Термодинамика комплексообразования ароматического лиганда с одноцепочечной последовательностью и петлей шпилечной структуры одинакового нуклеотидного состава
На основе данных 1Н ЯМР спектроскопии (500/600 МГц) проведен сравнительный анализ термодинамических параметров взаимодействия фенантридинового красителя бромистого этидия (ЕВ) с дезоксигептануклеотидом d(GpCpGpApApCpC), способным образовывать в растворе шпилечную структуру, и одноцепочечным дезоксит...
Gespeichert in:
| Veröffentlicht in: | Біополімери і клітина |
|---|---|
| Datum: | 2004 |
| Hauptverfasser: | , , , , |
| Format: | Artikel |
| Sprache: | Russian |
| Veröffentlicht: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2004
|
| Schlagworte: | |
| Online Zugang: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/157572 |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Zitieren: | Термодинамика комплексообразования ароматического лиганда с одноцепочечной последовательностью и петлей шпилечной структуры одинакового нуклеотидного состава / С.Ф. Барановский, О.В. Рогова, А.А. Эрнандес Сантьяго, О.С. Завьялова, А.Н. Веселков // Біополімери і клітина. — 2004. — Т. 20, № 3. — С. 215-223. — Бібліогр.: 21 назв. — рос. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| id |
nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-157572 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
Барановский, С.Ф. Рогова, О.В. Эрнандес Сантьяго, А.А. Завьялова, О.С. Веселков, А.Н. 2019-06-20T07:47:41Z 2019-06-20T07:47:41Z 2004 Термодинамика комплексообразования ароматического лиганда с одноцепочечной последовательностью и петлей шпилечной структуры одинакового нуклеотидного состава / С.Ф. Барановский, О.В. Рогова, А.А. Эрнандес Сантьяго, О.С. Завьялова, А.Н. Веселков // Біополімери і клітина. — 2004. — Т. 20, № 3. — С. 215-223. — Бібліогр.: 21 назв. — рос. 0233-7657 DOI:http://dx.doi.org/10.7124/bc.0006A8 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/157572 577.113 На основе данных 1Н ЯМР спектроскопии (500/600 МГц) проведен сравнительный анализ термодинамических параметров взаимодействия фенантридинового красителя бромистого этидия (ЕВ) с дезоксигептануклеотидом d(GpCpGpApApCpC), способным образовывать в растворе шпилечную структуру, и одноцепочечным дезокситетрануклеотидом d(GpApApG), входящим в качестве составного элемента в структуру гептамера. Термодинамические параметры комплексообразования ЕВ с олигонуклеотидами были рассчитаны с использованием экспериментальных температурных зависимостей химических сдвигов протонов и модели динамического равновесия между различными конфирмационными формами олигомеров в растворе. В частности, в случае гептамера рассматривали образование мономерной, шпилечной и димерной форм в водном растворе. Расчетные значения энтальпии комплексообразования ЕВ с одноцепочечным тетрануклеотидом d(GAAG) в пределах погрешности совпадают с ΔH образования комплекса красителя с петлей шпильки d(GAA). Анализ полученных результатов позволяет сделать вывод о том, что одноцепочечные несамокомплементарные олигонуклеотиды одинакового нуклеотидного состава с петлей шпильки могут быть использованы в качестве модельных систем для исследования комплексообразования ароматических лигандов со шпилечными структурами в растворе Comparative analysis of the thermodynamical parameters of interaction of phenanthridine dye, ethidium bromide (EB) with deoxyheptanucleotide d(GpCpGpApApGpC), capable to form a hairpin structure, and a single-stranded deoxytetranucleotide d(GpApApG), being a component element of the heptamer sequence, has been made using 1NMR spectroscopy (500/600 MHz). Thermodynamical parameters (ΔH, DS) of complexation of EB with oligonucleotides have been calculated from the experimental temperature dependences of proton chemical shifts using a model of dynamic equilibrium between different conformational states of oligomers in solution. For example, monomer, hairpin and dimer forms have been considered as the heptamer conformational states in aqueous solution. The calculated enthalpy of complexation of EB with single-stranded tetranucleotide d(GAAG) is similar, within