Як розкрити та підкорити механізми коагуляції за допомогою методів in silico (за матеріалами наукового повідомлення на засіданні Президії НАН України 30 жовтня 2024 р.)
Доповідь присвячено демонстрації можливостей застосування методів in silico для розроблення нових терапевтичних сполук. Наведено приклад створення прототипу антитромботичного препарату на основі пептидів-міметиків суперспіральної ділянки молекули фібрин(оген)у. Функціонально активні сайти молекули і...
Збережено в:
| Опубліковано в: : | Вісник НАН України |
|---|---|
| Дата: | 2024 |
| Автор: | |
| Формат: | Стаття |
| Мова: | Українська |
| Опубліковано: |
Видавничий дім "Академперіодика" НАН України
2024
|
| Теми: | |
| Онлайн доступ: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/202136 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Цитувати: | Як розкрити та підкорити механізми коагуляції за допомогою методів in silico (за матеріалами наукового повідомлення на засіданні Президії НАН України 30 жовтня 2024 р.) / О.О. Грабовський // Вісник Національної академії наук України. - 2024. - № 12. - С. 88-93. — Бібліогр.: 7 назв. — укр. |
Репозитарії
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1859740473957023744 |
|---|---|
| author | Грабовський, О.О. |
| author_facet | Грабовський, О.О. |
| citation_txt | Як розкрити та підкорити механізми коагуляції за допомогою методів in silico (за матеріалами наукового повідомлення на засіданні Президії НАН України 30 жовтня 2024 р.) / О.О. Грабовський // Вісник Національної академії наук України. - 2024. - № 12. - С. 88-93. — Бібліогр.: 7 назв. — укр. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Вісник НАН України |
| description | Доповідь присвячено демонстрації можливостей застосування методів in silico для розроблення нових терапевтичних сполук. Наведено приклад створення прототипу антитромботичного препарату на основі пептидів-міметиків суперспіральної ділянки молекули фібрин(оген)у. Функціонально активні сайти молекули і відповідну послідовність пептидів було передбачено in silico, а дослідження синтезованих пептидів in vitro повністю підтвердили їхню ефективну інгібіторну дію на полімеризацію фібрину. Методи докінгу та молекулярної динаміки було також використано для передбачення структури пептидів — похідних N-кінцевого фрагменту стафілокоагулази, який має здатність неензиматично активувати протромбін.
This study explores the use of in silico methods for developing novel therapeutic compounds, showcasing the design of a prototype antithrombotic drug based on peptide mimetics from the superspiral region of the fibrin(ogen) molecule. Functional sites on the molecule were identified in silico, leading to the selection of peptide sequences that were subsequently synthesized and tested. In vitro studies confirmed the peptides’ potent inhibitory effects on fibrin polymerization. Additionally, docking and molecular dynamics simulations were employed to model derivatives of the N-terminal fragment of staphylocoagulase, known for its capacity to non-enzymatically activate prothrombin. The continuation of these approaches holds significant potential for the development of both novel antithrombotic agents and unique blood coagulation activators for rapid hemorrhage control.
|
| first_indexed | 2025-12-01T17:18:37Z |
| format | Article |
| fulltext |
88 ISSN 1027-3239. Visn. Nac. Acad. Nauk Ukr. 2024. (12)
ЯК РОЗКРИТИ ТА ПІДКОРИТИ
МЕХАНІЗМИ КОАГУЛЯЦІЇ
ЗА ДОПОМОГОЮ МЕТОДІВ IN SILICO
За матеріалами наукового повідомлення
на засіданні Президії НАН України
30 жовтня 2024 р.
Доповідь присвячено демонстрації можливостей застосування методів
in silico для розроблення нових терапевтичних сполук. Наведено приклад
створення прототипу антитромботичного препарату на основі пепти-
дів-міметиків суперспіральної ділянки молекули фібрин(оген)у. Функціо-
нально активні сайти молекули і відповідну послідовність пептидів було
передбачено in silico, а дослідження синтезованих пептидів in vitro повніс-
тю підтвердили їхню ефективну інгібіторну дію на полімеризацію фібри-
ну. Методи докінгу та молекулярної динаміки було також використано
для передбачення структури пептидів — похідних N-кінцевого фрагменту
стафілокоагулази, який має здатність неензиматично активувати про-
тромбін.
