Гетероциклізація або реакції каплінгу: випадок ДНК-кодованих бібліотек
Aim. DNA-encoded libraries technologies (DELT) are gradually becoming an important part of standard drug discovery toolbox. DELT is looking to find its place between classic low-molecular-weight drug candidates on the one hand, and high-molecular-weight antibodies and peptides on the other hand. On...
Збережено в:
| Видавець: | National University of Pharmacy |
|---|---|
| Дата: | 2023 |
| Автори: | , , , , |
| Формат: | Стаття |
| Мова: | English |
| Опубліковано: |
National University of Pharmacy
2023
|
| Теми: | |
| Онлайн доступ: | https://ophcj.nuph.edu.ua/article/view/275133 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
Репозиторії
Journal of Organic and Pharmaceutical Chemistry| id |
oai:ojs.journals.uran.ua:article-275133 |
|---|---|
| record_format |
ojs |
| institution |
Journal of Organic and Pharmaceutical Chemistry |
| collection |
OJS |
| language |
English |
| topic |
технологія ДНК-кодованих бібліотек ортогональні функціональні групи реакції каплінгу поліфункціональні білдинг-блоки гетероциклізації хемоінформатика разноманітність молекулярних каркасів DNA-encoded libraries technology orthogonal functional groups coupling reactions polyfunctional building blocks heterocyclizations chemoinformatics scaffold diversity |
| spellingShingle |
технологія ДНК-кодованих бібліотек ортогональні функціональні групи реакції каплінгу поліфункціональні білдинг-блоки гетероциклізації хемоінформатика разноманітність молекулярних каркасів DNA-encoded libraries technology orthogonal functional groups coupling reactions polyfunctional building blocks heterocyclizations chemoinformatics scaffold diversity Oksiuta, Oleksandr V. Pashenko, Alexander E. Smalii, Radomyr V. Volochnyuk, Dmitry M. Ryabukhin, Serhii V. Гетероциклізація або реакції каплінгу: випадок ДНК-кодованих бібліотек |
| topic_facet |
технологія ДНК-кодованих бібліотек ортогональні функціональні групи реакції каплінгу поліфункціональні білдинг-блоки гетероциклізації хемоінформатика разноманітність молекулярних каркасів DNA-encoded libraries technology orthogonal functional groups coupling reactions polyfunctional building blocks heterocyclizations chemoinformatics scaffold diversity |
| format |
Article |
| author |
Oksiuta, Oleksandr V. Pashenko, Alexander E. Smalii, Radomyr V. Volochnyuk, Dmitry M. Ryabukhin, Serhii V. |
| author_facet |
Oksiuta, Oleksandr V. Pashenko, Alexander E. Smalii, Radomyr V. Volochnyuk, Dmitry M. Ryabukhin, Serhii V. |
| author_sort |
Oksiuta, Oleksandr V. |
| title |
Гетероциклізація або реакції каплінгу: випадок ДНК-кодованих бібліотек |
| title_short |
Гетероциклізація або реакції каплінгу: випадок ДНК-кодованих бібліотек |
| title_full |
Гетероциклізація або реакції каплінгу: випадок ДНК-кодованих бібліотек |
| title_fullStr |
Гетероциклізація або реакції каплінгу: випадок ДНК-кодованих бібліотек |
| title_full_unstemmed |
Гетероциклізація або реакції каплінгу: випадок ДНК-кодованих бібліотек |
| title_sort |
гетероциклізація або реакції каплінгу: випадок днк-кодованих бібліотек |
| title_alt |
Heterocyclization vs Coupling Reactions: A DNA-Encoded Libraries Case |
| description |
Aim. DNA-encoded libraries technologies (DELT) are gradually becoming an important part of standard drug discovery toolbox. DELT is looking to find its place between classic low-molecular-weight drug candidates on the one hand, and high-molecular-weight antibodies and peptides on the other hand. On its natural path to overcoming the “childhood diseases” typical for every novel technology, DELT has reached a point where the chemical diversity of DNA-encoded libraries (DELs) becomes an important factor to look out for. In this paper, we aim to take a closer look at the chemical diversity of DELs in their present state and find the ways to improve it.Results and discussion. We have identified the DEL-viable building blocks from the Enamine Ltd. stock collection, as well as from Chemspace Ltd. virtual collection, using the SMARTS set, which takes into account all the necessary structural restrictions. Using modern cheminformatics tools, such as Synt-On, we have analyzed the scaffold diversity of both stock and virtual core bi- and tri-functional building blocks (BBs) suitable for DNA-tolerant reactions. The identification of scaffolds from the most recently published on-DNA heterocyclization reactions and analysis of their inclusion into the existing BBs space have shown that novel DNA-tolerant heterocyclizations are extremely useful for expanding chemical diversity in DEL technologies.Conclusions. The analysis performed allowed us to recognize which functional groups should be prioritized as the most impactful when the new BBs are designed. It is also made clear that the development of new DNA-tolerant reactions, including heterocyclizations, have a significant potential to further expand DEL molecular diversity. |
| publisher |
National University of Pharmacy |
| publishDate |
2023 |
| url |
https://ophcj.nuph.edu.ua/article/view/275133 |
| work_keys_str_mv |
