Гидрофобный вклад в свободную энергию комплексообразования ароматических лигандов с ДНК
Рассчитана гидрофобная составляющая энергии комплексообразования двуспиральной ДНК с биологически активными ароматическими соединениями с использованием двух полуэмпирических методик – корреляций гидрофобной энергии с изменениями теплоемкости (ΔСр) и площади поверхности, доступной для растворителя (...
Saved in:
| Date: | 2009 |
|---|---|
| Main Authors: | , , , |
| Format: | Article |
| Language: | Russian |
| Published: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2009
|
| Subjects: | |
| Online Access: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/5645 |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| Journal Title: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Cite this: | Гидрофобный вклад в свободную энергию комплексообразования ароматических лигандов с ДНК / В.В. Костюков, Н.М. Хомутова, А.О. Лантушенко, М.П. Евстигнеев // Біополімери і клітина. — 2009. — Т. 25, № 2. — С. 133-141. — Бібліогр.: 40 назв. — рос. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| id |
nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-5645 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
Костюков, В.В. Хомутова, Н.М. Лантушенко, А.О. Евстигнеев, М.П. 2010-02-01T14:15:54Z 2010-02-01T14:15:54Z 2009 Гидрофобный вклад в свободную энергию комплексообразования ароматических лигандов с ДНК / В.В. Костюков, Н.М. Хомутова, А.О. Лантушенко, М.П. Евстигнеев // Біополімери і клітина. — 2009. — Т. 25, № 2. — С. 133-141. — Бібліогр.: 40 назв. — рос. 0233-7657 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/5645 577.113:577.32 Рассчитана гидрофобная составляющая энергии комплексообразования двуспиральной ДНК с биологически активными ароматическими соединениями с использованием двух полуэмпирических методик – корреляций гидрофобной энергии с изменениями теплоемкости (ΔСр) и площади поверхности, доступной для растворителя (SASA). Вычислены площади данных поверхностей для свободных лигандов и олигомеров ДНК, раскрученных дуплексов ДНК и комплексов ДНК–Лиганд. Найдены изменения полярной и не полярной площадей по верхностей молекул, доступных для растворителя, присвязывании лигандов с ДНК. Рассчитаны гидрофобные вклады на обоих этапах комплексообразования. Показано, что расчет гидрофобной энергии по методу SASA является более корректным, чем метод ΔСр, для ДНК-интеркалирующих лигандов. The hydrophobic component of complexation energy of double-stranded DNA with biologically active aromatic compounds was calculated using two semi-empirical methods – correlations of hydrophobic energy with changes of a heat capacity (ΔCp) and solvent-accessible surface area (SASA). These surface areas were calculated for free ligands and DNA oligomers, unwound DNA duplexes and DNA-ligand complexes. The changes of polar and non-polar SASAs of molecules upon binding ligands to DNA were found. The hydrophobic contribution at both complexation stages were calculated. It was shown that the calculation of hydrophobic energy by SASA method is more correct than (ΔCp) method for DNA-binding ligands. ru Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Молекулярна біофізика Гидрофобный вклад в свободную энергию комплексообразования ароматических лигандов с ДНК Гідрофобний внесок у вільну енергію комплексоутворення ароматичних лігандів з ДНК Hydrophobic contribution to the free energy of complexation of aromatic ligands with DNA Article published earlier |
| institution |
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| collection |
DSpace DC |
| title |
Гидрофобный вклад в свободную энергию комплексообразования ароматических лигандов с ДНК |
| spellingShingle |
Гидрофобный вклад в свободную энергию комплексообразования ароматических лигандов с ДНК Костюков, В.В. Хомутова, Н.М. Лантушенко, А.О. Евстигнеев, М.П. Молекулярна біофізика |
| title_short |
Гидрофобный вклад в свободную энергию комплексообразования ароматических лигандов с ДНК |
| title_full |
