Биоинформационный поиск растительных протеинкиназ, участвующих в фосфорилировании белков микротрубочек и регуляции деления клеток
Выполнен биоинформационный поиск растительных гомологов протеинкиназ SLK, PAK6, PAK7, MARK1, MAST2, TTBK1, TTBK2, AURKA, PLK1, PLK2 и PASK человека (Homo sapiens), участвующих в фосфорилировании белков микротрубочек и регуляции деления клеток. Показано наличие у растений гомологов протеинкиназ SLK,...
Gespeichert in:
| Veröffentlicht in: | Цитология и генетика |
|---|---|
| Datum: | 2009 |
| Hauptverfasser: | , , , , , , |
| Format: | Artikel |
| Sprache: | Russisch |
| Veröffentlicht: |
Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України
2009
|
| Schlagworte: | |
| Online Zugang: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/66646 |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Zitieren: | Биоинформационный поиск растительных протеинкиназ, участвующих в фосфорилировании белков микротрубочек и регуляции деления клеток / П.А. Карпов, Е.С. Надеждина, А.И. Емец, В.Г. Матусов, А.Ю. Ныпорко, Н.Ю. Шашина, Я.Б. Блюм // Цитология и генетика. — 2009. — Т. 43, № 3. — С. 63-79. — Бібліогр.: 76 назв. — рос. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1859629328858349568 |
|---|---|
| author | Карпов, П.А. Надеждина, Е.С. Емец, А.И. Матусов, В.Г. Ныпорко, А.Ю. Шашина, Н.Ю. Блюм, Я.Б. |
| author_facet | Карпов, П.А. Надеждина, Е.С. Емец, А.И. Матусов, В.Г. Ныпорко, А.Ю. Шашина, Н.Ю. Блюм, Я.Б. |
| citation_txt | Биоинформационный поиск растительных протеинкиназ, участвующих в фосфорилировании белков микротрубочек и регуляции деления клеток / П.А. Карпов, Е.С. Надеждина, А.И. Емец, В.Г. Матусов, А.Ю. Ныпорко, Н.Ю. Шашина, Я.Б. Блюм // Цитология и генетика. — 2009. — Т. 43, № 3. — С. 63-79. — Бібліогр.: 76 назв. — рос. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Цитология и генетика |
| description | Выполнен биоинформационный поиск растительных гомологов протеинкиназ SLK, PAK6, PAK7, MARK1, MAST2, TTBK1, TTBK2, AURKA, PLK1, PLK2 и PASK человека (Homo sapiens), участвующих в фосфорилировании белков микротрубочек и регуляции деления клеток. Показано наличие у растений гомологов протеинкиназ SLK, MAST2 и AURKA. Определено, что ближайшим гомологом протеинкиназы AURKA человека является белок с неизвестной функцией A7PY12_VITVI (STALK – SerineThreonine Aurora Like Kinase) из винограда (Vitis vinifera). Выполнены реконструкция и анализ пространственной структуры белка STALK, подтвердившие его принадлежность к группе AURKA-подобных протеинкиназ.
Виконано біоінформаційний пошук рослинних гомологів протеїнкіназ SLK, PAK6, PAK7, MARK1, MAST2, TTBK1, TTBK2, AURKA, PLK1, PLK2 і PASK людини, які беруть участь у фосфорилюванні білків мікротрубочок та регуляції поділу клітин. Показана наявність у рослин гомологів протеїнкіназ SLK, MAST2 і AURKA. Визначено, що найближчим гомологом протеїнкінази AURKA людини є білок з невідомою функцією A7PY12_VITVI (STALK – Serine-Threonine Aurora-Like Kinase) з винограду (Vitis vinifera). Проведено реконструкцію і аналіз просторової структури білка STALK, що підтвердили його приналежність до групи AURKA-подібних протеїнкіназ.
Bioinformatic search of plant homologues of human protein kinases SLK, PAK6, PAK7, MARK1, MAST2, TTBK1, TTBK2, AURKA, PLK1, PLK2 and PASK participating in microtubular protein phosphorylation and cell division regulation is carried out. The homologues of protein kinases SLK, MAST2 and AURKA were identified. It is found that closest homologue of human AURKA protein kinase is a protein with unknown function A7PY12_VITVI (STALK – Serine-Threonine Aurora-Like Kinase) from grape (Vitis vinifera). Reconstruction and analysis of threedimensional structure of STALK protein confirmed its relation to the group of AURKA like protein kinases.
|
| first_indexed | 2025-12-07T13:09:41Z |
| format | Article |
| fulltext |
УДК 577.212:004
П.А. КАРПОВ 1, Е.С. НАДЕЖДИНА 2, 3,
А.И. ЕМЕЦ 1, В.Г. МАТУСОВ 1, А.Ю. НЫПОРКО 1,
Н.Ю. ШАШИНА 3, Я.Б. БЛЮМ 1
1 Институт пищевой биотехнологии и геномики НАН Украины, Киев
2 Институт белка РАН, Москва
3 Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова,
Москва
БИОИНФОРМАЦИОННЫЙ ПОИСК
РАСТИТЕЛЬНЫХ ПРОТЕИНКИНАЗ,
УЧАСТВУЮЩИХ
В ФОСФОРИЛИРОВАНИИ БЕЛКОВ
МИКРОТРУБОЧЕК И РЕГУЛЯЦИИ
ДЕЛЕНИЯ КЛЕТОК
Выполнен биоинформационный поиск растительных
гомологов протеинкиназ SLK, PAK6, PAK7, MARK1,
MAST2, TTBK1, TTBK2, AURKA, PLK1, PLK2 и PASK
человека (Homo sapiens), участвующих в фосфорилирова�
нии белков микротрубочек и регуляции деления клеток.
Показано наличие у растений гомологов протеинкиназ
SLK, MAST2 и AURKA. Определено, что ближайшим го�
мологом протеинкиназы AURKA человека является белок
с неизвестной функцией A7PY12_VITVI (STALK – Serine�
Threonine Aurora�Like Kinase) из винограда (Vitis vinifera).
Выполнены реконструкция и анализ пространственной
структуры белка STALK, подтвердившие его принад�
лежность к группе AURKA�подобных протеинкиназ.
Введение. Микротрубочки являются обяза�
тельным и универсальным структурным эле�
ментом клеток эукариот [1–3]. Упомянутая ди�
намическая структура отвечает за деление кле�
ток, поддержание их формы, внутриклеточный
транспорт, позиционирование органелл и т.п.
Известно, что наиболее консервативным бел�
ком микротрубочек является гетеродимерный
белок тубулин, формирующий их протофила�
менты [4–6]. Его микрогетерогенность обеспе�
чивается посредством экспрессии множествен�
ных генов и за счет посттрансляционных мо�
дификаций, наиболее изученными из которых
являются фосфорилирование, ацетилирование,
тирозилирование/детирозилирование, поли�
глютамилирование, полиглицилирование, паль�
митоилирование [3]. В ряду перечисленных
посттрансляционных модификаций тубулина
фосфорилирование занимает особое место в
силу своей широкой распространенности [7] и
участия в регуляции структуры и активности по�
рядка 30 % белков эукариот [8, 9]. Нашими уси�
лиями было продемонстрировано, что тубулин
растительных микротрубочек также подвергает�
ся интенсивному фосфорилированию при по�
мощи различных типов серин/треонин�проте�
инкиназ [10], а также тирозинкиназ [11, 12].
Не вызывает сомнения, что фосфорилиро�
вание и других белков, формирующих микро�
трубочки растений и участвующих в делении
их клеток, также опосредуется различными
типами протеинкиназ, гомологи которых хо�
рошо изучены в животных клетках [12, 13].
Некоторые из них обладают известной степе�
нью сходства у животных и растений других
белков, в частности, ассоциированные с мик�
ротрубочками белки первого типа (БАМ�1)
[14]. Соответственно в таких случаях может
сохраняться общность эпитопов фосфорили�
рования и, в силу этого, консервативность оп�
ределенных типов протеинкиназ, участвующих
в этих процессах.
Конечно же многие белки, входящие в сос�
тав микротрубочек, являются не только видо�
и тканеспецифичными по своей природе, обес�
печивая таким образом структурную и функ�
циональную микрогетерогенность системы
микротрубочек, но существенно разнятся у
растений и животных [14–16]. Cледовательно
набор протеинкиназ (кином), участвующих
в фосфорилировании белков микротрубочек,
также должен различаться у животных и рас�
ІSSN 0564–3783. Цитология и генетика. 2009. № 3 63
© П.А. КАРПОВ, Е.С. НАДЕЖДИНА, А.И. ЕМЕЦ,
В.Г. МАТУСОВ, А.Ю. НЫПОРКО, Н.Ю. ШАШИНА,
Я.Б. БЛЮМ, 2009
тений. Тем не менее, несмотря на изученность
белков микротрубочек животной клетки, состав
белков микротрубочек растений, в том числе
и связанных с ними протеинкиназ, изучен не
столь глубоко. Это обусловливает необходи�
мость поиска генов растительных протеинки�
наз и их продуктов на основании гомологии
протеинкиназам животных и человека.
Для всех протеинкиназ характерно наличие
консервативных каталитических (протеинки�
назных) доменов (250–300 аминокислотных
остатков), которые в свою очередь содержат
уникальные субдоменные мотивы, позволяю�
щие идентифицировать их на уровне подсе�
мейств серин/треонин�, тирозин� и дуальных
протеинкиназ [17, 18].
Это обстоятельство позволяет осуществлять
поиск и идентификацию протеинкиназ на
основании сканирования баз данных с приме�
нением алгоритмов семейства BLAST [19]. Ка�
талитический домен является главным отли�
чительным структурно�функциональным эле�
ментом, позволяющим находить новые проте�
инкиназы с применением методов in silico. Го�
мология этих доменов уже позволила иденти�
фицировать протеинкиназы ряда многокле�
точных организмов [20–25].
