Конформаційні можливості уридину: квантово-механічне дослідження методом функціоналу густини
Квантово-механічним методом функціоналу густини на рівні теорії MP2/6-311++G(d,p)//DFT B3LYP/6-31G(d,p) проведено вичерпний конформаційний аналіз уридину. Представлено основні геометричні, енергетичні та полярні характеристики усіх його 111 стійких конформерів. Отримано конформаційні рівноваги у діа...
Gespeichert in:
| Veröffentlicht in: | Біополімери і клітина |
|---|---|
| Datum: | 2008 |
| Hauptverfasser: | , |
| Format: | Artikel |
| Sprache: | Ukrainian |
| Veröffentlicht: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2008
|
| Schlagworte: | |
| Online Zugang: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/157675 |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Zitieren: | Конформаційні можливості уридину: квантово-механічне дослідження методом функціоналу густини / Р.О. Жураківський, Д.М. Говорун // Біополімери і клітина. — 2008. — Т. 24, № 2. — С. 142-157. — Бібліогр.: 28 назв. — укр. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| id |
nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-157675 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
Жураківський, Р.О. Говорун, Д.М. 2019-06-20T17:08:03Z 2019-06-20T17:08:03Z 2008 Конформаційні можливості уридину: квантово-механічне дослідження методом функціоналу густини / Р.О. Жураківський, Д.М. Говорун // Біополімери і клітина. — 2008. — Т. 24, № 2. — С. 142-157. — Бібліогр.: 28 назв. — укр. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.00079C https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/157675 577.3 Квантово-механічним методом функціоналу густини на рівні теорії MP2/6-311++G(d,p)//DFT B3LYP/6-31G(d,p) проведено вичерпний конформаційний аналіз уридину. Представлено основні геометричні, енергетичні та полярні характеристики усіх його 111 стійких конформерів. Отримано конформаційні рівноваги у діапазоні температур 298,15–420 К: при 298,15 К syn:anti = 10,6:89,4 %, S:N = 85,5:14,5 %; при Т = 420 К syn:anti = 16,6:83,4 %, S:N = 68,6:31,4 %. Методом квантово-механічного аналізу топології електронної густини (теорія атомів у молекулах Бейдера) в усіх можливих конформерах зафіксовано 17 типів внутрішньомолекулярних водневих зв’язків, від одного до п’яти на конформер (їхня загальна кількість – 313): C1'H...O2, C2'H2...O5', C2'H2...O2, C3'H...O2, C5'H1...O2, C5'H2...O2, C6H...O4', C6H...O5', C3'H…HC6, C5'H1…HC6, C5'H2…HC6, O2'H...O2, O2'H...O3', O3'H...O2', O3'H...O5', O5'H...O2 та O5'H...O3'. Представлено їхні конформаційні властивості, геометричні та електронно-топологічні характеристики. Complete conformational analysis of uridine is performed by density functional theory at MP2/6-311++G(d, p)//DFT B3LYP/6-31G(d, p) level. Main geometric, energetic, and polar characteristics of all 111 conformers were presented, along with conformational equilibria in temperature range of 298.15–420 K. At T = 298.15 K these are syn:anti = 10.6:89.4 %; S:N = 85.5:14.5 %, and at T = 420 K syn:anti = 16.6:83.4 %; S:N = 68.6:31.4 %. By quantum mechanical method (Bader’s atoms in molecules theory) as many as 17 types of intramolecular hydrogen bonds were established (total number is 313) in all possible conformers of uridine, namely, C1'H...O2, C2'H2...O5', C2'H2...O2, C3'H...O2, C5'H1...O2, C5'H2...O2, C6H...O4', C6H...O5', C3'H…HC6, C5'H1…HC6, C5'H2…HC6, O2'H...O2, O2'H...O3', O3'H...O2', O3'H...O5', O5'H...O2, and O5'H...O3'. Their conformational properties, geometric and electron topology characteristics were described. Квантово-механическим методом функционала плотности на уровне теории MP2/6-311++G(d, p)//DFT B3LYP/6-31G(d, p) проведен полный конформационный анализ уридина. Представлены основные