразование с противоопухолевым антибиотиком дауномицином в водном растворе. Измерены концентрационн...

Full description

Saved in:
Bibliographic Details
Published in:Біополімери і клітина
Date:2004
Main Authors: Веселков, А.Н., Итон, Р.Дж., Пахомов, В.И., Рогова, О.В., Волынкин, В.С., Семанин, А.В., Дымант, Л.Н., Дэвис, Д.Б.
Format: Article
Language:Russian
Published: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2004
Subjects:
Структура та функції біополімерів
Online Access:https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/157208
Tags: Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
Journal Title:Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Cite this:Особенности процесса самоассоциации дезоксигексануклеотида 5'-d(GpCpApTpGpC) и его комплексообразования с антрациклиновым антибиотиком дауномицином в водном растворе / А.Н. Веселков, Р.Дж. Итон, В.И. Пахомов, О.В. Рогова, В.С. Волынкин, А.В. Семанин, Л.Н. Дымант, Д.Б. Дэвис // Біополімери і клітина. — 2004. — Т. 20, № 6. — С. 479-492. — Бібліогр.: 60 назв. — рос.

Institution

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
id nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-157208
record_format dspace
spelling Веселков, А.Н.
Итон, Р.Дж.
Пахомов, В.И.
Рогова, О.В.
Волынкин, В.С.
Семанин, А.В.
Дымант, Л.Н.
Дэвис, Д.Б.
2019-06-19T19:43:52Z
2019-06-19T19:43:52Z
2004
Особенности процесса самоассоциации дезоксигексануклеотида 5'-d(GpCpApTpGpC) и его комплексообразования с антрациклиновым антибиотиком дауномицином в водном растворе / А.Н. Веселков, Р.Дж. Итон, В.И. Пахомов, О.В. Рогова, В.С. Волынкин, А.В. Семанин, Л.Н. Дымант, Д.Б. Дэвис // Біополімери і клітина. — 2004. — Т. 20, № 6. — С. 479-492. — Бібліогр.: 60 назв. — рос.
0233-7657
DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.0006CD
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/157208
577.113
Методами одномерной и двухмерной корреляционной 1Н-ЯМР спектроскопии (2M-TOCSY и 2M-NOESY) исследована самоассоциация самокомплементарного дезоксигексануклеотида 5'-d(GpCpApTpGpC) и его комплексообразование с противоопухолевым антибиотиком дауномицином в водном растворе. Измерены концентрационные и температурные зависимости химических сдвигов необменивающихся протонов дезоксигексануклеотида и дауномицина, по которым рассчитаны равновесные константы и термодинамические параметры (ΔН и ΔS) реакций образования дуплекса d(GCATGC) и комплексов гексамера с антибиотиком. На основе анализа изменений протонных химических сдвигов гексамера в области низких концентраций и при сравнительно невысоких температурах сделано предположение о формировании последовательностью d(GCATGC) компактной структуры (например, подобной шпильке) в водном растворе. Построены пространственные структуры шпильки и интеркаляционного комплекса дауномицина с дуплексом гексамера d(GCATGC) методами молекулярной механики с использованием программы X-PLOR. Проведен сравнительный анализ параметров образования комплексов антибиотика дауномицина с дезоксигексануклеотидами различной последовательности оснований в цепи.
Методами одно- і двовимірної кореляційної 1Н-ЯМР спектро­скопи (2M-TOCSY і 2M-NOESY) досліджено самоасоціацію самокомплементарного дезоксигексануклеотиду 5'-d(GpCpApTpGp) і його комплексоутворення з протипухлинним ан­тибіотиком дауноміцином у водному розчині. Визначено кон­центраційні і температурні залежності хімічних зсувів необмінних протонів дезоксигексануклеотиду і дауноміцину, за якими розраховано рівноважні константи і термодинамічні параметри (ΔН і ΔS) реакцій утворення дуплексу d(GCATGC) і комплексів гексамеру з антибіотиком. На основі аналізу змін протонних хімічних зсувів гексамеру в області низьких концентрацій і при порівняно невисоких температурах зроблено припущення про формування послідовністю d(GCATGC) ком­пактної структури (наприклад, подібній до шпильки) у водно­му розчині. Побудовано просторові структури итильки та інтеркаляцийного комплексу дауноміцину з дуплексом гексаме­ру d(GCATGC) методами молекулярної механіки з використанням програми X-PLOR. Проведено порівняльний аналіз параметрів утворення комплексів антибіотика дауноміцину з дезоксигексануклеотидами різної послідовності основ у лан­цюзі.
