In silico analysis of the structure of variable domains of mouse single-chain antibodies specific to the human recombinant interferon β1b
In silico analysis of the DNA encoding singlechain Fv antibodies (ScFv) specific to the human recombinant interferon β1b and α2b (rhIFNβ1b, rhIFNα2b) has been carried out. The V, D and J-gene segments, the complementaritydetermining (CDR) and framework (FR) regions, n-nucleotides as well as mutation...
Saved in:
| Published in: | Цитология и генетика |
|---|---|
| Date: | 2009 |
| Main Authors: | , , |
| Format: | Article |
| Language: | English |
| Published: |
Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України
2009
|
| Subjects: | |
| Online Access: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/66623 |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| Journal Title: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Cite this: | In silico analysis of the structure of variable domains of mouse single-chain antibodies specific to the human recombinant interferon β1b / A.I. Flyak, M.V. Pavlova, P.V. Gilchuk // Цитология и генетика. — 2009. — Т. 43, № 1. — С. 54-60. — Бібліогр.: 19 назв. — англ. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| id |
nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-66623 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
Flyak, A.I. Pavlova, M.V. Gilchuk, P.V. 2014-07-19T12:20:51Z 2014-07-19T12:20:51Z 2009 In silico analysis of the structure of variable domains of mouse single-chain antibodies specific to the human recombinant interferon β1b / A.I. Flyak, M.V. Pavlova, P.V. Gilchuk // Цитология и генетика. — 2009. — Т. 43, № 1. — С. 54-60. — Бібліогр.: 19 назв. — англ. 0564-3783 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/66623 577.27 In silico analysis of the DNA encoding singlechain Fv antibodies (ScFv) specific to the human recombinant interferon β1b and α2b (rhIFNβ1b, rhIFNα2b) has been carried out. The V, D and J-gene segments, the complementaritydetermining (CDR) and framework (FR) regions, n-nucleotides as well as mutation rates which take place during the affinity maturation of the examined sequences have been determined. For the panel of ScFv against rhIFNβ1b isolated from an immune combinatorial cDNA library uniqueness of the CDRH3 loop by the length and amino acid composition has been shown. Multiple alignments with the nearest homologies from the NCBI databases have revealed that the sequences of ScFv obtained are new. Проведен in silico анализ структуры последовательностей ДНК, кодирующих специфические к интерферону β1b и α2b человека (rhIFN β1b, rhIFN α2b) одноцепочечные антитела (ScFv – single chain Fv): определены V, D и J сегменты, границы антиген связывающих (CDR) и каркасных (FR) участков, n нуклеотиды, а также величина мутационных процессов, которые имели место при аффинном дозревании последовательностей in vivo. Для представителей панели ScFv против rhIFN β1b, изолированных из иммунной комбинаторной библиотеки кДНК V генов, показана уникальность участка CDRH3 как по длине, так и по аминокислотному составу. Множественное выравнивание с ближайшими гомологами базы данных NCBI показало, что полученные нами последовательности ScFv являются новыми. Проведено in silico аналіз структури послідовностей ДНК, які кодують специфічні до рекомбінантного інтерферону β1b та α2b людини (rhIFN β1b, rhIFN-α2b) одноланцюгові антитіла (ScFv – single chain Fv): визначено V , D та J генні сегменти, межі антигензв’язувальних (CDR) та каркасних (FR) ділянок, n- нуклеотиди, а також величину мутаційних процесів, що мали місце при афінному дозріванні даних послідовностей in vivo. Для представників панелі ScFv проти rhIFN β1b, ізольованих з імунної комбінаторної бібліотеки кДНК V генів, показано унікальність ділянки CDRH3 як за довжиною, так і за амінокислотним складом. Множинне вирівнювання з найближчими гомологами бази даних NCBI показало, що одержані нами послідовності ScFv є новими. Authors are grateful to staff of Department of Functional Genomics of Institute of Molecular Biology and Genetics NAS of Ukraine for DNA sequencing. en Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України Цитология и генетика Оригинальные работы In silico analysis of the structure of variable domains of mouse single-chain antibodies specific to the human recombinant interferon β1b In silico анализ структуры вариабельных доменов одноцепочечных антител мыши, специфичных к рекомбинантному интерферону β1b человека In silico аналіз структури варіабельних доменів одноланцюгових антитіл миші, специфічних до рекомбінантного інтерферону β1b людини Article published earlier |
| institution |
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| collection |
DSpace DC |
| title |
In silico analysis of the structure of variable domains of mouse single-chain antibodies specific to the human recombinant interferon β1b |
| spellingShingle |
In silico analysis of the structure of variable domains of mouse single-chain antibodies specific to the human recombinant interferon β1b Flyak, A.I. Pavlova, M.V. Gilchuk, P.V. Оригинальные работы |
| title_short |
In silico analysis of the structure of variable domains of mouse single-chain antibodies specific to the human recombinant interferon β1b |
| title_full |
In silico analysis of the structure of variable domains of mouse single-chain antibodies specific to the human recombinant interferon β1b |
| title_fullStr |
In silico analysis of the structure of variable domains of mouse single-chain antibodies specific to the human recombinant interferon β1b |
| title_full_unstemmed |
In silico analysis of the structure of variable domains of mouse single-chain antibodies specific to the human recombinant interferon β1b |
| title_sort |
in silico analysis of the structure of variable domains of mouse single-chain antibodies specific to the human recombinant interferon β1b |
| author |
Flyak, A.I. Pavlova, M.V. Gilchuk, P.V. |
| author_facet |
Flyak, A.I. Pavlova, M.V. Gilchuk, P.V. |
| topic |
Оригинальные работы |
| topic_facet |
Оригинальные работы |
| publishDate |
2009 |
| language |
English |
| container_title |
Цитология и генетика |
| publisher |
Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України |
| format |
Article |
| title_alt |
In silico анализ структуры вариабельных доменов одноцепочечных антител мыши, специфичных к рекомбинантному интерферону β1b человека In silico аналіз структури варіабельних доменів одноланцюгових антитіл миші, специфічних до рекомбінантного інтерферону β1b людини |
| description |
In silico analysis of the DNA encoding singlechain Fv antibodies (ScFv) specific to the human recombinant interferon β1b and α2b (rhIFNβ1b, rhIFNα2b) has been carried out. The V, D and J-gene segments, the complementaritydetermining (CDR) and framework (FR) regions, n-nucleotides as well as mutation rates which take place during the affinity maturation of the examined sequences have been determined. For the panel of ScFv against rhIFNβ1b isolated from an immune combinatorial cDNA library uniqueness of the CDRH3 loop by the length and amino acid composition has been shown. Multiple alignments with the nearest homologies from the NCBI databases have revealed that the sequences of ScFv obtained are new.
