Дослідження поліморфізму довжини інтронів генів ß-тубуліну у сортів Triticum aestivum L. та Hordeum vulgare L.
Aims. Tubulin-Based-Polimorphism (TBP) was originally introduced as a novel method for assaying genetic diversity in plants. In this connection, testing of this method in genetic research of cereals like as local wheat and barley varieties is very necessary. Methods. The CTAB-method for the isolatio...
Gespeichert in:
| Veröffentlicht in: | Фактори експериментальної еволюції організмів |
|---|---|
| Datum: | 2015 |
| Hauptverfasser: | , , , |
| Format: | Artikel |
| Sprache: | Ukrainisch |
| Veröffentlicht: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2015
|
| Schlagworte: | |
| Online Zugang: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/177459 |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Zitieren: | Дослідження поліморфізму довжини інтронів генів ß-тубуліну у сортів Triticum aestivum L. та Hordeum vulgare L. / А.М. Рабоконь, А.Є. Демкович, Я.В. Пірко, Я.Б. Блюм // Фактори експериментальної еволюції організмів: Зб. наук. пр. — 2015. — Т. 17. — С. 82-86. — Бібліогр.: 19 назв. — укр. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1859787831862362112 |
|---|---|
| author | Рабоконь, А.М. Демкович, А.Є. Пірко, Я.В. Блюм, Я.Б. |
| author_facet | Рабоконь, А.М. Демкович, А.Є. Пірко, Я.В. Блюм, Я.Б. |
| citation_txt | Дослідження поліморфізму довжини інтронів генів ß-тубуліну у сортів Triticum aestivum L. та Hordeum vulgare L. / А.М. Рабоконь, А.Є. Демкович, Я.В. Пірко, Я.Б. Блюм // Фактори експериментальної еволюції організмів: Зб. наук. пр. — 2015. — Т. 17. — С. 82-86. — Бібліогр.: 19 назв. — укр. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Фактори експериментальної еволюції організмів |
| description | Aims. Tubulin-Based-Polimorphism (TBP) was originally introduced as a novel method for assaying genetic diversity in plants. In this connection, testing of this method in genetic research of cereals like as local wheat and barley varieties is very necessary. Methods. The CTAB-method for the isolation of DNA, PCR amplification, electrophoretic analysis under non-denaturing polyacrylamide gel and staining by silver nitrate method were used. Results. Genetic polymorphism of wheat and barley varieties was described on the basis of electrophoresis of TBP products. It was found that the number of the amplicons that correspond to the first intron of β-tubulin can be varying quite widely (94–3000 bp –Triticum aestivum L.; 97–1500 bp – Hordeum vulgare L.). Conclusions. Obtained data show that the intron length polymorphism method has good differentiating ability at least on some cereals. Thus, TBP – rapid, simple and reliable method that does not require much preliminary information about the genome of the object of interest; it can be useful in various genetic studies of plants.
|
| first_indexed | 2025-12-02T10:33:03Z |
| format | Article |
| fulltext |
82 ISSN 2219-3782. Фактори експериментальної еволюції організмів. 2015. Том 17
УДК 575.2:577.2
РАБОКОНь А.М., ДЕМКОВИЧ А.Є., ПІРКО Я.В., БЛЮМ Я.Б.
Інститут харчової біотехнології та геноміки НАН України,
Україна, 04123, м. Київ, вул. Осиповського, 2а, e-mail: nastya-rabokon@rambler.ru
ДОСЛІДЖЕННЯ ПОЛІМОРФІЗМУ ДОВЖИНИ ІНТРОНІВ ГЕНІВ
β-ТУБУЛІНУ У СОРТІВ TRiTicum AEsTivum L. ТА HoRDEum vulGARE L.
ДНК-маркери широко застосовуються як у
фундаментальних, так і в прикладних досліджен-
нях для вирішення багатьох завдань генетики, се-
лекції, збереження біорізноманіття, вивчення ме-
ханізмів еволюції, картування хромосом, а та-
кож для насінництва, племінної справи тощо [1,
2]. Розвиток маркерних систем спрямований від
оцінки анонімних послідовностей (ISSr, raPD)
до визначення поліморфізму цільових послі-
довностей генів. До нової генерації ДНК-мар-
керів можна віднести маркери, що ґрунтуються
на знанні структури генів, які кодують тубуліни:
ТВР (tubulin base polimorphism). Цей метод впер-
ше був запропонований Д. Бревіаріо та його коле-
гами [2]. Тубулін – один із ключових структурних
білків цитоскелету клітини, який складає основу
мікротрубочок. Мікротрубочки, як частина ци-
тоскелету, беруть участь у більшості фундамен-
тальних клітинних процесів, зокрема у поділі клі-
тин [3–6]. Саме тому спостерігається доволі зна-
чна гомологія тубулінів у різних видів організмів.
