The Shine-Dalgarno hybrid during initiation of translation and elongation

The Shine-Dalgarno hybrid during initiation of translation and elongation

It was unknown whether a synthetic Shine-Dalgarno (SD) oligonucleotide labelled with ³²P at its 5'-end ([³²P]oct) would be able to reach the anti-SD sequence of 16S rRNA at the early stages of translation only or during elongation. To verify this, [³²P]oct was incubated with 30S ribosomal subun...

Ausführliche Beschreibung

Gespeichert in:
Bibliographische Detailangaben
Veröffentlicht in:Біополімери і клітина
Datum:2007
Hauptverfasser: Maraschio, D., La Teana, A., Volpe, P.
Format: Artikel
Sprache:English
Veröffentlicht: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2007
Schlagworte:
Матеріали семінару
Online Zugang:https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/157528
Tags: Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
Назва журналу:Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Zitieren:The Shine-Dalgarno hybrid during initiation of translation and elongation / D. Maraschio, Teana La, P. Volpe // Біополімери і клітина. — 2007. — Т. 23, № 3. — С. 243-249. — Бібліогр.: 18 назв. — англ.

Institution

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
id nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-157528
record_format dspace
spelling Maraschio, D.
La Teana, A.
Volpe, P.
2019-06-20T04:21:31Z
2019-06-20T04:21:31Z
2007
The Shine-Dalgarno hybrid during initiation of translation and elongation / D. Maraschio, Teana La, P. Volpe // Біополімери і клітина. — 2007. — Т. 23, № 3. — С. 243-249. — Бібліогр.: 18 назв. — англ.
0233-7657
DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.000768
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/157528
It was unknown whether a synthetic Shine-Dalgarno (SD) oligonucleotide labelled with ³²P at its 5'-end ([³²P]oct) would be able to reach the anti-SD sequence of 16S rRNA at the early stages of translation only or during elongation. To verify this, [³²P]oct was incubated with 30S ribosomal subunits (RSUs), 70S ribosomes and polysomes, separately, while the SD/anti-SD binding was checked in them through sucrose gradients. The anti-SD sequence resulted highly available in 30S RSUs and sufficiently available in ribosomes. In both 30S RSUs and ribosomes, the addition of a model 002 mRNA in equimolar proportions displaced [³²P]oct for about 50 %. However, in ribosomes the presence of initiation factors (IFs) and fMet-tRNA influence neither the binding of [³²P]oct nor the competition coming from mRNA. In polysomes, [³²P]oct was unable to hybridize the anti-SD sequence, in agreement with the hypothesis that mRNA and 16S rRNA are involved in the SD/anti-SD interaction also during elongation.
Невідомо, чи будуть синтетичні олігонуклеотиди Шайна-Дальгарно (SD) мічені ³² P по 5'-кінця ([ ³² P]-окт) досягати анти-SD послідовності 16S рРНК на ранній стадії трансляції або тільки під час елонгації. Дла перевірки даної гіпотези, [ ³² P] окт інкубували з 30S субодиницями рибосом (RSUs) і 70S рибосом і полісом, окремо, SD / анти-SD зв'язування детектувати в градієнти сахарози. Анти-SD послідовності призвело високої доступності в 30-і RSUs і досить доступні в рибосоми. В обох 30S RSUs і рибосом, додавання модель 002 мРНК в еквімолярних кількостей зміщені [ ³² P] окт близько 50%. Тим не менш, в рибосомах присутність факторів ініціації (МФ) і fMet-тРНК не впливають на зв'язування [ ³² P] окт і не конкурують з мРНК. У полісоми, [ ³² P] окт не зміг провести гібридизацію анти-SD послідовності, відповідно до гіпотезою, що мРНК і 16S рРНК беруть участь в SD / анти-SD взаємодія також під час елонгації.
Неизвестно, будут ли синтетические олигонуклеотиды Шайна-Дальгарно (SD) меченные ³²P по 5'-концу ([³²P]-окт) достигать анти-SD последовательности 16S рРНК на ранней стадии трансляции или только во время элонгации. Дла проверки данной гипотезы, [³²P] окт инкубировали с 30S субъединицами рибосом (RSUs) и 70S рибосом и полисом, по отдельности, SD / анти-SD связывание детектировали в градиенты сахарозы. Анти-SD последовательности привело высокой доступности в 30-е RSUs и достаточно доступны в рибосомы. В обоих 30S RSUs и рибосом, добавление модель 002 мРНК в эквимолярных количеств смещены [³²P] окт около 50%. Тем не менее, в рибосомах присутствие факторов инициации (МФ) и fMet-тРНК не влияют на связывание [³²P] окт и не конкурируют с мРНК. В полисоме, [³²P] окт не смог провести гибридизацию анти-SD последовательности, в соответствии с гипотезой, что мРНК и 16S рРНК участвуют в SD / анти-SD взаимодействие также во время элонгации.
en
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
Біополімери і клітина
Матеріали семінару
The Shine-Dalgarno hybrid during initiation of translation and elongation
Последовательность Шайна — Дальгарно во время инициации и элонгации трансляции
Послідовність Шайна — Дальгарно під час ініціації та елонгації трансляції
Article
published earlier
institution Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection DSpace DC
title The Shine-Dalgarno hybrid during initiation of translation and elongation
spellingShingle The Shine-Dalgarno hybrid during initiation of translation and elongation