Ключові слова: кровообіг, тромбоз, кровотеча, фібрин, пептиди, протром-
бін, молекулярний докінг.
Система гемостазу — це комплекс судинних, тромбоцитарних
і гуморальних компонентів плазми крові, які забезпечують,
з одного боку, циркулювання крові в рідкому стані, а з іншо-
го — швидке припинення кровотечі в разі ушкодження судин.
Запуск ензиматичного каскаду системи зсідання крові при-
водить до формування активного тромбіну, який у свою чергу
перетворює фібриноген на фібрин, здатний до полімеризації
і формування тривимірної сітки фібрину — каркаса тромбу.
Тривалі дослідження механізмів системи коагуляції дозволили
сформувати загальні уявлення про цю складну систему та зро-
зуміти, як саме структурні особливості факторів зсідання крові
дозволяють їм здійснювати свою функцію в процесі тромбоут-
ворення (рис. 1).
Порушення регуляторних механізмів гемостазу може при-
звести до внутрішньосудинного тромбоутворення, що спричи-
няє такі небезпечні захворювання, як інфаркт міокарду, тром-
ГРАБОВСЬКИЙ
Олексій Олегович —
доктор філософії (PhD),
молодший науковий
співробітник відділу структури
та функції білка Інституту
біохімії ім. О.В. Палладіна НАН
України
doi: https://doi.org/10.15407/visn2024.12.088
ISSN 1027-3239. Вісн. НАН України, 2024, № 12 89
МОЛОДІ ВЧЕНІ
боемболія легеневої артерії або ішемічний ін-
сульт. З іншого боку, при кровотечах, зокрема
внаслідок поранень, необхідно максимально
швидко і ефективно активувати систему зсі-
дання крові та припинити крововтрату. Саме
кровотечі є головною причиною летальних
випадків у медицині катастроф та у військово-
польовій медицині.
Тому важливим завданням біотехнології та
медицини є пошук ефекторів, які були б здат-
ні інгібувати внутрішньосудинне тромбоутво-
рення для запобігання тромбозам або ж стиму-
лювати екстрасудинне тромбоутворення для
запобігання крововтраті.
Важливим засобом пошуку таких ефекторів
та розроблення на їх основі нових лікарських
препаратів починаючи з минулого століття є ком-
п’ю терний дизайн лікарських засобів (CADD),
одним із ключових інструментів якого є вірту-
альний скринінг. Основна мета віртуального
скринінгу — скоротити кількість експериментів
у лабораторії шляхом відбору найбільш пер-
спективних сполук з великих баз даних, які мо-
жуть складатися з мільярдів і навіть трильйонів
низькомолекулярних органічних сполук. Роз-
різняють структурно-орієнтований та ліганд-
орієнтований типи віртуального скринінгу.
Структурно-орієнтований віртуальний
скринінг (Structure-based Virtual Screening,
SBVS) фокусується на тривимірній структу-
рі цільової молекули, наприклад протеїну, на
відміну від ліганд-орієнтованого віртуально-
го скринінгу (Ligand-based Virtual Screening,
LBVS), де аналізують відомі активні та неак-
тивні ліганди цільової молекули і на основі
їхньої хімічної структури створюють моделі
для пошуку нових лігандів. Для використання
SBVS необхідна наявність якісної структури,
яку отримують за допомогою методів рентге-
ноструктурного аналізу, ядерного магнітного
резонансу, кріоелектронної мікроскопії.
Нещодавно до цього переліку додалася
AlphaFold2 — модель штучного інтелекту, яка
передбачає просторову структуру протеїнів на
основі їхньої амінокислотної послідовності [1].
За розроблення і впровадження AlphaFold2
Деміс Хассабіс і Джон Джампер цього року
отримали Нобелівську премію з хімії. На сьо-
годні база даних AlphaFold2 налічує понад
200 млн структур протеїнів.
