Поиск генов микроРНК в участках генома, содержащих два очень поздних гена вируса ядерного полиэдроза Вombyx mori
Цель. Вирусы ядерного полиэдроза (ВЯП) B. mori кодируют два очень поздних гена – ph и p10. Интерес к поиску генов miR в этих участках генома обусловлен тем, что полиэдры, образующиеся на очень поздней стадии инфекции, включают в себя нетолько вирионы, но и малую РНК длиной 50–60 нуклеотидов. Цель на...
Gespeichert in:
| Datum: | 2009 |
|---|---|
| Hauptverfasser: | , , , |
| Format: | Artikel |
| Sprache: | Russisch |
| Veröffentlicht: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2009
|
| Schlagworte: | |
| Online Zugang: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/5657 |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Zitieren: | Поиск генов микроРНК в участках генома, содержащих два очень поздних гена вируса ядерного полиэдроза Вombyx mori / Т.В. Ширина, А.А. Висловух, М.Т. Бобровская, Э.А. Козлов // Біополімери і клітина. — 2009. — Т. 25, № 3. — С. 226–233. — Бібліогр.: 21 назв. — рос. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1859982961293656064 |
|---|---|
| author | Ширина, Т.В. Висловух, А.А. Бобровская, М.Т. Козлов, Э.А. |
| author_facet | Ширина, Т.В. Висловух, А.А. Бобровская, М.Т. Козлов, Э.А. |
| citation_txt | Поиск генов микроРНК в участках генома, содержащих два очень поздних гена вируса ядерного полиэдроза Вombyx mori / Т.В. Ширина, А.А. Висловух, М.Т. Бобровская, Э.А. Козлов // Біополімери і клітина. — 2009. — Т. 25, № 3. — С. 226–233. — Бібліогр.: 21 назв. — рос. |
| collection | DSpace DC |
| description | Цель. Вирусы ядерного полиэдроза (ВЯП) B. mori кодируют два очень поздних гена – ph и p10. Интерес к поиску генов miR в этих участках генома обусловлен тем, что полиэдры, образующиеся на очень поздней стадии инфекции, включают в себя нетолько вирионы, но и малую РНК длиной 50–60 нуклеотидов. Цель настоящего сообщения состояла в поиске miRs в альтернативных транскриптах, синтезируемых не толь ко с TAAG-промоторного элемента, но и с ТАТА-промоторных элементов, расположенных в участках генома ВЯП B. mori, включающих гены ph и р10. Методы. Поиск miRs осуществляли с помощью биоинформатических программ предсказания miR: MiPred, miRNA SVM, Micropocessor SVM и RNAfold. Результаты. Предсказано, что участок, содержащий ген ph, может кодировать двe miRs (bmoNPV-miR-1ph, bmoNPV-miR-2ph) и один потенциальный (С) предшесвенник miR – bmoNPV-pre-miR-1Cph, не являющийся субстратом для фермента Dicer. Участок, содержащий ген p10, может кодировать одну предсказанную miR – bmoNPV-miR-3p10. Вы воды. Обсуждается возможность регуляции экспрессии предсказанными miRs генов orf 1629 и p74, расположенных в тех же участках комплементарной цепи.
Aim. B. mori nuclear polyhedrosis virus (NPV) codes two very late genes – polyhedrin (ph) and p10. Search for miRs genes in these regions is of interest because the polyhedra, formed at the very late stage of the virus development, include small RNA of 50–60 nt. The present work was aimed at search for potential precursors of miR transcribed from the late promoter element RTAAG and the TATA promoter elements located in the ph and p10 genes regions. Methods. The search was performed using the bioinformatic programs for miR prediction: MiPred, miRNA SVM, Micropocessor SVM, and RNAfold. Results. It has been predicted that the region of ph gene encodes two predicted miRs (bmoNPV-miR-1ph, bmoNPV-miR-2ph) and one predicted potential (C) precursor bmoNPV- pre-miR-1Cph, which is not a Dicer substrate. The region containing p10 gene encodes one predicted miR – bmoNPV-miR- 3p10. Conclusions. A possibility of regulation of the genes orf 1629 and p74 expression by the predicted miRs, located in the same regions of a complementary chain, is assumed.
|
| first_indexed | 2025-12-07T16:26:51Z |
| format | Article |
| fulltext |
Á²Î²ÍÔÎÐÌÀÒÈÊÀ
Ïî èñê ãå íîâ ìèê ðîÐÍÊ â ó÷àñòêàõ ãå íî ìà,
ñî äåð æà ùèõ äâà î÷åíü ïî çäíèõ ãå íà âè ðó ñà
ÿäåð íî ãî ïî ëè ýä ðî çà Âombyx mori
T. Â. Øè ðè íà, À. À. Âèñ ëî âóõ, Ì. Ò. Áîá ðîâ ñêàÿ, Ý. À. Êîç ëîâ
Èíñòè òóò ìî ëå êó ëÿð íîé áè î ëî ãèè è ãå íå òè êè ÍÀÍ Óêðà è íû
Óë. Àêàäåìèêà Çà áî ëîò íî ãî, 150, Êèåâ, Óêðà è íà, 03680
e.a.kozlov@imbg. org. ua
Öåëü. Âè ðó ñû ÿäåð íî ãî ïî ëè ýä ðî çà (ÂßÏ) B. mori êî äè ðó þò äâà î÷åíü ïî çäíèõ ãåíà – ph è p10. Èíòå -
ðåñ ê ïî èñ êó ãå íîâ miR â ýòèõ ó÷àñ òêàõ ãå íî ìà îá óñëîâ ëåí òåì, ÷òî ïî ëè ýä ðû, îá ðà çó þ ùè å ñÿ íà
î÷åíü ïî çäíåé ñòà äèè èí ôåê öèè, âêëþ ÷à þò â ñåáÿ íå òîëü êî âè ðè î íû, íî è ìà ëóþ ÐÍÊ äëè íîé 50–60
íóê ëå î òè äîâ. Öåëü íà ñòî ÿ ùå ãî ñî îá ùå íèÿ ñî ñòî ÿ ëà â ïî èñ êå miRs â àëü òåð íà òèâ íûõ òðàíñ êðèï -
òàõ, ñèí òå çè ðó å ìûõ íå òîëü êî ñ TAAG-ïðî ìî òîð íî ãî ýëå ìåí òà, íî è ñ ÒÀÒÀ-ïðî ìî òîð íûõ ýëå ìåí -
òîâ, ðàñ ïî ëî æåí íûõ â ó÷àñ òêàõ ãå íî ìà ÂßÏ B. mori, âêëþ ÷à þ ùèõ ãåíû ph è ð10. Ìå òî äû. Ïî èñê
miRs îñó ùå ñòâëÿ ëè ñ ïî ìîùüþ áè î èí ôîð ìà òè ÷åñ êèõ ïðî ãðàìì ïðåä ñêà çà íèÿ miR: MiPred, miRNA
SVM, Micropocessor SVM è RNAfold. Ðå çóëü òà òû. Ïðåä ñêà çà íî, ÷òî ó÷àñ òîê, ñî äåð æà ùèé ãåí ph,
ìî æåò êî äè ðî âàòü äâe miRs (bmoNPV-miR-1ph, bmoNPV-miR-2ph) è îäèí ïî òåí öè àëü íûé (Ñ) ïðåä -
øåñ òâåí íèê miR – bmoNPV-pre-miR-1Cph, íå ÿâ ëÿ þ ùèé ñÿ ñóá ñòðà òîì äëÿ ôåð ìåí òà Dicer. Ó÷àñ -
òîê, ñî äåð æà ùèé ãåí p10, ìîæåò êî äè ðî âàòü îäíó ïðåä ñêà- çà ííóþ miR – bmoNPV-miR-3p10.
Âû âî äû. Îáñóæ äà åò ñÿ âîç ìîæ íîñòü ðå ãó ëÿ öèè ýêñ ïðåñ ñèè ïðåä ñêà çàí íû ìè miRs ãå íîâ orf 1629 è
p74, ðàñ ïî ëî æåí íûõ â òåõ æå ó÷àñ òêàõ êîì ïëå ìåí òàð íîé öåïè.
Êëþ ÷å âûå ñëî âà: âè ðóñ ÿäåð íî ãî ïî ëè ýä ðî çà, Bombyx mori, ìèê ðîÐÍÊ, áè î èí ôîð ìà òè ÷åñ êèé ïîä õîä,
ïðåä ñêà çà íèå.
