Пошук низькомолекулярних лігандів для SH2-доменів методом докінгу міжмолекулярних взаємодій
Бiологiчнi процеси в живих системах вiдбуваються за участi великої кiлькостi рiзноманiтних бiлкових молекул, якi функцiонують завдяки взаємодiї одна з одною у складi стабiльних або динамiчних бiлкових комплексiв. Знання просторової структури комплексiв клiтинних бiлкiв та мембранних рецепторiв з лiг...
Gespeichert in:
| Veröffentlicht in: | Доповіді НАН України |
|---|---|
| Datum: | 2012 |
| Hauptverfasser: | , , , , , , |
| Format: | Artikel |
| Sprache: | Ukrainisch |
| Veröffentlicht: |
Видавничий дім "Академперіодика" НАН України
2012
|
| Schlagworte: | |
| Online Zugang: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/84371 |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Zitieren: | Пошук низькомолекулярних лігандів для SH2-доменів методом докінгу міжмолекулярних взаємодій / В.В. Гурмач, О.М. Балинський, П.О. Бориско, М.О. Платонов, Г.Х. Баєнг, Д.Б. Ковальський, Ю. I. Прилуцький // Доповiдi Нацiональної академiї наук України. — 2012. — № 8. — С. 141-146. — Бібліогр.: 14 назв. — укр. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1860208798915887104 |
|---|---|
| author | Гурмач, В.В. Балинський, О.М. Бориско, П.О. Платонов, М.О. Баєнг, Г.Х. Ковальський, Д.Б. Прилуцький, Ю.І. |
| author_facet | Гурмач, В.В. Балинський, О.М. Бориско, П.О. Платонов, М.О. Баєнг, Г.Х. Ковальський, Д.Б. Прилуцький, Ю.І. |
| citation_txt | Пошук низькомолекулярних лігандів для SH2-доменів методом докінгу міжмолекулярних взаємодій / В.В. Гурмач, О.М. Балинський, П.О. Бориско, М.О. Платонов, Г.Х. Баєнг, Д.Б. Ковальський, Ю. I. Прилуцький // Доповiдi Нацiональної академiї наук України. — 2012. — № 8. — С. 141-146. — Бібліогр.: 14 назв. — укр. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Доповіді НАН України |
| description | Бiологiчнi процеси в живих системах вiдбуваються за участi великої кiлькостi рiзноманiтних бiлкових молекул, якi функцiонують завдяки взаємодiї одна з одною у складi стабiльних або динамiчних бiлкових комплексiв. Знання просторової структури комплексiв клiтинних бiлкiв та мембранних рецепторiв з лiгандами є важливим кроком на шляху до розумiння механiзмiв їх функцiонування. У даному повiдомленнi запропоновано алгоритм дослiдження SH2-доменiв на прикладi бiлка STAT3 методом докiнгу мiжмолекулярних взаємодiй, який дозволяє передбачити конформацiю лiганду всерединi активного центру. Це, зокрема, вiдкриває шлях до рацiонального пошуку i дизайну нових
лiкарських препаратiв, що володiють протипухлинною активнiстю.
Биологические процессы в живых системах происходят с участием большого количества
различных белковых молекул, которые функционируют благодаря взаимодействию друг
с другом в составе стабильных или динамических белковых комплексов. Знание пространственной структуры комплексов клеточных белков и мембранных рецепторов с лигандами является важным шагом на пути к пониманию механизмов их функционирования. В данном
сообщении предложен алгоритм исследования SH2-доменов на примере белка STAT3 методом докинга межмолекулярных взаимодействий, который позволяет предсказать конформацию лиганда внутри активного центра. Это, в частности, открывает путь к рациональному поиску и дизайну новых лекарственных препаратов, обладающих противоопухолевой активностью.