Метод ТВР стосовно рослин ґрунтується на
трьох принципах: гени b-BC1C;V=0 <VaBOBL -9
V=B@>= C <560E :>4CNG>W ?>a;V4>2=>aBV,
який починається з 397 нуклеотиду після старто-
вого кодону aTG. Довжина цього інтрону може
варіювати між різними ізотипами, що визнача-
ють родину генів b-BC1C;V=0 [7–10], до того ж
інтрон фланкується з обох боків нуклеотидни-
ми послідовностями екзонів, які є досить кон-
сервативними. Підібравши до цих консерватив-
них ділянок праймери, можна за допомогою по-
лімеразної ланцюгової реакції отримати багато
копій ділянок, що знаходяться між ними, тобто,
інтронів. Враховуючи всі ці обставини, І-й ін-
трон β-тубуліну може бути джерелом ДНК-по-
ліморфізму, бо є більш варіабельною та менш
консервативною ділянкою в генах b-BC1C;V=0,
=V6 5:7>==V ?>a;V4>2=>aBV, 70 @0EC=>:
@V7=>W H284:>aBV 52>;NFVW F8E 42>E
5;5<5=BV2 [11–13]. Варто зазначити, що в по-
дальшому дослідникам вдалося залучити до ана-
лізу і другий інтрон β-тубуліну, збільшивши тим
самим диференціюючу здатність методу [14–
16]. Модифікований метод отримав назву h-TBP
(horse-ТВР). Цей метод дозволяє ампліфікувати
ділянку гена, яка містить перший і другий інтро-
ни, разом з другим кодуючим екзоном і частина-
ми кодуючих послідовністей екзонів 1 і 3. Однак
ІІ-й інтрон зустрічається не у всіх рослин, напри-
клад, він відсутній у Zea mays L. [2, 8], що може
створити певні незручності у проведенні аналізу.
Таким чином, поліморфізм довжин інтро-
нів (ТВР) – нова маркерна система, яка ґрунту-
ється на визначенні поліморфізму довжин інтро-
нів генів β-тубуліну і може використовуватися у
генетичному аналізі рослин [11]. Використання
цієї системи вже було апробоване на деяких ви-
дах родів Brassica L., Lotus L., Coffea L., Eleusine
Gaertn., Rosa L. тощо [16]. У той же час інформа-
ція по застосуванню ТВР для диференціації од-
нодольних рослин, зокрема злаків, є вкрай не-
повною: в одному із досліджень не було виявле-
но міжсортовий поліморфізм у пшениці та ячме-
ню [11], в іншому – метод працював, проте по-
ліморфізм був обмежений та система не могла
конкурувати з іншими молекулярними маркера-
ми [2].
Мета роботи – оцінити можливості викори-
стання поліморфізму довжин інтронів у генетич-
них дослідженнях злаків на основі аналізу віт-
чизняних сортів пшениці та ячменю.
Матеріали і методи
Аналізували 7 сортів пшениці (Triticum
aestivum L.) вітчизняної селекції – етиольовані
проростки, та 30 сортів ячменю (Hordeum vulgare
L.) – насіння. Кожному сорту присвоювали по-
рядковий номер, який наведено у таблиці 1.
ДНК з насіння ячменю екстрагували за до-
помогою Gen EluteTM Plant Genomic DNА Mini
prep Kit («Sigma-aldrich», США). з проростків
пшениці – ЦТАБ-методом [17]. Якість отриманої
ДНК перевіряли за допомогою електрофорезу в
1,5 % агарозному гелі, а також спектрофотоме-
трично на біофотометрі «Eppendorf» з визначен-
ням її концентрації.
Послідовності праймерів для проведення
полімеразної ланцюгової реакції взято з літера-
турних джерел [16]. Було використано наступні
праймери:
TBP-F: 5Ч - aaCTGGGCBaarGGNCaYTa
YaC-3Ч;
© РАБОКОНь А.М., ДЕМКОВИЧ А.Є., ПІРКО Я.В., БЛЮМ Я.Б.