The self-association of self-complementary deoxyhexanucleotide 5'-d(GpCpApTpGpC) and its complexation with antitumor antibiotic daunomycin have been investigated in aqueous solution using 1D- and 2D-1H NMR correlation spectroscopy (2D-TOCSY and 2D-NOESY). Measurements of the concentration and temperature dependences of chemical shifts of nonexchangeable protons of deoxyhexanucleotide and daunomycin have been used to calculate the equilibrium constants and thermodynamical parameters (ΔH and ΔS) of d(GCATGC) duplex formation and complexation of the hexamer with the antibiotic. Based on the analysis of the proton chemical shifts of the hexamer at small concentrations and at relatively low temperatures, it has been assumed that the hexamer d(GCATGC) forms a compact structure (e.g. similar to a hairpin) in aqueous solution. The spatial structures of the hairpin and the intercalated complex of daunomycin with the duplex of the hexamer d(GCATGC) have been determined by molecular mechanics methods using X-PLOR software. Comparative analysis of the parameters of complex formation between antibiotic daunomycin and deoxyhexanucleotides of different base sequence has been made.
Авторы выражают благодарность Объединенному исследовательскому центру Лондонского университета в Беркбек колледже за предоставленную возможность использовать для измерений ЯМР спектрометр 500 МГц.
ru
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
Біополімери і клітина
Структура та функції біополімерів
Особенности процесса самоассоциации дезоксигексануклеотида 5'-d(GpCpApTpGpC) и его комплексообразования с антрациклиновым антибиотиком дауномицином в водном растворе
Особливості процесу самоасоціації дезоксигексануклеотиду 5'- d(GpCpApTpGp) і його комплексоутворення з антрацикліновим антибіотиком дауноміцином у водному розчині
Distinctive features of the self-association of deoxyhexanucleotide 5'-d(GpCpApTpGpC) and its complexation with anthracycline antibiotic daunomycin in aqueous solution
Article
published earlier
institution Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection DSpace DC
title Особенности процесса самоассоциации дезоксигексануклеотида 5'-d(GpCpApTpGpC) и его комплексообразования с антрациклиновым антибиотиком дауномицином в водном растворе
spellingShingle Особенности процесса самоассоциации дезоксигексануклеотида 5'-d(GpCpApTpGpC) и его комплексообразования с антрациклиновым антибиотиком дауномицином в водном растворе
Веселков, А.Н.
Итон, Р.Дж.
Пахомов, В.И.
Рогова, О.В.
Волынкин, В.С.
Семанин, А.В.
Дымант, Л.Н.
Дэвис, Д.Б.
Структура та функції біополімерів
title_short Особенности процесса самоассоциации дезоксигексануклеотида 5'-d(GpCpApTpGpC) и его комплексообразования с антрациклиновым антибиотиком дауномицином в водном растворе
title_full Особенности процесса самоассоциации дезоксигексануклеотида 5'-d(GpCpApTpGpC) и его комплексообразования с антрациклиновым антибиотиком дауномицином в водном растворе
title_fullStr Особенности процесса самоассоциации дезоксигексануклеотида 5'-d(GpCpApTpGpC) и его комплексообразования с антрациклиновым антибиотиком дауномицином в водном растворе
title_full_unstemmed Особенности процесса самоассоциации дезоксигексануклеотида 5'-d(GpCpApTpGpC) и его комплексообразования с антрациклиновым антибиотиком дауномицином в водном растворе
title_sort особенности процесса самоассоциации дезоксигексануклеотида 5'-d(gpcpaptpgpc) и его комплексообразования с антрациклиновым антибиотиком дауномицином в водном растворе
author Веселков, А.Н.
Итон, Р.Дж.
Пахомов, В.И.
Рогова, О.В.
Волынкин, В.С.
Семанин, А.В.
Дымант, Л.Н.
Дэвис, Д.Б.
author_facet Веселков, А.Н.
Итон, Р.Дж.
Пахомов, В.И.
Рогова, О.В.
Волынкин, В.С.
Семанин, А.В.
Дымант, Л.Н.
Дэвис, Д.Б.
