Внутрішньомолекулярні водневі зв'язки, що стабілізують конформери дезоксигуанозину: результати квантово-механічного аналізу топології електронної густини
As many as 15 types of intramolecular hygrogen bonds are determined over 96 conformers of 2´-deoxyguanosine nucleoside by means of the quantum-mechanical analysis (at the DFT B3LYP/6–31G(d, p) theory level) of the electron density topology with Bader's Atoms-in-Molecules theory. The total numbe...
Saved in:
| Date: | 2007 |
|---|---|
| Main Authors: | , |
| Format: | Article |
| Language: | Ukrainian |
| Published: |
Видавничий дім "Академперіодика" НАН України
2007
|
| Subjects: | |
| Online Access: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/1901 |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| Journal Title: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Cite this: | Внутрішньомолекулярні водневі зв'язки, що стабілізують конформери дезоксигуанозину: результати квантово-механічного аналізу топології електронної густини / Р.О. Жураківський, Д.М. Говорун // Доп. НАН України. — 2007. — N 5. — С. 180–184. — Бібліогр.: 15 назв. — укp. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| id |
nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-1901 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
Жураківський, Р.О. Говорун, Д.М. 2008-09-03T13:09:49Z 2008-09-03T13:09:49Z 2007 Внутрішньомолекулярні водневі зв'язки, що стабілізують конформери дезоксигуанозину: результати квантово-механічного аналізу топології електронної густини / Р.О. Жураківський, Д.М. Говорун // Доп. НАН України. — 2007. — N 5. — С. 180–184. — Бібліогр.: 15 назв. — укp. 1025-6415 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/1901 577.3 As many as 15 types of intramolecular hygrogen bonds are determined over 96 conformers of 2´-deoxyguanosine nucleoside by means of the quantum-mechanical analysis (at the DFT B3LYP/6–31G(d, p) theory level) of the electron density topology with Bader's Atoms-in-Molecules theory. The total number of H-bonds is 143, and their types are C2´H2...O5´ (11 H-bonds), C2´H2...N3 (27), C3´H...N3 (20), C5´H1...N3 (4), C5´H1...C8 (1), C5´H2...N3 (13), C8H...O5´ (20), C3´H...HC8 (10), C5´H1...HC8 (3), C5´H2...HC8 (2), O5´H...HC8 (3), O3´H...O5´ (4), O5´H...O3´ (7), O5´H...N3 (9), and N2H...O5´ (9). The conformational, geometric, and electron-topological properties of H-bonds are presented. uk Видавничий дім "Академперіодика" НАН України Біофізика Внутрішньомолекулярні водневі зв'язки, що стабілізують конформери дезоксигуанозину: результати квантово-механічного аналізу топології електронної густини Article published earlier |
| institution |
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| collection |
DSpace DC |
| title |
Внутрішньомолекулярні водневі зв'язки, що стабілізують конформери дезоксигуанозину: результати квантово-механічного аналізу топології електронної густини |
| spellingShingle |
Внутрішньомолекулярні водневі зв'язки, що стабілізують конформери дезоксигуанозину: результати квантово-механічного аналізу топології електронної густини Жураківський, Р.О. Говорун, Д.М. Біофізика |
| title_short |
Внутрішньомолекулярні водневі зв'язки, що стабілізують конформери дезоксигуанозину: результати квантово-механічного аналізу топології електронної густини |
| title_full |
Внутрішньомолекулярні водневі зв'язки, що стабілізують конформери дезоксигуанозину: результати квантово-механічного аналізу топології електронної густини |
| title_fullStr |
Внутрішньомолекулярні водневі зв'язки, що стабілізують конформери дезоксигуанозину: результати квантово-механічного аналізу топології електронної густини |
| title_full_unstemmed |
Внутрішньомолекулярні водневі зв'язки, що стабілізують конформери дезоксигуанозину: результати квантово-механічного аналізу топології електронної густини |
| title_sort |
внутрішньомолекулярні водневі зв'язки, що стабілізують конформери дезоксигуанозину: результати квантово-механічного аналізу топології електронної густини |
| author |
Жураківський, Р.О. Говорун, Д.М. |
| author_facet |
Жураківський, Р.О. Говорун, Д.М. |
| topic |
Біофізика |
| topic_facet |
Біофізика |
| publishDate |
2007 |
| language |
Ukrainian |
| publisher |
Видавничий дім "Академперіодика" НАН України |
| format |
Article |
| description |
As many as 15 types of intramolecular hygrogen bonds are determined over 96 conformers of 2´-deoxyguanosine nucleoside by means of the quantum-mechanical analysis (at the DFT B3LYP/6–31G(d, p) theory level) of the electron density topology with Bader's Atoms-in-Molecules theory. The total number of H-bonds is 143, and their types are C2´H2...O5´ (11 H-bonds), C2´H2...N3 (27), C3´H...N3 (20), C5´H1...N3 (4), C5´H1...C8 (1), C5´H2...N3 (13), C8H...O5´ (20), C3´H...HC8 (10), C5´H1...HC8 (3), C5´H2...HC8 (2), O5´H...HC8 (3), O3´H...O5´ (4), O5´H...O3´ (7), O5´H...N3 (9), and N2H...O5´ (9). The conformational, geometric, and electron-topological properties of H-bonds are presented.
