Динамічне формування β-тяжової структури в активному центрі тирозил-тРНК синтетази еубактерії Mycobacterium tuberculosis за даними молекулярної динаміки

Динамічне формування β-тяжової структури в активному центрі тирозил-тРНК синтетази еубактерії Mycobacterium tuberculosis за даними молекулярної динаміки

Тирозил-тРНК синтетаза еубактерії Mycobacterium tuberculosis (MtTyrRS) є перспективною мішенню для розробки селективних інгібіторів, які можуть стати новими лікарськими препаратами проти туберкульозу. З метою вивчення конформаційної рухливості активного центру MtTyrRS проведено моделювання молекуляр...

Ausführliche Beschreibung

Gespeichert in:
Bibliographische Detailangaben
Veröffentlicht in:Доповіді НАН України
Datum:2012
Hauptverfasser: Микуляк, В.В., Корнелюк, О.І.
Format: Artikel
Sprache:Ukrainian
Veröffentlicht: Видавничий дім "Академперіодика" НАН України 2012
Schlagworte:
Біологія
Online Zugang:https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/49797
Tags: Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
Назва журналу:Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Zitieren:Динамічне формування β-тяжової структури в активному центрі тирозил-тРНК синтетази еубактерії Mycobacterium tuberculosis за даними молекулярної динаміки / В.В. Микуляк, О.І. Корнелюк // Доп. НАН України. — 2012. — № 5. — С. 158-162. — Бібліогр.: 15 назв. — укр.

