Первинний аналіз результатів всегеномного пошуку генів відповіді на дію інтерферону альфа
У роботі проведено первинний аналіз потенційних генів відповіді на дію ІФНα, які було виявлено у процесі пошуку їх в геномі щура за допомогою розробленої в нашій лабораторії програми COTR ASIF. З цією метою застосовано веб-інструменти FatiGO і GOTM, з використанням системи IHOP проведено пошук у літ...
Збережено в:
| Опубліковано в: : | Український біохімічний журнал |
|---|---|
| Дата: | 2010 |
| Автори: | , , |
| Формат: | Стаття |
| Мова: | Українська |
| Опубліковано: |
Інститут біохімії ім. О.В. Палладіна НАН України
2010
|
| Теми: | |
| Онлайн доступ: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/19027 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Цитувати: | Первинний аналіз результатів всегеномного пошуку генів відповіді на дію інтерферону альфа / О.О. Драгущенко, Б.Т. Токовенко, М.Ю. Оболенська // Укр. біохім. журн. — 2010. — Т. 82, № 1. — С. 82-89. — Бібліогр.: 18 назв. — укр. |
Репозитарії
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1859990421340422144 |
|---|---|
| author | Драгущенко, О.О. Токовенко, Б.Т. Оболенська, М.Ю. |
| author_facet | Драгущенко, О.О. Токовенко, Б.Т. Оболенська, М.Ю. |
| citation_txt | Первинний аналіз результатів всегеномного пошуку генів відповіді на дію інтерферону альфа / О.О. Драгущенко, Б.Т. Токовенко, М.Ю. Оболенська // Укр. біохім. журн. — 2010. — Т. 82, № 1. — С. 82-89. — Бібліогр.: 18 назв. — укр. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Український біохімічний журнал |
| description | У роботі проведено первинний аналіз потенційних генів відповіді на дію ІФНα, які було виявлено у процесі пошуку їх в геномі щура за допомогою розробленої в нашій лабораторії програми COTR ASIF. З цією метою застосовано веб-інструменти FatiGO і GOTM, з використанням системи IHOP проведено пошук у літературі, гени класифіковані за концептуальною схемою «Онтології генів» (ОГ, англ. «Gene Ontology») та ранжировані за першочерговістю їх для експериментальної перевірки. Базуючись на результатах проведеного аналізу, серед 162 генів імовірної первинної відповіді на дію ІФНα виокремили групу із 61 гена, для яких існують експериментальні підтвердження відповіді їх на дію ІФНα; для інших генів з нашого переліку (101) таких підтверджень не знайдено, тобто вони «невідомі» як такі, що регульовані інтерфероном. На основі функціонального аналізу «невідомих» генів за схемою «Онтології генів» виявлено, що ця група є збагаченою на гени функціональної категорії «компонент синапсу». Ця категорія представлена трьома генами Rattus norvegicus: PRKCA-binding protein, NMDAR–L, GABAA – receptor subunit alpha-2. Серед 162 генів імовірної первинної відповіді на дію ІФНα виявлено збагачену категорію «імунна відповідь», що містить ген Mbl1, який також належить до групи «невідомих». Ці гени обрано першими на черзі для подальшої експериментальної перевірки регуляції їх інтерфероном.
В работе проведен первичный анализ потенциальных генов ответа на действие ИФНα, которые были найдены в процессе их поиска в геноме крысы с помощью разработанной в нашей лаборатории программы COTRASIF. С этой целью были применены веб-инструменты FatiGO и GOTM, проведен поиск в литературе с использованием системы IHOP, гены классифицированы согласно концептуальной схеме «Онтологии генов» (ОГ) и ранжированы по их первоочередности для экспериментальной проверки. Основываясь на результатах проведенного анализа, среди 162 генов предполагаемого первичного ответа на действие ИФНα выделили группу генов (61 ген), для которых существуют экспериментальные подтверждения их ответа на действие ИФНα, а для оставшихся генов нашего списка (101) таких подтверждений не найдено (группа «неизвестных» генов). На основе функционального анализа ранее «неизвестных» генов по схеме ОГ обнаружено, что данная группа является обогащенной на гены функциональной категории «компонент синапса». Эта категория представлена тремя генами Rattus norvegicus: PRKCA-binding protein, NMDAR–L и GABAA – receptor subunit alpha-2. Среди общей группы генов (162) обнаружено обогащенную категорию «иммунный ответ», содержащую ген Mbl1, который также входит в число «неизвестных» генов. Перечисленные гены выбраны в качестве первых кандидатов для экспериментальной проверки их регуляции интерфероном.
The paper is focused on the primary analysis of the potential genes of primary response to IFNα, predicted by the program COTRASIF elaborated in our laboratory. Two web-instruments FatiGO and GOTM were applied for this purpose; the literature search was carried out using IHOP; genes were classified according to the conceptual diagram «Gene Ontology» (GO) and were ranked according to their first priority for the experimental validation. On the basis of conducted analysis 162 genes of potential primary response to ІFNα were subdivided into two groups – 61 genes, for which the experimental data of their responsibility to IFNα were found and 101 genes for which such data are absent. We have performed the functional analysis of the «unknown» genes according to GO. The enriched category «Synapse part» encountering three genes of Rattus norvegicus: PRKCA-binding of protein, NMDAR-L and GABAA – receptor subunit alpha-2 were revealed. Among 162 genes the enriched enriched category «Immune response» was detected with Mbl1 gene, which is reckoned among «unknown» genes. The four designated genes are chosen as the candidates for the prior validation.
|
| first_indexed | 2025-12-07T16:31:05Z |
| format | Article |
| fulltext |
ISSN 0201 — 8470. Укр. біохім. журн., 2010, т. 82, № 182
УДК 577.245
первинний аналіз результатів всегеномного пошуку
генів відповіді на дію інтерферону альфа
О. О. ДрагУщенкО, Б. Т. ТОкОвенкО, М. Ю. ОБОленська
Інститут молекулярної біології і генетики нан України, київ;
e-mail: olena.imbig@gmail.com
У роботі проведено первинний аналіз потенційних генів відповіді на дію ІФнα, які було виявлено
у процесі пошуку їх в геномі щура за допомогою розробленої в нашій лабораторії програми COTRASIF. З
цією метою застосовано веб-інструменти FatiGO і GOTM, з використанням системи IHOP проведено
пошук у літературі, гени класифіковані за концептуальною схемою «Онтології генів» (Ог, англ. «Gene
Ontology») та ранжировані за першочерговістю їх для експериментальної перевірки.
