Clustering Monte Carlo simulations of the hierarchical protein folding on a simple lattice model
A role of specific collective motions and clustering behavior in protein folding was investigated using simple 2D lattice models. Two model peptides, which have the sequences of hierarchical and non-hierarchical design, were studied comparatively. Simulations were performed using three methods: Metr...
Saved in:
| Published in: | Біополімери і клітина |
|---|---|
| Date: | 2004 |
| Main Authors: | , |
| Format: | Article |
| Language: | English |
| Published: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2004
|
| Subjects: | |
| Online Access: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/157607 |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| Journal Title: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Cite this: | Clustering Monte Carlo simulations of the hierarchical protein folding on a simple lattice model / S.O. Yesylevskyy, A.P. Demchenko // Біополімери і клітина. — 2004. — Т. 20, № 3. — С. 244-254. — Бібліогр.: 29 назв. — англ. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| id |
nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-157607 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
Yesylevskyy, S.O. Demchenko, A.P. 2019-06-20T08:33:13Z 2019-06-20T08:33:13Z 2004 Clustering Monte Carlo simulations of the hierarchical protein folding on a simple lattice model / S.O. Yesylevskyy, A.P. Demchenko // Біополімери і клітина. — 2004. — Т. 20, № 3. — С. 244-254. — Бібліогр.: 29 назв. — англ. 0233-7657 DOI:http://dx.doi.org/10.7124/bc.0006AC https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/157607 577.322 A role of specific collective motions and clustering behavior in protein folding was investigated using simple 2D lattice models. Two model peptides, which have the sequences of hierarchical and non-hierarchical design, were studied comparatively. Simulations were performed using three methods: Metropolis Monte Carlo with the local move set, Metropolis Monte Carlo with unspecific rigid rotations, and the Clustering Monte Carlo (CMC) algorithm that has been recently described by the authors. The latter was developed with particular aim to provide a realistic description of cluster dynamics. We present convincing evidence that the folding pathways and kinetics of hierarchically folding sequence are not adequately described in conventional MC simulations. In this case the account for cluster dynamics provided by CMC algorithm reveals important features of folding of hierarchically organized sequences. Our data suggest that the methods, which enable specific cluster motions, should be used for realistic description of hierarchical folding. Досліджено роль специфічних колективних рухів та кластерної поведінки у фолдингу білків з використанням простих двовимірних граткових моделей. Проведено порівняльний аналіз пептидів з ієрархічною та неісрархічною будовою. Моделювання здійснювали за допомогою трьох методів: стандартного методу Монте-Карло з локальним набором рухів, стандартного методу з неспецифічними колективними обертаннями та кластерного методу Монте-Карло (CMC) запропонованого авторами для реалістичного моделювання динаміки кластерів. Показано, що шляхи та кінетика ієрархічного фолдингу не можуть бути адекватно описані звичайними методами. У цьому випадку врахування кластерної динаміки у методі CMC виявляє важливі риси ієрархічного фолдингу. Визначено, up для реалістичного моделювання ієрархічного фолдингу потрібно використовувати розрахункові методи, які враховують специфічні колективні рухи. Исследована роль специфических коллективных движений и динамики кластеров в фолдинге белков с использованием простых двухмерных решеточных моделей. Проведен сравнитель ный анализ фолдинга пептидов с иерархической и неиерархической структурой. Моделирование осуществляли с помощью трех методов: стандартного метода Монте-Карло с локальним набором движений, стандартного метода с неспецифическими коллективными вращениями и кластерного метода Монте-Карло (CMC), предложенного авторами для реалистичного описания динамики кластеров. Показано, что пути и кинетика иерархического фолдинга не могут быть адекватно описаны стандартными методами. В этом случае учет кластерной динамики в методе CMC выявляет важные особенности иерархического фолдинга. Обнаружено, что для реалистичного моделирования иерархического фолдинга должны использоваться методы, учитывающие специфические коллективные движения. en Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Біополімери і клітина Молекулярна біофізика Clustering Monte Carlo simulations of the hierarchical protein folding on a simple lattice model Моделювання ієрархічного фолдингу білків у простій ґратковій моделі за допомогою кластерного методу Монте-Карло Моделирование иерархического фолдинга белков в простой решеточной модели с помощью кластерного метода Монте-Карло Article published earlier |
| institution |
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| collection |
DSpace DC |
| title |
Clustering Monte Carlo simulations of the hierarchical protein folding on a simple lattice model |
| spellingShingle |