Ââå äå íèå. Ìèê ðîÐÍÊ (miRs) ÿâ ëÿ þò ñÿ ïðåä ñòà âè -
òå ëÿ ìè îä íî ãî èç òðåõ íà è áî ëåå ðàñ ïðîñ òðà íåí íûõ
êëàñ ñîâ ìà ëûõ íå êî äè ðó þ ùèõ ÐÍÊ äëè íîé 20–30
íóê ëå î òè äîâ (miRNAs, siRNAs, piRNAs), èíè öè è -
ðó þ ùèõ ÐÍÊ-èí òåð ôå ðåí öèþ. miRs âû ïîë íÿ þò
ðîëü áè î ðå ãó ëÿ òî ðîâ ýêñ ïðåñ ñèè ãå íîâ â êëåò êàõ
ýó êà ðè î òîâ. Áè î ãå íåç, ôóíê öè î íè ðî âà íèå, áè î õè -
ìè ÷åñ êèå è áè î èí ôîð ìà òè ÷åñ êèå ïîä õî äû ê èñ ñëå -
äî âà íèþ miRs, èõ ó÷àñ òèå â ðå ãó ëÿ öèè ðàç ëè÷ íûõ
êëå òî÷ íûõ ïðî öåñ ñîâ, à òàê æå ñâÿçü ñ ïà òî ëî ãè ÿ ìè
îïè ñà íû íàìè â îá çî ðå [1]. Î siRNA, piRNA è äðó -
ãèõ ìà ëûõ íå êî äè ðó þ ùèõ ÐÍÊ ìîæ íî ïðî ÷è òàòü â
ïóá ëè êà öèè [2]. Êðî ìå ýó êà ðè î òîâ, miRs îá íà ðó æå -
íû ó âè ðó ñîâ, â îñíîâ íîì, ó êðóï íûõ ÄÍÊ-ñî äåð -
æà ùèõ âè ðó ñîâ [3]. Ñðå äè ÐÍÊ-ñî äåð æà ùèõ âè ðó -
ñîâ miRs âû ÿâ ëå íû ó âè ðó ñà èì ìó íî äå ôè öè òà
÷å ëî âå êà [4, 5]. Ìàëî ÷òî èç âåñ òíî î âçà è ìî îò íî øå -
íè ÿõ âè ðóñ–êëåò êà íà óðîâ íå miRs. Ïî ýòî ìó âîï -
ðî ñó îïóá ëè êî âà íî íå ñêîëü êî ýêñ ïå ðè ìåí òàëü íûõ
ñòà òåé è îá çî ðîâ [6–8].
Áà êó ëî âè ðó ñû îò íî ñÿò ê êëàñ ñó êðóï íûõ ÄÍÊ-
ñî äåð æà ùèõ âè ðó ñîâ. Âè ðó ñû ÿäåð íî ãî ïî ëè ýä ðî çà
(ÂßÏ) ïðåä ñòàâ ëÿ þò ñà ìîñ òî ÿ òåëü íóþ ñå ðî ëî ãè -
÷åñ êóþ ãðóï ïó áà êó ëî âè ðó ñîâ, âè ðè î íû êî òî ðûõ
226
ISSN 0233-7657. Biopolymers and Cell. 2009. Vol. 25. N 3
Ó Institute of Molecular Biology and Genetics NAS of Ukraine, 2009
íà î÷åíü ïî çäíèõ ñòà äè ÿõ èí ôåê öèè âcòðà è âà þò ñÿ â
òå ëà âêëþ ÷å íèÿ – ïî ëè ýä ðû. Áå ëîê, îá ðà çó þ ùèé
ïî ëè ýä ðû (ïî ëè ýä ðèí), ÿâ ëÿ åò ñÿ ïðî äóê òîì îä íî ãî
èç äâóõ î÷åíü ïî çäíèõ ãå íîâ. Âòî ðîé ãåí ð10 êî äè -
ðó åò áå ëîê ð10. Ýêñïðåñ ñèÿ îá îèõ ýòèõ ãå íîâ èíè -
öè è ðó åò ñÿ ïî çäíè ìè ïðî ìî òîð íû ìè ýëå ìåí òà ìè –
A/G/T/ TAAG [9].
Èíòå ðåñ ê ïî èñ êó ïðåä øåñ òâåí íè êîâ (precursor)
miR (pre-miR) â ìÐÍÊ, òðàíñ êðè áè ðó å ìûõ ñ äâóõ
î÷åíü ïî çäíèõ ïðî ìî òî ðîâ ãå íî ìà ÂßÏ B. mori, îá -
óñëîâ ëåí òåì, ÷òî ïî ëè ýä ðû ÂßÏ B. mori, îá ðà çó þ -
ùè å ñÿ íà î÷åíü ïî çäíåé ñòà äèè èí ôåê öèè, âêëþ ÷à -
þò â ñå áÿ íå òîëü êî âè ðè î íû, íî è ìà ëóþ ÐÍÊ äëè -
íîé 50–60 íóê ëå î òè äîâ [10]. Íà îñíî âà íèè
ðàç ìå ðîâ ìû ïðåä ïî ëî æè ëè, ÷òî îíà ïðåä ñòàâ ëÿ åò
ñî áîé pre-miR (ðàç ìå ðû pre-miRs êî ëåá ëþò ñÿ îò 50
äî 100 íóê ëå î òè äîâ). Íà è áî ëåå âå ðî ÿò íî, ÷òî âêëþ -
÷åí íàÿ â ïî ëè ýä ðû ïðåä ïî ëà ãà å ìàÿ pre-miR ìî æåò
ïðî öåñ ñè ðî âàòü ñÿ èç î÷åíü ïî çäíèõ òðàíñ êðèï òîâ è
çà õâà òû âàòü ñÿ ïî ëè ýä ðè íîì â ïðî öåñ ñå ôîð ìè ðî âà -
íèÿ ïî ëè ýä ðîâ. Ê òà êèì î÷åíü ïî çäíèì òðàíñ êðèï -
òàì îò íî ñÿò ìÐÍÊ ïî ëè ýä ðè íà è ð10 [9]. Ìû íå èñ -
êëþ ÷à åì òàê æå, ÷òî ïî ëè ýä ðû ìî ãóò âêëþ ÷àòü
pre-miRs, ïðî öåñ ñè ðó å ìûå èç äðó ãèõ ïî çäíèõ
òðàíñ êðèï òîâ, èëè õî çÿé ñêèé pre-miR-let7. Âñïëåñê
ñèí òå çà miR-let7 íà ñòà äèè ïðå âðà ùå íèÿ ãó ñå íè öû
â êó êîë êó îò ìå ÷åí àâ òî ðà ìè [11]. Ýòî èìåí íî òà
ñòà äèÿ ðàç âè òèÿ íà ñå êî ìî ãî, íà êî òî ðîé ìû âû äå -
ëÿ ëè ïî ëè ýä ðû äëÿ èç ó÷å íèÿ (êî êî íû, ñî äåð æà ùèå
ïî ãèá øèå ãó ñå íè öû). Äàëü íåé øèå áè î õè ìè ÷åñ êèå
èñ ñëå äî âà íèÿ ÐÍÊ èç ïî ëè ýä ðîâ ïî ìî ãóò ïðî ÿñ -
íèòü âîï ðîñ, êà êàÿ èìåí íî ìà ëàÿ ÐÍÊ âêëþ ÷à åò ñÿ â
ïî ëè ýä ðû?
 íà ñòî ÿ ùåì ñî îá ùå íèè îïóá ëè êîâàíû ðå çóëü -
òà òû áè î èí ôîð ìà òè ÷åñ êî ãî ïîä õî äà ê ïî èñ êó
pre-miRs è miRs íå òîëü êî â òðàíñ êðèï òàõ, ñèí òå çè -
ðó å ìûõ ñ TAAG-ïðî ìî òîð íî ãî ýëå ìåí òà äëÿ äâóõ
î÷åíü ïî çäíèõ áåë êîâ, íî è â àëü òåð íà òèâ íûõ
òðàíñ êðèï òàõ (alts), ñèí òå çè ðó å ìûõ ñ ïðåä ïî ëà ãà å -
ìûõ ÒÀÒÀ-ïðî ìî òîð íûõ ýëå ìåí òîâ, ðàñ ïî ëî æåí -
íûõ â ó÷àñ òêàõ ãå íî ìà ÂßÏ B. mori, âêëþ ÷à þ ùèõ
ãå íû ph è ð10.
Ìà òå ðè à ëû è ìå òî äû. Íóê ëå î òèä íàÿ ïî ñëå äî -
âà òåëü íîñòü ãå íî ìà ÂßÏ B. mori âçÿ òà èç ICTVdB
Management (2006). 00.006.0.01. Nucleopolyhedrovi-
rus (ICTVdB – The Universal Virus Database, version
4. Columbia University, New York, USA (http://www.
ncbi.nlm.nih.gov/ICTVdb/ICTVdB/00.006.0.01.htm).
Èç ñó ùåñ òâó þ ùèõ ïðî ãðàìì, ïðåä íàç íà ÷åí íûõ
äëÿ ïðåä ñêà çà íèÿ ìèê ðîÐÍÊ, ìû âû áðà ëè òå, â àë -
ãî ðèòì êî òî ðûõ íå çà ëî æåí êðè òå ðèé êîí ñåð âà òèâ -
íîñ òè, ïî ñêîëü êó âè ðóñ íûå ìèê ðîÐÍÊ â îò ëè ÷èå îò
ìèê ðîÐÍÊ ýó êà ðè î òîâ íå êîí ñåð âà òèâ íû. Âòî ðè÷ -
íóþ ñòðóê òó ðó alts (ãè ïî òå òè ÷åñ êèå (hypothetical)
ïåð âè÷ íûå (primary) òðàíñ êðèï òû – h-pri-miR) èñ -
ñëå äî âà ëè ñ ïî ìîùüþ ïðî ãðàì ìû RNAfold (http://
rna.tdi.univie.ac.at/cgibin/RNAfold.cgi) [12]. Ïî èñê â
àëü òåð íà òèâ íûõ òðàíñ êðèï òàõ øïè ëå÷ íî-ïåò ëå âûõ
ñòðóê òóð (sls, stem-loop structure) äëè íîé îò 48 äî
150 íóê ëå î òè äîâ, ÿâ ëÿ þ ùèõ ñÿ ñóá ñòðà òà ìè äëÿ
ôåð ìåí òîâ Drosha è Dicer, îñó ùå ñòâëÿ ëè ñ ïî -
ìîùüþ ïðî ãðàì ìû ïðåä ñêà çà íèÿ è ïðî öåñ ñè ðî âà -
íèÿ pri-miR (https://demol.interagon.com/miRNA/).