Базуючись на результатах проведеного аналізу, серед 162 генів імовірної первинної відповіді на
дію ІФнα виокремили групу із 61 гена, для яких існують експериментальні підтвердження відповіді їх
на дію ІФнα; для інших генів з нашого переліку (101) таких підтверджень не знайдено, тобто вони
«невідомі» як такі, що регульовані інтерфероном. на основі функціонального аналізу «невідомих» генів
за схемою «Онтології генів» виявлено, що ця група є збагаченою на гени функціональної категорії «ком-
понент синапсу». Ця категорія представлена трьома генами Rattus norvegicus: PRKCA-binding protein,
NMDAR–L, GABAA – receptor subunit alpha-2. серед 162 генів імовірної первинної відповіді на дію
ІФнα виявлено збагачену категорію «імунна відповідь», що містить ген Mbl1, який також належить
до групи «невідомих». Ці гени обрано першими на черзі для подальшої експериментальної перевірки
регуляції їх інтерфероном.
к л ю ч о в і с л о в а: інтерферон альфа, ймовірні гени відповіді, класифікація генів відповіді,
«Онтологія генів», FatiGO, GOTM.
І нтерферон альфа (ІФНα) відомий як ци-
токін, що регулює значну кількість про-
цесів в організмі людини. Найбільш
широко вивченими є антипроліферативна, ан-
тивірусна та імуномоделююча активність ІФНα
[1, 2]. Інші регуляторні властивості ІФНα вив-
чено мало, хоча використання ІФНα у клініч-
ній практиці, неоднозначність відповіді па-
цієнтів на цей препарат та його побічні ефекти
вимагають досконаліших знань. Одним із під-
ходів для розширення наших уявлень щодо
функціональної активності ІФНα може бути
визначення в геномі будь-якого організму по-
тенційних генів первинної відповіді на дію
ІФНα. До останніх відносять гени, які мають
у своїх промоторах ділянку ISRE (interferon
stimulated response element), консервативний
регуляторний елемент інтерферон-стимульо-
ваних генів (interferon stimulated genes, ISGs).
Ділянка ISRE є сайтом зв’язування транскрип-
ційного фактора ISGF3 (interferon stimulated
gene factor 3), який утворюється в цитоплазмі
внаслідок взаємодії ІФНα зі своїм рецептором
і потрапляє до ядра.
У нашій лабораторії раніше було розроб-
лено інструмент COTRASIF (conservation-aided
transcription-factor-binding site finder) для всеге-
номного пошуку еволюційно-консервативних
сайтів зв’язування транскрипційних факторів у
промоторах генів еукаріот [3]. Серед усіх 17 725
протеїнкодуючих генів Rattus norvegicus було
виявлено 162 гени, у промоторі яких є сайт
ISRE та які можуть бути потенційними генами
первинної відповіді на дію ІФНα (повні списки
генів доступні онлайн за адресою http://biomed.
org.ua/COTRASIF/supplement.html).
Метою нашої роботи було провести аналіз
цих генів за даними літератури, виявити ті, для
яких існують відомості щодо їхньої відповіді
на дію ІФНα, та «невідомі» гени, для яких такі
відомості відсутні, а також провести класифі-
кацію «невідомих» генів за схемою «Онтоло-
гії генів» (ОГ, «Gene Ontology») та визначити
першочергові гени для експериментальної пе-
ревірки.
На основі функціонального аналізу раніше
«невідомих» генів за схемою ОГ виявлено, що
ця група є збагаченою на гени функціональної
категорії компонент синапсу. Також виділено
низку генів Rattus norvegicus (Mbl1, PRKCA-
binding protein, NMDAR–L, GABAA – receptor
subunit alpha-2) для подальшої першочергової
експериментальної перевірки регуляції їх ін-
терфероном.
експериМенТальнІ рОБОТи
ISSN 0201 — 8470. Укр. біохім. журн., 2010, т. 82, № 1 83
матеріали і методи
пошук експериментальних доказів
регуляції генів інтерферонами
в джерелах літератури
Оскільки ми проводимо саме всегеномний
пошук генів первинної відповіді на ІФНα, а та-
кож враховуючи, що система інтерферону до-
статньо добре досліджена, то наявність експе-
риментальних відомостей для частини генів з
нашого переліку щодо здатності їх відповідати
на дію ІФНα є прямим підтвердженням того,
що інструмент COTRASIF працює «правиль-
но». У свою чергу, відсутність таких відомостей
для інших генів з нашого переліку розкриває
широкі можливості для експериментального
виявлення «нових» генів первинної відповіді
на дію ІФНα. Як наслідок, результат аналізу
джерел літератури спрямовує роботу експери-
ментатора.
Отже, важливість пошуку літератури в
цьому разі безсумнівна, а його раціональна
організація суттєво прискорює сам пошук, що
дозволяє швидше досягти бажаного результа-
ту. Для цього серед існуючих на даний момент
програм, біоінформативних проектів, елект-
ронних бібліотек та різноманітних пошукових
систем були обрані мінімальні за кількістю,
які забезпечували б максимально якісний по-
шук літератури відповідної тематики.
Структура проведеного нами пошуку мала
наступний вигляд (рис. 1):
Кожен ген має власний унікальний
ідентифікатор у базі даних анотацій геномів
Ensembl. Анотація гена, крім фактичної ін-
формації про ген, містить також посилання на
зовнішні ресурси, зокрема на UniGene. Проект
UniGene групує транскрипти за ознакою подіб-
ності послідовності. Групування проводиться
між багатьма геномами одночасно. Таким чи-
ном, кожен запис у базі даних UniGene – це
видонезалежна інформація про ген (подібність
на рівні амінокислотної послідовності, рів-
ні експресії гена, геномного розташування і
т.д.). Крім наведеної інформації UniGene міс-
тить також перелік найчастіше вживаних назв
гена. Це дозволяє за ідентифікатором UniGene
з’ясувати, як у літературі найчастіше називають
потрібний нам ген у різних видів. Далі за до-
помогою пошукової системи IHOP (Information
Hyperlinked Over Proteins, http:/www.ihop-net.
org/UniPub/iHOP/) та за назвою гена прово-
дили пошук джерел літератури, в яких одно-
часно згадується одна із назв-ідентифікаторів
досліджуваного гена та одна із назв інтерфе-
рону (наприклад, IFN або interferon). Подаль-
ший перегляд контексту одночасного вживан-
ня двох термінів дозволяв визначити, чи йде
мова про експериментальне підтвердження ре-
гуляції експресії досліджуваного гена інтерфе-
роном. Пошукова система IHOP здійснює ав-
томатичний лексичний аналіз тез публікацій,
які викладені в базі даних «Pubmed». Під час
лексичного аналізу кожна біологічна одиниця
максимально однозначно ідентифікується, та
встановлюються зв’язки між різними біологіч-
ними одиницями (генами, протеїнами тощо).
Тобто IHOP формує «мережу» генів та про-
теїнів на основі наукової літератури і дозволяє
пов’язати гени та протеїни із фенотипами, па-
тологіями та функціями. Така «мережа» є лег-
ким способом візуалізації зв’язків та доступу
до більш ніж 10 000 000 рефератів у «Pubmed» [4].
