Реконструкция пространственной структуры комплексов растительных протеинфосфатаз типа 1 и 2А с окадаиновой кислотой

На основании известных пространственных структур протеинфосфатаз 1 и 2А из Homo sapiens выполнено профильное моделирование их растительных гомологов из Arabidopsis thaliana. Качество построенных моделей подтверждено значениями среднеквадратических отклонений между атомами и результатами конфирмацион...

Повний опис

Збережено в:

Бібліографічні деталі
Опубліковано в: :	Цитология и генетика
Дата:	2011
Автори:	Самофалова, Д.А., Карпов, П.А., Ныпорко, А.Ю., Блюм Я.Б.
Формат:	Стаття
Мова:	Російська
Опубліковано:	Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України 2011
Теми:	Оригинальные работы
Онлайн доступ:	https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/66840
Теги:	Додати тег Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
Назва журналу:	Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Цитувати:	Реконструкция пространственной структуры комплексов растительных протеинфосфатаз типа 1 и 2А с окадаиновой кислотой / Д.А. Самофалова, П.А. Карпов, А.Ю. Ныпорко, Я.Б. Блюм // Цитология и генетика. — 2011. — Т. 45, № 3. — С. 26-34. — Бібліогр.: 55 назв. — рос.

Репозитарії

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine

_version_	1859739770535542784
author	Самофалова, Д.А. Карпов, П.А. Ныпорко, А.Ю. Блюм Я.Б.
author_facet	Самофалова, Д.А. Карпов, П.А. Ныпорко, А.Ю. Блюм Я.Б.
citation_txt	Реконструкция пространственной структуры комплексов растительных протеинфосфатаз типа 1 и 2А с окадаиновой кислотой / Д.А. Самофалова, П.А. Карпов, А.Ю. Ныпорко, Я.Б. Блюм // Цитология и генетика. — 2011. — Т. 45, № 3. — С. 26-34. — Бібліогр.: 55 назв. — рос.
collection	DSpace DC
container_title	Цитология и генетика
description	На основании известных пространственных структур протеинфосфатаз 1 и 2А из Homo sapiens выполнено профильное моделирование их растительных гомологов из Arabidopsis thaliana. Качество построенных моделей подтверждено значениями среднеквадратических отклонений между атомами и результатами конфирмационного анализа. По результатам сравнительного анализа и молекулярной динамики идентифицированы и подтверждены сайты связывания окадаиновой кислоты молекулами протеинфосфатаз типов 1 и 2А из A. thaliana. На підставі відомих просторових структур протеїнфосфатаз 1 та 2А з Homo sapiens виконано профільне моделювання їхніх рослинних гомологів з Arabidopsis thaliana. Якість побудованих моделей підтверджена значеннями середньоквадратичних відхилень між атомами, а також даними конформаційного аналізу. За результатами порівняльного аналізу і молекулярної динаміки ідентифіковано і підтверджено сайти зв’язування окадаїнової кислоти молекулами протеїнфосфатаз типів 1 і 2А з A. thaliana. The homology modeling, based on known temple structures of Homo sapiens protein phosphatase type-1 and -2А was implemented. The spatial structures of the human protein phosphatases and their plant homologs from Arabidopsis thaliana was predicted. The quality of models was confirmed by conformational analysis and root mean square deviations. The sites of okadaic acid binding in molecules of plant protein phosphatases (type-1 and -2А) were proved by the data of comparative analysis and molecular dynamics.
first_indexed	2025-12-01T17:44:17Z
format	Article
fulltext	УДК 577.212:004 Д.А. САМОФАЛОВА, П.А. КАРПОВ, А.Ю. НЫПОРКО, Я.Б. БЛЮМ Институт пищевой биотехнологии и геномики НАН Украины, Киев E)mail: samofalova_dariya@i.ua РЕКОНСТРУКЦИЯ ПРОСТРАНСТВЕННОЙ СТРУКТУРЫ КОМПЛЕКСОВ РАСТИТЕЛЬНЫХ ПРОТЕИНФОСФАТАЗ ТИПА 1 И 2А С ОКАДАИНОВОЙ КИСЛОТОЙ На основании известных пространственных струк� тур протеинфосфатаз 1 и 2А из Homo sapiens выполнено профильное моделирование их растительных гомологов из Arabidopsis thaliana. Качество построенных моделей подтверждено значениями среднеквадратических откло� нений между атомами и результатами конфирмацион� ного анализа. По результатам сравнительного анализа и молекулярной динамики идентифицированы и подтвер� ждены сайты связывания окадаиновой кислоты молеку� лами протеинфосфатаз типов 1 и 2А из A. thaliana. Введение. Обратимое фосфорилирование, осуществляемое целостной системой фермен� тов – протеинкиназ и протеинфосфатаз, пред� ставляет собой универсальный механизм регу� ляции структурных и функциональных свойств обширной группы белков [1, 2]. Процесс дефос� форилирования является таким же важным, как и процесс фосфорилирования белков, со� ответственно протеинфосфатазы являются обязательными интегральными компонентами целого ряда жизненно важных сигнальных сис� тем клетки [3]. В отличие от протеинкиназ, имеющих общее эволюционное происхожде� ние, разные группы протеинфосфатаз (ПФ) бе� рут свое начало от различных предковых по� следовательностей и отличаются по структуре и механизмам действия [4]. Основываясь на сходстве последователь� ностей, пространственной структуры и меха� низма катализа, протеинфосфатазы разделяют на три основные группы [4, 5]. Первая группа объединяет классические серин�треонинспе� цифичные (протеинфосфатазы 1, 2(A, В, С), 4, 5, 6 и 7) и Mg2+/Mn2+�зависимые протеинфос� фатазы. Вторая группа представлена семейст� вом тирозинфосфатаз, дефосфорилирующих белки по остаткам тирозина. Третья, наименее изученная группа, представлена аспаргин� специфичными протеинфосфатазами, содер� жащими характерный DXDXT/V мотив ката� литической структуры [4, 6, 7]. Известно, что in vivo серин�треониновые протеинфосфатазы существуют в виде набора олигомерных комплексов, состоящих из мно� жественных комбинаций каталитических и регуляторных субъединиц (типы укладки субъединиц – α+β, α/β либо все α) [8], и кон� тролируют широкий спектр сигнальных путей за счет непосредственного гидролиза фосфо� рилированного субстрата [9]. Процесс гидро� лиза происходит при участии двух кофакторов – ионов металлов (как правило, Mn2+ и/или Mg2+), связанных ковалентными связями в ак� тивном центре фермента, и регуляторной субъединицы, формирующей подковообраз� ный «каркас», который поддерживает катали� тическую субъединицу с помощью специфич� ного C�хвоста [9, 10]. Эффективным инструментом исследования и доказательства процессов обратимого фосфо� рилирования белков является анализ с приме� нением селективных ингибиторов протеинки� ISSN 0564–3783. Цитология и генетика. 