Стараниями ряда проектов секвенированы и
частично расшифрованы полные последова�
тельности ряда геномов эукариот. В частности,
кроме геномных проектов растений, представ�
ленных в банке данных NCBI (http://www.
ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=genomeprj),
можно также отметить проект Genoscope
(http://www.genoscope.cns.fr), предоставляющий
информацию и возможность анализа in silico
последовательностей таких растений, как Arabi�
dopsis thaliana, Ectocarpus siliculosus, Medicago trun�
catula, Oryza sativa, Alnus glutinosa, Aphanomyces
euteiches, Casuarina glauca, Citrus clementina, Euca�
lyptus, Juglans regia, Phaseolus vulgaris, Pinus pina�
ster, Populus trichocarpa � deltoides, Quercus, Sac�
charum ssp., Theobrama cacao, Triticum sp., Vitis
vinifera. Доступность такой информации позво�
ляет развивать исследования по расшифровке
киномов растений, где последовательности
изученных ранее протеинкиназ животных и че�
ловека могут быть использованы в качестве ин�
струмента для поиска и анализа растительных
гомологов.
Целью настоящей работы является биоин�
формационный поиск растительных гомологов
протеинкиназ человека – представителей раз�
личных групп/семейств [26], которые могут
принимать участие в фосфорилировании бел�
ков микротрубочек и регуляции деления кле�
ток. К упомянутым классам протеинкиназ от�
носятся группы AGC (содержащие протеинки�
назы A, G и C), CAMK (кальций/кальмодулин�
зависимые), CK1 (казеинкиназы) и STE (го�
мологи дрожжевых Sterile 7, Sterile 11, Sterile 20
протеинкиназ). Исходя из этого, для реконст�
рукции кинома микротрубочек растений мы
использовали последовательности следующих
протеинкиназ человека (Homo sapiens): SLK,
PAK6 и PAK7, относящихся к группе STE;
MARK1 и PASK, относящихся к САМК;
MAST2 и AURKA, относящихся к AGC; TTBK1
и TTBK2, относящихся к СК1, а также протеин�
киназ Plk1 и Plk2, не принадлежащих к ка�
кой�либо группе протеинкиназ человека [26].
Материалы и методы. Эталонные последо�
вательности протеинкиназ человека, участвую�
щих в фосфорилировании белков микротрубо�
чек – SLK, PAK7, PAK6, MARK1, MAST2,
TTBK1, TTBK2, AURKA, PLK1, PLK4, PASK,
взяты из базы данных Swiss�Prot (www.expasy.
org) [27] на основании анализа информации,
представленной в Swiss�Prot и NCBI (Gen�
Bank – http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Gen bank/)
[28] и соответствующих публикациях [26, 29–
31, 33–42, 44–47]. В дальнейшем они были ис�
пользованы для поиска растительных гомоло�
гов в базах данных UniProt (Swiss�Prot и
TrEMBL) [27]. Поиск осуществляли с приме�
нением инструмента BLASTp (SIB BLAST
Network Service) согласно следующим парамет�
рам: таксономическая группа – Viridiplantae;
весовая матрица – BLOSUM62 и E thresh�
old=10 (количество случайных выравниваний
анализируемой последовательности) с подклю�
чением «Filter the sequence for low�complexity
regions» и «Gapped alignment») (www.expasy.
org) [19].
Доменную архитектуру найденных гомоло�
гов анализировали с применением сетевых
инструментов SMART (http://smart.embl�hei�
delberg.de/) [48], Pfam (http://pfam.sanger.ac.
uk/) [49], Prosite (http://www.expasy.ch/prosite/)
[50], а также данных, представленных в базе
ISSN 0564–3783. Цитология и генетика. 2009. № 364
П.А. Карпов, Е.С. Надеждина, А.И. Емец и др.
данных Swiss�Prot. Принадлежность к соответ�
ствующему семейству той или иной протеин�
киназы подтверждали на основании результатов
анонимного сканирования аминокислотных
последовательностей растительных гомологов
(RAW�формат) с применением веб�приложе�
ния SMART (http://smart.embl�heidelberg.de/)
с подключением всех аналитических модулей.
С этой целью учитывали результаты парных
выравниваний последовательностей соответ�
ствующей протеинкиназы и ее предполагае�
мого гомолога, а также анализа их доменного
состава и архитектуры (такие результаты ска�
нирования в веб�приложении SMART – http://
smart.embl�heidelberg.de/ как соответствие мо�
делям Маркова и структуре соответствующих
доменов, гомология с модельными последова�
тельностями). Следовательно, отбор гомоло�
гов осуществляли с учетом таких показателей,
как процент идентичности между последова�
тельностями, процент их сходства и показатель
случайной ожидаемости последовательностей
(E�value) [51]. Множественные выравнивания
анализируемых аминокислотных последова�
тельностей выполняли с помощью программы
Clustal X (2.0.5) (http://www.clustal.org) с при�
менением серии матриц BLOSSUM [52].
Филогенетические древа растительных гомо�
логов протеинкиназ MAST2 и STK6_HUMAN
строили на основании результатов множествен�
ных выравниваний аминокислотных последо�
вательностей протеинкиназных доменов [17,
18] или их полных аминокислотных последо�
вательностей [53] с применением метода свя�
зывания ближайших соседей (Neighbor�join�
ing, или NJ) [54, 55]. Определение границ про�
теинкиназного домена производили с исполь�
зованием инструмента SMART (http://smart.
embl�heidelberg.de/). Визуализацию и анализ
дендрограмм выполняли c помощью программ
TreeView X Ver.5 (http://taxonomy.zoology.gla.
ac.uk/rod/treeview.html) [56] и MEGA (http://
www.megasoftware.net/) [57]. Консерватив�
ность остатков и мотивов в функционально
важных положениях растительных гомологов
оценивали на основании данных исходных
последовательностей протеинкиназ человека
(www.expasy.org).
Для реконструкции пространственной струк�
туры STALK применяли метод гомологичного
(профильного) моделирования [58]. В качестве
матрицы свертки использовали пространст�
венную структуру комплекса протеинкиназы
AURORA2 с ингибитором PHA�6806260 [59],
депонированную в Protein Data Bank (PDB)
(код доступа 2J4Z) [60]. Оптимизацию геомет�
рии построенной промодели осуществляли
путем минимизации энергии согласно методу
L�BFGS [61]. Визуализацию полученных дан�
ных производили с помощью программы DS
Visualizer 2.0 (Accelrys Software Inc.). Структур�
ные различия между STALK и AURO�RA2 оце�
нивали на основании расчета RMSD (корень
среднеквадратичного отклонения их коорди�
нат) с использованием возможностей про�
граммного пакета Swiss�Pdb Viewer 4.0 [62].
Результаты исследований и их обсуждение.
На основании информации, представленной в
доступных базах данных и опубликованных ста�
тьях [26, 29–47, 63, 64], были отобраны проте�
инкиназы человека, участвующие в фосфори�
лировании белков микротрубочек и регуля�
ции деления клеток (табл. 1). В зависимости от
сложности доменной организации протеин�
киназ для сканирования в SIB BLASTp ис�
пользовали либо их полные аминокислотные
последовательности (в случае AURKA), либо
последовательности их каталитического доме�
на (SLK, PAK7, MARK1, SLK, MAST2, TTBK1,
PLK1, PLK4 и PASK), представленные на рис.
1. Результаты сканирования базы данных
UniProt с помощью инструмента SIB BLAST
(BLASTp) позволяют обнаружить растительные
гомологи протеинкиназ человека из семейств
SLK, MAST2 и AURKA.
Растительный гомолог SLK_HUMAN
(Q9H2G2) из Vitis vinifera. Сканирование базы
UniProt выявило всего один растительный го�
молог SLK_HUMAN (Q9H2G2), оказавшийся
белком с неизвестной функцией из винограда
(Vitis vinifera) – A7P2E2_VITVI (TrEMBL) [65].
Результаты парного выравнивания консенсус�
ной области этого белка (отчет BLASTp) показа�
ли достаточно высокое сходство последователь�
ности его каталитического домена с эталонной
(идентичность – 46 %, сходство – 65 %) (рис. 2,
a и табл. 2). В структуре найденного гомолога
обнаружены функционально важные участки и
положения аминокислот, соответствующие ка�
талитическому домену S_TKc, а также участки
ІSSN 0564–3783. Цитология и генетика. 2009. № 3 65
Биоинформационный поиск растительных протеинкиназ, участвующих в фосфорилировании белков
максимальной гомологии для протеинкиназ
SLK (согласно данным статьи UniProt для
Q9H2G2 из Homo sapiens). Незначительные
различия наблюдаются только в положениях 3
(замена Асп на Лиз), 5 (замена Ала на Сер), 6
(замена Фен на Тир) и 8 (замена Лиз на Ала)
фосфат�связывающего участка (NP_BIND
ATP). Согласно шкалам Фроммеля [66] и
OMH [67] все замены, кроме положения 8, где
остаток неполярного гидрофобного Лиз заме�
нен на остаток гидрофильного Ала, носят
сходный характер. Обнаружена была также за�
мена остатка фосфосерина на фосфотреонин
в 189�м положении. Анонимное сканирование
полной последовательности A7P2E2_VITVI в
SMART позволило обнаружить каталитичес�
кий домен S_TKc в области с 213 по 467 ами�
нокислотный остаток, соответствующего
стандартной модели с E�value = 2.77e�99 (рис.
2, б).
ISSN 0564–3783. Цитология и генетика. 2009. № 366
П.А. Карпов, Е.С. Надеждина, А.И. Емец и др.