|
| issn |
1025-6415 |
| url |
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/1901 |
| citation_txt |
Внутрішньомолекулярні водневі зв'язки, що стабілізують конформери дезоксигуанозину: результати квантово-механічного аналізу топології електронної густини / Р.О. Жураківський, Д.М. Говорун // Доп. НАН України. — 2007. — N 5. — С. 180–184. — Бібліогр.: 15 назв. — укp. |
| work_keys_str_mv |
AT žurakívsʹkiiro vnutríšnʹomolekulârnívodnevízvâzkiŝostabílízuûtʹkonformeridezoksiguanozinurezulʹtatikvantovomehaníčnogoanalízutopologííelektronnoígustini AT govorundm vnutríšnʹomolekulârnívodnevízvâzkiŝostabílízuûtʹkonformeridezoksiguanozinurezulʹtatikvantovomehaníčnogoanalízutopologííelektronnoígustini |
| first_indexed |
2025-11-25T22:15:29Z |
| last_indexed |
2025-11-25T22:15:29Z |
| _version_ |
1850561404342370304 |
| fulltext |
оповiдi
НАЦIОНАЛЬНОЇ
АКАДЕМIЇ НАУК
УКРАЇНИ
5 • 2007
БIОФIЗИКА
УДК 577.3
© 2007
Р.О. Журакiвський, член-кореспондент НАН України Д. М. Говорун
Внутрiшньомолекулярнi водневi зв’язки,
що стабiлiзують конформери дезоксигуанозину:
результати квантово-механiчного аналiзу топологiї
електронної густини
As many as 15 types of intramolecular hygrogen bonds are determined over 96 conformers
of 2′-deoxyguanosine nucleoside by means of the quantum-mechanical analysis (at the
DFT B3LYP/6–31G(d, p) theory level) of the electron density topology with Bader’s
Atoms-in-Molecules theory. The total number of H-bonds is 143, and their types
are C2′H2 . . . O5′ (11 H-bonds), C2′H2. . .N3 (27), C3′H. . .N3 (20), C5′H1. . .N3 (4),
C5′H1. . .C8 (1), C5′H2. . .N3 (13), C8H. . .O5′ (20), C3′H . . . HC8 (10), C5′H1 . . .HC8 (3),
C5′H2 . . . HC8 (2), O5′H . . . HC8 (3), O3′H . . .O5′ (4), O5′H . . . O3′ (7), O5′H. . .N3 (9), and
N2H . . .O5′ (9). The conformational, geometric, and electron-topological properties of H-bonds
are presented.