У тому разі, якщо пошук безпосередньо
через IHOP не давав позитивного результату,
виконували розширений пошуковий запит,
який можна сформувати за допомогою IHOP
для пошуку в «Pubmed» та «Google Scholar» за
ключовими словами «назва гена/продукту» +
«інтерферон» (причому «назва гена» – склад-
рис. 1. схема пошуку в літературі «відомих» генів відповіді на дію ІФнα
Рис. 1. Схема пошуку в літературі «відомих» генів відповіді на дію ІФНα
Ідентифікатор
гена в базі даних
анотацій геномів
Ensembl
UniGene Найчастіше
вживані назви
гена
Пошукова
система IHOP
Перелік джерел літератури
у Pubmed, в яких одночасно
згадується одна із назв
досліджуваного гена та одна
із назв інтерферону
О. О. ДрагУщенкО, Б. Т. ТОкОвенкО, М. Ю. ОБОленська
ISSN 0201 — 8470. Укр. біохім. журн., 2010, т. 82, № 184
ний вираз, що містить всі відомі IHOP назви
досліджуваного гена).
Якщо для певного гена було знайдено від-
повідне літературне підтвердження його регу-
ляції інтерфероном, то такий ген вносили до
переліку «відомих», в іншому ж разі ген вноси-
ли до переліку «невідомих».
Функціональний аналіз обох груп генів
проводили за категоріями «Онтології генів»,
використовуючи для цього два веб-інструмен-
ти – FatiGO i GOTM.
функціональний аналіз генів
за допомогою концептуальної
схеми «онтологія генів»(ог)
Для функціонального аналізу генів ко-
ристувалися концептуальною схемою ОГ, що
формалізує ознаки генів та їхніх продуктів для
багатьох організмів. ОГ являє собою не звичай-
ну базу даних генних послідовностей і каталог
генних продуктів, а описує поведінку генних
продуктів у контексті функціонування кліти-
ни як цілісної системи. На даний момент в базі
даних ОГ анотовано гени та їхні продукти ор-
ганізмів людини, миші, щура, корови, курки,
дрозофіли, арабідопсиса, черв’яка та дріжджів.
Всі гени кожного з цих організмів належать до
низки певних категорій ОГ, і за кожним геном
закріплюється список категорій, до яких він
належить. Доступ до таких списків забезпе-
чується значною кількістю існуючих на даний
момент веб-інструментів (OBO-Edit, Ontology
Evolution Explorer, Gene Ontology Explorer,
Generic GO Term Mapper та ін., повний пере-
лік та описання веб-інструментів є за адресою
http://www.geneontology.org/GO.tools.shtml).
Концептуальна схема ОГ представлена у
вигляді деревоподібної структурованої мережі
категорій, що описують властивості генів та
їхніх продуктів. Існують три основні незалеж-
ні категорії ОГ: клітинний компонент (компарт-
мент клітини чи зовнішньоклітинного оточен-
ня, де функціонує продукт гена), молекулярна
функція (елементарна участь генних продуктів
у реакціях на молекулярному рівні, таких як
зв’язування або каталіз) та біологічний процес
(послідовності молекулярних реакцій, що ма-
ють певний початок і кінець та відбуваються в
ході функціонування інтегрованих живих оди-
ниць: клітин, тканин, органів та організмів).
Ці три основні категорії розділяються на вужчі
та більш функціонально орієнтовані.
Кожна категорія ОГ має своє ім’я (слово
або словосполучення), власний номер, дже-
рело цитування. Будова ОГ – спрямований
ациклічний граф, де кожна категорія має певні
відносини з однією чи багатьма іншими ка-
тегоріями. Словник ОГ сконструйований без
врахування видоспецифічності – він містить у
собі категорії для прокаріот та евкаріот, одно-
та багатоклітинних організмів, тобто є універ-
сальним.
Для функціональної характеристики
генів, одержаних внаслідок проведення певних
широкомасштабних експериментів (напри-
клад, з мікромасивами генів), виявляють на-
явність збагачених категорій ОГ, тобто таких
категорій, в яких гени зустрічаються з вірогід-
ністю, що перевищує випадкову, і згруповані за
певною функціональною ознакою. Наявність
збагаченої категорії у вибірці генів свідчить
про групування генів за певним критерієм.
Збагачені категорії ОГ можна виявити за
допомогою веб-інструментів FatiGO, GOTM,
BayGO та ін. Візуальним результатом такого
розподілу є спрямований ациклічний граф, що
відображає ієрархію категорій, до яких нале-
жить той чи інший ген. Один ген може одно-
часно належати до декількох категорій різних
рівнів ієрархічного підпорядкування. В роботі
використано два веб-інструменти – FatiGO та
GOTM.
FatiGO – це веб-інструмент, за допомогою
якого порівнюють дві групи генів і визнача-
ють ті гени, розподіл яких в цих групах відріз-
няється із статистичною значущістю. Основою
цього функціонального аналізу є застосуван-
ня критерію Фішера для спряжених таблиць
розмірності 2 x 2. Для побудови спряжених
таблиць обираються дві групи генів, які скла-
дають цільову та загальну вибірки. У нашому
випадку цільова вибірка – це гени первинної
відповіді на дію ІФНα, а загальна вибірка – це
всі протеїнкодуючі гени геному щура. Шля-
хом порівняння двох вибірок ми визначаємо,
на гени яких категорій ОГ збагачена цільова
вибірка. Гени у двох групах характеризуються
за своєю приналежністю/неприналежністю до
певної категорії ОГ. Результати аналізу коригу-
ються для множинної вибірки з метою отри-
мання коригованого P-value.
Кінцевий результат подається у тексто-
вому форматі або HTML, а також може бути
представлений у вигляді деревоподібної мережі
категорій ОГ, пов’язаної як зі списком генів,
так і з числом генів, анотованих певною кате-
горією ОГ [5].
GOTM (Gene Ontology Tree Machine) – це
ще один веб-інструмент, за допомогою якого
можна провести статистичний аналіз резуль-
татів пошуку збагачених категорій ОГ серед
генів певної вибірки відносно загальної групи.
