Вторичная структура основного поли(А)-сигнала про-мРНК вируса иммунодефицита человека
Вперше описано модель основного сигналу поліаденілування про-мРНК ВІЛ-1. Показано, що ''нижній'' елемент (DSE) полі(А)-сигналу розташований у апікальній петлі шпильки завдовжки 26 нт, яку названо шпилькою DSE. Адекватність моделі підтверджено передбаченням вторинної структури обл...
Gespeichert in:
| Veröffentlicht in: | Доповіді НАН України |
|---|---|
| Datum: | 2011 |
| Hauptverfasser: | , , , , |
| Format: | Artikel |
| Sprache: | Russisch |
| Veröffentlicht: |
Видавничий дім "Академперіодика" НАН України
2011
|
| Schlagworte: | |
| Online Zugang: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/37392 |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Zitieren: | Вторичная структура основного поли(А)-сигнала про-мРНК вируса иммунодефицита человека / М.И. Зарудная, А.Л. Потягайло, В.В. Отенко, И.Н. Коломиец, Д.Н. Говорун // Доп. НАН України. — 2011. — № 4. — С. 170-176. — Бібліогр.: 10 назв. — рос. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1862680791153115136 |
|---|---|
| author | Зарудная, М.И. Потягайло, А.Л. Отенко, В.В. Коломиец, И.Н. Говорун, Д.Н. |
| author_facet | Зарудная, М.И. Потягайло, А.Л. Отенко, В.В. Коломиец, И.Н. Говорун, Д.Н. |
| citation_txt | Вторичная структура основного поли(А)-сигнала про-мРНК вируса иммунодефицита человека / М.И. Зарудная, А.Л. Потягайло, В.В. Отенко, И.Н. Коломиец, Д.Н. Говорун // Доп. НАН України. — 2011. — № 4. — С. 170-176. — Бібліогр.: 10 назв. — рос. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Доповіді НАН України |
| description | Вперше описано модель основного сигналу поліаденілування про-мРНК ВІЛ-1. Показано, що ''нижній'' елемент (DSE) полі(А)-сигналу розташований у апікальній петлі шпильки завдовжки 26 нт, яку названо шпилькою DSE. Адекватність моделі підтверджено передбаченням вторинної структури області, яка включає шпильки TAR, polyA та DSE, для 414 ізолятів ВІЛ-1 різних субтипів та рекомбінантних форм. Вперше наведено також моделі вторинної структури 3'-кінця 3'-нетрансльованої ділянки про-мРНК ВІЛ-1 для ізолятів різних субтипів. Висловлено припущення, що U5(U)-шпилька домену PBS поряд з участю у зворотній транскрипції геномної РНК ВІЛ-1 може також брати участь у процесі поліаденілування про-мРНК, забезпечуючи доступність DSE для білкового апарату поліаденілування під час транскрипції провірусної ДНК.
A model of core polyadenylation signal of HIV-1 pre-mRNA has been first presented. Downstream sequence element (DSE) of poly(A) signal has been shown to be located in the apical loop of 26 nt hairpin which we named DSE hairpin. The proposed model is supported by the secondary structure prediction of a genomic RNA region encompassing TAR, polyA and DSE hairpins for 414 HIV-1 isolates of different subtypes and recombinant forms. Models of the secondary structure of 3' end of HIV-1 pre-mRNA 3' untranslated region for isolates of different subtypes have been also first presented. U5(U) hairpin of PBS domain has been supposed to take part in the polyadenylation process alongside with participation in reverse transcription. This hairpin provides the DSE exposure to the protein polyadenylation machinery during the proviral DNA transcription.