Дослiдження конформацiйних властивостей нуклеозидiв та з’ясування природи внутрiш-
ньомолекулярних взаємодiй, зокрема водневих (H) зв’язкiв, якi їх стабiлiзують, є класич-
ною проблемою сучасної молекулярної бiофiзики, бiохiмiї, молекулярної фармакологiї та
структурної бiологiї [1, 2]. У наших попереднiх роботах [3–7] започатковано новий пiдхiд до
теоретичного конформацiйного аналiзу 2′-дезоксирибонуклеозидiв. Спочатку ми дослiдили,
застосовуючи сучаснi квантово-механiчнi методи, повне конформацiйне сiмейство модель-
ного цукрового залишку цих бiологiчно важливих сполук, а саме 1′,2′-дезоксирибози [3]. По-
тiм, використовуючи цi конформери як базовi, провели вичерпний конформацiйний аналiз
одного з найпростiших 2′-дезоксирибонуклеозидiв — мiнорного нуклеозиду 2′-дезоксиури-
дину [4], а також канонiчних нуклеозидiв — 2′-дезокситимiдину [5], 2′-дезоксицитидину [6]
i 2′-дезоксигуанозину [7]. Отриманi результати дозволили iстотно розширити i доповнити
iснуючi лiтературнi данi стосовно конформацiйних можливостей цих бiомолекул [1, 2, 8].
Наступний крок у даному напрямку — з’ясування природи специфiчних внутрiшньомо-
лекулярних взаємодiй, тобто Н-зв’язкiв, якi стабiлiзують конформери нуклеозидiв. Якiсно
новi можливостi вiдкриває методологiя, що грунтується на аналiзi топологiї електронної
180 ISSN 1025-6415 Reports of the National Academy of Sciences of Ukraine, 2007, №5
густини (так звана теорiя атомiв у молекулах Бейдера) [9], у поєднаннi з квантово-механiч-
ними методами ab initio. На вiдмiну вiд традицiйних пiдходiв [10], вона пропонує фiзично
обгрунтований пороговий критерiй Н-зв’язку AH. . . B, зокрема внутрiшньомолекулярного:
наявнiсть критичної точки (3, −1) мiж атомами H i B та додатне значення лапласiана елект-
ронної густини ∇
2ρ в нiй. Уже зроблено успiшнi кроки з її використанням для вивчення
внутрiшньомолекулярних Н-зв’язкiв у нуклеозидах [11].
Нами методом аналiзу топологiї електронної густини [9] дослiджено природу внутрiш-
ньомолекулярних Н-зв’язкiв у канонiчному нуклеозидi 2′-дезоксигуанозинi (dGuo) у макси-
мально можливому форматi, тобто для всiх без винятку стiйких його конформерiв.
Матерiали i методи. У роботi використано структурнi данi щодо 96 усiх можливих
конформерiв dGuo, що наведенi в роботi [7]. Аналiз топологiї електронної густини цих кон-
формерiв (хвильовi функцiї розраховано на рiвнi теорiї DFT B3LYP/6–31G(d, p)) проводили
з використанням програмного забезпечення AIM2000. IЧ коливальнi спектри конформерiв
розраховували в гармонiчному наближеннi. Позначення атомiв та номенклатурних кон-
формацiйних параметрiв загальноприйнятi [1].
Результати дослiдження та їхнє обговорення. У всiх 96 можливих конформе-