Ïðåä ñêà çàí íû ìè pre-miR è çðå ëû ìè miR ñ÷è òà ëè
ñóá ñòðà òû ñ îöåí êîé (score) âû øå òî÷ êè ïå ðå ñå ÷å -
íèÿ êðè âûõ ÷ó âñòâè òåëü íîñ òè (Se) è ñïå öè ôè÷-
íoñòè (Sp) – >–0,55 [13]. Øïèëü êè, ïðî öeññè ðó å -
ìûå Drosha, íî íå ïðî öåñ ñè ðó å ìûå Dicer, ñ÷è òà ëè
ïî òåí öè àëü íû ìè (candidate, C).
Íóê ëå î òèä íûå ïî ñëå äî âà òåëü íîñ òè øïè ëå÷ íûõ
ñòðóê òóð, îá íà ðó æåí íûõ â àëü òåð íà òèâ íûõ òðàíñ -
êðèï òàõ, èñ ñëå äî âà ëè òàê æå ñ ïî ìîùüþ ïðî ãðàì ìû
RNAfold. Ïðî öåñ ñè ðó å ìû ìè øïèëü êà ìè ñ÷è òà ëè
sls ñî çíà ÷å íè åì ñâî áîä íîé ýíåð ãèè ñâåð òû âà íèÿ
£ –23,0 êêàë/ìîëü [12] èëè (â ïå ðå ñ÷å òå íà êÄæ)
–96,6 êÄæ/ìîëü. Òîíã è äð. [14] â ñâî èõ ïî èñ êàõ
miR â ãå íî ìå B. mori ñ ïî ìîùüþ ïðî ãðàì ìû
RNAfold ïðè íÿ ëè â êà ÷åñ òâå «ôè ëüòðà» âåëè÷èíó
ñâî áîä íîé ýíåð ãèè «áîëü øå 105 êÄæ/ìîëü». Ìû
ïðè íÿ ëè çíà÷åíèå –100 êÄæ/ìîëü. Ïî èñê ðå àëü íûõ
è ïñåâ äîø ïè ëåê pre-miR îñó ùå ñòâëÿ ëè ñ ïî ìîùüþ
ïðî ãðàì ìû miPred (http://www.bioinf.seu.edu.cn/
miRNA/index.html) [15].
Ïî èñê çðå ëûõ miR â ïðåä ñêà çàí íûõ pre-miR
ïðî âî äè ëè, èñïîëüçóÿ ïðî ãðàììó miRscan (http://
genes.mit.edu/miRscan/) [16].  êà ÷åñ òâå ïåð âîé è
âòî ðîé ïî ñëå äî âà òåëü íîñòåé â miRscan âíî ñè ëè
íóê ëå î òèä íóþ ïî ñëå äî âà òåëü íîñòü èñ ñëå äó å ìîé
pre-miR.
Ðå çóëü òà òû è îá ñóæ äå íèå. Ó áà êó ëî âè ðó ñîâ
ïî çäíÿÿ òðàíñ êðèï öèÿ èíè öè è ðó åò ñÿ TAAG-ïðî -
ìî òîð íûì ýëå ìåí òîì è òåð ìè íè ðó åò ñÿ ïî ëèÒ-ïî -
227
ÏÎ ÈÑÊ ÃÅ ÍΠìèê ðîÐÍÊ Â Ó×ÀÑÒÊÀÕ ÃÅ ÍÎ ÌÀ, ÑÎÄÅÐÆÀÙÈÕ ÃÅ ÍÛ ph È p10 ÂßÏ Â. mori
ñëå äî âà òåëü íîñ òüþ [9]. Èçâåñ òíî, ÷òî ó ÂßÏ Auto-
grapha californica ñèí òå çè ðó þò ñÿ òðè ïî ëè ýä ðè íî -
âûõ òðàíñ êðèï òà äëè íîé 1,16; 3,4 è 4,9 òûñ. ï. í.
[17] è äâà ð10 òðàíñ êðèï òà äëè íîé 0,75 è 2,5 òûñ. ï.
í. [18]. Àíàëîãè÷íûõ äàí íûõ äëÿ ÂßÏ B. mori íåò.
Òàê êàê ÂßÏ B. mori ÿâ ëÿ åò ñÿ ãå íî òè ïè ÷åñ êèì âà -
ðè àí òîì ÂßÏ A. californica ìîæ íî ïðåä ïî ëî æèòü,
÷òî òà êàÿ æå ñè òó à öèÿ õà ðàê òåð íà è äëÿ ÂßÏ
B. mori. Íà ýòîì îñíî âà íèè ìû îïðå äå ëè ëè ãðà íè öû
ó÷àñ òêîâ ãå íî ìà ÂßÏ B. mori äëÿ ïî èñ êà miRs. Äëÿ
èñ ñëå äî âà íèé âû áðà íû ó÷àñ òêè, ñî äåð æà ùèå òîëü -
êî äâà ïðåä ïî ëà ãà å ìûõ ïî ëè ýä ðè íî âûõ òðàíñ êðèï -
òà (1,16 è 3,4 òûñ. ï. í.) è îáà ð10 òðàíñ êðèï òà. Òà -
êîé âû áîð îá óñëîâ ëåí òåì, ÷òî òðàíñ êðèï òû 1,16 è
3,4 òûñ. ï. í. ïå ðå êðû âà þò ãåí orf 1629, à òðàíñ -
êðèïò 2,5 òûñ. ï. í. ð10 – ãåí ð74, ðàñ ïî ëî æåí íûå íà
êîì ïëå ìåí òàð íîé öå ïè. Ïî ëè ýä ðè íî âûé òðàíñ -
êðèïò 4,9 òûñ. ï. í. íå èñ ñëå äî âà ëè, òàê êàê îí âû õî -
äèò çà ïðåä å ëû âû áðàí íîé îá ëàñ òè. Ðàñ ïî ëî æå íèå
îá îçíà ÷åí íî ãî ïî ëè ýä ðè íî âî ãî ó÷àñ òêà â ãå íî ìå
ÂßÏ B. mori – 128298–3404, à ó÷àñ òêà ð10 –
108411–110961. Åñëè çà òî÷ êó îò ñ÷å òà ïðè íÿòü À â
êî äî íå AUG, òî ýòî ó÷àñ òêè –116–3404 (â äàëü íåé -
øåì ph) è –86–2565 (â äàëü íåé øåì p10) ñî îò âåò-
ñòâåí íî. Òðà íñêðèï òàì 1,16 è 3,4 òûñ. ï. í. îò âå ÷à -
þò òðàíñ êðèï òû –51–1129ph è –51–3404ph; äâóì
òðàíñ êðèï òàì p10 – òðàíñ êðèï òû –71–630ð10 è
–71– 2565ð10.
Âòî ðè÷ íàÿ ñòðóê òó ðà òðàíñ êðèï òà –51–1129ph
ñî äåð æèò, êàê ïî êà çà íî íà ìè, äâå øïè ëå÷ íî-ïåò ëå -
âûå ñòðóê òó ðû, èç êî òî ðûõ îäíà (sls1ph) ïðî öåñ ñè -
ðó åò ñÿ â çðå ëóþ miR, à âòî ðàÿ (sls2ph) íå ïðî õî äèò
ôè ëüòðû ïðè ìå íåí íûõ íà ìè ïðî ãðàìì. Âòî ðè÷ íàÿ
ñòðóê òó ðà âòî ðî ãî òðàíñ êðèï òà –51–3404ph ñî äåð -
æèò 12 øïè ëåê, â ÷èñ ëå êî òî ðûõ íà õî äèò ñÿ sls1ph.
Èç îñòàâ øèõ ñÿ øïè ëå÷ íî-ïåò ëå âûõ ñòðóê òóð òðè
íå ïðî õî äÿò ôè ëüòðû ïðî ãðàìì, à âîñ åìü ïðî öåñ ñè -
ðó þò ñÿ òîëü êî â pre-miRs. Ðè ñóí êè âòî ðè÷ íûõ
ñòðóê òóð òðàíñ êðèï òîâ èç-çà èõ ãðî ìîç äêîñ òè íå
ïðè âå äå íû, à õà ðàê òå ðèñ òè êè sls áó äóò ðàñ ñìîò ðå -
íû íè æå â ñâÿ çè ñ îá ñóæ äå íè åì àëü òåð íà òèâ íûõ
òðàíñ êðèï òîâ. Â ïî ëè ýä ðèí, ïî-âè äè ìî ìó, òðàíñ -
ëè ðó åò ñÿ –51–1129ph [17].
