Comparison of microarray and sage techniques in gene expression analysis of human glioblastoma

• Published in: Цитология и генетика
• Date: 2007
• Main Authors: Kavsan, V.M., Dmitrenko, V.V., Shostak, K.O., Bukreieva, T.V., Vitak, N.Y., Simirenko, O.E., Malisheva, T.A., Shamayev, M.I., Rozumenko, V.D., Zozulyay, Y.A.
• Format: Article
• Language: English
• Published: Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України 2007
• Subjects: Оригинальные работы
• Online Access: https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/66518
• Journal Title: Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
• Cite this: Comparison of microarray and sage techniques in gene expression analysis of human glioblastoma / V.M. Kavsan, V.V. Dmitrenko, K.O. Shostak, T.V. Bukreieva, N.Y. Vitak, O.E. Simirenko, T.A. Malisheva, M.I. Shamayev, V.D. Rozumenko, Y.A. Zozulyay // Цитология и генетика. — 2007. — Т. 41, № 1. — С. 36-55. — Бібліогр.: 39 назв. — англ.

Для выявления маркеров глиобластомы мы сравнили экспрессию генов в глиобластоме и нормальном головном мозге, используя вэб-сайт SAGE Genie, и сравнили полученные результаты с опубликованными данными. Девять SAGE-библиотек глиобластом и пять SAGE-библиотек нормального головного мозга были проанализированы с использованием программы Digital Gene Expression Displayer (DGED), результаты DGED были проверены нозерн-гибридизацией и ОТ-ПЦР произвольно отобранных генов. Обзор имеющихся данных из статей по профилированию экспрессии генов гибридизацией микрочипов показал 35 общих генов с повышенной экспрессией в глиобластоме. Некоторые из них были выявлены в четырех работах, однако большинство генов обнаружено только в трех или даже в двух исследованиях. Имеются различия и в результатах исследований с использованием техники SAGE. Метод DGED выявил 676 дифференциально экспрессирующихся генов с более чем двукратным изменением экспрессии в глиобластоме и P ≤ 0.05. Дифференциальная экспрессия отобранных генов, выявленных DGED, была подтверждена нозерн-гибридизацией и ОТ-ПЦР. Всего только 118 из 955 генов, представленных в опубликованных работах, были среди генов, обнаруженных DGED. Сравнение результатов анализа микрочипов и SAGE затруднено тем, что авторы показывают только наиболее представительные дифференциально экспрессирующиеся гены, однако даже имеющиеся данные по анализу микрочипов плохо перекрываются между собой. Некоторые различия между результатами, полученными SAGE в различных исследованиях, могут быть объяснены высокой зависимостью от используемых статистических расчетов. Наилучшим решением при поиске молекулярных опухолевых маркеров сейчас может быть сравнение всех имеющихся данных и отбор только тех генов, существенная экспрессия которых в опухолях комбинируется с очень низким уровнем экспрессии в нормальной ткани и репродуцируется в нескольких работах. Общие для двух методов 118 генов могут быть включены в список кандидатов для молекулярного типирования глиобластом. Некоторые гены, кодирующие белки поверхности клеток или экстраклеточные белки, могут быть мишенями при иммунотерапии глиом.