Пошук статевоспецифічних ДНК-маркерів у лососевих видів риб

Aim. To analyze the nucleotide sequences of sex-specific DNA-markers of salmonid fishes and to develop the polymerase chain reaction for rapid diagnostic of sex in rainbow trout Oncorhynchus mykiss, brook trout Salmo trutta, huchen Hucho hucho and grayling Thymallus thymallus. Methods. The methods...

Full description

Saved in:

Bibliographic Details
Date:	2016
Main Authors:	Рудь, Ю.П., Залоїло, О.В., Бучацький, Л.П.
Format:	Article
Language:	Ukrainian
Published:	Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2016
Series:	Фактори експериментальної еволюції організмів
Subjects:	Прикладна генетика і селекція
Online Access:	https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/177627
Tags:	Add Tag No Tags, Be the first to tag this record!
Journal Title:	Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Cite this:	Пошук статевоспецифічних ДНК-маркерів у лососевих видів риб / Ю.П. Рудь, О.В. Залоїло, Л.П. Бучацький // Фактори експериментальної еволюції організмів: Зб. наук. пр. — 2016. — Т. 18. — С. 140-144. — Бібліогр.: 14 назв. — укр.

Institution

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine

id	nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-177627
record_format	dspace
spelling	nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-1776272025-02-09T21:11:04Z Пошук статевоспецифічних ДНК-маркерів у лососевих видів риб Determination of sex-linked DNA loci in salmonids Рудь, Ю.П. Залоїло, О.В. Бучацький, Л.П. Прикладна генетика і селекція Aim. To analyze the nucleotide sequences of sex-specific DNA-markers of salmonid fishes and to develop the polymerase chain reaction for rapid diagnostic of sex in rainbow trout Oncorhynchus mykiss, brook trout Salmo trutta, huchen Hucho hucho and grayling Thymallus thymallus. Methods. The methods of DNA extraction, oligonucleotide primer selection involving NCBI, BLAST, MEGA 6.0 and Vector NTI 11 software, conventional PCR assay, Sanger sequencing, ClustalW algorithm for sequence analyzing were used. Results. The PCR-products were in size of 880, 607, 521 and 558 for rainbow trout, brook trout, grayling and huchen respectively. The specify of amplification was determined by nucleotide sequence analysis of PCR-products. All amplified fragments were referred to sex-specific locuses of Y chromosomes in males of investigated fish species. Conclusions. The sex determination in above mentioned fish species and identification of genotypic males under process of hormonal sex reversion can be provided using conventional PCR. Present method relates to rapid diagnostics because the data analysis and return of results back to fish farm take one single day. Keywords: DNA-markers, PCR diagnostics, sex reversion, salmon raising. 2016 Article Пошук статевоспецифічних ДНК-маркерів у лососевих видів риб / Ю.П. Рудь, О.В. Залоїло, Л.П. Бучацький // Фактори експериментальної еволюції організмів: Зб. наук. пр. — 2016. — Т. 18. — С. 140-144. — Бібліогр.: 14 назв. — укр. 2219-3782 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/177627 [597-146.3:597-146.5]:597.553.2 uk Фактори експериментальної еволюції організмів application/pdf Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
institution	Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection	DSpace DC
language	Ukrainian
topic	Прикладна генетика і селекція Прикладна генетика і селекція
spellingShingle	Прикладна генетика і селекція Прикладна генетика і селекція Рудь, Ю.П. Залоїло, О.В. Бучацький, Л.П. Пошук статевоспецифічних ДНК-маркерів у лососевих видів риб Фактори експериментальної еволюції організмів
description	Aim. To analyze the nucleotide sequences of sex-specific DNA-markers of salmonid fishes and to develop the polymerase chain reaction for rapid diagnostic of sex in rainbow trout Oncorhynchus mykiss, brook trout Salmo trutta, huchen Hucho hucho and grayling Thymallus thymallus. Methods. The methods of DNA extraction, oligonucleotide primer selection involving NCBI, BLAST, MEGA 6.0 and Vector NTI 11 software, conventional PCR assay, Sanger sequencing, ClustalW algorithm for sequence analyzing were used. Results. The PCR-products were in size of 880, 607, 521 and 558 for rainbow trout, brook trout, grayling and huchen respectively. The specify of amplification was determined by nucleotide sequence analysis of PCR-products. All amplified fragments were referred to sex-specific locuses of Y chromosomes in males of investigated fish species. Conclusions. The sex determination in above mentioned fish species and identification of genotypic males under process of hormonal sex reversion can be provided using conventional PCR. Present method relates to rapid diagnostics because the data analysis and return of results back to fish farm take one single day. Keywords: DNA-markers, PCR diagnostics, sex reversion, salmon raising.