Рис. 1. Доменная архитектура протеинкиназ SLK_HUMAN (а), MAST2_HUMAN (б) и STK6_HUMAN (в): S_TKc –
каталитический домен серин�треонин киназ; S_TK_X – вспомогательный S_TKc домен; DUF1908 – домен с не�
известной функцией (DUF1908); PDZ – домен, обнаруженный в PSD�95, Dlg и ZO�1/2 (синоним: DHR – об�
ласть гомологии Dlg или GLGF relatively well conserved tetrapeptide in these domains)
Таблица 1
Протеинкиназы человека, участвующие в фосфорилировании белков микротрубочек и регуляции деления клеток
Протеинкиназа
SLK (KIAA0204, LOSK, MGC133067, STK2,
bA16H23.1, se20�9)
PAK7 (RP5�1119D9.3, KIAA1264, MGC26232, PAK5)
PAK6 (PAK5)
MARK1 (KIAA1477, MARK, MGC126512,
MGC126513)
MAST2 (MTSSK, MAST205, FLJ39200, KIAA0807,
RP4�533D7.1)
TTBK1 (BDTK, KIAA1855, RP3�330M21.4)
TTBK2 (KIAA0847, SCA11, TTBK)
AURKA (AIK, ARK1, AURA, AURORA2, BTAK,
MGC34538, STK15, STK6, STK7)
PLK1 (PLK, STPK13)
LK4 (SAK, STK18)
PASK (DKFZp434O051, DKFZp686P2031,
KIAA0135, PASKIN, STK37)
GenBank
(mRNA)
NM_014720
NM_177990
NM_020168
NM_018650
NM_015112
NM_032538
NM_173500
NM_198436
NM_005030
NM_014264
NM_015148
Ген
NC_000010.9
NC_000020.9
NC_000015.8
NC_000001.9
NC_000001.9
NC_000006.10
NC_000015.8
NC_000020.9
NC_000016.8
NC_000004.10
NC_000002.10
Локус
Chr.10; Loc.10q25.1
Chr.20; Loc.20p12
Chr.15; Loc.15q14
Chr.1; Loc.1q41
Chr.1; Loc.1p34.1
Chr.6; Loc.6p21.1
Chr.15; Loc.15q15.2
Chr.20; Loc.20q13.2�
q13.3
Chr.16; Loc.16p12.1
Chr.4; Loc.4q28
Chr.2; Loc.2q37.3
UniProt
Q9H2G2
Q9P286
Q9NQU5
Q9P0L2
Q6P0Q8
Q5TCY1
Q6IQ55
O14965
P53350
O00444
Q96RG2
Растительные гомологи MAST2_HUMAN
(Q6P0Q8). Как и в случае биоинформационного
скрининга гомологов SLK, сканирование базы
данных UniProt на наличие потенциальных рас�
тительных гомологов протеинкиназы MAST2_
HUMAN было выполнено с использованием
аминокислотной последовательности каталити�
ческого домена S_TKc, границы которого оп�
ределены на основании соответствия модели
SMART [48].
В результате сканирования базы Swiss�Prot/
TrEMBL выявлено 26 растительных гомологов
MAST2_HUMAN: 5 из V. vinifera, 8 из A. thalia�
na, 1 из O. sativa, 5 из O. sativa sp. japonica, 2 из
O. sativa sp. indica, 1 из Medicago truncatula и 4 из
Physcomitrella patens sp. patens (табл. 2). Извест�
но, что для животных протеинкиназ MAST2
характерно наличие вспомогательного С�кон�
цевого S_TK_X домена (sTKc или sTKx), на�
зываемого С�концевым протеинкиназным до�
меном [68], который вместе с каталитическим
S_TKc доменом отвечает за взаимодействие с
микротрубочками [46]. Результаты анализа до�
менной организации полных аминокислот�
ных последовательностей растительных гомо�
логов протеинкиназы MAST2_HUMAN свиде�
тельствуют о наличии в составе 11 из 26 обна�
руженных последовательностей протеинкиназ
C�концевого S_TK_X домена (SMART: SM00133):
A7PHB5, A7NTE9, A7NXD3, A5BWH0 (V.
vinifera); Q9MB45, Q9LVI5, Q94F38, Q8GZ40
(A. thaliana) и A9TQ65, A9TUB0, A9T694 (P.
patens sp. patens) (рис. 3 и табл. 2). При этом
максимальное сходство консенсусных областей
ІSSN 0564–3783. Цитология и генетика. 2009. № 3 67
Биоинформационный поиск растительных протеинкиназ, участвующих в фосфорилировании белков
Рис. 2. Характеристика растительного гомолога SLK человека, выделенного из Vitis vinifera – A7P2E2_VITVI: а –
консенсусная область; б – анализ доменной организации A7P2E2_VITVI; S_TKc – каталитический (киназный)
домен; NP_BIND (ATP) – область связывания нуклеотидфосфата; Binding site (ATP) – сайт связывания c АТФ;
ACT_SITE – акцептор протонов. FIGTP, WMAPEV, IEMAE, PMRVL – мотивы, консервативные для SLK челове�
ка и A7P2E2_VITVI винограда
Р
ис
. 3
.В
ы
р
а
в
н
и
в
а
н
и
е
к
а
та
л
и
ти
ч
е
с
к
о
го
д
о
м
е
н
а
M
A
S
T
_
H
U
M
A
N
(
Q
6
P
0
Q
8
)
и
р
а
с
ти
те
л
ь
н
ы
х
г
о
м
о
л
о
го
в
(
н
а
о
с
н
о
в
а
н
и
и
г
о
м
о
л
о
ги
и
с
M
A
S
T
2
ч
е
л
о
в
е
к
а
).
N
P
_
B
IN
D
(
A
T
P
)
–
о
б
л
а
с
т
ь
с
в
я
зы
в
а
н
и
я
н
у
к
л
е
о
т
и
д
ф
о
с
ф
а
т
а
;
B
in
d
in
g
s
it
e
(
A
T
P
)
–
с
а
й
т
с
в
я
зы
в
а
н
и
я
c
А
Т
Ф
;
A
C
T
_
S
IT
E
–
а
к
ц
е
п
т
о
р
п
р
о
т
о
н
о
в
ІSSN 0564–3783. Цитология и генетика. 2009. № 3 69
Биоинформационный поиск растительных протеинкиназ, участвующих в фосфорилировании белков
Таблица 2
Результаты поиска растительных гомологов протеинкиназ, участвующих в фосфорилировании белков
микротрубочек и регуляции деления клеток
Потенциальный
гомолог
A7P2E2_VITVI
A7QWR7_VITVI
A7PHB5_VITVI*
A7NTE9_VITVI*
A7NXD3_VITVI*
A5BWH0_VITVI*
Q9LE81_ARATH
Q9MB45_ARATH*
Q9LVI5_ARATH*
Q94F38_ARATH*
Q8GZ40_ARATH*
Q0WLU7_ARATH
Q9MAJ4_ARATH
Q9LP76_ARATH
Q9AUR3_ORYSA
Q10E10_ORYSJ
A3AM04_ORYSJ
Q2QM12_ORYSJ
Q10E09_ORYSJ
A3CJJ7_ORYSJ
A2XLA4_ORYSI
A2ZMW0_ORYSI
Q32YB5_MEDTR
A9TQ65_PHYPA*
A9TWY7_PHYPA
Vitis vinifera
–
–
–
–
Arabidopsis thaliana
–
–
–
–
–
–
–
Oryza sativa
O. sativa sp. japonica
–
–
–
–
O. sativa sp. indica
–
Medicago truncatula
Physcomitrella patens sp.
–
–
–
Bид
Vitis vinifera
База
данных
tr
tr
tr
tr
tr
tr
tr
tr
tr
tr
tr
tr
tr
tr
tr
tr
tr
tr
tr
tr
tr
tr
tr
tr
tr
tr
tr
Длина
консенсу�
са, а.к.
624
804
803
754
615
615
793
778
778
770
769
753
708
706
791
791
791
780
732
708
791
713
786
732
730
728
727
Вес вырав�
нивания
244
314
313
295
241
241
310
304
304
301
300
294
277
276
309
309
309
305
286
277
309
279
307
286
285
285
284
E�value
2e�62
5e�83
7e�83
3e�77
4e�61
4e�61
9e�82
5e�80
5e�80
4e�79
6e�79
4e�77
7e�72
1e�71
2e�81
2e�81
2e�81
3e�80
1e�74
7e�72
2e�81
2e�72
6e�81
1e�74
2e�74
3e�74
4e�74
Идентич�
ность
46
47
46
46
39
39
46
44
44
46
44
45
43
42
44
44
44
46
41
43
44
44
45
43
43
44
42
Cход�
ство
65
63
64
63
56
56
63
63
63
62
63
63
59
56
58
58
58
61
56
59
58
59
62
60
61
61
56
Gaps
2
4
1
4
9
9
4
4
4
3
4
4
11
12
7
7
7
6
9
9
7
9
6
5
6
5
9
%
SLK
MAST2
AURKA
Q5SNH4_ORYSJ
Q4R1K7_ORYSJ
A2WLL4_ORYSI
A9PFI9_POPTR
A7P4F7_VITVI
A5BPE0_VITVI
A7PY12_VITVI
B4F8A1_MAIZE
AUR2_ARATH
AUR2_ARATH Isof.2
AUR1_ARATH
AUR3_ARATH
O. sativa sp. japonica
–
O. sativa sp. indica
Populus balsamifera sp. tri�
chocarpa
Vitis vinifera
–
–
Zea mays
Arabidopsis thaliana
–
–
–
tr
tr
tr
tr
tr
tr
tr
tr
sp
sp
sp
sp
947
921
946
945
945
942
869
944
938
936
931
863
369
359
369
368
368
367
339
368
365
365
363
337
e�100
2e�97
e�100
e�100
e�100
e�100
3e�91
e�100
3e�99
4e�99
2e�98
1e�90
64
66
64
62
63
63
56
62
65
65
60
57
77
80
77
78
77
77
76
76
78
79
76
76
2
1
2
1
1
1
1
2
1
1
1
1
* Наличие вспомогательного каталитического S_TK_X домена.