рах dGuo нами вперше зафiксовано 15 типiв внутрiшньомолекулярних H-зв’язкiв (їхня
загальна кiлькiсть — 143): C2′H2. . .O5′ (11 зв’язкiв), C2′H2. . .N3 (27), C3′H. . .N3 (20),
C5′H1. . .N3 (4), C5′H1. . .C8 (1), C5′H2. . .N3 (13), C8H. . .O5′ (20), C3′H . . . HC8 (10),
C5′H1 . . . HC8 (3), C5′H2 . . . HC8 (2), O5′H . . . HC8 (3), O3′H . . . O5′ (4), O5′H . . . O3′ (7),
O5′H. . .N3 (9) i N2H . . . O5′ (9) (табл. 1–3). Вони розподiляються на двi рiзновеликi гру-
Таблиця 1. Внутрiшньомолекулярнi водневi зв’язки в конформерах 2′-дезоксигуанозину (нумерацiю кон-
формерiв див. у роботi [7], а нумерацiю типiв Н-зв’язкiв — у табл. 2 i 3)
Кон-
формер
Тип
Н-зв’язку
Кон-
формер
Тип
Н-зв’язку
Кон-
формер
Тип
Н-зв’язку
Кон-
формер
Тип
Н-зв’язку
1 1, 2, 14 25 — 49 3 73 2
2 1, 2, 14 26 8 50 2, 6 74 7
3 1, 2, 14 27 2, 6 51 3, 13 75 —
4 3, 14, 15 28 — 52 2, 6 76 3
5 3, 14, 15 29 14, 15 53 13 77 7
6 3, 14, 15 30 2, 6 54 2, 6 78 7
7 3, 12 31 8 55 5, 7 79 —
8 11 32 7, 8 56 3, 6, 13, 15 80 2
9 14, 15 33 2, 6 57 2 81 3
10 14, 15 34 1, 7 58 — 82 1, 7
11 7, 8 35 1, 11 59 3 83 7
12 1, 11 36 8, 12 60 3 84 8
13 7, 8 37 — 61 7 85 2
14 1, 7 38 — 62 10 86 3
15 8, 12 39 9 63 10 87 2, 6
16 3 40 7 64 2, 4 88 —
17 7 41 8 65 2, 4 89 2, 9
18 2, 6 42 — 66 3 90 8
19 3 43 3, 6, 13 67 1, 7 91 3, 6, 13, 15
20 7 44 7 68 2 92 2, 4
21 3 45 2, 6 69 2 93 2
22 — 46 13 70 2, 4 94 2
23 3, 12 47 3, 13 71 7 95 —
24 1, 7 48 1, 7 72 2, 9 96 2, 6, 15
ISSN 1025-6415 Доповiдi Нацiональної академiї наук України, 2007, №5 181
пи — H-зв’язки, що локалiзованi в цукровому залишку (типи 1, 12, 13; загальна кiлькiсть —
22, вони спостерiгаються i в модельних цукрових залишках 2′-дезоксирибонуклеозидiв [3]),
та зв’язки мiж нуклеотидною основою i цукровим залишком (типи 2–11 i 15; їх усього 121)
(числовi позначення типiв H-зв’язкiв див. у табл. 2, 3). Природно, що H-зв’язки мiж осно-
вою та цукровим залишком дуже чутливi до їх взаємної орiєнтацiї. Так, зв’язки типiв 5,
7–11 реалiзуються лише в anti-конформерах, а зв’язки типiв 3, 4, 6, 14 i 15 — в syn-конфор-
мерах dGuo. Внутрiшньоцукровi H-зв’язки менш чутливi до взаємної орiєнтацiї залишку
i основи: з-помiж них зв’язки типу 12 iндиферентнi до syn/anti конформацiї, зв’язки типу 1
є anti-любними, зв’язки типу 13 є syn-любними. У той же час вони дуже чутливi до кон-
формацiї цукрового залишку: Н-зв’язки типу 1 реалiзуються в S-конформацiях, а типiв 12
Таблиця 2. Основнi геометричнi та електронно-топологiчнi характеристики внутрiшньомолекулярних вод-
невих зв’язкiв, якi стабiлiзують конформери 2′-дезоксигуанозину
Тип
Н-зв’язок
AH. . . B
AB, Å HB, Å AHB, град ρ, а. о. ∇
2
ρ, а. о.