Дослідження поліморфізму довжини інтронів генів β-Тубуліну у сортів Triticum Aestivum L. Та Hordeum Vulgare L.
Р
аб
ок
он
ь
А.
М
.,
Д
ем
ко
ви
ч
А.
Є
.,
П
ір
ко
Я
.В
.,
Б
лю
м
Я
.Б
.
ISSN 2219-3782. Фактори експериментальної еволюції організмів. 2015. Том 17 83
Дослідження поліморфізму довжини інтронів генів β-Тубуліну у сортів Triticum aestivum L. Та Hordeum vulgare L.
TBP-r: 5Ч- aCCaTrCaYTCrTCDGCrTTY
TC -3Ч.
ПЛР проводили на ампліфікаторі Thermal
Cycler 2720 («applied Biosystems», США). Ре-
акційна суміш (об’ємом 25 мкл) містила п’я-
тикратний ПЛР буфер з сульфатом амонію, 2,5
мМ MgCl2, 50 нг рослинної ДНК, 1мМ кожного
з праймерів, 0,2 мМ кожного dNTPs, 0,5 од. Taq
полімерази («Fermentas», Литва). Ампліфікацію
проводили за наступним протоколом: початкова
денатурація (94 °С) – 3 хв, 35 циклів ампліфікації
(денатурація 94 °С – 30 с, ренатурація праймерів
55 °С – 40 с, подовження 72 °С – 1,5 хв), кінцеве
подовження 72 °С – 8 хвилин, 15 °С – утриман-
ня [2]. Кожну ПЛР-реакцію проводили як міні-
мум в двократній повторності, щоб при подаль-
шому електрофоретичному аналізі мати можли-
вість виявити неспецифічні продукти ампліфіка-
ції, які відрізняються між однаковими реакціями.
Продукти ампліфікації розділяли за допомо-
гою електрофорезу в 6 % неденатуруючому по-
ліакриламідному гелі в 1Х ТВЕ-буфері [17]. Ві-
зуалізацію фрагментів проводили шляхом за-
барвленням нітратом срібла [18, 19]. Аналіз зо-
бражень виконували у програмі Gelanalyzer
(gelanalyzer.software.informer.com/1.0/).
Для визначення довжини фрагментів вико-
ристовували маркер молекулярної маси (O’Gene
ruler™ 100bp Plus DNa Ladder, ready-to-use;
«Fermentas», Литва).
Результати та обговорення
Результати проведеного електрофоретич-
ного аналізу свідчать про те, що під час амплі-
фікації утворюються амплікони (ділянки інтро-
нів β-тубуліну) довжиною приблизно від 94 пар
нуклеотидів (п.н.) до 3000 п.н. – для пшениці, та
Таблиця 1
Список сортів рослин Triticum aestivum L. та Hordeum vulgare L., задіяних в дослідженні
№ Назва сорту № Назва сорту № Назва сорту
Hordeum vulgare L. 13 Одеський 151 26 Гетьман
1 Дружба 14 Престиж 27 Оболонь
2 Одеський 100 15 Дерибас 28 Чудовий
3 Вестник 16 Переможний 29 Селеніт
4 Одеський 111 17 Гамбринус 30 Чарівний
5 Романтик 18 Едем Triticum aestivum L.
6 Тайфун 19 Сталкер 31 Харківська 30
7 Одеський 115 20 Незалежний 32 Безоста 1
8 Итиль 21 Адапт 33 Етюд
9 Прерія 22 Галатея 34 Елегія
10 Рось 23 Галактик 35 Харківська 26
11 Паллідум 107 24 зоряний 36 Миронівська 808
12 Одеський 131 25 Південний 37 Колективна
від 97 п.н. до 1500 п.н. – для ячменю. При цьому
більша частина чітких та поліморфних смуг у яч-
меню візуалізується в діапазоні 300–1500 п.н., а
у пшениці – 300–3000 п.н. Нижче цих зон спосте-
рігаються мономорфні нечіткі смуги, характерні
для ПЛР-продуктів неповної ампліфікації. В по-
дальшому ці амплікони не аналізувалися. Необ-
хідно також відмітити, що для всіх сортів ячме-
ню характерною є дуже чітка, проте ідентична
для всіх проаналізованих сортів смуга, що відпо-
відає ПЛР-продукту в районі 104 п.н.