|
| first_indexed | 2025-12-07T15:48:03Z |
| format | Article |
| fulltext | |
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-37392 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 1025-6415 |
| language | Russian |
| last_indexed | 2025-12-07T15:48:03Z |
| publishDate | 2011 |
| publisher | Видавничий дім "Академперіодика" НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Зарудная, М.И. Потягайло, А.Л. Отенко, В.В. Коломиец, И.Н. Говорун, Д.Н. 2012-10-09T18:10:55Z 2012-10-09T18:10:55Z 2011 Вторичная структура основного поли(А)-сигнала про-мРНК вируса иммунодефицита человека / М.И. Зарудная, А.Л. Потягайло, В.В. Отенко, И.Н. Коломиец, Д.Н. Говорун // Доп. НАН України. — 2011. — № 4. — С. 170-176. — Бібліогр.: 10 назв. — рос. 1025-6415 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/37392 577.21.5 Вперше описано модель основного сигналу поліаденілування про-мРНК ВІЛ-1. Показано, що ''нижній'' елемент (DSE) полі(А)-сигналу розташований у апікальній петлі шпильки завдовжки 26 нт, яку названо шпилькою DSE. Адекватність моделі підтверджено передбаченням вторинної структури області, яка включає шпильки TAR, polyA та DSE, для 414 ізолятів ВІЛ-1 різних субтипів та рекомбінантних форм. Вперше наведено також моделі вторинної структури 3'-кінця 3'-нетрансльованої ділянки про-мРНК ВІЛ-1 для ізолятів різних субтипів. Висловлено припущення, що U5(U)-шпилька домену PBS поряд з участю у зворотній транскрипції геномної РНК ВІЛ-1 може також брати участь у процесі поліаденілування про-мРНК, забезпечуючи доступність DSE для білкового апарату поліаденілування під час транскрипції провірусної ДНК. A model of core polyadenylation signal of HIV-1 pre-mRNA has been first presented. Downstream sequence element (DSE) of poly(A) signal has been shown to be located in the apical loop of 26 nt hairpin which we named DSE hairpin. The proposed model is supported by the secondary structure prediction of a genomic RNA region encompassing TAR, polyA and DSE hairpins for 414 HIV-1 isolates of different subtypes and recombinant forms. Models of the secondary structure of 3' end of HIV-1 pre-mRNA 3' untranslated region for isolates of different subtypes have been also first presented. U5(U) hairpin of PBS domain has been supposed to take part in the polyadenylation process alongside with participation in reverse transcription. This hairpin provides the DSE exposure to the protein polyadenylation machinery during the proviral DNA transcription. Исследование выполнено при частичной поддержке гранта Украинского научно-технологического центра (проект 4302). ru Видавничий дім "Академперіодика" НАН України Доповіді НАН України Біофізика Вторичная структура основного поли(А)-сигнала про-мРНК вируса иммунодефицита человека The secondary structure of сore poly(A) signal of human immunodeficiency virus pre-mRNA Article published earlier |
| spellingShingle | Вторичная структура основного поли(А)-сигнала про-мРНК вируса иммунодефицита человека Зарудная, М.И. Потягайло, А.Л. Отенко, В.В. Коломиец, И.Н. Говорун, Д.Н. Біофізика |
| title | Вторичная структура основного поли(А)-сигнала про-мРНК вируса иммунодефицита человека |
| title_alt | The secondary structure of сore poly(A) signal of human immunodeficiency virus pre-mRNA |
| title_full | Вторичная структура основного поли(А)-сигнала про-мРНК вируса иммунодефицита человека |
| title_fullStr | Вторичная структура основного поли(А)-сигнала про-мРНК вируса иммунодефицита человека |
| title_full_unstemmed | Вторичная структура основного поли(А)-сигнала про-мРНК вируса иммунодефицита человека |
| title_short | Вторичная структура основного поли(А)-сигнала про-мРНК вируса иммунодефицита человека |
| title_sort | вторичная структура основного поли(а)-сигнала про-мрнк вируса иммунодефицита человека |
| topic | Біофізика |
| topic_facet | Біофізика |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/37392 |
| work_keys_str_mv | AT zarudnaâmi vtoričnaâstrukturaosnovnogopoliasignalapromrnkvirusaimmunodeficitačeloveka AT potâgailoal vtoričnaâstrukturaosnovnogopoliasignalapromrnkvirusaimmunodeficitačeloveka AT otenkovv vtoričnaâstrukturaosnovnogopoliasignalapromrnkvirusaimmunodeficitačeloveka AT kolomiecin vtoričnaâstrukturaosnovnogopoliasignalapromrnkvirusaimmunodeficitačeloveka AT govorundn vtoričnaâstrukturaosnovnogopoliasignalapromrnkvirusaimmunodeficitačeloveka AT zarudnaâmi thesecondarystructureofsorepolyasignalofhumanimmunodeficiencyviruspremrna AT potâgailoal thesecondarystructureofsorepolyasignalofhumanimmunodeficiencyviruspremrna AT otenkovv thesecondarystructureofsorepolyasignalofhumanimmunodeficiencyviruspremrna AT kolomiecin thesecondarystructureofsorepolyasignalofhumanimmunodeficiencyviruspremrna AT govorundn thesecondarystructureofsorepolyasignalofhumanimmunodeficiencyviruspremrna |