Вторичная структура домена PBS вируса иммунодефицита человека субтипов B, C, D и F

Вторичная структура домена PBS вируса иммунодефицита человека субтипов B, C, D и F

Проведено філогенетичне дослідження вторинної структури домену PBS, який відповідає за ініціацію оберненої транскрипції, для 941 ізоляту ВІЛ-1 субтипів B, C, D і F. Показано, що PBS-сигнал, три додаткових сайти зв'язування з праймером, а також два дуплекси, що впізнаються оберненою транскриптаз...

Full description

Saved in:
Bibliographic Details
Published in:Доповіді НАН України
Date:2011
Main Authors: Коломиец, И.Н., Зарудная, М.И., Потягайло, А.Л., Говорун, Д.Н.
Format: Article
Language:Russian
Published: Видавничий дім "Академперіодика" НАН України 2011
Subjects:
Біофізика
Online Access:https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/37564
Tags: Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
Journal Title:Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Cite this:Вторичная структура домена PBS вируса иммунодефицита человека субтипов B, C, D и F / И.Н. Коломиец, М.И. Зарудная, А.Л. Потягайло, Д.Н. Говорун // Доп. НАН України. — 2011. — № 5. — С. 180-187. — Бібліогр.: 11 назв. — рос.

Institution

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
id nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-37564
record_format dspace
spelling Коломиец, И.Н.
Зарудная, М.И.
Потягайло, А.Л.
Говорун, Д.Н.
2012-10-17T14:58:35Z
2012-10-17T14:58:35Z
2011
Вторичная структура домена PBS вируса иммунодефицита человека субтипов B, C, D и F / И.Н. Коломиец, М.И. Зарудная, А.Л. Потягайло, Д.Н. Говорун // Доп. НАН України. — 2011. — № 5. — С. 180-187. — Бібліогр.: 11 назв. — рос.
1025-6415
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/37564
577.21.5
Проведено філогенетичне дослідження вторинної структури домену PBS, який відповідає за ініціацію оберненої транскрипції, для 941 ізоляту ВІЛ-1 субтипів B, C, D і F. Показано, що PBS-сигнал, три додаткових сайти зв'язування з праймером, а також два дуплекси, що впізнаються оберненою транскриптазою, висококонсервативні для більшості ізолятів досліджених субтипів. Вперше виявлено особливості структури PBS-частини, шпильки U5 та нижньої частини домену PBS для ізолятів кожного з досліджених субтипів. Показано зокрема, що шпилька, яка містить PBS-сигнал, має різну довжину (11–24 нт) і стабільність (4–10 ккал/моль), що зумовлено в основному мутаціями в положеннях 85 і 86. Також виявлено, що шпилька U5 має три основні форми, які відрізняються за структурою середньої частини шпильки та різним експонуванням додаткових сайтів зв'язування з праймером.
Phylogenetic analysis of the secondary structure of PBS domain directing the reverse transcription initiation has been conducted for 941 HIV-1 isolates of B, C, D, and F subtypes. PBS signal and three additional sites for tRNA(lys3) primer binding have been shown to be highly conserved among all subtypes studied, and two duplexes recognized by reverse transcriptase also appeared to be conserved in most isolates studied. The structural peculiarities of PBS part, U5-hairpin, and bottom part of PBS domain have been determined for each subtype studied. In particular, a hairpin with PBS signal was shown to be of different length (11–24 nt) and stability (4–10 kcal/mole) depending mainly on base changes at positions 85 and 86. U5-hairpin was found to have three main forms which differ in the structure of the middle part and in the exposure of additional sites for primer binding.
Исследование выполнено при частичной поддержке грантом Украинского научно-технологического центра (проект 4302).
ru
Видавничий дім "Академперіодика" НАН України
Доповіді НАН України
Біофізика
Вторичная структура домена PBS вируса иммунодефицита человека субтипов B, C, D и F
The secondary structure of PBS domain in human immunodeficiency virus of B, C, D, and F subtypes
Article
published earlier
institution Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection DSpace DC
title Вторичная структура домена PBS вируса иммунодефицита человека субтипов B, C, D и F