Institution

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
id nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-49797
record_format dspace
spelling Микуляк, В.В.
Корнелюк, О.І.
2013-09-28T01:12:26Z
2013-09-28T01:12:26Z
2012
Динамічне формування β-тяжової структури в активному центрі тирозил-тРНК синтетази еубактерії Mycobacterium tuberculosis за даними молекулярної динаміки / В.В. Микуляк, О.І. Корнелюк // Доп. НАН України. — 2012. — № 5. — С. 158-162. — Бібліогр.: 15 назв. — укр.
1025-6415
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/49797
577.152.6
Тирозил-тРНК синтетаза еубактерії Mycobacterium tuberculosis (MtTyrRS) є перспективною мішенню для розробки селективних інгібіторів, які можуть стати новими лікарськими препаратами проти туберкульозу. З метою вивчення конформаційної рухливості активного центру MtTyrRS проведено моделювання молекулярної динаміки (МД) димеру ферменту в часовому інтервалі 45 нс. Встановлено, що в процесі динаміки в неструктурованій каталітичній петлі MtTyrRS відбувається динамічне формування двох антипаралельних β-тяжів, перший з яких містить амінокислотні залишки Lys234 і Ser235 універсального каталітичного KMSKS-подібного мотиву АРСаз I класу (KFGKS у MtTyrRS). Стабілізована конформація каталітичної петлі MtTyrRS може відіграти важливу роль у зв'язуванні субстратів з активним центром та наступній стабілізації перехідного стану реакції аміноацилювання тРНК^Tyr. Цей висновок підтверджується наявністю подібної β-шпильки в кристалографічній структурі комплексу гомологічної TyrRS Escherichia coli з аналогом тирозиладенілату — проміжного продукту реакції аміноацилювання тРНК^Tyr.
Тирозил-тРНК синтетаза эубактерии M. tuberculosis (MtTyrRS) является перспективной мишенью для разработки селективных ингибиторов, которые могут стать новыми лекарственными препаратами против туберкулеза. С целью изучения конформационной подвижности активного центра MtTyrRS проведено моделирование молекулярной динамики (МД) димера фермента во временном интервале 45 нс. Установлено, что в процессе динамики в неструктурированной каталитической петле MtTyrRS происходит динамическое формирование двух антипараллельных β-тяжей, первый из которых содержит аминокислотные остатки Lys234 и Ser235 универсального каталитического KMSKS-подобного мотива АРСаз I класса (KFGKS в MtTyrRS). Стабилизирована конформация каталитической петли MtTyrRS может играть важную роль в связывании субстратов с активным центром и последующей стабилизации переходного состояния реакции аминоацилирования тРНК^Tyr. Этот вывод подтверждается наличием подобной β-шпильки в кристаллографической структуре комплекса гомологичной TyrRS Escherichia coli с аналогом тирозиладенилата — промежуточного продукта реакции аминоацилирования тРНК^Tyr.
Tyrosyl-tRNA synthetase from M. tuberculosis (MtTyrRS) is a promising target for the development of novel selective inhibitors as new antituberculosis drugs. In order to study the conformational mobility of the MtTyrRS active center, we performed molecular dynamics (MD) simulation of a dimer of the enzyme in a time interval of 45 ns. It is found that two antiparallel β-strands are formed in the unstructured catalytic KMSKS loop in the course of dynamics. The first of them contains Lys234 and Ser235 amino acid residuals of universal catalytic KMSKS (KFGKS for MtTyrRS) motif of aaRS of class I. The stabilized conformation of the MtTyrRS catalytic loop can play an important role in the binding of substrates with active center and in the subsequent stabilization of the intermediate stage of the tRNA^Tyr aminoacylation reaction. This conclusion is supported by existing the similar β-strand in the crystallographic structure of the complex of homologous TyrRS Escherichia coli with an analog of tyrosyl-adenylate (intermediate product of tRNA^Tyr aminoacylation reaction).
Робота пiдтримана грантом № 15/2011 Державної цiльової науково-технiчної програми впровадження i застосування грiд-технологiй на 2009–2013 роки.
uk
Видавничий дім "Академперіодика" НАН України
Доповіді НАН України
Біологія
Динамічне формування β-тяжової структури в активному центрі тирозил-тРНК синтетази еубактерії Mycobacterium tuberculosis за даними молекулярної динаміки
Динамическое формирование β-тяжевой структуры в активном центре тирозил-тРНК синтетазы эубактерии Mycobacterium tuberculosis по данным молекулярной динамики
Dynamic formation of the β-strand structure in the active site of tyrosyl-tRNA synthetase from Mycobacterium tuberculosis eubacteria according to the molecular dynamics
Article
published earlier
institution Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection DSpace DC
title Динамічне формування β-тяжової структури в активному центрі тирозил-тРНК синтетази еубактерії Mycobacterium tuberculosis за даними молекулярної динаміки
spellingShingle Динамічне формування β-тяжової структури в активному центрі тирозил-тРНК синтетази еубактерії Mycobacterium tuberculosis за даними молекулярної динаміки
Микуляк, В.В.
Корнелюк, О.І.
Біологія
title_short Динамічне формування β-тяжової структури в активному центрі тирозил-тРНК синтетази еубактерії Mycobacterium tuberculosis за даними молекулярної динаміки
title_full Динамічне формування β-тяжової структури в активному центрі тирозил-тРНК синтетази еубактерії Mycobacterium tuberculosis за даними молекулярної динаміки
title_fullStr Динамічне формування β-тяжової структури в активному центрі тирозил-тРНК синтетази еубактерії Mycobacterium tuberculosis за даними молекулярної динаміки
