Epipelic cyanobacterial diversity in Pinang River basin, Malaysia, revealed by 16S-based metagenomic approach
Cyanobacteria are the most widespread group of photosynthetic prokaryotes. They are primary producers in a wide variety of habitats and are able to thrive in harsh environments, including polluted waters; therefore, this study was conducted to explore the cyanobacterial populations inhabiting river...
Збережено в:
| Дата: | 2021 |
|---|---|
| Автори: | , , , , |
| Формат: | Стаття |
| Мова: | Ukrainian |
| Опубліковано: |
M.G. Kholodny Institute of Botany, NAS of Ukraine
2021
|
| Теми: | |
| Онлайн доступ: | https://algologia.co.ua/journal/article/view/31.1.93 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
| Назва журналу: | Algologia |
Репозиторії
Algologia| id |
oai:algologia.co.ua:article-58 |
|---|---|
| record_format |
ojs |
| institution |
Algologia |
| collection |
OJS |
| language |
Ukrainian |
| topic |
Cyanobacteria species composition Pinang River basin 16S rRNA ціанобактерії видовий склад 16S pPНК Пінанг Малайзія |
| spellingShingle |
Cyanobacteria species composition Pinang River basin 16S rRNA ціанобактерії видовий склад 16S pPНК Пінанг Малайзія Nur Fadzliana, A.R. Wan Maznah, W.O. Nor, S.A.M. Choon Pin Foong Luo Wei Epipelic cyanobacterial diversity in Pinang River basin, Malaysia, revealed by 16S-based metagenomic approach |
| topic_facet |
Cyanobacteria species composition Pinang River basin 16S rRNA ціанобактерії видовий склад 16S pPНК Пінанг Малайзія |
| format |
Article |
| author |
Nur Fadzliana, A.R. Wan Maznah, W.O. Nor, S.A.M. Choon Pin Foong Luo Wei |
| author_facet |
Nur Fadzliana, A.R. Wan Maznah, W.O. Nor, S.A.M. Choon Pin Foong Luo Wei |
| author_sort |
Nur Fadzliana, A.R. |
| title |
Epipelic cyanobacterial diversity in Pinang River basin, Malaysia, revealed by 16S-based metagenomic approach |
| title_short |
Epipelic cyanobacterial diversity in Pinang River basin, Malaysia, revealed by 16S-based metagenomic approach |
| title_full |
Epipelic cyanobacterial diversity in Pinang River basin, Malaysia, revealed by 16S-based metagenomic approach |
| title_fullStr |
Epipelic cyanobacterial diversity in Pinang River basin, Malaysia, revealed by 16S-based metagenomic approach |
| title_full_unstemmed |
Epipelic cyanobacterial diversity in Pinang River basin, Malaysia, revealed by 16S-based metagenomic approach |
| title_sort |
epipelic cyanobacterial diversity in pinang river basin, malaysia, revealed by 16s-based metagenomic approach |
| title_alt |
Різноманіття епіпельних ціанобактерій басейну р. Пінанг, Малайзія, виявлене за допомогою метагеномного підходу на основі 16S |
| description |
Cyanobacteria are the most widespread group of photosynthetic prokaryotes. They are primary producers in a wide variety of habitats and are able to thrive in harsh environments, including polluted waters; therefore, this study was conducted to explore the cyanobacterial populations inhabiting river tributaries with different levels of pollution. Sediment samples (epipelon) were collected from selected tributaries of the Pinang River basin. Air Terjun (T1) and Air Itam rivers (T2) represent the upper streams of Pinang River basin, while Dondang (T3) and Jelutong rivers (T4) are located at in the middle of the river basin. The Pinang River (T5) is located near the estuary and is subjected to saline water intrusion during high tides. Cyanobacterial community was determined by identifying the taxa via 16S rRNA gene amplicon sequence data. 16S rRNA gene amplicons generated from collected samples were sequenced using illumina Miseq, with the targeted V3 and V4 regions yielding approximately 1 mln reads per sample. Synechococcus, Phormidium, Arthronema and Leptolyngbya were found in all samples. Shannon-Weiner diversity index was highest (H’ = 1.867) at the clean upstream station (T1), while the moderately polluted stream (T3) recorded the lowest diversity (H’ = 0.399), and relatively polluted stations (T4 and T5) recorded fairly high values of H’. This study provides insights into the cyanobacterial community structure in Pinang River basin via cultivation-independent techniques using 16S rRNA gene amplicon sequence. Occurrence of some morphospecies at specific locations showed that the cyanobacterial communities are quite distinct and have specific ecological demands. Some species which were ubiquitous might be able to tolerate varied environmental conditions. |
| publisher |
M.G. Kholodny Institute of Botany, NAS of Ukraine |
| publishDate |
2021 |
| url |
https://algologia.co.ua/journal/article/view/31.1.93 |
| work_keys_str_mv |
AT nurfadzlianaar epipeliccyanobacterialdiversityinpinangriverbasinmalaysiarevealedby16sbasedmetagenomicapproach AT wanmaznahwo epipeliccyanobacterialdiversityinpinangriverbasinmalaysiarevealedby16sbasedmetagenomicapproach AT norsam epipeliccyanobacterialdiversityinpinangriverbasinmalaysiarevealedby16sbasedmetagenomicapproach AT choonpinfoong epipeliccyanobacterialdiversityinpinangriverbasinmalaysiarevealedby16sbasedmetagenomicapproach AT luowei epipeliccyanobacterialdiversityinpinangriverbasinmalaysiarevealedby16sbasedmetagenomicapproach AT nurfadzlianaar ríznomaníttâepípelʹnihcíanobakteríjbasejnurpínangmalajzíâviâvlenezadopomogoûmetagenomnogopídhodunaosnoví16s AT wanmaznahwo ríznomaníttâepípelʹnihcíanobakteríjbasejnurpínangmalajzíâviâvlenezadopomogoûmetagenomnogopídhodunaosnoví16s AT norsam ríznomaníttâepípelʹnihcíanobakteríjbasejnurpínangmalajzíâviâvlenezadopomogoûmetagenomnogopídhodunaosnoví16s AT choonpinfoong ríznomaníttâepípelʹnihcíanobakteríjbasejnurpínangmalajzíâviâvlenezadopomogoûmetagenomnogopídhodunaosnoví16s AT luowei ríznomaníttâepípelʹnihcíanobakteríjbasejnurpínangmalajzíâviâvlenezadopomogoûmetagenomnogopídhodunaosnoví16s |