експериМенТальнІ рОБОТи
ISSN 0201 — 8470. Укр. біохім. журн., 2010, т. 82, № 1 85
Пошук збагачених категорій ОГ базується на гі-
пергеометричному тесті. Для цього веб-інстру-
ментом GOTM розраховуються три параметри:
О, Е та R, де O (observed) – кількість генів на-
шої вибірки, що належать до певної категорії
ОГ; Е (expected) – очікувана кількість генів з
нашої вибірки, що мають належати до тієї ж
категорії ОГ. Розрахунки очікуваної кількості
генів (E) в нашій цільовій вибірці базуються
на твердженні, що в цій вибірці міститься та-
кий самий відсоток генів, що належать до пев-
ної категорії ОГ, як і в загальній вибірці, тобто
в усьому геномі. R (ratio) – ступінь збагаче-
ності для даної категорії ОГ в нашій вибірці –
розраховується як відношення отриманої кіль-
кості генів у певній категорії ОГ до очікуваної
(R=О/Е). Якщо параметр R > 1, то є підстави
вважати категорію ОГ в нашій вибірці збага-
ченою. У цьому разі додатково розраховується
значення р – вірогідність збагачення для даної
категорії ОГ. Категорія ОГ вважається збагаче-
ною, якщо р < 0,01 [6].
Крім того, програмне забезпечення GOTM
дозволяє побудувати дерево онтології генів
(GOTree) – деревоподібну структуру ієрархічно
підпорядкованих збагачених та незбагачених
категорій ОГ, представлених у нашій вибірці
генів. Таким чином, візуалізується зв’язок між
даними категоріями ОГ, тобто ми отримуємо
наочний результат аналізу.
результати та обговорення
первинний аналіз результатів
всегеномного пошуку генів
відповіді на дію іфнα
Внаслідок пошуку експериментальних
доказів регуляції 162 генів інтерфероном було
виявлено, що для 61 з них є такі підтверджен-
ня в літературі, а для інших 101 таких під-
тверджень не знайдено. Ми провели функціо-
нальний аналіз за категоріями ОГ отриманих
трьох груп генів, що містять 162, 61 та 101 ген,
застосувавши два веб-інструменти – FatiGO і
GOTM. Ці інструменти використовують різні
значення р-value для визначення вірогідності
збагачення категорій ОГ: в GOTM р < 0,01, а
в FatiGO – р-value, кориговане до множинної
вибірки.
функціональний аналіз імовірних генів-
мішеней іфнα за категоріями ог за
допомогою веб-інструмента FatiGO
аналіз загальної групи генів. Серед загаль-
ної групи (162 гени) веб-інструментом FatiGO
виявлено лише одну вірогідно збагачену кате-
горію ОГ – «імунна відповідь», що ієрархічно
підпорядковується категорії біологічний процес.
До цієї категорії належать 9 генів. Для восьми з
них відома регуляція їх інтерферонами I типу,
а для гена Mbl1 (Mannose-binding protein A,
ENSRNOG00000011706) опублікованих експе-
риментальних даних немає. Mbl1 анотований
у GOTM як ген вродженої імунної відповіді,
має дві ділянки ISRE. Білок, що є продуктом
цього гена, кальційзалежно активує систему
комплементу.
Одержана нами єдина вірогідно збагачена
категорія ОГ «імунна відповідь» відповідає очі-
куванням, оскільки найкраще охарактеризо-
вані саме імуностимулювальні ефекти ІФНα.
аналіз групи генів, для яких не знайдено в
літературі підтверджень щодо регуляції їх ін-
терфероном. Аналізуючи гени із переліку «не-
відомих», який налічує 101 ген, за допомогою
інструмента FatiGO виявлено єдину збагаче-
ну категорію компонент синапсу, що ієрархіч-
но підпорядковується категорії ОГ клітинний
компонент. До цієї категорії належать 3 гени
(таблиця).
Продукти зазначених вище генів аното-
вані як складові частини синапсу, що знахо-
дяться в місцях контакту між двома нейрона-
ми або між нейроном та м’язовим волокном чи
гліальною клітиною.
PRKCA-binding protein (PICK1) – присут-
ній у збуджуючих синапсах протеїн, який має
PDZ-домен, і через нього зв’язується з про-
теїнкіназою С альфа, функціонує як якірний
протеїн, що специфічно спрямовує PRKCA до
мітохондрій [7, 8]. Також він функціонує як
адаптерний протеїн: забезпечує зв’язування та
субклітинну локалізацію низки мембранних
протеїнів, взаємодіє із глутаматним рецепто-
гени категорії клітинний компонент
№ Ідентифікатор гена Назва гена
1 ENSRNOG00000011507 PRKCA-binding protein (Protein kinase C-alpha binding protein)
2 ENSRNOG00000005723 N-methyl-D-aspartate (NMDA) receptor subunit 3A precursor
3 ENSRNOG00000002349 Gamma-aminobutyric acid (GABAA) receptor subunit alpha-2
О. О. ДрагУщенкО, Б. Т. ТОкОвенкО, М. Ю. ОБОленська
ISSN 0201 — 8470. Укр. біохім. журн., 2010, т. 82, № 186
ром, переносниками моноамінів крізь плазма-
тичну мембрану, потенціалнезалежними на-
трієвими каналами, а також може націлювати
PRKCA до цих мембранних протеїнів і, таким
чином, регулювати функціонування їх [9]. За
будовою – може бути мономером та гомодиме-
ром, залучений до процесу утворення рецеп-
торних кластерів.
NMDA-рецептори (NMDARs) – іоно-
тропні рецептори до глутамату (збуджуючого
нейромедіатора), які селективно зв’язують N-
метил-D-аспартат (NMDA). Вони локалізовані
на постсинаптичній мембрані нейронів, скла-
даються із двох субодиниць – NR1 та NR2,
функціонують у тетрамерній формі та харак-
теризуються високою проникністю для іонів
Ca2+ [10–12]. Вхідний струм іонів Ca2+ активує
низку біохімічних каскадів, що опосередко-
вують процеси синаптогенезу та синаптичної
пластичності, тобто зміни трансмембранного
потенціалу у відповідь на активацію постсинап-
тичних рецепторів. Це вважається основним
механізмом, за допомогою якого реалізується
феномен пам’яті та навчання. Так, відомо, що
активація NMDA-рецепторів підвищує актив-
ність піроглутаміл пептидази II (екзопептида-
зи) в гіпокампі щурів, тобто в ділянці мозку,
що відповідає за короткотривалу пам’ять [13].
NMDA-рецептори функціонують як гетеро-
мультимерні комплекси, до складу яких вхо-
дять субодиниця NR1 та, щонайменш, одна з
чотирьох (A–D) субодиниць NR2. Коекспресія
додаткової субодиниці NR3A модулює актив-
ність NMDA-рецептора. Гетеромерний ре-
цептор, що містить NR3A (NR1/NR2/NR3A),
відрізняється за своїми властивостями, а саме:
має знижену проникність для Ca2+ та низьку
чутливість до блокування магнієм (Mg2+) [14].
Під час розвитку організму збуджуючі си-
напси в центральній нервовій системі підляга-
ють ремоделюванню. Одним з таких прикладів
є переключення у постнатальний період з фор-
ми NMDA-рецептора, що розвивається, на
«дорослу» форму рецептора. На ранніх етапах
розвитку організму глютаматергічні синап-
си вже містять NMDA-рецептори, і протягом
певного періоду, що залежить від активності
нервової системи, змінюється субодиничний
склад цих рецепторів, а також їхні кінетич-
ні властивості та міжсинаптична взаємодія.
