Молекулярні технології в детекції чутливих та стійких до ізоніазиду мікобактерій туберкульозу

Молекулярні технології в детекції чутливих та стійких до ізоніазиду мікобактерій туберкульозу

Розроблено два варіанти детекції однонуклеотидних поліморфізмів у кодоні 315 гена katG мікобактерій туберкульозу (МТБ), мутації в якому асоційовані з резистентністю до ізоніазиду – протитуберкульозного препарату першого ряду. Два набори праймерів, кожний з яких містить додатковий конкурентний блокую...

Full description

Saved in:
Bibliographic Details
Published in:Цитология и генетика
Date:2011
Main Authors: Лиманська, О.Ю., Лиманський, О.П.
Format: Article
Language:Ukrainian
Published: Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України 2011
Subjects:
Оригинальные работы
Online Access:https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/66871
Tags: Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
Journal Title:Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Cite this:Молекулярні технології в детекції чутливих та стійких до ізоніазиду мікобактерій туберкульозу / О.Ю. Лиманська, О.П. Лиманський // Цитология и генетика. — 2011. — Т. 45, № 6. — С. 34-47. — Бібліогр.: 20 назв. — укр.

Institution

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
id nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-66871
record_format dspace
spelling Лиманська, О.Ю.
Лиманський, О.П.
2014-07-24T10:12:07Z
2014-07-24T10:12:07Z
2011
Молекулярні технології в детекції чутливих та стійких до ізоніазиду мікобактерій туберкульозу / О.Ю. Лиманська, О.П. Лиманський // Цитология и генетика. — 2011. — Т. 45, № 6. — С. 34-47. — Бібліогр.: 20 назв. — укр.
0564-3783
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/66871
579:579.873.2:615.015.8
Розроблено два варіанти детекції однонуклеотидних поліморфізмів у кодоні 315 гена katG мікобактерій туберкульозу (МТБ), мутації в якому асоційовані з резистентністю до ізоніазиду – протитуберкульозного препарату першого ряду. Два набори праймерів, кожний з яких містить додатковий конкурентний блокуючий праймер з 3’­термінальною фосфатною групою (для елімінації неспецифічної ампліфікації), дозволяють у кодоні 315 гена katG виявляти точкові мутації AGC→ACC та AGC→AGA, що найчастіше зустрічаються. Проведення ПЛР з набором із двох праймерів, один з яких містить п’ять LNA­мономерів, дозволяє встановити наявність будь­якого з шести відомих варіантів мутацій у кодоні 315 гена katG, тобто диференціювати чутливі та резистентні до ізоніазиду МТБ. Чистоту та будову праймерів довжиною 17 нуклеотидів, що містять LNA­модифіковані нуклеотиди, охарактеризовано часопролітною мас-спектрометрією з матрично-активованою лазерною десорбцією/іонізацією, а 17­мірний дуплекс, утворений двома комплементарними олігонуклеотидами з LNA­мономерами, – методом термічної денатурації. Створені молекулярно­генетичні тест­системи для виявлення ізолятів дикого типу та резистентних МТБ до протитуберкульозного препарату першого ряду ізоніазиду можуть застосовуватися у клінічних лабораторіях зі стандартним ПЛР­обладнанням та дозволяють скоротити визначення резистентності МТБ до ізоніазиду з 1–3 місяців стандартними бактеріологічними методами до 1–3 днів шляхом ПЛР.
Разработаны два варианта детекции однонуклеотидных полиморфизмов в кодоне 315 гена katG микобактерий туберкулеза (МТБ), мутации в котором ассоциированы с устойчивостью к изониазиду – противотуберкулезному препарату первого ряда. Два набора праймеров, каждый из которых содержит дополнительный конкурентный блокирующий праймер с 3’-терминальной фосфатной группой (для элиминации неспецифической амплификации), позволяют выявлять наличие наиболее часто встречающихся точечных мутаций AGC→ACC и AGC→AGA в кодоне 315 гена katG. Проведение ПЦР с набором из двух праймеров, один из которых содержит пять LNA-мономеров, позволяет определить наличие любого из шести известных вариантов мутаций в кодоне 315 гена katG, т.е. дифференцировать чувствительные и резистентные к изониазиду МТБ. Чистота и строение праймеров длиной 17 нуклеотидов, содержащих LNA-модифицированные нуклеотиды, охарактеризованы времяпролетной масс спектрометрией с матрично активированной лазерной десорбцией/ионизацией (MALDI-TOF), а 17-мерный дуплекс, образованный двумя комплементарными олигонуклеотидами с LNA-мономерами, – методом термической денатурации.
