Порівняння показників інформативності ПЛР-маркерів для аналізу генетичного різноманіття на прикладі Gentiana lutea L.
The aim of the work was to compare informativeness indices of PCR-based markers for genetic diversity assessment and select the most efficient from them. Methods. The study involved 30 plants from two G. lutea populations (Svydivets ridge, Ukrainian Carpathians) which were subjected to RAPD, ISSR, C...
Gespeichert in:
| Veröffentlicht in: | Фактори експериментальної еволюції організмів |
|---|---|
| Datum: | 2014 |
| Hauptverfasser: | , , , , , |
| Format: | Artikel |
| Sprache: | Ukrainian |
| Veröffentlicht: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2014
|
| Schlagworte: | |
| Online Zugang: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/178075 |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Zitieren: | Порівняння показників інформативності ПЛР-маркерів для аналізу генетичного різноманіття на прикладі Gentiana lutea L. / І.О. Андрєєв, М.З. Мосула, В.М. Мельник, О.М. Бублик, І.І. Конвалюк, Н.М. Дробик // Фактори експериментальної еволюції організмів: Зб. наук. пр. — 2014. — Т. 14. — С. 141-146. — Бібліогр.: 12 назв. — укр. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| id |
nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-178075 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
Андрєєв, І.О. Мосула, М.З. Мельник, В.М. Бублик, О.М. Конвалюк, І.І. Дробик, Н.М. 2021-02-17T20:01:04Z 2021-02-17T20:01:04Z 2014 Порівняння показників інформативності ПЛР-маркерів для аналізу генетичного різноманіття на прикладі Gentiana lutea L. / І.О. Андрєєв, М.З. Мосула, В.М. Мельник, О.М. Бублик, І.І. Конвалюк, Н.М. Дробик // Фактори експериментальної еволюції організмів: Зб. наук. пр. — 2014. — Т. 14. — С. 141-146. — Бібліогр.: 12 назв. — укр. 2219-3782 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/178075 575.17: 582.923.1 The aim of the work was to compare informativeness indices of PCR-based markers for genetic diversity assessment and select the most efficient from them. Methods. The study involved 30 plants from two G. lutea populations (Svydivets ridge, Ukrainian Carpathians) which were subjected to RAPD, ISSR, CDDP, RGAP, and IRAP analyses. To evaluate the efficiency of the primers, the total number of generated bands, the proportion of polymorphic bands, the resolving power (Rp), the discrimination power (D), the discriminating power (DL), the polymorphism information content (PIC), the marker index (MI) and the number of non-differentiated pairs (ND) were calculated. Results. The informativeness indices were calculated for each primer based on the frequency of individual bands and banding patterns. This was followed by correlation analysis of the indices. A very strong relationship was found between DL and ND, and between MI and proportion of polymorphic amplicons (p < 0.001). There were also high or moderate significant correlations between other parameters, with the exception of PIC. The estimated number of non-differentiated pairs and that determined experimentally were very close for all primers. Conclusions. All of the informativeness indices, except PIC, describe the efficiency of PCR-based markers in some way. The comparison of different markers showed that the most informative was the discriminating power. It can be used successfully to select the primers for genetic diversity assessment, while the confusion probability (C) can be used to determine the minimal set of primers necessary to discriminate between the genotypes in a sample of N accessions. Key words: discriminating power (DL), informativeness indices of markers, PCR-based markers. uk Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Фактори експериментальної еволюції організмів Аналіз та оцінка генетичних ресурсів Порівняння показників інформативності ПЛР-маркерів для аналізу генетичного різноманіття на прикладі Gentiana lutea L. Comparison of informativeness indices of PCR-based markers for genetic diversity analysis as exemplified by Gentiana lutea L. Article published earlier |
| institution |
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| collection |
DSpace DC |
| title |
Порівняння показників інформативності ПЛР-маркерів для аналізу генетичного різноманіття на прикладі Gentiana lutea L. |
| spellingShingle |
Порівняння показників інформативності ПЛР-маркерів для аналізу генетичного різноманіття на прикладі Gentiana lutea L. Андрєєв, І.О. Мосула, М.З. Мельник, В.М. Бублик, О.М. Конвалюк, І.І. Дробик, Н.М. Аналіз та оцінка генетичних ресурсів |
| title_short |
Порівняння показників інформативності ПЛР-маркерів для аналізу генетичного різноманіття на прикладі Gentiana lutea L. |
| title_full |
Порівняння показників інформативності ПЛР-маркерів для аналізу генетичного різноманіття на прикладі Gentiana lutea L. |