каталитических доменов эталонной последова�
тельности и растительного гомолога наблюда�
лось в случае белка с неизвестной функцией
A7QWR7 из винограда (идентичность – 47 %,
сходство – 63 %) (табл. 2).
Филогенетический анализ последователь�
ностей методом ближайших соседей показал,
что общую кладу с MAST2_HUMAN на основа�
нии гомологии последовательностей каталити�
ческого домена образуют следующие раститель�
ные гомологи: Q0WLU7_ARATH, Q9MAJ4_
ARATH, Q9LE81_ARATH (A. thaliana), A7NTE9_
VITVI*, A7NXD3_VITVI*, A5BWH0_VITVI*
(V. vinifera) и Q32YB5_MEDTR (M. truncatula)
(рис. 4). Таким образом, наиболее вероятными
растительными гомологами протеинкиназ се�
мейства MAST2 являются A7NTE9_VITVI*
(423 остатка; хромосома 18), A7NXD3_VITVI*
(550 остатков; хромосома 5), A5BWH0_VITVI*
(550 остатков; хромосома 5) из V. vinifera. Имен�
но в этих случаях наблюдается наиболее высо�
кая степень сходства последовательностей, под�
твержденная результатами множественных вы�
равниваний группы гомологов (рис. 3), кла�
дистическими данными (рис. 4) и наличием
характерного для протеинкиназ MAST2 вспо�
могательного S_TK_X домена (рис. 5). Анализ
сходства протеинкиназы MAST2 человека и
потенциальных растительных гомологов по та�
ким функционально важным элементам, как
наличие вспомогательного S_TK_X домена,
консервативность аминокислотного остатка
ISSN 0564–3783. Цитология и генетика. 2009. № 370
П.А. Карпов, Е.С. Надеждина, А.И. Емец и др.
Рис. 4. Филогенетическое древо растительных гомологов MAST2 из Homo sapiens. * Растительные гомологи, содер�
жащие характерный для животных MAST2�протеинкиназ вспомогательный каталитический S_TK_X домен
Асп�635 в предполагаемом активном центре
гомологов, консервативность АТФ�связываю�
щих мотивов (NP_BIND ATP) и консерватив�
ность аминокислотного остатка Лиз�541, позво�
ляет рассматривать растительный гомолог из
винограда (A7NTE9) (рис. 5) в качестве наи�
более перспективного объекта дальнейших
исследований с привлечением структурного
моделирования и молекулярно�генетических
методов.
Растительные гомологи протеинкиназы Auro�
ra A человека (STK6_HUMAN – O14965). Про�
теинкиназа Aurora A принадлежит к группе се�
мейств серин�треониновых протеинкиназ AGC
[26] и является одной из основных протеинки�
наз, регулирующих митоз [30, 41]. В случае про�
теинкиназы Aurora A, в отличие от SLK и
MAST2, для сканирования баз данных была ис�
пользована полная последовательность STK6_
HUMAN (O14965). Это обусловлено тем, что
упомянутая протеинкиназа имеет относительно
простую доменную организацию. Ее доменный
состав представлен исключительно протеин�
киназным доменом, составляющим около 50 %
всей последовательности, и низкоструктуриро�
ванными N� и C�хвостами. В результате ска�
нирования базы UniProt с применением инст�
румента BLASTp было обнаружено 12 расти�
тельных гомологов протеинкиназы STK6_
HUMAN (рис. 6), характеризующихся, поми�
мо высокой степени сходства доменной архи�
тектуры, высоким уровнем гомологии по пос�
ледовательности протеинкиназного домена и
N� и С�придоменных участков. При этом сход�
ство аминокислотных последовательностей до�
стигало 76–80 % (при идентичности 56–66 %).
Ранее в работе, посвященной поиску расти�
тельных гомологов протеинкиназ Aurora [69],
авторами уже отмечался высокий процент иден�
тичности, характерный для каталитических до�
менов Aurora, которые обнаружены у араби�
допсиса (64–95 %). Найденные же нами го�
мологи принадлежали O. sativa sp. japonica
(Q5SNH4_ORYSJ, Q4R1K7_ORYSJ), O. sativa
ІSSN 0564–3783. Цитология и генетика. 2009. № 3 71
Биоинформационный поиск растительных протеинкиназ, участвующих в фосфорилировании белков
Рис. 5. Сходство MAST2 из H. sapiens и потенциальных растительных гомологов по наличию вспомога�
тельного S_TK_X домена, консервативности остатка Асп�635 в активном центре и АТФ�связывающих
мотивов (NP_BIND ATP и Лиз�541)
Р
ис
. 6
.В
ы
р
а
в
н
и
в
а
н
и
е
п
о
с
л
е
д
о
в
а
те
л
ь
н
о
с
те
й
S
T
K
6
_
H
U
M
A
N
(
O
1
4
9
6
5
)
и
р
а
с
ти
те
л
ь
н
ы
х
г
о
м
о
л
о
го
в
(
п
о
г
о
м
о
л
о
ги
и
к
S
T
K
6
ч
е
л
о
в
е
к
а
).
N
P
_
B
IN
D
(
A
T
P
)
–
о
б
л
а
с
ть
с
в
я
зы
в
а
н
и
я
н
у
к
л
е
о
т
и
д
ф
о
с
ф
а
т
а
;
B
in
d
in
g
s
it
e
(
A
T
P
)
–
с
а
й
т
с
в
я
зы
в
а
н
и
я
;
A
C
T
_
S
IT
E
–
а
к
ц
е
п
т
о
р
п
р
о
т
о
н
о
в
sp. indica (A2WLL4_ORYSI), Populus balsamifera
sp. trichocarpa (A9PFI9_POPTR), V. vinifera
(A7P4F7_VITVI, A5BPE0_VITVI, A7PY12_
VITVI), Zea mays (B4F8A1_MAIZE) и A. thaliana
(AUR2_ARATH, AUR2_ARATH Isof. 2, AUR1_
ARATH, AUR3_ARATH). В сочетании с низким
процентом пропусков в их последовательностях
(1–2 %) высокий уровень идентичности явля�
ется свидетельством не только гомологии пос�
ледовательности, но и гомологии пространст�
венной структуры и функции этих белков (рис.
6). Кроме того, для протеинкиназ AUR2_
ARATH, AUR2_ARATH Isof. 2, AUR1_ ARATH,
AUR3_ARATH из A. thaliana гомология уже до�
казана (в том числе функции), о чем свидетель�
ствует их депонирование в базе Swiss�Prot. В
качестве потенциальной растительной проте�
инкиназы Aurora также позиционируется пос�
ледовательность Q4R1K7_ORYSJ (OsAUR1) из
O. sativa sp. japonica, депонированная в базе дан�
ных TrEMBL [70].
Высокая консервативность положений
фунционально важных остатков и мотивов, го�
мология первичных последовательностей и
доменной организации (результаты анализа с
применением коллекции доменов и моделей
Маркова) позволяет нам определить все обна�
руженные S_TKc протеинкиназы как расти�
тельные структурные и функциональные гомо�
логи протеинкиназ Aurora человека, причем
ближайшим гомологом STK6_HUMAN, как
показал кладистический анализ (рис. 7), явля�
ется белок с неизвестной функцией A7PY12_
VITVI из V. vinifera (сходство – 76 %, идентич�
ность – 56 %, E�value = 3e�91).
Учитывая роль, которую протеинкиназы
Aurora играют в регуляции белков микротру�
бочек [47] и деления клеток [30, 41, 70], расти�
тельный гомолог A7PY12 из (Vitis vinifera), на�
званный нами STALK (S_T AURKA LIKE
KINASE), был выбран в качестве модельного
для предсказания пространственной структуры
и построения модели с применением молеку�
лярного моделирования in silico (рис. 8, см.
вклейку в конце номера). Степень идентичнос�
ти первичных структур STALK и Aurora сос�
тавляет 60,1 %, степень сходства – 81,7 %. Кро�
ме того, идентичные и гомологичные амино�
кислотные остатки распределены вдоль пеп�
тидной цепи достаточно равномерно, что га�
ІSSN 0564–3783. Цитология и генетика. 2009. № 3 73
Биоинформационный поиск растительных протеинкиназ, участвующих в фосфорилировании белков
Рис. 7. Филогенетическое древо для кладистического сравнения близости протеинкиназы STK6_
HUMAN (Aurora) и ее растительных гомологов
рантирует высокую достоверность реконстру�
ированной нами пространственной структуры
белка STALK.
Отличия в пространственной ориентации
аминокислотных остатков STALK и Aurora,
формирующих активный центр (Асп�141, Лиз�
143) и сайт связывания с АТФ (Лей�24, Гли�25,
Арг�26, Гли�27, Лиз�28, Фен�29, Гли�30, Арг�31,
Вал�32, Лиз�47), не превышают 0,3Å, в то вре�
мя как аналогичная величина для целых доме�
нов цепи составляет 0,43Å. Это свидетельствует
о большей «консервативности» пространствен�
ной структуры данных участков по сравнению
с пространственной структурой молекулы бел�
ка в целом и наряду с консервативностью ами�
нокислотного состава может служить допол�
нительным доказательством каталитических
свойств исследуемого белка. Максимальные
отличия пространственной структуры проте�
инкиназ STALK от Aurora наблюдаются в диа�
пазонах положений от 169 до 173 и от 233 до
238. Кроме того, остаток Тре�171, входящий
в состав первого структурно�вариабельного
участка протеинкиназы STALK, соответствует
фосфорилируемому остатку Тре�287 протеин�
киназы Aurora человека.
