pРНК-гены актиномицетов, гомологичные генам pРНК-кластера Streptomyces globisporus 1912-2

pРНК-гены актиномицетов, гомологичные генам pРНК-кластера Streptomyces globisporus 1912-2

Aims. To study the spread of the rRNA-genes homologous fо analogous genes of S. globisporus 1912-2 in the genomes of actinomycetes. Methods. The program BLASTN 2.2.29 was used for in silico analysis of Internet base of dates NCBI (Microbial genomes). Results. Sequence gomologous on 82–99% to sequenc...

Ausführliche Beschreibung

Gespeichert in:
Bibliographische Detailangaben
Veröffentlicht in:Фактори експериментальної еволюції організмів
Datum:2014
Hauptverfasser: Полищук, Л.В., Мацелюх, Б.П.
Format: Artikel
Sprache:Russian
Veröffentlicht: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2014
Schlagworte:
Структура і функції хромосом
Online Zugang:https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/178083
Tags: Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
Назва журналу:Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Zitieren:pРНК-гены актиномицетов, гомологичные генам pРНК-кластера Streptomyces globisporus 1912-2 / Л.В. Полищук, Б.П. Мацелюх // Фактори експериментальної еволюції організмів: Зб. наук. пр. — 2014. — Т. 14. — С. 129-133. — Бібліогр.: 11 назв. — рос.

Institution

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
id nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-178083
record_format dspace
spelling Полищук, Л.В.
Мацелюх, Б.П.
2021-02-17T20:04:06Z
2021-02-17T20:04:06Z
2014
pРНК-гены актиномицетов, гомологичные генам pРНК-кластера Streptomyces globisporus 1912-2 / Л.В. Полищук, Б.П. Мацелюх // Фактори експериментальної еволюції організмів: Зб. наук. пр. — 2014. — Т. 14. — С. 129-133. — Бібліогр.: 11 назв. — рос.
2219-3782
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/178083
579.873.71:577.214.2:004.9
Aims. To study the spread of the rRNA-genes homologous fо analogous genes of S. globisporus 1912-2 in the genomes of actinomycetes. Methods. The program BLASTN 2.2.29 was used for in silico analysis of Internet base of dates NCBI (Microbial genomes). Results. Sequence gomologous on 82–99% to sequences of rRNA-genes of S. globisporus 1912-2, were detected in 100 actinomycetes strains from 28 different families. The greatest number of strains belonging to some families: Streptomycetaceae (17 species), Mycobacteriaceae (10 species), Micrococcaceae (10 species), Pseudonocardiaceae (9 species), Nocardiaceae (8 species), Micromonosporaceae (8 species). The majority of families (14 spesies) included only one such strain actinomycetes. Sequences homologous to the 5S rRNA-gene of S. globisporus 1912-2 were detected in chromosomes of 25 actinomycetes cultures. Conclusions. In silico analysis of the primary structures of rRNA-gene clusters in the genomes of 100 actinomycetes revealed the existence of the largest differences in structures and spreading of 5S rRNA-genes in the studied cultures. Key words: rRNA, identity, Actinomycetes, chromosome, Streptomyces globisporus 1912-2.
ru
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
Фактори експериментальної еволюції організмів
Структура і функції хромосом
pРНК-гены актиномицетов, гомологичные генам pРНК-кластера Streptomyces globisporus 1912-2
rRNA-genes of actinomycetes, which are gomologous to Streptomyces globisporus 1912-2 rRNA-claster
Article
published earlier
institution Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection DSpace DC
title pРНК-гены актиномицетов, гомологичные генам pРНК-кластера Streptomyces globisporus 1912-2
spellingShingle pРНК-гены актиномицетов, гомологичные генам pРНК-кластера Streptomyces globisporus 1912-2
Полищук, Л.В.
Мацелюх, Б.П.
Структура і функції хромосом
title_short pРНК-гены актиномицетов, гомологичные генам pРНК-кластера Streptomyces globisporus 1912-2
title_full pРНК-гены актиномицетов, гомологичные генам pРНК-кластера Streptomyces globisporus 1912-2
title_fullStr pРНК-гены актиномицетов, гомологичные генам pРНК-кластера Streptomyces globisporus 1912-2
title_full_unstemmed pРНК-гены актиномицетов, гомологичные генам pРНК-кластера Streptomyces globisporus 1912-2
title_sort pрнк-гены актиномицетов, гомологичные генам pрнк-кластера streptomyces globisporus 1912-2
author Полищук, Л.В.