Òà êèì îá ðà çîì, òðàíñ êðèïò –51–3404ph, ïî íà -
øèì ïðåä ñêà çà íè ÿì, ìî æåò âû ñòó ïàòü â êà ÷åñ òâå
h-pri-miR. Àíàëîãè÷íàÿ ñè òó à öèÿ íà áëþ äà åò ñÿ ñ
äâó ìÿ òðàíñ êðèï òà ìè ó÷àñ òêà –86–2565ð10. Ïî íà -
øèì äàí íûì, âòî ðè÷ íàÿ ñòðóê òó ðà ìåíü øå ãî
òðàíñ êðèï òà (0,75 òûñ. ï. í.) ñî äåð æèò åäè íñòâåí -
íóþ sls1, ïðî öåñ ñè ðó å ìóþ â miR. Áî ëåå êðóï íûé
òðàíñ êðèïò (2,5 òûñ. ï. í.) ñî äåð æèò, êðî ìå sls1,
åùå øåñòü øïè ëåê, êî òî ðûå ïðî öåñ ñè ðó þò ñÿ â
pre-miR, íî íå ïðî õî äÿò ôè ëüòðû îñòàëü íûõ ïðî -
ãðàìì. Êàê â ñëó ÷àå òðàíñ êðèï òà –51–3404ph,
òðàíñ êðèïò –71–2565ð10 ìî æåò âû ñòó ïàòü â êà ÷åñ -
òâå h-pri-miR.
Ëî ãè êà ïîä õî äà ê ïî èñ êó miR â àëü òåð íà òèâ íûõ
òðàíñ êðèï òàõ çà êëþ ÷à åò ñÿ â ñëå äó þ ùåì. Âñå ñó -
ùåñ òâó þ ùèå ïðî ãðàì ìû ïðåä ñêà çà íèÿ ïî òåí öè -
àëü íûõ pre-miR îñíî âà íû íà ïî èñ êå îò äåëü íûõ
øïè ëå÷ íî-ïåò ëå âûõ ñòðóê òóð, îò âå ÷à þ ùèõ îïðå äå -
ëåí íûì òðå áî âà íè ÿì. Ðå àëü íî æå øïèëü êè pre-miR
ïðî öåñ ñè ðó þò ñÿ èç ïåð âè÷ íûõ òðàíñ êðèï òîâ –
pri-miR. Ñëîæ íîñòü ïî èñ êà h-pri-miR ñðå äè alts ñî -
ñòî èò â òîì, ÷òî ïðî ìî òî ðû, ñ êî òî ðûõ èíè öè è ðó åò -
ñÿ òðàíñ êðèï öèÿ pri-miR, òî÷ íî íå îïðå äå ëå íû, õî -
òÿ èç âåñ òíî, ÷òî pri-miRs òðàíñ êðè áè ðó þò ñÿ â
îñíîâ íîì ÐÍÊ-ïî ëè ìå ðà çîé II â áîëü øè íñòâå ñëó -
÷à åâ ñ ÒÀÒÀ-ïðî ìî òî ðîâ [19]. Òðà íñêðèï öèÿ
pri-miRs ìî æåò ïðî èñ õî äèòü è ñ äðó ãèõ ïî ñëå äî âà -
òåëü íîñ òåé [20]. Ìû ðå øè ëè íà ÷àòü ïî èñê miRs ñ
ïðåä ñêà çà íèÿ h-pri-miRs ñðå äè ðàç ëè÷ íûõ alts. Ãðà -
íè öû àëü òåð íà òèâ íûõ òðàíñ êðèï òîâ îïðå äå ëå íû
íà ìè îò ïðåä ïî ëà ãà å ìûõ ïðî ìî òî ðîâ TATA äî ïî -
ëèÒ (íå ìå íåå ÷å òû ðåõ Ò) ïî ñëå äî âà òåëü íîñ òåé.
 ó÷àñ òêå –116–3404ph íà ñ÷è òû âà åò ñÿ øåñòü
ïðåä ïî ëà ãà å ìûõ ïðî ìî òî ðîâ è 33 ïî ëèÒ-òåð ìè íè -
ðó þ ùèå ïî ñëå äî âà òåëü íîñ òè, à â ó÷àñ òêå –86–
2565ð10 – äå âÿòü ïðî ìî òî ðîâ è 19 ïî ëèÒ-ïî ñëå äî -
âà òåëü íîñòåé. Èñõî äÿ èç ýòèõ äàí íûõ èñ ñëå äî âà ëè
148 alts-ph è 114 alts-p10. 148 alts-ph ñî äåð æàò 19
óíè êàëü íûõ sls-ph. Äà ëåå óíè êàëü íûå aëüòåð íà òèâ -
íûå òðàíñ êðèï òû îò áè ðà ëè ïî ïðè íöè ïó: ìè íè -
ìàëü íûé ïî âå ëè ÷è íå alt äîë æåí ñî äåð æàòü, êðî ìå
èñ êî ìîé øïèëü êè, ìè íè ìàëü íîå êî ëè ÷åñ òâî äðó -
ãèõ øïè ëåê. Èç 148 alts-ph òîëü êî 11 óíè êàëü íûõ
òðàíñ êðèï òîâ ñî äåð æà ëè âñå 19 sls-ph, à 16 óíè êàëü -
íûõ èç 114 alts-p10 âêëþ÷àëè 21 sls-p10. Âñå ðå çóëü -
òà òû èñ ñëå äî âà íèé õà ðàê òå ðèñ òèê sls ïðè âå äå íû â
òàáë. 1 è 2.
Êàê âèä íî èç òàáë. 1, sls3-ph, sls6-ph, sls7-ph,
sls10-ph, sls17-ph, sls19-ph ïðî öåñ ñè ðó þò ñÿ èç óíè -
228
ØÈ ÐÈ ÍÀ T. Â. È ÄÐ.
êàëü íûõ alt-ph, â òî âðå ìÿ êàê îñòàëü íûå sls-ph – èç
äâóõ è áî ëåå alt-ph. Sls1-p10, sls5-p10, sls7-p10,
sls9-p10, sls14-p10, sls16-p10, sls18-p10–sls21-p10
òàê æå ïðî öåñ ñè ðó þò ñÿ èç óíè êàëü íûõ alt-p10 (òàáë.
2). Âñå alts, ñî äåð æà ùèå åäè íñòâåí íóþ ïðî öåñ ñè ðó -
å ìóþ sls, ìîæ íî ðàñ ñìàò ðè âàòü êàê êàíäèäàòû â
h-pri-miRs.
Èç äàí íûõ òàáë. 1, êî ëîí êà 5, ñëå äó åò, ÷òî 13
sls-ph (sls1–sls6, sls8–sls12, sls16, sls17) ÿâ ëÿ þò ñÿ
ñóá ñòðà òà ìè äëÿ ôåð ìåí òà Drosha, à èç 21 sls-p10
(òàáë. 2, êî ëîí êà 5) – 18 ( sls1–sls4, sls6–sls13,
sls15–sls17, sls19–sls21) ñëóæàò ñóá ñòðà òà ìè Dro-
sha. Èç 32 îòî áðà íûõ sls ïÿòü sls-ph (sls1, sls3, sls11,
sls12, sls16) è ïÿòü sls-p10 (sls2, sls7, sls8, sls17,
sls19) ïðî õî äÿò ôè ëüòðû «real» è «pseudo» (òàáë. 1 è
2, êî ëîí êà 6). Èç 10 îòî áðàí íûõ ðå àëü íûõ è ïñåâ -
äîø ïè ëåê ðå àëü íûå sls1-ph, sls11-ph, sls12-ph è
sls2-p10 ïðî õî äÿò ôèëüòð RNAfold (òàáë. 1 è 2, êî -
229
ÏÎ ÈÑÊ ÃÅ ÍΠìèê ðîÐÍÊ Â Ó×ÀÑÒÊÀÕ ÃÅ ÍÎ ÌÀ, ÑÎÄÅÐÆÀÙÈÕ ÃÅ ÍÛ ph È p10 ÂßÏ Â. mori
Sls Ëîêàëèçàöèÿ â alt Ñòàðò
Äëèíà,
íóêëåîòèäû
Drosha Real –E, êÄæ/ìîëü Dicer
1 –7–683 248 75 –0,421 + 114 –0,52
2 –7–683 538 50 –0,504 – 64 –0,504
3 –51–1272 634 68 0,024 + 87 –0,661
4 744–970 775 67 –0,219 – 65 <–1,0
5 744–970 840 75 –0,239 – 73 <–1,0
6 –51–1003 941 60 –0,33 – 61 <–1,0
7 744–1331 1018 60 –0,88 – 36 <–1,0
8 744–2139 1046 56 –0,204 – 43 <–1,0
9 744–1672 1092 73 –0,218 – 70 –0,992
10 744–1407 1284 57 –0,292 – 58 <–1,0
11 744–1672 1305 74 0,392 + 106 –0,425
12 744–2139 1540 69 –0,158 + 140 <–1,0
13 744–2446 1607 65 íåò + 96 Íåò
14 744–2446 1842 59 –0,729 + 80 <–1,0
15 744–2446 1905 65 –0,711 Pseudo 136 <–1,0
16 744–2446 2080 56 –0,101 Pseudo 71 –0,967
17 1851–2339 2169 50 –0,22 – 63 <–1,0
18 744–2446 2306 90 Íåò Pseudo 85 Íåò
19 1851–3107 2724 56 Íåò – 73 Íåò
Ï ð è ì å ÷ à í è å. Çäåñü è â òàáë. 2 â êî ëîí êå 1 ïðè âå äå íû íî ìå ðà sls â ïî ðÿä êå óäà ëå íèÿ èõ îò òî÷ êè îò ñ÷å òà.  êî ëîí êàõ 2 è 3 óêà -
çà íà ëî êà ëè çà öèÿ alt, ñî äåð æà ùå ãî ñî îò âå òñòâó þ ùóþ sls, îò íî ñè òåëü íî òî÷ êè îò ñ÷å òà è ïî ëî æå íèå ñòàð òî âî ãî íóê ëå î òè äà sls ñî -
îò âå òñòâåí íî. Â êî ëîí êàõ 5 è 8 ïðåä ñòàâ ëå íû îöåí êè sls-ñóá ñòðà òîâ äëÿ ôåð ìåí òîâ Drosha è Dicer ñî îò âå òñòâåí íî ñî ãëàñ íî ïðî -
ãðàì ìå ïðåä ñêà çà íèÿ è ïðî öåñ ñè ðî âà íèÿ pri-miR [13]; «íåò» îá îçíà ÷à åò îò ñó òñòâèå â ñî îò âå òñòâó þ ùèõ sls ïðî öåñ ñè ðó å ìûõ
öåí òðîâ. Â êî ëîí êå 6 «+» – «ðå àëü íàÿ» øïèëü êà, «–» – øïèëü êà «íå ìî æåò áûòü ðå àëü íîé» ñî ãëàñ íî ïðî ãðàì ìå miPred [15]. Â êî -
ëîí êå 7 ïðè âå äå íû âå ëè ÷è íû ñâî áîä íîé ýíåð ãèè ñâåð òû âà íèÿ sls ñî ãëàñ íî ïðîãðàììå RNAfold [12]. Õàðàêòåðèñòèêè sls,
ïðîøåäøèõ ôèëüòðû ñîîòâåòñòâóþùèõ ïðîãðàìì, âûäåëåíû æèðíûì øðèôòîì.
