Структурный анализ группы возможных ДНК-мишеней белков RAG1/2, обнаруженных в геноме мыши in silico, и их идентификация в известных типах повторяющихся элементов
С использованием математических методов анализа, а также специально разработанных алгоритмов установлено, что количество ранее обнаруженных в геноме мыши возможных сайтов – мишеней белков RAG1/2 (cRSS) в 5,4 раза превышает теоретически ожидаемое число. В 71 % случаев cRSS являются структурными элеме...
Збережено в:
| Опубліковано в: : | Біополімери і клітина |
|---|---|
| Дата: | 2008 |
| Автори: | , |
| Формат: | Стаття |
| Мова: | Russian |
| Опубліковано: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2008
|
| Теми: | |
| Онлайн доступ: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/157671 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Цитувати: | Структурный анализ группы возможных ДНК-мишеней белков RAG1/2, обнаруженных в геноме мыши in silico, и их идентификация в известных типах повторяющихся элементов / А.Ю. Губский, В.Г. Зиньковский // Біополімери і клітина. — 2008. — Т. 24, № 2. — С. 112-122. — Бібліогр.: 18 назв. — рос., англ. |
Репозитарії
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| id |
nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-157671 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
Губский, А.Ю. Зиньковский, В.Г. 2019-06-20T16:51:37Z 2019-06-20T16:51:37Z 2008 Структурный анализ группы возможных ДНК-мишеней белков RAG1/2, обнаруженных в геноме мыши in silico, и их идентификация в известных типах повторяющихся элементов / А.Ю. Губский, В.Г. Зиньковский // Біополімери і клітина. — 2008. — Т. 24, № 2. — С. 112-122. — Бібліогр.: 18 назв. — рос., англ. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.000798 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/157671 575.113 + 577 .2 + 599.89 С использованием математических методов анализа, а также специально разработанных алгоритмов установлено, что количество ранее обнаруженных в геноме мыши возможных сайтов – мишеней белков RAG1/2 (cRSS) в 5,4 раза превышает теоретически ожидаемое число. В 71 % случаев cRSS являются структурными элементами 390 типов повторов. В структуре около 5 % мотивов обнаружены нуклеотиды, типичные для большинства сигнальных последовательностей рекомбинации функциональных V, D, J-сегментов Ig- и Tcr-генов мыши (fRSS). Существование 25 % из них в ДНК анализируемого вида можно рассматривать как следствие случайных комбинаций нуклеотидов. Структуры спейсерных участков исследуемых 12cRSS и 23cRSS, как правило, имеют 58–67 и 30–47 % гомологии с аналогичными структурами fRSS соответственно. З використанням математичних методів аналізу, а також спеціально розроблених алгоритмів встановлено, що кількість виявлених у геномі миші можливих сайтів – мішеней білків RAG1/2 в 5,4 разу перевищує теоретично очікуване число. У 71 % випадків cRSS є структурними елементами 390 типів повторів. У структурі близько 5 % мотивів виявлено нуклеотиди, типові для більшості сигнальних послідовностей рекомбінації функціональних V, D, J-сегментів Ig- і Tcr-генів миші (fRSS). Існування 25 % з них у ДНК досліджуваного виду потрібно розглядати як наслідок випадкових комбінацій нуклеотидів. Структури спейсерних ділянок аналізованих 12cRSS і 23cRSS, як правило, мають 58–67 і 30–47 % гомології з аналогічними структурами fRSS відповідно. We have established that the quantity of possible target-sites of RAG1/2 (cRSS) is 5.4 times higher than theoretically expected one using mathematical methods and specially developed algorithms. 71% of cases revealed cRSS in the structure of 390 types of repeats. The structure of 5% motives includes nucleotides, typical for the majority of signal sequences of recombination of functional V, D, J segments of Ig, Tcr mouse genes (fRSS). The existence of 25 % of such motives in mouse DNA may be considered as the consequence of random nucleotide combinations. In the majority of cases the structures of spacers 12cRSS and 23cRSS are 58–67 % and 30–47 % homologous to spacers 12fRSS and 23fRSS respectively. ru Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Біополімери і клітина Структура та функції біополімерів Структурный анализ группы возможных ДНК-мишеней белков RAG1/2, обнаруженных в геноме мыши in silico, и их идентификация в известных типах повторяющихся элементов Structural analysis of possible target-sites of RAG1/2 protein, discovered in mouse genome in silico, and their identification in repeating elements Структурний аналіз групи можливих ДНК-мішеней білків RAG1/2, виявлених у геномі миші in silico, та їхня ідентифікація у відомих типах повторюваних елементів Article published earlier |
| institution |
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| collection |
DSpace DC |
| title |
Структурный анализ группы возможных ДНК-мишеней белков RAG1/2, обнаруженных в геноме мыши in silico, и их идентификация в известных типах повторяющихся элементов |
| spellingShingle |
Структурный анализ группы возможных ДНК-мишеней белков RAG1/2, обнаруженных в геноме мыши in silico, и их идентификация в известных типах повторяющихся элементов Губский, А.Ю. Зиньковский, В.Г. Структура та функції біополімерів |
| title_short |