Мацелюх, Б.П.
author_facet Полищук, Л.В.
Мацелюх, Б.П.
topic Структура і функції хромосом
topic_facet Структура і функції хромосом
publishDate 2014
language Russian
container_title Фактори експериментальної еволюції організмів
publisher Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
format Article
title_alt rRNA-genes of actinomycetes, which are gomologous to Streptomyces globisporus 1912-2 rRNA-claster
description Aims. To study the spread of the rRNA-genes homologous fо analogous genes of S. globisporus 1912-2 in the genomes of actinomycetes. Methods. The program BLASTN 2.2.29 was used for in silico analysis of Internet base of dates NCBI (Microbial genomes). Results. Sequence gomologous on 82–99% to sequences of rRNA-genes of S. globisporus 1912-2, were detected in 100 actinomycetes strains from 28 different families. The greatest number of strains belonging to some families: Streptomycetaceae (17 species), Mycobacteriaceae (10 species), Micrococcaceae (10 species), Pseudonocardiaceae (9 species), Nocardiaceae (8 species), Micromonosporaceae (8 species). The majority of families (14 spesies) included only one such strain actinomycetes. Sequences homologous to the 5S rRNA-gene of S. globisporus 1912-2 were detected in chromosomes of 25 actinomycetes cultures. Conclusions. In silico analysis of the primary structures of rRNA-gene clusters in the genomes of 100 actinomycetes revealed the existence of the largest differences in structures and spreading of 5S rRNA-genes in the studied cultures. Key words: rRNA, identity, Actinomycetes, chromosome, Streptomyces globisporus 1912-2.
issn 2219-3782
url https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/178083
citation_txt pРНК-гены актиномицетов, гомологичные генам pРНК-кластера Streptomyces globisporus 1912-2 / Л.В. Полищук, Б.П. Мацелюх // Фактори експериментальної еволюції організмів: Зб. наук. пр. — 2014. — Т. 14. — С. 129-133. — Бібліогр.: 11 назв. — рос.
work_keys_str_mv AT poliŝuklv prnkgenyaktinomicetovgomologičnyegenamprnkklasterastreptomycesglobisporus19122
AT macelûhbp prnkgenyaktinomicetovgomologičnyegenamprnkklasterastreptomycesglobisporus19122
AT poliŝuklv rrnagenesofactinomyceteswhicharegomologoustostreptomycesglobisporus19122rrnaclaster
AT macelûhbp rrnagenesofactinomyceteswhicharegomologoustostreptomycesglobisporus19122rrnaclaster
first_indexed 2025-11-26T03:45:16Z
last_indexed 2025-11-26T03:45:16Z
_version_ 1850610517411889152
fulltext 129 17. Yu H.G., Koshland D. Chromosome Morphogenesis: Condensin-Dependent Cohesin Removal during Meiosis // Cell. – 2005. – 123. – P. 397–407. 18. Zhang L., Tao J., Wang Sh., Chong K., Wang T. The rice OsRad21-4, an orthologue of yeast Rec8 protein, is required for efficient meiosis // Plant Molecular Biology. – 2006. – 60. – P. 533–554. LISOVSKA T.P., KUZMISHYNA I.I., KOTSUN L.O., VOITIUK V.P., ANDREEVA V.V. Lesia Ukrainka Estern European National University, Ukraine, 43025, Lutsk, Voli prosp., 13, e-mail: tlisovska@ukr.net TOMATO MEIOTIC MUTATION THAT DISORDERS CHROMATIN CONDENSATION Aims. This paper presents the results of cytological and genetic analysis of new meiotic mutant of tomato (Lycopersicon esculentum Mill.) sti. Methods. Studies on meiosis in microsporogenesis were made in iron- acetocarmine smears of anther fixed in acetic alcohol (3:1). Results. Cytological analysis revealed that starting from the stage dyplotene and diakinesis chromosomes showed defects in condensation by fuzzy contours, irregular chromosomes condensation, intertwined chromatin, non-homologous chromosomes and univalents that are difficult to identification. Meiotic mutation tomato sti (stickyness) is monogenic recessive nature of inheritance. Mutant plants exhibit a high male and female sterility. Conclusions. Meiotic mutant of tomato sti is defected in chromosome condensation. Key words: meiosis, meiotic mutants, chromosome condensation, Lycopersicon esculentum Mill. УДК 579.873.71:577.214.2:004.9 ПОЛИЩУК Л.