Внутрішньомолекулярні водневі зв'язки та специфічні контакти Ван дер Ваальса у молекулі 2'-дезоксицитидилової кислоти: аналіз топології електронної густини
У 613 конформерах молекули 2'-дезоксицитидилової кислоти, оптимізованих на рівні теорії DFT B3LYP/6-31G(d,p), методом QTAIM виявлено 1830 внутрішньомолекулярних специфічних взаємодій — 16 типів ван-дер-ваальсових контактів та 40 типів водневих зв'язків. Зафіксовано лінійний зв'язок мі...
Saved in:
| Published in: | Доповіді НАН України |
|---|---|
| Date: | 2010 |
| Main Authors: | , , |
| Format: | Article |
| Language: | Ukrainian |
| Published: |
Видавничий дім "Академперіодика" НАН України
2010
|
| Subjects: | |
| Online Access: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/30716 |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| Journal Title: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Cite this: | Внутрішньомолекулярні водневі зв'язки та специфічні контакти Ван дер Ваальса у молекулі 2'-дезоксицитидилової кислоти: аналіз топології електронної густини / Л.А. Булавін, Д.М. Говорун, Т.Ю. Ніколаєнко // Доп. НАН України. — 2010. — № 10. — С. 166-178. — Бібліогр.: 15 назв. — укр. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1862737999792439296 |
|---|---|
| author | Булавін, Л.А. Говорун, Д.М. Ніколаєнко, Т.Ю. |
| author_facet | Булавін, Л.А. Говорун, Д.М. Ніколаєнко, Т.Ю. |
| citation_txt | Внутрішньомолекулярні водневі зв'язки та специфічні контакти Ван дер Ваальса у молекулі 2'-дезоксицитидилової кислоти: аналіз топології електронної густини / Л.А. Булавін, Д.М. Говорун, Т.Ю. Ніколаєнко // Доп. НАН України. — 2010. — № 10. — С. 166-178. — Бібліогр.: 15 назв. — укр. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Доповіді НАН України |
| description | У 613 конформерах молекули 2'-дезоксицитидилової кислоти, оптимізованих на рівні теорії DFT B3LYP/6-31G(d,p), методом QTAIM виявлено 1830 внутрішньомолекулярних специфічних взаємодій — 16 типів ван-дер-ваальсових контактів та 40 типів водневих зв'язків. Зафіксовано лінійний зв'язок між їхньою енергією та густиною електронного заряду в критичній точці на лінії зв'язку. Встановлено, що в усіх ДНК-подібних конформерах присутній хоча б один H-зв'язок з енергією не менше 4,5 ккал/моль.
1830 specific intramolecular interactions are revealed by means of the QTAIM method in 613 2'-deoxycytidilic acid molecule conformers optimized at the DFT B3LYP/6-31G(d,p) theory level. There are 16 types of van-der-Waals contacts and 40 types of hydrogen bonds. A linear relationship between their energy and electron charge density at the critical point is noted. It is shown that at least one H-bond not weaker than 4.5 kcal/mole is present in each DNA-like conformer.