2011. № 326 © Д.А. САМОФАЛОВА, П.А. КАРПОВ, А.Ю. НЫПОРКО, Я.Б. БЛЮМ, 2011 наз и протеинфосфатаз [11]. Одним из таких высокоспецифичных ингибиторов протеин� фосфатаз является окадаиновая кислота (рис. 1) [11–14] – монокарбоновая кислота C44H68O13 (молекулярная масса – 764,9 Да), впервые выделенная из губок Halichondria okadai и H. melanodocia [15], а также продуци� руемая динофлагеллятами Prorocentrum lima [12] и Dinophysis sp. [13, 16]. Гидрофобность окадаиновой кислоты позволяет ей проникать внутрь клетки и стимулировать фосфорилиро� вание белков [17] подобно механизму дейст� вия инсулина [18]. Она вызывает вазодиляцию [19], увеличивает выпуск трансмиттеров при нейромышечном соединении [20] и является мощным канцерогенным агентом [21]. Ре� зультаты ряда экспериментов на животных объектах свидетельствуют о том, что окадаи� новая кислота является селективным ингиби� тором протеинфосфатаз типов 1 и 2А [10, 16, 22–24]. Селективное ингибирующие действие окадаиновой кислоты было неоднократно подтверждено в экспериментах на раститель� ных клетках [25–28], в том числе было доказа� но ее влияние на структуру микротрубочек [29]. Являясь сильным и специфическим ин� гибитором протеинфосфатаз типов 1 и 2А, окадаиновая кислота имеет более низкое сродство к ПФ типа 2В и не ингибирует ПФ типа 2С [30]. Именно в силу такой селективной актив� ности окадаиновая кислота является важным инструментом для изучения протеинфосфатаз и выяснения их функциональной роли как в клетках животных, так и растений. Например показано, что обработка корней Arabidopsis thaliana окадаиновой кислотой приводит к стабилизации кортикальных микротрубочек, изменяет их организацию с поперечной на хао� тичную и может вызывать их полную дезорга� низацию [29]. Кроме того, обработка окадаино� вой кислотой влияет на морфологию корне� вых волосков, вызывая их вздутие и ветвление, что напрямую связано с нарушением ориента� ции микротрубочек [29]. Известно большое количество селективных ингибиторов протеинфосфатаз типов 1 и 2А, но именно окадаиновая кислота представляет собой первоочередной объект для исследова� ний структурно�биологических механизмов ингибирования протеинфосфатаз, поскольку в настоящее время экспериментально установ� лен сайт ее связывания с протеинфосфатаза� ми животного происхождения [10, 31–33]. В то же время, несмотря на значительный про� гресс в понимании механизмов функциони� рования протеинфосфатаз у растений [1, 34], особенности взаимодействия растительных гомологов животных протеинфосфатаз с ока� даиновой кислотой (с учетом возможных от� личий пространственной структуры) остаются неизученными. Поэтому целью настоящего исследования явилось изучение структурных механизмов специфического взаимодействия окадаиновой кислоты с протеинфосфатазами растений и сравнительный анализ сайтов ее связывания на поверхности молекул протеин� фосфатаз из животных и растений. Материалы и методы. Поиск гомологов жи� вотных протеинфосфатаз из модельного рас� тения Arabidopsis thaliana осуществляли на основании результатов Blastp сканирования базы данных UniProt (http://www.uniprot.org/) [35]. Парные выравнивания аминокислотных последовательностей выполняли в программе Clustal X (2.0.5) с применением серии матриц BLOSUM [36, 37]. Реконструкцию пространственной струк� туры каталитических субъединиц раститель� ных гомологов животных протеинфосфатаз типов 1 (UniProt: P48482) и 2А (UniProt: O04951) из A. thaliana осуществляли методами профильного моделирования [38]. Матричные структуры были отобраны на основании ре� зультатов Blast�сканирования Международно� го банка белковых структур RCSB PDB (Protein Data Bank – http://www.rcsb.org/) [39, 40]. Выбор оптимальных матриц свертки про� водили на основании таких параметров, как целостность структуры, протяженность кон� сенсусной области, процент идентичности, процент сходства, а также на основании кри� ІSSN 0564–3783. Цитология и генетика. 2011. № 3 27 Реконструкция пространственной структуры комплексов растительных протеинфосфатаз Рис. 1. Структурная формула окадаиновой кислоты [11–14] терия качества пространственных моделей [38, 41]. Промодели растительных гомологов были построены с использованием программного пакета Modeller 9v7 [42]. Комплексы расти� тельных протеинфосфатаз с окадаиновой кис� лотой реконструировали при помощи метода пространственного наложения промоделей растительных протеинфосфатаз с соответст� вующими комплексами окадаиновой кислоты и протеинфосфатаз животных. Оптимизацию геометрии реконструированных промоделей и комплексов с окадаиновой кислотой осущест� вляли с применением силового поля Amber3 [43] при помощи метода сопряженного гради� ента [44–46]. Анализ трехмерной структуры, аминокис� лотный состав сайта связывания и характер укладки полипептидной цепи протеинфосфа� таз выполняли с применением программы Swiss�PdbViewer v.4.0.1 [47] и информации, представленной в базе данных классификации белковых структур SCOP (Structural Classifica� tion of Proteins – http://scop.mrc�lmb.cam. ac.uk/) [8]. Стабильность комплексов животных и рас� тительных протеинфосфатаз с окадаиновой кислотой оценивали на основании расчета молекулярной динамики с применением про� граммного пакета GROMACS при