На рис. 1 зображено електрофореграми з
ампліконами в діапазоні 300–1500 п.н., отримани-
ми для різних сортів ячменю, а на рис. 2 – продук-
ти ампліфікації для різних сортів пшениці. Всім
відтворюваним смугам, що відповідали ампліко-
нам певної довжини, були надані номери в поряд-
ку зростання розмірів ампліконів (табл. 2).
Більшість досліджених зразків характери-
зуються своїм специфічним набором смуг з пев-
ними відмінностями. Кількість смуг відрізняєть-
ся як між сортами, так і між видами. Різниця в
наборі ампліконів базується не лише на наявно-
сті специфічних смуг, але і на їх відсутності. На-
приклад, для сорту ячменю Чарівний характер-
ні смуги номер 2, 4, 10, 11, 13, 17, 19, а для сорту
зоряний– номери 3, 4, 10, 11, 13; тобто амплікони
№ 17 та № 19 відсутні, що і вирізняє цей сорт від
інших. Кількість ампліконів, виявлених у сортів
пшениці була більшою, ніж у сортів ячменю – 45
(№ 21–65) та 20 (№ 1–20), відповідно.
Таким чином, у цьому дослідженні за допо-
могою ТВР-методу вперше вдалося доволі чітко
виявити поліморфізм інтронів у злаків. Слід за-
значити, що кластерний аналіз на базі ТВР у Rosa
ssp. [1, 16] демонстрував узгодженість результа-
тів досліджень з напрямками селекційних про-
84 ISSN 2219-3782. Фактори експериментальної еволюції організмів. 2015. Том 17
Рабоконь А.М., Демкович А.Є., Пірко Я.В., Блюм Я.Б.
Рис. 1. Електрофореграми з ампліконами інтронів генів β-Тубуліну сортів ячменю (інтервал 300–1500 п.н.), от-
риманими за допомогою ТВР-методу. Прямокутниками позначені поліморфні зони; м – маркер; 1–30 (у верх-
ній частині рисунка) – номери сортів; 1–20 (з боків рисунка) – номери смуг
Таблиця 2
ТВР-профілі сортів Triticum aestivum L.та Hordeum vulgare L.
№ сорту Номери смуг № сорту Номери смуг № сорту Номери смуг
Hordeum vulgare L. 13 2, 4, 10, 11, 13, 17,
19
26 2, 4, 10, 11, 13, 17, 19
1 3, 4, 7, 10, 11, 13,
17, 19
14 2, 4, 10, 11, 13, 17,
19
27 2, 4, 9, 11, 13, 17, 19
2 1, 4, 10, 11, 13, 17,
19
15 2, 4, 10, 11, 13, 17,
19
28 2, 4, 10, 11, 13, 17, 19
3 2, 4, 6, 10, 11, 13,
17, 19
16 2, 4, 10, 11, 13, 17,
19
29 2, 4, 11, 13, 17, 19
4 2, 4, 10, 11, 13, 19 17 2, 4, 7, 8, 11, 13,
17, 19
30 2, 4, 10, 11, 13, 17, 19
5 3, 4, 10, 11, 13, 17,
19
18 2, 4, 10, 11, 13, 17,
19
Triticum aestivum L.
6 2, 4, 10, 11, 13, 17,
19
19 2, 4, 10, 11, 13, 17,
20
31 21-28, 29, 31-33, 35-38, 40, 43, 44, 47,
48, 54-57, 60, 61, 63, 65
7 3, 4, 10, 11, 13, 17,
19
20 2, 4, 10, 11, 13, 17,
19
32 21-28, 30, 32-34, 36-38, 41-43, 45, 50,
54-57, 61, 63, 65
8 2, 4, 6, 10, 11, 13,
18, 19
21 2, 4, 10, 11, 13, 17,
20
33 21-28, 29, 31-33, 35, 38, 41, 43, 46, 53,
56, 58, 59, 62, 64, 65
9 2, 4, 10, 11, 13, 18,
19
22 3, 4, 5, 6, 10, 11, 13,
17, 19
34 21-28, 29, 31, 33, 35, 37, 38, 40, 43, 44,
49, 55-57, 60, 61, 63, 65
10 3, 4, 11, 13, 17, 19 23 1, 4, 10, 11, 13, 14,
15
35 21-28, 29, 31-33, 35, 37, 39, 40, 43, 44,
51, 52, 54-57, 59, 61, 63, 65
11 1, 4, 8, 11, 12, 13, 14,
16, 19
24 3, 4, 10, 11, 13 36 21-28, 29, 31-33, 35, 37, 38, 40, 43, 44,
46, 51, 55-57, 63, 65
12 2, 4, 10, 11, 13, 17,
19
25 2, 4, 10, 11, 13, 14,
15
37 21-28, 29, 31-33, 35, 37, 38, 40, 43, 44,
46, 51, 54-57, 60, 61, 63, 65
ISSN 2219-3782. Фактори експериментальної еволюції організмів. 2015. Том 17 85
Дослідження поліморфізму довжини інтронів генів β-Тубуліну у сортів Triticum aestivum L. Та Hordeum vulgare L.