topic Структура та функції біополімерів
topic_facet Структура та функції біополімерів
publishDate 2004
language Russian
container_title Біополімери і клітина
publisher Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
format Article
title_alt Особливості процесу самоасоціації дезоксигексануклеотиду 5'- d(GpCpApTpGp) і його комплексоутворення з антрацикліновим антибіотиком дауноміцином у водному розчині
Distinctive features of the self-association of deoxyhexanucleotide 5'-d(GpCpApTpGpC) and its complexation with anthracycline antibiotic daunomycin in aqueous solution
description Методами одномерной и двухмерной корреляционной 1Н-ЯМР спектроскопии (2M-TOCSY и 2M-NOESY) исследована самоассоциация самокомплементарного дезоксигексануклеотида 5'-d(GpCpApTpGpC) и его комплексообразование с противоопухолевым антибиотиком дауномицином в водном растворе. Измерены концентрационные и температурные зависимости химических сдвигов необменивающихся протонов дезоксигексануклеотида и дауномицина, по которым рассчитаны равновесные константы и термодинамические параметры (ΔН и ΔS) реакций образования дуплекса d(GCATGC) и комплексов гексамера с антибиотиком. На основе анализа изменений протонных химических сдвигов гексамера в области низких концентраций и при сравнительно невысоких температурах сделано предположение о формировании последовательностью d(GCATGC) компактной структуры (например, подобной шпильке) в водном растворе. Построены пространственные структуры шпильки и интеркаляционного комплекса дауномицина с дуплексом гексамера d(GCATGC) методами молекулярной механики с использованием программы X-PLOR. Проведен сравнительный анализ параметров образования комплексов антибиотика дауномицина с дезоксигексануклеотидами различной последовательности оснований в цепи. Методами одно- і двовимірної кореляційної 1Н-ЯМР спектро­скопи (2M-TOCSY і 2M-NOESY) досліджено самоасоціацію самокомплементарного дезоксигексануклеотиду 5'-d(GpCpApTpGp) і його комплексоутворення з протипухлинним ан­тибіотиком дауноміцином у водному розчині. Визначено кон­центраційні і температурні залежності хімічних зсувів необмінних протонів дезоксигексануклеотиду і дауноміцину, за якими розраховано рівноважні константи і термодинамічні параметри (ΔН і ΔS) реакцій утворення дуплексу d(GCATGC) і комплексів гексамеру з антибіотиком. На основі аналізу змін протонних хімічних зсувів гексамеру в області низьких концентрацій і при порівняно невисоких температурах зроблено припущення про формування послідовністю d(GCATGC) ком­пактної структури (наприклад, подібній до шпильки) у водно­му розчині. Побудовано просторові структури итильки та інтеркаляцийного комплексу дауноміцину з дуплексом гексаме­ру d(GCATGC) методами молекулярної механіки з використанням програми X-PLOR. Проведено порівняльний аналіз параметрів утворення комплексів антибіотика дауноміцину з дезоксигексануклеотидами різної послідовності основ у лан­цюзі. The self-association of self-complementary deoxyhexanucleotide 5'-d(GpCpApTpGpC) and its complexation with antitumor antibiotic daunomycin have been investigated in aqueous solution using 1D- and 2D-1H NMR correlation spectroscopy (2D-TOCSY and 2D-NOESY). Measurements of the concentration and temperature dependences of chemical shifts of nonexchangeable protons of deoxyhexanucleotide and daunomycin have been used to calculate the equilibrium constants and thermodynamical parameters (ΔH and ΔS) of d(GCATGC) duplex formation and complexation of the hexamer with the antibiotic. Based on the analysis of the proton chemical shifts of the hexamer at small concentrations and at relatively low temperatures, it has been assumed that the hexamer d(GCATGC) forms a compact structure (e.g. similar to a hairpin) in aqueous solution. The spatial structures of the hairpin and the intercalated complex of daunomycin with the duplex of the hexamer d(GCATGC) have been determined by molecular mechanics methods using X-PLOR software. Comparative analysis of the parameters of complex formation between antibiotic daunomycin and deoxyhexanucleotides of different base sequence has been made.
issn 0233-7657
url https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/157208
citation_txt Особенности процесса самоассоциации дезоксигексануклеотида 5'-d(GpCpApTpGpC) и его комплексообразования с антрациклиновым антибиотиком дауномицином в водном растворе / А.Н. Веселков, Р.Дж. Итон, В.И. Пахомов, О.В. Рогова, В.С. Волынкин, А.В. Семанин, Л.Н. Дымант, Д.Б. Дэвис // Біополімери і клітина. — 2004. — Т. 20, № 6. — С. 479-492. — Бібліогр.: 60 назв. — рос.