геометрические, энергетические и полярные характеристики всех его 111 устойчивых конформеров. Получены конформационные равновесия в диапазоне температур 298,15–420 К: при 298,15 К syn:anti = 10,6:89,4 %, S:N=85,5:14,5 %; при Т = 420 К syn:anti = 16,6:83,4 %, S:N = 68,6:31,4 %. Методом квантово-механического анализа топологии электронной плотности (теория атомов в молекулах Бейдера) во всех возможных конформерах зафиксированы 17 типов внутримолекулярных водородных связей, от одного до пяти на конформер (их общее число – 313): C1'H...O2, C2'H2...O5', C2'H2...O2, C3'H...O2, C5'H1...O2, C5'H2...O2, C6H...O4', C6H...O5', C3'H…HC6, C5'H1...HC6, C5'H2…HC6, O2'H...O2, O2'H...O3', O3'H...O2', O3'H...O5', O5'H...O2 и O5'H...O3'. Представлены их конформационные свойства, геометрические и электронно-топологические характеристики. uk Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Біополімери і клітина Молекулярна біофізика Конформаційні можливості уридину: квантово-механічне дослідження методом функціоналу густини Конформационные возможности уридина: квантово-механическое исследование методом функционала плотности Conformational possibilities of uridine: DFT quantum mechanical investigation Article published earlier |
| institution |
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| collection |
DSpace DC |
| title |
Конформаційні можливості уридину: квантово-механічне дослідження методом функціоналу густини |
| spellingShingle |
Конформаційні можливості уридину: квантово-механічне дослідження методом функціоналу густини Жураківський, Р.О. Говорун, Д.М. Молекулярна біофізика |
| title_short |
Конформаційні можливості уридину: квантово-механічне дослідження методом функціоналу густини |
| title_full |
Конформаційні можливості уридину: квантово-механічне дослідження методом функціоналу густини |
| title_fullStr |
Конформаційні можливості уридину: квантово-механічне дослідження методом функціоналу густини |
| title_full_unstemmed |
Конформаційні можливості уридину: квантово-механічне дослідження методом функціоналу густини |
| title_sort |
конформаційні можливості уридину: квантово-механічне дослідження методом функціоналу густини |
| author |
Жураківський, Р.О. Говорун, Д.М. |
| author_facet |
Жураківський, Р.О. Говорун, Д.М. |
| topic |
Молекулярна біофізика |
| topic_facet |
Молекулярна біофізика |
| publishDate |
2008 |
| language |
Ukrainian |
| container_title |
Біополімери і клітина |
| publisher |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| format |
Article |
| title_alt |
Конформационные возможности уридина: квантово-механическое исследование методом функционала плотности Conformational possibilities of uridine: DFT quantum mechanical investigation |
| description |
Квантово-механічним методом функціоналу густини на рівні теорії MP2/6-311++G(d,p)//DFT B3LYP/6-31G(d,p) проведено вичерпний конформаційний аналіз уридину. Представлено основні геометричні, енергетичні та полярні характеристики усіх його 111 стійких конформерів. Отримано конформаційні рівноваги у діапазоні температур 298,15–420 К: при 298,15 К syn:anti = 10,6:89,4 %, S:N = 85,5:14,5 %; при Т = 420 К syn:anti = 16,6:83,4 %, S:N = 68,6:31,4 %. Методом квантово-механічного аналізу топології електронної густини (теорія атомів у молекулах Бейдера) в усіх можливих конформерах зафіксовано 17 типів внутрішньомолекулярних водневих зв’язків, від одного до п’яти на конформер (їхня загальна кількість – 313): C1'H...O2, C2'H2...O5', C2'H2...O2, C3'H...O2, C5'H1...O2, C5'H2...O2, C6H...O4', C6H...O5', C3'H…HC6, C5'H1…HC6, C5'H2…HC6, O2'H...O2, O2'H...O3', O3'H...O2', O3'H...O5', O5'H...O2 та O5'H...O3'. Представлено їхні конформаційні властивості, геометричні та електронно-топологічні характеристики.