Two types of techniques for detection of single nucleotide polymorphism in 315 codon of katG gene of MTB are developed. Isoniazid resistance of MTB is associated with point mutations in the mentioned codon. Two primer sets with additional competitive blocking primer containing 3’-terminal phosphate group (for elimination of unspecific amplification) allow detecting the most frequent point mutations AGC 􀁯􀀃ACC and AGC 􀁯􀀃AGA in 315 codon of katG gene. PCR with primer set of two primers one of which contains five LNA-monomers allows to determine an occurrence of any type from six known mutations in 315 codon of katG gene, i.e. to differentiate wild type and isoniazid-resistant MTB. Purity and structure of 17 bp long primers with LNA-modified nucleotides were characterized by time-of-flight MALDI-mass spectrometry. Duplex of 17 bp length formed by two complementary oligonucleotides with LNA-monomers was studied using melting.
Робота частково підтримана грантом АМН 95/2010 від Національної академії медичних наук України, а також Центром колективного користування приладом «Мас-спектрометричний комплекс з лазерною десорбцією та іонізацією Autoflex II» НАН України. Автори висловлюють подяку д-ру В.М. Степаншиній (Державний науковий центр прикладної мікробіології та біотехнолог ії, РФ), проф. X. Wu (Інститут дослідження туберкульозу, Китай), Т.В. Фесенко (Інститут хімії поверхні ім. О.О. Чуйка НАН України) за допомогу в проведенні досліджень.
uk
Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України
Цитология и генетика
Оригинальные работы
Молекулярні технології в детекції чутливих та стійких до ізоніазиду мікобактерій туберкульозу
Молекулярные технологии в детекции чувствительных и устойчивых к изониазиду микобактерий туберкулеза
Molecular technologies in detecting sensitive and isoniazid­resistant mycobacterium tuberculosis
Article
published earlier
institution Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection DSpace DC
title Молекулярні технології в детекції чутливих та стійких до ізоніазиду мікобактерій туберкульозу
spellingShingle Молекулярні технології в детекції чутливих та стійких до ізоніазиду мікобактерій туберкульозу
Лиманська, О.Ю.
Лиманський, О.П.
Оригинальные работы
title_short Молекулярні технології в детекції чутливих та стійких до ізоніазиду мікобактерій туберкульозу
title_full Молекулярні технології в детекції чутливих та стійких до ізоніазиду мікобактерій туберкульозу
title_fullStr Молекулярні технології в детекції чутливих та стійких до ізоніазиду мікобактерій туберкульозу
title_full_unstemmed Молекулярні технології в детекції чутливих та стійких до ізоніазиду мікобактерій туберкульозу
title_sort молекулярні технології в детекції чутливих та стійких до ізоніазиду мікобактерій туберкульозу
author Лиманська, О.Ю.
Лиманський, О.П.
author_facet Лиманська, О.Ю.
Лиманський, О.П.
topic Оригинальные работы
topic_facet Оригинальные работы
publishDate 2011
language Ukrainian
container_title Цитология и генетика
publisher Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України
format Article
title_alt Молекулярные технологии в детекции чувствительных и устойчивых к изониазиду микобактерий туберкулеза
Molecular technologies in detecting sensitive and isoniazid­resistant mycobacterium tuberculosis