использо� вании одноименного силового поля [48]. Все расчеты молекулярной динамики выполняли в водном окружении (модули «editconf» и «genbox»). Размеры водного бокса определя� лись размерами исследуемых комплексов и составляли 6,18 � 5,43 � 5,73 нм для протеин� фосфатазы типа 1 и 5,90 � 6,47 � 5,46 нм для протеинфосфатазы типа 2А. Оптимизацию геометрии моделей осуществляли путем ми� нимизации свободной энергии с применением вычислительных модулей «grompp» и «mdrun», силового поля ffgmx и алгоритма крутого спуска (steepestdescent) при максимальном ко� личестве шагов 1000 и градиенте 0,1. Расчет молекулярной динамики проводили при тем� пературе 300 °К в течение 100 нс. Файлы ко� ординат (.gro) и топологии (.itp) молекулы окадаиновой кислоты для последующей опти� мизации геометрии и расчетов молекулярной динамики комплексов растительных протеин� фосфатаз с окадаиновой кислотой в программе GROMACS были получены с помощью серве� ра PRODRG (http://davapc1.bіoch.dundee.ac. uk/programs/prodrg/prodrg.html) [49]. Результаты расчетов молекулярной динами� ки для протеинфосфатаз животных и расте� ний, комплексов протеинфосфатаза – окадаи� новая кислота и окадаиновой кислоты в сво� бодном и связанном состоянии оценивали на основании среднеквадратического отклонения между атомами (RMSD) и значений конфор� мационных энергий (энергия ван�дер�ваальсо� вых и кулоновских взаимодействий, СЕ) [44]. Визуализацию поведения комплекса на протяжении молекулярной динамики осущес� твляли с применением программного пакета VMD 1.8.6 [50]. Качество моделей оценивали на основании данных карт Рамачандрана [51], значений среднеквадратических отклонений между атомами матричных структур и оптими� зированных моделей растительных гомологов с применением программного пакета Swiss� PdbViewer v.4.0.1 [47]. Оценку консервативности аминокислотного состава сайтов связывания, визуализацию и анализ полученных данных производили с по� мощью программы DS Visualizer 2.5 (Accelrys Software Inc. – http://accelrys.com/). Результаты исследований и их обсуждение. Ранее нами было показано, что среди серин� треониновых протеинфосфатаз Arabidopsis tha� liana L. имеются представители семейств про� теинфосфатаз 1, 2А и 2С [52, 53]. Поэтому на основании результатов анализа экспери� ментально полученного протеома A. thaliana для реконструкции комплексов растительных протеинфосфатаз и окадаиновой кислоты были отобраны каталитические субъединицы про� теинфосфатаз типов 1 и 2А (UniProt: P48482 и O04951). Результаты сканирования RCSB Protein Data Bank с применением алгоритма Blast (ин� струмент PDB «Sequence search») позволили обнаружить наличие экспериментально дока� занных структур комплексов животных проте� инфосфатаз типов 1 и 2А с окадаиновой кис� лотой. Для дальнейшего профильного моде� лирования растительных протеинфосфатаз по гомологии были отобраны матричные PDB� структуры 1U32 (для протеинфосфатазы 1) и 2NYL (для протеинфосфатазы 2А). На рис. 2 ISSN 0564–3783. Цитология и генетика. 2011. № 328 Д.А. Самофалова, П.А. Карпов, А.Ю. Ныпорко, Я.Б. Блюм и 3 приведены данные парных выравниваний (программа ClustalX) соответствующих фраг� ментов последовательностей протеинфосфатаз 1 и 2A животного и растительного происхожде� ния. Результаты анализа выравниваний ами� нокислотных последовательностей протеин� фосфатаз животных и их растительных гомо� логов свидетельствуют об их 77,5–79,5%�ной идентичности при 86,6–91,5%�ном сходстве. Известно, что молекулы протеинфосфатаз типа 1 и 2А растений представляют собой гло� булярные водорастворимые белки [1] и могут существовать в виде отдельных каталитических субъединиц, гетеродимеров, состоящих из ка� талитической и регуляторной субъединицы, либо гетеротримеров, состоящих из каталити� ческой и двух различных регуляторных субъ� единиц [1, 9, 54]. Для обоих типов раститель� ных ПФ присущ тип укладки α + β, идентич� ный их гомологам животного происхождения [10]. Полные аминокислотные последователь� ности, представленные в банке данных UniProt, содержат 307 остатков для протеин� фосфатазы 2А (UniProt: O04951) и 312 остат� ІSSN 0564–3783. Цитология и генетика. 2011. № 3 29 Реконструкция пространственной структуры комплексов растительных протеинфосфатаз Рис. 2. Парное выравнивание аминокислотных последовательностей матричной структуры PP1G из H. sapiens и ее растительного гомолога PP12 из A. thaliana. Здесь и на рис. 3 универсальным символом IUPAC – Х обозначены аминокислотные остатки, отсутствующие в матричной структуре PP1G (PDB: 1U32), и соответствующие остатки растительного гомолога. Темно�серым обозначены идентичные аминокислотные остатки, серым – гомологичные остатки, белым – вариативные аминокислотные остатки (полное «несовпадение» физико�химических свойств в данных позициях). $ – остатки, ответственные за связывание металлов; М – консервативные аминокислоты активного центра Рис. 3. Парное выравнивание аминокислотных последовательностей матричной структуры PP2AA (UniProt: P67775) из H. sapiens и ее растительного гомолога – PP2A5 (UniProt: O04951) из A. thaliana. Обозначения см. рис. 2 ков для протеинфосфатазы 1 (UniProt: P48482). Молекулярная масса молекул этих белков из A. thaliana составляет 33,608 кДа в случае протеинфосфатазы 1 и 33,214 кДа – в случае протеинфосфатазы 2А. При этом объем реконструированных структур протеин� фосфатаз 1 и 2А равен 24537 и 24072 А2 при об� щих зарядах их молекул, равных –5 и –6 соот� ветственно. На рис. 4 и 5 (см. вклейку) предс� тавлены ленточные диаграммы пространст� венных структур протеинфосфатаз 1 и 2А из A. thaliana, реконструированных по гомологии с их животными аналогами. Результаты анализа карт Рамачандрана, рассчитанных для протеинфосфатаз растений и животных, показали, что 94 % аминокис� лотных остатков протеинфосфатазы 1 и 