Моделювання динаміки тирозил-тРНК синтетази Mycobacterium tuberculosis у комплексі з інгібітором SB-219383 з використанням QM/MM підходу

• Published in: Доповіді НАН України
• Date: 2016
• Main Authors: Микуляк, В.В., Войтешенко, І.С., Корнелюк, О.І.
• Format: Article
• Language: Ukrainian
• Published: Видавничий дім "Академперіодика" НАН України 2016
• Subjects: Біофізика
• Online Access: https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/98145
• Journal Title: Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
• Cite this: Моделювання динаміки тирозил-тРНК синтетази Mycobacterium tuberculosis у комплексі з інгібітором SB-219383 з використанням QM/MM підходу / В.В. Микуляк, І.С. Войтешенко, О.І. Корнелюк // Доповіді Національної академії наук України. — 2016. — № 1. — С. 99-104. — Бібліогр.: 15 назв. — укр.

Тирозил-тРНК синтетаза Mycobacterium tuberculosis (MtTyrRS) – один iз ключових ферментiв синтезу бiлка на дорибосомному етапi, тому його iнгiбування є перспективним шляхом розробки нових антибiотикiв. Ефективним та одним iз найбiльш дослiджених iнгiбiторiв TyrRS бактерiй є сполука SB-219383. Авторами дослiджено природу взаємодiй мiж SB-219383 та MtTyrRS iз застосуванням гiбридного пiдходу молекулярної динамiки QM/MM. Особливу увагу придiлено iдентифiкацiї водневих зв’язкiв i дослiдженню їхнiх структурних та фiзико-хiмiчних параметрiв. Тирозил-тРНК синтетаза Mycobacterium tuberculosis (MtTyrRS) – один из ключевых ферментов синтеза белка на дорибосомном этапе, поэтому его ингибирование является перспективным путем разработки новых антибиотиков. Эффективным и одним из самых исследованных ингибиторов TyrRS бактерий является соединение SB-219383. Авторами исследована природа взаимодействий между SB-219383 и MtTyrRS с использованием гибридного подхода молекулярной динамики QM/MM. Особое внимание уделено идентификации водородных связей и исследованию их структурных и физико-химических параметров. Mycobacterium tuberculosis tyrosyl-tRNA synthetase (MtTyrRS) is one of the key enzymes at the pre-ribosomal step of protein synthesis. Therefore, its inhibition is a promising way for the development of new antibiotics. Effective and one of the most studied bacterial TyrRS inhibitors is SB-219383 compound. We have studied the nature of the interactions between SB-219383 and MtTyrRS using the hybrid approach of QM/MM simulations. In particular, a special attention has been paid to the identification of hydrogen bonds and their structural and physico-chemical parameters.