Поиск генов микроРНК в участках генома, содержащих два очень поздних гена вируса ядерного полиэдроза Вombyx mori

• Date: 2009
• Main Authors: Ширина, Т.В., Висловух, А.А., Бобровская, М.Т., Козлов, Э.А.
• Format: Article
• Language: Russian
• Published: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2009
• Subjects: Біоінформатика
• Online Access: https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/5657
• Journal Title: Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
• Cite this: Поиск генов микроРНК в участках генома, содержащих два очень поздних гена вируса ядерного полиэдроза Вombyx mori / Т.В. Ширина, А.А. Висловух, М.Т. Бобровская, Э.А. Козлов // Біополімери і клітина. — 2009. — Т. 25, № 3. — С. 226–233. — Бібліогр.: 21 назв. — рос.

Цель. Вирусы ядерного полиэдроза (ВЯП) B. mori кодируют два очень поздних гена – ph и p10. Интерес к поиску генов miR в этих участках генома обусловлен тем, что полиэдры, образующиеся на очень поздней стадии инфекции, включают в себя нетолько вирионы, но и малую РНК длиной 50–60 нуклеотидов. Цель настоящего сообщения состояла в поиске miRs в альтернативных транскриптах, синтезируемых не толь ко с TAAG-промоторного элемента, но и с ТАТА-промоторных элементов, расположенных в участках генома ВЯП B. mori, включающих гены ph и р10. Методы. Поиск miRs осуществляли с помощью биоинформатических программ предсказания miR: MiPred, miRNA SVM, Micropocessor SVM и RNAfold. Результаты. Предсказано, что участок, содержащий ген ph, может кодировать двe miRs (bmoNPV-miR-1ph, bmoNPV-miR-2ph) и один потенциальный (С) предшесвенник miR – bmoNPV-pre-miR-1Cph, не являющийся субстратом для фермента Dicer. Участок, содержащий ген p10, может кодировать одну предсказанную miR – bmoNPV-miR-3p10. Вы воды. Обсуждается возможность регуляции экспрессии предсказанными miRs генов orf 1629 и p74, расположенных в тех же участках комплементарной цепи. Aim. B. mori nuclear polyhedrosis virus (NPV) codes two very late genes – polyhedrin (ph) and p10. Search for miRs genes in these regions is of interest because the polyhedra, formed at the very late stage of the virus development, include small RNA of 50–60 nt. The present work was aimed at search for potential precursors of miR transcribed from the late promoter element RTAAG and the TATA promoter elements located in the ph and p10 genes regions. Methods. The search was performed using the bioinformatic programs for miR prediction: MiPred, miRNA SVM, Micropocessor SVM, and RNAfold. Results. It has been predicted that the region of ph gene encodes two predicted miRs (bmoNPV-miR-1ph, bmoNPV-miR-2ph) and one predicted potential (C) precursor bmoNPV- pre-miR-1Cph, which is not a Dicer substrate. The region containing p10 gene encodes one predicted miR – bmoNPV-miR- 3p10. Conclusions. A possibility of regulation of the genes orf 1629 and p74 expression by the predicted miRs, located in the same regions of a complementary chain, is assumed.