Метод конформационного поиска для длинных полипептидных цепей, основанный на анализе энергетической функции
The algorithm is proposed to search a conformational space of long flexible polypeptide chains. It consists in performing a series of geometry optimization runs by a gradient-based method using the atom-atom pairwise potential sum as a target function. Only a portion of pairwise terms is taken into...
Збережено в:
| Дата: | 2007 |
|---|---|
| Автори: | , |
| Формат: | Стаття |
| Мова: | Russian |
| Опубліковано: |
Видавничий дім "Академперіодика" НАН України
2007
|
| Теми: | |
| Онлайн доступ: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/2453 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Цитувати: | Метод конформационного поиска для длинных полипептидных цепей, основанный на анализе энергетической функции / И.В. Щечкин, Т.О. Гуща // Доп. НАН України. — 2007. — N 8. — С. 176-182. — Библиогр.: 12 назв. — рос. |
Репозитарії
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| id |
nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-2453 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
Щечкин, И.В. Гуща, Т.О. 2008-10-10T12:36:25Z 2008-10-10T12:36:25Z 2007 Метод конформационного поиска для длинных полипептидных цепей, основанный на анализе энергетической функции / И.В. Щечкин, Т.О. Гуща // Доп. НАН України. — 2007. — N 8. — С. 176-182. — Библиогр.: 12 назв. — рос. 1025-6415 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/2453 577.332+577.322+539.199+577.112.82 The algorithm is proposed to search a conformational space of long flexible polypeptide chains. It consists in performing a series of geometry optimization runs by a gradient-based method using the atom-atom pairwise potential sum as a target function. Only a portion of pairwise terms is taken into account in each run. The algorithm was employed for the conformational analysis of the loop-like 125–167 fragment of human serum albumin treating the rest of the molecule as a rigid structure. Several stable conformers of the fragment were obtained that considerably differ by their 3D-structure from the original one. Some of the newly found conformers have no major attractive nonbonded contacts with the protein globule, and some of them form hydrogen bonds with other domains of the molecule. The latter enables us to suppose that the conformational transition of the 125–167 fragment can affect the mutual mobility of domains. ru Видавничий дім "Академперіодика" НАН України Біофізика Метод конформационного поиска для длинных полипептидных цепей, основанный на анализе энергетической функции Article published earlier |
| institution |
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| collection |
DSpace DC |
| title |
Метод конформационного поиска для длинных полипептидных цепей, основанный на анализе энергетической функции |
| spellingShingle |
Метод конформационного поиска для длинных полипептидных цепей, основанный на анализе энергетической функции Щечкин, И.В. Гуща, Т.О. Біофізика |
| title_short |
Метод конформационного поиска для длинных полипептидных цепей, основанный на анализе энергетической функции |
| title_full |
Метод конформационного поиска для длинных полипептидных цепей, основанный на анализе энергетической функции |
| title_fullStr |
Метод конформационного поиска для длинных полипептидных цепей, основанный на анализе энергетической функции |
| title_full_unstemmed |
Метод конформационного поиска для длинных полипептидных цепей, основанный на анализе энергетической функции |
| title_sort |
метод конформационного поиска для длинных полипептидных цепей, основанный на анализе энергетической функции |
| author |
Щечкин, И.В. Гуща, Т.О. |
| author_facet |
Щечкин, И.В. Гуща, Т.О. |
| topic |
Біофізика |
| topic_facet |
Біофізика |
| publishDate |
2007 |
| language |
Russian |
| publisher |
Видавничий дім "Академперіодика" НАН України |
| format |
Article |
| description |
The algorithm is proposed to search a conformational space of long flexible polypeptide chains. It consists in performing a series of geometry optimization runs by a gradient-based method using the atom-atom pairwise potential sum as a target function. Only a portion of pairwise terms is taken into account in each run. The algorithm was employed for the conformational analysis of the loop-like 125–167 fragment of human serum albumin treating the rest of the molecule as a rigid structure. Several stable conformers of the fragment were obtained that considerably differ by their 3D-structure from the original one. Some of the newly found conformers have no major attractive nonbonded contacts with the protein globule, and some of them form hydrogen bonds with other domains of the molecule. The latter enables us to suppose that the conformational transition of the 125–167 fragment can affect the mutual mobility of domains.