Òàá ëè öà 1
Õà ðàê òå ðèñ òè êè øïè ëå÷ íî-ïåò ëå âûõ ñòðóê òóð (sls) â àëü òåð íà òèâ íûõ òðàíñ êðèï òàõ (alt), ñèí òå çè ðó å ìûõ ñ ó÷àñ òêà
128298–3404 ãå íî ìà ÂßÏ B. mori, êî äè ðó þ ùå ãî ìÐÍÊ ïîëèýäðèíà
ëîí êà 7). Èç ÷å òû ðåõ îòî áðàí íûõ «real» è «pseudo»
øïè ëåê òðè (sls1-ph, sls11-ph, sls2-p10) ÿâ ëÿ þò ñÿ
ñóá ñòðà òà ìè äëÿ Dicer. Ïî ý òî ìó ïðî öåñ ñè ðó å ìûå
èç íèõ øïèëü êè ìû ïðèíÿëè çà ïðåä ñêà çàí íûå
pre-miR è îá îçíà ÷è ëè èõ êàê bmo-pre-miR-1ph,
bmo-pre-miR-2ph è bmo-pre-miR-3p10 ñî îò âåòñò-
âåí íî, à ñî äåð æà ùèå èõ àlts ïî ñ÷è òàëè ïðåä ñêà çàí -
íû ìè h-pri-miRs (èõ ïî ëî æå íèå ñì. â òàáë. 1 è 2).
Sls12-ph íå ïðî õî äèò ôèëüòð Dicer. Àâòîðû [13] íà -
çû âà þò øïèëü êè, íå ÿâ ëÿ þ ùè å ñÿ ñóá ñòðà òà ìè äëÿ
Dicer, ïî òåí öè àëü íû ìè (candidate, Ñ) miRs. Ïî ý òî -
ìó sls, ïðî õî äÿ ùèå âñå ôè ëüòðû, êðî ìå Diser, ìû
îá îçíà ÷è ëè êàê ïðåä ñêà çàí íûå ïî òåí öè àëü íûå
ïðåä øåñ òâåí íè êè miRs – pre-miR-1Cph, à ñî äåð æà -
ùèå èõ àlts (ñì. òàáë. 1 è 2) – êàê ñî îò âå òñòâó þ ùèå
h-pri-miR.
Íà ðèñ. 1 ïðåäñòàâëå íû âòî ðè÷ íûå ñòðóê òó ðû
òðåõ h-pri-miRs. Êàê âèä íî, âñå òðè h-pri-miRs cî -
äåð æàò ïî äâå sls. Îäíà êî sls2-ph, õî òÿ è ÿâ ëÿ åò ñÿ
ñóá ñòðà òîì äëÿ Drosha è Dicer, íî îíà íå ðå àëü íà è
íå ïðî õî äèò ôèëüòð ñâî áîä íîé ýíåð ãèè ñâåð òû âà -
íèÿ (òàáë. 1). À sls9-ph è sls3-p10 ñëóæàò ñóá ñòðà òà -
ìè äëÿ Drosha, íî íå ïðî õî äÿò ôè ëüòðû îñòàëü íûõ
ïðî ãðàìì. Ïî ý òî ìó ïðåäñòàâëåííûå íà ðèñ. 1
230
ØÈ ÐÈ ÍÀ T. Â. È ÄÐ.
Sls Ëîêàëèçàöèÿ â alt Ñòàðò
Äëèíà,
íóêëåîòèäû
Drosha Real –E, êÄæ/ìîëü Dicer
1 –86–144 –83 64 –0,316 – 40 <–1,0
2 –30–301 66 65 0,637 + 112 0,009
3 –30–301 214 54 0,054 – 53 <–1,0
4 –30–491 319 76 –0,288 – 52 <–1,0
5 323–1556 326 89 –0,616 – 65 <–1,0
6 –30–491 396 70 0,326 – 70 <–1,0
7 387–611 423 95 –0,35 Pseudo 77 <–1,0
8 323-1405 686 81 –0,426 + 88 <–1,0
9 550–980 742 57 0,093 – 51 –0,529
10 –30–980 808 48 –0,521 – 77 <–1,0
11 323–1405 817 62 –0,142 – 85 0,750
12 –30-980 926 51 –0,477 – 83 <–1,0
13 550–1307 960 47 –0,178 – 83 –0,943
14 –71–1112 989 65 Íåò Pseudo 91 Íåò
15 550–1307 1084 50 0,141 – 60 –0,067
16 1203–1307 1203 105 –0,008 – 131 –0,902
17 323–1405 1222 60 –0,008 Pseudo 88 –0,902
18 1203–1556 1472 81 –0,793 Pseudo 102 <–1,0
19 1203–1870 1614 58 –0,108 + 84 0,618
20 411–2565 1952 52 –0,024 – 99 <–1,0
21 2233–2565 2364 83 –0,188 – 48 <–1,0
Ï ð è ì å ÷ à í è å. Ñì. òàáë. 1.
Òàá ëè öà 2
Õà ðàê òå ðèñ òè êè øïè ëå÷ íî-ïåò ëå âûõ ñòðóê òóð (sls) â àëü òåð íà òèâ íûõ òðàíñ êðèï òàõ (alt), ñèí òå çè ðó å ìûõ ñ ó÷àñ òêà
108281–110842 ãå íî ìà ÂßÏ B. mori, êîäèðóþùåãî ìÐÍÊ p10
h-pri-miRs ìû îá îçíà ÷èëè êàê h-pri-miR-1ph,
h-pri-miR-2ph è h-pri-miR-3p10. Íà ðèñ. 2 ïðåä ñòàâ -
ëå íà âòî ðè÷ íàÿ ñòðóê òó ðà h-pri-miR-1Cph. Sls11
ïðî öåñ ñè ðó åò ñÿ äî çðå ëîé miR-2ph, a sls12 – äî ïî -
òåí öè àëü íîé pre-miR-1Cph. Ðèñ. 3 èëëþñòðèðóåò
òðè sls, ïðî öåñ ñè ðó å ìûå äî çðåëûõ miRs, è îäíó sls,
ïðî öåñ ñè ðó åìóþ äî ïîòåíöèàëüíîé pre-miR-Ñ.
Àâòîðû ðà áî òû [21] ñ ïî ìîùüþ ðàç ðà áî òàí íîé
èìè ïðî ãðàì ìû ïðåä ñêà çà íèÿ âè ðóñ íûõ miRs
(Vir-Mirdb) âû ÿ âè ëè 11 pre-miR â ïëþñ-öå ïè ãå íî -
ìà ÂßÏ B. mori, èç êî òî ðûõ âû ðå çà þò ñÿ 22 miRs (ïî
îä íîé miR ñ êàæ äî ãî ïëå ÷à pre-miR). Ñ ýòè ìè äàí -
íû ìè òðóä íî ñî ãëà ñèòü ñÿ, ïî ñêîëü êó çðå ëàÿ miR,
êàê ïðà âè ëî, âû ðå çà åò ñÿ èç îä íî ãî 5'-ïëå ÷à. Êðî ìå
òî ãî, âñå ïðåä ñêà çàí íûå àâ òî ðà ìè [21] miRs ñî äåð -
æàò ïî 26 íóê ëå î òè äîâ, â òî âðå ìÿ êàê miRscan
ïðåä ïî ëî æè òåëü íî èìå åò äëè íó miRs, ðàâ íóþ 21
íóê ëå î òè äó, ÷òî áî ëåå ñî îò âå òñòâó åò âå ëè ÷è íå
miRs in vivo. Íóê ëå î òèä íóþ ïî ñëå äî âà òåëü íîñòü ãå -
íî ìà ýòè àâ òî ðû áðà ëè èç òî ãî æå èñ òî÷ íè êà, ÷òî è
ìû, è, òåì íå ìå íåå, îíè íå îá íà ðó æè ëè ïðåä ñêà çàí -
íûõ íà ìè pre-miR-1ph, pre-miR-2ph è pre-miR-3ð10.