В., МАЦЕЛЮХ Б.П. Институт микробиологии и вирусологии им. Д.К. Заболотного НАН Украины, Украина, 03680, г. Киев, ул. Заболотного, 154, e-mail: LVPolishchuk@ukr.net pРНК-ГЕНЫ АКТИНОМИЦЕТОВ, ГОМОЛОГИЧНЫЕ ГЕНАМ pРНК-КЛАСТЕРА STREPTOMYCES GLOBISPORUS 1912-2 Установлено, что рибосомальная РНК составляет до 75 % всей РНК клеток как эукариот, так и прокариот [1]. Определено наличие 3 видов рРНК в клетках прокариот: 16S рРНК, 23S рРНК и 5S рРНК [1–5]. По одному рРНК-гену трех видов образуют в хромосомах микроорганизмов кластер и транскрибируются в виде одной молекулы прерибосомальной РНК с последующим сплайсингом [1]. Выявлена множественность рРНК-оперонов генов в клетках организмов эукариот и прокариот [1–3]. Например, у Streptomyces ambofaciens обнару- жено 4 копии рРНК-оперонов, 7 копий у S. venezuela, по 6 копий у S. lividans, S. coelicolor, S. griseus и многих других видов (Rhodobacter sphaeroides – 3 копии) [2–4]. По одному оперону найдено в хромосоме других родов актиномицетов – Mycobacterium bovis, M. leprae [5]. У ряда штаммов актиномицетов выявлены отличия в строении рРНК-оперонов. Так, у S. niveus NCIMB 11891 (NZ_CM002285) в хромосоме выявлены 6 рРНК-оперонов, но только в двух из них есть 5S рРНК-гены, а 23S рРНК-гены представлены в виде 2 фрагментов (996 пн и 1396 пн). Только 2 рРНК-оперона из трех содержат 5S рРНК-гены у штамма Rothia dentocarisa ATCC 17831 (NC_014643) . Как известно, ДНК стрептомицетов характеризуется ГС-богатым составом (69– 73 %), однако, рРНК-кластеры имеют умен- шенное содержание данных нуклеотидов. Так, рРНК гены S. ambofaciens содержат 59 %, 57 % и 60 % (соответственно, 16S рРНК-гены, 23S рРНК-гены и 5S рРНК-гены) [1]. В настоящее время большое внимание исследователей уделяется изучению нуклеотидного строения рРНК-генов микро- организмов [1–7, 10]. Например, сравнительный анализ первичного строения 16S рРНК-гена используется для определения таксономической принадлежности. Одними из основных положений генотипирования бактерии служат нуклеотидный состав (соотношение Г/С и А/Т пар) хромосомной ДНК и степень гомологии нуклеотидных последовательностей 16S рРНК. Кроме того, установлено, что устойчивость к аминогликозидным антибиотикам может быть вызвана модификациями 16S рРНК: мети- лированием рРНК или ее rrs-мутацией [6, 7]. 130 Изучение гомологии нуклеотидного стро- ения рРНК-генов у микроорганизмов различных таксонов, с одной стороны, позволит выявить их эволюционное сродство, а, с другой, может быть полезной, например, для увеличения биосинтеза антибиотиков штаммами продуцентами. Цель данной работы – изучить распрост- ранение рРНК-генов, гомологичных генам рРНК-оперона S. globisporus 1912-2 в геномах актиномицетов. Материалы и методы Проводился in silico анализ доступных Интернет ресурсов (базы данных сервера NCBI Microbial Genome [8]). В качестве реперной последовательности использовался фрагмент хромосомной ДНК Streptomyces globisporus 1912-2 (5184 пн). In silico исследования Интернет базы данных с целью выявления степени их идеен- тичности с выбранной последовательностью