Clustering Monte Carlo simulations of the hierarchical protein folding on a simple lattice model Yesylevskyy, S.O. Demchenko, A.P. Молекулярна біофізика |
| title_short |
Clustering Monte Carlo simulations of the hierarchical protein folding on a simple lattice model |
| title_full |
Clustering Monte Carlo simulations of the hierarchical protein folding on a simple lattice model |
| title_fullStr |
Clustering Monte Carlo simulations of the hierarchical protein folding on a simple lattice model |
| title_full_unstemmed |
Clustering Monte Carlo simulations of the hierarchical protein folding on a simple lattice model |
| title_sort |
clustering monte carlo simulations of the hierarchical protein folding on a simple lattice model |
| author |
Yesylevskyy, S.O. Demchenko, A.P. |
| author_facet |
Yesylevskyy, S.O. Demchenko, A.P. |
| topic |
Молекулярна біофізика |
| topic_facet |
Молекулярна біофізика |
| publishDate |
2004 |
| language |
English |
| container_title |
Біополімери і клітина |
| publisher |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| format |
Article |
| title_alt |
Моделювання ієрархічного фолдингу білків у простій ґратковій моделі за допомогою кластерного методу Монте-Карло Моделирование иерархического фолдинга белков в простой решеточной модели с помощью кластерного метода Монте-Карло |
| description |
A role of specific collective motions and clustering behavior in protein folding was investigated using simple 2D lattice models. Two model peptides, which have the sequences of hierarchical and non-hierarchical design, were studied comparatively. Simulations were performed using three methods: Metropolis Monte Carlo with the local move set, Metropolis Monte Carlo with unspecific rigid rotations, and the Clustering Monte Carlo (CMC) algorithm that has been recently described by the authors. The latter was developed with particular aim to provide a realistic description of cluster dynamics. We present convincing evidence that the folding pathways and kinetics of hierarchically folding sequence are not adequately described in conventional MC simulations. In this case the account for cluster dynamics provided by CMC algorithm reveals important features of folding of hierarchically organized sequences. Our data suggest that the methods, which enable specific cluster motions, should be used for realistic description of hierarchical folding.
Досліджено роль специфічних колективних рухів та кластерної поведінки у фолдингу білків з використанням простих двовимірних граткових моделей. Проведено порівняльний аналіз пептидів з ієрархічною та неісрархічною будовою. Моделювання здійснювали за допомогою трьох методів: стандартного методу Монте-Карло з локальним набором рухів, стандартного методу з неспецифічними колективними обертаннями та кластерного методу Монте-Карло (CMC) запропонованого авторами для реалістичного моделювання динаміки кластерів. Показано, що шляхи та кінетика ієрархічного фолдингу не можуть бути адекватно описані звичайними методами. У цьому випадку врахування кластерної динаміки у методі CMC виявляє важливі риси ієрархічного фолдингу. Визначено, up для реалістичного моделювання ієрархічного фолдингу потрібно використовувати розрахункові методи, які враховують специфічні колективні рухи.
Исследована роль специфических коллективных движений и динамики кластеров в фолдинге белков с использованием простых двухмерных решеточных моделей. Проведен сравнитель ный анализ фолдинга пептидов с иерархической и неиерархической структурой. Моделирование осуществляли с помощью трех методов: стандартного метода Монте-Карло с локальним набором движений, стандартного метода с неспецифическими коллективными вращениями и кластерного метода Монте-Карло (CMC), предложенного авторами для реалистичного описания динамики кластеров. Показано, что пути и кинетика иерархического фолдинга не могут быть адекватно описаны стандартными методами. В этом случае учет кластерной динамики в методе CMC выявляет важные особенности иерархического фолдинга. Обнаружено, что для реалистичного моделирования иерархического фолдинга должны использоваться методы, учитывающие специфические коллективные движения.
|
| issn |
0233-7657 |
| url |
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/157607 |
| citation_txt |
Clustering Monte Carlo simulations of the hierarchical protein folding on a simple lattice model / S.O. Yesylevskyy, A.P. Demchenko // Біополімери і клітина. — 2004. — Т. 20, № 3. — С. 244-254. — Бібліогр.: 29 назв. — англ. |
| work_keys_str_mv |
AT yesylevskyyso clusteringmontecarlosimulationsofthehierarchicalproteinfoldingonasimplelatticemodel AT demchenkoap clusteringmontecarlosimulationsofthehierarchicalproteinfoldingonasimplelatticemodel AT yesylevskyyso modelûvannâíêrarhíčnogofoldingubílkívuprostíigratkovíimodelízadopomogoûklasternogometodumontekarlo AT demchenkoap modelûvannâíêrarhíčnogofoldingubílkívuprostíigratkovíimodelízadopomogoûklasternogometodumontekarlo AT yesylevskyyso modelirovanieierarhičeskogofoldingabelkovvprostoirešetočnoimodelispomoŝʹûklasternogometodamontekarlo AT demchenkoap modelirovanieierarhičeskogofoldingabelkovvprostoirešetočnoimodelispomoŝʹûklasternogometodamontekarlo |
| first_indexed |
2025-12-07T20:53:11Z |
| last_indexed |
2025-12-07T20:53:11Z |
| _version_ |
1850884270695907328 |