Для протеинкиназ Aurora животного проис�
хождения характерно наличие в петле актива�
ции каталитического домена консервативного
мотива (DFGWSxxxxxxxRxTxCGTxDYLPPE),
несущего остатки, фосфорилируемые цAMФ�
зависимой протеинкиназой [71]. Кроме того,
для упомянутых протеинкиназ характерно на�
личие в С�концевой области каталитического
домена мотива, именуемого «блоком разруше�
ния D2�типа» (D2�type destruction box) [Rxx
(L/I) xxVxxHPW], который, вероятно, являет�
ся мишенью при зависимом от протеосом раз�
рушении белка [72].
Анализ последовательности белка STALK
показал (практически с полным совпадением)
наличие обоих мотивов, характерных для про�
теинкиназ Aurora животных (рис. 9). Это являет�
ся дополнительным подтверждением функцио�
нальной гомологии белка STALK (A7PY12) из
винограда и протеинкиназы STK6 человека.
Таким образом, результаты поиска расти�
тельных гомологов протеинкиназ SLK, PAK6,
PAK7, MARK1, MAST2, TTBK1, TTBK2, AUR�
KA, PLK1, PLK2 и PASK человека, участвую�
щих в фосфорилировании белков микротру�
бочек и регуляции деления клеток, с большой
степенью вероятности указывают на наличие
у растений протеинкиназ SLK, MAST2 и AUR�
KA. Отсутствие у растений гомологов проте�
инкиназ PAK6, PAK7, MARK1, TTBK1,
TTBK2, PLK1, PLK2 и PASK связано, вероятно,
с серьезными различиями клеток растений и
животных по ряду белков микротрубочек. Не�
смотря на консервативность тубулинов жи�
вотных и растений, а также наличие раститель�
ных гомологов для таких белков, как БАМ�1
[73], существуют различия по ряду белков
микро�трубочек. Так, например, у растений
отсутствует группа БАМ, содержащих tau�по�
вторы (тип II) [14, 73], что, в свою очередь, мо�
жет отражаться на наличии у растений проте�
инкиназ, фосфорилирующих данные субстра�
ты. В то же время протеинкиназы, участвую�
щие в регуляции процессов, общих как для
животной, так и для растительной клетки, и
фосфорилирующие соответствующие консер�
вативные эпитопы белки микротрубочек (ту�
булин, MAP1, моторные белки и т.д.), сами де�
монстрируют существенное сходство.
Ярким примером является протеинкиназа
Aurora А, отвечающая за формирование дочер�
них центросом в предмитотической фазе, асим�
метричное деление клетки и формирование
веретена деления [47]. Поступающий от цик�
лин�зависимой протеинкиназы Cdk1 сигнал
передается на протеинкиназы «второго уров�
ня», одной из которых и является Aurora [38,
47]. В клетках животных и человека AURKA
ISSN 0564–3783. Цитология и генетика. 2009. № 374
П.А. Карпов, Е.С. Надеждина, А.И. Емец и др.
Рис. 9. Консервативные мотивы, характерные для Aurora протеинкиназ животных, которые обнаружены в соста�
ве белка STALK из V. vinifera: а – консервативный мотив активационной петли; б – блок разрушения D2�типа
(D2�type destruction box)
(Aurora kinase A) участвует в запуске митоза
[30]. При этом активация AURKA происходит
посредством образования комплекса с белком
BORA (FLJ22624; RP11–342J4.2; C13orf34)
(рис. 10) [29, 38, 44, 74].
Недавно был предложен механизм, соглас�
но которому BORA и AURKA совместно кон�
тролируют переход из фазы G2 клеточного
цикла в фазу M [44]. При этом BORA обрати�
мо связывается с Plk1 и меняет ее конформа�
цию так, что остаток Тре�210 в каталитическом
домене Plk1 становится доступным для фос�
форилирования посредством AURKA [44].
Эта цепь событий приводит к протеолизу
BORA, гиперактивации Cdk1 и запуску митоза
[45, 47] (рис. 10).
Поскольку нами показано, что среди обна�
руженных в ходе биоинформационного скри�
нинга белков наиболее близким растительным
гомологом протеинкиназы Aurora человека яв�
ляется белок с неизвестной функцией A7PY12_
VITVI (STALK) из V. vinifera (по данным анали�
за последовательностей и реконструкции про�
странственной структуры STALK), можно пред�
положить, что аналогичный механизм взаимо�
действия STALK возможен и в растительной
клетке. Однако в случае потенциальных рас�
тительных гомологов протеинкиназы SLK че�
ловека многие вопросы остаются спорными.
Протеинкиназа SLK человека демонстрирует
высокий уровень экспрессии в различных ти�
пах клеток и регулирует радиальное располо�
жение микротрубочек [75]. На основании ана�
логии с механизмом регуляции xPlk1 Xenopus
laevis [76] предполагается, что протеинкиназа
SLK человека регулирует активность Plk1 (го�
молога Plx1 X. laevis) [32], однако окончатель�
ных доказательств или опровержений указан�
ного механизма пока нет.
Таким образом, нами были выявлены расти�
тельные гомологи протеинкиназ SLK, MAST2
и Aurora A человека, принимающих участие в
фосфорилировании белков микротрубочек и
регуляции деления клеток. При этом наличие
ІSSN 0564–3783. Цитология и генетика. 2009. № 3 75
Биоинформационный поиск растительных протеинкиназ, участвующих в фосфорилировании белков
Рис. 10. Схема участия Plk1, AURKA и BORA в клеточном цикле (на основании данных литературы) [29, 38,
44, 45, 74]
у растений гомологов протеинкиназ SLK и
MAST2 показано впервые. В то же время рас�
тительных гомологов протеинкиназ PAK7,
PAK6, MARK1, TTBK1, TTBK2, PLK1, PLK4
и PASK человека выявить не удалось. Появле�
ние новых данных по секвенированию геномов
растений и животных вместе с применением
биоинформационных и экспериментальных
методов позволит продолжить и углубить ис�
следования растительных протеинкиназ, учас�
твующих в фосфорилировании белков микро�
трубочек и регуляции деления клеток.
Настоящая работа выполнена в рамках про�
екта 08–04–90454: «Сравнительный анализ ки�
номов микротрубочек животных и высших рас�
тений» (Совместный конкурс НАН Украины–
РФФИ 2008–2009 гг.).
P.A. Karpov, E.S. Nadezhdina, A.I. Yemets, V.G. Matusov,
A.Yu. Nyporko, N.Yu. Shashina, Ya.B. Blume
BIOINFORMATIC SEARCH OF PLANT PROTEIN
KINASES, PARTICIPATING IN MICROTUBULE
PROTEIN PHOSPHORILATION
AND CELL DIVISION REGULATION
Bioinformatic search of plant homologues of human
protein kinases SLK, PAK6, PAK7, MARK1, MAST2,
TTBK1, TTBK2, AURKA, PLK1, PLK2 and PASK par�
ticipating in microtubular protein phosphorylation and cell
division regulation is carried out. The homologues of pro�
tein kinases SLK, MAST2 and AURKA were identified. It
is found that closest homologue of human AURKA protein
kinase is a protein with unknown function A7PY12_VITVI
(STALK – Serine�Threonine Aurora�Like Kinase) from
grape (Vitis vinifera). Reconstruction and analysis of three�
dimensional structure of STALK protein confirmed its
relation to the group of AURKA�like protein kinases.
П.А. Карпов, Е.С. Надєждіна, А.І. Ємець, В.Г. Матусов,
О.Ю. Нипорко, Н.Ю. Шашина, Я.Б. Блюм
БІОІНФОРМАЦІЙНИЙ ПОШУК РОСЛИННИХ
ПРОТЕЇНКІНАЗ, ЩО БЕРУТЬ УЧАСТЬ
У ФОСФОРИЛЮВАННІ БІЛКІВ МІКРОТРУБОЧОК
ТА РЕГУЛЯЦІЇ КЛІИННОГО ПОДІЛУ
Виконано біоінформаційний пошук рослинних го�
мологів протеїнкіназ SLK, PAK6, PAK7, MARK1,
MAST2, TTBK1, TTBK2, AURKA, PLK1, PLK2 і PASK
людини, які беруть участь у фосфорилюванні білків
мікротрубочок та регуляції поділу клітин. Показана на�
явність у рослин гомологів протеїнкіназ SLK, MAST2
і AURKA. Визначено, що найближчим гомологом про�
теїнкінази AURKA людини є білок з невідомою функ�
цією A7PY12_VITVI (STALK – Serine�Threonine
Aurora�Like Kinase) з винограду (Vitis vinifera). Прове�
дено реконструкцію і аналіз просторової структури
білка STALK, що підтвердили його приналежність до
групи AURKA�подібних протеїнкіназ.
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
1. Надеждина Е.С., Зиновкина Л.А. Регуляция системы
микротрубочек животных клеток // Усп. биол. хи�
мии. – 1999. – 39. – P. 187–224.
2. Amos L.A. Tubulin and microtubules // Nature
Encyclopedia of Life Sciences. John Wiley & Sons, Ltd:
Chichester http://www.els.net/. – 2005. – P. 1–7.
[doi:10.1038/npg.els.0003890]
3. McKean P.G., Vaughan S., Gull K. The extended tubulin
superfamily // J. Cell Sci. – 2001. – 114. – P. 2723–
2733.
4. Демчук О.Н., Блюм Я.Б. Построение филогенети�
ческого древа растительных тубулинов на основа�
нии гомологии их белковых последовательностей //
Цитология и генетика. – 2005. – 39, № 2. – С. 3–9.
5. Ныпорко А.Ю., Блюм Я.Б. Сравнительный анализ
вторичной структуры тубулинов и FtsZ�белков //
Биополимеры и клетка. – 2001. – 17, № 1. – С. 61–
69.