Крім наявності 3D-структури цільової моле-
кули, необхідно також мати інструмент, який
дозволяв би швидко перебирати положення лі-
гандів у сайті зв’язування та аналізувати силу
Рис. 1. Репрезентація
класичної схеми зсідан-
ня крові з використан-
ням просторових моде-
лей основних протеїнів
системи коагуляції
у 3D-вигляді. Наведено
структури, отримані
з Protein Data Bank
та AlphaFold database
90 ISSN 1027-3239. Visn. Nac. Acad. Nauk Ukr. 2024. (12)
МОЛОДІ ВЧЕНІ
зв’язування. Для цього використовують метод
молекулярного докінгу. В результаті його за-
стосування отримують список сполук, ранжо-
ваних за докінговою енергетичною функцією, і
відбирають з нього необхідну кількість сполук
для синтезу та подальшого тестування in vitro.
Незважаючи на низку недоліків, SBVS, як
і інші методи in silico, набули широкого вико-
ристання, особливо на етапах раннього пошу-
ку ліків. SBVS дозволяє знизити витрати, під-
вищити швидкість розроблення та відкрити
нові потенційні терапевтичні молекули.
Метою нашої роботи був пошук перспектив-
них ефекторів системи зсідання крові з вико-
ристанням засобів in silico.
Один із напрямів наших досліджень полягає
в розробленні нових сполук, здатних пригні-
чувати полімеризацію фібрину та формування
фібринового згустку — каркаса тромбу, тобто
запобігати внутрішньосудинному тромбоут-
воренню. Слід зауважити, що на сьогодні не-
має антитромботичних сполук, спрямованих
на цю стадію зсідання крові, — всі доступні
антикоагулянти діють на фактори каскаду або
тромбоцити, що обмежує їхню ефективність за
деяких патологічних станів.
Полімеризація фібрину відбувається в два
етапи. Під час першого етапу завдяки взаємо-
дії комплементарних центрів полімеризації
«А»:«а» молекул фібрину формуються прото-
фібрили. Під час другого — сформовані про-
тофібрили латерально асоціюють, формуючи
тривимірну сітку фібрил і зрештою — фібри-
новий згусток. Механізми, що лежать в основі
латеральної асоціації, до кінця ще не з’ясовано,
проте численні дані вказують на залучення до
цього процесу суперспіральних ділянок моле-
кули фібрину [2].
Для визначення можливих сайтів протеїн-
протеїнових взаємодій у суперспіральній ді-
лянці молекули фібрину ми використали Scan-
Net (Spatio-Chemical Arrangement of Neighbors
Network), що являє собою інтерпретовну, бага-
томасштабну систему глибокого навчання [3].
Один із таких сайтів було виявлено в частині
шарнірної ділянки молекули фібрину (пер-
ший сайт), а інший — в С-кінцевій частині су-
перспіральної ділянки (другий сайт) (рис. 2).
Раніше в Інституті біохімії ім. О.В. Палла-
діна НАН України було отримано монокло-
нальне антитіло FnI-3C, специфічне до фраг-
менту Вβ122-134 шарнірної ділянки молекули
фібрину, яке ефективно інгібувало латераль-
ну асоціацію протофібрил [4]. Це відкриття
узгоджується із запропонованою у статті [5]
моделлю латеральної асоціації протофібрил,
згідно з якою протофібрили взаємодіють за-
вдяки D-регіонам молекул фібрину, що нале-
жать різним протофібрилам. При цьому супер-
спіральні ділянки молекул фібрину сусідніх
протофібрил наближаються одна до одної, вза-
ємодіючи бічними ланцюгами амінокислотних
залишків (рис. 3).
