Построение трехмерных моделей FtsZ-белков Arabidopsis thaliana на основе кристаллической структуры архебактериального комплекса FtsZ-GDP
Построены трехмерные модели комплексов растительных FtsZ-белков, локализирующихся в цитозоле и хлоропластах, с молекулами ГДФ. В качестве матрицы использовали кристаллическую структуру комплекса FtsZ-GDP из архебактерии Methanococcus jannaschii (PDB-код 1FsZ). Показано, что вторичные структуры смоде...
Gespeichert in:
| Veröffentlicht in: | Цитология и генетика |
|---|---|
| Datum: | 2006 |
| Hauptverfasser: | , , |
| Format: | Artikel |
| Sprache: | Russisch |
| Veröffentlicht: |
Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України
2006
|
| Schlagworte: | |
| Online Zugang: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/82001 |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Zitieren: | Построение трехмерных моделей FtsZ-белков Arabidopsis thaliana на основе кристаллической структуры архебактериального комплекса FtsZ-GDP / О.Н. Демчук, А.Ю. Ныпорко, Я.Б. Блюм // Цитология и генетика. — 2006. — Т. 40, № 1. — С. 10-20. — Бібліогр.: 16 назв. — рос. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1862744009087123456 |
|---|---|
| author | Демчук, О.Н. Ныпорко, А.Ю. Блюм, Я.Б. |
| author_facet | Демчук, О.Н. Ныпорко, А.Ю. Блюм, Я.Б. |
| citation_txt | Построение трехмерных моделей FtsZ-белков Arabidopsis thaliana на основе кристаллической структуры архебактериального комплекса FtsZ-GDP / О.Н. Демчук, А.Ю. Ныпорко, Я.Б. Блюм // Цитология и генетика. — 2006. — Т. 40, № 1. — С. 10-20. — Бібліогр.: 16 назв. — рос. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Цитология и генетика |
| description | Построены трехмерные модели комплексов растительных FtsZ-белков, локализирующихся в цитозоле и хлоропластах, с молекулами ГДФ. В качестве матрицы использовали кристаллическую структуру комплекса FtsZ-GDP из архебактерии Methanococcus jannaschii (PDB-код 1FsZ). Показано, что вторичные структуры смоделированных белков содержат по десять цепей, однако у модели FtsZ-белка внутрихлоропластной локализации имеются десять α- и четыре 310-спирали, у цитозольного FtsZ-белка наблюдаются девять и три соответствующие структуры и отсутствуют а0 α-спираль перед нуклеотид-связывающим доменом и С-концевая 310-спираль во вторичном домене. Петля Т2 нуклеотид-связывающего кармана хлоропластной формы белка в позиции 49 содержит незаряженный аланин вместо заряженных остатков, характерных в аналогичной позиции для цитозольного и бактериального белков. При незначительной гомологии последовательностей FtsZ-белков (частичная гомология на уровне 47 %) построенные модели демонстрируют высокий уровень совпадения структуры с матрицей как в области нуклеотид-связывающего кармана, так по всей молекуле в целом и пригодны для дальнейших исследований по выявлению возможных сайтов связывания с динитроанилиновыми гербицидами.
Three-dimensional models of FtsZ-protein complexes with GDF from Arabidopsis thaliana L. localized in cytosol (Entrez database code NP190843) and in chloroplasts (Entrez database code AAA82068) were developed. Crystal structure of the FtsZ-GDP complex from archaea Methanococcus jannaschii (PDB-code 1FSZ) was used as a matrix. Secondary structures of computed models contain ten β-strands. A chloroplast form of FtsZ-protein has ten α-helices and four 310-helices, whereas cytosolic form of protein has nine and three structures correspondently and neither a0-helix before nucleotide-binding domain nor C-terminal 310-helix in secondary domain. The T2-loop of nucleotide-binding pocket of chloroplast form of FtsZ-ptotein in position 49 contains non-charged alanin residue instead of the charged one which is typical for cytosolic and bacterial forms of proteins. At low sequence homology of FtsZ-proteins (approximately 47 %) the developed models demonstrate high coincidence with matrix both in the structures of nucleotide-binding pocket and in the whole molecule. The models are completely suitable for further studies of possible sites of binding with dinitroaniline
|
| first_indexed | 2025-12-07T20:33:43Z |
| format | Article |
| fulltext | |
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-82001 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 0564-3783 |
| language | Russian |
| last_indexed | 2025-12-07T20:33:43Z |
| publishDate | 2006 |