6. Little M., Seehaus T. Comparative analysis of tubulin
sequences // Comp. Biochem. Physiol. – 1988. – 90B. –
P. 655–670.
7. Wang H., Chevalier D., Larue C., Cho S.K., Walkera J.C.
The protein phosphatases and protein kinases of
Arabidopsis thaliana // The Arabidopsis Book. –
Rockville, 2007. – P. 1–38.
8. Hargreaves A.J., Wandosell F., Avila J. Phosphorylation
of tubulin enhances its interaction with membranes //
Nature. – 1986. – 323, № 6091. – P. 827–828.
9. Robinson D.R., Wu Y.M., Lin S.F. The protein tyrosine
kinase family of the human genome // Oncogene. –
2000. – 19, № 49. – P. 5548–5557.
10. Blume Yа.B., Lloyd C.W., Yemets A.I. Plant tubulin
phosphorуlation and its role in cell cycle progression //
The Plant Cytoskeleton : A Key Tool for Agro�
Biotechnology / Eds Ya.B. Blume, W.V. Baird, A.I.
Yemets, D. Breviario. – Netherlands : Springer, 2008. –
P. 145–155.
11. Blume Y., Yemets A., Sulimenko V., Sulimenko T., Chan J.,
Lloyd C., Dráber P. Tyrosine phosphorylation of plant
tubulin // Planta. – 2008. – 229, № 1. – P. 143–150.
12. Yemets A., Sheremet Y., Vissenberg K., Van Orden J.,
Verbelen J.P., Blume Y.B. Effects of tyrosine kinase and
phosphatase inhibitors on microtubules in Arabidopsis
root cells // Cell Biol Int. – 2008. – 32, № 6. – P. 630–
637.
13. Шеремет Я.А., Емец А.И., Вербелен Ж.�П.,
Блюм Я.Б. Влияние ингибиторов протеинкиназ
и протеинфосфатаз на прохождение митоза в син�
ISSN 0564–3783. Цитология и генетика. 2009. № 376
П.А. Карпов, Е.С. Надеждина, А.И. Емец и др.
хронизированной культуре клеток табака BY�2 //
Цитология. – 2007. – 49, № 9. – С. 807–808.
14. Karpov P.A., Blume Y.B. Bioinformatic search for plant
homologues of animal structural MAPs in the
Arabidopsis thaliana genome // The Plant Cytoskeleton:
A Key Tool for Agro�Biotechnology / Eds Ya.B.
Blume, W.V. Baird, A.I. Yemets, D. Breviario. –
Netherlands : Springer, 2008. – P. 373– 397.
15. Hamada T. Microtubule�associated proteins in higher
plants // J. Plant Res. – 2007. – 20, № 1. – P. 79–98.
16. Sedbrook J.C. MAPs in plant cells: delineating micro�
tubule growth dynamics and organization // Curr.
Opin. Plant Biol. – 2004. – 7, № 6. – P. 632–640.
17. Chunhua Z., Brankle S., Mallery E., Szymanski D.B.
Composition and function of the Arabidopsis WAVE
complex during epidermal morphogenesis // 16th Int.
Conf. on Arabidopsis Res. (15–19 June, 2005) :
Abstracts. – Madison, 2005. – P. 131.
18. Hanks S.K., Quinn A.M. Protein kinase catalytic domain
sequence database: identification of conserved features
of primary structure and classification of family mem�
bers // Meth. Enzym. – 1991. – 200. – P. 38– 62.
19. Korf I., Yandell M., Bedell J. BLAST. 2003. Published
by O’Reilly & Associates, Inc., 1005 Gravenstein
Highway North, Sebastopol, CA 95472. – 368 p.
20. Lucini C., Castaldo L., Lamanna C., Maruccio L., Ve�
ga J.A., Gargiulo G. Neuronal and non�neuronal Trk
neurotrophin receptor�like proteins in Eisenia foetida
(Annelida Oligochaeta) // Neurosci. Lett. – 1999. –
261. – P. 163–166.
21. Miller M.A., Malik I.A., Shenk M.A., Steele R.E. The
Src/Csk regulatory circuit arose early in metazoan evo�
lution // Oncogene. – 2000. – 19, № 34. – P. 3925–
3930.
22. Müller P., Aichinger C., Feldbrügge M., Kahmann R.
The MAP kinase kpp2 regulates mating and pathogen�
ic development in Ustilago maydis // Mol. Microbiol. –
1999. – 34, № 5. – P. 1007–1017.
23. Rikke B.A., Murakami S., Johnson T.E. Paralogy and
orthology of tyrosine kinases that can extend the life
span of Caenorhabditis elegans // Mol. Biol. Evol. –
2000. – 17, № 5. – P. 671–683.
24. Sakuma M., Onodera H., Suyemitsu T., Yamasu K. The
protein tyrosine kinases of the sea urchin Anthocidaris
crassispina // Zool. Sci. – 1997. – 14. – P. 941–946.
25. Suga H., Hoshiyama D., Kuraku S., Katoh K., Kuboka�
wa K., Miyata T. Protein tyrosine kinase cDNAs from
amphioxus, hagfish, and lamprey: isoform duplications
around the divergence of cyclostomes and gnathos�
tomes // J. Mol. Evol. – 1999. – 49, № 5. – P. 601–608.
26. Manning G., Whyte D.B., Martinez R., Hunter T.,
Sudarsanam S. The protein kinase complement of the
human genome // Science. – 2002. – 298, № 5600. –
P. 1912–1934.
27. The UniProt Consortium. The Universal Protein
Resource (UniProt) // Nucl. Acids Res. – 2008. – 36. –
D190�D195. [doi:10.1093/nar/gkm895]
28. Benson D.A., Karsch�Mizrachi I., Lipman D.J., Ostell J.,
Wheeler D.L. GenBank // Nucl. Acids Res. – 2005. –
33. – D34�D38. [doi:10.1093/nar/gki063]
29. Bailly E., Doree M., Nurse P., Bornens M. p34cdc2 is
located in both nucleus and cytoplasm; part is centro�
somally associated at G2/M and enters vesicles at
anaphase // EMBO J. – 1989. – 8, № 13. – P. 3985–
3995.
30. Bettencourt�Dias M., Giet R., Sinka R., Mazumdar A.,
Lock W.G., Balloux F., Zafiropoulos P.J., Yamaguchi S.,
Winter S., Carthew R.W., Cooper M., Jones D., Frenz L.,
Glover D.M. Genome�wide survey of protein kinases
required for cell cycle progression // Nature. – 2004. –
432. – P. 980–987.
31. Bettencourt�Dias M., Rodrigues�Martins A., Carpenter L.,
Riparbelli M., Lehmann L., Gatt M.K., Carmo N.,
Balloux F., Callaini G., Glover D.M. SAK/PLK4 is
required for centriole duplication and flagella develop�
ment // Curr. Biol. – 2005. – 15. – P. 2199–2207.
32. Burakov A.V., Zhapparova O.N., Kovalenko O.V., Zinov�
kina L.A., Potekhina E.S., Shanina N.A., Weiss D.G.,
Kuznetsov S.A, Nadezhdina E.S. Ste20�related protein
kinase LOSK (SLK) controls microtubule radial
array in interphase // Mol. Biol. Cell. – 2008. – 19. –
P. 1952–1961.
33. Chaar Z., O’reilly P., Gelman I., Sabourin L.A. v�Src�
dependent down�regulation of the Ste20�like kinase
SLK by casein kinase II // J. Biol. Chem. – 2006. –
281, № 38. – P. 28193–28199.
34. Drewes G., Ebneth A., Preuss U., Mandelkow E.�M.,
Mandelkow E. MARK, a novel family of protein kinas�
es that phosphorylate microtubule�associated proteins
and trigger microtubule disruption // Cell.– 1997. –
89. – P. 297–308.
35. Eswaran J., Lee W.H., Debreczeni J.E., Filippakopou�
los P., Turnbull A., Fedorov O., Deacon S.W., Peterson J.R.,
Knapp S. Crystal structures of the p21�activated kinas�
es PAK4, PAK5, and PAK6 reveal catalytic domain
plasticity of active group II PAKs // Structure. – 2007. –
15, № 2. – P. 201–213.
36. Hofer T., Spielmann P., Stengel P., Stier B., Katschin� ski
D.M., Desbaillets I., Gassmann M., Wenger R.H. Mam�
malian PASKIN, a PAS�serine/threonine kinase related
to bacterial oxygen sensors // Biochem. Biophys. Res.
Communs. – 2001. – 288, № 4. – P. 757– 764.
37. Houlden H., Johnson J., Gardner�Thorpe C., Lashley T.,
Hernandez D., Worth P., Singleton A.B., Hilton D.A.,
Holton J., Revesz T., Davis M.B., Giunti P., Wood N.W.
Mutations in TTBK2, encoding a kinase implicated in
tau phosphorylation, segregate with spinocerebellar atax�
ia type 11 // Nat. Genet. – 2007. – 39, № 12. – P. 1434–
1436.
38. Hutterer A., Berdnik D., Wirtz�Peitz F., igman M.,
ІSSN 0564–3783. Цитология и генетика. 2009. № 3 77
Биоинформационный поиск растительных протеинкиназ, участвующих в фосфорилировании белков
Schleiffer A., Knoblich J.A. Mitotic activation of the
kinase Aurora�A requires its binding partner Bora //
Dev. Cell. – 2006. – 11. – P. 147–157.
39. Matenia D., Griesshaber B., Li X.Y., Thiessen A., Johne C.,
Jiao J., Mandelkow E., Mandelkow E.M. PAK5 kinase
is an inhibitor of MARK/Par�1, which leads to stable
microtubules and dynamic actin // Mol. Biol. Cell. –
2005. – 16, № 9. – P. 4410–4422.
40. Neef R., Gruneberg U., Kopajtich R., Li X., Nigg E.A.,
Sillje H., Barr F.A. Choice of Plk1 docking partners
during mitosis and cytokinesis is controlled by the acti�
vation state of Cdk1 // Nat. Cell Biol. – 2007. – 9,
№ 4. – P. 436–444.