format	Article
author	Рудь, Ю.П. Залоїло, О.В. Бучацький, Л.П.
author_facet	Рудь, Ю.П. Залоїло, О.В. Бучацький, Л.П.
author_sort	Рудь, Ю.П.
title	Пошук статевоспецифічних ДНК-маркерів у лососевих видів риб
title_short	Пошук статевоспецифічних ДНК-маркерів у лососевих видів риб
title_full	Пошук статевоспецифічних ДНК-маркерів у лососевих видів риб
title_fullStr	Пошук статевоспецифічних ДНК-маркерів у лососевих видів риб
title_full_unstemmed	Пошук статевоспецифічних ДНК-маркерів у лососевих видів риб
title_sort	пошук статевоспецифічних днк-маркерів у лососевих видів риб
publisher	Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
publishDate	2016
topic_facet	Прикладна генетика і селекція
url	https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/177627
citation_txt	Пошук статевоспецифічних ДНК-маркерів у лососевих видів риб / Ю.П. Рудь, О.В. Залоїло, Л.П. Бучацький // Фактори експериментальної еволюції організмів: Зб. наук. пр. — 2016. — Т. 18. — С. 140-144. — Бібліогр.: 14 назв. — укр.
series	Фактори експериментальної еволюції організмів
work_keys_str_mv	AT rudʹûp pošukstatevospecifíčnihdnkmarkerívulososevihvidívrib AT zaloíloov pošukstatevospecifíčnihdnkmarkerívulososevihvidívrib AT bučacʹkiilp pošukstatevospecifíčnihdnkmarkerívulososevihvidívrib AT rudʹûp determinationofsexlinkeddnalociinsalmonids AT zaloíloov determinationofsexlinkeddnalociinsalmonids AT bučacʹkiilp determinationofsexlinkeddnalociinsalmonids
first_indexed	2025-11-30T21:10:38Z
last_indexed	2025-11-30T21:10:38Z
_version_	1850251191613652992
fulltext	140 ISSN 2219-3782. Фактори експериментальної еволюції організмів. 2016. Том 18 © РУДь Ю.П., ЗАЛОїЛО О.В., БУЧАЦьКИй Л.П. це маніпуляція контролю репродукції у риби та підвищення темпів її росту [4]. Метод непрямої фемінізації, що акредитова- ний у країнах Європейського Союзу, перед одер- жанням 100%-го покоління самиць передбачає етап відбору так званих «неосамців». Це фено- типові самці, які мають генотип самиці (ХХ), у яких під дією андрогенів (17-б метилтестосте- рону) розвинулися сім’яники. У таких феноти- пових самців формуються зрілі сперматозоїди, здатні запліднювати ікру. Однак при цьому гено- тип особин зберігається, а тому всі статеві клі- тини інвертованих самців міститимуть тільки Х-статеві хромосоми. У разі запліднення звичай- них, не оброблених гормоном самиць інвертова- ними самцями у першому поколінні (F1) будуть одностатеві популяції самиць. Ключовим етапом за відбору неосамців із покоління F0 є ідентифі- кація генотипових самців (XY), які не братимуть участі у наступному схрещуванні з метою виді- лення 100%-го покоління самиць. Райдужна форель Oncorhynchus mykiss, струмкова форель Salmo trutta, дунайський ло- сось Hucho hucho та харіус європейський Thy mallus thymallus – представники лососевих, най- цінніші риби річок басейну Дунаю, що витікають із Карпат. Це традиційні об’єкти лососівництва в Україні, які вирощують для потреб ікряно-то- варного виробництва. Штучне розведення цих видів риб із застосуванням сучасних біотехно- логій сприятиме збільшенню їх чисельності. Од- ним із біотехнологічних напрямів в аквакультурі є реверсія статі, а пошук статевоспецифічних ДНК-маркерів, які необхідні для експрес-діагно- стики статі у риб, є його неодмінним етапом. Тому метою роботи було проаналізувати нуклео- тидні послідовності Y-хромосом лососевих видів риб і обрати фрагменти для підбору специфіч- них олігонуклеотидних праймерів та на основі полімеразної ланцюгової реакції (ПЛР) розроби- Бурхливий розвиток молекулярної біології наприкінці ХХ ст., зокрема геноміки та протеомі- ки, сприяв створенню