Структурный анализ группы возможных ДНК-мишеней белков RAG1/2, обнаруженных в геноме мыши in silico, и их идентификация в известных типах повторяющихся элементов |
| title_full |
Структурный анализ группы возможных ДНК-мишеней белков RAG1/2, обнаруженных в геноме мыши in silico, и их идентификация в известных типах повторяющихся элементов |
| title_fullStr |
Структурный анализ группы возможных ДНК-мишеней белков RAG1/2, обнаруженных в геноме мыши in silico, и их идентификация в известных типах повторяющихся элементов |
| title_full_unstemmed |
Структурный анализ группы возможных ДНК-мишеней белков RAG1/2, обнаруженных в геноме мыши in silico, и их идентификация в известных типах повторяющихся элементов |
| title_sort |
структурный анализ группы возможных днк-мишеней белков rag1/2, обнаруженных в геноме мыши in silico, и их идентификация в известных типах повторяющихся элементов |
| author |
Губский, А.Ю. Зиньковский, В.Г. |
| author_facet |
Губский, А.Ю. Зиньковский, В.Г. |
| topic |
Структура та функції біополімерів |
| topic_facet |
Структура та функції біополімерів |
| publishDate |
2008 |
| language |
Russian |
| container_title |
Біополімери і клітина |
| publisher |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| format |
Article |
| title_alt |
Structural analysis of possible target-sites of RAG1/2 protein, discovered in mouse genome in silico, and their identification in repeating elements Структурний аналіз групи можливих ДНК-мішеней білків RAG1/2, виявлених у геномі миші in silico, та їхня ідентифікація у відомих типах повторюваних елементів |
| description |
С использованием математических методов анализа, а также специально разработанных алгоритмов установлено, что количество ранее обнаруженных в геноме мыши возможных сайтов – мишеней белков RAG1/2 (cRSS) в 5,4 раза превышает теоретически ожидаемое число. В 71 % случаев cRSS являются структурными элементами 390 типов повторов. В структуре около 5 % мотивов обнаружены нуклеотиды, типичные для большинства сигнальных последовательностей рекомбинации функциональных V, D, J-сегментов Ig- и Tcr-генов мыши (fRSS). Существование 25 % из них в ДНК анализируемого вида можно рассматривать как следствие случайных комбинаций нуклеотидов. Структуры спейсерных участков исследуемых 12cRSS и 23cRSS, как правило, имеют 58–67 и 30–47 % гомологии с аналогичными структурами fRSS соответственно.
З використанням математичних методів аналізу, а також спеціально розроблених алгоритмів встановлено, що кількість виявлених у геномі миші можливих сайтів – мішеней білків RAG1/2 в 5,4 разу перевищує теоретично очікуване число. У 71 % випадків cRSS є структурними елементами 390 типів повторів. У структурі близько 5 % мотивів виявлено нуклеотиди, типові для більшості сигнальних послідовностей рекомбінації функціональних V, D, J-сегментів Ig- і Tcr-генів миші (fRSS). Існування 25 % з них у ДНК досліджуваного виду потрібно розглядати як наслідок випадкових комбінацій нуклеотидів. Структури спейсерних ділянок аналізованих 12cRSS і 23cRSS, як правило, мають 58–67 і 30–47 % гомології з аналогічними структурами fRSS відповідно.
We have established that the quantity of possible target-sites of RAG1/2 (cRSS) is 5.4 times higher than theoretically expected one using mathematical methods and specially developed algorithms. 71% of cases revealed cRSS in the structure of 390 types of repeats. The structure of 5% motives includes nucleotides, typical for the majority of signal sequences of recombination of functional V, D, J segments of Ig, Tcr mouse genes (fRSS). The existence of 25 % of such motives in mouse DNA may be considered as the consequence of random nucleotide combinations. In the majority of cases the structures of spacers 12cRSS and 23cRSS are 58–67 % and 30–47 % homologous to spacers 12fRSS and 23fRSS respectively.
|
| issn |
0233-7657 |
| url |
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/157671 |
| citation_txt |
Структурный анализ группы возможных ДНК-мишеней белков RAG1/2, обнаруженных в геноме мыши in silico, и их идентификация в известных типах повторяющихся элементов / А.Ю. Губский, В.Г. Зиньковский // Біополімери і клітина. — 2008. — Т. 24, № 2. — С. 112-122. — Бібліогр.: 18 назв. — рос., англ. |
| work_keys_str_mv |
AT gubskiiaû strukturnyianalizgruppyvozmožnyhdnkmišeneibelkovrag12obnaružennyhvgenomemyšiinsilicoiihidentifikaciâvizvestnyhtipahpovtorâûŝihsâélementov AT zinʹkovskiivg strukturnyianalizgruppyvozmožnyhdnkmišeneibelkovrag12obnaružennyhvgenomemyšiinsilicoiihidentifikaciâvizvestnyhtipahpovtorâûŝihsâélementov AT gubskiiaû structuralanalysisofpossibletargetsitesofrag12proteindiscoveredinmousegenomeinsilicoandtheiridentificationinrepeatingelements AT zinʹkovskiivg structuralanalysisofpossibletargetsitesofrag12proteindiscoveredinmousegenomeinsilicoandtheiridentificationinrepeatingelements AT gubskiiaû strukturniianalízgrupimožlivihdnkmíšeneibílkívrag12viâvlenihugenomímišíinsilicotaíhnâídentifíkacíâuvídomihtipahpovtorûvanihelementív AT zinʹkovskiivg strukturniianalízgrupimožlivihdnkmíšeneibílkívrag12viâvlenihugenomímišíinsilicotaíhnâídentifíkacíâuvídomihtipahpovtorûvanihelementív |
| first_indexed |
2025-12-07T19:58:27Z |
| last_indexed |
2025-12-07T19:58:27Z |
| _version_ |
1850880826788544512 |