Плазміди трьох клінічних штамів Escherichia coli
Наявність плазмідних ДНК досліджувалася у трьох клінічних штамів Escherichia
 coli. Штами 345 та 1257 містили по одній плазміді - рЕС345 (5,1 тпн) та рЕС1257 (5,0
 тпн). Штам 951 містив 3 плазміди рЕС951-1 (50 тпн), рЕС591-2 (7,2 тпн) и рЕС591-3
 (1,7 тпн). За допомогою рестр...
Gespeichert in:
| Veröffentlicht in: | Фактори експериментальної еволюції організмів |
|---|---|
| Datum: | 2009 |
| Hauptverfasser: | , , , |
| Format: | Artikel |
| Sprache: | Ukrainisch |
| Veröffentlicht: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2009
|
| Schlagworte: | |
| Online Zugang: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/176877 |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Zitieren: | Плазміди трьох клінічних штамів Escherichia coli / Л.В. Поліщук, В.В. Лукянчук, В.Ф. Марієвський, Н.М. Рубан // Фактори експериментальної еволюції організмів: Зб. наук. пр. — 2009. — Т. 7. — С. 36-39. — Бібліогр.: 15 назв. — укр. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1860063496006270976 |
|---|---|
| author | Поліщук, Л.В. Лукянчук, В.В. Марієвський, В.Ф. Рубан, Н.М. |
| author_facet | Поліщук, Л.В. Лукянчук, В.В. Марієвський, В.Ф. Рубан, Н.М. |
| citation_txt | Плазміди трьох клінічних штамів Escherichia coli / Л.В. Поліщук, В.В. Лукянчук, В.Ф. Марієвський, Н.М. Рубан // Фактори експериментальної еволюції організмів: Зб. наук. пр. — 2009. — Т. 7. — С. 36-39. — Бібліогр.: 15 назв. — укр. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Фактори експериментальної еволюції організмів |
| description | Наявність плазмідних ДНК досліджувалася у трьох клінічних штамів Escherichia
coli. Штами 345 та 1257 містили по одній плазміді - рЕС345 (5,1 тпн) та рЕС1257 (5,0
тпн). Штам 951 містив 3 плазміди рЕС951-1 (50 тпн), рЕС591-2 (7,2 тпн) и рЕС591-3
(1,7 тпн). За допомогою рестрикційного аналізу виявлено різну первинну будову
плазмід рЕС345 и рЕС1257.
Исследовано на наличие плазмидной ДНК 3 клинических штамма Escherichia
coli. Штаммы 345 и 1257 содержат по 1 плазмиде - рЕС345 (5,1 тпн) и рЕС1257 (5,0
тпн) соответственно. Штамм 951 содержит 3 плазмиды: рЕС951-1 (50 тпн), рЕС591-2
(7,2 тпн) и рЕС591-3 (1,7 тпн). С помощью рестрикционного анализа выявлено
различное первичное строение плазмид рЕС345 и рЕС1257.
Three clinical strains of Escherichia coli were investigated on presence of plasmid
DNA. Strains 345 and 1257 contained on only one plasmid - рЕС345 (5,1 kb) and рЕС1257
(5,0 kp) accordingly. Three plasmids were found in strain 951: рЕС951-1 (50 kb), рЕС591-2
(7,2 kb) and рЕС591-3 (1,7 kb). Restrictional analysis has revealed different primary structure
plasmids рЕС345 and рЕС1257.
|
| first_indexed | 2025-12-07T17:05:54Z |
| format | Article |
| fulltext |
36
наперстянки крупноцветковой (Digitalis grandiflora Mill.) с помощью RAPD- и
ISSR-маркеров // Генетика. – 2007. – Т.43, №5. – С. 653-659.
3. Morsy A.A. Molecular Variations of Achillea fragrantissima (Forssk.) SCH. BIP.
Growing in Five Areas of South Sinai // Int. J. Agri. Biol.� 2007. �Vol. 9, No. 1 � P.