NR3A утворюється тільки протягом короткого
періоду постнатального розвитку, після чого
відбувається вилучення субодиниці NR3A з
поверхні мембрани шляхом ендоцитозу, і си-
наптична мережа стає сталою [15]. Таким чи-
ном, модулюючи активність NMDA-рецептора,
ІФНα може бути залучений до функціонування
збуджуючих синапсів, регуляції процесу росту
аксонів та синаптогенезу.
GABAA-рецептор (Gamma-aminobutyric
acid receptor) – лігандзалежний хлорний ка-
нал, рецептор до γ-аміномасляної кислоти
(ГАМК) – інгібіторного нейромедіатору. Після
зв’язування ГАМК з рецептором іонний канал
відкривається, і вхідний струм іонів Cl– зу-
мовлює гіперполяризацію постсинаптичної
мембрани нейрона, знижуючи його здатність
до збудження. GABAA-рецептор має сайти
зв’язування низки психоактивних речовин,
таких як бензодіазепін, пікротоксин, барбіту-
рати, етанол, нейрональні стероїди та ін., які
посилюють дію природного ліганду, ГАМК, і,
таким чином, зумовлюють седативний ефект
[16].
GABAA-рецептор є гетеропентамером.
У більшості випадків до нього належать суб-
одиниці 2 α, 2 β та 1 γ (α2β2γ), з яких α і β є
обов’язковими компонентами, а замість γ-суб-
одиниці можуть бути ε, π, δ або θ. Залежно
від субодиничного складу, GABAA-рецептори
виявляють різні властивості. Сайт зв’язування
ГАМК локалізований між субодиницями
α і β, а сайт зв’язування такого анксіолітика
як бензодіазепін – між α і γ-субодиницями;
зв’язування бензодіазепіну вимагає наявності
амінокислотного залишку гістидину, який є в
субодиницях α1, α2, α3, і α5. Через це бензодіа-
зепін виявляє нижчу афінність до рецепторів,
що містять α4 та α6, оскільки в них гістидин за-
міщений на аргінін [17]. Отже, GABAA-рецеп-
тори, що містять субодиницю α2, проявляють
більший афінітет до деяких анксіолітиків.
Оскільки раніше не було відомостей про
участь інтерферону в регуляції процесів у нер-
вовій системі, то ці дані були дещо неочіку-
ваними. Проте у разі лікування інтерфероном
хворих на гепатит та деякі форми раку спос-
терігаються побічні ефекти, серед яких – го-
ловні болі, депресія та ін. [18], природа яких
невідома. Одержані нами результати дають
змогу експериментально перевірити нові, рані-
ше невідомі функції ІФНα.
аналіз групи генів, для яких знайдено в літе-
ратурі підтвердження щодо регуляції їх ІФнα.
Аналізуючи гени із переліку «відомих» (61 ген)
за допомогою інструмента FatiGO, виявлено
три збагачені категорії ОГ: імунна відповідь,
відповідь на віруси та гТр-азна активність,
перші дві з яких ієрархічно підпорядковуються
категорії біологічний процес, а третя – категорії
молекулярна функція.
експериМенТальнІ рОБОТи
ISSN 0201 — 8470. Укр. біохім. журн., 2010, т. 82, № 1 87
р
ис
.
2
.
р
оз
по
ді
л
за
га
ль
но
ї
гр
уп
и
ге
ні
в
ім
ов
ір
но
ї
ві
дп
ов
ід
і
на
д
ію
І
Ф
н
α
за
к
ат
ег
ор
ія
м
и
О
г
ве
б-
ін
ст
ру
м
ен
т
ом
G
O
Т
М
(
че
рв
он
им
к
ол
ьо
ро
м
п
оз
на
-
че
ні
з
ба
га
че
ні
к
ат
ег
ор
ії
,
чо
рн
им
–
н
ез
ба
га
че
ні
)
Тр
ан
сп
ор
-
ту
ва
нн
я
Тр
ан
сп
ор
-
ту
ва
нн
я
іо
ні
в
Тр
ан
сп
ор
-
ту
ва
нн
я
ка
ті
он
ів
Тр
ан
сп
ор
ту
ва
нн
я
іо
ні
в
м
ет
ал
ів
Тр
ан
сп
ор
ту
ва
нн
я
дв
о-
, т
ри
ва
ле
нт
-
ни
х
не
ор
га
ні
чн
их
ка
ті
он
ів Тр
ан
сп
ор
ту
ва
нн
я
пе
ре
хі
дн
их
м
ет
ал
ів
Тр
ан
сп
ор
ту
ва
нн
я
іо
ні
в
за
лі
за
М
ет
аб
ол
із
м
ар
ом
ат
ич
ни
х
ам
ін
ок
ис
ло
т
М
ет
аб
ол
із
м
ам
ін
ок
ис
ло
т
М
ет
аб
ол
із
м
ар
ом
ат
ич
ни
х
сп
ол
ук
А
кт
ив
ац
ія
ле
йк
оц
ит
ів
А
кт
ив
ац
ія
лі
м
ф
оц
ит
ів
А
кт
ив
ац
ія
пр
ир
од
ни
х
кі
ле
рі
в
Р
оз
ви
то
к
ор
га
ні
в
ге
м
о-
і
лі
м
ф
оп
ое
зу
А
кт
ив
ац
ія
кл
іт
ин
Ім
ун
ол
ог
іч
ни
й
пр
оц
ес Р
оз
ви
то
к
ім
ун
но
ї
си
ст
ем
и
М
ет
аб
ол
із
м
ка
рб
он
ов
ої
ки
сл
от
иМ
ет
аб
ол
із
м
ор
га
ні
чн
их
ки
сл
от
М
ет
аб
ол
із
м
ам
ін
ок
ис
ло
т
та
їх
ні
х
по
хі
дн
их
М
ет
аб
ол
із
м
ам
ін
ів
М
ет
аб
ол
із
м
М
ет
аб
ол
із
м
сп
ол
ук
ні
тр
ог
ен
у
П
ер
ви
нн
ий
м
ет
аб
ол
із
м
Кл
іт
ин
ни
й
м
ет
аб
ол
із
м
Ло
ка
лі
за
ці
я
Ло
ка
лі
за
ці
я
Кл
іт
ин
ни
й
ф
із
іо
ло
гіч
ни
й
пр
оц
ес
Кл
іт
ин
ни
й
пр
оц
ес
Ф
із
іо
ло
гіч
ни
й
пр
оц
ес
Ро
зв
ит
ок
Ф
із
іо
ло
гіч
ни
й
пр
оц
ес
ор
га
ні
зм
у
Ф
із
іо
ло
гіч
на
ві
дп
ов
ід
ь
на
с
ти
м
ул
и
Ро
зв
ит
ок
ан
ат
ом
іч
но
ї
ст
ру
кт
ур
и
Ро
зв
ит
ок
ор
га
ні
в
Ім
ун
на
ві
дп
ов
ід
ь
В
ід
по
ві
дь
на
в
ір
ус
и
В
ро
дж
ен
а
ім
ун
на
ві
дп
ов
ід
ь
В
