ДНК-ідентифікація сортів рису (Oryza sativa L.) української селекції

За допомогою аналізу 25 SSR маркерів проведено оцінку генетичного різноманіття, диференціацію та ідентифікацію 11 сортів рису селекції Інституту рису УААН. Створено генетичні формули досліджених сортів за алельним складом 12 поліморфних мікросателітних локусів. UPGMA-кластерний аналіз із використанн...

Повний опис

Збережено в:

Бібліографічні деталі
Дата:	2011
Автори:	Безуглий, М.Д., Сиволап, Ю.М., Галаєв, О.В., Дудченко, В.В., Вожегова, Р.А.
Формат:	Стаття
Мова:	Ukrainian
Опубліковано:	Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України 2011
Назва видання:	Цитология и генетика
Теми:	Оригинальные работы
Онлайн доступ:	https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/66821
Теги:	Додати тег Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
Назва журналу:	Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Цитувати:	ДНК-ідентифікація сортів рису (Oryza sativa L.) української селекції / М.Д. Безуглий, Ю.М. Сиволап, О.В. Галаєв, В.В. Дудченко, Р.А. Вожегова // Цитология и генетика. — 2011. — Т. 45, № 1. — С. 35-40. — Бібліогр.: 21 назв. — укр.

Репозитарії

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine

id	nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-66821
record_format	dspace
spelling	nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-668212025-02-09T12:54:57Z ДНК-ідентифікація сортів рису (Oryza sativa L.) української селекції ДНК-идентификация сортов риса (Oryza sativa L.) украинской селекции DNA-identification of rice varieties (Oryza sativa L.) of Ukrainian breeding Безуглий, М.Д. Сиволап, Ю.М. Галаєв, О.В. Дудченко, В.В. Вожегова, Р.А. Оригинальные работы За допомогою аналізу 25 SSR маркерів проведено оцінку генетичного різноманіття, диференціацію та ідентифікацію 11 сортів рису селекції Інституту рису УААН. Створено генетичні формули досліджених сортів за алельним складом 12 поліморфних мікросателітних локусів. UPGMA-кластерний аналіз із використанням генетичних дистанцій дозволив диференціювати сорти рису і показав, що українські сорти рису близькі між собою в генетичному відношенні. В цілому використання SSR маркерів виявилося ефективним інструментом для оцінки генетичного різноманіття та генотипування сортів рису української селекції. С помощью 25 SSR локусов проведена оценка генетического разнообразия, дифференциация и идентификация 11 сортов риса Института риса НААН Украины. Созданы генетические формулы сортов согласно аллельному составу 12 полиморфных микросателлитных локусов. UPGMA кластерный анализ, основанный на генетических дистанциях, позволил дифференцировать сорта риса и показал генетическое подобие украинских сортов. В целом SSR анализ оказался эффективным инструментом для оценки генетического разнообразия и генотипирования сортов риса украинской селекции. Genetic diversity of 11 rice varieties of the Institute of rice UAAS was assessed using a set of 25 SSR loci. Based on analyses of 12 polymorphic microsatillite loci the procedures for composing genetic formulas of varieties and their identification have been elaborated. UPGMA-cluster-analysis based on genetic distance coefficients clearly separated all the varieties into two groups, and showed that the Ukrainian rice varieties are closely related. Although the genetic diversity was low, SSRs proved to be an efficient tool in assessing the genetic diversity of rice genotypes. 2011 Article ДНК-ідентифікація сортів рису (Oryza sativa L.) української селекції / М.Д. Безуглий, Ю.М. Сиволап, О.В. Галаєв, В.В. Дудченко, Р.А. Вожегова // Цитология и генетика. — 2011. — Т. 45, № 1. — С. 35-40. — Бібліогр.: 21 назв. — укр. 0564-3783 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/66821 577.2:631.581.15 uk Цитология и генетика application/pdf Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України
institution	Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection	DSpace DC
language	Ukrainian
topic	Оригинальные работы Оригинальные работы
spellingShingle	Оригинальные работы Оригинальные работы Безуглий, М.Д. Сиволап, Ю.М. Галаєв, О.В. Дудченко, В.В. Вожегова, Р.А. ДНК-ідентифікація сортів рису (Oryza sativa L.) української селекції Цитология и генетика
description	За допомогою аналізу 25 SSR маркерів проведено оцінку генетичного різноманіття, диференціацію та ідентифікацію 11 сортів рису селекції Інституту рису УААН. Створено генетичні формули досліджених сортів за алельним складом 12 поліморфних мікросателітних локусів. UPGMA-кластерний аналіз із використанням генетичних дистанцій дозволив диференціювати сорти рису і показав, що українські сорти рису близькі між собою в генетичному відношенні. В цілому використання SSR маркерів виявилося ефективним інструментом для оцінки генетичного різноманіття та генотипування сортів рису української селекції.