Îäíà êî îíè íà øëè øïèëü êó, â êî òî ðóþ âïè ñû âà åò -
ñÿ ïðåä ñêà çàí íàÿ íà ìè pre-miR-1Cph. Íî â îò ëè ÷èå
îò èõ äàí íûõ pre-miR-1Cph, êàê ïî êà çà íî âû øå
(òàáë. 1, sls12), íå ïðî öåñ ñè ðó åò ñÿ ôåð ìåí òîì Dicer.
Èíòå ðåñ íî îò ìå òèòü, ÷òî â òî âðå ìÿ êàê miR-
1ph, miR-2ph è miR-3p10 ÿâ ëÿ þò ñÿ åäè íñòâåí íû ìè
â ïðåä ñêà çàí íûõ íà ìè h-pri-miRs, îíè òàê æå îá íà -
ðó æè âà þò ñÿ âî âñåõ èñ ñëå äî âàí íûõ íà ìè alts,
âêëþ ÷à þ ùèõ ó÷àñ òêè èõ ëî êà ëè çà öèè. Ìîæ íî
ïðåä ïî ëî æèòü, ÷òî è â äðó ãèõ ñèí òå çè ðó å ìûõ â
êëåò êå íå èç âåñ òíûõ ðå àëü íûõ àëü òåð íà òèâ íûõ
òðàíñ êðèï òàõ (íå òîëü êî îò ïðî ìî òî ðîâ ÒÀÒÀ è
TAAG äî ïî ëèÒ-ïî ñëå äî âà òåëü íîñ òè) áó äóò ïðè-
ñó òñòâî âàòü è, çíà ÷èò, ïðî öåñ ñè ðî âàòü ñÿ ïðåä ñêà -
çàí íûå çðå ëûå miRs – miR-1ph, miR-2ph è miR-
3p10. Ïðåäñêàçàí íûå íà ìè miRs-ph ïî ëíîñ òüþ
êîì ïëå ìåí òàð íû ìÐÍÊ îrf 1629, a miR-3p10 –
ìÐÍÊ ð74. Ñëå äî âà òåëü íî, åñ ëè ýòè miRs ñó ùåñ òâó -
þò, îíè äîë æíû ôóíê öè î íè ðî âàòü ïî äî áíî si-RNA.
 ýòîì ñëó ÷àå ìÐÍÊ áó äóò ðàñ ùåï ëÿòü ñÿ â ó÷àñ -
òêàõ, êîì ïëå ìåí òàð íûõ ïðåä ñêà çàí íûì miRs. Òàê
êàê miR-1ph è miR-3p10 êîì ïëå ìåí òàð íû 3'-UTR
ìÐÍÊ îrf 1629 è ð74 ñî îò âå òñòâåí íî, ìîæ íî ïðåä -
ïî ëî æèòü ó÷àñ òèå ýòèõ miRs â ðå ãó ëÿ öèè ýêñ ïðåñ -
ñèè ãå íîâ orf 1629 è ð74.
Âîç ìîæ íî, òà êàÿ ñè òó à öèÿ íà áëþ äà åò ñÿ ó ÂßÏ
A. californicà. Êàê ïî êà çà íî â ðà áî òå [17], íà ó÷àñ òêå
ãå íî ìà ÂßÏ A. californica, âêëþ ÷à þ ùåì ãåí ïî ëè -
ýä ðè íà, ñ êîì ïëå ìåí òàð íîé öå ïè ñèí òå çè ðó åò ñÿ
òðàíñ êðèïò äëè íîé 3,2 òûñ. ï. í., ñî äåð æà ùèé äâå
ðàì êè ñ÷è òû âà íèÿ (orf 1629 è orf 603) è ïå ðå êðû âà -
þ ùèé ãåí ïî ëè ýä ðè íà. Ýòîò òðàíñ êðèïò íà ÷è íà åò
ñèí òå çè ðî âàòü ñÿ ðàíü øå ìÐÍÊ ïî ëè ýä ðè íà è ñ íà -
÷à ëîì ïî ÿâ ëå íèÿ ïî ëè ýä ðè íà èñ ÷å çà åò, íî íà áëþ-
äà þò ñÿ åãî ôðàã ìåí òû.
 1990 ã. àâ òî ðû îá ú ÿñ íè ëè ýòî ÿâ ëå íèå òðå ìÿ
ïðè ÷è íà ìè: 1) ðàç ðó øå íè åì ïðî ìî òîð íûõ êîì -
ïëåê ñîâ ñ 3'-êîí öà ïî ëè ýä ðè íî âî ãî ãå íà ÐÍÊ-ïî ëè -
231
ÏÎ ÈÑÊ ÃÅ ÍΠìèê ðîÐÍÊ Â Ó×ÀÑÒÊÀÕ ÃÅ ÍÎ ÌÀ, ÑÎÄÅÐÆÀÙÈÕ ÃÅ ÍÛ ph È p10 ÂßÏ Â. mori
Ðèñ. 1. Âòî ðè÷ íûå ñòðóê òó ðû ìè íè ìàëü íûõ àëü òåð íà òèâ íûõ
òðàíñ êðèï òîâ, ñèí òå çè ðó å ìûõ îò ïðåä ïî ëà ãà å ìî ãî ÒÀÒÀ-ïðî -
ìî òî ðà äî ïî ëèÒ-ïî ñëå äî âà òåëü íîñ òè, ïðè íÿ òûõ çà ãè ïî òå òè -
÷åñ êèå pri-miRs, ñî äåð æà ùèå ìè íè ìàëü íîå ÷èñ ëî øïè ëå÷ íî-
ïåò ëå âûõ ñòðóê òóð (sls): à – àlt-ph –7–763, ïðè íÿ òûé çà h-pri-
miR-1ph (òî÷ êîé îò ñ÷å òà çäåñü è äà ëåå ñ÷è òà ëè AUG-êî äî íû
ìÐÍÊ ïî ëè ýä ðè íà èëè ð10); äî çðå ëîé miR ïðî öåñ ñè ðó åò ñÿ
sls1); á – alt-ph 744–1672, ïðè íÿ òûé çà h-pri-miR-2ph (äî çðå ëîé
miR ïðî öåñ ñè ðó åò ñÿ sls11); â – alt-p10 –30–301, ïðè íÿ òûé çà
h-pri-miR-3p10 (äî çðå ëîé miR ïðî öåñ ñè ðó åò ñÿ òîëü êî sls2)
ìå ðà çîé, òðàíñ êðè áè ðó þ ùåé ïî ëè ýä ðèí; 2) îá ðà çî -
âà íè åì äâóõ öå ïî ÷å÷ íîé ÐÍÊ ñ ïî ëè ýä ðè íî âîé
ìÐÍÊ; 3) îò ðè öà òåëü íîé ðå ãó ëÿ öè åé ïðî ìî òî ðà orf
1629 ïî ëè ýä ðè íîì. Â òî âðå ìÿ îíè íå ìîã ëè ïðåä-
ïî ëî æèòü ó÷àñ òèÿ ìèê ðîÐÍÊ â ýòîì ïðî öåñ ñå, òàê
êàê ìèê ðîÐÍÊ áû ëè îò êðû òû òîëü êî â íà ÷à ëå ýòî ãî
âå êà. Ìû ïðåä ïî ëà ãà åì ó÷àñ òèå miR, çà êî äè ðî âàí -
íîé â ãå íå ïî ëè ýä ðè íà, â ðå ãó ëÿ öèè ñèí òå çà òðàíñ -
êðèï òà, ñî äåð æà ùå ãî orf 1629 è orf 603. Â ýòîì ñëó -
÷àå áó äåò ïðî èñ õî äèòü ðàñ ùåï ëå íèå òðàíñ êðèï òà
3,2 òûñ. ï. í. Â äàëü íåé øåì ìû ïëà íè ðó åì èñ ñëå äî -
âà íèÿ ïî âû ÿâ ëå íèþ miRs â ó÷àñ òêå ãå íî ìà ÂßÏ
A. californica, ñî äåð æà ùåì ãå íû ïî ëè ýä ðè íà orf
1629 è orf 603.
Êà êèå èç ÷å òû ðåõ îá íà ðó æåí íûõ íà ìè ïðåä ñêà -
çàí íûõ pre-miRs âêëþ ÷à þò ñÿ â ïî ëè ýä ðû, ïî êà æóò
áè î õè ìè ÷åñ êèå èñ ñëå äî âà íèÿ ÐÍÊ èç ïî ëè ýä ðîâ.
