Біоінформаційний пошук послідовностей генів, що кодують тубуліни у геномі льону
Aims. Flax (Linum usitatissimum) is the most important industrial crop that covers human needs in the cellulose-rich fibers of high quality. Molecular mechanisms of cellulose biosynthesis are still poorly understood, but a basic component consisting of 36-polypeptides is already known. It is cellulo...
Saved in:
| Published in: | Фактори експериментальної еволюції організмів |
|---|---|
| Date: | 2014 |
| Main Authors: | , , , , |
| Format: | Article |
| Language: | Ukrainian |
| Published: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2014
|
| Subjects: | |
| Online Access: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/178035 |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| Journal Title: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Cite this: | Біоінформаційний пошук послідовностей генів, що кодують тубуліни у геномі льону / Г.Я. Баєр, М.О. Пидюра, Я.В. Пірко, А.І. Ємець, Я.Б. Блюм // Фактори експериментальної еволюції організмів: Зб. наук. пр. — 2014. — Т. 14. — С. 14-17. — Бібліогр.: 17 назв. — укр. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1862567143252426752 |
|---|---|
| author | Баєр, Г.Я. Пидюра, М.О. Пірко, Я.В. Ємець, А.І. Блюм, Я.Б. |
| author_facet | Баєр, Г.Я. Пидюра, М.О. Пірко, Я.В. Ємець, А.І. Блюм, Я.Б. |
| citation_txt | Біоінформаційний пошук послідовностей генів, що кодують тубуліни у геномі льону / Г.Я. Баєр, М.О. Пидюра, Я.В. Пірко, А.І. Ємець, Я.Б. Блюм // Фактори експериментальної еволюції організмів: Зб. наук. пр. — 2014. — Т. 14. — С. 14-17. — Бібліогр.: 17 назв. — укр. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Фактори експериментальної еволюції організмів |
| description | Aims. Flax (Linum usitatissimum) is the most important industrial crop that covers human needs in the cellulose-rich fibers of high quality. Molecular mechanisms of cellulose biosynthesis are still poorly understood, but a basic component consisting of 36-polypeptides is already known. It is cellulose synthase complex associated with cytoskeleton elements. Obviously, both physical and chemical properties of cellulose biopolymer as well the characteristics of newly-formed fiber depend on the genes expression during the cell wall biogenesis. Methods. Using Arabidopsis tubulin genes we have performed the similarity search of genes via TBLASTN predicted proteins of the Linum genome available at Phytozome v9.1. Results. A total of 17 tubulin gene candidates were found in Linum genome. Using ClustalW software we have made a multiple amino acid sequence alignment of the tubulin type specific regions of these genes with the sequences of Arabidopsis tubulin genes and obtained a phylogenetic tree for these sequences. Conclusions. We provide 17 genes of α- and β-tubulin in flax genome. Homology of amino acid sequences to sequences annotated A. thaliana genes flax able to carry up to 7 types of isoforms of α-tubulin and 10 isoforms of β-tubulin.

Key words: Linum usitatissimum, α-tubulin, β-tubulin, gene.
|
| first_indexed | 2025-11-26T00:12:42Z |
| format | Article |
| fulltext | |
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-178035 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 2219-3782 |
| language | Ukrainian |
| last_indexed | 2025-11-26T00:12:42Z |
| publishDate | 2014 |
| publisher | Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Баєр, Г.Я. Пидюра, М.О. Пірко, Я.В. Ємець, А.І. Блюм, Я.Б. 2021-02-17T18:13:08Z 2021-02-17T18:13:08Z 2014 Біоінформаційний пошук послідовностей генів, що кодують тубуліни у геномі льону / Г.Я. Баєр, М.О. Пидюра, Я.В. Пірко, А.І. Ємець, Я.Б. Блюм // Фактори експериментальної еволюції організмів: Зб. наук. пр. — 2014. — Т. 14. — С. 14-17. — Бібліогр.: 17 назв. — укр. 2219-3782 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/178035 633.52:577.21:632.165 Aims. Flax (Linum usitatissimum) is the most important industrial crop that covers human needs in the cellulose-rich fibers of high quality. Molecular mechanisms of cellulose biosynthesis are still poorly understood, but a basic component consisting of 36-polypeptides is already known. It is cellulose synthase complex associated with cytoskeleton elements. Obviously, both physical and chemical properties of cellulose biopolymer as well the characteristics of newly-formed fiber depend on the genes expression during the cell wall biogenesis. Methods. Using Arabidopsis tubulin genes we have performed the similarity search of genes via TBLASTN predicted proteins of the Linum genome available at Phytozome v9.1. Results. A total of 17 tubulin gene candidates were found in Linum genome. Using ClustalW software we have made a multiple amino acid sequence alignment of the tubulin type specific regions of these genes with the sequences of Arabidopsis tubulin genes and obtained a phylogenetic tree for these sequences. Conclusions. We provide 17 genes of α- and β-tubulin in flax genome. Homology of amino acid sequences to sequences annotated A. thaliana genes flax able to carry up to 7 types of isoforms of α-tubulin and 10 isoforms of β-tubulin.
 
 Key words: Linum usitatissimum, α-tubulin, β-tubulin, gene. uk Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Фактори експериментальної еволюції організмів Еволюційна екологія та екогенетика Біоінформаційний пошук послідовностей генів, що кодують тубуліни у геномі льону Bioinformatics search of the tubuline genes in linum genome Article published earlier |
| spellingShingle | Біоінформаційний пошук послідовностей генів, що кодують тубуліни у геномі льону Баєр, Г.Я. Пидюра, М.О. Пірко, Я.В. Ємець, А.І. Блюм, Я.Б. Еволюційна екологія та екогенетика |
| title | Біоінформаційний пошук послідовностей генів, що кодують тубуліни у геномі льону |
| title_alt | Bioinformatics search of the tubuline genes in linum genome |
| title_full | Біоінформаційний пошук послідовностей генів, що кодують тубуліни у геномі льону |
| title_fullStr | Біоінформаційний пошук послідовностей генів, що кодують тубуліни у геномі льону |
| title_full_unstemmed | Біоінформаційний пошук послідовностей генів, що кодують тубуліни у геномі льону |
| title_short | Біоінформаційний пошук послідовностей генів, що кодують тубуліни у геномі льону |
| title_sort | біоінформаційний пошук послідовностей генів, що кодують тубуліни у геномі льону |
| topic | Еволюційна екологія та екогенетика |
| topic_facet | Еволюційна екологія та екогенетика |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/178035 |
| work_keys_str_mv | AT baêrgâ bíoínformacíiniipošukposlídovnosteigenívŝokoduûtʹtubulíniugenomílʹonu AT pidûramo bíoínformacíiniipošukposlídovnosteigenívŝokoduûtʹtubulíniugenomílʹonu AT pírkoâv bíoínformacíiniipošukposlídovnosteigenívŝokoduûtʹtubulíniugenomílʹonu AT êmecʹaí bíoínformacíiniipošukposlídovnosteigenívŝokoduûtʹtubulíniugenomílʹonu AT blûmâb bíoínformacíiniipošukposlídovnosteigenívŝokoduûtʹtubulíniugenomílʹonu AT baêrgâ bioinformaticssearchofthetubulinegenesinlinumgenome AT pidûramo bioinformaticssearchofthetubulinegenesinlinumgenome AT pírkoâv bioinformaticssearchofthetubulinegenesinlinumgenome AT êmecʹaí bioinformaticssearchofthetubulinegenesinlinumgenome AT blûmâb bioinformaticssearchofthetubulinegenesinlinumgenome |