format	Article
author	Безуглий, М.Д. Сиволап, Ю.М. Галаєв, О.В. Дудченко, В.В. Вожегова, Р.А.
author_facet	Безуглий, М.Д. Сиволап, Ю.М. Галаєв, О.В. Дудченко, В.В. Вожегова, Р.А.
author_sort	Безуглий, М.Д.
title	ДНК-ідентифікація сортів рису (Oryza sativa L.) української селекції
title_short	ДНК-ідентифікація сортів рису (Oryza sativa L.) української селекції
title_full	ДНК-ідентифікація сортів рису (Oryza sativa L.) української селекції
title_fullStr	ДНК-ідентифікація сортів рису (Oryza sativa L.) української селекції
title_full_unstemmed	ДНК-ідентифікація сортів рису (Oryza sativa L.) української селекції
title_sort	днк-ідентифікація сортів рису (oryza sativa l.) української селекції
publisher	Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України
publishDate	2011
topic_facet	Оригинальные работы
url	https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/66821
citation_txt	ДНК-ідентифікація сортів рису (Oryza sativa L.) української селекції / М.Д. Безуглий, Ю.М. Сиволап, О.В. Галаєв, В.В. Дудченко, Р.А. Вожегова // Цитология и генетика. — 2011. — Т. 45, № 1. — С. 35-40. — Бібліогр.: 21 назв. — укр.
series	Цитология и генетика
work_keys_str_mv	AT bezuglijmd dnkídentifíkacíâsortívrisuoryzasativalukraínsʹkoíselekcíí AT sivolapûm dnkídentifíkacíâsortívrisuoryzasativalukraínsʹkoíselekcíí AT galaêvov dnkídentifíkacíâsortívrisuoryzasativalukraínsʹkoíselekcíí AT dudčenkovv dnkídentifíkacíâsortívrisuoryzasativalukraínsʹkoíselekcíí AT vožegovara dnkídentifíkacíâsortívrisuoryzasativalukraínsʹkoíselekcíí AT bezuglijmd dnkidentifikaciâsortovrisaoryzasativalukrainskojselekcii AT sivolapûm dnkidentifikaciâsortovrisaoryzasativalukrainskojselekcii AT galaêvov dnkidentifikaciâsortovrisaoryzasativalukrainskojselekcii AT dudčenkovv dnkidentifikaciâsortovrisaoryzasativalukrainskojselekcii AT vožegovara dnkidentifikaciâsortovrisaoryzasativalukrainskojselekcii AT bezuglijmd dnaidentificationofricevarietiesoryzasativalofukrainianbreeding AT sivolapûm dnaidentificationofricevarietiesoryzasativalofukrainianbreeding AT galaêvov dnaidentificationofricevarietiesoryzasativalofukrainianbreeding AT dudčenkovv dnaidentificationofricevarietiesoryzasativalofukrainianbreeding AT vožegovara dnaidentificationofricevarietiesoryzasativalofukrainianbreeding
first_indexed	2025-11-26T01:19:26Z
last_indexed	2025-11-26T01:19:26Z
_version_	1849813864965734400
fulltext	УДК 577.2:631.581.15 М.Д. БЕЗУГЛИЙ 1, Ю.М. СИВОЛАП 2, О.В. ГАЛАЄВ 2, В.В. ДУДЧЕНКО 3, Р.А. ВОЖЕГОВА 3 1 Українська академія аграрних наук, Київ Email: bezuglym@ukr.net 2 Південний біотехнологічний центр в рослинництві НААН України, Одеса Email: genome2006@mail.ru 3 Інститут рису НААН України, с. Антоновка Еmail: rice@askad.net ДНК�ІДЕНТИФІКАЦІЯ СОРТІВ РИСУ (ORYZA SATIVA L.) УКРАЇНСЬКОЇ СЕЛЕКЦІЇ За допомогою аналізу 25 SSR маркерів проведено оцін� ку генетичного різноманіття, диференціацію та іден� тифікацію 11 сортів рису селекції Інституту рису УААН. Створено генетичні формули досліджених сортів за алельним складом 12 поліморфних мікросателітних локусів. UPGMA�кластерний аналіз із використанням генетичних дистанцій дозволив диференціювати сорти рису і показав, що українські сорти рису близькі між собою в генетичному відношенні. В цілому використання SSR