AT oksiutaoleksandrv heterocyclizationvscouplingreactionsadnaencodedlibrariescase AT pashenkoalexandere heterocyclizationvscouplingreactionsadnaencodedlibrariescase AT smaliiradomyrv heterocyclizationvscouplingreactionsadnaencodedlibrariescase AT volochnyukdmitrym heterocyclizationvscouplingreactionsadnaencodedlibrariescase AT ryabukhinserhiiv heterocyclizationvscouplingreactionsadnaencodedlibrariescase AT oksiutaoleksandrv geterociklízacíâaboreakcííkaplínguvipadokdnkkodovanihbíblíotek AT pashenkoalexandere geterociklízacíâaboreakcííkaplínguvipadokdnkkodovanihbíblíotek AT smaliiradomyrv geterociklízacíâaboreakcííkaplínguvipadokdnkkodovanihbíblíotek AT volochnyukdmitrym geterociklízacíâaboreakcííkaplínguvipadokdnkkodovanihbíblíotek AT ryabukhinserhiiv geterociklízacíâaboreakcííkaplínguvipadokdnkkodovanihbíblíotek |
| first_indexed |
2024-09-01T18:15:52Z |
| last_indexed |
2024-09-01T18:15:52Z |
| _version_ |
1809018575293251584 |
| spelling |
oai:ojs.journals.uran.ua:article-2751332023-06-03T09:44:01Z Heterocyclization vs Coupling Reactions: A DNA-Encoded Libraries Case Гетероциклізація або реакції каплінгу: випадок ДНК-кодованих бібліотек Oksiuta, Oleksandr V. Pashenko, Alexander E. Smalii, Radomyr V. Volochnyuk, Dmitry M. Ryabukhin, Serhii V. технологія ДНК-кодованих бібліотек ортогональні функціональні групи реакції каплінгу поліфункціональні білдинг-блоки гетероциклізації хемоінформатика разноманітність молекулярних каркасів DNA-encoded libraries technology orthogonal functional groups coupling reactions polyfunctional building blocks heterocyclizations chemoinformatics scaffold diversity Aim. DNA-encoded libraries technologies (DELT) are gradually becoming an important part of standard drug discovery toolbox. DELT is looking to find its place between classic low-molecular-weight drug candidates on the one hand, and high-molecular-weight antibodies and peptides on the other hand. On its natural path to overcoming the “childhood diseases” typical for every novel technology, DELT has reached a point where the chemical diversity of DNA-encoded libraries (DELs) becomes an important factor to look out for. In this paper, we aim to take a closer look at the chemical diversity of DELs in their present state and find the ways to improve it.Results and discussion. We have identified the DEL-viable building blocks from the Enamine Ltd. stock collection, as well as from Chemspace Ltd. virtual collection, using the SMARTS set, which takes into account all the necessary structural restrictions. Using modern cheminformatics tools, such as Synt-On, we have analyzed the scaffold diversity of both stock and virtual core bi- and tri-functional building blocks (BBs) suitable for DNA-tolerant reactions. The identification of scaffolds from the most recently published on-DNA heterocyclization reactions and analysis of their inclusion into the existing BBs space have shown that novel DNA-tolerant heterocyclizations are extremely useful for expanding chemical diversity in DEL technologies.Conclusions. The analysis performed allowed us to recognize which functional groups should be prioritized as the most impactful when the new BBs are designed. It is also made clear that the development of new DNA-tolerant reactions, including heterocyclizations, have a significant potential to further expand DEL molecular diversity. Мета. Технології ДНК-кодованих бібліотек (DELT) поступово стають важливою частиною стандартного набору інструментів для пошуку нових лікарських субстанцій. Наразі DELT прагне знайти своє місце у просторі між класичними низькомолекулярними кандидатами у ліки з одного боку та високомолекулярними антитілами й пептидами з іншого. На своєму шляху до подолання «дитячих хвороб», характерних для кожної нової технології, DELT досягли того моменту, коли хімічна різноманітність ДНК-кодованих бібліотек (DEL) стає важливим фактором, на який варто звернути увагу. У цій статті ми прагнемо ближче розглянути хімічне різноманіття ДНК-кодованих бібліотек у їхньому поточному стані та знайти можливості для його покращення.Результати та їх обговорення. Ми визначили DEL-життєздатні будівельні блоки з наявної колекції Enamine Ltd., а також із віртуальної колекції Chemspace Ltd., використовуючи набір SMARTS, який враховує всі необхідні структурні обмеження. За допомогою таких сучасних інструментів хемоінформатики, як Synt-On, ми проаналізували різноманітність каркасів як уже синтезованих, так і віртуальних бі- та трифункціональних білдинг-блоків (BB), придатних для реакцій, у яких ДНК залишається інтактною. Ідентифікація молекулярних скафолдів, використовуваних у нещодавно опублікованих «on-DNA» реакціях гетероциклізації, та аналіз їх внесення до простору BB, який існує, засвідчили, що нові толерантні до ДНК гетероциклізації є надзвичайно корисними для розширення хімічної різноманітності в технологіях DEL.Висновки. Виконаний аналіз дозволив нам визначити, яким функціональним групам варто віддати пріоритет як найбільш впливовим у процесі дизайну нових BB. Також стало зрозуміло, що розвиток нових толерантних до ДНК реакцій, включаючи гетероциклізації, має значний потенціал для подальшого розширення молекулярного різноманіття DEL. National University of Pharmacy 2023-06-03 Article Article application/pdf https://ophcj.nuph.edu.ua/article/view/275133 10.24959/ophcj.23.275133 Journal of Organic and Pharmaceutical Chemistry; Vol. 21 No. 1 (2023); 3-19 Журнал органической и фармацевтической химии; Том 21 № 1 (2023); 3-19 Журнал органічної та фармацевтичної хімії; Том 21 № 1 (2023); 3-19 2518-1548 2308-8303 en https://ophcj.nuph.edu.ua/article/view/275133/273037 Copyright (c) 2023 National University of Pharmacy http://creativecommons.org/licenses/by/4.0 |