|
| first_indexed | 2025-12-07T20:02:10Z |
| format | Article |
| fulltext | |
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-30716 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 1025-6415 |
| language | Ukrainian |
| last_indexed | 2025-12-07T20:02:10Z |
| publishDate | 2010 |
| publisher | Видавничий дім "Академперіодика" НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Булавін, Л.А. Говорун, Д.М. Ніколаєнко, Т.Ю. 2012-02-12T09:30:55Z 2012-02-12T09:30:55Z 2010 Внутрішньомолекулярні водневі зв'язки та специфічні контакти Ван дер Ваальса у молекулі 2'-дезоксицитидилової кислоти: аналіз топології електронної густини / Л.А. Булавін, Д.М. Говорун, Т.Ю. Ніколаєнко // Доп. НАН України. — 2010. — № 10. — С. 166-178. — Бібліогр.: 15 назв. — укр. 1025-6415 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/30716 539.194 У 613 конформерах молекули 2'-дезоксицитидилової кислоти, оптимізованих на рівні теорії DFT B3LYP/6-31G(d,p), методом QTAIM виявлено 1830 внутрішньомолекулярних специфічних взаємодій — 16 типів ван-дер-ваальсових контактів та 40 типів водневих зв'язків. Зафіксовано лінійний зв'язок між їхньою енергією та густиною електронного заряду в критичній точці на лінії зв'язку. Встановлено, що в усіх ДНК-подібних конформерах присутній хоча б один H-зв'язок з енергією не менше 4,5 ккал/моль. 1830 specific intramolecular interactions are revealed by means of the QTAIM method in 613 2'-deoxycytidilic acid molecule conformers optimized at the DFT B3LYP/6-31G(d,p) theory level. There are 16 types of van-der-Waals contacts and 40 types of hydrogen bonds. A linear relationship between their energy and electron charge density at the critical point is noted. It is shown that at least one H-bond not weaker than 4.5 kcal/mole is present in each DNA-like conformer. uk Видавничий дім "Академперіодика" НАН України Доповіді НАН України Біофізика Внутрішньомолекулярні водневі зв'язки та специфічні контакти Ван дер Ваальса у молекулі 2'-дезоксицитидилової кислоти: аналіз топології електронної густини Intramolecular hydrogen bonds and specific van-der-Waals contacts in 2'-deoxycytidilic acid molecule: an electron density topology analysis Article published earlier |
| spellingShingle | Внутрішньомолекулярні водневі зв'язки та специфічні контакти Ван дер Ваальса у молекулі 2'-дезоксицитидилової кислоти: аналіз топології електронної густини Булавін, Л.А. Говорун, Д.М. Ніколаєнко, Т.Ю. Біофізика |
| title | Внутрішньомолекулярні водневі зв'язки та специфічні контакти Ван дер Ваальса у молекулі 2'-дезоксицитидилової кислоти: аналіз топології електронної густини |
| title_alt | Intramolecular hydrogen bonds and specific van-der-Waals contacts in 2'-deoxycytidilic acid molecule: an electron density topology analysis |
| title_full | Внутрішньомолекулярні водневі зв'язки та специфічні контакти Ван дер Ваальса у молекулі 2'-дезоксицитидилової кислоти: аналіз топології електронної густини |
| title_fullStr | Внутрішньомолекулярні водневі зв'язки та специфічні контакти Ван дер Ваальса у молекулі 2'-дезоксицитидилової кислоти: аналіз топології електронної густини |
| title_full_unstemmed | Внутрішньомолекулярні водневі зв'язки та специфічні контакти Ван дер Ваальса у молекулі 2'-дезоксицитидилової кислоти: аналіз топології електронної густини |
| title_short | Внутрішньомолекулярні водневі зв'язки та специфічні контакти Ван дер Ваальса у молекулі 2'-дезоксицитидилової кислоти: аналіз топології електронної густини |
| title_sort | внутрішньомолекулярні водневі зв'язки та специфічні контакти ван дер ваальса у молекулі 2'-дезоксицитидилової кислоти: аналіз топології електронної густини |
| topic | Біофізика |
| topic_facet | Біофізика |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/30716 |
| work_keys_str_mv | AT bulavínla vnutríšnʹomolekulârnívodnevízvâzkitaspecifíčníkontaktivandervaalʹsaumolekulí2dezoksicitidilovoíkislotianalíztopologííelektronnoígustini AT govorundm vnutríšnʹomolekulârnívodnevízvâzkitaspecifíčníkontaktivandervaalʹsaumolekulí2dezoksicitidilovoíkislotianalíztopologííelektronnoígustini AT níkolaênkotû vnutríšnʹomolekulârnívodnevízvâzkitaspecifíčníkontaktivandervaalʹsaumolekulí2dezoksicitidilovoíkislotianalíztopologííelektronnoígustini AT bulavínla intramolecularhydrogenbondsandspecificvanderwaalscontactsin2deoxycytidilicacidmoleculeanelectrondensitytopologyanalysis AT govorundm intramolecularhydrogenbondsandspecificvanderwaalscontactsin2deoxycytidilicacidmoleculeanelectrondensitytopologyanalysis AT níkolaênkotû intramolecularhydrogenbondsandspecificvanderwaalscontactsin2deoxycytidilicacidmoleculeanelectrondensitytopologyanalysis |