Конформаційний аналіз низькомолекулярної моделі цукрово-фосфатного кістяка натрієвої ДНК
Вперше квантово-механічним методом на рівні теорії MP2/6-311++G(2df,pd)//DFT B3LYP/6-31G(d,p) проведено повний конформаційний аналіз низькомолекулярної натрієвої сполуки, що моделює електронейтральний цукрово-фосфатний кістяк ДНК. Встановлено, що з усіх 8959 можливих конформерів лише 51 є твірними ц...
Gespeichert in:
| Veröffentlicht in: | Доповіді НАН України |
|---|---|
| Datum: | 2011 |
| Hauptverfasser: | , , , |
| Format: | Artikel |
| Sprache: | Ukrainian |
| Veröffentlicht: |
Видавничий дім "Академперіодика" НАН України
2011
|
| Schlagworte: | |
| Online Zugang: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/38152 |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Zitieren: | Конформаційний аналіз низькомолекулярної моделі цукрово-фосфатного кістяка натрієвої ДНК / І.С. Войтешенко, Р.О. Жураківський, Л.А. Булавін, Д.М. Говорун // Доп. НАН України. — 2011. — № 7. — С. 173-180. — Бібліогр.: 14 назв. — укр. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| id |
nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-38152 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
Войтешенко, І.С. Жураківський, Р.О. Булавін, Л.А. Говорун, Д.М. 2012-10-31T13:58:22Z 2012-10-31T13:58:22Z 2011 Конформаційний аналіз низькомолекулярної моделі цукрово-фосфатного кістяка натрієвої ДНК / І.С. Войтешенко, Р.О. Жураківський, Л.А. Булавін, Д.М. Говорун // Доп. НАН України. — 2011. — № 7. — С. 173-180. — Бібліогр.: 14 назв. — укр. 1025-6415 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/38152 577.32 Вперше квантово-механічним методом на рівні теорії MP2/6-311++G(2df,pd)//DFT B3LYP/6-31G(d,p) проведено повний конформаційний аналіз низькомолекулярної натрієвої сполуки, що моделює електронейтральний цукрово-фосфатний кістяк ДНК. Встановлено, що з усіх 8959 можливих конформерів лише 51 є твірними цукрово-фосфатного кістяка A-подібних форм ДНК. Не виявлено модельних A-подібних форм ДНК з нативними значеннями всіх торсійних кутів. Зафіксовано 53 твірних конформери цукрово-фосфатного кістяка B-подібних форм ДНК, шість з яких мають ідентичний до природних набір номенклатурних торсійних кутів α, β, γ, δ, ε та ζ. Виявлено 426 твірних конформерів цукрово-фосфатного кістяка P-подібних форм ДНК з цукрами C2'-endo та C3'-endo. Решта 509 сполук мають широкий спектр конформацій цукрів, найчисленнішими серед яких є C1'-exo та C4'-endo. Отримані результати узгоджуються з попередніми дослідженнями модельного біцукрового залишку, в яких фосфатна група нейтралізована протоном, та розширюють існуючі уявлення про конформаційну будову та мінливість макромолекули ДНК. The complete conformational analysis of a low-molecular sodium compound which simulates the electroneutral sugar-phosphatic frame of DNA by a quantum|=|mechanical method at MP2/6-311++G(2df,pd)//DFT B3LYP/6-31G(d,p) level of theory is first performed. It is shown that only 51 from all 8959 possible conformers are formative for sugar-phosphatic frame of A-like DNA forms, among which there are no modeled A-like DNA forms with native values of all torsion angles. 53 formative conformers of sugar-phosphatic frame of B-like DNA forms are detected, 6 of them having a set of nomenclatural torsion angles α, β, γ, δ, ε, and ζ which are identical to natural ones. 426 formative conformers of sugar-phosphatic frame of P-like DNA forms with C2'-endo and C3'-endo sugars are determined. Other 509 compounds have a wide spectrum of sugar's conformations, the most numerous ones are C1'-exo and C4'-endo. The obtained results are in good agreement with our previous investigation of a modeled bisugar residue with proton neutralized phosphate group. In our opinion, these results broaden the conception of the structure and the conformational changeability of a DNA macromolecule. uk Видавничий дім "Академперіодика" НАН України Доповіді НАН України Біофізика Конформаційний аналіз низькомолекулярної моделі цукрово-фосфатного кістяка натрієвої ДНК Conformational analysis of a low-molecular model of sugar-phosphatic DNA sodium chain Article published earlier |
| institution |
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| collection |
DSpace DC |
| title |
Конформаційний аналіз низькомолекулярної моделі цукрово-фосфатного кістяка натрієвої ДНК |
| spellingShingle |
Конформаційний аналіз низькомолекулярної моделі цукрово-фосфатного кістяка натрієвої ДНК Войтешенко, І.С. Жураківський, Р.О. Булавін, Л.А. Говорун, Д.М. Біофізика |