description Розроблено два варіанти детекції однонуклеотидних поліморфізмів у кодоні 315 гена katG мікобактерій туберкульозу (МТБ), мутації в якому асоційовані з резистентністю до ізоніазиду – протитуберкульозного препарату першого ряду. Два набори праймерів, кожний з яких містить додатковий конкурентний блокуючий праймер з 3’­термінальною фосфатною групою (для елімінації неспецифічної ампліфікації), дозволяють у кодоні 315 гена katG виявляти точкові мутації AGC→ACC та AGC→AGA, що найчастіше зустрічаються. Проведення ПЛР з набором із двох праймерів, один з яких містить п’ять LNA­мономерів, дозволяє встановити наявність будь­якого з шести відомих варіантів мутацій у кодоні 315 гена katG, тобто диференціювати чутливі та резистентні до ізоніазиду МТБ. Чистоту та будову праймерів довжиною 17 нуклеотидів, що містять LNA­модифіковані нуклеотиди, охарактеризовано часопролітною мас-спектрометрією з матрично-активованою лазерною десорбцією/іонізацією, а 17­мірний дуплекс, утворений двома комплементарними олігонуклеотидами з LNA­мономерами, – методом термічної денатурації. Створені молекулярно­генетичні тест­системи для виявлення ізолятів дикого типу та резистентних МТБ до протитуберкульозного препарату першого ряду ізоніазиду можуть застосовуватися у клінічних лабораторіях зі стандартним ПЛР­обладнанням та дозволяють скоротити визначення резистентності МТБ до ізоніазиду з 1–3 місяців стандартними бактеріологічними методами до 1–3 днів шляхом ПЛР. Разработаны два варианта детекции однонуклеотидных полиморфизмов в кодоне 315 гена katG микобактерий туберкулеза (МТБ), мутации в котором ассоциированы с устойчивостью к изониазиду – противотуберкулезному препарату первого ряда. Два набора праймеров, каждый из которых содержит дополнительный конкурентный блокирующий праймер с 3’-терминальной фосфатной группой (для элиминации неспецифической амплификации), позволяют выявлять наличие наиболее часто встречающихся точечных мутаций AGC→ACC и AGC→AGA в кодоне 315 гена katG. Проведение ПЦР с набором из двух праймеров, один из которых содержит пять LNA-мономеров, позволяет определить наличие любого из шести известных вариантов мутаций в кодоне 315 гена katG, т.е. дифференцировать чувствительные и резистентные к изониазиду МТБ. Чистота и строение праймеров длиной 17 нуклеотидов, содержащих LNA-модифицированные нуклеотиды, охарактеризованы времяпролетной масс спектрометрией с матрично активированной лазерной десорбцией/ионизацией (MALDI-TOF), а 17-мерный дуплекс, образованный двумя комплементарными олигонуклеотидами с LNA-мономерами, – методом термической денатурации. Two types of techniques for detection of single nucleotide polymorphism in 315 codon of katG gene of MTB are developed. Isoniazid resistance of MTB is associated with point mutations in the mentioned codon. Two primer sets with additional competitive blocking primer containing 3’-terminal phosphate group (for elimination of unspecific amplification) allow detecting the most frequent point mutations AGC 􀁯􀀃ACC and AGC 􀁯􀀃AGA in 315 codon of katG gene. PCR with primer set of two primers one of which contains five LNA-monomers allows to determine an occurrence of any type from six known mutations in 315 codon of katG gene, i.e. to differentiate wild type and isoniazid-resistant MTB. Purity and structure of 17 bp long primers with LNA-modified nucleotides were characterized by time-of-flight MALDI-mass spectrometry. Duplex of 17 bp length formed by two complementary oligonucleotides with LNA-monomers was studied using melting.
issn 0564-3783
url https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/66871
fulltext
citation_txt Молекулярні технології в детекції чутливих та стійких до ізоніазиду мікобактерій туберкульозу / О.Ю. Лиманська, О.П. Лиманський // Цитология и генетика. — 2011. — Т. 45, № 6. — С. 34-47. — Бібліогр.: 20 назв. — укр.
work_keys_str_mv AT limansʹkaoû molekulârnítehnologíívdetekcííčutlivihtastíikihdoízoníazidumíkobakteríituberkulʹozu
AT limansʹkiiop molekulârnítehnologíívdetekcííčutlivihtastíikihdoízoníazidumíkobakteríituberkulʹozu
AT limansʹkaoû molekulârnyetehnologiivdetekciičuvstvitelʹnyhiustoičivyhkizoniazidumikobakteriituberkuleza
AT limansʹkiiop molekulârnyetehnologiivdetekciičuvstvitelʹnyhiustoičivyhkizoniazidumikobakteriituberkuleza
AT limansʹkaoû moleculartechnologiesindetectingsensitiveandisoniazidresistantmycobacteriumtuberculosis
AT limansʹkiiop moleculartechnologiesindetectingsensitiveandisoniazidresistantmycobacteriumtuberculosis
first_indexed 2025-11-24T15:43:06Z
last_indexed 2025-11-24T15:43:06Z
_version_ 1850848197672435712

Similar Items