41. Nigg E.A. Mitotic kinases as regulators of cell division
and its checkpoints // Nature Rev. Mol. Cell Biol. –
2001.– 2. – P. 21–32.
42. O’regan L., Blot J., Fry A.M. Mitotic regulation by
NIMA�related kinases // Cell Div. – 2007. – 2. – P. 25.
43. Sato S., Cerny R.L., Buescher J.L., Ikezu T. A Tau�tubu�
lin kinase 1 (TTBK1), a neuron�specific tau kinase can�
didate, is involved in tau phosphorylation and aggrega�
tion // J. Neurochem. – 2006. – 98, № 5. – P. 1573–
1584.
44. Seki О.A., Coppinger J.A., Jang C.�Y., Yates J.R., Fang
G. Bora and the kinase Aurora A cooperatively activate
the kinase Plk1 and control mitotic entry // Science. –
2008. – 320, № 20. – P. 1655–1658.
45. Seki A., Coppinger J.A., Du H., Jang C.Y., Yates J.R. 3rd,
Fang G. Plk1� and beta�TrCP�dependent degradation
of Bora controls mitotic progression // J. Cell. Biol. –
2008. – 181, № 1. – P. 65–78.
46. Walden P.D., Cowan N.J. A novel 205�kilodalton testis�
specific serine/threonine protein kinase associated with
microtubules of the spermatid manchette // Mol. Cell
Biol. – 1993. – 13, № 12. – P. 7625–7635.
47. Wiese C., O’Brien L.L. What’s so Bor (a) ing about
Aurora�A activation? // Dev. Cell. – 2006. – 11, № 2. –
P. 133–134.
48. Letunic I., Copley R.R., Pils B., Pinkert S., Schultz J.,
Bork P. SMART 5: domains in the context of genomes
and networks // Nucl. Acids Res. – 2006. – 34. –
D257�D260. [doi:10.1093/nar/gkj104]
49. Finn R.D., Tate J., Mistry J., Coggill P.C., Sammut J.S.,
Hotz H.R., Ceric G., Forslund K., Eddy S.R., Sonnham�
mer E.L., Bateman A. The Pfam protein families data�
base // Nucl. Acids Res. – 2008. – 36. – D281–D288.
[doi:10.1093/nar/gkm960]
50. Hulo N., Bairoch A., Bulliard V., Cerutti L., Cuche B.,
De Castro E., Lachaize C., Langendijk�Genevaux P.S.,
Sigrist C.J.A. The 20 years of PROSITE // Nucl. Acids
Res. – 2008. – 36. –D245–D249. [doi:10.1093/nar/
gkm977]
51. Claverie J.�M., Notredame C. Bioinformatics for dum�
mies. – New York : Wiley Publ., 2007. – 436 p.
52. Larkin M.A., Blackshields G., Brown N.P., Chenna R.,
McGettigan P.A., McWilliam H., Valentin F., Wallace
I.M., Wilm A., Lopez R., Thompson J.D., Gibson T.J.,
Higgins D.G. Clustal W and Clustal X version 2.0 //
Bioinformatics. – 2007. – 23. – P. 2947–2948.
53. Larkin E.K., Morris N.J., Li Y., Nock N.L., Stein C.M.
Comparison of affected sibling�pair linkage methods to
identify gene � gene interaction in GAW15 simulated
data // BMC Proc. – 2007b. – 1 (Suppl 1.) – S66.
54. Atteson K. The performance of neighbor�joining algo�
rithms of phylogeny reconstruction // Lecture Notes in
Computer Science / Eds T. Jiang, D. Lee. – Berlin :
Springer�Verlag, 1997. – 1276. – P.101–110.
55. Nei M., Kumar S. Molecular evolution and phylogenet�
ics. – New York : Oxford Univ. Press, 2000. – 333 p.
56. Page R.D.M. TREEVIEW: An application to display
phylogenetic trees on personal computers // Comp.
Appl. Biosci. – 1996. – 12. – P. 357–358.
57. Kumar S., Dudley J., Nei M., Tamura K. MEGA: A
biologist�centric software for evolutionary analysis of
DNA and protein sequences // Brief. Bioinform. –
2008. – 9. – P. 299–306.
58. Krieger E., Nabuurs S.B., Vriend G. Homology model�
ing // Structural Bioinformatics / Eds P.E. Bourne, H. We�
issig. – Hoboken: John Wiley & Sons, 2003. – P. 509–
524.
59. Fancelli D., Moll J., Varasi M., Bravo R., Artico R.,
Berta D., Bindi S., Cameron A., Candiani I., Cappella P.,
Carpinelli P., Croci W., Forte B., Giorgini M.L., Klapwijk
J., Marsiglio A., Pesenti E., Rocchetti M., Roletto F.,
Severino D., Soncini C., Storici P., Tonani R., Zugnoni
P., Vianello P. 1,4,5,6�tetrahydropyrrolo [3,4�c] pyra�
zoles: identification of a potent Aurora kinase inhibitor
with a favorable antitumor kinase inhibition profile //
J. Med. Chem. – 2006. – 49. –Р. 7247–7251.
60. Berman H.M., Westbrook J., Feng Z., Gilliland G.,
Bhat T.N., Weissig H., Shindyalov I.N., Bourne P.E.
The Protein Data Bank // Nucl. Acids Res. – 2000. –
28. – P. 235–242.
61. Das B., Meirovitch H., Navon I.M. Performance of
hybrid methods for large�scale unconstrained opti�
mization as applied to models of proteins // J. Comput.
Chem. – 2003. – 24. – P. 1222–12231.
62. Guex N., Peitsch M.C. SWISS�MODEL and the Swiss�
PdbViewer : An environment for comparative protein
modeling // Electrophoresis. – 1997. – 18. – P. 2714–
2723.
63. Потехина Е.С., Зиновкина Л.А., Надеждина Е.С.
Характеристика ферментативной активности про�
теинкиназы LOSK: возможная регуляторная роль
структурного домена // Биохимия. – 2003. – 68. –
С. 225–234.
64. Zinovkina L., Burakov A., Kovalenko O., Potekhina E.,
Nadezhdina E.. Catalytically dead LOSK (SLK) kinase
domain inhibits microtubule organization activity of
ISSN 0564–3783. Цитология и генетика. 2009. № 378
П.А. Карпов, Е.С. Надеждина, А.И. Емец и др.
centrosome // Cell Motil. and Cytoskel. – 2003. – 54. –
P. 182.
65. Jaillon O., Aury J.M., Noel B., Policriti A., Clepet C.,
Casagrande A., Choisne N., Aubourg S., Vitulo N., Jubin C.,
Vezzi A., Legeai F., Hugueney P., Dasilva C., Horner D.,
Mica E., Jublot D., Poulain J., Bruyure C., Billault A.,
Segurens B., Gouyvenoux M., Ugarte E., Cattonaro F.,
Anthouard V., Vico V., Del Fabbro C., Alaux M., Di
Gaspero G., Dumas V., Felice N., Paillard S., Juman I.,
Moroldo M., Scalabrin S., Canaguier A., Le Clainche I.,
Malacrida G., Durand E., Pesole G., Laucou V., Cha�
telet P., Merdinoglu D., Delledonne M., Pezzotti M.,
Lecharny A., Scarpelli C., Artiguenave F., Pu M.E., Va�
lle G., Morgante M., Caboche M., Adam�Blondon A.F.,
Weissenbach J., Quйtier F., Wincker P. The grapevine
genome sequence suggests ancestral hexaploidization
in major angiosperm phyla // Nature. – 2007. – 449. –
P. 463–467.
66. Frommel C. The apolar surface area of amino acids and
its empirical correlation with hydrophobic free energy //
J. Theor. Biol. – 1984. – 111. – P. 247–260.
67. Sweet R.M., Eisenberg D. Correlation of sequence
hydrophobicities measures similarity in three�dimen�
sional protein structure // J. Mol. Biol. – 1983. – 171. –
P. 479–488.
68. Sun L., Gu S., Li X., Sun Y., Zheng D., Yu K., Ji C.,
Tang R., Xie Y., Mao Y. Identification of a novel human
MAST4 gene, a new member of the microtubule asso�
ciated serine�threonine kinase family // Мол. биоло�
гия.– 2006. – 40, № 5. – P. 808–815.
69. Demidov D., VanDamme D.l., Geelen D., Blattner F.R.,
Houben A. Identification and dynamics of two classes of
Aurora�like kinases in Arabidopsis and other plants //
Plant Cell. – 2005. – 17. – P. 836–848.
70. Kawabe A., Matsunaga S., Nakagawa K., Kurihara D.,
Yoneda A., Hasezawa S., Uchiyama S., Fukui K.
Characterization of plant Aurora kinases during mito�
sis // Plant Mol Biol. – 2005. – 58, № 1. – P. 1–13.
71. Walter A.O., Seghezzi W., Korver W., Sheung J., Lees E.
The mitotic serine/threonine kinase Aurora2/AIK is
regulated by phosphorylation and degradation //
Oncogene. – 2000. – 19. – P. 4906–4916.
72. Arlot�Bonnemains Y., Klotzbucher A., Giet R., Uzbekov
R., Bihan R., Prigent C. Identification of a functional
destruction box in the Xenopus laevis Aurora�A kinase
pEg2 // FEBS Lett. – 2001. – 508. – P.149–152.
73. Guo L., Ho C.M., Kong Z., Lee Y.R., Qian Q., Liu B.
Evaluating the microtubule cytoskeleton and its inter�
acting proteins in monocots by mining the rice genome //
Ann. Bot. – 2009. – 103, № 3. – P. 387–402.
