Comparison of microarray and sage techniques in gene expression analysis of human glioblastoma

Comparison of microarray and sage techniques in gene expression analysis of human glioblastoma

Для выявления маркеров глиобластомы мы сравнили экспрессию генов в глиобластоме и нормальном головном мозге, используя вэб-сайт SAGE Genie, и сравнили полученные результаты с опубликованными данными. Девять SAGE-библиотек глиобластом и пять SAGE-библиотек нормального головного мозга были проанализир...

Full description

Saved in:
Bibliographic Details
Published in:Цитология и генетика
Date:2007
Main Authors: Kavsan, V.M., Dmitrenko, V.V., Shostak, K.O., Bukreieva, T.V., Vitak, N.Y., Simirenko, O.E., Malisheva, T.A., Shamayev, M.I., Rozumenko, V.D., Zozulyay, Y.A.
Format: Article
Language:English
Published: Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України 2007
Subjects:
Оригинальные работы
Online Access:https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/66518
Tags: Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
Journal Title:Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Cite this:Comparison of microarray and sage techniques in gene expression analysis of human glioblastoma / V.M. Kavsan, V.V. Dmitrenko, K.O. Shostak, T.V. Bukreieva, N.Y. Vitak, O.E. Simirenko, T.A. Malisheva, M.I. Shamayev, V.D. Rozumenko, Y.A. Zozulyay // Цитология и генетика. — 2007. — Т. 41, № 1. — С. 36-55. — Бібліогр.: 39 назв. — англ.