них видів. Результати продемонстрували непо-
гану диференціюючу спроможність ТВР-мето-
ду для оцінки генетичного поліморфізму рослин
та можливість використання його для фінгер-
принт-аналізу сортів пшениці та ячменю. Про-
демонстровано швидкість, простоту та надій-
ність ТВР-методу, який не вимагає наявності ве-
ликої попередньої інформації про геном об’єкта
і може бути широко задіяний в генетичних до-
слідженнях рослин.
грам для 20 різних різновидів Rosa, які мали різ-
ні властивості і були виведені для різних цілей.
Подальше збільшення аналізованих вибірок рос-
лин пшениці та ячменю зробить можливим оцін-
ку генетичного поліморфізму як на рівні сортів,
так і на міжвидовому рівні.
Висновки
Проведено аналіз сортів H. vulgare та
T. aestivum за допомогою ТВР-методу. Виявле-
но міжсортовий поліморфізм у межах дослідже-
Рис. 2. Електрофореграми з ампліконами інтронів генів β-Тубуліну сортів пшениці (інтервал 300–3000 п.н.),
отриманими за допомогою ТВР-методу. Праворуч – поліморфна зона; м – маркер; 31–37 (у верхній частині ри-
сунка) – досліджені сорти (див. табл. 2); 21–65 (з боків рисунка) – номери смуг.
86 ISSN 2219-3782. Фактори експериментальної еволюції організмів. 2015. Том 17
Рабоконь А.М., Демкович А.Є., Пірко Я.В., Блюм Я.Б.
ЛІТЕРАТУРА
1. Braglia L., Manca a., Mastromauro F., Breviario D. cTBP: a successful intron length polymorphism (ILP)-based genotyping
method targeted to well defined experimental needs // Diversity. – 2010. – 2. – P. 572–585.
2. Bardini M., Lee D., Donini P., Mariani a., Giani S., Toschi M., Lowe C., Breviario D. Tubulin-based polymorphism (TBP): a new
tool, based on functionally relevant sequences, to assess genetic diversity in plant species // Genome. – 2004. – 47. – P. 281–291.
3. Blume Ya., Lloyd C.V., Yemets a.I. Plant tubulin phosphorylation // The Plant Cytoskeleton: Key Tool for agrobiotechnology / Eds.
Ya. Blume, W. Baird, a. Yemets, D. Breviario. – Berlin; Heidelberg; NY: Springer-Verlag, 2008. – P. 145–159.
4. Peter N. Signaling to the microtubular cytoskeleton in plants // Int. rev. Cytol. – 1998. – 184. – P. 33–80.
5. Nogales E. Structural insights in to microtubule function // annu. rev. Biochem. – 2000. – 69. – P. 277–302.
6. Blume Ya., Yemets a., Sheremet Ya., Nyporko a., Sulimenko V., Sulimenko T., Drбber P. Exposure of beta-tubulin regions defined
by antibodies on a arabidopsis thaliana microtubule protofilament model and in the cells [Електронний ресурс] // BMC Plant
Biology. – 2010. – 10. – P. 29. – Режим доступу: http://www.biomedcentral.com/1471-2229/10/29.
7. McKean P. G.,VaughanS., Gull K. The extended tubulin superfamily // J. Cell Sci. – 2001. – 114. – P. 2723–2733.
8. Liaud M.-F., Brinkmann H., Cerff r. The в-tubulin gene family of pea: primary structures, genomic organization and introndependent
evolution of genes // Plant Mol. Biol. – 1992. – 18. –P. 639–651.