маркерів виявилося ефективним інструментом для оцінки генетичного різноманіття та генотипування сортів рису української селекції. Вступ. Рис є однією з найбільш поширених сільськогосподарських рослин. Його вирощу� ють у понад 100 країнах світу на площах близь� ко 150 млн га, а виробництво сягає 500 млн т на рік. Рис по праву вважається однією з най� важливіших культур нашої планети і продуктом харчування значної частини населення Землі. В нашій країні рис не є провідною культурою, в той же час очевидна необхідність збільшення валових зборів зерна і важливість генетико� селекційних досліджень для рослинництва України [1]. У порівнянні з іншими видами сільсько� господарських культур генетичне різноманіт� тя зародкової плазми рису в світі досить вели� ке. Три підвиди (indica, japonica та javanica) складають великий резервуар зародкової плазми рису [2, 3]. Незважаючи на багатство генетичних ресурсів, лише мала частина сві� тової зародкової плазми колекції рису вико� ристана в селекційних програмах. Як наслі� док, спостерігається висока генетична подіб� ність комерційних сортів рису в усьому світі. З літературних джерел відомо, що, незважаю� чи на існування генетичної різноманітності в зародковій плазмі рису різних країн, загаль� ною особливістю є тісний генетичний зв’язок між сортами [4–6]. Знання про розмір генетичної мінливості та генетичні взаємовідносини між сортами мають важливе значення для розробки ефективної програми селекції та захисту авторських прав. Недостатня розпізнавальна здатність тради� ційних морфологічних та біохімічних методів диференціації та ідентифікації сортів рису по� сівного (Oryza sativa L.) потребує використання сучасних методів на основі ДНК�технологій, а саме ДНК�профілювання [7]. Розроблено системи ДНК�маркерів, що дозволяють дифе� ренціювати генотипи різних видів рослин, зок� рема рису. Одними з найбільш інформативних і технологічних є мікросателітні маркери, або SSR. Послідовності гіперваріабельних мікро� сателітів розподілені по всьому геному, і завдя� ки їх аналізу можна здійснювати диференцію� вання та ідентифікацію навіть генетично близьких сортів культурних рослин, в тому числі і рису [8, 9]. Система ідентифікації та паспортизації сортів сільськогосподарських рослин представляє сорт у вигляді формули, що відбиває алельний стан добраних локусів [10]. ІSSN 0564–3783. Цитология и генетика. 2011. № 1 35 © М.Д. БЕЗУГЛИЙ, Ю.М. СИВОЛАП, О.В. ГАЛАЄВ, В.В. ДУДЧЕНКО, Р.А. ВОЖЕГОВА, 2011 Мета роботи полягала у оцінці генетичного різноманіття 11 українських сортів рису за до� помогою ПЛР з 25 парами праймерів до мік� росателітних локусів для їх диференціації та ідентифікації. Матеріали і методи. Об’єктом дослідження слугували 11 оригінальних сортів рису (Oryza sati� va L.), надані Інститутом рису НААНУ (табл. 1). ДНК виділяли з етильованих проростків за допомогою ЦТАБ�методу згідно з протоколом [7]. Праймери для SSR аналізу, що характери� зуються високою роздільною здатністю наве� дено в табл. 2. Ампліфікацію проводили на приборі «Тер� цик» («ДНК�технология», Росія). Склад реак� ційної суміші: 50 мМ КСl, 20 мМ тріс�НСl (рН 8,4 за умов 25 °С), 0,01 % Tween�20, 2 мМ MgCl2, 0,25 мкМ кожного праймера, 0,2 мМ кожного dNTP, 100–150 нг ДНК, 1 од. Taq�по� лімерази. У кожну пробірку нашаровували по 30 мкл мінеральної олії. Умови ампліфікації: ISSN 0564–3783. Цитология и генетика. 