нових методів досліджень в аквакультурі, спрямованих на прискорене отри- мання рибної продукції та удосконалення спосо- бів культивування об’єктів світового рибництва. Новітні технології успішно використовують у вивченні питань ембріонального розвитку риб, проблем статевої диференціації, впливу гормо- нів росту та стійкості до інфекційних хвороб [1]. Культивування одностатевих або стериль- них популяцій риб за умов сучасної аквакульту- ри є економічно доцільним з багатьох причин. По-перше, у деяких видів риб самці або самиці ростуть швидше. По-друге, деякі види риб ста- ють статевозрілими у ранньому віці, не досяг- нувши оптимальних розмірів для ринкової ре- алізації. По-третє, статева диференціація може впливати на якість м’яса та розміри, оскільки за настання статевої зрілості темпи росту риби різ- ко знижуються. Також деякі дослідження пока- зали, що статевий диморфізм впливає й на інші важливі економічні чинники у рибництві, такі як резистентність до хвороб і толерантність до води поганої якості [2, 3]. Тому у рибоводів є великий інтерес до можливості продукування покоління тільки самиць або тільки самців. Існує декілька методів одержання односта- тевих або стерильних популяцій риб в аквакуль- турі, наприклад статевий відбір, стерилізація, гі- бридизація, гіногенез, андрогенез та поліплоїдія. Одностатеві популяції риб можна виділити мето- дом гормональної реверсії статі. При цьому фе- нотипова стать може бути змінена під впливом статевих гормонів естрогенів або андрогенів у певний період статевої диференціації. Особли- вості онтогенезу в риб роблять їх сприятливими до статевих маніпуляцій. І хоча чоловічий чи жі- ночий генотип у риб визначається під час заплід- нення, стать за фенотипом формується пізніше, у процесі розвитку. Гормональна реверсія статі – Рудь Ю.П., Залоїло О.В., Бучацький Л.П. Пошук статевоспецифічних ДНК-маркерів у лососевих видів риб УДК [597-146.3:597-146.5]:597.553.2 РУДь Ю.П.1, ЗАЛОїЛО О.В.1, бУЧАЦьКИй Л.П.1,2 1 Інститут рибного господарства НААН України, Україна, 03164, м. Київ, вул. Обухівська, 135, еmail: rud@if.org.ua 2 Київський національний університет імені Тараса Шевченка, ННЦ «Інститут біології», Україна, 01601, м. Київ, вул. Володимирська, 64/13, еmail: irido1@bigmir.net  rud@if.org.ua, (097) 9538080 ПОшУК СТАТЕВОСПЕЦИФІЧНИХ ДНК-МАРКЕРІВ У ЛОСОСЕВИХ ВИДІВ РИб ISSN 2219-3782. Фактори експериментальної еволюції організмів. 2016. Том 18 141 Пошук статевоспецифічних ДНК-маркерів у лососевих видів риб фері (40 мМ TRIS-HCl, 20 мМ оцтова кислота, 1 мМ ЕДТА). Результати електрофорезу спосте- рігали під ультрафіолетовим трансілюмінатором. Визначення нуклеотидної послідовності. Виділення ДНК з гелю здійснювали за допомо- гою набору Silica Bead DNA Gel Extraction Kit (Fermentas) відповідно до протоколу виробни- ка. Нуклеотиднi послiдовностi ДНК досліджу- вали на автоматичному ДНК-секвенаторі Genetic Analyser 3130 (Applied Biosystems, США) з ви- користанням набору для секвенування BigDye® Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit. Послiдов- нiсть аналiзували за допомогою програмно- го забеспечення Sequencing Analysis (Applied Biosystems). Вирівнювання нуклеотидних послідовно- стей ДНК дунайського лосося, харіуса європей- ського, райдужної та струмкової форелей про- водили за допомогою алгоритмів ClustalW у програмному забезпеченні MEGA версії 6.0 та BLASTN. Послідовності інших лососевих риб було одержано з бази даних NCBI. Результати та обговорення Результати аналізу послідовностей фрагмен- тів ДНК лососевих видів риб показали, що ви- сокий ступінь гомології Y-хромосоми характер- ний тільки для риб, що належать до одного роду. Так, наприклад, у представників родів Salmo, Oncorhynchus і Salvelinus відсутня повна гомоло- гія в послідовностях Y-хромосоми, але є короткі висококонсервативні ділянки, які характерні для багатьох видів риб із родини лососевих [6]. Ана- лізуючи послідовності ДНК представників роду Oncorhynchus – чавичі O. tshawytcha, кижуча O. kisutch та райдужної форелі O. mykiss, вияви- ли такі локуси з гомологією понад 90%. Розміри гомологічних фрагментів становили від 2000 до 4000 пар нуклеотидів (п.