Biological processes occurring in living systems involve a large number of different protein molecules
that function through the interaction with one another in the composition of stable and dynamic
protein complexes. Knowledge of the spatial structure of cellular protein systems and membrane
receptors with ligands is an important step toward understanding the mechanisms of their func-
tioning. We propose an algorithm for studying the SH2-domains, for instance, STAT3 protein by
the docking method of intermolecular interactions, which allows one to predict the conformation
of a ligand within the active site. In particular, it opens a way to the rational search for and the
design of new pharmaceutical drugs that have an antitumor activity.
|
| first_indexed | 2025-12-07T18:13:25Z |
| format | Article |
| fulltext |
оповiдi
НАЦIОНАЛЬНОЇ
АКАДЕМIЇ НАУК
УКРАЇНИ
8 • 2012
БIОХIМIЯ
УДК 577
© 2012
В.В. Гурмач, О. М. Балинський, П. О. Бориско, М. О. Платонов,
Г.Х. Баєнг, Д. Б. Ковальський, Ю. I. Прилуцький
Пошук низькомолекулярних лiгандiв для SH2-доменiв
методом докiнгу мiжмолекулярних взаємодiй
(Представлено членом-кореспондентом НАН України Д. М. Говоруном)
Бiологiчнi процеси в живих системах вiдбуваються за участi великої кiлькостi рiзно-
манiтних бiлкових молекул, якi функцiонують завдяки взаємодiї одна з одною у складi
стабiльних або динамiчних бiлкових комплексiв. Знання просторової структури комп-
лексiв клiтинних бiлкiв та мембранних рецепторiв з лiгандами є важливим кроком
на шляху до розумiння механiзмiв їх функцiонування. У даному повiдомленнi запропо-
новано алгоритм дослiдження SH2-доменiв на прикладi бiлка STAT3 методом докiнгу
мiжмолекулярних взаємодiй, який дозволяє передбачити конформацiю лiганду всерединi
активного центру. Це, зокрема, вiдкриває шлях до рацiонального пошуку i дизайну нових
лiкарських препаратiв, що володiють протипухлинною активнiстю.
Взаємодiя мiж бiлками, нуклеїновими кислотами, вуглеводнями i лiпiдами вiдiграє ключову
роль у передачi клiтинних сигналiв. Крiм того, орiєнтацiя взаємодiючих структур впливає
як на тип, так i на силу сигналу. Тому знання їх просторової конформацiї є важливим
кроком на шляху до розумiння механiзмiв функцiонування бiооб’єктiв. Рацiональний по-
шук i дизайн нових лiкарських препаратiв також потребує структурної iнформацiї щодо
їх взаємодiї з бiлком-мiшенню. Саме за допомогою комп’ютерного моделювання вдається
отримати оптимальнi просторовi структури лiганду i бiлка-мiшенi [1]. Їх детальний аналiз
дозволяє визначити основнi сили, що сприяють зв’язуванню найбiльш комплементарних
одна до одної частин молекул.
Як вiдомо [2], компактний глобулярний SH2-домен взаємодiє з бiлками, якi мiстять фос-
форильований залишок тирозину (Tyr) [2]. Здебiльшого цей домен мiститься в онкобiлках
(Src oncoprotein) та у бiлках, що входять у сигнальнi каскади клiтини. Людський геном
кодує близько 120 SH2-доменiв, якi вiдносяться до 110 бiлкiв та беруть активну участь
у бiлок-бiлкових взаємодiях. Їх поширенiсть в органiзмi тварин i майже повна вiдсутнiсть
ISSN 1025-6415 Доповiдi Нацiональної академiї наук України, 2012, №8 141
у мiкроорганiзмах (наприклад, примiтивний SH2-фрагмент у дрiжджах) дозволяє зробити
припущення, що поява цього домену пов’язана з ускладненням механiзмiв передачi сигналiв
у багатоклiтинних органiзмах [3].