11-17.
Резюме
За допомогою RAPD маркерів досліджено генетичний поліморфізм двох ендемічних
видів деревію Achillea glaberrima Кlok. та Achillea leptophilla Bieb. Рівень поліморфізму
у A. leptophilla склав 75% і 46% - у A. glaberrima. В цілому отримані дані свідчать про
значно більший рівень поліморфізму у A. leptophilla, який має більш широкий, хоча і
диз'юнктивний ареал, у порівнянні з вузьколокальним ендеміком A. glaberrima.
При помощи RAPD маркеров исследован генетический полиморфизм двух эндемичных
видов тысячелистника Achillea glaberrima Кlok. и Achillea leptophilla Bieb. Уровень
полиморфизма у A. leptophilla составил 75% и 46% - у A. glaberrima. В целом,
полученные данные свидетельствуют о значительно большем уровне полиморфизма A.
leptophilla, который имеет более широкий, хотя и дизъюнктивный ареал, по сравнению
с узколокальным эндемиком A. glaberrima.
Genetic polymorphism of the two endemic species Achillea glaberrima Кlok. and Achillea
leptophilla Bieb. have been studied using RAPD markers. The level of genetic polymorphism
of A. leptophilla is 75% and A. glaberrima - 46%. Obtained data indicate that the endemic A.
leptophilla with wide disjunctive area have march more level of genetic polymorphism than
the narrow-local A. glaberrima.
ПОЛІЩУК Л.В.1, ЛУКЯНЧУК В.В.1, МАРІЄВСЬКИЙ В.Ф.2, РУБАН Н.М.2.
1 Інститут мікробіології і вірусології НАН України,
Україна, Д03680, Київ, вул. акад. Заболотного, 154, e-mail: Polischuk@serv.imv.kiev.ua
2 Інститут епідеміології та інфекційних хвороб АМН України,
Україна, 03038, Київ, вул. акад. Амосова, 5
ПЛАЗМІДИ ТРЬОХ КЛІНІЧНИХ ШТАМІВ ESCHERICHIA COLI
Як відомо, внутрішньо лікарняні інфекції (ВЛІ) стали однією з найбільш гострих
проблем сучасної системи охорони здоров‘я як в Україні, так і у всьому світі [1, 2, 7.
10]. Однією з характерних рис ВЛІ сьогодення є те, що її спалахи часто спричиняють
умовно-патогенні мікроорганізми [1, 2, 7]. До 50% випадків ВЛІ її збудниками є
бактерії родини Enterobacteriaceaе, однак найбільш часто їх спричиняють штами
Eschrichia coli, деякі види родів Kebsiella, Enterobacter, Proteus, Providencia та ряд
інших [7, 8].
Встановлено, що плазміди широко поширені серед представників цієї родини
мікроорганізмів [8, 12]. Позахромосомна ДНК виявлена у 25-75% всіх досліджених
штамів, в залежності від місця відбору зразка та родових особливостей бактерій [12].
Наявність плазмідних ДНК у патогенних та умовно патогенних мікроорганізмів має
особливо велике значення через детермінацію ними стійкості до антибіотиків чи
синтезу токсинів та можливість передачі цих властивостей патогенним
мікроорганізмам [11].
У трьох клінічних штамів Eschrichia coli було виявлено плазмідні ДНК. Метою
роботи було визначення їх молекулярного розміру та рестрикційний аналіз.
Матеріали і методи
37
Об‘єктами досліджень були штами Escherichia coli 345, 951 та 1257 з музею
культур Інституту епідеміології та інфекційних хвороб ім. Громашевського.
В роботі використовували середовища МПБ та МПА.
Плазмiдну ДНК з клітин Escherichia coli отримували методом, який запропонував
Кізер [10].
Рестрикційний аналіз плазмідних ДНК проводили як запропоновано Маніатісом
[5]. В роботі використовували рестриктази і ДНК фагу λ фірми "Ферментас"[4].