74. Riabowol K., Draetta G., Brizuela L., Vandre D., Beach
D. The cdc2 kinase is a nuclear protein that is essential
for mitosis in mammalian cells // Cell. – 1989. – 57,
№ 3. – P. 393–401.
75. Коваленко О.В., Бураков А.В., Зиновкина Л.А., Поте�
хина Е.С., Надеждина Е.С. Протеинкиназа LOSK/
SLK регулирует радиальное расположение мик�
ротрубочек в клетке // Цитология. – 2003. – 45. –
P. 886–887.
76. Qian Y.W., Erikson E., Maller J.L. Purification and
cloning of a protein kinase that phosphorylates and
activates the polo�like kinase Plx1 // Science. – 1998. –
282. – P. 1701–1704.
Поступила 27.01.09
ІSSN 0564–3783. Цитология и генетика. 2009. № 3 79
Биоинформационный поиск растительных протеинкиназ, участвующих в фосфорилировании белков
|
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-66646 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 0564-3783 |
| language | Russian |
| last_indexed | 2025-12-07T13:09:41Z |
| publishDate | 2009 |
| publisher | Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Карпов, П.А. Надеждина, Е.С. Емец, А.И. Матусов, В.Г. Ныпорко, А.Ю. Шашина, Н.Ю. Блюм, Я.Б. 2014-07-19T18:36:59Z 2014-07-19T18:36:59Z 2009 Биоинформационный поиск растительных протеинкиназ, участвующих в фосфорилировании белков микротрубочек и регуляции деления клеток / П.А. Карпов, Е.С. Надеждина, А.И. Емец, В.Г. Матусов, А.Ю. Ныпорко, Н.Ю. Шашина, Я.Б. Блюм // Цитология и генетика. — 2009. — Т. 43, № 3. — С. 63-79. — Бібліогр.: 76 назв. — рос. 0564-3783 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/66646 577.212:004 Выполнен биоинформационный поиск растительных гомологов протеинкиназ SLK, PAK6, PAK7, MARK1, MAST2, TTBK1, TTBK2, AURKA, PLK1, PLK2 и PASK человека (Homo sapiens), участвующих в фосфорилировании белков микротрубочек и регуляции деления клеток. Показано наличие у растений гомологов протеинкиназ SLK, MAST2 и AURKA. Определено, что ближайшим гомологом протеинкиназы AURKA человека является белок с неизвестной функцией A7PY12_VITVI (STALK – SerineThreonine Aurora Like Kinase) из винограда (Vitis vinifera). Выполнены реконструкция и анализ пространственной структуры белка STALK, подтвердившие его принадлежность к группе AURKA-подобных протеинкиназ. Виконано біоінформаційний пошук рослинних гомологів протеїнкіназ SLK, PAK6, PAK7, MARK1, MAST2, TTBK1, TTBK2, AURKA, PLK1, PLK2 і PASK людини, які беруть участь у фосфорилюванні білків мікротрубочок та регуляції поділу клітин. Показана наявність у рослин гомологів протеїнкіназ SLK, MAST2 і AURKA. Визначено, що найближчим гомологом протеїнкінази AURKA людини є білок з невідомою функцією A7PY12_VITVI (STALK – Serine-Threonine Aurora-Like Kinase) з винограду (Vitis vinifera). Проведено реконструкцію і аналіз просторової структури білка STALK, що підтвердили його приналежність до групи AURKA-подібних протеїнкіназ. Bioinformatic search of plant homologues of human protein kinases SLK, PAK6, PAK7, MARK1, MAST2, TTBK1, TTBK2, AURKA, PLK1, PLK2 and PASK participating in microtubular protein phosphorylation and cell division regulation is carried out. The homologues of protein kinases SLK, MAST2 and AURKA were identified. It is found that closest homologue of human AURKA protein kinase is a protein with unknown function A7PY12_VITVI (STALK – Serine-Threonine Aurora-Like Kinase) from grape (Vitis vinifera). Reconstruction and analysis of threedimensional structure of STALK protein confirmed its relation to the group of AURKA like protein kinases. Настоящая работа выполнена в рамках проекта 08–04–90454: «Сравнительный анализ киномов микротрубочек животных и высших растений» (Совместный конкурс НАН Украины–РФФИ 2008–2009 гг.). ru Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України Цитология и генетика Оригинальные работы Биоинформационный поиск растительных протеинкиназ, участвующих в фосфорилировании белков микротрубочек и регуляции деления клеток Біоінформаційний пошук рослинних протеїнкіназ, що беруть участь у фосфорилюванні білків мікротрубочок та регуляції кліинного поділу Bioinformatic search of plant protein kinases, participating in microtubule protein phosphorilation and cell division regulation Article published earlier |
| spellingShingle | Биоинформационный поиск растительных протеинкиназ, участвующих в фосфорилировании белков микротрубочек и регуляции деления клеток Карпов, П.А. Надеждина, Е.С. Емец, А.И. Матусов, В.Г. Ныпорко, А.Ю. Шашина, Н.Ю. Блюм, Я.Б. Оригинальные работы |
| title | Биоинформационный поиск растительных протеинкиназ, участвующих в фосфорилировании белков микротрубочек и регуляции деления клеток |
| title_alt | Біоінформаційний пошук рослинних протеїнкіназ, що беруть участь у фосфорилюванні білків мікротрубочок та регуляції кліинного поділу Bioinformatic search of plant protein kinases, participating in microtubule protein phosphorilation and cell division regulation |
| title_full | Биоинформационный поиск растительных протеинкиназ, участвующих в фосфорилировании белков микротрубочек и регуляции деления клеток |
| title_fullStr | Биоинформационный поиск растительных протеинкиназ, участвующих в фосфорилировании белков микротрубочек и регуляции деления клеток |
| title_full_unstemmed | Биоинформационный поиск растительных протеинкиназ, участвующих в фосфорилировании белков микротрубочек и регуляции деления клеток |
| title_short | Биоинформационный поиск растительных протеинкиназ, участвующих в фосфорилировании белков микротрубочек и регуляции деления клеток |
| title_sort | биоинформационный поиск растительных протеинкиназ, участвующих в фосфорилировании белков микротрубочек и регуляции деления клеток |
| topic | Оригинальные работы |
| topic_facet | Оригинальные работы |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/66646 |
| work_keys_str_mv | AT karpovpa bioinformacionnyipoiskrastitelʹnyhproteinkinazučastvuûŝihvfosforilirovaniibelkovmikrotrubočekiregulâciideleniâkletok AT nadeždinaes bioinformacionnyipoiskrastitelʹnyhproteinkinazučastvuûŝihvfosforilirovaniibelkovmikrotrubočekiregulâciideleniâkletok AT emecai bioinformacionnyipoiskrastitelʹnyhproteinkinazučastvuûŝihvfosforilirovaniibelkovmikrotrubočekiregulâciideleniâkletok AT matusovvg bioinformacionnyipoiskrastitelʹnyhproteinkinazučastvuûŝihvfosforilirovaniibelkovmikrotrubočekiregulâciideleniâkletok AT nyporkoaû bioinformacionnyipoiskrastitelʹnyhproteinkinazučastvuûŝihvfosforilirovaniibelkovmikrotrubočekiregulâciideleniâkletok AT šašinanû bioinformacionnyipoiskrastitelʹnyhproteinkinazučastvuûŝihvfosforilirovaniibelkovmikrotrubočekiregulâciideleniâkletok AT blûmâb bioinformacionnyipoiskrastitelʹnyhproteinkinazučastvuûŝihvfosforilirovaniibelkovmikrotrubočekiregulâciideleniâkletok AT karpovpa bíoínformacíiniipošukroslinnihproteínkínazŝoberutʹučastʹufosforilûvanníbílkívmíkrotrubočoktaregulâcííklíinnogopodílu AT nadeždinaes bíoínformacíiniipošukroslinnihproteínkínazŝoberutʹučastʹufosforilûvanníbílkívmíkrotrubočoktaregulâcííklíinnogopodílu AT emecai bíoínformacíiniipošukroslinnihproteínkínazŝoberutʹučastʹufosforilûvanníbílkívmíkrotrubočoktaregulâcííklíinnogopodílu AT matusovvg bíoínformacíiniipošukroslinnihproteínkínazŝoberutʹučastʹufosforilûvanníbílkívmíkrotrubočoktaregulâcííklíinnogopodílu AT nyporkoaû bíoínformacíiniipošukroslinnihproteínkínazŝoberutʹučastʹufosforilûvanníbílkívmíkrotrubočoktaregulâcííklíinnogopodílu AT šašinanû bíoínformacíiniipošukroslinnihproteínkínazŝoberutʹučastʹufosforilûvanníbílkívmíkrotrubočoktaregulâcííklíinnogopodílu AT blûmâb bíoínformacíiniipošukroslinnihproteínkínazŝoberutʹučastʹufosforilûvanníbílkívmíkrotrubočoktaregulâcííklíinnogopodílu AT karpovpa bioinformaticsearchofplantproteinkinasesparticipatinginmicrotubuleproteinphosphorilationandcelldivisionregulation AT nadeždinaes bioinformaticsearchofplantproteinkinasesparticipatinginmicrotubuleproteinphosphorilationandcelldivisionregulation AT emecai bioinformaticsearchofplantproteinkinasesparticipatinginmicrotubuleproteinphosphorilationandcelldivisionregulation AT matusovvg bioinformaticsearchofplantproteinkinasesparticipatinginmicrotubuleproteinphosphorilationandcelldivisionregulation AT nyporkoaû bioinformaticsearchofplantproteinkinasesparticipatinginmicrotubuleproteinphosphorilationandcelldivisionregulation AT šašinanû bioinformaticsearchofplantproteinkinasesparticipatinginmicrotubuleproteinphosphorilationandcelldivisionregulation AT blûmâb bioinformaticsearchofplantproteinkinasesparticipatinginmicrotubuleproteinphosphorilationandcelldivisionregulation |