н.) [7, 8]. Ці фрагменти були характерні тільки для самців і відсутні в по- слідовностях ДНК самиць. Окрім представників роду Oncorhynchus, подібні послідовності вияв- лено в атлантичного лосося Salmo salar, струм- кової форелі S. trutta, гольця Salvelinus fontinalis та інших представників родини лососевих [9]. Ці локуси було названо статеводиморфічними (ста- тевоспецифічними) – від англ. sexually dimorphic on Y chromosome (sdY). Аналіз усіх доступних ДНК послідовностей локусів sdY у Банку геномів NCBI за допомогою алгоритму Neighbor-joining у програмі MEGA версії 6.0 показав, що цей висококонсервативний ти метод експрес-діагностики статі у лососевих, що їх вирощують в Україні. Матеріали та методи Для виділення ДНК застосовували феноль- но-хлороформний метод. ДНК виділяли з плав- ників самиць та самців райдужної форелі (♂ n = 4, ♀ n = 4), струмкової форелі (♂ n = 3, ♀ n = 3), дунайського лосося (♂ n = 4, ♀ n = 4) та харіу- са європейського (♂ n = 4, ♀ n = 4). Плавники відбирали прижиттєво. Із тканини плавників ро- били гомогенат, використовуючи гомогенізатор IKA T18 Ultra Turrex (Німеччина). Потім дода- вали буфер для лізису (10 мМ Tris-HCl, pH=8,0, 0,1 М NaCl, 25 мМ EДTA, 0,5% додецилсульфату натрію) та протеїназу К. Інкубація тривала 2 год за 37 °С. ДНК екстрагували почергово фенолом та хлороформом, центрифугуючи упродовж 5 хв за 13 000 об/хв на мікроцентрифузі Ependorf (Ні- меччина). До супернатанта додавали 0,1 об’єму 3 М натрій ацетату (рН 5,2) та 2,5 об’єму абсо- лютного етанолу. Преципітація ДНК відбувалася за кімнатної температури упродовж 1 год. Осад- жували ДНК за 13 000 об/хв протягом 10 хв, осад промивали 70%-м етанолом. ДНК розчиняли у деіонізованій воді, вільній від нуклеаз [5]. Кон- центрацію та якість очищеної ДНК вимірювали на спектрофотометрі APEL PD-303 UV (Японія). Олігонуклеотидні праймери. Аналіз послі- довностей ДНК-фрагментів Y-хромосом деяких видів лососевих, узятих з бази даних Національ- ного центру біотехнологічної інформації (NCBI), проводили за допомогою онлайн-сервісу BLAST (www.ncbi.nim.nih.gov/blast) та програмного за- безпечення MEGA 6.0. Для розроблення оліго- нуклеотидних праймерів, визначення їх специ- фічності та фізичних властивостей використову- вали програмне забезпечення Vector NTI 11. ПЛР. Ампліфікацію проводили на термоци- клері 96 Universal Gradient PEQ STAR (PEQLAB, Німеччина). До складу реакційної суміші входи- ли такі компоненти: 12,5 мкл DreamTaqTM Green PCR Master Mix (2X) (Thermo Scientific), оліго- нуклеотидні праймери (Metabion, Німеччина) по 1 мкл кожного (20 пмоль/мкл), 1 мкл ДНК та сте- рильна деіонізована вода (до загального об’єму 25 мкл). Ампліфікація складалась із циклу попе- редньої денатурації за 94 °С (3 хв) та 30 циклів денатурації за 94 °С (30 с), відпалу праймерів за 60 °С (30 с) і синтезу за 72 °С (1 хв). Наприкін- ці ампліфікації проводили додатково цикл синте- зу за 72 °С упродовж 7 хв. Після ПЛР продукти аналізували у 2%-му агарозному гелі в ТАЕ-бу- 142 ISSN 2219-3782. Фактори експериментальної еволюції організмів. 2016. Том 18 Рудь Ю.