the error limits, to the value of complex formation between the dye molecule and the hairpin loop d(GAA). Analysis of the results obtained enables to conclude that single-stranded non-self-complementery oligonucleotides of the same nucleotide content as in the hairpin loop may be used as model systems for the investigation of complexation of aromatic ligands with hairpin structures in solution. На основі даних 1Н ЯМР спектроскопії (5001600 МГц) здійснено порівняльний аналіз термодинамічних параметрів взаємодії фенантридинового барвника бромистого етидію (BE) з дезоксигептануклеотидом d(GpCpGpApApGpC), здатним формувати в розчині шпилькову структуру, та одноланцюговим дезокситетрануклеотидом d(GpApApG), який є складовим елементом структури гептамеру. Термодинамічні параметри комплексоутворення БЕ з олігонуклеотидами розраховували з використанням експериментальних температурних залежно стей хімічних зсувів протонів і моделі динамічної рівноваги між різними конформаційними формами олігомерів у розчині. Зокрема, у випадку гептамеру розглянуто утворення мономерної, шпилькової і димерної форм у водному розчині. Розрахункові значення ентальпії комплексоутворення БЕ з одноланцюговим тетрануклеотидом d(GAAG) у межах похибок збігаються з ΔН формування комплексу барвника з петлею шпильки d(GAA). Аналіз отриманих результатів дозволяє зробити висновок стосовно того, що одноланцюгові несамокомплементарні олігонуклеотиди однакового нуклеотидного складу з петлею шпильки можуть бути використані як модельні системи для дослідження комплексоутворення ароматичних лігандів із шпильковими структурами у розчині. ru Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Біополімери і клітина Структура та функції біополімерів Термодинамика комплексообразования ароматического лиганда с одноцепочечной последовательностью и петлей шпилечной структуры одинакового нуклеотидного состава Thermodynamics of complexation of aromatic ligand with single-stranded deoxyoligonucleotide and a hairpin loop of the same nucleotide content Термодинаміка комплексоутнорення ароматичного ліганду з одноланцюговою послідовністю і петлею шпилькової структури однакового нуклеотидного складу Article published earlier |
| institution |
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| collection |
DSpace DC |
| title |
Термодинамика комплексообразования ароматического лиганда с одноцепочечной последовательностью и петлей шпилечной структуры одинакового нуклеотидного состава |
| spellingShingle |
Термодинамика комплексообразования ароматического лиганда с одноцепочечной последовательностью и петлей шпилечной структуры одинакового нуклеотидного состава Барановский, С.Ф. Рогова, О.В. Эрнандес Сантьяго, А.А. Завьялова, О.С. Веселков, А.Н. Структура та функції біополімерів |
| title_short |
Термодинамика комплексообразования ароматического лиганда с одноцепочечной последовательностью и петлей шпилечной структуры одинакового нуклеотидного состава |
| title_full |
Термодинамика комплексообразования ароматического лиганда с одноцепочечной последовательностью и петлей шпилечной структуры одинакового нуклеотидного состава |
| title_fullStr |
Термодинамика комплексообразования ароматического лиганда с одноцепочечной последовательностью и петлей шпилечной структуры одинакового нуклеотидного состава |
| title_full_unstemmed |
Термодинамика комплексообразования ароматического лиганда с одноцепочечной последовательностью и петлей шпилечной структуры одинакового нуклеотидного состава |
| title_sort |
термодинамика комплексообразования ароматического лиганда с одноцепочечной последовательностью и петлей шпилечной структуры одинакового нуклеотидного состава |
| author |
Барановский, С.Ф. Рогова, О.В. Эрнандес Сантьяго, А.А. Завьялова, О.С. Веселков, А.Н. |
| author_facet |
Барановский, С.Ф. Рогова, О.В. Эрнандес Сантьяго, А.А. Завьялова, О.С. Веселков, А.Н. |
| topic |
Структура та функції біополімерів |
| topic_facet |
Структура та функції біополімерів |
| publishDate |
2004 |
| language |
Russian |
| container_title |
Біополімери і клітина |
| publisher |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| format |