2011. № 136 М.Д. Безуглий, Ю.М. Сиволап, О.В. Галаєв та ін. Таблиця 2 Список праймерів для аналізу мікросателітних локусів рису SSR�локус Хромосома Послідовність (5'�3') Температура від� палювання, °СПрямий праймер Зворотний праймер RM1 OSR13 RM19 RM20 RM21 RM105 RM125 RM133 RM154 RM161 RM222 RM259 RM283 RM307 RM316 RM338 RM408 RM452 RM455 RM474 RM489 RM495 RM507 RM510 RM552 1 3 12 – – 9 7 6 2 5 – – 1 4 9 3 8 2 7 10 3 1 5 6 11 gcgaaaacacaatgcaaaaa catttgtgcgtcacggagta caaaaacagagcagatgac atcttgtccctgcaggtcat acgtattccgtaggcacgg gtcgtcgacccatcggagccac atcagcagccatggcagcgacc ttggattgttttgctggctcgc accctctccgcctcgcctcctc tgcagatgagaagcggcgcctc cttaaatgggccacatgcg tggagtttgagaggaggg gtctacatgtacccttgttggg gtactaccgacctaccgttcac ctagttgggcatacgatggc cacaggagcaggagaagagc caacgagctaacttccgtcc ctgatcgagagcgttaaggg aacaacccaccacctgtctc aagatgtacgggtggcattc acttgagacgatcggacacc aatccaaggtgcagagatgg cttaagctccagccgaaatg aaccggattagtttctcgcc cgcagttgtggatttcagtg gcgttggttggacctgac agccacagcgcccatctctc ctcaagatggacgccaaga gaaacagaggcacatttcattg gctccatgagggtggtagag tggtcgaggtggggatcgggtc aggggatcatgtgccgaaggcc ggaacacggggtcggaagcgac ctcctcctcctgcgaccgctcc tgtgtcatcagacggcgctccg caaagcttccggccaaaag cttgttgcatggtgccatgt cggcatgagagtctgtgatg ctgctatgcatgaactgctc acgcttatatgttacgtcaac ggcaaaccgatcactcagtc actgctacttgggtagctgacc gggatcaaaccacgtttctg agaaggaaaagggctcgatc tatgagctggtgagcaatgg tcacccatggatgttgtcag caacgatgacgaacacaacc ctcaccctcatcatcgcc tgaggacgacgagcagattc tgctcaacgtttgactgtcc 55 53 55 63 61 63 63 63 61 61 55 61 61 55 55 55 55 61 57 55 55 55 55 57 55 Таблиця 1 Родовід сортів рису Україна�96 Онтаріо Пам’яті Гічкі� на Віконт Агат Престиж Дебют Серпневий Янтарний Преміум Антей (ВНДІР�7736 � КП�6) � (Am � Прику� банський) (Аіст � Оріон) � Прикубанський (Прикубанський � Соляріс) � Мутант� 428 УкрНДС 8382 � Лиман УкрНДС�2151 � (Am � Прикубанський) [(Піонер � Дубровський�129) � ВНДІР� 137] � Спальчик (Am � Прикубанський) � УкрНДС�2151 Am � БКМ [(Сатурн � ВНДІР�6082) � ВНДІР�621] � � (IT2–12/1973 � ВНДІР�1160) [(Піонер � Дубровський�129) � ВНДІР� 137] � Спальчик (Д�262 � Слов’янець) � Прикубансь� кий Сорт Походження початкова денатурація – 94 °С 2 хв, 35 циклів за наступних режимів: відпалювання 53 °С (55, 57, 61 °С в залежності від праймера) 30 с, елонгація 72 °С 1 хв, денатурація 92 °С 30 с, заключна елонгація – 4 хв при 72 °С. Електро� форез продуктів ампліфікації проводили в де� натуруючому 10%�ному поліакриламідному гелі у 1�ТВЕ буферній системі при постійній напру� зі 500 В протягом 2–3 год в апараті для верти� кального гель�електрофорезу «Hoefer Scientific Instruments» (США). Гелі фарбували азотнокис� лим сріблом. Документували отримані електро� фореграми за допомогою відеосистеми «Image Master VDS» («AmershamPharmaciaBiotech», США). Розмір фрагментів ДНК визначали за допомогою комп’ютерної програми «Image Master 1 D Elite» відносно ДНК маркера (ДНК фрагментів, отриманих завдяки обробці ДНК плазміди pUC19 рестриктазою MspI). Різноманітність алелів SSR локусів оціню� вали за допомогою індексу поліморфності – PIC (Polimorphic Index Content) за формулою де Pij – частота j алеля для маркера i, n – за� гальна кількість алелів [12]. Генетичні дистанції за даними електрофоре� тичного розподілу продуктів ампліфікації вста� новлювали за допомогою комп’ютерної програ� ми «TREES» [13] з використанням алгоритму Нея і Лі [14]. Кластерний аналіз генетичних дистанцій здійснювали незваженим парно� груповим методом з арифметичним усеред� ненням – UPGMA. ІSSN 0564–3783. Цитология и генетика. 