ід
по
ві
дь
на
ін
ш
і
ор
га
ні
зм
и
П
оз
ит
ив
на
ре
гу
ля
ці
я
ен
зи
м
ат
ич
но
ї
ак
ти
вн
ос
ті
Р
ег
ул
яц
ія
тр
ан
сф
ер
аз
но
ї
ак
ти
вн
ос
ті
Р
ег
ул
яц
ія
кі
на
зн
ої
ак
ти
вн
ос
ті
Ф
із
іо
ло
гіч
на
за
хи
сн
а
ві
дп
ов
ід
ь
За
хи
сн
а
ві
дп
ов
ід
ь
В
ід
по
ві
дь
на
б
іо
ти
чн
і
ст
им
ул
и
Р
ег
ул
яц
ія
ка
та
лі
ти
чн
ої
ак
ти
вн
ос
ті
П
оз
ит
ив
на
ре
гу
ля
ці
я
бі
ол
ог
іч
но
го
пр
оц
ес
у
П
оз
ит
ив
на
ре
гу
ля
ці
я
тр
ан
сф
ер
аз
но
ї
ак
ти
вн
ос
ті
Ре
гу
ля
ці
я
пр
от
еї
нк
ін
аз
но
ї
ак
ти
вн
ос
ті
П
оз
ит
ив
на
ре
гу
ля
ці
я
пр
от
еї
нк
ін
аз
но
ї
ак
ти
вн
ос
ті
Зв
’я
зу
ва
нн
я
з
РН
К
Зв
’я
зу
ва
нн
я
з
ну
кл
еї
но
ви
м
и
ки
сл
от
ам
и
Зв
’я
зу
ва
нн
я
Ре
гу
ля
ці
я
бі
ол
ог
іч
но
го
пр
оц
ес
у
Бі
ол
ог
іч
ни
й
пр
оц
ес
Ві
дп
ов
ід
ь
на
с
ти
м
ул
и
М
ол
ек
ул
яр
на
ф
ун
кц
ія
Зв
’я
зу
ва
нн
я
з
дв
ос
пі
ра
ль
но
ю
Р
Н
К
А
кт
ив
ац
ія
пр
от
еї
нк
ін
аз
но
ї
ак
ти
вн
ос
ті
О. О. ДрагУщенкО, Б. Т. ТОкОвенкО, М. Ю. ОБОленська
ISSN 0201 — 8470. Укр. біохім. журн., 2010, т. 82, № 188
функціональний аналіз імовірних генів-
мішеней іфнα відповідно до категорій ог
за допомогою веб-інструмента GOTM
Серед загальної групи генів (162) інстру-
мент GOTM виявив 20 вірогідно збагачених
категорій ОГ, які ієрархічно підпорядковують-
ся категоріям біологічний процес (19 категорій)
та молекулярна функція (1 категорія) (рис. 2).
Серед 61 гена, які входять до групи «відо-
мих», інструментом GOTM було виявлено 36
вірогідно збагачених категорій ОГ, що ієрар-
хічно підпорядковуються категоріям біологіч-
ний процес (35 категорій) та молекулярна функ-
ція (1 категорія).
Аналіз групи «невідомих» генів інструмен-
том GOTM не виявив жодної вірогідно збага-
ченої категорії ОГ.
162 гени нашого переліку містять у промо-
торі ISRE-елементи, і всі вони є передбачени-
ми програмою COTRASIF генами первинної
відповіді на дію ІФНα. У цій роботі проведено
пошук експериментальних підтверджень на-
шого передбачення, і серед тих генів, що не
мають такого підтвердження, обрано гени-
кандидати для першочергової експерименталь-
ної перевірки.
Для цього гени класифікували за кате-
горіями ОГ за допомогою двох веб-інстру-
ментів – GOTM і FatiGO. Кожен з них шукає
вірогідно збагачені категорії та візуалізує ре-
зультати пошуку, що забезпечує наочне сприй-
няття цього результату. Але GOTM має пе-
реваги у графічному представленні, він будує
ациклічний граф, відображаючи розташуван-
ня збагачених категорій ОГ відносно усіх про-
міжних, ієрархічно вищих категорій незалеж-
но від їхньої збагаченості. Граф FatiGO являє
собою ієрархічну приналежність збагаченої ка-
тегорії безпосередньо до головної категорії ОГ,
вилучаючи з поля зору усі проміжні, що не є
збагаченими.
Крім того, результат розподілення вибірки
генів цими двома інструментами дещо відріз-
няється у зв’язку з різними значеннями P-value,
які використовуються для визначення вірогід-
ності збагачення тієї чи іншої категорії ОГ в
нашій вибірці. В цьому відношенні інструмент
FatiGO має перевагу перед GOTM, оскільки
в ньому P-value коригується до множинної ви-
бірки, через це FatiGO обирає меншу кількість
збагачених категорій, проте ставить суворіші
вимоги до їхнього збагачення.
Поєднання отриманої інформації з да-
ними мікромасив-експериментів (microarray)
можна використати для реконструкції мережі
генної регуляції, що активується інтерферо-
ном.
Таким чином, з проведеного нами аналі-
зу результатів всегеномного пошуку генів від-
повіді на дію інтерферону альфа, можна дійти
висновку:
1. Серед 162 генів імовірної первинної від-
повіді на дію інтерферону альфа виокремили
групу із 61 гена, для яких існують експеримен-
тальні підтвердження відповіді їх на дію ін-
терферону, та 101 ген, для яких таких підтвер-
джень не знайдено.
2. Група потенційних генів первинної від-
повіді на інтерферон альфа є збагаченою на
гени функціональної категорії компонент си-
напсу концептуальної схеми «Онтологія генів».
Передбачається, що інтерферон може брати
участь у регуляції діяльності нервової системи.
3. Серед знайдених раніше невідомих по-
тенційних генів-мішеней інтерферону альфа
виявлено низку генів (Mbl1, PRKCA-binding
protein, NMDAR–L, GABAA – receptor subunit
alpha-2), які обрано для першочергової експе-
риментальної перевірки регуляції їх інтерфе-
роном.