Article |
| title_alt |
Thermodynamics of complexation of aromatic ligand with single-stranded deoxyoligonucleotide and a hairpin loop of the same nucleotide content Термодинаміка комплексоутнорення ароматичного ліганду з одноланцюговою послідовністю і петлею шпилькової структури однакового нуклеотидного складу |
| description |
На основе данных 1Н ЯМР спектроскопии (500/600 МГц) проведен сравнительный анализ термодинамических параметров взаимодействия фенантридинового красителя бромистого этидия (ЕВ) с дезоксигептануклеотидом d(GpCpGpApApCpC), способным образовывать в растворе шпилечную структуру, и одноцепочечным дезокситетрануклеотидом d(GpApApG), входящим в качестве составного элемента в структуру гептамера. Термодинамические параметры комплексообразования ЕВ с олигонуклеотидами были рассчитаны с использованием экспериментальных температурных зависимостей химических сдвигов протонов и модели динамического равновесия между различными конфирмационными формами олигомеров в растворе. В частности, в случае гептамера рассматривали образование мономерной, шпилечной и димерной форм в водном растворе. Расчетные значения энтальпии комплексообразования ЕВ с одноцепочечным тетрануклеотидом d(GAAG) в пределах погрешности совпадают с ΔH образования комплекса красителя с петлей шпильки d(GAA). Анализ полученных результатов позволяет сделать вывод о том, что одноцепочечные несамокомплементарные олигонуклеотиды одинакового нуклеотидного состава с петлей шпильки могут быть использованы в качестве модельных систем для исследования комплексообразования ароматических лигандов со шпилечными структурами в растворе
Comparative analysis of the thermodynamical parameters of interaction of phenanthridine dye, ethidium bromide (EB) with deoxyheptanucleotide d(GpCpGpApApGpC), capable to form a hairpin structure, and a single-stranded deoxytetranucleotide d(GpApApG), being a component element of the heptamer sequence, has been made using 1NMR spectroscopy (500/600 MHz). Thermodynamical parameters (ΔH, DS) of complexation of EB with oligonucleotides have been calculated from the experimental temperature dependences of proton chemical shifts using a model of dynamic equilibrium between different conformational states of oligomers in solution. For example, monomer, hairpin and dimer forms have been considered as the heptamer conformational states in aqueous solution. The calculated enthalpy of complexation of EB with single-stranded tetranucleotide d(GAAG) is similar, within the error limits, to the value of complex formation between the dye molecule and the hairpin loop d(GAA). Analysis of the results obtained enables to conclude that single-stranded non-self-complementery oligonucleotides of the same nucleotide content as in the hairpin loop may be used as model systems for the investigation of complexation of aromatic ligands with hairpin structures in solution.
На основі даних 1Н ЯМР спектроскопії (5001600 МГц) здійснено порівняльний аналіз термодинамічних параметрів взаємодії фенантридинового барвника бромистого етидію (BE) з дезоксигептануклеотидом d(GpCpGpApApGpC), здатним формувати в розчині шпилькову структуру, та одноланцюговим дезокситетрануклеотидом d(GpApApG), який є складовим елементом структури гептамеру. Термодинамічні параметри комплексоутворення БЕ з олігонуклеотидами розраховували з використанням експериментальних температурних залежно стей хімічних зсувів протонів і моделі динамічної рівноваги між різними конформаційними формами олігомерів у розчині. Зокрема, у випадку гептамеру розглянуто утворення мономерної, шпилькової і димерної форм у водному розчині. Розрахункові значення ентальпії комплексоутворення БЕ з одноланцюговим тетрануклеотидом d(GAAG) у межах похибок збігаються з ΔН формування комплексу барвника з петлею шпильки d(GAA). Аналіз отриманих результатів дозволяє зробити висновок стосовно того, що одноланцюгові несамокомплементарні олігонуклеотиди однакового нуклеотидного складу з петлею шпильки можуть бути використані як модельні системи для дослідження комплексоутворення ароматичних лігандів із шпильковими структурами у розчині.