2011. № 1 37 ДНК�ідентифікація сортів рису (Oryza sativa L.) української селекції Таблиця 3 Алельний склад генотипів 11 сортів рису за 25 мікросателітними локусами * Маркери, за якими виявлено поліморфізм. У к р а їн а �9 6 П р е с т и ж С е р п н е в и й О н т а р іо А н т е й В ік о н т Д е б ю т П р е м іу м П а м ’я ті Г іч � к ін а К іл ь к іс т ь а л е л ів РІС, Н Маркер RM1* OSR13 RM19 RM125 RM133 RM154 RM307* RM316* RM408 RM452 RM474* RM489 RM495 RM507 RM552* RM20* RM21* RM105 RM161* RM222* RM259* RM283* RM338 RM455 RM510* 3 1 1 1 1 1 3 2 1 1 2 1 1 1 5 2 2 1 3 3 2 2 1 1 2 0,625 0 0 0 0 0 0,455 0,166 0 0 0,397 0 0 0 0,547 0,497 0,199 0 0,563 0,315 0,497 0,463 0 0 0,298 97 100 213 114 233 184 133 198 128 212 253 269 160 257 215 204 143 111 172 184 159 155 184 132 119 91 100 213 114 233 184 130 198 128 212 253 269 160 257 215 204 143, 130 111 172 184 159 157 184 132 121 97 100 213 114 233 184 133 198 128 212 250 269 160 257 222 201 143 111 170 184 164 155 184 132 121 94 100 213 114 233 184 130 198 128 212 250 269 160 257 208, 215 201 143, 130 111 172 null 159 155 184 132 121 97 100 213 114 233 184 133 202 128 212 253 269 160 257 222 204 143 111 176 187 164 157 184 132 121 97 100 213 114 233 184 133, 135 198 128 212 253 269 160 257 231 204 143 111 176 184 164 155 184 132 119 94 100 213 114 233 184 133 198 128 212 250 269 160 257 215, 270 201 143 111 172 184 159 155 184 132 121 97 100 213 114 233 184 133 198 128 212 253 269 160 257 215 201 130 111 172 184 164 155 184 132 121 91 100 213 114 233 184 133 198 128 212 253 269 160 257 222 204 143 111 172 184 159 157 184 132 121 91 100 213 114 233 184 130 198 128 212 253 269 160 257 215 201 143 111 176 184 159 157 184 132 121 91 100 213 114 233 184 130 198 128 212 253 269 160 257 222 201 130 111 176 184 164 155 184 132 121 А га т Я н т а р н и й Результати досліджень та їх обговорення. ПЛР�аналіз мікросателітних локусів. Рівень ге� нетичної варіабельності сортів рису тестували шляхом аналізу 50 індивідуальних рослин кож� ного сорту за двома мікросателітними локуса� ми – RM495 та RM552. Оскільки матеріал ви� явився гетерогенним за локусом RM552, в по� дальшому для аналізу кожного сорту викорис� товували суміш ДНК з п’яти паростків. В 11 проаналізованих українських сортів рису з 25 SSR локусів лише 12 (48 %) виявилися полі� морфними. В цілому ідентифіковано 44 алеля (табл. 3). Середня кількість алелів на локус становила 1,76 (від 1 до 5). Аналіз тільки полі� морфних локусів дозволив виявити в загальній кількості 31 алель, при цьому середня кіль� кість алелів зросла до 2,58, варіюючи в діапа� зоні від 2 до 5 (табл. 3). Це значення є досить низьким порівнянно із значенням, що було отримано у дослідженні світової колекції рису (діапазон варіювання кількості алелів на локус дорівнював 2–11, склавши в середньому 6,3) [15, 16], але збігається з