Использование карт Рамачандрана и биофизических фильтров при предсказании пространственной структуры
Рассмотрены преимущества использования карт Рамачандрана в основанных на методах минимизации энергии подходах к предсказанию структуры белков. Приведены результаты сравнительного анализа разных биофизических фильтров, используемых для сокращения времени компьютерных подсчетов путем исключения из рас...
Gespeichert in:
| Veröffentlicht in: | Компьютерная математика |
|---|---|
| Datum: | 2010 |
| 1. Verfasser: | |
| Format: | Artikel |
| Sprache: | Russian |
| Veröffentlicht: |
Інститут кібернетики ім. В.М. Глушкова НАН України
2010
|
| Schlagworte: | |
| Online Zugang: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/84595 |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Zitieren: | Использование карт Рамачандрана и биофизических фильтров при предсказании пространственной структуры белков / А.В. Быць // Компьютерная математика: сб. науч. тр. — 2010. — № 2. — С. 131-137. — Бібліогр.: 8 назв. — рос. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| id |
nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-84595 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
Быць, А.В. 2015-07-10T17:42:50Z 2015-07-10T17:42:50Z 2010 Использование карт Рамачандрана и биофизических фильтров при предсказании пространственной структуры белков / А.В. Быць // Компьютерная математика: сб. науч. тр. — 2010. — № 2. — С. 131-137. — Бібліогр.: 8 назв. — рос. ХХХХ-0003 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/84595 519.21 Рассмотрены преимущества использования карт Рамачандрана в основанных на методах минимизации энергии подходах к предсказанию структуры белков. Приведены результаты сравнительного анализа разных биофизических фильтров, используемых для сокращения времени компьютерных подсчетов путем исключения из рассмотрения тех вариантов белковых структур, которые несхожи со структурами существующих в природе белков. Вивчені можливості використання даних про заборонені значення двогранних кутів між хімічними зв’язками білкових молекул в основаних на методах мінімізації енергії підходах до передбачення структури білків при генеруванні просторового положення кожної амінокислоти амінокислотного ланцюга для зменшення кількості варіантів білкових структур, які треба генерувати та обчислювати їхню енергію. Досліджені переваги використання біофізичних фільтрів в основаних на методах мінімізації енергії підходах до передбачення структури білків. Наведено результати огляду і порівняльного аналізу різних біофізичних фільтрів, які використовуються для скорочення часу комп'ютерних підрахунків за рахунок виключення перед етапом обчислення енергії з розгляду тих варіантів білкових структур, які несхожі зі структурами існуючих у природі білків. The use of data about the prohibited values of dihedral angles between the chemical bonds in protein molecules in the energy minimization based approaches for the protein structure prediction is studied. These data are used when the conformation of each following amino acid in amino-acidic chain is generated to reduce the number of generated protein structure variants for which the energy is computed. The benefits are investigated for using biophysical filters in the methods based on energy minimization approaches to the prediction of protein structure. A review and comparative analysis are made of different biophysical filters that are used to reduce the computation time by deleting the energy calculation stage for those variants of the protein structures that are unlike to natural protein structures. ru Інститут кібернетики ім. В.М. Глушкова НАН України Компьютерная математика Математические модели в биологии и медицине Использование карт Рамачандрана и биофизических фильтров при предсказании пространственной структуры Використання карт Рамачандрана та бiофізичних фiльтрiв при передбаченнi просторової структури бiлкiв Use of Ramachandran plots and biophysical filters in protein threedimensional structure prediction Article published earlier |
| institution |
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| collection |
DSpace DC |
| title |
Использование карт Рамачандрана и биофизических фильтров при предсказании пространственной структуры |
| spellingShingle |
Использование карт Рамачандрана и биофизических фильтров при предсказании пространственной структуры Быць, А.В. Математические модели в биологии и медицине |
| title_short |
Использование карт Рамачандрана и биофизических фильтров при предсказании пространственной структуры |
| title_full |
Использование карт Рамачандрана и биофизических фильтров при предсказании пространственной структуры |
| title_fullStr |
Использование карт Рамачандрана и биофизических фильтров при предсказании пространственной структуры |
| title_full_unstemmed |
Использование карт Рамачандрана и биофизических фильтров при предсказании пространственной структуры |
| title_sort |
использование карт рамачандрана и биофизических фильтров при предсказании пространственной структуры |
| author |
Быць, А.В. |
| author_facet |
Быць, А.В. |
| topic |
Математические модели в биологии и медицине |
| topic_facet |
Математические модели в биологии и медицине |
| publishDate |
2010 |
| language |
Russian |
| container_title |
Компьютерная математика |
| publisher |
Інститут кібернетики ім. В.М. Глушкова НАН України |
| format |
Article |
| title_alt |
Використання карт Рамачандрана та бiофізичних фiльтрiв при передбаченнi просторової структури бiлкiв Use of Ramachandran plots and biophysical filters in protein threedimensional structure prediction |
| description |
Рассмотрены преимущества использования карт Рамачандрана в основанных на методах минимизации энергии подходах к предсказанию структуры белков. Приведены результаты сравнительного анализа разных биофизических фильтров, используемых для сокращения времени компьютерных подсчетов путем исключения из рассмотрения тех вариантов белковых структур, которые несхожи со структурами существующих в природе белков.
Вивчені можливості використання даних про заборонені значення двогранних кутів між хімічними зв’язками білкових молекул в основаних на методах мінімізації енергії підходах до передбачення структури білків при генеруванні просторового положення кожної амінокислоти амінокислотного ланцюга для зменшення кількості варіантів білкових структур, які треба генерувати та обчислювати їхню енергію. Досліджені переваги використання біофізичних фільтрів в основаних на методах мінімізації енергії підходах до передбачення структури білків. Наведено результати огляду і порівняльного аналізу різних біофізичних фільтрів, які використовуються для скорочення часу комп'ютерних підрахунків за рахунок виключення перед етапом обчислення енергії з розгляду тих варіантів білкових структур, які несхожі зі структурами існуючих у природі білків.
The use of data about the prohibited values of dihedral angles between the chemical bonds in protein molecules in the energy minimization based approaches for the protein structure prediction is studied. These data are used when the conformation of each following amino acid in amino-acidic chain is generated to reduce the number of generated protein structure variants for which the energy is computed. The benefits are investigated for using biophysical filters in the methods based on energy minimization approaches to the prediction of protein structure. A review and comparative analysis are made of different biophysical filters that are used to reduce the computation time by deleting the energy calculation stage for those variants of the protein structures that are unlike to natural protein structures.
|
| issn |
ХХХХ-0003 |
| url |
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/84595 |
| citation_txt |
Использование карт Рамачандрана и биофизических фильтров при предсказании пространственной структуры белков / А.В. Быць // Компьютерная математика: сб. науч. тр. — 2010. — № 2. — С. 131-137. — Бібліогр.: 8 назв. — рос. |
| work_keys_str_mv |
AT bycʹav ispolʹzovaniekartramačandranaibiofizičeskihfilʹtrovpripredskazaniiprostranstvennoistruktury AT bycʹav vikoristannâkartramačandranatabiofízičnihfilʹtrivpriperedbačenniprostorovoístrukturibilkiv AT bycʹav useoframachandranplotsandbiophysicalfiltersinproteinthreedimensionalstructureprediction |
| first_indexed |
2025-11-24T16:23:19Z |
| last_indexed |
2025-11-24T16:23:19Z |
| _version_ |
1850852001068351488 |