Бiлок STAT3 вiдноситься до групи молекулярних перемикачiв [4]: регулює генну експре-
сiю у мiтохондрiях, впливає на активнiсть електронно-транспортного ланцюга злоякiсних
пухлин [5]. Тому його iнгiбування може бути клiнiчно застосовано у терапiї ракових захво-
рювань. Наявнi рентгеноструктурнi данi свiдчать про зв’язування STAT3 з лiгандами не
пептидної природи. При цьому домiнуюча роль належить гетероциклiчним структурам як
iнгiбiторам цього бiлка. Важливо вiдзначити, що саме не пептиднi iнгiбiтори задовольняють
вимогам стабiльностi фармакологiчних препаратiв в органiзмi. Гетероциклiчнi сполуки кра-
ще модифiкуються для пiдвищення їх селективностi та функцiональної активностi, зокрема
вдається навiть замiнити гетероциклiчне ядро без втрати активностi, що неможливо зро-
бити для пептидомiметикiв.
З урахуванням зазначеного вище нами був розроблений i тестований алгоритм пошуку
специфiчних лiгандiв для основної платформи SH2-доменiв на прикладi SH2-вмiсного бiлка
STAT3 для створення цiльової бiблiотеки на SH2-домени [6–9].
Методи дослiдження. Пошук лiгандiв для SH2-домену STAT3 здiйснювали методом
молекулярного докiнгу. Рентгенограми структур STAT3 взято з бази даних PDB. Пiсля
їх аналiзу були встановленi правила вiдбору низькомолекулярних лiгандiв. Для фiльт-
рування комерцiйно доступної бази хiмiчних речовин компанiї Enamine використовували
програму JChem. За допомогою пакета Corina згенеровано всi можливi варiанти стерео-
iзомерiв. З використанням програмного пакета flo+ [10] виконано докiнг. Отриманi ре-
зультати обробляли multyRmsd фiльтрами [11]. Важливо вiдзначити, що у процесi роз-
рахункiв враховано, що дiапазон рухливостi взаємодiючих структур може бути рiзним,
починаючи з невеликих бiчних ланцюгiв i закiнчуючи масштабними доменними руха-
ми [12].
Результати та їх обговорення. Спочатку бiлок STAT3 дослiдили на прикладi прос-
тих взаємодiй з метою вiдбору принципово важливих амiнокислот для зв’язування лiган-
дiв. Для цього було розроблено п’ять моделей, якi вiдрiзнялися механiзмом зв’язування
(рис. 1). Проведенi розрахунки виявили, що всi лiганди, якi зв’язуються з SH2-доменом,
були короткими — їх довжина не перевищувала довжину 2–3-х пептидних з’язкiв, а для
нормального зв’язування довжина повинна бути iз 4–5 пептидних зв’язкiв. У цьому по-
лягає принципова вiдмiннiсть взаємодiї субстрату i низькомолекулярного лiганду, тобто
лiганд повинен на менший об’єм субстрату дати бiльшу кiлькiсть зв’язкiв. Тому попере-
дньо нами був проведений детальний аналiз поверхнi зв’язування бiлка i на його основi
сформульовано унiкальнi правила зв’язування у кожнiй з п’яти запропонованих моделей.
Наведенi на рис. 1 результати для перших чотирьох моделей є наслiдком того, що п’ята
модель вирiзнялася досить широкими енергетичними межами щодо утворення можливих
структурних конформацiй, завдяки чому в нiй вiдтворювалися всi взаємодiї, що характернi
для попереднiх моделей.
Перша та четверта моделi принципово вiдрiзняються за механiзмом зв’язування з амi-
нокислотним оточенням, але i їм притаманнi спiльнi риси. Так, в обох випадках лiганд щiль-
но заповнює сайт зв’язування фосфотирозину, утворюючи мiцнi водневi зв’язки: у першому
випадку з Lys 591 та Arg 609, а в другому — з Arg 609. Лiганди в обох моделях стерично
взаємодiють з багатьма амiнокислотами за принципом розпiзнавання ароматичного залиш-
ку, до яких входять Glu 612, Val 637, Pro 639, Ser 613 й 611.