даними, що отримані при дослідженні невеликих виборок сортів [17–19]. Індекс поліморфності, що характеризує ге� нетичну різноманітність, варіював від 0 до 0,625 і склав в середньому 0,201. Це значення виявилося майже втричі менше, ніж отримане за умов аналізу сортів рису світової колекції (Н = 0,68) [16]. З 44 алелів 8 виявилися сортоспецифічними, по два для сортів Агат, Янтарний і Віконт та по одному для сортів Антей і Дебют. Для складан� ня молекулярно�генетичних паспортів гено� типів рису враховано 12 мікросателітних локу� сів, в яких виявлено поліморфізм. За їх алель� ним станом створено генетичні формули для 11 досліджених сортів рису (табл. 4). ISSN 0564–3783. Цитология и генетика. 2011. № 138 М.Д. Безуглий, Ю.М. Сиволап, О.В. Галаєв та ін. Таблиця 4 Генетичні формули сортів рису селекції Інституту рису УААН Генетична формулаСорт Україна�96 Онтаріо Пам'яті Гічкіна Віконт Агат Престиж Дебют Серпневий Янтарний Преміум Антей A91B201C143D176E184F159G157H130I198J253 K121L215 A97B201C130D172E184F164G155H133I198J253 K121L215 A97B204C143D172E184F159G155H133I198J253 K119L215 A94B201C143,130D172Enull,nullF159G155H130 I198J250K121L208,215 A97B204C143D176E184F164G155H133,135I198 J253K119L231 A91B201C130D176E184F164G155H130I198J253 K121L222 A97B201C143D170E184F164G155H133I198J250 K121L222 A91B204C143D172E184F159G157H133I198J253 K121L222 A97B204C143D176E187F164G157H133I202J253 K121L222 A91B204C143,130D172E184F159G157H130I198 J253K121L215 A94B201C143D172E184F159G155H133I198J250 K121L215,270 Таблиця 5 Генетичні дистанції між 11 сортами рису Сорта рису Україна� 96 Преміум Дебют Віконт Янтарний Агат Антей Онтаріо Серпне� вий Престиж Пам'яті Гічкіна Преміум Дебют Віконт Янтарний Агат Антей Онтаріо Серпневий Престиж 0,176 0,240 0,333 0,269 0,208 0,269 0,280 0,294 0,240 0,423 0,137 0,308 0,216 0,396 0,216 0,176 0,231 0,176 0,132 0,373 0,308 0,160 0,216 0,160 0,231 0,280 0,216 0,176 0,160 0,098 0,240 0,308 0,200 0,255 0,216 0,240 0,320 0,216 0,200 0,269 0,280 0,255 0,294 0,160 0,240 0,240 0,098 0,280 0,231 0,280 0,294 0,216 0,240 0,160 0,160 Генетичні відносини між сортами рису. На під� ставі частот алелів досліджених SSR локусів розраховано генетичні дистанції Nei, Lі [14]. Вони варіювали в межах від 0,16 до 0,42, склав� ши в середньому 0,22 (табл. 5). Отримані дані свідчать про високу ступінь спорідненості та низьку генетичну диференціацію досліджених сортів. В цілому вони узгоджуються з результа� тами генетичного аналізу латиноамерикансь� ких [6, 20], японських [18] та корейських [21] сортів рису з використанням SSR маркерів. На підставі значень генетичних дистанцій за до� помогою UPGMA�аналізу було проведено клас� теризацію сортів. Як видно з рисунка, сорти рису української селекції розділилися на дві основні групи. Перша група включає сорти Пам’яті Гічкіна, Агат, Янтарний, а друга група – решту досліджених сортів. Висновки. За допомогою аналізу 25 SSR маркерів проведено оцінку генетичного різ� номаніття, диференціацію та ідентифікацію 11 сортів рису селекції Інституту рису УААН. Створено генетичні формули досліджених сортів за алельним складом 12 поліморфних мікросателітних локусів. Проведений клас� терний аналіз з використанням генетичних дистанцій дозволив розділити 11 сортів на дві групи і