рРНК-генов S. globisporus 1912-2 осуществлялся с помощью программы BLASTN 2.2.29 (megablast) c установками по умолчанию [9]. Результаты и обсуждение В доступных Интернет ресурсах (база данных Microbial Genomes) представлено информацию о полном первичном строении хромосом 4435 представителей царства Bacteria, из них 68 видов рода Streptomyces [15]. In silico анализом библиотеки 1438 контигов, содержащей информацию о первичном строении 1438 последовательностей тотальной ДНК штамма Streptomyces globisporus 1912-2 было определено нуклеотидное строение трех рРНК-генов (в публикации). Определение первичного строения хромосомной ДНК штамма S. globisporus 1912-2 было проведено аккредитованной компанией «BaseClear» (Лейден, Голландия) в 2013 г. Использование в качестве реперной последовательности известную частичную нуклеотидную последовательность 16S рРНК wild-type штамма S. globisporus 1912-2 (AJ132630, GenBank – 464 пн) и данных доступных Интернет ресурсов о первичном строении генов рРНК-оперона S. griseus NBRC 13350 (AP009493, GenBank) позволило опре- делить локализацию рРНК-генов S. globisporus на Contig 207 (10000 пн – 15184 пн). У множества актиномицетов определен молекулярный размер рРНК-генов и их расположение в рРНК-кластере. Для генов рРНК-кластера характерна синтения – гены прокариот в кластере располагаются, как правило, в одинаковой последовательности 16S рРНК – 23S рРНК – 5S рРНК [1–7], молекулярные размеры рРНК-генов в среднем составляют, соответственно, 1500 пн, 3000 пн и 120 пн. Установлено молекулярные размеры генов рРНК-кластера S. globisporus 1912-2: последовательности 16S рРНК – 1535 пн, 23S рРНК – 3149 пн, 5S рРНК – 134 пн. Общий размер его рРНК-кластера 5142 пн, включая 2 спейсера (290 пн, 80 пн). Количество Г+Ц пар в первичном строении генов рРНК-кластера S. globisporus составлял для 16S рРНК-гена – 58,3 %, 23S рРНК-гена – 56,5 % и для 5S рРНК- гена – 59,1 %. В то время, как в целом Г+Ц состав всех 1438 контигов тотальной ДНК штамма – 75 %. При проведении in silico анализа базы данных Microbial Genome последовательности, идентичные на 82–99 % последовательностям рРНК-кластера S. globisporus 1912-2, были обнаружены у 100 штаммов актиномицетов, принадлежащим к 28 различным семействам. Наибольшее количество штаммов принадлежали к семействам Streptomycetaceae, Mycobacteri- aceae, Micrococcaceae и ряда других, в то время как к большинству семейств принадлежат только по одному штамму. В Интернет базе данных Microbial Genome представлены данные о нуклеотидном строении 631 штамма порядка Actinobacreria, из них, например, 68 штаммов представителей семейства Streptomy cetaceae, 49 штаммов – Mycobacteriaceae (табл.). Таким образом, in silico анализ выявил, что последовательности, гомологичные последо- вательностям рРНК-кластера S. globisporus 1912-2, преимущественное распространение у представителей отдельных семейств: например, у представителей семейств Streptomycetaceae и Micrococcaceae, в то время как среди представителей семейства Corynobacteriaceae в 9 раза реже. Показатели статистической значимости попарного выравнивания первичного строения рРНК-кластеров (Score) составляли от 8983 до 1954. Из них 16 штаммов, имеющих наибольшую идентичность (99–95 %) с рРНК- генами S. globisporus 1912-2 и значение Score (8983–5156) относились семейству Streptomyces. В то же время, штамм S. niveus NCIMB 11891 (NZ_CM002285) характеризовался низким показателем Score (2324). У всех 100 штаммов актиномицетов были выявлены последовательности, гомологичные