9. Sakurai a., Fujimori S., Kochiwa H., Kitamura-abe S., Washio T., Saito r., Carninci P., Hayashizaki Y., Tomita M. On biased
distribution of introns in various eukaryotes // Gene. – 2002. – 300. – P. 89–95.
10. Luduena r.F. Multiple forms of tubulin: different gene products and covalent modifications // Int. rev. Cytol. – 1998. – 178. –
P. 207–275.
11. Пірко Я.В. Дослідження генетичної мінливості різних видів рослин за допомогою аналізу поліморфізму інтронів генів
b-BC1C;V=0 // @><KH;5==0O 1>B0=V:0. 2011. 11. !. 152 156.
12. Li S.C., Tang P., Lin W.C. Intronic microrNa: discovery and biological implications // DNa Cell. Biol. – 2007 – 26. – P. 195–207.
13. Morello L., Breviario D. Plant spliceosomal introns: not only cut and paste // Curr. Genomics. – 2008. – 9. – P. 227–238.
14. Breviario D., Giani S., Ponzoni T., Mastromauro F., Morell L. Plant tubulin intronics // Cell Biol. Int. – 2008. – 32. – P. 571–573.
15. Galasso I., Manca a., Braglia L., Martinelli T., Morello L., Breviario D. h-TBP: an approach based on intron-length polymorphism
for the rapid isolation and characterization of the multiple members of the b-tubulin gene family in Camelina sativa (L.) Crantz //
Mol. Breeding. – 2010. – 28. – P. 635–645.
16. Breviario D., Baird W. V., Sangoi S., Hilu K., Blumetti P., Giani S. High polymorphism and resolution in targeted fingerprinting with
combined b-tubulin introns // Mol. Breeding. – 2007. – 20. – P. 249–259.
17. Molecular Сloning: a Laboratory Manual. – Cold Spring Harbor, 2001. – 2. – 763 p.
18. Benbouza H., Jean-Marie J., Jean-Pierre B. Optimization of a reliable, fast,cheap and sensitive silverstaining method to detect SSr
markers in polyacrylamidegels // Biotechnol. agron. Soc. Environ. – 2006. – 10 (2). – P. 77–81.
19. rahman M.H., Jaquish B., Khasa P.D. Optimization of PCr protocol in microsatellite analysis with silver and SYBr stains // Plant
Mol. Biol. reporter. – 2000. – 18. – P. 339–348.
RABOKON A.N., DEMKOVICH A. E., PIRKO YA.V., BLUME YA.B.
Institute of Food Biotechnology and Genomics, Nat. Akademika of Sci. of Ukraine,
Ukraine, 04123, Kyiv, Оsipovskogo str., 2A, e-mail: nastya-rabokon@rambler.ru
STUDING OF B-TUBULIN GENE INTRON LENGTH POLYMORPHIZM OF tRItICUM
AEsTivum L. AND HoRDEum vulGARE L. VARIETIES
Aims. Tubulin-Based-Polimorphism (TBP) was originally introduced as a novel method for assaying genetic diversity in
plants. In this connection, testing of this method in genetic research of cereals like as local wheat and barley varieties is
very necessary. Methods. The CTaB-method for the isolation of DNa, PCr amplification, electrophoretic analysis under
non-denaturing polyacrylamide gel and staining by silver nitrate method were used. Results. Genetic polymorphism of
wheat and barley varieties was described on the basis of electrophoresis of TBP products. It was found that the number
of the amplicons that correspond to the first intron of β-tubulin can be varying quite widely (94–3000 bp –Triticum
aestivum L.; 97–1500 bp – Hordeum vulgare L.). Conclusions. Obtained data show that the intron length polymorphism
method has good differentiating ability at least on some cereals. Thus, TBP – rapid, simple and reliable method that does
not require much preliminary information about the genome of the object of interest; it can be useful in various genetic
studies of plants.