142 ISSN 1025-6415 Reports of the National Academy of Sciences of Ukraine, 2012, №8
Рис. 1. Розрахунковi моделi 1 i 4, 2 i 3 STAT3 бiлка (схематичне зображення кишенi зв’язування з лiгандом)
Перша модель передбачає утворення другого кластеру водневих зв’язкiв, утворених
з Arg 595, який просторово наближений до фосфотирозинового субпакета i має рiзне функ-
цiональне наповнення з точки зору механiзму роботи ферменту. Лiганди четвертої моде-
лi заповнюють основний простiр кишенi при зв’язуваннi з 1 або 2 фосфотирозиновим за-
лишком Gln 635 водневим зв’язком. Також, зважаючи на гнучкiсть лiзинового залишку
(Lys 626), можливе утворення водневого зв’язку мiж ним i лiгандом. Варто зазначити, що
для першої моделi характернi просторово i стерично жорсткi молекули з невеликим об’є-
мом. На противагу їй у четвертiй моделi присутнi сполуки з ароматичним каркасом, якi
можуть бути достатньо гнучкими.
Друга i третя моделi мають однаковий механiзм зв’язування з фосфотирозиновим
сайтом i демонструють гнучкiсть у пiдборi низькомолекулярних структур. Саме цей сайт
є ключовим щодо здатностi речовин iнгiбувати мiшень. Проте iснують iншi функцiональ-
нi групи, якi за хiмiчною будовою та просторовою структурою вiдрiзняються вiд нього.
Так, у другiй моделi — це циклосульфолановий фрагмент, а також алiфатичний i конфор-
мацiйно-гнучкий цикл. У третiй моделi — це арилсульфамiдна група, яка стерично iмiтує
фосфотирозиновий фрагмент. У рамках моделi 2 сполуки заповнюють кишеню, утворену
ISSN 1025-6415 Доповiдi Нацiональної академiї наук України, 2012, №8 143
Рис. 2. Порiвняння теоретичних даних iнгiбування (дiаграма 1) з експериментальними бiологiчними даними
(дiаграма 2) [13].
Умовнi позначення: N (1 ), O (2 ) — хiмiчнi елементи, за якими вiдбувалося фiльтрування потенцiйних
лiгандiв у кишенi зв’язування
Phe 716, Trp 623, Thr 714 та Lys 626. Цi амiнокислотнi залишки вiдносяться до рiзних
структурних фрагментiв, але просторово наближенi один до одного. Для стабiльної взаємо-
дiї необхiдна конформацiйна жорсткiсть, яка досягається за рахунок спряження складної
системи гетероциклiв, i домiнування в кишенi стекiнг та катiон-π-взаємодiй. У третiй моделi
вiдбуваються взаємодiї, що подiбнi до зв’язування субстрату. Це єдина схема iнгiбування,
при якiй лiганд досягає Pro 715, тобто заповнює об’єм i реалiзує контакти з оточенням
подiбно субстрату. Також важливим є утворення водневого зв’язку з Ser 636, який iмiтує
субстрат.
Проаналiзувавши поверхню сайтiв зв’язування для перелiчених вище моделей, було за-
пропоновано оригiнальнi правила аналiзу для кожної з них. Далi розробленi правила вiдбо-
ру речовин було взято з баз даних Enamine (1,7 млн речовин), якi потенцiйно можуть висту-
пати лiгандами SH2-домену STAT3 за такими параметрами (в межах (min/max) значень):
розчиннiсть у водi (−6,5–(−3)), величина, що вказує на лiпофiльнiсть або гiдрофiльнiсть
речовини (тобто за цим параметром можна судити, як речовина проходить крiзь плазма-
тичну мембрану: 1–5,25), акцептори водню (4–12), обертальнi зв’язки (3–9) та молекулярна
вага (280–480). З використанням розрахункової програми Cоrina згенерували стереоiзомери
цих речовин i отримали понад п’ятсот тисяч речовин, якi у подальшому використали для
молекулярного докiнгу.