Електрофорез проводили в 0,8 % агарозi в ТБЕ буферi [5]. Як стандарт
молекулярних розмірів фрагментів плазмідної ДНК використовували HindIII- та
HindIII+EcoRI- фрагменти ДНК фагу λ [4, 5].
Результати та їх обговорення
Як повідомлялося вище, три штами Eschrichia coli, які використовувалися в
дослідженнях, було виділено при спалахах ВЛІ в різних лікарнях міста Києва. Наші
дослідження виявили наявність плазмідних ДНК у всіх трьох штамів. Два штами E. сoli
(345 та 1257) містили по одній плазміді, а третій (E. сoli 591) був багатоплазмідним.
В клітинах штаму E. сoli 591 виявлено 3 плазмідних ДНК рЕС591-1 (50 тпн),
рЕС591-2 (9,2 тпн) та рЕС591-3 (1,7 тпн). За даними літератури одночасне існування в
клітині кількох плазмід є досить розповсюдженим явищем. Випадки мультіплазмідних
штамів виявлені для представників різних родів (Сyanothece, Enterobacter, Eschrichia,
Klebsiella, Salmonella, Streptomyces та багатьох інших) [9, 11-15]. Так, наприклад
встановлено, що штам E. сoli Е24377А містить 6 плазмід з молекулярними розмірами
5,0 тпн, 6,2 тпн, 34,4 тпн, 70,1 тпн, 74,2 тпн та 79,2 тпн [3].
Раніше нами повідомлялося про виявлення плазміди pEC1257 у штаму
Escherichia coli 1257 [6]. За допомогою рестрикційного аналізу було встановлено, що на
плазміді pEC1257 є унікальні сайти рестрикції для 5 рестриктаз (Bsp120I, SalGI, Eco47I,
BamHI та BglI), 2 сайти рестрикції для ферменту Bsp119I та жодного для 4 рестриктаз
(PstI, EcoRI, XbaI та HindIII) та визначено її молекулярний розмір в 5,0 тпн. При
гідролізі плазміди pEC1257 ендонуклеазою рестрикції Bsp119I утворюються 2
фрагменти (2,0 тпн та 3,0 тпн) [6].
За допомогою лужно-фенольного методу Кізера у штама E. coli 345 було виявлено
плазмідну ДНК, яка отримала назву pEC345. Дослідження фізичної будови виявленої
колійної плазміди pEC345 проводилися з використанням 6 ендонуклеаз рестрикції ІІ
типу: PstI , Bsp119I, EcoRI, HindIII, BamHI та BglI. За даними рестрикційного аналізу
цієї плазмідної ДНК встановлено, що плазміда має унікальні сайти рестрикції для 5
рестриктаз (Bsp119I, EcoRI, HindIII, BamHI та BglI) та 2 сайта рестрикції для ферменту
PstI. При гідролізі плазміди pEC345 ендонуклеазою рестрикції PstI утворюються 2
фрагменти (2,5 тпн та 2,65 тпн).
З даних літератури відомо, що однакова електрофоретична рухливість плазмід не
означає тотожність їх первинної будови: так плазміди pAlvA (Hafnia alvei) та pBS512_5
(Shigella boydii CDC 3083-94) мають молекулярний розмір 5113 пн, але рестрикційний
аналіз плазмідних ДНК виявив відмінності в їх нуклеотидних послідовностях [3, 13].
Аналогічні висновки по нетотожності 2 колійних плазмід pKL1 та pO26-S1 з
молекулярним розміром 1549 пн зроблено при дослідженні їх нуклеотидних
послідовностей, які представлені в Інтернет-базі даних.[3, 11].
Порівняння даних рестрикційного аналізу плазмідних ДНК 2 штамів кишкової
палички, представлених в таблиці дозволяють зробити висновок, що штами Escherichia
coli 1257 та 345 містять неспоріднені плазміди pEC1257 та pEC345, що відрізняються
нуклеотидною послідовністю їх молекул.