|
| issn |
1025-6415 |
| url |
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/2453 |
| citation_txt |
Метод конформационного поиска для длинных полипептидных цепей, основанный на анализе энергетической функции / И.В. Щечкин, Т.О. Гуща // Доп. НАН України. — 2007. — N 8. — С. 176-182. — Библиогр.: 12 назв. — рос. |
| work_keys_str_mv |
AT ŝečkiniv metodkonformacionnogopoiskadlâdlinnyhpolipeptidnyhcepeiosnovannyinaanalizeénergetičeskoifunkcii AT guŝato metodkonformacionnogopoiskadlâdlinnyhpolipeptidnyhcepeiosnovannyinaanalizeénergetičeskoifunkcii |
| first_indexed |
2025-11-24T19:09:24Z |
| last_indexed |
2025-11-24T19:09:24Z |
| _version_ |
1850493810045353984 |
| fulltext |
УДК 577.332+577.322+539.199+577.112.82
© 2007
И.Е. Щечкин, Т. О. Гуща
Метод конформационного поиска для длинных
полипептидных цепей, основанный на анализе
энергетической функции
(Представлено академиком НАН Украины В. П. Кухарем)
The algorithm is proposed to search a conformational space of long flexible polypeptide chains. It
consists in performing a series of geometry optimization runs by a gradient-based method using
the atom-atom pairwise potential sum as a target function. Only a portion of pairwise terms is
taken into account in each run. The algorithm was employed for the conformational analysis of
the loop-like 125–167 fragment of human serum albumin treating the rest of the molecule as a
rigid structure. Several stable conformers of the fragment were obtained that considerably differ
by their 3D-structure from the original one. Some of the newly found conformers have no major
attractive nonbonded contacts with the protein globule, and some of them form hydrogen bonds
with other domains of the molecule. The latter enables us to suppose that the conformational
transition of the 125–167 fragment can affect the mutual mobility of domains.
Изменчивость конформационной структуры белков играет существенную роль в таких био-
химических процессах, как иммунная защита, ферментативный катализ, клеточный транс-
порт. Известно, например, что активный центр белка перестраивается при связывании суб-
страта [1, 2], а поверхностные петли в белковой структуре могут служить воротами, обеспе-
чивающими доступ к центру связывания [3, 4]. В ходе структурных превращений молекула
белка проходит через ряд стабильных конформаций, определение которых уже давно стало
неотъемлемой частью компьютерного моделирования биохимических процессов. Стабиль-
ные конформации представляют собой состояния молекулярной системы, соответствующие
локальным минимумам функции ее потенциальной энергии. Вполне очевидно, что лишь
некоторые из них могут оказаться продуктивными с точки зрения протекания изучаемого
процесса.
В конформационном анализе белков используется множество различных численных ме-
тодов поиска минимумов энергетической функции. Это, прежде всего, методы случайного
поиска с использованием модельного отжига [5], метод геометрии межатомных расстоя-
ний [6], метод следования направлениям наименьших главных кривизн поверхности потен-
циальной энергии (низкочастотным модам) [7], методы сглаживания поверхности потенци-
альной энергии [8]. Все они используют энергетическую функцию для получения значений
энергии при заданных значениях аргументов, не предполагая анализа роли отдельных со-
ставляющих функции в формировании рельефа поверхности потенциальной энергии.
В данной работе предложен метод конформационного поиска, основанный на анализе
свойств отдельных составляющих потенциальной функции. В качестве примера для приме-
нения предложенного подхода проведен конформационный анализ участка пептидной цепи
сывороточного альбумина человека.
Подход к задаче минимизации функции. Рассмотрим функцию как сумму не-
скольких компонент, каждая из которых имеет свою систему минимумов. Разумно предпо-
176 ISSN 1025-6415 Reports of the National Academy of Sciences of Ukraine, 2007, №8
ложить, что области аргументов, в которых функция принимает малые значения, соответ-
ствуют удачному совпадению областей аргументов с низкими значениями ее компонент.
Таким образом, области низких значений отдельных компонент могут служить опорными
точками при проведении поиска наиболее низких локальных минимумов полной функции.
Наиболее быстрый метод минимизации функции основан на вычислении ее локальных
производных. Однако таким способом можно найти только один минимум и именно тот,
в области притяжения которого находится начальная точка. Это застревание градиентных
методов в ближайшем к исходной точке локальном минимуме порождает известную “проб-
лему локальных минимумов”. Если в точке локального минимума модифицировать функ-
цию отключением некоторых из ее компонент, то эта точка уже не будет локальным мини-
мумом модифицированной функции. Последующий процесс локальной минимизации при-
ведет к ближайшему локальному минимуму, определяемому оставшимися компонентами.
