Вторичная структура домена PBS вируса иммунодефицита человека субтипов B, C, D и F
Проведено філогенетичне дослідження вторинної структури домену PBS, який відповідає за ініціацію оберненої транскрипції, для 941 ізоляту ВІЛ-1 субтипів B, C, D і F. Показано, що PBS-сигнал, три додаткових сайти зв'язування з праймером, а також два дуплекси, що впізнаються оберненою транскриптаз...
Збережено в:
| Опубліковано в: : | Доповіді НАН України |
|---|---|
| Дата: | 2011 |
| Автори: | , , , |
| Формат: | Стаття |
| Мова: | Російська |
| Опубліковано: |
Видавничий дім "Академперіодика" НАН України
2011
|
| Теми: | |
| Онлайн доступ: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/37564 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Цитувати: | Вторичная структура домена PBS вируса иммунодефицита человека субтипов B, C, D и F / И.Н. Коломиец, М.И. Зарудная, А.Л. Потягайло, Д.Н. Говорун // Доп. НАН України. — 2011. — № 5. — С. 180-187. — Бібліогр.: 11 назв. — рос. |
Репозитарії
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1862532137445490688 |
|---|---|
| author | Коломиец, И.Н. Зарудная, М.И. Потягайло, А.Л. Говорун, Д.Н. |
| author_facet | Коломиец, И.Н. Зарудная, М.И. Потягайло, А.Л. Говорун, Д.Н. |
| citation_txt | Вторичная структура домена PBS вируса иммунодефицита человека субтипов B, C, D и F / И.Н. Коломиец, М.И. Зарудная, А.Л. Потягайло, Д.Н. Говорун // Доп. НАН України. — 2011. — № 5. — С. 180-187. — Бібліогр.: 11 назв. — рос. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Доповіді НАН України |
| description | Проведено філогенетичне дослідження вторинної структури домену PBS, який відповідає за ініціацію оберненої транскрипції, для 941 ізоляту ВІЛ-1 субтипів B, C, D і F. Показано, що PBS-сигнал, три додаткових сайти зв'язування з праймером, а також два дуплекси, що впізнаються оберненою транскриптазою, висококонсервативні для більшості ізолятів досліджених субтипів. Вперше виявлено особливості структури PBS-частини, шпильки U5 та нижньої частини домену PBS для ізолятів кожного з досліджених субтипів. Показано зокрема, що шпилька, яка містить PBS-сигнал, має різну довжину (11–24 нт) і стабільність (4–10 ккал/моль), що зумовлено в основному мутаціями в положеннях 85 і 86. Також виявлено, що шпилька U5 має три основні форми, які відрізняються за структурою середньої частини шпильки та різним експонуванням додаткових сайтів зв'язування з праймером.
Phylogenetic analysis of the secondary structure of PBS domain directing the reverse transcription initiation has been conducted for 941 HIV-1 isolates of B, C, D, and F subtypes. PBS signal and three additional sites for tRNA(lys3) primer binding have been shown to be highly conserved among all subtypes studied, and two duplexes recognized by reverse transcriptase also appeared to be conserved in most isolates studied. The structural peculiarities of PBS part, U5-hairpin, and bottom part of PBS domain have been determined for each subtype studied. In particular, a hairpin with PBS signal was shown to be of different length (11–24 nt) and stability (4–10 kcal/mole) depending mainly on base changes at positions 85 and 86. U5-hairpin was found to have three main forms which differ in the structure of the middle part and in the exposure of additional sites for primer binding.