38
Таблиця
Рестрикційний аналіз плазмід pEC345 та pEC1257.
Ендонуклеази ІІ типу Кількість сайтів
рестрикції на
плазміді pEC345
Кількість сайтів
рестрикції на плазміді
pEC1257 [5].
Bsp119I 1 2 (2,0; 3,0 тпн)
EcoRI 1 0
BamHI 1 1
BglI 1 1
Pst1 2 (2,5; 2,65 тпн) 0
HindIII 1 0
Cередній молекулярний
розмір плазмід
5,1 тпн 5,0 тпн
На початок 2009 року в Інтернет-базі даних представлено нуклеотидні
послідовності 7 плазмід видів з родини Enterobacteriaceae з молекулярним розміром 5.0
– 5,1 тпн: pECO1 (Enterobacter cloacae IFO 3320), pIGJC156, pIGRWZ12, pETEC_5
(E.coli), pAlvA (Hafnia alvei), pBS512_5 (Shigella boydii CDC 3083-94), pSS046_spB
(Shigella sonnei 046_spB) [3, 13, 15].
Порівняльний аналіз інформації з Інтернет-баз даних про кількість сайтів
рестрикції та розташування на цих 7 плазмідах та результатів, отриманих нами для
плазмід pEC1257 і pEC345 дозволив зробити висновок про нетотожність фізичних карт
виявлених нами двох плазмід E. coli рЕС345 та рЕС1257, з такими що представлені в
базах данних [3].
Висновки
Таким чином, у всіх трьох штамів Escherichia coli довільно вибраних з великої
колекції клінічних культур виявлено наявність позахромосомних ДНК. Один з них
(штам 951) містив не менше трьох плазмід різного молекулярного розміру, в той час як
два інших містять по одній плазміді.
Проведено рестрикційний аналіз плазмід рЕС345 та рЕС1257 та порівняльне
дослідження отриманих результатів з інформацією Інтернет баз даних. Встановлено,
що плазміди рЕС345 та рЕС1257 мають фізичні карти відмінні одна від одної та від
ряду плазмід, представлених Інтернет-базах данних.
Література
1. Венцель Р.П. Внутрибольничные инфекции.- М.: Медицина, 1990.- 655 с.
2. Зуева Л.П., Раисовская Е.Н. Стратегия организации борьбы с внутрибольничными
инфекциями в современных условиях // РЭТ-инфо.-2003, №2.-С.18-19.
3. Інтернет-база даних GenBank (www.ncbi.nlm.nih.gov)
4. Каталог фірми MBI. Fermentas.- 2006-2007.
5. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбук Дж. Молекулярное клонирование. Методы
генетической инженерии.-М.: Мир.- 1984.- 450 c.
6. Марієвський В.Ф., Рубан Н.М., Кролевецкая Н.М., Лук‘янчук В.В., Поліщук Л.В.
Плазміда штаму Escherichia coli 1257 // Лабораторна діагностика.-2006.-T.38, №4.-
С.35-37.
7. Морозова Н.С. Дезинфектологические аспекты профилактики внутрибольничных
инфекций // Матеріалі доповідей н-п. Конф. “Вчення Л.В. Громашевського в
сучасних умовах боротьбі з інфекційними хворобами”.- K.-2006.-С.124-132.
8. Определитель бактерий Берджи, 9 издание. ( под редакцией Дж.Чоулта, Н. Крига,
П. Снита, Дж. Стейли, С. Уилльямса).- М.:Мир, 1997.-т.1.-432 с.
9. Burian J., Guller L., Macor M., Kay W. W. Small cryptic plasmids of multiplasmid
clinical Escherichia coli// Plasmid.-1997.-Vol.37,№1.-P.2-14
39
10. Kieser T. Factors affecting the isolation of CCC DNA from Streptomyces lividans and
Escherichia coli // Plasmid.-1984, №12.- P.19-36.