Логічно припустити, що екранувавши цю
контактну ділянку пептидом, можна заінгі-
Рис. 2. Визначені за допомогою ScanNet сайти, які мо-
жуть бути залучені до протеїн-протеїнових взаємодій
фібрину. Квадратом зліва позначено сайт, який від-
повідає шарнірній ділянці фібрину, квадратом спра-
ва — потенційне місце взаємодії пептидів, які імітують
фрагменти шарнірної ділянки фібрин(оген)у
Рис. 3. Теоретична модель двох латерально-асоційо-
ваних протофібрил [5]. Прямокутником позначено
ймовірний інтерфейс взаємодії між суперспіральними
ділянками
ISSN 1027-3239. Вісн. НАН України, 2024, № 12 91
МОЛОДІ ВЧЕНІ
бувати латеральну асоціацію протофібрил і
запобігти тромбоутворенню. Для цього було
синтезовано пептиди MEILRGDFSSANN,
QKRQKQVKDN та NPDESSKPN, які відпо-
відають амінокислотній послідовності фраг-
ментів шарнірної ділянки фібрину Аα91-103,
Вβ125-135 та γ69-77 відповідно.
Аналіз турбідиметричних кривих поліме-
ризації фібрину за присутності пептидів дав
змогу виявити концентраційну залежність —
кожен з трьох досліджуваних пептидів пригні-
чував формування протофібрил (рис. 4).
Зокрема, за концентрації кожного з пепти-
дів 1 мМ lag-період істотно зростає: за при-
сутності пептиду Аα91-103 — в 3 рази, Вβ125-
135 — в 4,5 раза, γ69-77 — в 1,75 раза. Вияв-
лене подовження lag-періоду пов’язане не з
блокуванням центрів полімеризації «А» чи
«а», а з відтермінуванням початку латеральної
асоціації, оскільки, згідно з нашою гіпотезою,
зв’язування пептидів стерично блокує місце
розташування молекули фібрину з іншої про-
тофібрили.
Додатково було проведено молекулярний до-
кінг, який підтвердив принципову можливість
взаємодії цих трьох пептидів з комплементар-
ним сайтом молекули фібрину (див. рис. 2, пра-
вий прямокутник). Методами in silico проаналі-
зовано також ключові взаємодії між ними, що
дозволить раціонально підійти до пошуку їхніх
пода льших модифікацій з метою досягнення
оптимального інгібіторного ефекту.
Іншим важливим аспектом практичної
спрямованості вивчення молекулярних меха-
нізмів системи зсідання крові є пошук акти-
ваторів екстрасудинного тромбоутворення.
Раніше в Інституті біохімії ім. О.В. Палладіна
НАН України було розроблено кровоспинний
комбінований засіб «Карбогемостат», який
складається з двох компонентів: ензимного ак-
тиватора протромбіну та сорбуючої пов’язки
на основі високоактивованих вуглецевих ма-
теріалів [6]. Було показано, що в разі засто-
сування Карбогемостату рівень крововтрати
є меншим, ніж при використанні комерційно
доступних гемостатиків Celox (Велика Брита-
нія) або QuikClot (США).
Попри те, що клінічні випробування цієї
розробки були успішними, застосування ен-
зимного активатора протеїнової природи зна-
чно обмежує масштаби виробництва «Карбо-
гемостату». Натомість заміна ензиматичного
активатора протромбіну протеїнової приро-
ди на неензиматичний низькомолекулярний
ефектор дозволила б збільшити його ефектив-
ність та доступність.
У пошуках ефективного активатора про-
тромбіну — попередника активного тромбіну,
який перетворює фібриноген на фібрин, здат-
ний до полімеризації, ми зосередили свою ува-
гу на стафілокоагулазі. Цей протеїн, продуко-
ваний Staphylococcus aureus, здатен активувати
протромбін неензиматично, вбудовуючись
своїм N-кінцевим пептидом у Ile-16 кишеню
молекули та індукуючи тим самим конформа-
ційні перебудови в каталітичному сайті, а та-
кож активацію протромбіну [7] (рис. 5).