показав, що досліджені сорти тісно зв’язані між собою. Незважаючи на те, що ге� нетична диференціація сортів була низькою, використання SSR маркерів виявилося ефек� тивним інструментом для оцінки генетичного різноманіття та генотипування сортів рису української селекції. M.D. Bezugliy, Yu.M. Sivolap, A.V. Galaev, V.V. Dudchenko, R.A. Vozhegova DNA�IDENTIFICATION OF RICE VARIETIES (ORYZA SATIVA L.) OF UKRAINIAN BREEDING Genetic diversity of 11 rice varieties of the Institute of rice UAAS was assessed using a set of 25 SSR loci. Based on analyses of 12 polymorphic microsatillite loci the pro� cedures for composing genetic formulas of varieties and their identification have been elaborated. UPGMA�clus� ter�analysis based on genetic distance coefficients clearly separated all the varieties into two groups, and showed that the Ukrainian rice varieties are closely related. Although the genetic diversity was low, SSRs proved to be an efficient tool in assessing the genetic diversity of rice genotypes. М.Д. Безуглый, Ю.М. Сиволап, А.В. Галаев, В.В. Дудченко, Р.А. Вожегова ДНК�ИДЕНТИФИКАЦИЯ СОРТОВ РИСА (ORYZA SATIVA L.) УКРАИНСКОЙ СЕЛЕКЦИИ С помощью 25 SSR локусов проведена оценка ге� нетического разнообразия, дифференциация и иден� тификация 11 сортов риса Института риса НААН ІSSN 0564–3783. Цитология и генетика. 2011. № 1 39 ДНК�ідентифікація сортів рису (Oryza sativa L.) української селекції Дендрограма, що відбиває генетичні взаємовідносини сортів рису і побудована за допомо� гою UPGMA�аналізу з використанням генетичної дистанції Нея і Лі [14] Украины. Созданы генетические формулы сортов со� гласно аллельному составу 12 полиморфных микроса� теллитных локусов. UPGMA�кластерный анализ, основанный на генетических дистанциях, позволил дифференцировать сорта риса и показал генетическое подобие украинских сортов. В целом SSR�анализ ока� зался эффективным инструментом для оценки гене� тического разнообразия и генотипирования сортов риса украинской селекции. СПИСОК ЛІТЕРАТУРИ 1. http://rice.in.ua 2. Lu H., Redus M.A., Coburn J.R., Rutger J.N., McCouch S.R., Tai T.H. Population structure and breeding pat� terns of 145 US rice cultivars based on SSR marker analysis // Crop Sci. – 2005. – 45, № 1. – P. 66–76. 3. Garris A.J., Tai T.H., Coburn J.R., Kresovich S., McCouch S.R. Genetic structure and diversity in Oryza sativa L. // Genetics. – 2005. – 169, № 3. – P. 1631– 1638. 4. Cuevas�Perez F.E., Guimarales E.P., Berrio L.E., Gonzales D.I. Genetic base of the irrigated rice in Latin America and the Caribbean // Crop Sci. – 1992. – 32, № 4. – P. 1054–1059. 5. Guimarales E.P., Borrero J., Ospina�Rey Y. Genetic diversity of upland rice germplasm distributed in Latin America // Pesquisa Agr. Brasil. – 1995. – 31, № 3. – P. 187–194. 6. Fuentes J.L., Escobar F., Alvarez A., Gallago G., Duque M.C., Ferrer M., Deus J.E., Tohme J. Analyses of genet� ic diversity in Cuban rice varieties using isozyme, RAPD and AFLP markers // Euphytica. – 1999. – 109, № 2. – P. 107–115. 7. Использование ПЦР�анализа в генетико�селекцион� ных исследованиях : Науч.�метод. руководство / Под ред. Ю.М. Сиволапа. – К.: Аграр. наука, 1998. – 156 с. 8. Xu Y., Beachell H., McCouch S.R. A marker�based approach to broadening the genetic base of rice in USA // Crop Sci. – 2004. – 44. – P. 1947–1959. 