11. Russell A.D. Plasmids and bacterial resistance to biocides// J. Appl. Microbial.-1997.-
Vol. 83, № 2.- P. 155-165.
12. Su L.H., Chu C., Cloeckaert A., Chiu C.H. An epidemic of plasmid? Dissemination of
extended-spectrum cephalosporinases among Salmonella and other Enterobacteriaceae
// FEMS Immunol Med Microbiol.-2008.-Vol.52, № 2.-P.155-166.
13. Wertz J.E., Riley M.A. Chimeric narure of two plasmid of Hafnia alvei encoding the
bacteriocins alveicins A and B // J. Bacteriol.-2004.-Vol.186, №6.- P.1598-1605.
14. Yang F., Yang J., Zhang X. et al. Genome dynamics and diversity of Shigella species,
the etiologic agents of bacillary dysentery // Nucleic Acids Res.-2005.-Vol.33, № 19.-P.
6445-6458.
15. Zaleski P., Wolinowska R., Strzezek K., Lakomy A., Plucianniczak A. The complete
seguece and segregation stability analysis of a new cryptic plasmid pIGWZ12 from a
clinical strain of Escherichia coli // Plasmid.-2006.-Vol.56, № 3.-P.228-232.
Резюме
Исследовано на наличие плазмидной ДНК 3 клинических штамма Escherichia
coli. Штаммы 345 и 1257 содержат по 1 плазмиде - рЕС345 (5,1 тпн) и рЕС1257 (5,0
тпн) соответственно. Штамм 951 содержит 3 плазмиды: рЕС951-1 (50 тпн), рЕС591-2
(7,2 тпн) и рЕС591-3 (1,7 тпн). С помощью рестрикционного анализа выявлено
различное первичное строение плазмид рЕС345 и рЕС1257.
Three clinical strains of Escherichia coli were investigated on presence of plasmid
DNA. Strains 345 and 1257 contained on only one plasmid - рЕС345 (5,1 kb) and рЕС1257
(5,0 kp) accordingly. Three plasmids were found in strain 951: рЕС951-1 (50 kb), рЕС591-2
(7,2 kb) and рЕС591-3 (1,7 kb). Restrictional analysis has revealed different primary structure
plasmids рЕС345 and рЕС1257.
Наявність плазмідних ДНК досліджувалася у трьох клінічних штамів Escherichia
coli. Штами 345 та 1257 містили по одній плазміді - рЕС345 (5,1 тпн) та рЕС1257 (5,0
тпн). Штам 951 містив 3 плазміди рЕС951-1 (50 тпн), рЕС591-2 (7,2 тпн) и рЕС591-3
(1,7 тпн). За допомогою рестрикційного аналізу виявлено різну первинну будову
плазмід рЕС345 и рЕС1257.
ПОТОПАЛЬСЬКИЙ А.І., ЮРКЕВИЧ Л.Н., КАЦАН В.А.
Інститут молекулярної біології та генетики НАН України,
Інститут оздоровлення й відродження народів України,
Україна, 03143, Київ, вул. Академіка Заболотного, 150, e-mail: potopalsky@imbg.org.ua
ГОМЕОБОКСНІ ГЕНИ, ЯК МОЖЛИВІ МІШЕНІ ДІЇ ЕКЗОГЕННИХ ДНК
ПРИ ОТРИМАННІ НОВИХ ФОРМ ЖИТА.