|
| first_indexed | 2025-11-24T05:28:29Z |
| format | Article |
| fulltext | |
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-37564 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 1025-6415 |
| language | Russian |
| last_indexed | 2025-11-24T05:28:29Z |
| publishDate | 2011 |
| publisher | Видавничий дім "Академперіодика" НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Коломиец, И.Н. Зарудная, М.И. Потягайло, А.Л. Говорун, Д.Н. 2012-10-17T14:58:35Z 2012-10-17T14:58:35Z 2011 Вторичная структура домена PBS вируса иммунодефицита человека субтипов B, C, D и F / И.Н. Коломиец, М.И. Зарудная, А.Л. Потягайло, Д.Н. Говорун // Доп. НАН України. — 2011. — № 5. — С. 180-187. — Бібліогр.: 11 назв. — рос. 1025-6415 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/37564 577.21.5 Проведено філогенетичне дослідження вторинної структури домену PBS, який відповідає за ініціацію оберненої транскрипції, для 941 ізоляту ВІЛ-1 субтипів B, C, D і F. Показано, що PBS-сигнал, три додаткових сайти зв'язування з праймером, а також два дуплекси, що впізнаються оберненою транскриптазою, висококонсервативні для більшості ізолятів досліджених субтипів. Вперше виявлено особливості структури PBS-частини, шпильки U5 та нижньої частини домену PBS для ізолятів кожного з досліджених субтипів. Показано зокрема, що шпилька, яка містить PBS-сигнал, має різну довжину (11–24 нт) і стабільність (4–10 ккал/моль), що зумовлено в основному мутаціями в положеннях 85 і 86. Також виявлено, що шпилька U5 має три основні форми, які відрізняються за структурою середньої частини шпильки та різним експонуванням додаткових сайтів зв'язування з праймером. Phylogenetic analysis of the secondary structure of PBS domain directing the reverse transcription initiation has been conducted for 941 HIV-1 isolates of B, C, D, and F subtypes. PBS signal and three additional sites for tRNA(lys3) primer binding have been shown to be highly conserved among all subtypes studied, and two duplexes recognized by reverse transcriptase also appeared to be conserved in most isolates studied. The structural peculiarities of PBS part, U5-hairpin, and bottom part of PBS domain have been determined for each subtype studied. In particular, a hairpin with PBS signal was shown to be of different length (11–24 nt) and stability (4–10 kcal/mole) depending mainly on base changes at positions 85 and 86. U5-hairpin was found to have three main forms which differ in the structure of the middle part and in the exposure of additional sites for primer binding. Исследование выполнено при частичной поддержке грантом Украинского научно-технологического центра (проект 4302). ru Видавничий дім "Академперіодика" НАН України Доповіді НАН України Біофізика Вторичная структура домена PBS вируса иммунодефицита человека субтипов B, C, D и F The secondary structure of PBS domain in human immunodeficiency virus of B, C, D, and F subtypes Article published earlier |
| spellingShingle | Вторичная структура домена PBS вируса иммунодефицита человека субтипов B, C, D и F Коломиец, И.Н. Зарудная, М.И. Потягайло, А.Л. Говорун, Д.Н. Біофізика |
| title | Вторичная структура домена PBS вируса иммунодефицита человека субтипов B, C, D и F |
| title_alt | The secondary structure of PBS domain in human immunodeficiency virus of B, C, D, and F subtypes |
| title_full | Вторичная структура домена PBS вируса иммунодефицита человека субтипов B, C, D и F |
| title_fullStr | Вторичная структура домена PBS вируса иммунодефицита человека субтипов B, C, D и F |
| title_full_unstemmed | Вторичная структура домена PBS вируса иммунодефицита человека субтипов B, C, D и F |
| title_short | Вторичная структура домена PBS вируса иммунодефицита человека субтипов B, C, D и F |
| title_sort | вторичная структура домена pbs вируса иммунодефицита человека субтипов b, c, d и f |
| topic | Біофізика |
| topic_facet | Біофізика |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/37564 |
| work_keys_str_mv | AT kolomiecin vtoričnaâstrukturadomenapbsvirusaimmunodeficitačelovekasubtipovbcdif AT zarudnaâmi vtoričnaâstrukturadomenapbsvirusaimmunodeficitačelovekasubtipovbcdif AT potâgailoal vtoričnaâstrukturadomenapbsvirusaimmunodeficitačelovekasubtipovbcdif AT govorundn vtoričnaâstrukturadomenapbsvirusaimmunodeficitačelovekasubtipovbcdif AT kolomiecin thesecondarystructureofpbsdomaininhumanimmunodeficiencyvirusofbcdandfsubtypes AT zarudnaâmi thesecondarystructureofpbsdomaininhumanimmunodeficiencyvirusofbcdandfsubtypes AT potâgailoal thesecondarystructureofpbsdomaininhumanimmunodeficiencyvirusofbcdandfsubtypes AT govorundn thesecondarystructureofpbsdomaininhumanimmunodeficiencyvirusofbcdandfsubtypes |