Гидрофобный вклад в свободную энергию комплексообразования ароматических лигандов с ДНК |
| title_fullStr |
Гидрофобный вклад в свободную энергию комплексообразования ароматических лигандов с ДНК |
| title_full_unstemmed |
Гидрофобный вклад в свободную энергию комплексообразования ароматических лигандов с ДНК |
| title_sort |
гидрофобный вклад в свободную энергию комплексообразования ароматических лигандов с днк |
| author |
Костюков, В.В. Хомутова, Н.М. Лантушенко, А.О. Евстигнеев, М.П. |
| author_facet |
Костюков, В.В. Хомутова, Н.М. Лантушенко, А.О. Евстигнеев, М.П. |
| topic |
Молекулярна біофізика |
| topic_facet |
Молекулярна біофізика |
| publishDate |
2009 |
| language |
Russian |
| publisher |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| format |
Article |
| title_alt |
Гідрофобний внесок у вільну енергію комплексоутворення ароматичних лігандів з ДНК Hydrophobic contribution to the free energy of complexation of aromatic ligands with DNA |
| description |
Рассчитана гидрофобная составляющая энергии комплексообразования двуспиральной ДНК с биологически активными ароматическими соединениями с использованием двух полуэмпирических методик – корреляций гидрофобной энергии с изменениями теплоемкости (ΔСр) и площади поверхности, доступной для растворителя (SASA). Вычислены площади данных поверхностей для свободных лигандов и олигомеров ДНК, раскрученных дуплексов ДНК и комплексов ДНК–Лиганд. Найдены изменения полярной и не полярной площадей по верхностей молекул, доступных для растворителя, присвязывании лигандов с ДНК. Рассчитаны гидрофобные вклады на обоих этапах комплексообразования. Показано, что расчет гидрофобной энергии по методу SASA является более корректным, чем метод ΔСр, для ДНК-интеркалирующих лигандов.
The hydrophobic component of complexation energy of double-stranded DNA with biologically active aromatic compounds was calculated using two semi-empirical methods – correlations of hydrophobic energy with changes of a heat capacity (ΔCp) and solvent-accessible surface area (SASA). These surface areas were calculated for free ligands and DNA oligomers, unwound DNA duplexes and DNA-ligand complexes. The changes of polar and non-polar SASAs of molecules upon binding ligands to DNA were found. The hydrophobic contribution at both complexation stages were calculated. It was shown that the calculation of hydrophobic energy by SASA method is more correct than (ΔCp) method for DNA-binding ligands.
|
| issn |
0233-7657 |
| url |
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/5645 |
| citation_txt |
Гидрофобный вклад в свободную энергию комплексообразования ароматических лигандов с ДНК / В.В. Костюков, Н.М. Хомутова, А.О. Лантушенко, М.П. Евстигнеев // Біополімери і клітина. — 2009. — Т. 25, № 2. — С. 133-141. — Бібліогр.: 40 назв. — рос. |
| work_keys_str_mv |
AT kostûkovvv gidrofobnyivkladvsvobodnuûénergiûkompleksoobrazovaniâaromatičeskihligandovsdnk AT homutovanm gidrofobnyivkladvsvobodnuûénergiûkompleksoobrazovaniâaromatičeskihligandovsdnk AT lantušenkoao gidrofobnyivkladvsvobodnuûénergiûkompleksoobrazovaniâaromatičeskihligandovsdnk AT evstigneevmp gidrofobnyivkladvsvobodnuûénergiûkompleksoobrazovaniâaromatičeskihligandovsdnk AT kostûkovvv gídrofobniivnesokuvílʹnuenergíûkompleksoutvorennâaromatičnihlígandívzdnk AT homutovanm gídrofobniivnesokuvílʹnuenergíûkompleksoutvorennâaromatičnihlígandívzdnk AT lantušenkoao gídrofobniivnesokuvílʹnuenergíûkompleksoutvorennâaromatičnihlígandívzdnk AT evstigneevmp gídrofobniivnesokuvílʹnuenergíûkompleksoutvorennâaromatičnihlígandívzdnk AT kostûkovvv hydrophobiccontributiontothefreeenergyofcomplexationofaromaticligandswithdna AT homutovanm hydrophobiccontributiontothefreeenergyofcomplexationofaromaticligandswithdna AT lantušenkoao hydrophobiccontributiontothefreeenergyofcomplexationofaromaticligandswithdna AT evstigneevmp hydrophobiccontributiontothefreeenergyofcomplexationofaromaticligandswithdna |
| first_indexed |
2025-12-07T19:10:00Z |
| last_indexed |
2025-12-07T19:10:00Z |
| _version_ |
1850877778729107456 |