Ми синтезували пептид, який імітує N-кін це-
вий фрагмент стафілокоагулази IVTKDYSKE,
методом твердофазного синтезу з викорис-
танням Fmoc-захищених амінокислот і по-
дальшим очищенням методом HPLC, після
чого перевірили його здатність активувати
протромбін у плазмі крові. Появу тромбін-по-
дібного активного центру визначали за допо-
Рис. 4. Подовження lag-періоду полімеризації фібри-
ну, індукованої АЧТЧ-реагентом у плазмі крові, за
присутності пептидів, які імітують фрагменти шар-
нірної ділянки фібрин(оген)у; α — Аα91-103
(MEILRGDFSSANN); β — Вβ125-135
(QKRQKQVKDN); γ — γ69-77 (NPDESSKPN)
92 ISSN 1027-3239. Visn. Nac. Acad. Nauk Ukr. 2024. (12)
МОЛОДІ ВЧЕНІ
могою тромбін-специфічного хромогенного
субстрату S2238.
Виявлено, що пептид IVTKDYSKE має
здатність помірно активувати протромбін, зу-
мовлюючи появу в плазмі крові тромбін-поді-
бного активного центру, здатного розщеплюва-
ти хромогенний субстрат (рис. 6, крива 2).
Для підвищення ефективності пептидного
активатора протромбіну ми використали мо-
лекулярни й докінг і молекулярну динаміку
та запропонували амінокислотні заміни, які,
за розрахунковими даними, мали б збільши-
ти ефективність зв’язування з Ile-16 кишенею
протромбіну. Підвищення ефективності акти-
ватора протромбіну, передбачене in silico, було
підтверджено в прямому експерименті in vitro
(рис. 6, крива 1).
Додатково з використанням підходів in silico
ведеться робота над розробленням активатора
протромбіну непептидної природи. Для цього
було створено модель для молекулярного до-
кінгу і бібліотеку низькомолекулярних сполук
на основі фармакофорної моделі, ефективність
якої належить перевірити in vitro.
Висновки. Методи in silico, комп’ютерне мо-
делювання, прогнозування структури макро-
молекул у розчині — це підходи, які відкри-
вають абсолютно нові можливості для біоло-
гічної науки. З розвитком штучного інтелекту
дедалі більшого поширення набуватимуть вір-
туальні експерименти, які не лише моделюва-
тимуть молекулярні взаємодії макросполук, а
й дозволятимуть прогнозувати ефекти таких
взаємодій, оцінювати кінетичні та енергетич-
ні параметри. Застосування методів in silico в
нашій роботі дало змогу ідентифікувати сайти
міжмолекулярних взаємодій протеїнів систе-
ми гемостазу і запропонувати структуру їхніх
низькомолекулярних ефекторів, здатних ін-
гібувати формування кров’яного згустку або
ж, навпаки, — стимулювати тромбоутворення
для ефективної зупинки кровотечі.
Автор висловлює щиру подяку академіку
НАН України С.В. Комісаренку. Планування до-
сліджень здійснювалося разом із науковим ке-
рівником доктором біологічних наук В.О. Чер-
нишенком, ідею неензиматичної активації про-
тромбіну пептидами сформульовано та апро-
бовано спільно з О.Ю. Цуварєвим (Інститут
високих технологій Київського національного
університету імені Тараса Шевченка).
Рис. 5. Комплекс протромбіну (світлий) зі стафілоко-
гулазою (темний). Видно взаємодію Ile-16 кишені про-
тромбіну з N-кінцевим фрагментом стафілокоагулази.
Наведено структури, отримані з Protein Data Bank
Рис. 6. Зміна оптичної густини при розщепленні хро-
могенного субстрату S2238 неензиматично активова-
ним за допомогою пептидів протромбіном: 1 — пептид,
який імітує N-кінцевий фрагмент стафілокоагулази
IVTKDYSKE (контрольний); 2 — пептид з модифіко-
ваною структурою I***DYSKE, де * — заміна амінокис-
лотного залишку
ISSN 1027-3239. Вісн. НАН України, 2024, № 12 93
МОЛОДІ ВЧЕНІ
REFERENCES
1. Jumper J., Evans R., Pritzel A. et al. Highly accurate protein structure prediction with AlphaFold. Nature. 2021. 596:
583—589. https://doi.org/10.1038/s41586-021-03819-2
2. Weisel J.W., Litvinov R.I. Fibri n Formation, Structure and Properties. In: Parry D., Squire J. (eds) Fibrous Proteins:
Structures and Mechanisms. Subcellular Biochemistry. Vol. 82. Springer, Cham, 2017.