Таким образом, при проведении серии минимизаций с различными частичными набора-
ми компонент полной функции мы будем передвигаться между локальными минимумами
различных групп компонент. При этом передвижение, вероятно, будет происходить и по
областям наиболее низких значений полной целевой функции, так как последние соответ-
ствуют значениям аргументов, при которых одновременно реализуются низкие значения
многих компонентов. Точки этого пути мы будем использовать в качестве начальных для
последующей минимизации полной целевой функции.
Предложенный метод альтернирования составляющих целевой функции можно рас-
сматривать как разновидность классического метода мультистарта, в котором начальные
точки выбираются не на заданной заранее сетке, а находятся проведением поисковой серии
минимизаций частичных функций.
Определение модели энергетической функции молекулы. Пространственная
структура молекулы вполне определена значениями ее внутренних координат — длин свя-
зей, валентных и двугранных (торсионных) углов. Значительные вариации последних,
в отличие от вариаций длин связей и валентных углов, сопровождаются существенным
изменением пространственной структуры молекулы без значительного изменения ее энер-
гии, тем самым обеспечивая энергетически плавный путь “конформационного функциони-
рования” за счет флуктуаций теплового движения. Поэтому поиск продуктивных конфор-
маций биомолекулы целесообразно проводить в пространстве ее торсионных углов, приняв
длины связей и валентные углы неизменными и равными их равновесным значениям.
Исходя из сказанного выше, в качестве энергетической функции будем использовать
зависящую от торсионных углов сумму энергии невалентных взаимодействий, торсионный
потенциал и энергию сольватации. Энергию невалентных взаимодействий будем вычислять
в рамках метода атом-атомных потенциалов, а сольватационную составляющую — в рам-
ках модели неявного растворителя как сумму поляризационной и гидрофобной энергий [9].
В таком приближении энергетическая функция представляет собой сумму вкладов отдель-
ных пар атомов и торсионного потенциала.
Будем исходить из того, что низкая энергия всей системы обеспечивается в тех ее состоя-
ниях, в которых многие пары атомов испытывают значительное притяжение, а количество
пар, испытывающих значительное отталкивание, мало. Поэтому конформации, оптималь-
ные с точки зрения энергии отдельных пар атомов, могут служить опорными точками при
поиске в конформационном пространстве.
В рамках описанного подхода к минимизации энергетической функции в качестве ком-
понент, из которых сформировуются частичные целевые функции, будем использовать пар-
ISSN 1025-6415 Доповiдi Нацiональної академiї наук України, 2007, №8 177
ные взаимодействия, имеющие большую амплитуду изменения на больших протяженностях
области конформационного пространства (низкочастотные с большой амплитудой). К ним
относятся наиболее сильные электростатическое притяжение и отталкивание, а также по-
ляризационная составляющая энергии сольватации. Указанные компоненты вместе с ван-
дерваальсовым отталкиванием определяют основной архитектурный мотив поверхности
потенциальной энергии. Будем называть их главной частью энергетической функции. Ван-
дерваальсов парный потенциал, в отличие от электростатического и поляризационного,
носит короткодействующий характер, быстро изменяется на протяжении малых областей
конформационного пространства (высокочастотный с большой амплитудой). Поэтому при
поиске в широком диапазоне значений независимых переменных эту составляющую учи-
тывать нецелесообразно. Вандерваальсовы взаимодействия будут учтены при минимиза-
ции энергии на заключительном этапе. Слабо изменяющиеся парные вклады и компоненты
торсионного потенциала на этапе поисковой минимизации в расчет не принимаются.
Таким образом, при проведении поисковой серии минимизаций в качестве частичных
целевых функций предлагается использовать различные группы парных взаимодействий.
Используемую группу будем называть текущей фракцией полного множества пар атомов,
взаимодействующих в данной модели. Такие параметры, как количество пар во фракции,
возможное неполное выключение взаимодействия внефракционных пар и степень его ослаб-
ления, оптимальное количество циклов перебора всех возможных комбинаций пар, а также
количество и момент выбора начальных точек для минимизации полной энергии могут
варьироваться. Оптимальные их значения требуют определения опытным путем.