П., Залоїло О.В., Бучацький Л.П. Таким чином, у результаті точного підбо- ру олігонуклеотидних праймерів було розробле- но метод на основі ПЛР для експрес-ідентифіка- ції самців райдужної форелі, струмкової форелі, дунайського лосося та харіуса європейського. На етапі відбору самців-реверсантів у процесі гор- мональної реверсії статі цей метод дасть змогу ідентифікувати генотипових самців (XY) у до- слідній групі, яких не слід використовувати у на- ступному спаровуванні з метою виділення 100%- го покоління самиць. Враховуючи той факт, що для продукування червоної ікри культивування самців не потрібне, а ідентифікація статі у ло- сосевих стає можливою лише після декількох ро- ків, питання діагностики статі у лососевих риб є вкрай актуальним. Наприклад, можливість екс- прес-ідентифікації самців дунайського лосося та їх відбракування знижує вартість культивування самиць до 30%. Часто Х- і Y-хромосоми у деяких видів риб, таких як медака Oryzias latipes, мають аналогіч- ну морфологію і несуть однакову генетичну ін- формацію [10]. Ittura et al. (2001) за допомогою флюоресцентної гібридизації in situ показали, що ДНК-маркер 5S rDNA райдужної форелі гібриди- зує у самиць у ХХ-хромосомі за двома локусами, а в самців – за двома локусами в XY-хромосомі [11]. Це свідчить про схожість X- і Y-хромосом, і на відміну від птахів і ссавців рання стадія ди- ференціації Y-хромосоми у риб робить їх важли- вими об’єктами дослідження еволюції статевих хромосом. У 10% видів риб, у тому числі й лососевих, ідентифіковано статеві маркери [12]. За допомо- гою звичайної ПЛР можна ідентифікувати ці спе- цифічні послідовності ДНК і тим самим швидко визначити стать особини. Однак не у всіх цінних видів риб ідентифіковано статеві ДНК-марке- ри. Зокрема, результати експериментів лаборато- рій Німеччини, Франції та Італії, які було сфо- локус присутній практично у всіх лососевих, за винятком сигових (рід Coregonus). Як показали результати досліджень, спе- цифічні олігонуклеотидні праймери до локусу sdY успішно ампліфікували очікувані за розмі- ром фрагменти ДНК самців райдужної форелі, струмкової форелі, дунайського лосося та харіу- са європейського. Довжина ПЛР продуктів була в діапазоні від 500 до 800 п.н. залежно від оліго- нуклеотидних праймерів (табл.). Підібрані олігонуклеотидні праймери було апробовано в реакції з ДНК самців і самиць рай- дужної форелі, струмкової форелі, дунайського лосося та харіуса європейського. Результати екс- перименту показали, що продукти ПЛР для рай- дужної форелі присутні тільки в зразках ДНК самців, а розмір їх становив 880 п.н. (табл.). Роз- міри специфічних ампліконів для самців струм- кової форелі, дунайського лосося та харіуса єв- ропейського – 607, 558 та 521 п.н. відповідно (табл.). Специфічність ампліфікації перевіряли за допомогою нуклеотидного аналізу продуктів ПЛР. Результати сиквенсу показали, що амплі- фіковані фрагменти відповідали ділянкам стате- воспецифічних локусів Y-хромосоми лососевих видів риб. Слід зазначити, що олігонуклеотидні праймери, використовувані для ампліфікації ста- тевоспецифічного локусу sdY у струмкової форе- лі, дунайського лосося та харіуса європейського, є взаємозамінними. Комбінація праймерів при- зводить до утворення продуктів різної довжини у діапазоні від 200 до 900 п.н. Водночас за де- яких варіантів ПЛР-продукти з’являлись і в са- миць. Тому в таблиці зазначено пари олігонукле- отидних праймерів для діагностики лише самців. Така складова Y-хромосоми цих видів риб свід- чить про високу консервативність статевоспеци- фічного локусу sdY та його присутність у різних представників родини лососевих. Таблиця Олігонуклеотидні праймери до статевоспецифічних локусів Y-хромосом райдужної форелі, струмкової форелі, дунайського лосося та харіуса європейського Вид Олігонуклеотидні праймери Та, 0С Продукт, п.