min max min max min max min max min max
1 C2
′
H2. . .O5
′ 3,048 3,251 2,505 2,732 108,5 110,5 0,007 0,010 0,029 0,040
2 C2
′
H2. . .N3 3,165 3,352 2,378 2,722 113,4 128,8 0,008 0,014 0,027 0,043
3 C3
′
H. . .N3 3,044 3,421 2,312 2,770 117,9 124,6 0,007 0,017 0,024 0,053
4 C5
′
H1. . .N3 3,478 3,845 2,500 2,905 138,6 148,3 0,005 0,011 0,016 0,032
5 C5
′
H1. . .C8 3,421 3,421 2,914 2,914 108,2 108,2 0,005 0,005 0,020 0,020
6 C5
′
H2. . .N3 3,161 3,757 2,574 2,864 109,4 145,9 0,006 0,010 0,017 0,035
7 C8H. . .O5
′ 3,318 3,553 2,302 2,656 133,1 157,2 0,007 0,014 0,027 0,039
8 C3
′
H. . .HC8 3,089 3,279 2,397 2,651 115,4 119,7 0,003 0,005 0,012 0,019
9 C5
′
H1. . .HC8 3,197 3,281 2,530 2,557 116,3 124,3 0,004 0,004 0,013 0,015
10 C5
′
H2. . .HC8 3,374 3,457 2,517 2,706 125,3 133,7 0,003 0,004 0,009 0,013
11 O5
′
H. . .HC8 2,738 3,216 2,248 2,513 110,3 129,4 0,003 0,007 0,013 0,029
12 O3
′
H. . .O5
′ 2,928 3,018 2,199 2,311 129,1 130,9 0,014 0,016 0,045 0,052
13 O5
′
H
′
. . .O3
′ 2,985 3,142 2,164 2,497 118,9 141,5 0,009 0,018 0,040 0,052
14 O5
′
H
′
. . .N3 2,761 2,827 1,783 1,968 145,2 171,0 0,029 0,043 0,077 0,105
15 N2H. . .O5
′ 3,251 3,469 2,329 2,559 137,5 158,7 0,007 0,012 0,025 0,036
Таблиця 3. Кiлькiснi характеристики внутрiшньомолекулярних водневих зв’язкiв, якi охоплюють конфор-
мери 2′-дезоксигуанозину, залежно вiд його конформацiї
Тип
Н-зв’язок
AH. . . B
Загальна
кiлькiсть
syn anti N S
β γ ε
g
+
t g
−
g
+
t g
−
g
+
t g
−
1 C2
′
H2. . .O5
′ 11 3 8 0 11 5 3 3 11 0 0 4 3 4
2 C2
′
H2. . .N3 27 20 7 7 20 12 9 6 7 10 10 10 9 8
3 C3
′
H. . .N3 20 20 0 20 0 8 5 7 3 9 8 7 7 6
4 C5
′
H1. . .N3 4 4 0 0 4 3 1 0 0 4 0 1 2 1
5 C5
′
H1. . .C8 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 0 1 0 0
6 C5
′
H2. . .N3 13 13 0 3 10 3 3 7 1 0 12 5 5 3
7 C8H. . .O5
′ 20 0 20 9 11 5 9 6 15 5 0 7 7 6
8 C3
′
H. . .HC8 10 0 10 10 0 4 2 4 3 5 2 2 2 6
9 C5
′
H1. . .HC8 3 0 3 2 1 1 1 1 0 3 0 2 0 1
10 C5
′
H2. . .HC8 2 0 2 0 2 0 1 1 0 0 2 2 0 0
11 O5
′
H. . .HC8 3 0 3 0 3 3 0 0 3 0 0 1 1 1
12 O3
′
H. . .O5
′ 4 2 2 4 0 0 2 2 0 0 4 0 0 4
13 O5
′
H
′
. . .O3
′ 7 5 2 7 0 4 0 3 0 0 7 3 4 0
14 O5
′
H
′
. . .N3 9 9 0 3 6 6 0 3 6 3 0 3 3 3
15 N2H. . .O5
′ 9 9 0 5 4 3 0 6 4 3 2 4 3 2
182 ISSN 1025-6415 Reports of the National Academy of Sciences of Ukraine, 2007, №5
i 13 — навпаки, лише в N-конформацiях цукрового залишку. З-помiж H-зв’язкiв мiж цукро-
вим залишком та основою найчутливiшими до конформацiї цукрового залишку є типи 4,
5, 10, 11, якi реалiзуються лише в S-конформацiях, i типи 3 i 8, якi характернi лише для
N-конформацiй цукрового залишку. Решта їх — або S-любнi (типи 2, 6, 7 i 14), або N-любнi
(типи 9 i 15).
Для деяких типiв H-зв’язкiв спостерiгається також iстотна залежнiсть й вiд iнших кон-
формацiйних параметрiв (див. табл. 1, 3). Так, H-зв’язки типiв 1 i 11 реалiзуються лише
при γ ∈ g+, типiв 4, 5 i 9 — лише при γ ∈ t, а типiв 10, 12 та 13 — лише при γ ∈ g−. При
цьому конформацiйно найвибагливiшими до конформацiї нуклеозиду є внутрiшньоцукровi
H-зв’язки типiв 12 (β ∈ g−, t, γ ∈ g−, ε ∈ g−) i 13 (β ∈ g+, g−, γ ∈ g−, ε ∈ g+, t) (у дужках
вказано конформацiйнi обмеження їхнього iснування).