96 % остатков протеинфосфатазы 2А имеют опти� мальные значения углов внутреннего вращения ϕ и ψ, что свидетельствует об их нахождении в областях разрешенных конформаций [51]. В случае протеинфосфатазы 1 в запрещенных областях конформационной карты остаются 17 остатков, которые располагаются в непос� редственной близости от границы участков с напряженной конформацией. В случае протеин� фосфатазы 2А в запрещенных областях нахо� дятся 10 аминокислотных остатков. Следова� тельно, полученные данные свидетельствуют о высокой достоверности реконструированных моделей пространственной структуры молекул протеинфосфатаз из A. thaliana. Общие отличия матричных PDB�структур протеинфосфатаз 1U32 (протеинфосфатаза 1) и 2NYL (протеин� фосфатаза 2А) из Homo sapiens и реконструи� рованных моделей протеинфосфатаз из A. tha� liana были определены на основании суммар� ного значения среднеквадратического откло� нения (RMSD). При этом общее значение RMSD составило 1,9 Å для протеинфосфатазы 1 и 1,7 Å – для протеинфосфатазы 2А. Счита� ется, что структуры имеют достоверное сход� ство, если значение RMSD составляет �3 Å [38]. Таким образом, данные анализа карт Ра� мачандрана и значения RMSD свидетельствуют о высоком сходстве пространственной укладки контрольных протеинфосфатаз 1 и 2А из H. sa� piens и их растительных гомологов из A. thaliana. Последующая реконструкция комплексов растительных протеинфосфатаз с окадаиновой кислотой была выполнена путем профильного моделирования с использованием эксперимен� тально полученных структур матричных ком� плексов окадаиновой кислоты и протеинфос� фатаз типа 1 и 2А из H. sapiens (PDB: 1U32 и 2NYL). Высокий процент идентичности амино� кислотных последовательностей и сходство укладки протеинфосфатаз животного и расти� тельного происхождения позволяют нам сде� лать вывод об идентичности топологии сайтов связывания окадаиновой кислоты с молекулами животных и растительных протеинфосфатаз 1 и 2А. В пользу этого также косвенно свиде� тельствует большой размер лиганда и, соот� ветственно, поверхности сайтов интерактив� ного взаимодействия ПФ1 и ПФ2А с окадаи� новой кислотой. Сравнительный анализ пространственной структуры комплексов протеинфосфатазы 1 и 2А из A. thaliana и H. sapiens в комплексе с окадаиновой кислотой позволил идентифици� ровать аминокислотный состав сайтов связы� вания (рис. 6 и 7, см. вклейку): R96�x (18)� H125�x (3)�S129�I130�x�I133�Y134�x (71)�W206� x (13)�D220�R221�G222�V223�x (26)�V250�x (21)�Y272�L273�x�V275�Y276 – в случае проте� инфосфатазы 1 из H. sapiens и R102�x (18)� H131�x (3)�S135�I136�x�I139�Y140�x (71)�W212� x (13)�D226�R227�G228�V229�x (26)�V257�x (21)�Y278�C279�x�E281�F282* (нумерация аминокислотных остатков приведена соглас� но положениям элаймента, см. рис. 2) – в слу� чае протеинфосфатазы 1 из A. thaliana. При этом были установлены отличия по послед� ним трем аминокислотным остаткам сайтов связывания (*): L273, V275, Y276 (ПФ1 из H. sapiens) и C279, E281, F282 (ПФ 1 из A. thaliana) соответственно. В случае протеинфосфатазы 2А сайт связывания окадаиновой кислоты у го� молога из A. thaliana оказался идентичным по аминокислотному составу ПФ2А из H. sapiens: R89�х (27)�N117�H118�х (3)�Q122�I123�х (3)� Y127�х (61)�V189�P190�H191�х (8)�W200�х (12)�P213�R214�G215�A216�х (26)�L243�х (21)� Y265�C266�х�R268�C269, но с шагом смещения порядка нумерации на два остатка (см. рис. 3). Результаты парного выравнивания полных последовательностей гомологичных протеин� фосфатаз 2А из A. thaliana и H. sapiens выявили их 79,5%�ную идентичность при 91,5%�ном ISSN 0564–3783. Цитология и генетика. 2011. № 330 Д.А. Самофалова, П.А. Карпов, А.Ю. Ныпорко, Я.Б. Блюм сходстве аминокислотных остатков, соответ� ственно аминокислотный состав протеинфос� фатазы 1 оказался идентичным на 77,5 % при 86,6%�ном сходстве. В то же время аминокис� лотный состав интерактивных сайтов связы� вания окадаиновой кислоты имел 100%�ную идентичность в случае протеинфосфатазы 2А и 85,5%�ную идентичность в случае протеин� фосфатазы 1. Исходя из этих данных, можно говорить о высокой консервативности сайта связывания окадаиновой кислоты протеин� фосфатазами 1 и 2А из A. thaliana и H. sapiens. Стабильность комплексов животных и рас� тительных протеинфосфатаз 1 и 2А с окадаи� новой кислотой оценивали с помощью метода длительной молекулярной динамики в интер� вале 100 нс. При этом для каждого типа проте� инфосфатаз в качестве контроля использовали результаты расчетов динамики свободного ли� ганда, окруженного соответствующим перио� дическим водным боксом. На протяжении расчета динамики молекул животных и расти� тельных протеинфосфатаз 1 и 2А отсутствова� ли сообщения о некорректных или недопусти� мых значениях конформационных параметров, что свидетельствует о высоком качестве и ста� бильности молекулярных комплексов [38]. Для животных и растительных протеин� фосфатаз, комплексов протеинфосфатаза – окадаиновая кислота и окадаиновой кислоты в свободном и связанном состоянии результаты молекулярной динамики анализировали с уче� том двух критериев: среднеквадратического отклонения между атомами (конформационные колебания, RMSD) и конформационной энер� гии (энергия ван�дер�ваальсовых и кулонов� ских взаимодействий, CE). Полученные данные свидетельствуют о том, что амплитуда RMSD (рис. 8) и уровень конформационной энергии (рис. 9) уменьшаются и стабилизируются при связывании с молекулами обоих типов иссле� дуемых протеинфосфатаз. При этом в комп� лексах протеинфосфатаз из A. thaliana эти из� менения более выражены по сравнению с комплексами протеинфосфатаз из H. sapiens. Результаты исследования молекулярной дина� мики окадаиновой кислоты в связанном и свободном состоянии также подтверждают тот факт, что стабилизация уровней энергетичес� ких и конформационных