н. Райдужна форель Oncorhynchus mykiss 5’-GTTCATATGCCAGGCTCAAC-3’ 5’-CGATTAGAAAGGCCTGCTTG-3’ 58 880 Струмкова форель Salmo trutta 5’-GTGGAGTACTGCGAAGATGAG-3’ 5’-CTTAAAACCACTCCACCCTCC-3’ 63 607 Харіус європейський Thymallus thymallus 5’-ATGGCTGACAGAGAGGCCAGA-3’ 5’-CTTAAAACCACTCCACCCTCC-3’ 65 521 Дунайський лосось Hucho hucho 5’-ATGGCTGACAGAGAGGCCAGA-3’ 5’-GCATAGATGCCTTCCCTAGA-3’ 67 880 ISSN 2219-3782. Фактори експериментальної еволюції організмів. 2016. Том 18 143 Пошук статевоспецифічних ДНК-маркерів у лососевих видів риб відсоток похибки. Молодь риби слід вирощува- ти до розміру, який дасть можливість розпізнати стать, а з другого боку, близько половини попу- ляції стане непотрібною. Непотрібну стать необ- хідно відокремити якнайшвидше для запобіган- ня неконтрольованій репродукції. Тому методи на основі ДНК-технологій, які здатні ідентифі- кувати стать на ранніх етапах онтогенезу, ма- ють значні переваги над механічним сортуван- ням риби. Висновок За допомогою звичайної ПЛР нами розро- блено метод ідентифікації статі у райдужної фо- релі, струмкової форелі, дунайського лосося та харіуса європейського. Метод дає змогу діагнос- тувати стать у вищезазначених видів риб на ран- ньому етапі процесу реверсії статі та відбракову- вати генотипових самців з метою зменшення за- трат на їх утримання. кусовано на вивченні питання ідентифікації статі у чотирьох різновидів осетрів (Acipenser baerii, А. naccarii, А. gueldenstaedtii, А. ruthenus), свід- чать про відсутність статевих ДНК-маркерів, а отже й неможливість експрес-діагностики статі методом ПЛР [13]. Статевий диморфізм притаманний більшо- сті культивованих видів риб. Так, наприклад, самці канального сома Ictalurus punctatus та ти- ляпії ростуть швидше за самиць, тоді як самиці білого амура Ctenopharyngodon idella, райдужної форелі O. mykiss, інших лососевих і коропових – швидше за самців [14]. Самиці лососевих мають перевагу в культивуванні над самцями, оскільки характеризуються пізнім статевим дозріванням, швидкими темпами росту та поліпшеними сма- ковими показниками м’яса. Ручне відокремлення статі може забезпечити культивування односта- тевих популяцій, але цей процес є високозатрат- ним, тривалим, малоефективним і має високий ЛІТЕРАТУРА 1. Dunham R. A. Aquaculture and fisheries biotechnology: genetic approaches. – CABI Publishing Wallingford. – 2004. – 372 p. 2. Brunelli J.P., Wertzler K.J., Sundin K., Thorgaard G.H. Y-specific sequences and polymorphisms in rainbow trout and Chinook salmon // Genome. – 2008. – 51, № 9. – P. 739–748. 3. Haffray P., Lebegue E., Jeu S., Guennoc M., Guiguen Y., Baroiller J.F., Fostier A. Genetic determination and temperature effects on turbot Scophthalmus maximus sex differentiation: An investigation using steroid sex-inverted males and females // Aquaculture. – 2009. – 294. – P. 30–36. 4. Sacobie C.F.D., Benfey T.J. Sex differentiation and early gonadal development in brook trout // North Amer. J. Aquacult. – 2005. – 67. – P. 181–186. 5. Sambrook J., Russell D.W. Molecular cloning: a laboratory manual [3rd edition]. – New York Cold Spring Harbour, 2001. 6. Phillips R.B., Konkol N.R., Reed K.M., Stein J.D. Chromosome painting supports lack of homology among sex chromosomes in Oncorhynchus, Salmo, and Salvelinus (Salmonidae) // Genetica. – 2001. – 111. – P. 119–123. 