9. Jeung J.U., Hwang H.G., Moon H.P., Jena K.K. Fingerprinting temperate japonica and tropical indica rice genotypes by comparative analysis of DNA mark� ers // Euphytica. – 2005. – 146, № 3. – P. 239–251. 10. Сиволап Ю.М., Чеботар С.В., Волкодав В.В. Дифе� ренціація і ідентифікація сортів м’якої пшениці (Triticum aestivum L.) за допомогою SSR�аналізу: Наук.�метод. керівництво. – Одеса, 2004. – 9 с. 11. http://www.gramene.org/markers 12. Nei M. Molecular evolutionary genetics. – New York: Columbia Univ. Press, 1987. – 512 p. ISBN 0231063210. 13. Календарь Р.Н. Компьютерная программа для по� строения эволюционных деревьев на основе элект� рофореграмм ДНК и белков // Молекулярно�гене� тические маркеры и селекция растений : Материа� лы конф. (10–13 мая 1994 г.). – К., 1994. – С. 25– 26. 14. Nei M., Li W.�H. Mathematical model for studying ge� netics variation in terms of restriction endonucleases // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. – 1979. – 76. – P. 5269– 5273. 15. Olufowote J.O., Xu Y., Chen X., Goto M., McCouch S.R., Park W.D., Beachell H.M., Dilday R.H. Comparative evaluation of within�cultivar variation of rice (Oryza sativa L.) using microsatellite and RFLP markers // Genome. – 1997. – 40, № 3. – P. 370–378. 16. Yu S.B., Xu W.J., Vijayakumar C.H.M., Ali J., Fu B.Y., Xu J.L., Jiang Y.Z., Marghirang R., Domingo J., Aquino C., Virmani S.S., Li Z.K. Molecular diversity and multilo� cus organization of the parental lines used in the International Rice Molecular Breeding Program // Theor. and Appl. Genet. – 2003. – 108, № 1. – P. 131– 140. 17. Cho Y.G., Ishii T., Temnykh S.V., Chen X., Lipovich L., McCouch S.R., Park W.D., Ayres N., Cartinhour S. Diversity of microsatellites derived from genomic libraries and GenBank sequences in rice (Oryza sativa L.) // Theor. and Appl. Genet. – 2000. – 100, № 5. – P. 713–722. 18. Hashimoto Z., Mori N., Kawamura M., Ishii T., Yoshida S., Ikegami M., Takumi S., Nakamura C. Genetic diversity and phylogeny of Japanese sake�brewing rice as revealed by AFLP and nuclear and chloroplast SSR markers // Theor. and Appl. Genet. – 2004. – 109, № 8. – P. 1586–1596. 19. Siwach P., Jain S., Saini N., Chowdhury V.K., Jain R.K. Allelic diversity among Basmati and non�Basmati long�grain indica rice varieties using microsatellite markers // J. Plant Biochem. and Biotechnol. – 2004. – 13. – P. 25–32. 20. Ghneim�Herrera T., Duque D.P., Almeida I.P., Nùñez G.T., Pieters A.J., Martinez C.P., Tohme J.M. Assessment of genetic diversity in Venezuelan rice cul� tivars using simple sequence repeats markers // Electron. J. Biotechnol. – 2008. – 11, № 5. – http://www.ejbiotechnology.info/content/vol11/issue5 /full/6/index.html#. 21. Song M.T., Lee J.H., Cho Y.S., Jeon Y.H., Lee S.B., Ku J.H., Choi S.H., Hwang H.G. Narrow genetic back� ground of Korean rice germplasm as revealed by DNA fingerprinting with SSR markers and their pedigree infor� mation // Korean J. Genet. – 2002. – 24. – P. 397– 403. Надійшла 23.09.09 ISSN 0564–3783. Цитология и генетика. 2011. № 140 М.Д. Безуглий, Ю.М. Сиволап, О.В. Галаєв та ін.

ДНК-ідентифікація сортів рису (Oryza sativa L.) української селекції

Репозитарії

Схожі ресурси