|
| issn |
0233-7657 |
| url |
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/157572 |
| citation_txt |
Термодинамика комплексообразования ароматического лиганда с одноцепочечной последовательностью и петлей шпилечной структуры одинакового нуклеотидного состава / С.Ф. Барановский, О.В. Рогова, А.А. Эрнандес Сантьяго, О.С. Завьялова, А.Н. Веселков // Біополімери і клітина. — 2004. — Т. 20, № 3. — С. 215-223. — Бібліогр.: 21 назв. — рос. |
| work_keys_str_mv |
AT baranovskiisf termodinamikakompleksoobrazovaniâaromatičeskogoligandasodnocepočečnoiposledovatelʹnostʹûipetleišpilečnoistrukturyodinakovogonukleotidnogosostava AT rogovaov termodinamikakompleksoobrazovaniâaromatičeskogoligandasodnocepočečnoiposledovatelʹnostʹûipetleišpilečnoistrukturyodinakovogonukleotidnogosostava AT érnandessantʹâgoaa termodinamikakompleksoobrazovaniâaromatičeskogoligandasodnocepočečnoiposledovatelʹnostʹûipetleišpilečnoistrukturyodinakovogonukleotidnogosostava AT zavʹâlovaos termodinamikakompleksoobrazovaniâaromatičeskogoligandasodnocepočečnoiposledovatelʹnostʹûipetleišpilečnoistrukturyodinakovogonukleotidnogosostava AT veselkovan termodinamikakompleksoobrazovaniâaromatičeskogoligandasodnocepočečnoiposledovatelʹnostʹûipetleišpilečnoistrukturyodinakovogonukleotidnogosostava AT baranovskiisf thermodynamicsofcomplexationofaromaticligandwithsinglestrandeddeoxyoligonucleotideandahairpinloopofthesamenucleotidecontent AT rogovaov thermodynamicsofcomplexationofaromaticligandwithsinglestrandeddeoxyoligonucleotideandahairpinloopofthesamenucleotidecontent AT érnandessantʹâgoaa thermodynamicsofcomplexationofaromaticligandwithsinglestrandeddeoxyoligonucleotideandahairpinloopofthesamenucleotidecontent AT zavʹâlovaos thermodynamicsofcomplexationofaromaticligandwithsinglestrandeddeoxyoligonucleotideandahairpinloopofthesamenucleotidecontent AT veselkovan thermodynamicsofcomplexationofaromaticligandwithsinglestrandeddeoxyoligonucleotideandahairpinloopofthesamenucleotidecontent AT baranovskiisf termodinamíkakompleksoutnorennâaromatičnogolíganduzodnolancûgovoûposlídovnístûípetleûšpilʹkovoístrukturiodnakovogonukleotidnogoskladu AT rogovaov termodinamíkakompleksoutnorennâaromatičnogolíganduzodnolancûgovoûposlídovnístûípetleûšpilʹkovoístrukturiodnakovogonukleotidnogoskladu AT érnandessantʹâgoaa termodinamíkakompleksoutnorennâaromatičnogolíganduzodnolancûgovoûposlídovnístûípetleûšpilʹkovoístrukturiodnakovogonukleotidnogoskladu AT zavʹâlovaos termodinamíkakompleksoutnorennâaromatičnogolíganduzodnolancûgovoûposlídovnístûípetleûšpilʹkovoístrukturiodnakovogonukleotidnogoskladu AT veselkovan termodinamíkakompleksoutnorennâaromatičnogolíganduzodnolancûgovoûposlídovnístûípetleûšpilʹkovoístrukturiodnakovogonukleotidnogoskladu |
| first_indexed |
2025-12-07T18:45:21Z |
| last_indexed |
2025-12-07T18:45:21Z |
| _version_ |
1850876228153638912 |