На этапе поисковой минимизации вместо реальной энергии парного взаимодействия бу-
дем использовать более простую функцию, которая достигает малых значений в той же
области конформационного пространства, что и реальная энергия. В отличие от полной
энергии, для отдельных парных вкладов можно заранее сформулировать, при каком про-
странственном расположении атомов энергия будет достигать наименьших значений. Так,
энергия притягивающейся пары достигает минимума при наибольшем пространственном
сближении атомов, а отталкивающейся — при наибольшем удалении. Это справедливо как
для атом-атомных потенциалов, так и для поляризационной составляющей сольватации
в методе [9]. Кроме того, экранирование неполярными атомами полярных приводит к ухуд-
шению сольватации и повышению энергии системы. Поэтому состояние удаленности слабо
заряженных атомов от сильно заряженных соответствует минимуму энергии.
В качестве составляющей парного взаимодействия будем использовать простую парабо-
лическую функцию, значение и градиент которой вычисляются быстрее, чем те же вели-
чины для реальной энергетической функции:
для притягивающихся пар
e = a(r2
− r
2
0
) при r > r0 и e = 0 при r < r0,
для отталкивающихся пар
e = −a(r2
− r
2
0) при r 6 r0 и e = 0 при r > r0,
где a > 0 — постоянный коэффициент; r — расстояние между центрами атомов; r0 — рас-
стояние, на котором атомы притягивающейся пары достаточно близки, чтобы обеспечить
большую энергию притяжения, а взаимодействие отталкивающейся пары можно полагать
малым. Величина r0 подбирается опытным путем.
178 ISSN 1025-6415 Reports of the National Academy of Sciences of Ukraine, 2007, №8
Приложения. Алгоритм, подобный изложенному, уже применялся нами ранее при
поиске конформации связывания дополнительного центра тромбина с комплементарным
ему сайтом фибриногена [10]. В этом случае в качестве альтернативных компонент целевой
функции выступали потенциал притяжения в парах лигандных групп, с одной стороны,
и потенциал вандерваальсового отталкивания между всеми остальными парами атомов —
с другой. Далее дано приложение сформулированного подхода для конформационного ана-
лиза участка пептидной цепи сывороточного альбумина человека (САЧ).
Визуальные исследования пространственной структуры молекулы САЧ, полученной
в работе [12], показывают, что участки 125–167 и 317–359, лежащие в началах доменов Ib
и IIb соответственно и представляющие собой петлеобразные структуры, особенным обра-
зом пространственно расположены относительно глобулы белка. Корневые части каждого
из них, “стреноженные” цистеиновым мостиком, лежат возле поверхности глобулы, а вер-
шины глубоко внедрены внутрь молекулы. Такое расположение участков вызывает интерес
к их возможным конформациям, в которых петлеобразные структуры выведены из глобулы
белка. При реализации таких конформаций характер взаимодействий в молекуле, очевидно,
существенно изменится и может нарушить баланс сил взаимодействия между доменами.
Это, в свою очередь, может повлиять на характер доменной подвижности. Для провер-
ки способности участка 125–167 принимать такого рода конформации нами был проведен
конформационный поиск в пространстве его торсионных углов. При этом вся остальная
часть белка рассматривалась в неизменной конформации, соответствующей кристалличес-
кой структуре.
В расчетах использованы атомные координаты САЧ, молекула А, с идентификато-
ром 1АО6 из банка данных белковых структур Brookhaven Protein Data Bank. Для прове-
дения конформационного поиска мы использовали описанный выше алгоритм, реализован-
ный в нашей программе FlexiChain. Все расчеты проводились при помощи компьютерного
кластера, созданного при содействии компании Intel в вычислительном центре Киевского
национального университета.
Были использованы два типа фракций парных взаимодействий. Каждая фракция
первого типа состояла из одной пары отталкивания или притяжения, соответствующей
сильному электростатическому или поляризационному взаимодействию, а каждая фрак-
ция второго типа — из всех пар отталкивания между одним сильно полярным и все-
ми слабо полярными атомами. При этом рассматривались только разделенные не ме-
нее чем шестью варьируемыми связями пары атомов внутри участка 125–167. Сильно
полярными считались атомы с абсолютной величиной заряда более 0,75 а. е., а в ка-
честве слабо полярных рассматривались атомы с абсолютной величиной заряда менее
0,15 а. е.