последовательностям 23S рРНК- и 16S рРНК- генов S. globisporus 1912-2. Однако, последо- вательности, гомологичные 5S рРНК-гену 131 S. globisporus 1912-2 не были выявлены у 73 культур. Из них, 1 штамм – представитель семейства Streptomyces (S roseochromogenes DS 12.976 – CM002285). Только у 10 культур, принадлежащих к другим семействам актиномицетов, были выявлены 5S рРНК-гены с первичным строением, идентичным аналогичному гену S. globisporus (например, Microbacterium testaceum StLB037 – NC_015125, Frankia sp. Eulle – NC_014666, Actinoplanes missouriensis 431 – NC_017093). Как установлено, первичное строение рибосомальных РНК – наиболее консервативно (по сравнению с тРНК и иРНК) у прокариот и эукариот [1, 10]. Наряду с консервативными фрагментами, в последовательности кластера присутствуют и фрагменты со значительной изменчивостью – спейсеры [1–3]. Доказано, что первичное строение 5S рРНК-генов (из трех видов рРНК-генов) как прокариот, так и эукариот – наиболее консервативное [1, 10]. Таблица. Таксономическое распределение видов актиномицетов в выборках Интернет база данных Microbial Genomes Наша выборка микроорганизмов* Семейства порядка Actinomycetales Количество видов Вклад в базу данных, % Количество видов Вклад в выборку, % Streptomycetaceae 68 10,78 17 17 Mycobacteriaceae 49 13,57 10 10 Micrococcaceae 32 5,07 10 10 Pseudonocardiaceae 46 7,29 9 9 Nocardiaceae 100 15,85 8 8 Micromonosporaceae 14 2,22 8 8 Frankineae 6 0,95 5 5 Nocardioidaceae 12 1,9 4 4 Gordoniaceae 26 4,12 3 3 Geodermatophilaceae 4 0,64 2 2 Cellulomonadaceae 6 0,95 3 3 Nocardiopsaceae 20 3,16 2 2 Promicromonosporaceae 6 0,95 2 2 Microbacteriaceae 46 7,29 2 2 Catenulisporaceae 1 0,16 1 1 Acidothermaceae 1 0,16 1 1 Nakamurellaceae 2 0,32 1 1 Streptosporangiaceae 4 0,64 1 1 Thermosporaceae 12 1,9 1 1 Tsukamurellaceae 2 0,32 1 1 Corynobacteriaceae 59 9,35 1 1 Segnilipaceae 2 0,32 1 1 Intrasporangiaceae 14 2,22 1 1 Sanguibacteraceae 2 0,32 1 1 Dermatococcaceae 3 0,48 1 1 Dermabacteriaceae 10 1,58 1 1 Kineosporiaceae 1 0,16 1 1 Propionibacteriaceae 18 2,85 1 1 Примечание: * – культуры актиномицетов, в хромосомах которых присутствуют гены, гомологичные рРНК-генам S. globisporus 1912-2. 132 Нашим in silico анализом первичного строения генов рРНК-кластеров в геномах 100 актиномицетов выявлено существование наибольшего различия в строении 5S рРНК- генов. Например, у штаммов Beutenbergia cavernae DSM 12333 (NC_012669) и Catenulispora acidiphila DSM 44928 (NC_0131310) нуклеотидное строение 5S рРНК- генов не гомологично аналогичному гену S. globisporus 1912-2. К первичному строению 5S рРНК-гена Bcav_R0020 Beutenbergia cavernae DSM 12333 были гомологичны (на 84–95%) последовательности 5S рРНК-генов пяти актиномицетов (Sanguibacter keddieii DSM 10542 – NC_013521, Rhodococcus jostii RHA1 – NC_008268, Gordonia gronchialis DSM 43247 – NC-013441, Gordonia polyisoprenivorans VH2 – NC_016906, Saccharomonospora glauca K62 – CM0011484). Идентичнымы на 80–91% последовательности 5S рРНК-гена Сaci_R0032 Catenulispora acidiphila DSM 4492829 были 5S рРНК-гены 29 штаммов актиномицетов (например, Nocardia brasiliesis ATCC 700358 NC_018681, Mycobacterium bovis AF2122/98). В то же время, у 4 штаммов, при отсутствии гомологии с 5S рРНК геном S. globisporus 1912- 2, выявлено 5S рРНК-гены, идентичные 5S рРНК-генам как Beutenbergia cavernae DSM 12333, так и Catenulispora acidiphila DSM 44928 (Sanguibacter keddiei DSM 10542 – NC_01351, Gordonia gronchialis DSM 43247 – NC_–134441, Saccharomonospora glauca K62 – CM0011484, Gordonia polyisoprenivorans VH2 – NC_016906). Первичное строение 5S рРНК-генов штамма Frankia sp. Eulle было гомологично 5S рРНК- генам штаммов S. globisporus 1912-2 и Catenulispora acidiphila DSM 4492829 (соответственно на 86 % и 85 %). In silico анализом первичного строения библиотеки контигов штаммов S. globisporus 1912-2 не было выявлено последовательностей ДНК, гомологичных 5S рРНК-генам как Beutenbergia cavernae DSM 12333 и Catenulispora acidiphila DSM 44928, так и ряда других штаммов – например, Frankia alni ACN14a (NC_008278) Streptosporangium roseus DSM 43021 (NC_013595) и Catenulispore acidiphila DSM 44928 (NC_13131). Выводы Последовательности, идентичные на 82– 99 % последовательностям всех 3 генов рРНК- кластера S. globisporus 1912-2, обнаружены у 100 штаммов актиномицетов, принадлежащим к 28 различным семействам при проведении in silico анализа базы данных Microbial Genome. Наибольшее количество штаммов принадлежали к семействам Streptomycetaceae (17 видов), Mycobacteriaceae (10 видов), Micrococcaceae (10 видов), Pseudonocardiaceae (9 видов), Nocardi- aceae (8 видов), Micromonosporaceae (8 видов). К большинству (12 культур) семейств принад- лежат только по одному штамму актономицета. Последовательности, гомологичные 5S рРНК-гену S. globisporus 1912-2, не были выявлены у 73 культур. Из них, 1 штамм – представитель семейства Streptomyces (S. roseochromogenes DS 12.976 – CM002285). Только у 10 культур, принадлежащих к другим семействам актиномицетов, были выявлены 5S рРНК-гены с первичным строением, идентич- ным аналогичному гену S. globisporus 1912-2. In silico анализ первичного строения генов рРНК-кластеров в геномах 100 актиномицетов выявлено существование наибольшего различия в строении 5S рРНК-генов у исследуемых актиномицетов. Литература 1. Барков А.Н., Трубникова Е.В., Стабровская Н.В. Молекулярные особенности организации и транскрипции рибосомных генов [Електронний ресурс] // Ученые записки : электрон. науч. журн. Курского государст- венного университета. – 2007. – № 1 (3) – Режим доступа: http://www.scientific-notes.ru/pdf/sa11.pdf. 2. van Wezel G.P., Vijgenboom E., Bosch L. A comparative study of the ribosomal RNA operons of Streptomyces coelicolor A3(2) and sequence analysis of rrnA // Nucleic Acids Research. – 19, N 16. – Р. 4399–4403. 3. Pujic P., Durajija-Zinic S., Pandza S., Mikoc A., Plohl M., Gamulin V. Ribosomal RNA operons in Streptomyces rimosus: sequence of the rrnF and comparative analysis of rrn promoter regions // Food. technol. biotech. – 2001. – 39, N 2. – P. 77–81. 4. Pernodet J.-L., Boccard F., Alegre M.-T., Gagnat J., Guйrineau M. Organization and nucleotide sequence analysis of a ribosomal RNA gene cluster from Streptomyces ambofaciens // Gene. – 1989. – 79, N 1. – P. 33–46. 5. La Farina M., Stira S., Mancuso R., Grisanti C. Characterization of Streptomyces venezuelae ATCC 10595 rRNA gene clusters and cloning of rrnA // J Bacteriol. – 1996. – 178, N 5. – Р. 1480–1483. 6. Kim Eunjoona R., Hongika K., Hong Seung-Pyoa, Kook Hee Kangb, Yung Hee Khoa, Park Yong-Ha Gene organization and primary structure of a ribosomal RNA gene cluster from Streptomyces griseus subsp. griseus // Gene. – 1993. – 132, N 1. – P. 21–31. 133 7. Ochi K., Zhang D., Kawamoto S., Hesketh A. Molecular and functional analysis of the ribosomal L11 and S12 protein genes (rplK and rpsL) of Streptomyces coelicolor A3(2)// Mol Gen Genet. – 1997. – 5, N 256. – Р. 488– 498. 8. Чернов В.М., Гоголев Ю.В., Мухаметшина Н.Е., Нестерова Т.Н., Чернова О.