2.ЗАКОНОМІРНОСТІ ДІЇ ЕКЗОГЕННИХ ДНК ПРИ СЕЛЕКЦІЇ
КОРОТКОСТЕБЛОВИХ ФОРМ ДИПЛОЇДНОГО ЖИТА
В попередній нашій роботі повідомлялося про індукування за допомогою препа-
ратів екзогенних ДНК (е-ДНК) та їх алкілованих тіофосфамідом аналогів (е-ДНК(т))
спадкових форм рослин з ярим типом розвитку в озимого диплоїдного жита сорту Жи-
томирське, водночас зі змінами морфологічних ознак. Сприятливими для підвищення
врожайності жита є збільшення кількості продуктивних стебел, довжини колосу, галу-
ження колосу [1]. Дуже важливими є також форми жита з потовщеним та вкороченим
|
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-176877 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 2219-3782 |
| language | Ukrainian |
| last_indexed | 2025-12-07T17:05:54Z |
| publishDate | 2009 |
| publisher | Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Поліщук, Л.В. Лукянчук, В.В. Марієвський, В.Ф. Рубан, Н.М. 2021-02-08T18:08:07Z 2021-02-08T18:08:07Z 2009 Плазміди трьох клінічних штамів Escherichia coli / Л.В. Поліщук, В.В. Лукянчук, В.Ф. Марієвський, Н.М. Рубан // Фактори експериментальної еволюції організмів: Зб. наук. пр. — 2009. — Т. 7. — С. 36-39. — Бібліогр.: 15 назв. — укр. 2219-3782 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/176877 Наявність плазмідних ДНК досліджувалася у трьох клінічних штамів Escherichia
 coli. Штами 345 та 1257 містили по одній плазміді - рЕС345 (5,1 тпн) та рЕС1257 (5,0
 тпн). Штам 951 містив 3 плазміди рЕС951-1 (50 тпн), рЕС591-2 (7,2 тпн) и рЕС591-3
 (1,7 тпн). За допомогою рестрикційного аналізу виявлено різну первинну будову
 плазмід рЕС345 и рЕС1257. Исследовано на наличие плазмидной ДНК 3 клинических штамма Escherichia
 coli. Штаммы 345 и 1257 содержат по 1 плазмиде - рЕС345 (5,1 тпн) и рЕС1257 (5,0
 тпн) соответственно. Штамм 951 содержит 3 плазмиды: рЕС951-1 (50 тпн), рЕС591-2
 (7,2 тпн) и рЕС591-3 (1,7 тпн). С помощью рестрикционного анализа выявлено
 различное первичное строение плазмид рЕС345 и рЕС1257. Three clinical strains of Escherichia coli were investigated on presence of plasmid
 DNA. Strains 345 and 1257 contained on only one plasmid - рЕС345 (5,1 kb) and рЕС1257
 (5,0 kp) accordingly. Three plasmids were found in strain 951: рЕС951-1 (50 kb), рЕС591-2
 (7,2 kb) and рЕС591-3 (1,7 kb). Restrictional analysis has revealed different primary structure
 plasmids рЕС345 and рЕС1257. uk Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Фактори експериментальної еволюції організмів Молекулярна структура та організація геномів Плазміди трьох клінічних штамів Escherichia coli Article published earlier |
| spellingShingle | Плазміди трьох клінічних штамів Escherichia coli Поліщук, Л.В. Лукянчук, В.В. Марієвський, В.Ф. Рубан, Н.М. Молекулярна структура та організація геномів |
| title | Плазміди трьох клінічних штамів Escherichia coli |
| title_full | Плазміди трьох клінічних штамів Escherichia coli |
| title_fullStr | Плазміди трьох клінічних штамів Escherichia coli |
| title_full_unstemmed | Плазміди трьох клінічних штамів Escherichia coli |
| title_short | Плазміди трьох клінічних штамів Escherichia coli |
| title_sort | плазміди трьох клінічних штамів escherichia coli |
| topic | Молекулярна структура та організація геномів |
| topic_facet | Молекулярна структура та організація геномів |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/176877 |
| work_keys_str_mv | AT políŝuklv plazmíditrʹohklíníčnihštamívescherichiacoli AT lukânčukvv plazmíditrʹohklíníčnihštamívescherichiacoli AT maríêvsʹkiivf plazmíditrʹohklíníčnihštamívescherichiacoli AT rubannm plazmíditrʹohklíníčnihštamívescherichiacoli |