| title_short |
Конформаційний аналіз низькомолекулярної моделі цукрово-фосфатного кістяка натрієвої ДНК |
| title_full |
Конформаційний аналіз низькомолекулярної моделі цукрово-фосфатного кістяка натрієвої ДНК |
| title_fullStr |
Конформаційний аналіз низькомолекулярної моделі цукрово-фосфатного кістяка натрієвої ДНК |
| title_full_unstemmed |
Конформаційний аналіз низькомолекулярної моделі цукрово-фосфатного кістяка натрієвої ДНК |
| title_sort |
конформаційний аналіз низькомолекулярної моделі цукрово-фосфатного кістяка натрієвої днк |
| author |
Войтешенко, І.С. Жураківський, Р.О. Булавін, Л.А. Говорун, Д.М. |
| author_facet |
Войтешенко, І.С. Жураківський, Р.О. Булавін, Л.А. Говорун, Д.М. |
| topic |
Біофізика |
| topic_facet |
Біофізика |
| publishDate |
2011 |
| language |
Ukrainian |
| container_title |
Доповіді НАН України |
| publisher |
Видавничий дім "Академперіодика" НАН України |
| format |
Article |
| title_alt |
Conformational analysis of a low-molecular model of sugar-phosphatic DNA sodium chain |
| description |
Вперше квантово-механічним методом на рівні теорії MP2/6-311++G(2df,pd)//DFT B3LYP/6-31G(d,p) проведено повний конформаційний аналіз низькомолекулярної натрієвої сполуки, що моделює електронейтральний цукрово-фосфатний кістяк ДНК. Встановлено, що з усіх 8959 можливих конформерів лише 51 є твірними цукрово-фосфатного кістяка A-подібних форм ДНК. Не виявлено модельних A-подібних форм ДНК з нативними значеннями всіх торсійних кутів. Зафіксовано 53 твірних конформери цукрово-фосфатного кістяка B-подібних форм ДНК, шість з яких мають ідентичний до природних набір номенклатурних торсійних кутів α, β, γ, δ, ε та ζ. Виявлено 426 твірних конформерів цукрово-фосфатного кістяка P-подібних форм ДНК з цукрами C2'-endo та C3'-endo. Решта 509 сполук мають широкий спектр конформацій цукрів, найчисленнішими серед яких є C1'-exo та C4'-endo. Отримані результати узгоджуються з попередніми дослідженнями модельного біцукрового залишку, в яких фосфатна група нейтралізована протоном, та розширюють існуючі уявлення про конформаційну будову та мінливість макромолекули ДНК.
The complete conformational analysis of a low-molecular sodium compound which simulates the electroneutral sugar-phosphatic frame of DNA by a quantum|=|mechanical method at MP2/6-311++G(2df,pd)//DFT B3LYP/6-31G(d,p) level of theory is first performed. It is shown that only 51 from all 8959 possible conformers are formative for sugar-phosphatic frame of A-like DNA forms, among which there are no modeled A-like DNA forms with native values of all torsion angles. 53 formative conformers of sugar-phosphatic frame of B-like DNA forms are detected, 6 of them having a set of nomenclatural torsion angles α, β, γ, δ, ε, and ζ which are identical to natural ones. 426 formative conformers of sugar-phosphatic frame of P-like DNA forms with C2'-endo and C3'-endo sugars are determined. Other 509 compounds have a wide spectrum of sugar's conformations, the most numerous ones are C1'-exo and C4'-endo. The obtained results are in good agreement with our previous investigation of a modeled bisugar residue with proton neutralized phosphate group. In our opinion, these results broaden the conception of the structure and the conformational changeability of a DNA macromolecule.
|
| issn |
1025-6415 |
| url |
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/38152 |
| citation_txt |
Конформаційний аналіз низькомолекулярної моделі цукрово-фосфатного кістяка натрієвої ДНК / І.С. Войтешенко, Р.О. Жураківський, Л.А. Булавін, Д.М. Говорун // Доп. НАН України. — 2011. — № 7. — С. 173-180. — Бібліогр.: 14 назв. — укр. |
| work_keys_str_mv |
AT voitešenkoís konformacíiniianalíznizʹkomolekulârnoímodelícukrovofosfatnogokístâkanatríêvoídnk AT žurakívsʹkiiro konformacíiniianalíznizʹkomolekulârnoímodelícukrovofosfatnogokístâkanatríêvoídnk AT bulavínla konformacíiniianalíznizʹkomolekulârnoímodelícukrovofosfatnogokístâkanatríêvoídnk AT govorundm konformacíiniianalíznizʹkomolekulârnoímodelícukrovofosfatnogokístâkanatríêvoídnk AT voitešenkoís conformationalanalysisofalowmolecularmodelofsugarphosphaticdnasodiumchain AT žurakívsʹkiiro conformationalanalysisofalowmolecularmodelofsugarphosphaticdnasodiumchain AT bulavínla conformationalanalysisofalowmolecularmodelofsugarphosphaticdnasodiumchain AT govorundm conformationalanalysisofalowmolecularmodelofsugarphosphaticdnasodiumchain |
| first_indexed |
2025-12-07T13:36:53Z |
| last_indexed |
2025-12-07T13:36:53Z |
| _version_ |
1850856821443526656 |