Complete conformational analysis of uridine is performed by density functional theory at MP2/6-311++G(d, p)//DFT B3LYP/6-31G(d, p) level. Main geometric, energetic, and polar characteristics of all 111 conformers were presented, along with conformational equilibria in temperature range of 298.15–420 K. At T = 298.15 K these are syn:anti = 10.6:89.4 %; S:N = 85.5:14.5 %, and at T = 420 K syn:anti = 16.6:83.4 %; S:N = 68.6:31.4 %. By quantum mechanical method (Bader’s atoms in molecules theory) as many as 17 types of intramolecular hydrogen bonds were established (total number is 313) in all possible conformers of uridine, namely, C1'H...O2, C2'H2...O5', C2'H2...O2, C3'H...O2, C5'H1...O2, C5'H2...O2, C6H...O4', C6H...O5', C3'H…HC6, C5'H1…HC6, C5'H2…HC6, O2'H...O2, O2'H...O3', O3'H...O2', O3'H...O5', O5'H...O2, and O5'H...O3'. Their conformational properties, geometric and electron topology characteristics were described.
Квантово-механическим методом функционала плотности на уровне теории MP2/6-311++G(d, p)//DFT B3LYP/6-31G(d, p) проведен полный конформационный анализ уридина. Представлены основные геометрические, энергетические и полярные характеристики всех его 111 устойчивых конформеров. Получены конформационные равновесия в диапазоне температур 298,15–420 К: при 298,15 К syn:anti = 10,6:89,4 %, S:N=85,5:14,5 %; при Т = 420 К syn:anti = 16,6:83,4 %, S:N = 68,6:31,4 %. Методом квантово-механического анализа топологии электронной плотности (теория атомов в молекулах Бейдера) во всех возможных конформерах зафиксированы 17 типов внутримолекулярных водородных связей, от одного до пяти на конформер (их общее число – 313): C1'H...O2, C2'H2...O5', C2'H2...O2, C3'H...O2, C5'H1...O2, C5'H2...O2, C6H...O4', C6H...O5', C3'H…HC6, C5'H1...HC6, C5'H2…HC6, O2'H...O2, O2'H...O3', O3'H...O2', O3'H...O5', O5'H...O2 и O5'H...O3'. Представлены их конформационные свойства, геометрические и электронно-топологические характеристики.
|
| issn |
0233-7657 |
| url |
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/157675 |
| citation_txt |
Конформаційні можливості уридину: квантово-механічне дослідження методом функціоналу густини / Р.О. Жураківський, Д.М. Говорун // Біополімери і клітина. — 2008. — Т. 24, № 2. — С. 142-157. — Бібліогр.: 28 назв. — укр. |
| work_keys_str_mv |
AT žurakívsʹkiiro konformacíinímožlivostíuridinukvantovomehaníčnedoslídžennâmetodomfunkcíonalugustini AT govorundm konformacíinímožlivostíuridinukvantovomehaníčnedoslídžennâmetodomfunkcíonalugustini AT žurakívsʹkiiro konformacionnyevozmožnostiuridinakvantovomehaničeskoeissledovaniemetodomfunkcionalaplotnosti AT govorundm konformacionnyevozmožnostiuridinakvantovomehaničeskoeissledovaniemetodomfunkcionalaplotnosti AT žurakívsʹkiiro conformationalpossibilitiesofuridinedftquantummechanicalinvestigation AT govorundm conformationalpossibilitiesofuridinedftquantummechanicalinvestigation |
| first_indexed |
2025-12-07T18:38:43Z |
| last_indexed |
2025-12-07T18:38:43Z |
| _version_ |
1850875810178662400 |