Keywords: molecular markers, β-tubulin, ТВР (tubulin base polimorphism).
|
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-177459 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 2219-3782 |
| language | Ukrainian |
| last_indexed | 2025-12-02T10:33:03Z |
| publishDate | 2015 |
| publisher | Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Рабоконь, А.М. Демкович, А.Є. Пірко, Я.В. Блюм, Я.Б. 2021-02-15T18:33:22Z 2021-02-15T18:33:22Z 2015 Дослідження поліморфізму довжини інтронів генів ß-тубуліну у сортів Triticum aestivum L. та Hordeum vulgare L. / А.М. Рабоконь, А.Є. Демкович, Я.В. Пірко, Я.Б. Блюм // Фактори експериментальної еволюції організмів: Зб. наук. пр. — 2015. — Т. 17. — С. 82-86. — Бібліогр.: 19 назв. — укр. 2219-3782 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/177459 575.2:577.2 Aims. Tubulin-Based-Polimorphism (TBP) was originally introduced as a novel method for assaying genetic diversity in plants. In this connection, testing of this method in genetic research of cereals like as local wheat and barley varieties is very necessary. Methods. The CTAB-method for the isolation of DNA, PCR amplification, electrophoretic analysis under non-denaturing polyacrylamide gel and staining by silver nitrate method were used. Results. Genetic polymorphism of wheat and barley varieties was described on the basis of electrophoresis of TBP products. It was found that the number of the amplicons that correspond to the first intron of β-tubulin can be varying quite widely (94–3000 bp –Triticum aestivum L.; 97–1500 bp – Hordeum vulgare L.). Conclusions. Obtained data show that the intron length polymorphism method has good differentiating ability at least on some cereals. Thus, TBP – rapid, simple and reliable method that does not require much preliminary information about the genome of the object of interest; it can be useful in various genetic studies of plants. uk Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Фактори експериментальної еволюції організмів Молекулярна генетика та геноміка рослин Дослідження поліморфізму довжини інтронів генів ß-тубуліну у сортів Triticum aestivum L. та Hordeum vulgare L. Studing of ß-tubulin gene intron length polymorphizm of Triticum aestivum L. and Hordeum vulgare L. varieties Article published earlier |
| spellingShingle | Дослідження поліморфізму довжини інтронів генів ß-тубуліну у сортів Triticum aestivum L. та Hordeum vulgare L. Рабоконь, А.М. Демкович, А.Є. Пірко, Я.В. Блюм, Я.Б. Молекулярна генетика та геноміка рослин |
| title | Дослідження поліморфізму довжини інтронів генів ß-тубуліну у сортів Triticum aestivum L. та Hordeum vulgare L. |
| title_alt | Studing of ß-tubulin gene intron length polymorphizm of Triticum aestivum L. and Hordeum vulgare L. varieties |
| title_full | Дослідження поліморфізму довжини інтронів генів ß-тубуліну у сортів Triticum aestivum L. та Hordeum vulgare L. |
| title_fullStr | Дослідження поліморфізму довжини інтронів генів ß-тубуліну у сортів Triticum aestivum L. та Hordeum vulgare L. |
| title_full_unstemmed | Дослідження поліморфізму довжини інтронів генів ß-тубуліну у сортів Triticum aestivum L. та Hordeum vulgare L. |
| title_short | Дослідження поліморфізму довжини інтронів генів ß-тубуліну у сортів Triticum aestivum L. та Hordeum vulgare L. |
| title_sort | дослідження поліморфізму довжини інтронів генів ß-тубуліну у сортів triticum aestivum l. та hordeum vulgare l. |
| topic | Молекулярна генетика та геноміка рослин |
| topic_facet | Молекулярна генетика та геноміка рослин |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/177459 |
| work_keys_str_mv | AT rabokonʹam doslídžennâpolímorfízmudovžiniíntronívgenívßtubulínuusortívtriticumaestivumltahordeumvulgarel AT demkovičaê doslídžennâpolímorfízmudovžiniíntronívgenívßtubulínuusortívtriticumaestivumltahordeumvulgarel AT pírkoâv doslídžennâpolímorfízmudovžiniíntronívgenívßtubulínuusortívtriticumaestivumltahordeumvulgarel AT blûmâb doslídžennâpolímorfízmudovžiniíntronívgenívßtubulínuusortívtriticumaestivumltahordeumvulgarel AT rabokonʹam studingofßtubulingeneintronlengthpolymorphizmoftriticumaestivumlandhordeumvulgarelvarieties AT demkovičaê studingofßtubulingeneintronlengthpolymorphizmoftriticumaestivumlandhordeumvulgarelvarieties AT pírkoâv studingofßtubulingeneintronlengthpolymorphizmoftriticumaestivumlandhordeumvulgarelvarieties AT blûmâb studingofßtubulingeneintronlengthpolymorphizmoftriticumaestivumlandhordeumvulgarelvarieties |