T. V. Shirina, A. A. Vislovukh, M. T. Bobrovskaja, E. À. Kozlov
The search for microRNA genes in regions of two very late genes
of Bombyx mori nuclear polyhedrosis virus
Summary
Aim. B. mori nuclear polyhedrosis virus (NPV) codes two very late
genes – polyhedrin (ph) and p10. Search for miRs genes in these
regions is of interest because the polyhedra, formed at the very late
stage of the virus development, include small RNA of 50–60 nt. The
present work was aimed at search for potential precursors of miR
transcribed from the late promoter element RTAAG and the TATA
promoter elements located in the ph and p10 genes regions.
Methods. The search was performed using the bioinformatic
programs for miR prediction: MiPred, miRNA SVM, Micropoces-
sor SVM, and RNAfold. Results. It has been predicted that the re-
gion of ph gene encodes two predicted miRs (bmoNPV-miR-1ph,
bmoNPV-miR-2ph) and one predicted potential (C) precursor
bmoNPV- pre-miR-1Cph, which is not a Dicer substrate. The region
containing p10 gene encodes one predicted miR – bmoNPV-miR-
3p10. Conclusions. A possibility of regulation of the genes orf 1629
and p74 expression by the predicted miRs, located in the same
regions of a complementary chain, is assumed.
Keywords: nuclear polyhedrosis virus, Bombyx mori,
microRNA, bioinformatic method, prediction.
Ò. Â. Øè ðè íà, À. À. Âèñ ëî âóõ, Ì. Ò. Áîá ðî âñüêà, Å. À. Êîç ëîâ
Ïî øóê ãåí³â ìiêðîÐÍÊ ó ä³ëÿíêàõ ãå íî ìó, ÿê³ ì³ñòÿòü äâà äóæå
ï³çí³õ ãåíè âiðó ñó ÿäåð íî ãî ïî ëiåä ðî çó Bombyx mori
Ðå çþ ìå
Ìåòà. ³ðóñè ÿäåð íî ãî ïîë³åä ðî çó (ÂßÏ) B. mori êî äó þòü äâà
äóæå ï³çí³õ ãåíè – ph ³ p10. ²íòå ðåñ äî ïî øó êó miR ó öèõ ä³ëÿí -
êàõ ãå íî ìó îá óìîâ ëå íèé òèì, ùî ïîë³åäðè, ÿê³ óòâî ðþ þòü ñÿ íà
äóæå ï³çí³é ñòà䳿 ³íôåêö³¿, ì³ñòÿòü ó ñîá³ íå ò³ëüêè â³ð³îíè,
àëå é ìàëó ÐÍÊ äîâ æè íîþ 50–60 íóê ëå î òèä³â. Ìåòà äà íî ãî
ïîâ³äîì ëåí íÿ ïî ëÿ ãà ëà â ïî øó êó miRs â àëü òåð íà òèâ íèõ òðàíñ -
êðèï òàõ, ñèí òå çî âà íèõ íå ëèøå ç TAAG-ïðî ìî òîð íî ãî åëå ìåí -
òà, à é ç ÒÀÒÀ-ïðî ìî òîð íèõ åëå ìåíò³â, ðîç òà øî âà íèõ ó
232
ØÈ ÐÈ ÍÀ T. Â. È ÄÐ.
Ðèñ. 3. Âòî ðè÷ íûå ñòðóê òó ðû sls1-ph (à), sls11-ph (á), sls2-p10 (â), sls12-ph (ã) è ïðåä ñêà çàí íûå miRs. Ñòðåë êà ìè óêà çà íû öåí òðû
ïðî öåñ ñè ðî âà íèÿ ôåð ìåí òîì Drosha äî øïè ëåê pre-miR-1ph, pre-miR-2ph, pre-miR-3p10, pre-miR-1Cph. Ïðè ñó òñòâó þ ùèå â
pre-miRs çðå ëûå miRs îò òå íå íû
Ðèñ. 2. Âòî ðè÷ íàÿ ñòðóê òó ðà
alt-ph 744–2139, ïðè íÿ òî ãî çà
h-pri-miR-1Cph (äî pre-miR-1Ñph
ïðî öåñ ñè ðó åò ñÿ òîëü êî sls12)
ä³ëÿí êàõ ãå íî ìó ÂßÏ B. mori, ùî âêëþ ÷à þòü ãåíè ph ³ ð10. Ìå -
òî äè. Ïî øóê miRs çä³éñíþ âà ëè çà äî ïî ìî ãîþ á³î³íôîð ìà òè÷ -
íèõ ïðî ãðàì ïå ðå äáà ÷åí íÿ miR: MiPred, miRNA SVM, Micro-
pocessor SVM ³ mFOLD. Ðå çóëü òà òè. Ïå ðåä áà ÷å íî, ùî ä³ëÿí êà,
â ÿê³é ëî êàë³çóºòüñÿ ãåí ph, ìîæå êî äó âà òè äâ³ miRs
(bmoNPV-miR-1ph, bmoNPV-miR-2ph) òà ïî òåíö³éíèé ïî ïå ðåä -
íèê miR – bmoNPV-pre-miR-1Cph, ùî íå º ñóá ñòðà òîì äëÿ ôåð -
ìåí òó Dicer. ijëÿí êà, ó ÿê³é ðîçì³ùå íèé ãåí ð10, ìîæå
êî äó âà òè îäíó miR – bmoNPV-miR-3p10. Âèñ íîâ êè. Îáãî âî -
ðþºòüñÿ ìîæ ëèâ³ñòü ðå ãó ëÿö³¿ åêñïðåñ³¿ ïå ðå äáà ÷å íè ìè miRs
ãåí³â orf1629 è p74, ðîç òà øî âà íèõ íà òèõ æå ä³ëÿí êàõ êîì ïëå -
ìåí òàð íî ãî ëàí öþ ãà.
Êëþ ÷îâi ñëî âà: â³ðóñ ÿäåð íî ãî ïî ëiåä ðî çó, Bombyx mori,
ìiêðîÐÍÊ, áioiíôîð ìà òè÷ íèé ïiäõiä, ïå ðå äáà ÷åí íÿ.
ÑÏÈÑÎÊ ËÈÒÅÐÀÒÓÐÛ
1. Shirina T. V., Bobrovskaya M. T., Kozlov E. A. MicroRNA:
from fundamental research to their application //
Biopolymers and Cell.–2007.–23, N 6.–P. 467–482.
2. Makarova J. A., Kramerov D. A. Noncoding RNAs // Bio-
khimia.–2007.–72, N 11.–Ñ. 1427–1448.
3. Nelsen J. A. Small RNA and large DNA viruses // N. Engl. J.
Med.–2007.–357, N 26,–P. 2630–2672.
4. Omoto S., Fujii Y. R. Cloning and detection of HIV-1-enco-
ded microRNA // Meth. Mol. Biol..–2006.–342.–P. 255–265.
5. Klase Z., Kale P., Winograd R., Gupta M. V., Heydarian M.,
Bezzo R., Mc Caffrey T., Kashanchi F. HIV-1 TAR element is
processed by Dicer to yield a viral microRNA involved in
chromatin remodeling of the viral LTR // BMC Mol. Biol.–
2007.–8.–P. 63–81.
6. Scaria V., Hariharan M., Pillai B., Maiti S., Brahmachari S.
K. Host-virus genome iteraction: macro roles for microRNAs
// Cell Microbiol.–2007.–9, N 12.–P. 2784–2794.
7. Yeung M., L., Benkirane M., Jeang K.-T. Small non-coding
RNAs, mammalian cells, and viruses: regulatory interaction?
// Retrovirology.–2007.–4.–P. 74–79.
8. Hakim S. T., Alsayari M., Mc Lean D. C., Saleem S., Addanki
K. C., Aggarwal M., Mahalingam K., Bagasra O. A large
number of the human microRNAs target lentiviruses,
retroviruses, and endogenous retroviruses // Biochem. and
Biophys. Res. Communs.–2008.–369, N 2.–P.357–362.
9. Okano K., Vanarsdall A. L., Mikhailov V. S., Rohrman G. F.
Conserved molecular systems of the baculoviridae //
Virology.–2006.–344, N 1.–P. 77–87.
10. Kozlov E. A., Vudmaska M. I., Bobrovskaja M. T., Shirina T.
V. Investigation of structure-function interaction of polyhed-
ron of Bombyx mori Nuclear Polyhedrosis Virus (NPV) with
polyhedra protease and RNA. 3. Polyhedras contain small
RNA // Biopolymers and Cell.–2007 – 23, N 4.–P. 301–306.
11. Liu S., Xia Q., Zhao P., Cheng T., Hong K., Xiang Z. Charac-
terization and expression patterns of let-7 microRNA in the
silkworm (Bombyx mori) // BMC Develop. Biol.–2007.–25,
N 7.–P. 88–104.
12. Zuker M. Mfold web server for nucleic acid folding and hyb-
ridization prediction // Nucl. Acids Res.–2003.–31, N 13.–
P. 3406–3415.
13. Helvik S. A., Snove O., Saetrom P. Reliable prediction of Dro-
sha processing sites improves microRNA genes prediction //
Bioinformatics.–2007.–23, N 2.–P. 142–149.
