Внутрішньомолекулярні водневі зв'язки та специфічні контакти Ван дер Ваальса у молекулі 2'-дезоксицитидилової кислоти: аналіз топології електронної густини

• Published in: Доповіді НАН України
• Date: 2010
• Main Authors: Булавін, Л.А., Говорун, Д.М., Ніколаєнко, Т.Ю.
• Format: Article
• Language: Ukrainian
• Published: Видавничий дім "Академперіодика" НАН України 2010
• Subjects: Біофізика
• Online Access: https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/30716
• Journal Title: Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
• Cite this: Внутрішньомолекулярні водневі зв'язки та специфічні контакти Ван дер Ваальса у молекулі 2'-дезоксицитидилової кислоти: аналіз топології електронної густини / Л.А. Булавін, Д.М. Говорун, Т.Ю. Ніколаєнко // Доп. НАН України. — 2010. — № 10. — С. 166-178. — Бібліогр.: 15 назв. — укр.

У 613 конформерах молекули 2'-дезоксицитидилової кислоти, оптимізованих на рівні теорії DFT B3LYP/6-31G(d,p), методом QTAIM виявлено 1830 внутрішньомолекулярних специфічних взаємодій — 16 типів ван-дер-ваальсових контактів та 40 типів водневих зв'язків. Зафіксовано лінійний зв'язок між їхньою енергією та густиною електронного заряду в критичній точці на лінії зв'язку. Встановлено, що в усіх ДНК-подібних конформерах присутній хоча б один H-зв'язок з енергією не менше 4,5 ккал/моль. 1830 specific intramolecular interactions are revealed by means of the QTAIM method in 613 2'-deoxycytidilic acid molecule conformers optimized at the DFT B3LYP/6-31G(d,p) theory level. There are 16 types of van-der-Waals contacts and 40 types of hydrogen bonds. A linear relationship between their energy and electron charge density at the critical point is noted. It is shown that at least one H-bond not weaker than 4.5 kcal/mole is present in each DNA-like conformer.