первиЧнЫй анализ результатов
всегеномного поиска
генов ответа на действие
интерферона альфа
е. О. Драгущенко, Б. Т. Токовенко,
М. Ю. Оболенская
Институт молекулярной биологии и
генетики НАН Украины, Киев;
e-mail: olena.imbig@gmail.com
В работе проведен первичный анализ по-
тенциальных генов ответа на действие ИФНα,
которые были найдены в процессе их поиска
в геноме крысы с помощью разработанной в
нашей лаборатории программы COTRASIF. С
этой целью были применены веб-инструменты
FatiGO и GOTM, проведен поиск в литературе
с использованием системы IHOP, гены клас-
сифицированы согласно концептуальной схе-
ме «Онтологии генов» (ОГ) и ранжированы по
их первоочередности для экспериментальной
проверки.
Основываясь на результатах проведенно-
го анализа, среди 162 генов предполагаемого
первичного ответа на действие ИФНα выдели-
ли группу генов (61 ген), для которых сущес-
твуют экспериментальные подтверждения их
ответа на действие ИФНα, а для оставшихся
генов нашего списка (101) таких подтвержде-
експериМенТальнІ рОБОТи
ISSN 0201 — 8470. Укр. біохім. журн., 2010, т. 82, № 1 89
ний не найдено (группа «неизвестных» генов).
На основе функционального анализа ранее
«неизвестных» генов по схеме ОГ обнаружено,
что данная группа является обогащенной на
гены функциональной категории «компонент
синапса». Эта категория представлена тремя
генами Rattus norvegicus: PRKCA-binding protein,
NMDAR–L и GABAA – receptor subunit alpha-2.
Среди общей группы генов (162) обнаружено
обогащенную категорию «иммунный ответ»,
содержащую ген Mbl1, который также входит
в число «неизвестных» генов. Перечисленные
гены выбраны в качестве первых кандидатов
для экспериментальной проверки их регуля-
ции интерфероном.
К л ю ч е в ы е с л о в а: интерферон аль-
фа, потенциальные гены ответа, классифика-
ция генов ответа, «Онтология генов», FatiGO,
GOTM.
iNiTiAl ANAlysis OF The ResulTs
OF The GeNOMe-wiDe seARch
FOR The GeNes OF RespONse TO
iNTeRFeRON AlphA
O. O. Dragushchenko, B. T. Tokovenko,
M. Yu. Obolenskaya
Institute of Molecular Biology and Genetics,
National Academy of Sciences of Ukraine, Kyiv;
e-mail: olena.imbig@gmail.com
S u m m a r y
The paper is focused on the primary analy-
sis of the potential genes of primary response to
IFNα, predicted by the program COTRASIF
elaborated in our laboratory. Two web-instruments
FatiGO and GOTM were applied for this purpose;
the literature search was carried out using IHOP;
genes were classified according to the conceptual
diagram «Gene Ontology» (GO) and were ranked
according to their first priority for the experimen-
tal validation.
On the basis of conducted analysis 162 genes
of potential primary response to ІFNα were sub-
divided into two groups – 61 genes, for which the
experimental data of their responsibility to IFNα
were found and 101 genes for which such data are
absent. We have performed the functional analy-
sis of the «unknown» genes according to GO. The
enriched category «Synapse part» encountering
three genes of Rattus norvegicus: PRKCA-binding of
protein, NMDAR-L and GABAA – receptor subunit
alpha-2 were revealed. Among 162 genes the en-
riched category «Immune response» was detected
with Mbl1 gene, which is reckoned among «un-
known» genes. The four designated genes are cho-
sen as the candidates for the prior validation.
K e y w o r d s: interferon alpha, genes of po-
tential response, classification of genes of response,
«Gene Ontology», FatiGO, GOTM.
1. Randall R. E., Goodbourn S. // J. Gen. Virol. –
2008. – 89, N 1. – P. 1–47.
2. Samuel Ch. E. // Clin. Microbiol. Rev. –
2001. – 14, N 4. – P. 778–809.
3. Tokovenko B., Golda R., Protas O. et al. //
Nucleic Acids Res. – 2009. – 37, N 7. –
P. 49.
4. Hoffmann R., Valencia A. // Nat. Genet. –
2004. – 36, N 7. – Р. 664.
5. Al-Shahrour F, Díaz-Uriarte R, Dopazo J. //
Bioinformatics. – 2004. – 20, N 4. – P. 578–
580.
6. Zhang B., Schmoyer D., Kirov S. te al. // BMC
Bioinformatics. – 2004. – 5. – P. 16.
7. Wang W. L., Yeh S. F., Chang Y. I. et al. // J.
Biol. Chem. – 2003. – 278, N 39. – Р. 37705–
37712.
8. Pan L., Wu H., Shen C. et al. // EMBO J. –
2007. – 26, N 21. – Р. 4576–4587.
9. Dev K. K., Nishimune A., Henley J. M. et al.
// Neuropharmacology. – 1999. – 38, N 5. –
Р. 635–644.
10. Chen P., Wyllie D. // Br. J. Pharmacol. –
2006. – 147, N 8. – Р. 839–853.
11. Furukawa H., Singh S. K., Mancusso R. et al.
// Nature. – 2005. – 438, N 7065. – Р. 185–
192.
12. Wrighton D. C., Baker E. J., Chen P. E. et al.
// J. Physiol. – 2008. – 586, N 1. – Р. 211–
225.
13. Rodríguez-Molina V., Vargas M. Á. et al. //
Neurosci. Lett. – 2009. – 449, Issue 3. –
Р. 211–214.
14. Perez-Otano I., Schulteis C. T., Contractor A.
et al. // J. Neurosci. – 2001. – 21, N 4. –
Р. 1228–1237.
15. Pérez-Otaсo I., Luján R., Tavalin S. J. et al. //
Nat. Neurosci. – 2006. – 9, N 5. – Р. 611–
621.
16. Johnston G. // Pharmacol. Ther. – 1996. – 69,
N 3. – Р. 173–198.
17. Wafford K. A., Macaulay A. J., Fradley R. et al.
// Biochem. Soc. Trans. – 2004. – 32, N 3. –
P. 553–556.
18. Lindsay K. L., Davis G. L., Schiff E. R. et al. //
Hepatology. – 1996. – 24. – P. 1034–1040.