| publisher | Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Демчук, О.Н. Ныпорко, А.Ю. Блюм, Я.Б. 2015-05-23T12:30:05Z 2015-05-23T12:30:05Z 2006 Построение трехмерных моделей FtsZ-белков Arabidopsis thaliana на основе кристаллической структуры архебактериального комплекса FtsZ-GDP / О.Н. Демчук, А.Ю. Ныпорко, Я.Б. Блюм // Цитология и генетика. — 2006. — Т. 40, № 1. — С. 10-20. — Бібліогр.: 16 назв. — рос. 0564-3783 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/82001 577.322.4:5:7 Построены трехмерные модели комплексов растительных FtsZ-белков, локализирующихся в цитозоле и хлоропластах, с молекулами ГДФ. В качестве матрицы использовали кристаллическую структуру комплекса FtsZ-GDP из архебактерии Methanococcus jannaschii (PDB-код 1FsZ). Показано, что вторичные структуры смоделированных белков содержат по десять цепей, однако у модели FtsZ-белка внутрихлоропластной локализации имеются десять α- и четыре 310-спирали, у цитозольного FtsZ-белка наблюдаются девять и три соответствующие структуры и отсутствуют а0 α-спираль перед нуклеотид-связывающим доменом и С-концевая 310-спираль во вторичном домене. Петля Т2 нуклеотид-связывающего кармана хлоропластной формы белка в позиции 49 содержит незаряженный аланин вместо заряженных остатков, характерных в аналогичной позиции для цитозольного и бактериального белков. При незначительной гомологии последовательностей FtsZ-белков (частичная гомология на уровне 47 %) построенные модели демонстрируют высокий уровень совпадения структуры с матрицей как в области нуклеотид-связывающего кармана, так по всей молекуле в целом и пригодны для дальнейших исследований по выявлению возможных сайтов связывания с динитроанилиновыми гербицидами. Three-dimensional models of FtsZ-protein complexes with GDF from Arabidopsis thaliana L. localized in cytosol (Entrez database code NP190843) and in chloroplasts (Entrez database code AAA82068) were developed. Crystal structure of the FtsZ-GDP complex from archaea Methanococcus jannaschii (PDB-code 1FSZ) was used as a matrix. Secondary structures of computed models contain ten β-strands. A chloroplast form of FtsZ-protein has ten α-helices and four 310-helices, whereas cytosolic form of protein has nine and three structures correspondently and neither a0-helix before nucleotide-binding domain nor C-terminal 310-helix in secondary domain. The T2-loop of nucleotide-binding pocket of chloroplast form of FtsZ-ptotein in position 49 contains non-charged alanin residue instead of the charged one which is typical for cytosolic and bacterial forms of proteins. At low sequence homology of FtsZ-proteins (approximately 47 %) the developed models demonstrate high coincidence with matrix both in the structures of nucleotide-binding pocket and in the whole molecule. The models are completely suitable for further studies of possible sites of binding with dinitroaniline ru Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України Цитология и генетика Оригинальные работы Построение трехмерных моделей FtsZ-белков Arabidopsis thaliana на основе кристаллической структуры архебактериального комплекса FtsZ-GDP Construction of three-dimensional models of Arabidopsis thaliana FtsZ-proteins on basis of crystal structure of archaebacterial FtsZ-GDP complex Article published earlier |
| spellingShingle | Построение трехмерных моделей FtsZ-белков Arabidopsis thaliana на основе кристаллической структуры архебактериального комплекса FtsZ-GDP Демчук, О.Н. Ныпорко, А.Ю. Блюм, Я.Б. Оригинальные работы |
| title | Построение трехмерных моделей FtsZ-белков Arabidopsis thaliana на основе кристаллической структуры архебактериального комплекса FtsZ-GDP |
| title_alt | Construction of three-dimensional models of Arabidopsis thaliana FtsZ-proteins on basis of crystal structure of archaebacterial FtsZ-GDP complex |
| title_full | Построение трехмерных моделей FtsZ-белков Arabidopsis thaliana на основе кристаллической структуры архебактериального комплекса FtsZ-GDP |
| title_fullStr | Построение трехмерных моделей FtsZ-белков Arabidopsis thaliana на основе кристаллической структуры архебактериального комплекса FtsZ-GDP |
| title_full_unstemmed | Построение трехмерных моделей FtsZ-белков Arabidopsis thaliana на основе кристаллической структуры архебактериального комплекса FtsZ-GDP |
| title_short | Построение трехмерных моделей FtsZ-белков Arabidopsis thaliana на основе кристаллической структуры архебактериального комплекса FtsZ-GDP |
| title_sort | построение трехмерных моделей ftsz-белков arabidopsis thaliana на основе кристаллической структуры архебактериального комплекса ftsz-gdp |
| topic | Оригинальные работы |
| topic_facet | Оригинальные работы |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/82001 |
| work_keys_str_mv | AT demčukon postroenietrehmernyhmodeleiftszbelkovarabidopsisthaliananaosnovekristalličeskoistrukturyarhebakterialʹnogokompleksaftszgdp AT nyporkoaû postroenietrehmernyhmodeleiftszbelkovarabidopsisthaliananaosnovekristalličeskoistrukturyarhebakterialʹnogokompleksaftszgdp AT blûmâb postroenietrehmernyhmodeleiftszbelkovarabidopsisthaliananaosnovekristalličeskoistrukturyarhebakterialʹnogokompleksaftszgdp AT demčukon constructionofthreedimensionalmodelsofarabidopsisthalianaftszproteinsonbasisofcrystalstructureofarchaebacterialftszgdpcomplex AT nyporkoaû constructionofthreedimensionalmodelsofarabidopsisthalianaftszproteinsonbasisofcrystalstructureofarchaebacterialftszgdpcomplex AT blûmâb constructionofthreedimensionalmodelsofarabidopsisthalianaftszproteinsonbasisofcrystalstructureofarchaebacterialftszgdpcomplex |