Нами выполнено 180 циклов поисковых минимизаций. Каждый цикл состоял из сеансов
минимизации с целевой функцией, основанной на некоторой фракции. В каждом из циклов
каждая фракция участвовала по одному разу. Порядок использования фракций в каждом
цикле определялся случайным образом. Конформация, полученная после выполнения каж-
дого из циклов, сохранялась. Сохраненные конформации были подвергнуты кластерному
анализу по среднеквадратичному отклонению координат атомов. В результате были ото-
браны конформации (41 шт.), которые использовались в качестве начальных точек для
минимизации полной энергии.
Минимизация полной энергии была проведена при помощи программы Tinker
[http://dasher.wustl.edu/tinker]. В качестве независимых переменных использовались декар-
ISSN 1025-6415 Доповiдi Нацiональної академiї наук України, 2007, №8 179
товы координаты атомов участка 125–167, а остальная часть молекулы была замороже-
на. Полная энергия внутримолекулярного взаимодействия вычислялась в рамках метода
атом-атомных потенциалов с использованием силового поля AMBER с файлом параметров
amber96.prm. Для вычисления энергии взаимодействия с водным окружением использовал-
ся неявный учет растворителя по методу, изложенному в работах [9, 11].
Из совокупности оптимизированных конформаций были выбраны девять, имеющие наи-
более низкую энергию (табл. 1). Для них были определены наиболее эффективные стяги-
вающие контакты, т. е. соответствующие наиболее сильным парным электростатическим
взаимодействиям. Оказалось, что эти контакты представляют собой водородные связи меж-
ду боковыми цепями остатков.
C термодинамической точки зрения представленные в табл. 1 конформации слишком
существенно разнятся по энергии, чтобы в одинаковой степени присутствовать в статис-
тическом ансамбле. Такая разница между энергиями связана с тем, что в связи с ограни-
ченностью вычислительных ресурсов мы рассматривали большую часть молекулы жест-
кой, и значительная часть степеней свободы системы была заморожена. Размораживание
дополнительных степеней свободы и продолжение минимизации энергии приведет к даль-
нейшему снижению энергий. При этом, как показывает опыт подобных расчетов, основной
архитектурный мотив пространственной структуры почти не изменится, а энергии различ-
ных конформаций, возможно, выровняются.
Следует обратить внимание на структурные особенности приведенных в табл. 1 конфор-
маций. Если в исходной конформации рассматриваемый участок цепи имел стягивающие
контакты лишь со своим субдоменом Ib, то в некоторых из альтернативных конформаций
он имеет такие контакты также и с другими субдоменами и, следовательно, служит связ-
кой между ними. Наибольшее число контактов за пределами своего субдомена завязывают
конформация 9 — с субдоменами Ia и IIIb, конформация 4 — с Ia и IIa и конформация 2,
которая завязывает три водородных связи с субдоменом Ia. Существование таких связей да-
ет основание полагать, что данные конформационные переходы участка могут приводить
к изменению динамики движения субдоменов САЧ друг относительно друга, уменьшая
взаимную их подвижность.
Таблица 1. Полная энергия и ее составляющие, а также стягивающие контакты между участком 125–167
и глобулой САЧ для исходной и альтернативных конформаций
Конфор-
мация
Полная
энергия
Ван-дер-
Ваальс
Электростат Сольватация
Контакты между петлей
и глобулой
Исходная −1075,4 98,0 −1152,2 −460,7 GLU188(Ib)
1 −1038,3 19,8 −1208,7 −531,6 Нет
2 −1621,2 53,4 −3645,0 876,1 ARG117(Ia), ARG98(Ia),
ASP72(Ia), ASP187(Ib)
3 −1610,6 72,9 −4277,9 1512,6 ASP259(IIa), ASP13(Ia)
4 −2087,7 64,0 −5960,0 2736,8 ARG10(Ia), ASP259(IIa),
ASP255(IIa)
5 −1217,4 66,7 −2959,5 472,5 ARG117(Ia)
6 −1860,3 −114,2 −5542,8 2880,7 ASP187(Ib), ARG117(Ia)
7 −1049,5 268,4 −2376,0 159,1 ASP121(Ib), ASP563(IIIb)
8 −1659,7 −80,1 −4459,1 1748,3 Нет
9 −1337,1 225,0 −5002,0 1861,9 ASP183(Ib), ARG186(Ib),
ARG117(Ia), GLU520(IIIb)
180 ISSN 1025-6415 Reports of the National Academy of Sciences of Ukraine, 2007, №8
Рис. 1. Пространственная структура участка 125–167 сывороточного альбумина человека в двух конфор-
мациях, представленных в табл. 1:
а — исходная конформация; б — конформация 1, найденная в результате конформационного поиска. Пока-
зан Cα скелет молекулы, участок 125–167 выделен жирной линией
Отметим также, что стягивающие контакты участка с субдоменами IIb и IIIa отсутству-
ют во всех найденных конформациях. Кроме того, обнаружены две “висящих”, т. е. не имею-
щих существенных стягивающих контактов с глобулой, конформации — 1 и 8 (см. табл. 1).