https://doi.org/10.1007/978-3-319-49674-0_13
3. Tubiana J., Schneidman-Duhovny D., Wolfson H.J. ScanNet: an interpretable geometric deep learning model for
structure-based protein binding site prediction. Nat. Methods. 2022. 19: 730—739.
https://doi.org/10.1038/s41592-022-01490-7
4. Lugovskoy E.V., Gritsenko P.G., Kolesnikova I.N., Lugovskaya N.E., Komisarenko S.V. A neoantigenic determinant in
coiled coil region of human fibrin beta-chain. Thromb. Res. 2009. 123(5): 765—770.
https://doi.org/10.1016/j.thromres.2008.08.024
5. Yang Z., Mochalkin I., Doolittle R.F. A model of fibrin formation based on crystal structures of fibrinogen and fibrin
fragments complexed with synthetic peptides. Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 2000. 97(26): 14156—14161.
https://doi.org/10.1073/pnas.97.26.1415
6. Komisarenko S.V., Lugovskoi E.V., Nikolaev V.G. et al. Combined haemostatic agent for the prevention of blood loss
in particular at hemophilia. Inventory Patent. 2017. 19. 114356.
7. Friedrich R., Panizzi P., Fuentes-Prior P. et al. Staphylocoagulase is a prototype for the mechanism of cofactor-in-
duced zymogen activation. Nature. 2003. 425: 535—539. https://doi.org/10.1038/nature01962
Oleksii O. Hrabovskyi
Palladin Institute of Biochemistry of the National Academy of Sciences of Ukraine, Kyiv, Ukraine
ORCID: https://orcid.org/0000-0001-6690-2398
HOW TO EXPLORE AND EXPLOIT BLOOD COAGULATION MECHANISMS
USING AN IN SILICO APPROACH
According to the materials of report at the meeting of the Presidium of the NAS of Ukraine, October 30, 2024
This study explores the use of in silico methods for developing novel therapeutic compounds, showcasing the design of a
prototype antithrombotic drug based on peptide mimetics from the superspiral region of the fibrin(ogen) molecule.
Functional sites on the molecule were identified in silico, leading to the selection of peptide sequences that were subse-
quently synthesized and tested. In vitro studies confirmed the peptides’ potent inhibitory effects on fibrin polymeriza-
tion. Additionally, docking and molecular dynamics simulations were employed to model derivatives of the N-terminal
fragment of staphylocoagulase, known for its capacity to non-enzymatically activate prothrombin. The continuation of
these approaches holds significant potential for the development of both novel antithrombotic agents and unique blood
coagulation activators for rapid hemorrhage control.
Keywords: blood circulation, thrombosis, bleeding, fibrin, peptides, prothrombin, molecular docking.
Cite this article: Hrabovskyi O.O. How to explore and exploit blood coagulation mechanisms using an in silico approach.