А. Особенности амплификации нуклеотидных последовательностей оперонов rrnA и rrnB Acholeplasma laidlawii PG8 // Вестник биотехнологии и физ.-хим. биологии. – 2006. – 2, N 3. – С. 5–13. 9. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/ Microbial Genomes/ 10. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ BLASTN 2.2.29 (megablast, bl2seq)/ 11. Смирнов А.В., Энтелис Н.С., Крашениннков И.А., Мартэнс Р., Тарасов И.А. Особенности структуры 5S рРНК, ее взаимодействие с макромолекулами и возможные функции // Успехи современной биохимической науки. – 2008. – 48. – С. 133–180. POLISHCHUK L.V., MATSELUKH B.P. Zabolotny Institute of Microbiology and Virology of Natl. Acad. Sci. of Ukraine, Ukraine, 03680, Kyiv, Akad. Zabolotnogo str., 154, е-mail: LVPolishchk@ukr.net rRNA-GENES OF ACTINOMYCETES, WHICH ARE GOMOLOGOUS TO STREPTOMYCES GLOBISPORUS 1912-2 rRNA-CLASTER Aims. To study the spread of the rRNA-genes homologous fо analogous genes of S. globisporus 1912-2 in the genomes of actinomycetes. Methods. The program BLASTN 2.2.29 was used for in silico analysis of Internet base of dates NCBI (Microbial genomes). Results. Sequence gomologous on 82–99 % to sequences of rRNA-genes of S. globisporus 1912-2, were detected in 100 actinomycetes strains from 28 different families. The greatest number of strains belonging to some families: Streptomycetaceae (17 species), Mycobacteriaceae (10 species), Micrococcaceae (10 species), Pseudonocardiaceae (9 species), Nocardiaceae (8 species), Micromonosporaceae (8 species). The majority of families (14 spesies) included only one such strain actinomycetes. Sequences homologous to the 5S rRNA-gene of S. globisporus 1912-2 were detected in chromosomes of 25 actinomycetes cultures. Conclusions. In silico analysis of the primary structures of rRNA-gene clusters in the genomes of 100 actinomycetes revealed the existence of the largest differences in structures and spreading of 5S rRNA-genes in the studied cultures. Key words: rRNA, identity, Actinomycetes, chromosome, Streptomyces globisporus 1912-2. УДК [575.22 : 582.542.11] (292.3) ТВАРДОВСЬКА М.О. 1, АНДРЄЄВ І.О. 1, АМОСОВА А.В. 2, СПІРІДОНОВА К.В. 1, НАВРОЦЬКА Д.О. 1, САМАТАДЗЕ Т.Е. 2, ЗОЩУК С.А .2, МУРАВЕНКО О.В. 2, КУНАХ В.А. 1 1 Інститут молекулярної біології і генетики НАН України, Україна, 03680, м. Київ, вул. Академіка Заболотного, 150, е-mail: twardovska06@mail.ru 2 Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН, Россия, 119991, г. Москва, ул. Вавилова, 32, e-mail: amomar@mail.ru ВИВЧЕННЯ ГЕНОМІВ РОСЛИН DESCHAMPSIA ANTARCTICA DESV. З РІЗНИХ ЛОКАЛІТЕТІВ ПРИБЕРЕЖНОЇ АНТАРКТИКИ ЗА ДОПОМОГОЮ ХРОМОСОМНИХ ТА МОЛЕКУЛЯРНИХ МАРКЕРІВ Судинні рослини регіону Прибережної Антарктики представлені лише двома видами: щучником антарктичним (Deschampsia antarctica Desv.) та колобантусом Кіто (Colobanthus quitensis Kunth. Bartl.). Питання виключного поширення в Антарктиці тільки двох видів судинних рослин і досі залишається невирішеним. D. аntarctica викликає науковий інтерес завдяки ряду фізіологічних ознак, що забезпечують її виживання у суворих умовах Антарктики, серед яких короткий вегетаційний період та здатність до вегетації і цвітіння за низьких температур, що, зокрема, пов’язано із високим рівнем фотосинтезу за цих умов; можливість існування в умовах високого рівня ультрафіолетового опромінення; стійкість до світлового стресу; пристосування до екстремально-сухих та надмірно зволожених ґрунтів та інше [1]. Відомо, що стресові фактори середовища

Ähnliche Einträge