Структурні механізми взаємодії дефосфорильованих 2`-5`-триаденілатів з білком S100A1

• Published in: Доповіді НАН України
• Date: 2020
• Main Authors: Скоробогатов, О.Ю., Жуков, І.Ю., Ткачук, З.Ю.
• Format: Article
• Language: Ukrainian
• Published: Видавничий дім "Академперіодика" НАН України 2020
• Subjects: Біологія
• Online Access: https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/170266
• Journal Title: Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
• Cite this: Структурні механізми взаємодії дефосфорильованих 2`-5`-триаденілатів з білком S100A1 / О.Ю. Скоробогатов, І.Ю. Жуков, З.Ю. Ткачук // Доповіді Національної академії наук України. — 2020. — № 1. — С. 89-94. — Бібліогр.: 5 назв. — укр.

За допомогою методів ЯМР спектроскопії та комп'ютерного моделювання вивчали структурні механізми взаємодії дефосфорильованих 2´5´ триаденілатів з білком S100A1. Встановлено, що дефосфорильований 2´5´ триаденілат зв'язується з білком S100A1 на межі Са²⁺ зв'язувального домену та лінкерного регіо ну. Утворення комплексу білок—триаденілат стабілізується трьома зв'язками, два з яких електростатичні, а один водневий. Зафіксовані особливості взаємодії дефосфорильованого 2´5´ триаденілату з S100A1 можуть бути підґрунтям для пояснення однієї з неописаних раніше функцій дефосфорильованого 2´5´ триаденілату. We study the structural mechanisms of interaction of dephosphorylated 2´5´ triadenylates with S100A1 protein by NMR spectroscopy and computer simulation methods. Earlier, it was demonstrated that 2´5´ triadenylates are capable of stimulating the muscle contraction via a direct or indirect interaction with the Ryano dine receptor (RyR). One of the key regulators of this intracellular Са²⁺ pump is a calciumbinding protein S100A1. We assumed that the naturally occurring 2´5´ triadenylate may interact with S100A1 directly, by exhibiting its effect, and took a detailed look at the interaction. It is shown that dephosphorylated 2´5´ triadenylate binds to S100A1 within the Са²⁺ binding loop/linker interface, where the aminoacids within the S100A1 homodimer displayed the highest amplitude of chemical shifts. Complex formation turned out to be stabilized by the formation of two electrostatic and one hydrogen bonds. The data obtained may suggest an insight into how the naturally occurring 2´5´ triadenylate exhibits its purely biological function. An alternative possible scenario is the interaction between 2´5´ triadenylate and CAM kinase, which leads to the alteration of the latter’s functioning, which further affects the RyR. S100A1’s antagonist regarding the RyR functioning, Calmodulin, was earlier shown to interact with 2´5´ triadenylate, which led to the Са²⁺ affinity alteration of the latter. Collectively, these data assume that 2´5´ triadenylate interacts with both major regulators of RyR’s Са²⁺releasing activity. С помощью методов ЯМР спектроскопии и компьютерного моделирования изучали структурные меха низмы взаимодействия дефосфорилированного 2´5´ триаденилата с белком S100A1. Установлено, что дефосфорилированный 2´5´ триаденилат связывается с белком S100A1 на грани Са²⁺ связывающего домена и линкерного региона. Образование комплекса белок—триаденилат стабилизируется тремя связями, два из которых электростатические, а один — водородный. Зафиксированные особенности взаимодействия дефосфорилированного 2´5´ триаденилата с S100A1 могут служить в качестве основы для объясне ния одной из неописанных ранее функций дефосфорилированного 2´5´ триаденилата.