work_keys_str_mv AT veselkovan osobennostiprocessasamoassociaciidezoksigeksanukleotida5dgpcpaptpgpciegokompleksoobrazovaniâsantraciklinovymantibiotikomdaunomicinomvvodnomrastvore
AT itonrdž osobennostiprocessasamoassociaciidezoksigeksanukleotida5dgpcpaptpgpciegokompleksoobrazovaniâsantraciklinovymantibiotikomdaunomicinomvvodnomrastvore
AT pahomovvi osobennostiprocessasamoassociaciidezoksigeksanukleotida5dgpcpaptpgpciegokompleksoobrazovaniâsantraciklinovymantibiotikomdaunomicinomvvodnomrastvore
AT rogovaov osobennostiprocessasamoassociaciidezoksigeksanukleotida5dgpcpaptpgpciegokompleksoobrazovaniâsantraciklinovymantibiotikomdaunomicinomvvodnomrastvore
AT volynkinvs osobennostiprocessasamoassociaciidezoksigeksanukleotida5dgpcpaptpgpciegokompleksoobrazovaniâsantraciklinovymantibiotikomdaunomicinomvvodnomrastvore
AT semaninav osobennostiprocessasamoassociaciidezoksigeksanukleotida5dgpcpaptpgpciegokompleksoobrazovaniâsantraciklinovymantibiotikomdaunomicinomvvodnomrastvore
AT dymantln osobennostiprocessasamoassociaciidezoksigeksanukleotida5dgpcpaptpgpciegokompleksoobrazovaniâsantraciklinovymantibiotikomdaunomicinomvvodnomrastvore
AT dévisdb osobennostiprocessasamoassociaciidezoksigeksanukleotida5dgpcpaptpgpciegokompleksoobrazovaniâsantraciklinovymantibiotikomdaunomicinomvvodnomrastvore
AT veselkovan osoblivostíprocesusamoasocíacíídezoksigeksanukleotidu5dgpcpaptpgpíiogokompleksoutvorennâzantraciklínovimantibíotikomdaunomícinomuvodnomurozčiní
AT itonrdž osoblivostíprocesusamoasocíacíídezoksigeksanukleotidu5dgpcpaptpgpíiogokompleksoutvorennâzantraciklínovimantibíotikomdaunomícinomuvodnomurozčiní
AT pahomovvi osoblivostíprocesusamoasocíacíídezoksigeksanukleotidu5dgpcpaptpgpíiogokompleksoutvorennâzantraciklínovimantibíotikomdaunomícinomuvodnomurozčiní
AT rogovaov osoblivostíprocesusamoasocíacíídezoksigeksanukleotidu5dgpcpaptpgpíiogokompleksoutvorennâzantraciklínovimantibíotikomdaunomícinomuvodnomurozčiní
AT volynkinvs osoblivostíprocesusamoasocíacíídezoksigeksanukleotidu5dgpcpaptpgpíiogokompleksoutvorennâzantraciklínovimantibíotikomdaunomícinomuvodnomurozčiní
AT semaninav osoblivostíprocesusamoasocíacíídezoksigeksanukleotidu5dgpcpaptpgpíiogokompleksoutvorennâzantraciklínovimantibíotikomdaunomícinomuvodnomurozčiní
AT dymantln osoblivostíprocesusamoasocíacíídezoksigeksanukleotidu5dgpcpaptpgpíiogokompleksoutvorennâzantraciklínovimantibíotikomdaunomícinomuvodnomurozčiní
AT dévisdb osoblivostíprocesusamoasocíacíídezoksigeksanukleotidu5dgpcpaptpgpíiogokompleksoutvorennâzantraciklínovimantibíotikomdaunomícinomuvodnomurozčiní
AT veselkovan distinctivefeaturesoftheselfassociationofdeoxyhexanucleotide5dgpcpaptpgpcanditscomplexationwithanthracyclineantibioticdaunomycininaqueoussolution
AT itonrdž distinctivefeaturesoftheselfassociationofdeoxyhexanucleotide5dgpcpaptpgpcanditscomplexationwithanthracyclineantibioticdaunomycininaqueoussolution
AT pahomovvi distinctivefeaturesoftheselfassociationofdeoxyhexanucleotide5dgpcpaptpgpcanditscomplexationwithanthracyclineantibioticdaunomycininaqueoussolution
AT rogovaov distinctivefeaturesoftheselfassociationofdeoxyhexanucleotide5dgpcpaptpgpcanditscomplexationwithanthracyclineantibioticdaunomycininaqueoussolution
AT volynkinvs distinctivefeaturesoftheselfassociationofdeoxyhexanucleotide5dgpcpaptpgpcanditscomplexationwithanthracyclineantibioticdaunomycininaqueoussolution
AT semaninav distinctivefeaturesoftheselfassociationofdeoxyhexanucleotide5dgpcpaptpgpcanditscomplexationwithanthracyclineantibioticdaunomycininaqueoussolution
AT dymantln distinctivefeaturesoftheselfassociationofdeoxyhexanucleotide5dgpcpaptpgpcanditscomplexationwithanthracyclineantibioticdaunomycininaqueoussolution
AT dévisdb distinctivefeaturesoftheselfassociationofdeoxyhexanucleotide5dgpcpaptpgpcanditscomplexationwithanthracyclineantibioticdaunomycininaqueoussolution
first_indexed 2025-11-29T00:25:16Z
last_indexed 2025-11-29T00:25:16Z
_version_ 1850854298046431233

Similar Items