У конформерах dGuo внутрiшньомолекулярнi H-зв’язки у бiльшостi випадкiв спiвiсну-
ють. У двох syn-конформерах нами зафiксовано чотири H-зв’язки, у восьми syn-конформе-
рах — три зв’язки, у 36 конформерах (20 syn та 16 anti) — два зв’язки, у 39 конформерах
(13 syn та 26 anti) — один зв’язок. 11 високоенергетичних конформерiв не охопленi жодним
H-зв’язком.
З-помiж зафiксованих нами типiв внутрiшньомолекулярних H-зв’язкiв, якi стабiлiзу-
ють усi можливi конформери dGuo, — OH. . .O, CH. . .O, CH. . . N, CH. . . C, CH. . . HO
i CH. . . HC — найбiльшу увагу привертають до себе два останнi. Характерною їхньою озна-
кою є те, що в них донором i акцептором H-зв’язування є атоми водню груп CH i OH.
У пуринових нуклеозидах вони виявленi нами вперше. Ранiше методом аналiзу топологiї
електронної густини вони були зафiксованi в деяких амiнокислотах [12], а вперше описанi
(на прикладi H-зв’язку HOH . . . −HO) у роботi [13]. Описанi також приклади експеримен-
тального спостереження подiбних Н-зв’язкiв (див. [12, 13] i наведену там бiблiографiю).
Нинi їх продовжують iнтенсивно вивчати квантово-механiчними методами [14].
Наголосимо, що майже всi внутрiшньомолекулярнi H-зв’язки (винятки стосуються 14
зв’язкiв за участi групи HC8, дев’яти зв’язкiв типу CH. . .N за участi атома N3, одного
зв’язку C2′H2. . .O5′ та одного зв’язку C5′H1. . .C8, тобто 25 Н-зв’язкiв iз 143) задовольняють
класичнi геометричнi вимоги (див. табл. 2) — для зв’язкiв AH. . .B сума ван-дер-ваальсових
радiусiв атомiв H i B [15] повинна перевищувати вiдстань HB. При цьому найменша вели-
чина кута H-зв’язування AHB спостерiгається для зв’язку C5′H1 . . . C8 — 108,2◦; очевидно,
вона є граничною в пуринових нуклеозидах.
Електронно-топологiчнi характеристики внутрiшньомолекулярних H-зв’язкiв (парамет-
ри ρ i ∇2ρ) також потрапляють у наведенi в лiтературi межi [14].
Достатньо велика кiлькiсть зафiксованих H-зв’язкiв дозволила нам застосувати статис-
тичнi методи, а саме лiнiйно-кореляцiйний аналiз, щоб встановити деякi закономiрностi, якi
стосуються їхньої природи. Так, зокрема, нам вдалося виявити доволi сильну парну кореля-
цiю мiж параметрами ρ i ∇2ρ (0,98), а також мiж ρ i HB (−0,85) та мiж ∇
2ρ i HB (−0,86). Цi
кореляцiї вказують на те, що параметри ρ i ∇2ρ описують мiцнiсть Н-зв’язкiв — бiльшим
їхнiм значенням вiдповiдають сильнiшi зв’язки. Цей висновок узгоджується з iснуючими
даними (див. [14] i наведену там бiблiографiю).
Зафiксовано прояви внутрiшньомолекулярних Н-зв’язкiв C8H. . .O5′ в IЧ коливальних
спектрах. При їх утвореннi iнтегральна iнтенсивнiсть валентного коливання ν(C8H) (iн-
тенсивнiсть, як вiдомо [10], є одним з найчутливiших iндикаторiв Н-зв’язування) зростає
в середньому в 31,5 раза порiвняно з середньою iнтенсивнiстю цього ж коливання, не втя-
гнутого в Н-зв’язок (при цьому бралися до уваги лише anti-конформацiї).
ISSN 1025-6415 Доповiдi Нацiональної академiї наук України, 2007, №5 183
Таким чином, отриманi нами результати значно розширюють i доповнюють данi лiте-
ратури щодо внутрiшньомолекулярних Н-зв’язкiв у iзольованих пуринових нуклеозидах,
визначенi методом аналiзу топологiї електронної густини [11]. Вони свiдчать про складну
систему стабiлiзацiї їх конформерiв як класичними, так i нестандартними внутрiшньомоле-
кулярними Н-зв’язками, якi спiвiснують з неспецифiчними електростатичними взаємодiями
мiж нуклеотидною основою i цукровим залишком.