14. Tong C., Jin Y., Zhang Y. Computational prediction of mic-
roRNA genes in silkworm genome // J. Zhejiang Univ.
SCIENCE B.–2006.–7, N 10.–P. 806–816.
15. Xue C., Li F., He T., Liu G. P., Li Y., Zhang X. Classification
real and pseudo microRNA-precursor using local structure-
sequence features and support vector mashine // Bioinfor-
matics.–2005.–6, N3.–P. 310–316.
16. Lim L. C., Lau N. C., Weinstein E. G., Abdelhakim A., Yekta
S., Rhoades M. W., Burge C. B., Bartel D. P. The microRNAs
of Caenorhabditis elegans // Genes Develop.–2003.–17,
N 8.– P. 991–1008.
17. Ooi B. G., Miller L. K. Transcription of the baculovirus poly-
hedrin gene reduces the levels of an antisense transcript
initiated downstream // J. Virol.–1990.–64, N 6.–P. 3126–
3129.
18. Liu A., Qin J., Rankin C., Hardin S. E., Weaver R. F. Nucleo-
tide sequence of a portion of the Autographa californica
nuclear phyhedrosis viruses genome containing the EcoR1
site-rich region (h25) and open reading frame just 5' p10 gene
// J. Gen. Virol.–1986.–67, N 11.–P. 2565–2570.
19. Lee J., Kim M., Han J., Yeom K.-H., Lee S., Back S. H., Kim V.
N. MicroRNA genes are transcribed by RNA phymerase II //
EMBO J.–2004.–23.–P. 4051–4060.
20. Fujita S., Iba H. Putative promoter regions of microRNAs
genes involved in evolutionarily conserved regulatory
systems among vertebrates // Bioinformatics.–2008.–24,
N 3.–P. 303–308.
21. Li S.-C., Shiau C.-K., Lin W.-C. Vir-MiR db: prediction of vi-
ral microRNA candidate hairpins // Nucl. Acids Res.–2008.–
36, N 1.–P. 184–189.
ÓÄÊ 577.214:578.841
Íàä³éøëà äî ðå äàêö³¿ 09.06.08
233
ÏÎ ÈÑÊ ÃÅ ÍΠìèê ðîÐÍÊ Â Ó×ÀÑÒÊÀÕ ÃÅ ÍÎ ÌÀ, ÑÎÄÅÐÆÀÙÈÕ ÃÅ ÍÛ ph È p10 ÂßÏ Â. mori
|
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-5657 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 0233-7657 |
| language | Russian |
| last_indexed | 2025-12-07T16:26:51Z |
| publishDate | 2009 |
| publisher | Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Ширина, Т.В. Висловух, А.А. Бобровская, М.Т. Козлов, Э.А. 2010-02-01T16:21:37Z 2010-02-01T16:21:37Z 2009 Поиск генов микроРНК в участках генома, содержащих два очень поздних гена вируса ядерного полиэдроза Вombyx mori / Т.В. Ширина, А.А. Висловух, М.Т. Бобровская, Э.А. Козлов // Біополімери і клітина. — 2009. — Т. 25, № 3. — С. 226–233. — Бібліогр.: 21 назв. — рос. 0233-7657 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/5657 577.214:578.841 Цель. Вирусы ядерного полиэдроза (ВЯП) B. mori кодируют два очень поздних гена – ph и p10. Интерес к поиску генов miR в этих участках генома обусловлен тем, что полиэдры, образующиеся на очень поздней стадии инфекции, включают в себя нетолько вирионы, но и малую РНК длиной 50–60 нуклеотидов. Цель настоящего сообщения состояла в поиске miRs в альтернативных транскриптах, синтезируемых не толь ко с TAAG-промоторного элемента, но и с ТАТА-промоторных элементов, расположенных в участках генома ВЯП B. mori, включающих гены ph и р10. Методы. Поиск miRs осуществляли с помощью биоинформатических программ предсказания miR: MiPred, miRNA SVM, Micropocessor SVM и RNAfold. Результаты. Предсказано, что участок, содержащий ген ph, может кодировать двe miRs (bmoNPV-miR-1ph, bmoNPV-miR-2ph) и один потенциальный (С) предшесвенник miR – bmoNPV-pre-miR-1Cph, не являющийся субстратом для фермента Dicer. Участок, содержащий ген p10, может кодировать одну предсказанную miR – bmoNPV-miR-3p10. Вы воды. Обсуждается возможность регуляции экспрессии предсказанными miRs генов orf 1629 и p74, расположенных в тех же участках комплементарной цепи. Aim. B. mori nuclear polyhedrosis virus (NPV) codes two very late genes – polyhedrin (ph) and p10. Search for miRs genes in these regions is of interest because the polyhedra, formed at the very late stage of the virus development, include small RNA of 50–60 nt. The present work was aimed at search for potential precursors of miR transcribed from the late promoter element RTAAG and the TATA promoter elements located in the ph and p10 genes regions. Methods. The search was performed using the bioinformatic programs for miR prediction: MiPred, miRNA SVM, Micropocessor SVM, and RNAfold. Results. It has been predicted that the region of ph gene encodes two predicted miRs (bmoNPV-miR-1ph, bmoNPV-miR-2ph) and one predicted potential (C) precursor bmoNPV- pre-miR-1Cph, which is not a Dicer substrate. The region containing p10 gene encodes one predicted miR – bmoNPV-miR- 3p10. Conclusions. A possibility of regulation of the genes orf 1629 and p74 expression by the predicted miRs, located in the same regions of a complementary chain, is assumed. ru Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Біоінформатика Поиск генов микроРНК в участках генома, содержащих два очень поздних гена вируса ядерного полиэдроза Вombyx mori Пошук генів мiкроРНК у ділянках геному, які містять два дуже пізніх гени вiрусу ядерного полiедрозу Bombyx mori The search for microRNA genes in regions of two very late genes of Bombyx mori nuclear polyhedrosis virus Article published earlier |
| spellingShingle | Поиск генов микроРНК в участках генома, содержащих два очень поздних гена вируса ядерного полиэдроза Вombyx mori Ширина, Т.В. Висловух, А.А. Бобровская, М.Т. Козлов, Э.А. Біоінформатика |
| title | Поиск генов микроРНК в участках генома, содержащих два очень поздних гена вируса ядерного полиэдроза Вombyx mori |
| title_alt | Пошук генів мiкроРНК у ділянках геному, які містять два дуже пізніх гени вiрусу ядерного полiедрозу Bombyx mori The search for microRNA genes in regions of two very late genes of Bombyx mori nuclear polyhedrosis virus |
| title_full | Поиск генов микроРНК в участках генома, содержащих два очень поздних гена вируса ядерного полиэдроза Вombyx mori |
| title_fullStr | Поиск генов микроРНК в участках генома, содержащих два очень поздних гена вируса ядерного полиэдроза Вombyx mori |
| title_full_unstemmed | Поиск генов микроРНК в участках генома, содержащих два очень поздних гена вируса ядерного полиэдроза Вombyx mori |
| title_short | Поиск генов микроРНК в участках генома, содержащих два очень поздних гена вируса ядерного полиэдроза Вombyx mori |
| title_sort | поиск генов микрорнк в участках генома, содержащих два очень поздних гена вируса ядерного полиэдроза вombyx mori |
| topic | Біоінформатика |
| topic_facet | Біоінформатика |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/5657 |
| work_keys_str_mv | AT širinatv poiskgenovmikrornkvučastkahgenomasoderžaŝihdvaočenʹpozdnihgenavirusaâdernogopoliédrozavombyxmori AT vislovuhaa poiskgenovmikrornkvučastkahgenomasoderžaŝihdvaočenʹpozdnihgenavirusaâdernogopoliédrozavombyxmori AT bobrovskaâmt poiskgenovmikrornkvučastkahgenomasoderžaŝihdvaočenʹpozdnihgenavirusaâdernogopoliédrozavombyxmori AT kozlovéa poiskgenovmikrornkvučastkahgenomasoderžaŝihdvaočenʹpozdnihgenavirusaâdernogopoliédrozavombyxmori AT širinatv pošukgenívmikrornkudílânkahgenomuâkímístâtʹdvadužepízníhgenivirusuâdernogopoliedrozubombyxmori AT vislovuhaa pošukgenívmikrornkudílânkahgenomuâkímístâtʹdvadužepízníhgenivirusuâdernogopoliedrozubombyxmori AT bobrovskaâmt pošukgenívmikrornkudílânkahgenomuâkímístâtʹdvadužepízníhgenivirusuâdernogopoliedrozubombyxmori AT kozlovéa pošukgenívmikrornkudílânkahgenomuâkímístâtʹdvadužepízníhgenivirusuâdernogopoliedrozubombyxmori AT širinatv thesearchformicrornagenesinregionsoftwoverylategenesofbombyxmorinuclearpolyhedrosisvirus AT vislovuhaa thesearchformicrornagenesinregionsoftwoverylategenesofbombyxmorinuclearpolyhedrosisvirus AT bobrovskaâmt thesearchformicrornagenesinregionsoftwoverylategenesofbombyxmorinuclearpolyhedrosisvirus AT kozlovéa thesearchformicrornagenesinregionsoftwoverylategenesofbombyxmorinuclearpolyhedrosisvirus |