колебаний происхо� дила во всех случаях очень быстро – в течение первых 2 нс. Известно, что снижение уровня энергии ли� ганда (в данном случае энергии окадаиновой кислоты) при переносе из водного окружения в определенную область белка является доста� точным доказательством возможности образо� вания комплекса «белок–лиганд» [46]. С уче� том этого уменьшение и стабилизация ампли� туды RMSD и уровня конформационной энер� гии согласно анализу результатов молекуляр� ной динамики свидетельствует в пользу того, что предполагаемые области поверхности про� теинфосфатаз 1 и 2А растений с высокой веро� ятностью являются сайтами связывания ока� даиновой кислоты. Амплитуда молекулярных колебаний уменьшается и стабилизируется, причем в случае протеинфосфатазы 2А более существенно, чем в случае протеинфосфатазы 1, что на клеточно�физиологическом уровне может означать дифференциальную чувстви� тельность регуляторных путей, в которых участвуют различные типы фосфатаз, к дейст� вию окадаиновой кислоты. Уровни конформационной энергии окадаи� новой кислоты при переносе из водного окру� жения в сайты связывания на поверхности молекул всех исследованных протеинфосфатаз существенно уменьшались (в пределах от 240,7 до 684,9 кДж/моль), что свидетельствует о боль� шей энергетической выгодности связанного с протеинфосфатазой состояния окадаиновой кислоты по сравнению со свободным. Стаби� лизация уровней колебаний энергии также про� исходила в очень коротком временном проме� жутке – в течение первых 2 нс расчета моле� кулярной динамики, что свидетельствует о высоком качестве рассчитанных нами исход� ных структур. Следует отметить, что уровень энергетического плато для молекулы протеин� фосфатазы растений имеет в среднем величи� ну 1506 кДж/моль энергии. Полученные результаты подтверждают тот факт, что амплитуда конформационных коле� баний уменьшается и стабилизируется в моде� лях растений более значительно, чем в белках животных, и в случае протеинфосфатазы 2А также более выражено, чем в случае протеин� фосфатазы 1. В целом наши данные относи� тельно структурных механизмов связывания ІSSN 0564–3783. Цитология и генетика. 2011. № 3 31 Реконструкция пространственной структуры комплексов растительных протеинфосфатаз окадаиновой кислоты с протеинфосфатазами, а также доказательство того факта, что ее срод� ство к протеинфосфатазе 2А выше, чем к про� теинфосфатазе 1, позволяют еще раз подтвер� дить ранее высказанное предположение о том, что протеинфосфатаза 2А может играть клю� чевую роль в регуляции роста корневых во� лосков и участия микротрубочек в этом про� цессе [29]. Таким образом, результаты реконструиро� вания пространственной структуры протеин� фосфатаз 1 и 2А из A. thaliana убедительно свидетельствуют об общности структурных механизмов взаимодействия данных типов протеинфосфатаз с окадаиновой кислотой у животных и высших растений. Высокий уро� вень идентичности аминокислотного состава сайтов связывания окадаиновой кислоты для протеинфосфатаз типа 1 и 2А различного про� исхождения свидетельствует о высокой кон� сервативности этих сайтов в эволюционно от� даленных парах ПФ1 и ПФ2А из H. sapiens и A. thaliana. Связывание окадаиновой кислоты в проанализированных сайтах приводит к су� щественному уменьшению амплитуды ее мо� лекулярных колебаний в комплексе как с жи� вотными, так и растительными протеинфос� фатазами, что свидетельствует о стабилизации ее пространственной структуры в связанном состоянии по сравнению со свободным [44, 45]. Конформационная энергия окадаиновой кислоты в результате переноса из водного окружения в сайты связывания на поверхнос� ти молекул всех исследуемых протеинфосфа� таз существенно уменьшается, что свидетель� ствует о большей энергетической выгодности связанного состояния по сравнению со свобод� ным. При этом уменьшение и стабилизация молекулярных и энергетических колебаний окадаиновой кислоты при связывании с про� теинфосфатазой 2А происходит быстрее и эф� фективнее, чем в соответствующем сайте на поверхности молекулы протеинфосфатазы 1. Это свидетельствует [44, 45] о более высоком сродстве данного ингибитора к протеинфос� фатазе 2А, чем к протеинфосфатазе 1. Экспе� риментальное определение пороговых значений концентраций окадаиновой кислоты, необхо� димых для дифференцированной регуляции активности обоих типов протеинфосфатаз у растений, может быть использовано в дальней� шем в качестве эффективного инструмента для изучения клеточных процессов, связанных с обратимым фосфорилированием белков. Настоящая работа выполнена в рамках про� екта УНТЦ № 5215: «Поиск эффективных ин� гибиторов протеинфосфатаз при помощи нано� химических подходов и оценка их биологической эффективности in silico» при использовании вы� числительных возможностей и ресурсов Укра� инского Академического Грида (УАГ – http:// uag.bitp.kiev.ua/index.php). D.A. Samofalova, P.A. Кarpov, A.Y. Nyporko, Ya.B. Blume RECONSTRUCTION OF SPATIAL STRUCTURE OF PLANT PROTEIN PHOSPHATASE TYPE�1 AND �2А IN COMPLEX WITH OKADAIC ACID The homology modeling, based on known temple struc� tures of Homo sapiens protein phosphatase type�1 and �2А was implemented. The spatial structures of the human pro� tein phosphatases and their plant homologs from Arabidopsis thaliana was predicted. The quality of models was con� firmed by conformational analysis and root mean square deviations. The sites of okadaic acid binding in molecules of plant protein phosphatases (type�1 and �2А) were proved by the data of comparative analysis and molecular dynamics. Д.О. Самофалова, П.А. Карпов, О.Ю. Нипорко, Я.