Institution

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
id nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-66518
record_format dspace
spelling Kavsan, V.M.
Dmitrenko, V.V.
Shostak, K.O.
Bukreieva, T.V.
Vitak, N.Y.
Simirenko, O.E.
Malisheva, T.A.
Shamayev, M.I.
Rozumenko, V.D.
Zozulyay, Y.A.
2014-07-17T14:27:21Z
2014-07-17T14:27:21Z
2007
Comparison of microarray and sage techniques in gene expression analysis of human glioblastoma / V.M. Kavsan, V.V. Dmitrenko, K.O. Shostak, T.V. Bukreieva, N.Y. Vitak, O.E. Simirenko, T.A. Malisheva, M.I. Shamayev, V.D. Rozumenko, Y.A. Zozulyay // Цитология и генетика. — 2007. — Т. 41, № 1. — С. 36-55. — Бібліогр.: 39 назв. — англ.
0564-3783
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/66518
Для выявления маркеров глиобластомы мы сравнили экспрессию генов в глиобластоме и нормальном головном мозге, используя вэб-сайт SAGE Genie, и сравнили полученные результаты с опубликованными данными. Девять SAGE-библиотек глиобластом и пять SAGE-библиотек нормального головного мозга были проанализированы с использованием программы Digital Gene Expression Displayer (DGED), результаты DGED были проверены нозерн-гибридизацией и ОТ-ПЦР произвольно отобранных генов. Обзор имеющихся данных из статей по профилированию экспрессии генов гибридизацией микрочипов показал 35 общих генов с повышенной экспрессией в глиобластоме. Некоторые из них были выявлены в четырех работах, однако большинство генов обнаружено только в трех или даже в двух исследованиях. Имеются различия и в результатах исследований с использованием техники SAGE. Метод DGED выявил 676 дифференциально экспрессирующихся генов с более чем двукратным изменением экспрессии в глиобластоме и P ≤ 0.05. Дифференциальная экспрессия отобранных генов, выявленных DGED, была подтверждена нозерн-гибридизацией и ОТ-ПЦР. Всего только 118 из 955 генов, представленных в опубликованных работах, были среди генов, обнаруженных DGED. Сравнение результатов анализа микрочипов и SAGE затруднено тем, что авторы показывают только наиболее представительные дифференциально экспрессирующиеся гены, однако даже имеющиеся данные по анализу микрочипов плохо перекрываются между собой. Некоторые различия между результатами, полученными SAGE в различных исследованиях, могут быть объяснены высокой зависимостью от используемых статистических расчетов. Наилучшим решением при поиске молекулярных опухолевых маркеров сейчас может быть сравнение всех имеющихся данных и отбор только тех генов, существенная экспрессия которых в опухолях комбинируется с очень низким уровнем экспрессии в нормальной ткани и репродуцируется в нескольких работах. Общие для двух методов 118 генов могут быть включены в список кандидатов для молекулярного типирования глиобластом. Некоторые гены, кодирующие белки поверхности клеток или экстраклеточные белки, могут быть мишенями при иммунотерапии глиом.
en
Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України
Цитология и генетика
Оригинальные работы
Comparison of microarray and sage techniques in gene expression analysis of human glioblastoma
Article
published earlier
institution Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection DSpace DC
title Comparison of microarray and sage techniques in gene expression analysis of human glioblastoma
spellingShingle Comparison of microarray and sage techniques in gene expression analysis of human glioblastoma
Kavsan, V.M.
Dmitrenko, V.V.
Shostak, K.O.
Bukreieva, T.V.
Vitak, N.Y.
Simirenko, O.E.
Malisheva, T.A.
Shamayev, M.I.
Rozumenko, V.D.
Zozulyay, Y.A.
Оригинальные работы
title_short Comparison of microarray and sage techniques in gene expression analysis of human glioblastoma
title_full Comparison of microarray and sage techniques in gene expression analysis of human glioblastoma
title_fullStr Comparison of microarray and sage techniques in gene expression analysis of human glioblastoma
title_full_unstemmed Comparison of microarray and sage techniques in gene expression analysis of human glioblastoma
title_sort comparison of microarray and sage techniques in gene expression analysis of human glioblastoma
author Kavsan, V.M.
Dmitrenko, V.V.
Shostak, K.O.
Bukreieva, T.V.
Vitak, N.Y.
Simirenko, O.E.
Malisheva, T.A.
Shamayev, M.I.
Rozumenko, V.D.
Zozulyay, Y.A.
author_facet Kavsan, V.M.
Dmitrenko, V.V.
Shostak, K.O.
Bukreieva, T.V.
Vitak, N.Y.
Simirenko, O.E.
Malisheva, T.A.
Shamayev, M.I.
Rozumenko, V.D.
Zozulyay, Y.A.
topic Оригинальные работы
topic_facet Оригинальные работы
publishDate 2007
language English
container_title Цитология и генетика
publisher Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України
format Article
description Для выявления маркеров глиобластомы мы сравнили экспрессию генов в глиобластоме и нормальном головном мозге, используя вэб-сайт SAGE Genie, и сравнили полученные результаты с опубликованными данными. Девять SAGE-библиотек глиобластом и пять SAGE-библиотек нормального головного мозга были проанализированы с использованием программы Digital Gene Expression Displayer (DGED), результаты DGED были проверены нозерн-гибридизацией и ОТ-ПЦР произвольно отобранных генов. Обзор имеющихся данных из статей по профилированию экспрессии генов гибридизацией микрочипов показал 35 общих генов с повышенной экспрессией в глиобластоме. Некоторые из них были выявлены в четырех работах, однако большинство генов обнаружено только в трех или даже в двух исследованиях. Имеются различия и в результатах исследований с использованием техники SAGE. Метод DGED выявил 676 дифференциально экспрессирующихся генов с более чем двукратным изменением экспрессии в глиобластоме и P ≤ 0.05. Дифференциальная экспрессия отобранных генов, выявленных DGED, была подтверждена нозерн-гибридизацией и ОТ-ПЦР. Всего только 118 из 955 генов, представленных в опубликованных работах, были среди генов, обнаруженных DGED. Сравнение результатов анализа микрочипов и SAGE затруднено тем, что авторы показывают только наиболее представительные дифференциально экспрессирующиеся гены, однако даже имеющиеся данные по анализу микрочипов плохо перекрываются между собой. Некоторые различия между результатами, полученными SAGE в различных исследованиях, могут быть объяснены высокой зависимостью от используемых статистических расчетов. Наилучшим решением при поиске молекулярных опухолевых маркеров сейчас может быть сравнение всех имеющихся данных и отбор только тех генов, существенная экспрессия которых в опухолях комбинируется с очень низким уровнем экспрессии в нормальной ткани и репродуцируется в нескольких работах. Общие для двух методов 118 генов могут быть включены в список кандидатов для молекулярного типирования глиобластом. Некоторые гены, кодирующие белки поверхности клеток или экстраклеточные белки, могут быть мишенями при иммунотерапии глиом.
issn 0564-3783
url https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/66518
citation_txt Comparison of microarray and sage techniques in gene expression analysis of human glioblastoma / V.M. Kavsan, V.V. Dmitrenko, K.O. Shostak, T.V. Bukreieva, N.Y. Vitak, O.E. Simirenko, T.A. Malisheva, M.I. Shamayev, V.D. Rozumenko, Y.A. Zozulyay // Цитология и генетика. — 2007. — Т. 41, № 1. — С. 36-55. — Бібліогр.: 39 назв. — англ.
work_keys_str_mv AT kavsanvm comparisonofmicroarrayandsagetechniquesingeneexpressionanalysisofhumanglioblastoma
AT dmitrenkovv comparisonofmicroarrayandsagetechniquesingeneexpressionanalysisofhumanglioblastoma
AT shostakko comparisonofmicroarrayandsagetechniquesingeneexpressionanalysisofhumanglioblastoma
AT bukreievatv comparisonofmicroarrayandsagetechniquesingeneexpressionanalysisofhumanglioblastoma
AT vitakny comparisonofmicroarrayandsagetechniquesingeneexpressionanalysisofhumanglioblastoma
AT simirenkooe comparisonofmicroarrayandsagetechniquesingeneexpressionanalysisofhumanglioblastoma
AT malishevata comparisonofmicroarrayandsagetechniquesingeneexpressionanalysisofhumanglioblastoma
AT shamayevmi comparisonofmicroarrayandsagetechniquesingeneexpressionanalysisofhumanglioblastoma
AT rozumenkovd comparisonofmicroarrayandsagetechniquesingeneexpressionanalysisofhumanglioblastoma
AT zozulyayya comparisonofmicroarrayandsagetechniquesingeneexpressionanalysisofhumanglioblastoma
first_indexed 2025-12-07T19:08:14Z
last_indexed 2025-12-07T19:08:14Z
_version_ 1850877667353559040

Similar Items