Visn. Nac. Akad. Nauk Ukr. 2024. (12): 88—93. https://doi.org/10.15407/visn2024.12.088
|
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-202136 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 1027-3239 |
| language | Ukrainian |
| last_indexed | 2025-12-01T17:18:37Z |
| publishDate | 2024 |
| publisher | Видавничий дім "Академперіодика" НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Грабовський, О.О. 2025-03-01T18:10:11Z 2024 Як розкрити та підкорити механізми коагуляції за допомогою методів in silico (за матеріалами наукового повідомлення на засіданні Президії НАН України 30 жовтня 2024 р.) / О.О. Грабовський // Вісник Національної академії наук України. - 2024. - № 12. - С. 88-93. — Бібліогр.: 7 назв. — укр. 1027-3239 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/202136 DOI: doi.org/10.15407/visn2024.12.088 Доповідь присвячено демонстрації можливостей застосування методів in silico для розроблення нових терапевтичних сполук. Наведено приклад створення прототипу антитромботичного препарату на основі пептидів-міметиків суперспіральної ділянки молекули фібрин(оген)у. Функціонально активні сайти молекули і відповідну послідовність пептидів було передбачено in silico, а дослідження синтезованих пептидів in vitro повністю підтвердили їхню ефективну інгібіторну дію на полімеризацію фібрину. Методи докінгу та молекулярної динаміки було також використано для передбачення структури пептидів — похідних N-кінцевого фрагменту стафілокоагулази, який має здатність неензиматично активувати протромбін. This study explores the use of in silico methods for developing novel therapeutic compounds, showcasing the design of a prototype antithrombotic drug based on peptide mimetics from the superspiral region of the fibrin(ogen) molecule. Functional sites on the molecule were identified in silico, leading to the selection of peptide sequences that were subsequently synthesized and tested. In vitro studies confirmed the peptides’ potent inhibitory effects on fibrin polymerization. Additionally, docking and molecular dynamics simulations were employed to model derivatives of the N-terminal fragment of staphylocoagulase, known for its capacity to non-enzymatically activate prothrombin. The continuation of these approaches holds significant potential for the development of both novel antithrombotic agents and unique blood coagulation activators for rapid hemorrhage control. Автор висловлює щиру подяку академіку НАН України С.В. Комісаренку. Планування досліджень здійснювалося разом із науковим керівником доктором біологічних наук В.О. Чернишенком, ідею неензиматичної активації протромбіну пептидами сформульовано та апробовано спільно з О.Ю. Цуварєвим (Інститут високих технологій Київського національного університету імені Тараса Шевченка). uk Видавничий дім "Академперіодика" НАН України Вісник НАН України Молоді вчені Як розкрити та підкорити механізми коагуляції за допомогою методів in silico (за матеріалами наукового повідомлення на засіданні Президії НАН України 30 жовтня 2024 р.) How to explore and exploit blood coagulation mechanisms using an in silico approach (According to the materials of report at the meeting of the Presidium of the NAS of Ukraine, October 30, 2024) Article published earlier |
| spellingShingle | Як розкрити та підкорити механізми коагуляції за допомогою методів in silico (за матеріалами наукового повідомлення на засіданні Президії НАН України 30 жовтня 2024 р.) Грабовський, О.О. Молоді вчені |
| title | Як розкрити та підкорити механізми коагуляції за допомогою методів in silico (за матеріалами наукового повідомлення на засіданні Президії НАН України 30 жовтня 2024 р.) |
| title_alt | How to explore and exploit blood coagulation mechanisms using an in silico approach (According to the materials of report at the meeting of the Presidium of the NAS of Ukraine, October 30, 2024) |
| title_full | Як розкрити та підкорити механізми коагуляції за допомогою методів in silico (за матеріалами наукового повідомлення на засіданні Президії НАН України 30 жовтня 2024 р.) |
| title_fullStr | Як розкрити та підкорити механізми коагуляції за допомогою методів in silico (за матеріалами наукового повідомлення на засіданні Президії НАН України 30 жовтня 2024 р.) |
| title_full_unstemmed | Як розкрити та підкорити механізми коагуляції за допомогою методів in silico (за матеріалами наукового повідомлення на засіданні Президії НАН України 30 жовтня 2024 р.) |
| title_short | Як розкрити та підкорити механізми коагуляції за допомогою методів in silico (за матеріалами наукового повідомлення на засіданні Президії НАН України 30 жовтня 2024 р.) |
| title_sort | як розкрити та підкорити механізми коагуляції за допомогою методів in silico (за матеріалами наукового повідомлення на засіданні президії нан україни 30 жовтня 2024 р.) |
| topic | Молоді вчені |
| topic_facet | Молоді вчені |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/202136 |
| work_keys_str_mv | AT grabovsʹkiioo âkrozkrititapídkoritimehanízmikoagulâcíízadopomogoûmetodívinsilicozamateríalaminaukovogopovídomlennânazasídanníprezidíínanukraíni30žovtnâ2024r AT grabovsʹkiioo howtoexploreandexploitbloodcoagulationmechanismsusinganinsilicoapproachaccordingtothematerialsofreportatthemeetingofthepresidiumofthenasofukraineoctober302024 |