7. Felip A., Young W.P., Wheelera P.A., Thorgaarda G.H. An AFLP-based approach for the identification of sex-linked markers in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) // Aquaculture. – 2005. – 247. – P. 35–43. 8. Rud Yu.P., Maistrenko M.I., Buchatsky L.P. Sex identification of the rainbow trout Oncorhynchus mykiss by polymerase chain reaction // Russian Journal of Developmental Biology. – 2015. – 46, № 2. – P. 65–70. 9. Yano A., Nicol B., Jouanno E., Quillet E., Fostier A., Guyomard R., Guiguen Y. The sexually dimorphic on the Y-chromosome gene (sdY) is a conserved male-specific Y-chromosome sequence in many salmonids // Evol. Appl. – 2013. – 6. – P. 486–496. 10. Nakamura M., Kobayashi Y., Miura S., Alam M.A., Bhandari R.K. Sex change in coral reef fish // Fish Physiol. Biochem. – 2005. – 31, № 2–3. – P. 117–122. 11. Iturra P., Lam N., Fuente M., Vergara N., Medrano J.F. Characterization of sex chromosomes in rainbow trout and coho salmon using fluorescence in situ hybridization (FISH) // Genetica. – 2001. – 111. – P. 125–131. 12. Devlin R.H., Nagahama Y. Sex determination and sex differentiation in fish: An overview of genetic, physiological, and environmental influences // Aquaculture. – 2002. – 208. – P. 191–364. 13. Wuertz S., Gaillard S., Barbisan F., Carle S., Congiu L., Forlani A., Aubert J., Kirschbaum F., Tosi E., Zane L., Grillasca J.-P. Extensive screening of sturgeon genomes by random screening techniques revealed no sex-specific marker // Aquaculture. – 2006. – 258. – P. 685–688. 14. Matsuda M., Nagahama Y., Shinomlya A., Sato T., Matsuda C., Kobayashi T., Morrey C.E., Shibata N., Asakawa S., Shimizu N., Horik H., Hamaguchi S., Sakaizumi M. DMY is a Y-specific DM-domain gene required for male development in the medaka fish // Nature. – 2002. – 417. – P. 559–563. 144 ISSN 2219-3782. Фактори експериментальної еволюції організмів. 2016. Том 18 Рудь Ю.П., Залоїло О.В., Бучацький Л.П. RUD YU.P.1, ZALOILO O.V.1, BUCHATSKIY L.P.1,2 1 Institute of Fisheries of the National Academy of Agrarian Sciences of Ukraine, Ukraine, 03164, Kyiv, Obukhivska str., 135, email: rud_yuriy@ifr.com.ua 2 Taras Shevchenko National University of Kyiv, SSC Institute of Biology, Ukraine, 01601, Kyiv, Volodymyrs’ka str., 64/13, email: irido1@bigmir.net DETERMINATION OF SEX-LINKED DNA LOCI IN SALMONIDS Aim. To analyze the nucleotide sequences of sex-specific DNA-markers of salmonid fishes and to develop the polymerase chain reaction for rapid diagnostic of sex in rainbow trout Oncorhynchus mykiss, brook trout Salmo trutta, huchen Hucho hucho and grayling Thymallus thymallus. Methods. The methods of DNA extraction, oligonucleotide primer selection involving NCBI, BLAST, MEGA 6.0 and Vector NTI 11 software, conventional PCR assay, Sanger sequencing, ClustalW algorithm for sequence analyzing were used. Results. The PCR-products were in size of 880, 607, 521 and 558 for rainbow trout, brook trout, grayling and huchen respectively. The specify of amplification was determined by nucleotide sequence analysis of PCR-products. All amplified fragments were referred to sex-specific locuses of Y chromosomes in males of investigated fish species. Conclusions. The sex determination in above mentioned fish species and identification of genotypic males under process of hormonal sex reversion can be provided using conventional PCR. Present method relates to rapid diagnostics because the data analysis and return of results back to fish farm take one single day. Keywords: DNA-markers, PCR diagnostics, sex reversion, salmon raising.

Пошук статевоспецифічних ДНК-маркерів у лососевих видів риб

Institution

Similar Items