Як видно з дiаграми 1 (рис. 2), пiсля фiльтрування залишилося трохи бiльше тисячi
потенцiйних лiгандiв SH2-домену. При цьому найбiльш активними були тi лiганди, якi зв’я-
зувалися з атомами кисню (див. рис. 1). З дiаграми 1 випливає, що найбiльш вдалою є третя
модель, де спостерiгається найбiльша кiлькiсть потенцiйно активних лiгандiв. Це може бути
пов’язано з тим, що Pro 715 значно виступає над кишенею зв’язування, завдяки чому лiганд
практично в усiх випадках змушений зв’язуватися всерединi кишенi i вiдповiдно закривати
її поверхню.
Дiаграма 2 (див. рис. 2) демонструє результати бiологiчного скринiнгу понад ста лiган-
дiв [13]. Тестування проводили на лiнiї клiтин L540 впродовж 24 год з кожним лiгандом
за концентрацiї 30 мкмоль. Теоретичнi розрахунки вiдрiзняються вiд цих даних, оскiльки
в експериментi найбiльш активними виявились лiганди, що отриманi в рамках четвертої,
а не третьої (як у нашому випадку) моделi. Проте слiд зазначити, що всi чотири теоре-
144 ISSN 1025-6415 Reports of the National Academy of Sciences of Ukraine, 2012, №8
тичнi моделi враховують активнi сполуки, якi значно вiдрiзняються за механiзмом зв’язу-
вання з амiнокислотним оточенням. Тому наразi першочерговим завданням є застосування
розробленої методики для цiлеспрямованого вiдбору низькомолекулярних лiгандiв на всю
платформу SH2-доменiв. Також перспективним є її використання для роботи з конформа-
цiйно-рухливими мiшенями, такими, як HIV TAT [14]. У цьому випадку алгоритм розбиття
поверхнi кишенi на принципово рiзнi моделi зв’язування дозволить уникнути втрат лiгандiв,
якi взаємодiють за нестандартними механiзмами, та отримати важливу iнформацiю щодо
можливостi адаптацiї кишенi для зв’язування з лiгандом.
1. Lengauer T., Rarey M. Computational methods for biomolecular docking // Curr. Opin. Struct. Biol. –
1996. – 6. – P. 402–406.
2. Гурмач В. В., Балинський О.М., Платонов М.О. та iн. Метод молекулярного докiнгу за учас-
тю SH2-доменiв як важливих елементiв внутрiшньоклiтинного функцiонування // Бiотехнологiя. –
2012. – 5. – С. 31–40.
3. Stelzl U., Worm U., Lalowski M. et al. A human protein-protein interaction network // Cell. – 2005. –
122. – P. 957–968.
4. Konnikova L., Simeone M.C., Kruger M.M. et al. Signal transducer and activator of transcription 3
(STAT3) regulates human telomerase reverse transcriptase (hTERT) expression in human cancer and
primary cells // Cancer Res. – 2005. – 65. – P. 6516–6520.
5. Akira S., Nishio Y., Inoue M. et al. Molecular cloning of APRF, a novel IFN-stimulated gene factor 3
p91-related transcription factor involved in the gp130-mediated signaling pathway // Cell. – 1994. – 77. –
P. 63–71.
6. Bursulaya B.D., Totrov M., Abagyan R., Brooks C. L. Comparative study of several algorithms for flexible
ligand docking // Comput. Aided Mol. Des. – 2003. – 17. – P. 755–763.
7. Schulz-Gasch T., Stahl M. Binding site characteristics in structure-based virtual screening: evaluation of
current docking tools // J. Mol. Model. – 2003. – 9. – P. 47–57.