Проведен in silico анализ структуры последовательностей ДНК, кодирующих специфические к интерферону β1b и α2b человека (rhIFN β1b, rhIFN α2b) одноцепочечные антитела (ScFv – single chain Fv): определены V, D и J сегменты, границы антиген связывающих (CDR) и каркасных (FR) участков, n нуклеотиды, а также величина мутационных процессов, которые имели место при аффинном дозревании последовательностей in vivo. Для представителей панели ScFv против rhIFN β1b, изолированных из иммунной комбинаторной библиотеки кДНК V генов, показана уникальность участка CDRH3 как по длине, так и по аминокислотному составу. Множественное выравнивание с ближайшими гомологами базы данных NCBI показало, что полученные нами последовательности ScFv являются новыми.
Проведено in silico аналіз структури послідовностей ДНК, які кодують специфічні до рекомбінантного інтерферону β1b та α2b людини (rhIFN β1b, rhIFN-α2b) одноланцюгові антитіла (ScFv – single chain Fv): визначено V , D та J генні сегменти, межі антигензв’язувальних (CDR) та каркасних (FR) ділянок, n-
нуклеотиди, а також величину мутаційних процесів, що мали місце при афінному дозріванні даних послідовностей in vivo. Для представників панелі ScFv проти rhIFN β1b, ізольованих з імунної комбінаторної бібліотеки кДНК V генів, показано унікальність ділянки CDRH3 як за довжиною, так і за амінокислотним складом. Множинне вирівнювання з найближчими гомологами бази даних NCBI показало, що одержані нами послідовності ScFv є новими.
|
| issn |
0564-3783 |
| url |
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/66623 |
| citation_txt |
In silico analysis of the structure of variable domains of mouse single-chain antibodies specific to the human recombinant interferon β1b / A.I. Flyak, M.V. Pavlova, P.V. Gilchuk // Цитология и генетика. — 2009. — Т. 43, № 1. — С. 54-60. — Бібліогр.: 19 назв. — англ. |
| work_keys_str_mv |
AT flyakai insilicoanalysisofthestructureofvariabledomainsofmousesinglechainantibodiesspecifictothehumanrecombinantinterferonβ1b AT pavlovamv insilicoanalysisofthestructureofvariabledomainsofmousesinglechainantibodiesspecifictothehumanrecombinantinterferonβ1b AT gilchukpv insilicoanalysisofthestructureofvariabledomainsofmousesinglechainantibodiesspecifictothehumanrecombinantinterferonβ1b AT flyakai insilicoanalizstrukturyvariabelʹnyhdomenovodnocepočečnyhantitelmyšispecifičnyhkrekombinantnomuinterferonuβ1bčeloveka AT pavlovamv insilicoanalizstrukturyvariabelʹnyhdomenovodnocepočečnyhantitelmyšispecifičnyhkrekombinantnomuinterferonuβ1bčeloveka AT gilchukpv insilicoanalizstrukturyvariabelʹnyhdomenovodnocepočečnyhantitelmyšispecifičnyhkrekombinantnomuinterferonuβ1bčeloveka AT flyakai insilicoanalízstrukturivaríabelʹnihdomenívodnolancûgovihantitílmišíspecifíčnihdorekombínantnogoínterferonuβ1blûdini AT pavlovamv insilicoanalízstrukturivaríabelʹnihdomenívodnolancûgovihantitílmišíspecifíčnihdorekombínantnogoínterferonuβ1blûdini AT gilchukpv insilicoanalízstrukturivaríabelʹnihdomenívodnolancûgovihantitílmišíspecifíčnihdorekombínantnogoínterferonuβ1blûdini |
| first_indexed |
2025-12-07T13:20:14Z |
| last_indexed |
2025-12-07T13:20:14Z |
| _version_ |
1850855772988112896 |