Б. Блюм РЕКОНСТРУКЦІЯ ПРОСТОРОВОЇ СТРУКТУРИ КОМПЛЕКСІВ РОСЛИННИХ ПРОТЕЇНФОСФАТАЗ ТИПУ 1 ТА 2А З ОКАДАЇНОВОЮ КИСЛОТОЮ На підставі відомих просторових структур протеїн� фосфатаз 1 та 2А з Homo sapiens виконано профільне моделювання їхніх рослинних гомологів з Arabidopsis thaliana. Якість побудованих моделей підтверджена значеннями середньоквадратичних відхилень між ато� мами, а також даними конформаційного аналізу. За результатами порівняльного аналізу і молекулярної динаміки ідентифіковано і підтверджено сайти зв’язу� вання окадаїнової кислоти молекулами протеїнфос� фатаз типів 1 і 2А з A. thaliana. СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ 1. Luan S. Protein phosphatases in plants // Annu. Rev. Plant Biol. – 2003. – 54. – P. 63–92. 2. Wang H., Chevalier D., Larue C., Cho S.K., Walkera J.C. The protein phosphatases and protein kinases of Arabidopsis thaliana // Arabidopsis Book. – Rockville, 2007. – P. 1–38. ISSN 0564–3783. Цитология и генетика. 2011. № 332 Д.А. Самофалова, П.А. Карпов, А.Ю. Ныпорко, Я.Б. Блюм 3. Wu J.Q., Guo J.Y., Tang W., Yang C.�S., Freel C.D., Chen C., Nairn A.C., Kornbluth S. P1�mediated dephos� phorylation of phosphoproteins at mitotic exit is con� trolled by inhibitor�1 and PP1 phosphorylation // Nature Cell Biol. – 2009. – 11. – P. 644–651. 4. Almo S., Bonanno J., Sauder M. Structural genomics of protein phosphatases // J. Struct. Funct. Genom. – 2007. – 8. – Р. 121–140. 5. Wolstencroft K., Lord P., Tabernero L., Brass A., Stevens R. Protein classification using ontology classification // Bioinformatics. – 2006. – 22, № 14. – P. e530–e538. 6. Kerk D., Templeton G., Moorhead G.B.G. Evolutionary radiation pattern of novel protein phosphatases revealed by analysis of protein data from the completely sequenced genomes of humans, green algae, and higher plants // Plant Physiol. – 2008. – 146. – P. 351–367. 7. Purich D.L. Enzyme kinetics and mechanism : Detec� tion and characterization of enzyme reaction interme� diates // Meth. Enzymol. – 2002. – 354. – P. 515. 8. Andreeva A., Howorth D., Brenner S., Hubbard T., Chothia C., Murzin A. SCOP database in 2004: refine� ments integrate structure and sequence family data // Nucl. Acids. Res. – 2004. – 32. – P. 226–229. 9. Mamby M. The 3D structure of protein phosphatase 2A: new insights into a ubiquitous regulator of cell sig� naling // ACS Chem. Biol. – 2007. – 2, № 2. – Р. 99– 103. 10. Xing Y., Xu Y., Chen Y., Jeffrey P., Chao Y., Zheng L., Li Z., Strack S., Stock J., Shi Y. Structure of protein phos� phatase 2A core enzyme bound to tumor�inducing tox� ins // Cell. – 2006. – 127. – Р. 341–352. 11. Fagerholm A., Habrant D., Koskinen A.M.P. Calyculins and related marine natural products as serine�threo� nine protein phosphatase PP1 and PP2A inhibitors and total syntheses of calyculin A, B, and C // Mar. Drugs. – 2010. – 8. – P. 122–172. 12. Murakami Y., Oshima Y., Yasumoto T. Identification of okadaic acid as a toxic component of a marine dinofla� gellate Prorocentrum lima // Bull. Jpn. Soc. Sci. Fish. – 1982. – 48, № 1. – P. 69–72. 13. Murata M., Shimatani M., Sugitani H., Oshima Y., Yasumoto T. Isolation and structural elucidation of the causative toxin of the diarrhetic shellfish poisoning // Bull. Jpn. Soc. Sci. Fish. – 1982. – 48, № 4. – P. 549– 552. 14. Matsumori N., Murata M., Tachibana K. Conformational analysis of natural products using long�range carbon� proton coupling constants : Three�dimensional struc� ture of okadaic acid in solution // Tetrahedron. – 1995. – 51, № 45. – P. 12229–12238. 15. Tachibana K., Scheuer P.J., Tsukitani Y., Kikuchi H., Van Engen D., Clardy J., Gopichand Y., Schmitz F.J. Okadaic acid, a cytotoxic polyether from two marine sponges of the genus Halichondria // J. Amer. Chem. Soc. – 1981. – 103, № 9. – P. 2469–2471. 16. Sasaki K., Murata M., Yasumoto T., Mseskes G., Takai A. Affinity of okadaic acid to type�1 and type�2A pro� tein phosphatases is markedly reduced by oxidation of its 27�hydroxyl group. // Biochem. J. – 1994. – 298. – P. 259–262. 17. Haystead T., Sim A., Carling D., Honnor R., Tsukitani Y., Cohen P., Hardie D.G. Effects of the tumour pro� moter okadaic acid on intracellular protein phosphory� lation and metabolism // Nature. – 1989. – 337, № 6202. – Р. 78–81. 18. Tanti J., Grémeaux T., Van Obberghen E., Le Marchand� Brustel Y. Effects of okadaic acid, an inhibitor of pro� tein phosphatases�1 and �2A, on glucose transport and metabolism in skeletal muscle // J. Biol. Chem. – 1991. – 266, № 4. – Р. 2099–2103. 19. Takai A., Bialojan С., Troschka М., Rüegg С. Smooth muscle myosin phosphatase inhibition and force enhancement by black sponge toxin // FEBS Lett. – 1987. – 217, № 1. – Р. 81–84. 20. Abdul�Ghani M., Kravitz E., Meiri H., Rahamimoff R. Protein phosphatase inhibitor okadaic acid enhances transmitter release at neuromuscular junctions // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. – 1991. – 88, № 5. – Р. 1803– 1807. 21. Suganuma M., Fujiki H., Suguri H., Yoshizawa S., Hirota M., Nakayasu M., Ojika M., Wakamatsu K., Yamada K., Sugimura T. Okadaic acid: an additional non�phor� bol�12�tetradecanoate�13�acetate�type tumor promot� er // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. – 1988. – 85, № 6. – Р. 1768–1771. 22. Contour�Galcera M.�O., Sidhu A., Prévost G., Bigg D., Ducommun B. What’s new on CDC25 phosphatase inhibitors // Pharmacol. Therap. – 2007. – 115, № 1. – P. 1–12. 23. Dawson J., Holmes C. Molecular mechanisms underlying inhibition of protein phosphatases by marine toxins // Front. Biosci. – 1999. – 4. – Р. 646–658. 24. Vale C., Botana L. Marine toxins and the cytoskeleton: okadaic acid and dinophysistoxins // FEBS J. – 2008. – 275. – Р. 6060–6066. 25. MacKintosh C., Beattie K.A., Klumpp S., Cohen P., Codd G.A. Cyanobacterial microcystin�LR is a potent and specific inhibitor of protein phosphatases 1 and 2A from both mammals and higher plants // FEBS Lett. – 1990. – 264. – P. 187–192. 