8. Ferrara P., Gohlke H., Price D. J. et al. Assessing scoring functions for protein-ligand interactions //
J. Med. Chem. – 2004. – 47. – P. 3032–3047.
9. Park I.H., Li C. Characterization of molecular recognition of STAT3 SH2 domain inhibitors through
molecular simulation // J. Mol. Recognit. – 2011. – 2. – P. 54–65.
10. Gregory L.W., Millard H. L., Simon F. S. et al. A Critical Assessment of Docking Programs and Scoring
Functions // J. Med. Chem. – 2006. – 49. – P. 5912–5931.
11. Diederichs K. Structural superposition of proteins with unknown alignment and detection of topologi-
cal similarity using a six-dimensional search algorithm. Proteins // J. Proteins. – 1995. – 23. –
P. 95–187.
12. Betts M. J., Sternberg M. J. An analysis of conformational changes on protein-protein association: impli-
cations for predictive docking // Protein Eng. – 1999. – 12. – P. 271–283.
13. Kim B. H, Min Y. S, Baeng G.H. Benzoxathiol derivative BOT – 4-one suppresses L540 lymphoma cell
survival and proliferation via inhibition of JAK3/STAT3 signaling // Exp. Mol. Med. – 2011. – 43. –
P. 313–321.
14. Gehlhaar D., Verkhiver G., Reijto P. et al. Molecular recognition of the inhibitor AG-1343 by HIV-1
protease: conformationally flexible docking by evolutionary programming // Chem. Biol. – 1995. – 2. –
P. 317–324.
Надiйшло до редакцiї 11.01.2012ННЦ “Iнститут бiологiї” Київського
нацiонального унiверситету
iм. Тараса Шевченка
ISSN 1025-6415 Доповiдi Нацiональної академiї наук України, 2012, №8 145
В.В. Гурмач, О.М. Балинский, П. А. Бориско, М. О. Платонов,
Г. X. Баенг, Д.Б. Ковальский, Ю.И. Прилуцкий
Поиск низкомолекулярных лигандов для SH2-доменов методом
докинга межмолекулярных взаимодействий
Биологические процессы в живых системах происходят с участием большого количества
различных белковых молекул, которые функционируют благодаря взаимодействию друг
с другом в составе стабильных или динамических белковых комплексов. Знание пространст-
венной структуры комплексов клеточных белков и мембранных рецепторов с лигандами яв-
ляется важным шагом на пути к пониманию механизмов их функционирования. В данном
сообщении предложен алгоритм исследования SH2-доменов на примере белка STAT3 мето-
дом докинга межмолекулярных взаимодействий, который позволяет предсказать конфор-
мацию лиганда внутри активного центра. Это, в частности, открывает путь к рацио-
нальному поиску и дизайну новых лекарственных препаратов, обладающих противоопухо-
левой активностью.
V.V. Hurmach, A. M. Balynskyi, P. O. Borysko, M.O. Platonov,
G.H. Baeng, D.B. Kovalskyy, Yu. I. Prylutskyy
Search for low-molecular ligands for SH2-domains by the docking
method of intermolecular interactions
Biological processes occurring in living systems involve a large number of different protein molecules
that function through the interaction with one another in the composition of stable and dynamic
protein complexes. Knowledge of the spatial structure of cellular protein systems and membrane
receptors with ligands is an important step toward understanding the mechanisms of their func-
tioning. We propose an algorithm for studying the SH2-domains, for instance, STAT3 protein by
the docking method of intermolecular interactions, which allows one to predict the conformation
of a ligand within the active site. In particular, it opens a way to the rational search for and the
design of new pharmaceutical drugs that have an antitumor activity.