Maraschio, D.
La Teana, A.
Volpe, P.
Матеріали семінару
title_short The Shine-Dalgarno hybrid during initiation of translation and elongation
title_full The Shine-Dalgarno hybrid during initiation of translation and elongation
title_fullStr The Shine-Dalgarno hybrid during initiation of translation and elongation
title_full_unstemmed The Shine-Dalgarno hybrid during initiation of translation and elongation
title_sort shine-dalgarno hybrid during initiation of translation and elongation
author Maraschio, D.
La Teana, A.
Volpe, P.
author_facet Maraschio, D.
La Teana, A.
Volpe, P.
topic Матеріали семінару
topic_facet Матеріали семінару
publishDate 2007
language English
container_title Біополімери і клітина
publisher Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
format Article
title_alt Последовательность Шайна — Дальгарно во время инициации и элонгации трансляции
Послідовність Шайна — Дальгарно під час ініціації та елонгації трансляції
description It was unknown whether a synthetic Shine-Dalgarno (SD) oligonucleotide labelled with ³²P at its 5'-end ([³²P]oct) would be able to reach the anti-SD sequence of 16S rRNA at the early stages of translation only or during elongation. To verify this, [³²P]oct was incubated with 30S ribosomal subunits (RSUs), 70S ribosomes and polysomes, separately, while the SD/anti-SD binding was checked in them through sucrose gradients. The anti-SD sequence resulted highly available in 30S RSUs and sufficiently available in ribosomes. In both 30S RSUs and ribosomes, the addition of a model 002 mRNA in equimolar proportions displaced [³²P]oct for about 50 %. However, in ribosomes the presence of initiation factors (IFs) and fMet-tRNA influence neither the binding of [³²P]oct nor the competition coming from mRNA. In polysomes, [³²P]oct was unable to hybridize the anti-SD sequence, in agreement with the hypothesis that mRNA and 16S rRNA are involved in the SD/anti-SD interaction also during elongation. Невідомо, чи будуть синтетичні олігонуклеотиди Шайна-Дальгарно (SD) мічені ³² P по 5'-кінця ([ ³² P]-окт) досягати анти-SD послідовності 16S рРНК на ранній стадії трансляції або тільки під час елонгації. Дла перевірки даної гіпотези, [ ³² P] окт інкубували з 30S субодиницями рибосом (RSUs) і 70S рибосом і полісом, окремо, SD / анти-SD зв'язування детектувати в градієнти сахарози. Анти-SD послідовності призвело високої доступності в 30-і RSUs і досить доступні в рибосоми. В обох 30S RSUs і рибосом, додавання модель 002 мРНК в еквімолярних кількостей зміщені [ ³² P] окт близько 50%. Тим не менш, в рибосомах присутність факторів ініціації (МФ) і fMet-тРНК не впливають на зв'язування [ ³² P] окт і не конкурують з мРНК. У полісоми, [ ³² P] окт не зміг провести гібридизацію анти-SD послідовності, відповідно до гіпотезою, що мРНК і 16S рРНК беруть участь в SD / анти-SD взаємодія також під час елонгації. Неизвестно, будут ли синтетические олигонуклеотиды Шайна-Дальгарно (SD) меченные ³²P по 5'-концу ([³²P]-окт) достигать анти-SD последовательности 16S рРНК на ранней стадии трансляции или только во время элонгации. Дла проверки данной гипотезы, [³²P] окт инкубировали с 30S субъединицами рибосом (RSUs) и 70S рибосом и полисом, по отдельности, SD / анти-SD связывание детектировали в градиенты сахарозы. Анти-SD последовательности привело высокой доступности в 30-е RSUs и достаточно доступны в рибосомы. В обоих 30S RSUs и рибосом, добавление модель 002 мРНК в эквимолярных количеств смещены [³²P] окт около 50%. Тем не менее, в рибосомах присутствие факторов инициации (МФ) и fMet-тРНК не влияют на связывание [³²P] окт и не конкурируют с мРНК. В полисоме, [³²P] окт не смог провести гибридизацию анти-SD последовательности, в соответствии с гипотезой, что мРНК и 16S рРНК участвуют в SD / анти-SD взаимодействие также во время элонгации.
issn 0233-7657
url https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/157528
fulltext
citation_txt The Shine-Dalgarno hybrid during initiation of translation and elongation / D. Maraschio, Teana La, P. Volpe // Біополімери і клітина. — 2007. — Т. 23, № 3. — С. 243-249. — Бібліогр.: 18 назв. — англ.
work_keys_str_mv AT maraschiod theshinedalgarnohybridduringinitiationoftranslationandelongation
AT lateanaa theshinedalgarnohybridduringinitiationoftranslationandelongation
AT volpep theshinedalgarnohybridduringinitiationoftranslationandelongation
AT maraschiod posledovatelʹnostʹšainadalʹgarnovovremâiniciaciiiélongaciitranslâcii
AT lateanaa posledovatelʹnostʹšainadalʹgarnovovremâiniciaciiiélongaciitranslâcii
AT volpep posledovatelʹnostʹšainadalʹgarnovovremâiniciaciiiélongaciitranslâcii
AT maraschiod poslídovnístʹšainadalʹgarnopídčasínícíacíítaelongacíítranslâcíí
AT lateanaa poslídovnístʹšainadalʹgarnopídčasínícíacíítaelongacíítranslâcíí
AT volpep poslídovnístʹšainadalʹgarnopídčasínícíacíítaelongacíítranslâcíí
AT maraschiod shinedalgarnohybridduringinitiationoftranslationandelongation
AT lateanaa shinedalgarnohybridduringinitiationoftranslationandelongation
AT volpep shinedalgarnohybridduringinitiationoftranslationandelongation
first_indexed 2025-11-24T06:36:24Z
last_indexed 2025-11-24T06:36:24Z
_version_ 1850844235820957696

Ähnliche Einträge