title_full_unstemmed Динамічне формування β-тяжової структури в активному центрі тирозил-тРНК синтетази еубактерії Mycobacterium tuberculosis за даними молекулярної динаміки
title_sort динамічне формування β-тяжової структури в активному центрі тирозил-трнк синтетази еубактерії mycobacterium tuberculosis за даними молекулярної динаміки
author Микуляк, В.В.
Корнелюк, О.І.
author_facet Микуляк, В.В.
Корнелюк, О.І.
topic Біологія
topic_facet Біологія
publishDate 2012
language Ukrainian
container_title Доповіді НАН України
publisher Видавничий дім "Академперіодика" НАН України
format Article
title_alt Динамическое формирование β-тяжевой структуры в активном центре тирозил-тРНК синтетазы эубактерии Mycobacterium tuberculosis по данным молекулярной динамики
Dynamic formation of the β-strand structure in the active site of tyrosyl-tRNA synthetase from Mycobacterium tuberculosis eubacteria according to the molecular dynamics
description Тирозил-тРНК синтетаза еубактерії Mycobacterium tuberculosis (MtTyrRS) є перспективною мішенню для розробки селективних інгібіторів, які можуть стати новими лікарськими препаратами проти туберкульозу. З метою вивчення конформаційної рухливості активного центру MtTyrRS проведено моделювання молекулярної динаміки (МД) димеру ферменту в часовому інтервалі 45 нс. Встановлено, що в процесі динаміки в неструктурованій каталітичній петлі MtTyrRS відбувається динамічне формування двох антипаралельних β-тяжів, перший з яких містить амінокислотні залишки Lys234 і Ser235 універсального каталітичного KMSKS-подібного мотиву АРСаз I класу (KFGKS у MtTyrRS). Стабілізована конформація каталітичної петлі MtTyrRS може відіграти важливу роль у зв'язуванні субстратів з активним центром та наступній стабілізації перехідного стану реакції аміноацилювання тРНК^Tyr. Цей висновок підтверджується наявністю подібної β-шпильки в кристалографічній структурі комплексу гомологічної TyrRS Escherichia coli з аналогом тирозиладенілату — проміжного продукту реакції аміноацилювання тРНК^Tyr. Тирозил-тРНК синтетаза эубактерии M. tuberculosis (MtTyrRS) является перспективной мишенью для разработки селективных ингибиторов, которые могут стать новыми лекарственными препаратами против туберкулеза. С целью изучения конформационной подвижности активного центра MtTyrRS проведено моделирование молекулярной динамики (МД) димера фермента во временном интервале 45 нс. Установлено, что в процессе динамики в неструктурированной каталитической петле MtTyrRS происходит динамическое формирование двух антипараллельных β-тяжей, первый из которых содержит аминокислотные остатки Lys234 и Ser235 универсального каталитического KMSKS-подобного мотива АРСаз I класса (KFGKS в MtTyrRS). Стабилизирована конформация каталитической петли MtTyrRS может играть важную роль в связывании субстратов с активным центром и последующей стабилизации переходного состояния реакции аминоацилирования тРНК^Tyr. Этот вывод подтверждается наличием подобной β-шпильки в кристаллографической структуре комплекса гомологичной TyrRS Escherichia coli с аналогом тирозиладенилата — промежуточного продукта реакции аминоацилирования тРНК^Tyr. Tyrosyl-tRNA synthetase from M. tuberculosis (MtTyrRS) is a promising target for the development of novel selective inhibitors as new antituberculosis drugs. In order to study the conformational mobility of the MtTyrRS active center, we performed molecular dynamics (MD) simulation of a dimer of the enzyme in a time interval of 45 ns. It is found that two antiparallel β-strands are formed in the unstructured catalytic KMSKS loop in the course of dynamics. The first of them contains Lys234 and Ser235 amino acid residuals of universal catalytic KMSKS (KFGKS for MtTyrRS) motif of aaRS of class I. The stabilized conformation of the MtTyrRS catalytic loop can play an important role in the binding of substrates with active center and in the subsequent stabilization of the intermediate stage of the tRNA^Tyr aminoacylation reaction. This conclusion is supported by existing the similar β-strand in the crystallographic structure of the complex of homologous TyrRS Escherichia coli with an analog of tyrosyl-adenylate (intermediate product of tRNA^Tyr aminoacylation reaction).
issn 1025-6415
url https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/49797
citation_txt Динамічне формування β-тяжової структури в активному центрі тирозил-тРНК синтетази еубактерії Mycobacterium tuberculosis за даними молекулярної динаміки / В.В. Микуляк, О.І. Корнелюк // Доп. НАН України. — 2012. — № 5. — С. 158-162. — Бібліогр.: 15 назв. — укр.
work_keys_str_mv AT mikulâkvv dinamíčneformuvannâβtâžovoístrukturivaktivnomucentrítiroziltrnksintetazieubakteríímycobacteriumtuberculosiszadanimimolekulârnoídinamíki
AT kornelûkoí dinamíčneformuvannâβtâžovoístrukturivaktivnomucentrítiroziltrnksintetazieubakteríímycobacteriumtuberculosiszadanimimolekulârnoídinamíki
AT mikulâkvv dinamičeskoeformirovanieβtâževoistrukturyvaktivnomcentretiroziltrnksintetazyéubakteriimycobacteriumtuberculosispodannymmolekulârnoidinamiki
AT kornelûkoí dinamičeskoeformirovanieβtâževoistrukturyvaktivnomcentretiroziltrnksintetazyéubakteriimycobacteriumtuberculosispodannymmolekulârnoidinamiki
AT mikulâkvv dynamicformationoftheβstrandstructureintheactivesiteoftyrosyltrnasynthetasefrommycobacteriumtuberculosiseubacteriaaccordingtothemoleculardynamics
AT kornelûkoí dynamicformationoftheβstrandstructureintheactivesiteoftyrosyltrnasynthetasefrommycobacteriumtuberculosiseubacteriaaccordingtothemoleculardynamics
first_indexed 2025-12-07T20:50:07Z
last_indexed 2025-12-07T20:50:07Z
_version_ 1850884077342687232

Ähnliche Einträge