spellingShingle Вторичная структура домена PBS вируса иммунодефицита человека субтипов B, C, D и F
Коломиец, И.Н.
Зарудная, М.И.
Потягайло, А.Л.
Говорун, Д.Н.
Біофізика
title_short Вторичная структура домена PBS вируса иммунодефицита человека субтипов B, C, D и F
title_full Вторичная структура домена PBS вируса иммунодефицита человека субтипов B, C, D и F
title_fullStr Вторичная структура домена PBS вируса иммунодефицита человека субтипов B, C, D и F
title_full_unstemmed Вторичная структура домена PBS вируса иммунодефицита человека субтипов B, C, D и F
title_sort вторичная структура домена pbs вируса иммунодефицита человека субтипов b, c, d и f
author Коломиец, И.Н.
Зарудная, М.И.
Потягайло, А.Л.
Говорун, Д.Н.
author_facet Коломиец, И.Н.
Зарудная, М.И.
Потягайло, А.Л.
Говорун, Д.Н.
topic Біофізика
topic_facet Біофізика
publishDate 2011
language Russian
container_title Доповіді НАН України
publisher Видавничий дім "Академперіодика" НАН України
format Article
title_alt The secondary structure of PBS domain in human immunodeficiency virus of B, C, D, and F subtypes
description Проведено філогенетичне дослідження вторинної структури домену PBS, який відповідає за ініціацію оберненої транскрипції, для 941 ізоляту ВІЛ-1 субтипів B, C, D і F. Показано, що PBS-сигнал, три додаткових сайти зв'язування з праймером, а також два дуплекси, що впізнаються оберненою транскриптазою, висококонсервативні для більшості ізолятів досліджених субтипів. Вперше виявлено особливості структури PBS-частини, шпильки U5 та нижньої частини домену PBS для ізолятів кожного з досліджених субтипів. Показано зокрема, що шпилька, яка містить PBS-сигнал, має різну довжину (11–24 нт) і стабільність (4–10 ккал/моль), що зумовлено в основному мутаціями в положеннях 85 і 86. Також виявлено, що шпилька U5 має три основні форми, які відрізняються за структурою середньої частини шпильки та різним експонуванням додаткових сайтів зв'язування з праймером. Phylogenetic analysis of the secondary structure of PBS domain directing the reverse transcription initiation has been conducted for 941 HIV-1 isolates of B, C, D, and F subtypes. PBS signal and three additional sites for tRNA(lys3) primer binding have been shown to be highly conserved among all subtypes studied, and two duplexes recognized by reverse transcriptase also appeared to be conserved in most isolates studied. The structural peculiarities of PBS part, U5-hairpin, and bottom part of PBS domain have been determined for each subtype studied. In particular, a hairpin with PBS signal was shown to be of different length (11–24 nt) and stability (4–10 kcal/mole) depending mainly on base changes at positions 85 and 86. U5-hairpin was found to have three main forms which differ in the structure of the middle part and in the exposure of additional sites for primer binding.
issn 1025-6415
url https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/37564
fulltext
citation_txt Вторичная структура домена PBS вируса иммунодефицита человека субтипов B, C, D и F / И.Н. Коломиец, М.И. Зарудная, А.Л. Потягайло, Д.Н. Говорун // Доп. НАН України. — 2011. — № 5. — С. 180-187. — Бібліогр.: 11 назв. — рос.
work_keys_str_mv AT kolomiecin vtoričnaâstrukturadomenapbsvirusaimmunodeficitačelovekasubtipovbcdif
AT zarudnaâmi vtoričnaâstrukturadomenapbsvirusaimmunodeficitačelovekasubtipovbcdif
AT potâgailoal vtoričnaâstrukturadomenapbsvirusaimmunodeficitačelovekasubtipovbcdif
AT govorundn vtoričnaâstrukturadomenapbsvirusaimmunodeficitačelovekasubtipovbcdif
AT kolomiecin thesecondarystructureofpbsdomaininhumanimmunodeficiencyvirusofbcdandfsubtypes
AT zarudnaâmi thesecondarystructureofpbsdomaininhumanimmunodeficiencyvirusofbcdandfsubtypes
AT potâgailoal thesecondarystructureofpbsdomaininhumanimmunodeficiencyvirusofbcdandfsubtypes
AT govorundn thesecondarystructureofpbsdomaininhumanimmunodeficiencyvirusofbcdandfsubtypes
first_indexed 2025-11-24T05:28:29Z
last_indexed 2025-11-24T05:28:29Z
_version_ 1850841861584846848

Similar Items