Построение трехмерных моделей FtsZ-белков Arabidopsis thaliana на основе кристаллической структуры архебактериального комплекса FtsZ-GDP

Построение трехмерных моделей FtsZ-белков Arabidopsis thaliana на основе кристаллической структуры архебактериального комплекса FtsZ-GDP

Построены трехмерные модели комплексов растительных FtsZ-белков, локализирующихся в цитозоле и хлоропластах, с молекулами ГДФ. В качестве матрицы использовали кристаллическую структуру комплекса FtsZ-GDP из архебактерии Methanococcus jannaschii (PDB-код 1FsZ). Показано, что вторичные структуры смоде...

Повний опис

Збережено в:
Бібліографічні деталі
Опубліковано в: :Цитология и генетика
Дата:2006
Автори: Демчук, О.Н., Ныпорко, А.Ю., Блюм, Я.Б.
Формат: Стаття
Мова:Russian
Опубліковано: Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України 2006
Теми:
Оригинальные работы
Онлайн доступ:https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/82001
Теги: Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
Назва журналу:Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Цитувати:Построение трехмерных моделей FtsZ-белков Arabidopsis thaliana на основе кристаллической структуры архебактериального комплекса FtsZ-GDP / О.Н. Демчук, А.Ю. Ныпорко, Я.Б. Блюм // Цитология и генетика. — 2006. — Т. 40, № 1. — С. 10-20. — Бібліогр.: 16 назв. — рос.

