Квантово-механічний конформаційний аналіз молекули 2'-дезоксицитидилової кислоти — структурної ланки ДНК

• Veröffentlicht in: Доповіді НАН України
• Datum: 2010
• Hauptverfasser: Ніколаєнко, Т.Ю., Говорун, Д.М.
• Format: Artikel
• Sprache: Ukrainian
• Veröffentlicht: Видавничий дім "Академперіодика" НАН України 2010
• Schlagworte: Біофізика
• Online Zugang: https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/30409
• Назва журналу: Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
• Zitieren: Квантово-механічний конформаційний аналіз молекули 2'-дезоксицитидилової кислоти — структурної ланки ДНК / Т.Ю. Ніколаєнко, Д.М. Говорун // Доп. НАН України. — 2010. — № 9. — С. 173-184. — Бібліогр.: 15 назв. — укр.

На рівні теорії MP2/6-311G++(d,p)//DFT B3LYP/6-31G(d,p) вперше отримано повне сімейство конформерів молекули 2'-дезоксицитидилової кислоти. Проаналізовано розподіли значень її торсійних кутів і порівняно з такими в молекулі 2'-дезоксицитидину. Виявлено кореляцію між амплітудою псевдообертання фуранозного кільця і syn-орієнтацією нуклеотидної основи. Охарактеризовано ''тонкі'' конформаційні параметри, що описують непланарність кільця нуклеотидної основи і деяких його бічних груп. The full set of 2'-deoxycytidilic acid molecule conformers has been obtained by ab initio quantum mechanical calculations at the MP2/6-311G++(d,p)//DFT B3LYP/6-31G(d,p) theory level. The distributions of torsion angles are analyzed and compared with those of a 2'-deoxycytidine molecule. The strong correlation between the sugar puckering amplitude and the syn-orientation of the nucleotide base unit is revealed. 'Fine' conformational parameters defining a nonplanarity of the base ring and its side groups are characterized.