146 ISSN 1025-6415 Reports of the National Academy of Sciences of Ukraine, 2012, №8
|
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-84371 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 1025-6415 |
| language | Ukrainian |
| last_indexed | 2025-12-07T18:13:25Z |
| publishDate | 2012 |
| publisher | Видавничий дім "Академперіодика" НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Гурмач, В.В. Балинський, О.М. Бориско, П.О. Платонов, М.О. Баєнг, Г.Х. Ковальський, Д.Б. Прилуцький, Ю.І. 2015-07-06T18:46:55Z 2015-07-06T18:46:55Z 2012 Пошук низькомолекулярних лігандів для SH2-доменів методом докінгу міжмолекулярних взаємодій / В.В. Гурмач, О.М. Балинський, П.О. Бориско, М.О. Платонов, Г.Х. Баєнг, Д.Б. Ковальський, Ю. I. Прилуцький // Доповiдi Нацiональної академiї наук України. — 2012. — № 8. — С. 141-146. — Бібліогр.: 14 назв. — укр. 1025-6415 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/84371 577 Бiологiчнi процеси в живих системах вiдбуваються за участi великої кiлькостi рiзноманiтних бiлкових молекул, якi функцiонують завдяки взаємодiї одна з одною у складi стабiльних або динамiчних бiлкових комплексiв. Знання просторової структури комплексiв клiтинних бiлкiв та мембранних рецепторiв з лiгандами є важливим кроком на шляху до розумiння механiзмiв їх функцiонування. У даному повiдомленнi запропоновано алгоритм дослiдження SH2-доменiв на прикладi бiлка STAT3 методом докiнгу мiжмолекулярних взаємодiй, який дозволяє передбачити конформацiю лiганду всерединi активного центру. Це, зокрема, вiдкриває шлях до рацiонального пошуку i дизайну нових
 лiкарських препаратiв, що володiють протипухлинною активнiстю. Биологические процессы в живых системах происходят с участием большого количества
 различных белковых молекул, которые функционируют благодаря взаимодействию друг
 с другом в составе стабильных или динамических белковых комплексов. Знание пространственной структуры комплексов клеточных белков и мембранных рецепторов с лигандами является важным шагом на пути к пониманию механизмов их функционирования. В данном
 сообщении предложен алгоритм исследования SH2-доменов на примере белка STAT3 методом докинга межмолекулярных взаимодействий, который позволяет предсказать конформацию лиганда внутри активного центра. Это, в частности, открывает путь к рациональному поиску и дизайну новых лекарственных препаратов, обладающих противоопухолевой активностью. Biological processes occurring in living systems involve a large number of different protein molecules
 that function through the interaction with one another in the composition of stable and dynamic
 protein complexes. Knowledge of the spatial structure of cellular protein systems and membrane
 receptors with ligands is an important step toward understanding the mechanisms of their func-
 tioning. We propose an algorithm for studying the SH2-domains, for instance, STAT3 protein by
 the docking method of intermolecular interactions, which allows one to predict the conformation
 of a ligand within the active site. In particular, it opens a way to the rational search for and the
 design of new pharmaceutical drugs that have an antitumor activity. uk Видавничий дім "Академперіодика" НАН України Доповіді НАН України Біохімія Пошук низькомолекулярних лігандів для SH2-доменів методом докінгу міжмолекулярних взаємодій Поиск низкомолекулярных лигандов для SH2-доменов методом докинга межмолекулярных взаимодействий Search for low-molecular ligands for SH2-domains by the docking method of intermolecular interactions Article published earlier |