Отримано 01.12.2009
О. О. ДрагУщенкО, Б. Т. ТОкОвенкО, М. Ю. ОБОленська
|
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-19027 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 0201-8470 |
| language | Ukrainian |
| last_indexed | 2025-12-07T16:31:05Z |
| publishDate | 2010 |
| publisher | Інститут біохімії ім. О.В. Палладіна НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Драгущенко, О.О. Токовенко, Б.Т. Оболенська, М.Ю. 2011-04-16T09:39:39Z 2011-04-16T09:39:39Z 2010 Первинний аналіз результатів всегеномного пошуку генів відповіді на дію інтерферону альфа / О.О. Драгущенко, Б.Т. Токовенко, М.Ю. Оболенська // Укр. біохім. журн. — 2010. — Т. 82, № 1. — С. 82-89. — Бібліогр.: 18 назв. — укр. 0201-8470 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/19027 577.245 У роботі проведено первинний аналіз потенційних генів відповіді на дію ІФНα, які було виявлено у процесі пошуку їх в геномі щура за допомогою розробленої в нашій лабораторії програми COTR ASIF. З цією метою застосовано веб-інструменти FatiGO і GOTM, з використанням системи IHOP проведено пошук у літературі, гени класифіковані за концептуальною схемою «Онтології генів» (ОГ, англ. «Gene Ontology») та ранжировані за першочерговістю їх для експериментальної перевірки. Базуючись на результатах проведеного аналізу, серед 162 генів імовірної первинної відповіді на дію ІФНα виокремили групу із 61 гена, для яких існують експериментальні підтвердження відповіді їх на дію ІФНα; для інших генів з нашого переліку (101) таких підтверджень не знайдено, тобто вони «невідомі» як такі, що регульовані інтерфероном. На основі функціонального аналізу «невідомих» генів за схемою «Онтології генів» виявлено, що ця група є збагаченою на гени функціональної категорії «компонент синапсу». Ця категорія представлена трьома генами Rattus norvegicus: PRKCA-binding protein, NMDAR–L, GABAA – receptor subunit alpha-2. Серед 162 генів імовірної первинної відповіді на дію ІФНα виявлено збагачену категорію «імунна відповідь», що містить ген Mbl1, який також належить до групи «невідомих». Ці гени обрано першими на черзі для подальшої експериментальної перевірки регуляції їх інтерфероном. В работе проведен первичный анализ потенциальных генов ответа на действие ИФНα, которые были найдены в процессе их поиска в геноме крысы с помощью разработанной в нашей лаборатории программы COTRASIF. С этой целью были применены веб-инструменты FatiGO и GOTM, проведен поиск в литературе с использованием системы IHOP, гены классифицированы согласно концептуальной схеме «Онтологии генов» (ОГ) и ранжированы по их первоочередности для экспериментальной проверки. Основываясь на результатах проведенного анализа, среди 162 генов предполагаемого первичного ответа на действие ИФНα выделили группу генов (61 ген), для которых существуют экспериментальные подтверждения их ответа на действие ИФНα, а для оставшихся генов нашего списка (101) таких подтверждений не найдено (группа «неизвестных» генов). На основе функционального анализа ранее «неизвестных» генов по схеме ОГ обнаружено, что данная группа является обогащенной на гены функциональной категории «компонент синапса». Эта категория представлена тремя генами Rattus norvegicus: PRKCA-binding protein, NMDAR–L и GABAA – receptor subunit alpha-2. Среди общей группы генов (162) обнаружено обогащенную категорию «иммунный ответ», содержащую ген Mbl1, который также входит в число «неизвестных» генов. Перечисленные гены выбраны в качестве первых кандидатов для экспериментальной проверки их регуляции интерфероном. The paper is focused on the primary analysis of the potential genes of primary response to IFNα, predicted by the program COTRASIF elaborated in our laboratory. Two web-instruments FatiGO and GOTM were applied for this purpose; the literature search was carried out using IHOP; genes were classified according to the conceptual diagram «Gene Ontology» (GO) and were ranked according to their first priority for the experimental validation. On the basis of conducted analysis 162 genes of potential primary response to ІFNα were subdivided into two groups – 61 genes, for which the experimental data of their responsibility to IFNα were found and 101 genes for which such data are absent. We have performed the functional analysis of the «unknown» genes according to GO. The enriched category «Synapse part» encountering three genes of Rattus norvegicus: PRKCA-binding of protein, NMDAR-L and GABAA – receptor subunit alpha-2 were revealed. Among 162 genes the enriched enriched category «Immune response» was detected with Mbl1 gene, which is reckoned among «unknown» genes. The four designated genes are chosen as the candidates for the prior validation. uk Інститут біохімії ім. О.В. Палладіна НАН України Український біохімічний журнал Експериментальні роботи Первинний аналіз результатів всегеномного пошуку генів відповіді на дію інтерферону альфа Первичный анализ результатов всегеномного поиска генов ответа на действие интерферона альфа Initial analysis of the results of the genome-wide search for the genes of response to interferon alpha Article published earlier |
| spellingShingle | Первинний аналіз результатів всегеномного пошуку генів відповіді на дію інтерферону альфа Драгущенко, О.О. Токовенко, Б.Т. Оболенська, М.Ю. Експериментальні роботи |
| title | Первинний аналіз результатів всегеномного пошуку генів відповіді на дію інтерферону альфа |
| title_alt | Первичный анализ результатов всегеномного поиска генов ответа на действие интерферона альфа Initial analysis of the results of the genome-wide search for the genes of response to interferon alpha |
| title_full | Первинний аналіз результатів всегеномного пошуку генів відповіді на дію інтерферону альфа |
| title_fullStr | Первинний аналіз результатів всегеномного пошуку генів відповіді на дію інтерферону альфа |
| title_full_unstemmed | Первинний аналіз результатів всегеномного пошуку генів відповіді на дію інтерферону альфа |
| title_short | Первинний аналіз результатів всегеномного пошуку генів відповіді на дію інтерферону альфа |
| title_sort | первинний аналіз результатів всегеномного пошуку генів відповіді на дію інтерферону альфа |
| topic | Експериментальні роботи |
| topic_facet | Експериментальні роботи |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/19027 |
| work_keys_str_mv | AT draguŝenkooo pervinniianalízrezulʹtatívvsegenomnogopošukugenívvídpovídínadíûínterferonualʹfa AT tokovenkobt pervinniianalízrezulʹtatívvsegenomnogopošukugenívvídpovídínadíûínterferonualʹfa AT obolensʹkamû pervinniianalízrezulʹtatívvsegenomnogopošukugenívvídpovídínadíûínterferonualʹfa AT draguŝenkooo pervičnyianalizrezulʹtatovvsegenomnogopoiskagenovotvetanadeistvieinterferonaalʹfa AT tokovenkobt pervičnyianalizrezulʹtatovvsegenomnogopoiskagenovotvetanadeistvieinterferonaalʹfa AT obolensʹkamû pervičnyianalizrezulʹtatovvsegenomnogopoiskagenovotvetanadeistvieinterferonaalʹfa AT draguŝenkooo initialanalysisoftheresultsofthegenomewidesearchforthegenesofresponsetointerferonalpha AT tokovenkobt initialanalysisoftheresultsofthegenomewidesearchforthegenesofresponsetointerferonalpha AT obolensʹkamû initialanalysisoftheresultsofthegenomewidesearchforthegenesofresponsetointerferonalpha |