| first_indexed |
2024-09-01T17:59:07Z |
| last_indexed |
2024-09-01T17:59:07Z |
| _version_ |
1809017520870391808 |
| spelling |
oai:algologia.co.ua:article-582023-09-13T11:31:06Z Epipelic cyanobacterial diversity in Pinang River basin, Malaysia, revealed by 16S-based metagenomic approach Різноманіття епіпельних ціанобактерій басейну р. Пінанг, Малайзія, виявлене за допомогою метагеномного підходу на основі 16S Nur Fadzliana, A.R. Wan Maznah, W.O. Nor, S.A.M. Choon Pin Foong Luo Wei Cyanobacteria species composition Pinang River basin 16S rRNA ціанобактерії видовий склад 16S pPНК Пінанг Малайзія Cyanobacteria are the most widespread group of photosynthetic prokaryotes. They are primary producers in a wide variety of habitats and are able to thrive in harsh environments, including polluted waters; therefore, this study was conducted to explore the cyanobacterial populations inhabiting river tributaries with different levels of pollution. Sediment samples (epipelon) were collected from selected tributaries of the Pinang River basin. Air Terjun (T1) and Air Itam rivers (T2) represent the upper streams of Pinang River basin, while Dondang (T3) and Jelutong rivers (T4) are located at in the middle of the river basin. The Pinang River (T5) is located near the estuary and is subjected to saline water intrusion during high tides. Cyanobacterial community was determined by identifying the taxa via 16S rRNA gene amplicon sequence data. 16S rRNA gene amplicons generated from collected samples were sequenced using illumina Miseq, with the targeted V3 and V4 regions yielding approximately 1 mln reads per sample. Synechococcus, Phormidium, Arthronema and Leptolyngbya were found in all samples. Shannon-Weiner diversity index was highest (H’ = 1.867) at the clean upstream station (T1), while the moderately polluted stream (T3) recorded the lowest diversity (H’ = 0.399), and relatively polluted stations (T4 and T5) recorded fairly high values of H’. This study provides insights into the cyanobacterial community structure in Pinang River basin via cultivation-independent techniques using 16S rRNA gene amplicon sequence. Occurrence of some morphospecies at specific locations showed that the cyanobacterial communities are quite distinct and have specific ecological demands. Some species which were ubiquitous might be able to tolerate varied environmental conditions. Ціанобактерії – найпоширеніша група фотосинтезуючих прокаріотів. Вони є основними продуцентами у різних місцезростаннях і здатні вегетувати в суворих умовах, включаючи забруднені води. Тому метою дослідження було вивчення угруповання ціанобактерій у річках з різним ступенем забруднення. Зразки донних осадів (епіпелон) були відібрані у басейні невеликої річки Пінанг (3,5 км завд.), що утворюється у результаті злиття річок Ейр-Терджун (T1) та Ейр-Ітам (T2); у середній частині басейну до неї впадають річки Донданг (T3) та Джелутонг (T4). Нижня ділянка р. Пінанг (Т5), розташована поблизу морської затоки, зазнає впливу солоної води під час припливів. Ідентифікацію ціанобактерій проводили за даними послідовності амплікону гена 16S рРНК. Амплікони генів 16S рРНК, генеровані із зібраних зразків, секвенували за допомогою ілюмінатора Miseq, причому цільові області V3 та V4 давали приблизно 1 млн зчитувань на зразок. У всіх зразках були виявлені Synechococcus С. Nägeli, Phormidium Kütz. ex Gomont, Arthronema Eschscholtz та Leptolyngbya Anagnostidis & Komárek. Індекс різноманітності Шеннона-Вейнера був найвищим (H' = 1,867) на чистій станції вище за течією (T1), тоді як у помірно забрудненому допливі (T3) зафіксовано найнижчу різноманітність ціанобактерій (H' = 0,399), на відносно забруднених станціях (T4, T5) відмічено досить високі значення Н'. Це дослідження дає уявлення про структуру угруповань ціанобактерій у басейні р. Пінанг за допомогою незалежних від культивування методів із використанням послідовності амплікону гена 16S рРНК. Поява деяких морфовидів у певних місцях показала, що угруповання ціанобактерій досить чіткі та мають специфічні екологічні вимоги. Деякі види зафіксовані на всіх досліджених ділянках, що свідчить про їхню здатність переносити різноманітні умови навколишнього середовища. M.G. Kholodny Institute of Botany, NAS of Ukraine 2021-03-22 Article Article application/pdf https://algologia.co.ua/journal/article/view/31.1.93 10.15407/alg31.01.093 Algologia; Vol. 31 No. 1 (2021); 93–113 Альгологiя; Том 31 № 1 (2021); 93–113 Альгология; Том 31 № 1 (2021); 93–113 2413-5984 0868-8540 10.15407/alg31.01 uk https://algologia.co.ua/journal/article/view/31.1.93/59 https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0 |