26. MacKintosh C., Coggins J., Cohen P. Plant protein phos� phatases. Subcellular distribution, detection of protein phosphatase 2C and identification of protein phosphatase 2A as the major quinate dehydrogenase phosphatase // Biochem. J. – 1991. – 273, Pt. 3. – P. 733–738. 27. Senna R., Simonin V., Silva�Neto M.A.C., Fialho E. Induction of acid phosphatase activity during germina� tion of maize (Zea mays) seeds // Plant Physiol. Biochem. – 2006. – 44, № 7–9. – P. 467–473. 28. Smith R.D., Walker J.C. Plant protein phosphatases // ІSSN 0564–3783. Цитология и генетика. 2011. № 3 33 Реконструкция пространственной структуры комплексов растительных протеинфосфатаз Annu. Rev. Plant Physiol. Plant Mol. Biol. – 1996. – 47. – P. 101–125. 29. Шеремет Я.А., Емец А.И., Вербелен Ж.�П., Блюм Я.Б. Влияние окадаиновой кислоты на мор� фологию корня Arabidopsis thaliana и организацию микротрубочек в его клетках // Цитология и гене� тика. – 2009. – 43, № 1. – C. 3–10. 30. Cohen P., Cohen P.T. Protein phosphatases come of age // J. Biol. Chem. – 1989. – 264, № 36. – Р. 214–358. 31. Maynes J., Bateman K., Cherney M., Das A., Luu H., Hol� mes C., James M. Crystal structure of the tumor�pro� moter okadaic acid bound to protein phosphatase�1 // J. Biol. Chem. – 2001. – 276, № 47. – Р. 44078– 44082. 32. Maynes J., Perreault K., Cherney M., Luu H., James M., Holmes C. Crystal structure and mutagenesis of a pro� tein phosphatase�1: calcineurin hybrid elucidate the role of the beta12�beta13 loop in inhibitor binding // J. Biol. Chem. – 2004. – 279, № 41. – Р. 43198–43206. 33. Xu Y., Xing Y., Chen Y., Chao Y., Lin Z., Fan E., Yu J., Strack S., Jeffrey P., Shi Y. Structure of the protein phosphatase 2A holoenzyme // Cell. – 2006. – 127. – Р. 1239–1251. 34. Melcher K., Zhou X., Xu H. Thirsty plants and beyond: structural mechanisms of abscisic acid perception and signaling // Curr. Opin. Struct. Biol. – 2010. – 20, № 6. – Р. 722–729. 35. The UniProt Consortium. The Universal Protein Resource (UniProt) // Nucl. Acids Res. – 2008. – 36. – D. 190– 195. 36. Jeannmougin F., Thompson J., Gouy M., Higgins D., Gibson J. Multiple sequence alignment with Clustal X // Trends Biochem. Sci. – 1998. – 23. – Р. 403–415. 37. Larkin M.A., Blackshields G., Brown N.P., Chenna R., McGettigan P.A., McWilliam H., Valentin F., Wallace I.M., Wilm A., Lopez R., Thompson J.D., Gibson T.J., Hig� gins D.G. Clustal W and Clustal X version 2.0 // Bioinformatics. – 2007. – 23. – P. 2947–2948. 38. Venselaar H., Krieger E., Vriend G. Homology modeling // Structural Bioinformatics / Eds P.E. Bourne, H. Weissig. – Hoboken NJ : John Wiley & Sons, 2009. – P. 715–732. 39. Diella F., Gould C.M., Chica C., Via A., Gibson T. Phospho.ELM: a database of phosphorylation sites – update // Nucl. Acids Res. – 2008. – 36. – Р. 240–254. 40. Marvin J., Padilla D., Ravichandran V., Schneider B., Thanki N., Weissig H., Westbrook J.D., Zardecki C. The Protein Data Bank // Biol. Crystallogr. – 2002. – 58. – Р. 899–907. 41. Claverie J.�M., Noterdame C. Bioinformatics for dum� mies. – New York : Wiley Publ., 2007. – 436 p. 42. Eswar N., Marti�Renom M., Webb B., Madhusudhan M., Eramian D., Shen M., Pieper U., Sali A. Comparative protein structure modeling with MODELLER. current protocols in bioinformatics // John Wiley & Sons. – 2006. – Р. 5.6.1–5.6.30. 43. Ponderand J., Case D. Force fields for protein simula� tions // Adv. Prot. Chem. – 2003. – 66. – Р. 27–85. 44. Höltje H.�D., Sippl W., Rognan D., Folkers G. Molecular modeling : Basic principles and applications. – Hoboken NJ : John Wiley & Sons (Wiley�VCH), 2008. – 320 p. 45. Bourne P.E., Weissig H. Structural Bioinformatics. – Hoboken NJ : John Wiley & Sons, 2009. – P. 715–732. 46. Ramachandran K.I., Deepa G., Namboori K. Compu� tational chemistry and molecular modeling : Principles and applications. – Berlin; Heidelberg : Springer� Verlag, 2008. – 397 р. 47. Guex N., Peitsch M. SWISS–MODEL and the Swiss–PdbViewer : An environment for comparative protein modeling // Electrophoresis. – 1997. – 18. – P. 2714–2723. 48. Hess B., Lindahl M., van der Spoel D., Berendsen H. GROMACS 4.0 // Manuаl. – 2007. – 350 p. 49. Schuettelkopf A., van Aalten D.M.F. PRODRG – a tool for high�throughput crystallography of protein�ligand complexes //Acta Crystallogr. – 2004. – 60. – Р. 1355– 1363. 50. Humphrey W., Dalke A., Schulten K. VMD – visual molecular dynamics // J. Mol. Graph. – 1996. – 14. – P. 33–38. 51. Ramachandran G.N., Ramakrishnan C., Sasisekharan V. Stereochemistry of polypeptide chain configurations // J. Mol. Biol. – 1963. – 7. – P. 95–99. 52. Nyporko A., Samofalova D., Blume Y.В. Phosphatome of Arabidopsis thaliana as a target for structural bioin� formatics approaches // Abstracts of the 7th Plant Genom. Eur. Meet. (7 Plant GEM), (24–27 September, 2008). – Albena, Bulgaria, 2008. – P 02.7. – P. 81. 53. Samofalova D., Nyporko A., Blume Y. Structural peculi� arities of plant protein phosphatase interaction with okadaic acid // 7 th Int. Conf. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure / Systems Biology. Abstracts of the BGRS/SB conference (20–27 June, 2010). – Novosibirsk, Russia, 2010. – P. 254. 54. Mumby M., Walter G. Protein serine/threonine phos� phatases: structure, regulation, and functions in cell growth // Physiol. Rev. – 1993. – 73. – P. 673–699. 55. Egloff M.P., Cohen P.T., Reinemer P., Barford D. Crystal structure of the catalytic subunit of human pro� tein phosphatase 1 and its complex with tungstate // J. Mol. Biol. – 1995. – 254. – P. 942–959. Поступила 20.01.10 ISSN 0564–3783. Цитология и генетика. 2011. № 334 Д.А. Самофалова, П.А. Карпов, А.Ю. Ныпорко, Я.Б. Блюм
id	nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-66840
institution	Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