| spellingShingle | Пошук низькомолекулярних лігандів для SH2-доменів методом докінгу міжмолекулярних взаємодій Гурмач, В.В. Балинський, О.М. Бориско, П.О. Платонов, М.О. Баєнг, Г.Х. Ковальський, Д.Б. Прилуцький, Ю.І. Біохімія |
| title | Пошук низькомолекулярних лігандів для SH2-доменів методом докінгу міжмолекулярних взаємодій |
| title_alt | Поиск низкомолекулярных лигандов для SH2-доменов методом докинга межмолекулярных взаимодействий Search for low-molecular ligands for SH2-domains by the docking method of intermolecular interactions |
| title_full | Пошук низькомолекулярних лігандів для SH2-доменів методом докінгу міжмолекулярних взаємодій |
| title_fullStr | Пошук низькомолекулярних лігандів для SH2-доменів методом докінгу міжмолекулярних взаємодій |
| title_full_unstemmed | Пошук низькомолекулярних лігандів для SH2-доменів методом докінгу міжмолекулярних взаємодій |
| title_short | Пошук низькомолекулярних лігандів для SH2-доменів методом докінгу міжмолекулярних взаємодій |
| title_sort | пошук низькомолекулярних лігандів для sh2-доменів методом докінгу міжмолекулярних взаємодій |
| topic | Біохімія |
| topic_facet | Біохімія |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/84371 |
| work_keys_str_mv | AT gurmačvv pošuknizʹkomolekulârnihlígandívdlâsh2domenívmetodomdokíngumížmolekulârnihvzaêmodíi AT balinsʹkiiom pošuknizʹkomolekulârnihlígandívdlâsh2domenívmetodomdokíngumížmolekulârnihvzaêmodíi AT boriskopo pošuknizʹkomolekulârnihlígandívdlâsh2domenívmetodomdokíngumížmolekulârnihvzaêmodíi AT platonovmo pošuknizʹkomolekulârnihlígandívdlâsh2domenívmetodomdokíngumížmolekulârnihvzaêmodíi AT baênggh pošuknizʹkomolekulârnihlígandívdlâsh2domenívmetodomdokíngumížmolekulârnihvzaêmodíi AT kovalʹsʹkiidb pošuknizʹkomolekulârnihlígandívdlâsh2domenívmetodomdokíngumížmolekulârnihvzaêmodíi AT prilucʹkiiûí pošuknizʹkomolekulârnihlígandívdlâsh2domenívmetodomdokíngumížmolekulârnihvzaêmodíi AT gurmačvv poisknizkomolekulârnyhligandovdlâsh2domenovmetodomdokingamežmolekulârnyhvzaimodeistvii AT balinsʹkiiom poisknizkomolekulârnyhligandovdlâsh2domenovmetodomdokingamežmolekulârnyhvzaimodeistvii AT boriskopo poisknizkomolekulârnyhligandovdlâsh2domenovmetodomdokingamežmolekulârnyhvzaimodeistvii AT platonovmo poisknizkomolekulârnyhligandovdlâsh2domenovmetodomdokingamežmolekulârnyhvzaimodeistvii AT baênggh poisknizkomolekulârnyhligandovdlâsh2domenovmetodomdokingamežmolekulârnyhvzaimodeistvii AT kovalʹsʹkiidb poisknizkomolekulârnyhligandovdlâsh2domenovmetodomdokingamežmolekulârnyhvzaimodeistvii AT prilucʹkiiûí poisknizkomolekulârnyhligandovdlâsh2domenovmetodomdokingamežmolekulârnyhvzaimodeistvii AT gurmačvv searchforlowmolecularligandsforsh2domainsbythedockingmethodofintermolecularinteractions AT balinsʹkiiom searchforlowmolecularligandsforsh2domainsbythedockingmethodofintermolecularinteractions AT boriskopo searchforlowmolecularligandsforsh2domainsbythedockingmethodofintermolecularinteractions AT platonovmo searchforlowmolecularligandsforsh2domainsbythedockingmethodofintermolecularinteractions AT baênggh searchforlowmolecularligandsforsh2domainsbythedockingmethodofintermolecularinteractions AT kovalʹsʹkiidb searchforlowmolecularligandsforsh2domainsbythedockingmethodofintermolecularinteractions AT prilucʹkiiûí searchforlowmolecularligandsforsh2domainsbythedockingmethodofintermolecularinteractions |