| title_fullStr |
Порівняння показників інформативності ПЛР-маркерів для аналізу генетичного різноманіття на прикладі Gentiana lutea L. |
| title_full_unstemmed |
Порівняння показників інформативності ПЛР-маркерів для аналізу генетичного різноманіття на прикладі Gentiana lutea L. |
| title_sort |
порівняння показників інформативності плр-маркерів для аналізу генетичного різноманіття на прикладі gentiana lutea l. |
| author |
Андрєєв, І.О. Мосула, М.З. Мельник, В.М. Бублик, О.М. Конвалюк, І.І. Дробик, Н.М. |
| author_facet |
Андрєєв, І.О. Мосула, М.З. Мельник, В.М. Бублик, О.М. Конвалюк, І.І. Дробик, Н.М. |
| topic |
Аналіз та оцінка генетичних ресурсів |
| topic_facet |
Аналіз та оцінка генетичних ресурсів |
| publishDate |
2014 |
| language |
Ukrainian |
| container_title |
Фактори експериментальної еволюції організмів |
| publisher |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| format |
Article |
| title_alt |
Comparison of informativeness indices of PCR-based markers for genetic diversity analysis as exemplified by Gentiana lutea L. |
| description |
The aim of the work was to compare informativeness indices of PCR-based markers for genetic diversity assessment and select the most efficient from them. Methods. The study involved 30 plants from two G. lutea populations (Svydivets ridge, Ukrainian Carpathians) which were subjected to RAPD, ISSR, CDDP, RGAP, and IRAP analyses. To evaluate the efficiency of the primers, the total number of generated bands, the proportion of polymorphic bands, the resolving power (Rp), the discrimination power (D), the discriminating power (DL), the polymorphism information content (PIC), the marker index (MI) and the number of non-differentiated pairs (ND) were calculated. Results. The informativeness indices were calculated for each primer based on the frequency of individual bands and banding patterns. This was followed by correlation analysis of the indices. A very strong relationship was found between DL and ND, and between MI and proportion of polymorphic amplicons (p < 0.001). There were also high or moderate significant correlations between other parameters, with the exception of PIC. The estimated number of non-differentiated pairs and that determined experimentally were very close for all primers. Conclusions. All of the informativeness indices, except PIC, describe the efficiency of PCR-based markers in some way. The comparison of different markers showed that the most informative was the discriminating power. It can be used successfully to select the primers for genetic diversity assessment, while the confusion probability (C) can be used to determine the minimal set of primers necessary to discriminate between the genotypes in a sample of N accessions.
Key words: discriminating power (DL), informativeness indices of markers, PCR-based markers.
|
| issn |
2219-3782 |
| url |
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/178075 |
| citation_txt |
Порівняння показників інформативності ПЛР-маркерів для аналізу генетичного різноманіття на прикладі Gentiana lutea L. / І.О. Андрєєв, М.З. Мосула, В.М. Мельник, О.М. Бублик, І.І. Конвалюк, Н.М. Дробик // Фактори експериментальної еволюції організмів: Зб. наук. пр. — 2014. — Т. 14. — С. 141-146. — Бібліогр.: 12 назв. — укр. |
| work_keys_str_mv |
AT andrêêvío porívnânnâpokaznikívínformativnostíplrmarkerívdlâanalízugenetičnogoríznomaníttânaprikladígentianaluteal AT mosulamz porívnânnâpokaznikívínformativnostíplrmarkerívdlâanalízugenetičnogoríznomaníttânaprikladígentianaluteal AT melʹnikvm porívnânnâpokaznikívínformativnostíplrmarkerívdlâanalízugenetičnogoríznomaníttânaprikladígentianaluteal AT bublikom porívnânnâpokaznikívínformativnostíplrmarkerívdlâanalízugenetičnogoríznomaníttânaprikladígentianaluteal AT konvalûkíí porívnânnâpokaznikívínformativnostíplrmarkerívdlâanalízugenetičnogoríznomaníttânaprikladígentianaluteal AT drobiknm porívnânnâpokaznikívínformativnostíplrmarkerívdlâanalízugenetičnogoríznomaníttânaprikladígentianaluteal AT andrêêvío comparisonofinformativenessindicesofpcrbasedmarkersforgeneticdiversityanalysisasexemplifiedbygentianaluteal AT mosulamz comparisonofinformativenessindicesofpcrbasedmarkersforgeneticdiversityanalysisasexemplifiedbygentianaluteal AT melʹnikvm comparisonofinformativenessindicesofpcrbasedmarkersforgeneticdiversityanalysisasexemplifiedbygentianaluteal AT bublikom comparisonofinformativenessindicesofpcrbasedmarkersforgeneticdiversityanalysisasexemplifiedbygentianaluteal AT konvalûkíí comparisonofinformativenessindicesofpcrbasedmarkersforgeneticdiversityanalysisasexemplifiedbygentianaluteal AT drobiknm comparisonofinformativenessindicesofpcrbasedmarkersforgeneticdiversityanalysisasexemplifiedbygentianaluteal |
| first_indexed |
2025-12-07T15:13:54Z |
| last_indexed |
2025-12-07T15:13:54Z |
| _version_ |
1850862924966395904 |