Репозитарії

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
id nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-82001
record_format dspace
spelling Демчук, О.Н.
Ныпорко, А.Ю.
Блюм, Я.Б.
2015-05-23T12:30:05Z
2015-05-23T12:30:05Z
2006
Построение трехмерных моделей FtsZ-белков Arabidopsis thaliana на основе кристаллической структуры архебактериального комплекса FtsZ-GDP / О.Н. Демчук, А.Ю. Ныпорко, Я.Б. Блюм // Цитология и генетика. — 2006. — Т. 40, № 1. — С. 10-20. — Бібліогр.: 16 назв. — рос.
0564-3783
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/82001
577.322.4:5:7
Построены трехмерные модели комплексов растительных FtsZ-белков, локализирующихся в цитозоле и хлоропластах, с молекулами ГДФ. В качестве матрицы использовали кристаллическую структуру комплекса FtsZ-GDP из архебактерии Methanococcus jannaschii (PDB-код 1FsZ). Показано, что вторичные структуры смоделированных белков содержат по десять цепей, однако у модели FtsZ-белка внутрихлоропластной локализации имеются десять α- и четыре 310-спирали, у цитозольного FtsZ-белка наблюдаются девять и три соответствующие структуры и отсутствуют а0 α-спираль перед нуклеотид-связывающим доменом и С-концевая 310-спираль во вторичном домене. Петля Т2 нуклеотид-связывающего кармана хлоропластной формы белка в позиции 49 содержит незаряженный аланин вместо заряженных остатков, характерных в аналогичной позиции для цитозольного и бактериального белков. При незначительной гомологии последовательностей FtsZ-белков (частичная гомология на уровне 47 %) построенные модели демонстрируют высокий уровень совпадения структуры с матрицей как в области нуклеотид-связывающего кармана, так по всей молекуле в целом и пригодны для дальнейших исследований по выявлению возможных сайтов связывания с динитроанилиновыми гербицидами.
Three-dimensional models of FtsZ-protein complexes with GDF from Arabidopsis thaliana L. localized in cytosol (Entrez database code NP190843) and in chloroplasts (Entrez database code AAA82068) were developed. Crystal structure of the FtsZ-GDP complex from archaea Methanococcus jannaschii (PDB-code 1FSZ) was used as a matrix. Secondary structures of computed models contain ten β-strands. A chloroplast form of FtsZ-protein has ten α-helices and four 310-helices, whereas cytosolic form of protein has nine and three structures correspondently and neither a0-helix before nucleotide-binding domain nor C-terminal 310-helix in secondary domain. The T2-loop of nucleotide-binding pocket of chloroplast form of FtsZ-ptotein in position 49 contains non-charged alanin residue instead of the charged one which is typical for cytosolic and bacterial forms of proteins. At low sequence homology of FtsZ-proteins (approximately 47 %) the developed models demonstrate high coincidence with matrix both in the structures of nucleotide-binding pocket and in the whole molecule. The models are completely suitable for further studies of possible sites of binding with dinitroaniline
ru
Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України
Цитология и генетика
Оригинальные работы
Построение трехмерных моделей FtsZ-белков Arabidopsis thaliana на основе кристаллической структуры архебактериального комплекса FtsZ-GDP
Construction of three-dimensional models of Arabidopsis thaliana FtsZ-proteins on basis of crystal structure of archaebacterial FtsZ-GDP complex
Article
published earlier
institution Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection DSpace DC
title Построение трехмерных моделей FtsZ-белков Arabidopsis thaliana на основе кристаллической структуры архебактериального комплекса FtsZ-GDP
spellingShingle Построение трехмерных моделей FtsZ-белков Arabidopsis thaliana на основе кристаллической структуры архебактериального комплекса FtsZ-GDP
Демчук, О.Н.
Ныпорко, А.Ю.
Блюм, Я.Б.
Оригинальные работы
title_short Построение трехмерных моделей FtsZ-белков Arabidopsis thaliana на основе кристаллической структуры архебактериального комплекса FtsZ-GDP
title_full Построение трехмерных моделей FtsZ-белков Arabidopsis thaliana на основе кристаллической структуры архебактериального комплекса FtsZ-GDP
title_fullStr Построение трехмерных моделей FtsZ-белков Arabidopsis thaliana на основе кристаллической структуры архебактериального комплекса FtsZ-GDP
title_full_unstemmed Построение трехмерных моделей FtsZ-белков Arabidopsis thaliana на основе кристаллической структуры архебактериального комплекса FtsZ-GDP
title_sort построение трехмерных моделей ftsz-белков arabidopsis thaliana на основе кристаллической структуры архебактериального комплекса ftsz-gdp
author Демчук, О.Н.
Ныпорко, А.Ю.
Блюм, Я.Б.
author_facet Демчук, О.Н.
Ныпорко, А.Ю.
Блюм, Я.Б.
topic Оригинальные работы
topic_facet Оригинальные работы
publishDate 2006
language Russian
container_title Цитология и генетика
publisher Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України
format Article
title_alt Construction of three-dimensional models of Arabidopsis thaliana FtsZ-proteins on basis of crystal structure of archaebacterial FtsZ-GDP complex
description Построены трехмерные модели комплексов растительных FtsZ-белков, локализирующихся в цитозоле и хлоропластах, с молекулами ГДФ. В качестве матрицы использовали кристаллическую структуру комплекса FtsZ-GDP из архебактерии Methanococcus jannaschii (PDB-код 1FsZ). Показано, что вторичные структуры смоделированных белков содержат по десять цепей, однако у модели FtsZ-белка внутрихлоропластной локализации имеются десять α- и четыре 310-спирали, у цитозольного FtsZ-белка наблюдаются девять и три соответствующие структуры и отсутствуют а0 α-спираль перед нуклеотид-связывающим доменом и С-концевая 310-спираль во вторичном домене. Петля Т2 нуклеотид-связывающего кармана хлоропластной формы белка в позиции 49 содержит незаряженный аланин вместо заряженных остатков, характерных в аналогичной позиции для цитозольного и бактериального белков. При незначительной гомологии последовательностей FtsZ-белков (частичная гомология на уровне 47 %) построенные модели демонстрируют высокий уровень совпадения структуры с матрицей как в области нуклеотид-связывающего кармана, так по всей молекуле в целом и пригодны для дальнейших исследований по выявлению возможных сайтов связывания с динитроанилиновыми гербицидами. Three-dimensional models of FtsZ-protein complexes with GDF from Arabidopsis thaliana L. localized in cytosol (Entrez database code NP190843) and in chloroplasts (Entrez database code AAA82068) were developed. Crystal structure of the FtsZ-GDP complex from archaea Methanococcus jannaschii (PDB-code 1FSZ) was used as a matrix. Secondary structures of computed models contain ten β-strands. A chloroplast form of FtsZ-protein has ten α-helices and four 310-helices, whereas cytosolic form of protein has nine and three structures correspondently and neither a0-helix before nucleotide-binding domain nor C-terminal 310-helix in secondary domain. The T2-loop of nucleotide-binding pocket of chloroplast form of FtsZ-ptotein in position 49 contains non-charged alanin residue instead of the charged one which is typical for cytosolic and bacterial forms of proteins. At low sequence homology of FtsZ-proteins (approximately 47 %) the developed models demonstrate high coincidence with matrix both in the structures of nucleotide-binding pocket and in the whole molecule. The models are completely suitable for further studies of possible sites of binding with dinitroaniline
issn 0564-3783
url https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/82001
citation_txt Построение трехмерных моделей FtsZ-белков Arabidopsis thaliana на основе кристаллической структуры архебактериального комплекса FtsZ-GDP / О.Н. Демчук, А.Ю. Ныпорко, Я.Б. Блюм // Цитология и генетика. — 2006. — Т. 40, № 1. — С. 10-20. — Бібліогр.: 16 назв. — рос.
work_keys_str_mv AT demčukon postroenietrehmernyhmodeleiftszbelkovarabidopsisthaliananaosnovekristalličeskoistrukturyarhebakterialʹnogokompleksaftszgdp
AT nyporkoaû postroenietrehmernyhmodeleiftszbelkovarabidopsisthaliananaosnovekristalličeskoistrukturyarhebakterialʹnogokompleksaftszgdp
AT blûmâb postroenietrehmernyhmodeleiftszbelkovarabidopsisthaliananaosnovekristalličeskoistrukturyarhebakterialʹnogokompleksaftszgdp
AT demčukon constructionofthreedimensionalmodelsofarabidopsisthalianaftszproteinsonbasisofcrystalstructureofarchaebacterialftszgdpcomplex
AT nyporkoaû constructionofthreedimensionalmodelsofarabidopsisthalianaftszproteinsonbasisofcrystalstructureofarchaebacterialftszgdpcomplex
AT blûmâb constructionofthreedimensionalmodelsofarabidopsisthalianaftszproteinsonbasisofcrystalstructureofarchaebacterialftszgdpcomplex
first_indexed 2025-12-07T20:33:43Z
last_indexed 2025-12-07T20:33:43Z
_version_ 1850883046078676992

Схожі ресурси