Автори висловлюють щиру вдячнiсть Є.П. Юренку за технiчну допомогу i увагу до роботи.
1. Зенгер В. Принципы структурной организации нуклеиновых кислот. – Москва: Мир, 1987. – 584 с.
2. Микельсон А. Химия нуклеозидов и нуклеотидов. – Москва: Мир, 1966. – 668 с.
3. Журакiвський Р.О., Юренко Є.П., Говорун Д.М. Конформацiйнi властивостi 1
′
, 2
′-дезоксирибози –
модельного цукрового залишку 2′-дезоксирибонуклеозидiв: результати неемпiричного квантово-ме-
ханiчного дослiдження // Доп. НАН України. – 2006. – № 8. – С. 207–213.
4. Журакiвський Р.О., Говорун Д.М. Вичерпний конформацiйний аналiз 2′-дезоксиуридину кванто-
во-хiмiчним методом функцiоналу густини // Бiополiмери i клiтина. – 2006. – 22, № 5. – С. 384–395.
5. Журакiвський Р.О., Говорун Д.М. Вичерпний конформацiйний аналiз 2′-дезокситимiдину кванто-
во-хiмiчним методом функцiоналу густини // Ukr. Bioorgan. Acta. – 2006. – 4, № 2. – С. 56–63.
6. Журакiвський Р.О., Говорун Д.М. Вичерпний конформацiйний аналiз канонiчного нуклеозиду 2′-де-
зоксицитидину квантово-механiчним методом функцiоналу густини // Фiзика живого. – 2006. – 14,
№ 3. – С. 35–48.
7. Журакiвський Р.О., Говорун Д.М. Повний конформацiйний аналiз молекули 2′-дезоксигуанозину
квантово-механiчним методом функцiонала густини // Доп. НАН України. – 2007. – № 4. – С. 187–196.
8. Краснокутський С.А. Молекулярна структура мономерних фрагментiв нуклеїнових кислот, iзольо-
ваних у низькотемпературних iнертних матрицях: Автореф. дис. . . . канд. фiз.-мат. наук. – Харкiв:
Харкiв. ун-т iм. В.Н. Каразiна, 2004. – 19 с.
9. Бейдер Р. Атомы в молекулах. Квантовая теория. – Москва: Мир, 2001. – 532 с.
10. Билобров В.М. Водородная связь. Внутримолекулярные взаимодействия. – Киев: Наук. думка, 1991. –
320 с.
11. Hocquet A. Intramolecular hydrogen bonding in 2′-deoxyribonucleosides: an AIM topological study of the
electronic density // Phys. Chem. Chem. Phys. – 2001. – 3. – P. 3192–3199.
12. Matta C. F., Bader R.F.W. An Atoms-in-Molecules Study of the Genetically-Encoded Amino Acids. I.
The Effect of Conformation and Tautomerization on Geometries, Atomic and Bond Properties // Proteins:
Structure, Function and Genetics. – 2000. – 40. – P. 310–329.
13. Пинчук В.М., Цыбулев П.Н., Пархоменко В.Д. Квантовая химия межмолекулярных и ион-молеку-
лярных взаимодействий при сольватации и адсорбции. – Киев: Наук. думка, 1994. – 392 с.
14. Grabowski S. J. Ab initio calculations on conventional and unconventional hydrogen bonds – study of the
hydrogen bond strength // J. Phys. Chem. A. – 2001. – 105. – P. 10739–10746.
15. Зефиров Ю.В., Зоркий П.М. Ван-дер-ваальсовы радиусы и их применение в химии // Успехи химии. –
1989. – 58, вып. 5. – С. 713–746.
Надiйшло до редакцiї 22.09.2006Iнститут молекулярної бiологiї
i генетики НАН України, Київ
Київський нацiональний унiверситет
iм. Тараса Шевченка
184 ISSN 1025-6415 Reports of the National Academy of Sciences of Ukraine, 2007, №5
|