issn	0564-3783
language	Russian
last_indexed	2025-12-01T17:44:17Z
publishDate	2011
publisher	Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України
record_format	dspace
spelling	Самофалова, Д.А. Карпов, П.А. Ныпорко, А.Ю. Блюм Я.Б. 2014-07-23T07:59:48Z 2014-07-23T07:59:48Z 2011 Реконструкция пространственной структуры комплексов растительных протеинфосфатаз типа 1 и 2А с окадаиновой кислотой / Д.А. Самофалова, П.А. Карпов, А.Ю. Ныпорко, Я.Б. Блюм // Цитология и генетика. — 2011. — Т. 45, № 3. — С. 26-34. — Бібліогр.: 55 назв. — рос. 0564-3783 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/66840 577.212:004 На основании известных пространственных структур протеинфосфатаз 1 и 2А из Homo sapiens выполнено профильное моделирование их растительных гомологов из Arabidopsis thaliana. Качество построенных моделей подтверждено значениями среднеквадратических отклонений между атомами и результатами конфирмационного анализа. По результатам сравнительного анализа и молекулярной динамики идентифицированы и подтверждены сайты связывания окадаиновой кислоты молекулами протеинфосфатаз типов 1 и 2А из A. thaliana. На підставі відомих просторових структур протеїнфосфатаз 1 та 2А з Homo sapiens виконано профільне моделювання їхніх рослинних гомологів з Arabidopsis thaliana. Якість побудованих моделей підтверджена значеннями середньоквадратичних відхилень між атомами, а також даними конформаційного аналізу. За результатами порівняльного аналізу і молекулярної динаміки ідентифіковано і підтверджено сайти зв’язування окадаїнової кислоти молекулами протеїнфосфатаз типів 1 і 2А з A. thaliana. The homology modeling, based on known temple structures of Homo sapiens protein phosphatase type-1 and -2А was implemented. The spatial structures of the human protein phosphatases and their plant homologs from Arabidopsis thaliana was predicted. The quality of models was confirmed by conformational analysis and root mean square deviations. The sites of okadaic acid binding in molecules of plant protein phosphatases (type-1 and -2А) were proved by the data of comparative analysis and molecular dynamics. Настоящая работа выполнена в рамках проекта УНТЦ № 5215: «Поиск эффективных ингибиторов протеинфосфатаз при помощи нанохимических подходов и оценка их биологической эффективности in silico» при использовании вычислительных возможностей и ресурсов Украинского Академического Грида (УАГ – http:// uag.bitp.kiev.ua/index.php). ru Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України Цитология и генетика Оригинальные работы Реконструкция пространственной структуры комплексов растительных протеинфосфатаз типа 1 и 2А с окадаиновой кислотой Реконструкція просторової структури комплексів рослинних протеїнфосфатаз типу 1 та 2а з окадаїновою кислотою Reconstruction of spatial structure of plant protein phosphatase type-1 and -2А in complex with okadaic acid Article published earlier
spellingShingle	Реконструкция пространственной структуры комплексов растительных протеинфосфатаз типа 1 и 2А с окадаиновой кислотой Самофалова, Д.А. Карпов, П.А. Ныпорко, А.Ю. Блюм Я.Б. Оригинальные работы
title	Реконструкция пространственной структуры комплексов растительных протеинфосфатаз типа 1 и 2А с окадаиновой кислотой
title_alt	Реконструкція просторової структури комплексів рослинних протеїнфосфатаз типу 1 та 2а з окадаїновою кислотою Reconstruction of spatial structure of plant protein phosphatase type-1 and -2А in complex with okadaic acid
title_full	Реконструкция пространственной структуры комплексов растительных протеинфосфатаз типа 1 и 2А с окадаиновой кислотой
title_fullStr	Реконструкция пространственной структуры комплексов растительных протеинфосфатаз типа 1 и 2А с окадаиновой кислотой
title_full_unstemmed	Реконструкция пространственной структуры комплексов растительных протеинфосфатаз типа 1 и 2А с окадаиновой кислотой
title_short	Реконструкция пространственной структуры комплексов растительных протеинфосфатаз типа 1 и 2А с окадаиновой кислотой
title_sort	реконструкция пространственной структуры комплексов растительных протеинфосфатаз типа 1 и 2а с окадаиновой кислотой
topic	Оригинальные работы
topic_facet	Оригинальные работы
url	https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/66840
work_keys_str_mv	AT samofalovada rekonstrukciâprostranstvennoistrukturykompleksovrastitelʹnyhproteinfosfataztipa1i2asokadainovoikislotoi AT karpovpa rekonstrukciâprostranstvennoistrukturykompleksovrastitelʹnyhproteinfosfataztipa1i2asokadainovoikislotoi AT nyporkoaû rekonstrukciâprostranstvennoistrukturykompleksovrastitelʹnyhproteinfosfataztipa1i2asokadainovoikislotoi AT blûmâb rekonstrukciâprostranstvennoistrukturykompleksovrastitelʹnyhproteinfosfataztipa1i2asokadainovoikislotoi AT samofalovada rekonstrukcíâprostorovoístrukturikompleksívroslinnihproteínfosfataztipu1ta2azokadaínovoûkislotoû AT karpovpa rekonstrukcíâprostorovoístrukturikompleksívroslinnihproteínfosfataztipu1ta2azokadaínovoûkislotoû AT nyporkoaû rekonstrukcíâprostorovoístrukturikompleksívroslinnihproteínfosfataztipu1ta2azokadaínovoûkislotoû AT blûmâb rekonstrukcíâprostorovoístrukturikompleksívroslinnihproteínfosfataztipu1ta2azokadaínovoûkislotoû AT samofalovada reconstructionofspatialstructureofplantproteinphosphatasetype1and2aincomplexwithokadaicacid AT karpovpa reconstructionofspatialstructureofplantproteinphosphatasetype1and2aincomplexwithokadaicacid AT nyporkoaû reconstructionofspatialstructureofplantproteinphosphatasetype1and2aincomplexwithokadaicacid AT blûmâb reconstructionofspatialstructureofplantproteinphosphatasetype1and2aincomplexwithokadaicacid

Реконструкция пространственной структуры комплексов растительных протеинфосфатаз типа 1 и 2А с окадаиновой кислотой

Репозитарії

Схожі ресурси