Одна из последних показана на рис. 1 в сравнении с исходной. В “висящих” конформациях
рассматриваемый участок подвижен и может служить “щупальцем” при взаимодействиях
с лигандами.
Таким образом, предложенный метод конформационного поиска для длинных полипеп-
тидных цепей, основанный на анализе энергетической функции, показал свою способность
находить значительно различающиеся конформеры длинной, состоящей из 43 остатков, по-
липептидной цепи. В результате применения этого метода к участку 125–167 цепи САЧ
получены стабильные конформации участка, отличающиеся по своим структурным харак-
теристикам от исходной. Среди этих конформаций имеются такие, в которых участок за
счет завязывания водородных связей образует стяжки между субдоменами вида Ib-Ia, Ib-
IIIb Ib-Ia-IIIb, и Ib-Ia-IIa. Благодаря образованию такого рода стяжек характер взаимной
подвижности доменов может изменяться. Кроме того, обнаружены несвязанные с глобулой
конформации петли, обладающие вследствие этого значительной подвижностью.
1. Getzoff E.D., Geysen H.M., Rodda S. J. et al. Mechanisms of antibody binding to a protein // Science. –
1992. – 235. – P. 1191–1196.
2. Rini J.M., Schulze-Gahmen U., Wilson I.A. Structural evidence for induced fit as a mechanism for anti-
body-antigen recognition // Ibid. – 1992. – 255. – P. 959–965.
3. Nicholson L.K., Yamazaki T., Torchia D.A. Chang C-H Flexibility and function in HIV – 1 protease //
Struct. Biol. – 1995. – 2. – P. 274–280.
4. Wagner G. The importance of being floppy // Struct. Biol. – 1995. – 2. – P. 255–257.
5. Chang G., Guida W.C., Still W.C. An internal coordinate Monte Carlo method for searching conformati-
onal space // J. Amer. Chem. Soc. – 1989. – 111. – P. 4379–4386.
6. Crippen G.M., Havel T. F. Distance Geometry and Molecular Conformation. – New York: Wiley, 1988.
ISSN 1025-6415 Доповiдi Нацiональної академiї наук України, 2007, №8 181
7. Kolossvary G., Guida W. Low mode search-an efficient, automated computational method for conformati-
onal analysis: application to cyclic and acyclic alkanes and cyclic peptides // J. Amer. Chem. Soc. – 1996. –
118. – P. 5011–5019.
8. Kostrowicki J., Scheraga H.A. Application of the Diffusion Equation Method for Global Optimization to
Oligopeptides // J. Phys. Chem. – 1992. – 96. – P. 7442–7449.
9. Qiu D., Shenkin P. S., Hollinger F.P., Still W.C. The GB/SA Continuum Model for Solvation. A Fast
Analytical Method for the Calculation of Approximate Born Radii // J. Phys. Chem. A. – 1997. – 101. –
P. 3005–3014.
10. Shchechkin I. E., Karabut L. V., Chetyrkina S. N., Sereyskaya A.A. Theoretical conformational investiga-
tion of thrombin-fibrinogen recognition complex // Ukrain. Biochem. J. – 1995. – 67, No 5. – P. 110–114.
11. Still W.C., Tempczyk A., Hawley R. C., Hendrickson T. A Semiempirical Treatment of Solvation for
Molecular Mechanics and Dynamics // J. Amer. Chem. Soc. – 1990. – 112. – P. 6127–6129.
12. Sugio S., Kashima A., Mochizuki S. et al. Crystal structure of human serum albumin at 2.5 Å resolution //
Prot. Eng. – 1999. – 12, No 6. – P. 439–446.
Поступило в редакцию 23.01.2007Институт биоорганической химии
и нефтехимии НАН Украины, Киев
182 ISSN 1025-6415 Reports of the National Academy of Sciences of Ukraine, 2007, №8
|