Пошук потенційних інгібіторів SARS-CoV-2 за допомогою in silico методів
Aim. Using in silico technologies to search for potential SARS-CoV-2 inhibitors among novel tetracyclic ring systems, which are the common core of Crinipellin.Materials and methods. The study object was new compounds previously synthesized via oxidative dearomatization of Crinipellin A. The method o...
Збережено в:
| Видавець: | National University of Pharmacy |
|---|---|
| Дата: | 2023 |
| Автори: | , , , , , , , |
| Формат: | Стаття |
| Мова: | English |
| Опубліковано: |
National University of Pharmacy
2023
|
| Теми: | |
| Онлайн доступ: | https://ophcj.nuph.edu.ua/article/view/276412 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
Репозиторії
Journal of Organic and Pharmaceutical Chemistry| id |
oai:ojs.journals.uran.ua:article-276412 |
|---|---|
| record_format |
ojs |
| spelling |
oai:ojs.journals.uran.ua:article-2764122023-06-03T09:44:01Z The Search for Potential SARS-CoV-2 Inhibitors Using the In Silico Research Пошук потенційних інгібіторів SARS-CoV-2 за допомогою in silico методів Suleiman, Marharyta M. Fedosov, Andrii I. Mohapatra, Ranjan K. Sych, Irina A. Grinevich, Lina O. Kobzar, Nataliia P. Yaremenko, Vitaliy D. Perekhoda, Lina O. COVID-19 virus Crinipellin А flexible molecular docking SARS-COV-2 inhibitor COVID-19 вірус криніпелін А гнучкий молекулярний докінг інгібітор SARS-COV-2 Aim. Using in silico technologies to search for potential SARS-CoV-2 inhibitors among novel tetracyclic ring systems, which are the common core of Crinipellin.Materials and methods. The study object was new compounds previously synthesized via oxidative dearomatization of Crinipellin A. The method of the flexible molecular docking was applied in the study.Results and discussion. Using the molecular docking, the affinity of five compounds for the receptor-ACE2 SARS-CoV-2 (PDB ID: 7DF4), a spike protein SARS-CoV-2 (PDB ID: 1WNC), a PL protein SARS-CoV-2 (PDB ID: 7CJD) and a reverse transcriptase enzyme SARSCoV-2 (PDB ID: 6YYT) was studied. The results of the molecular docking obtained suggest that 8,8-dimethyl-5-(phenylsulfonyl)-3,3a,4,5,8,9-hexahydroindeno[3a,4-b]furan-2(7H)-one may be a potential SARS-CoV-2 inhibitor; it is the basis for its further experimental pharmacological study.Conclusions. The study constitutes one of the stages of searching for SARS-CoV-2 inhibitors. According to the results obtained, a way to search for potential SARS-COV-2 inhibitors based on Crinipellin A derivatives was proposed. Using the most promising compound with hexahydroindeno[3a,4-b]furan core further studies open up another direction for searching for compounds of SARS-COV-2 inhibitors and will save time and laboratory animals while conducting targeted experimental research. Мета роботи. За використання in silico технологій здійснити пошук потенційних інгібіторів SARS-CoV-2 серед нових тетрациклічних кільцевих систем, які є загальним ядром криніпеліну.Матеріали та методи. Об’єктом дослідження є п’ять нових сполук, одержаних шляхом деароматизації криніпеліну А і синтезованих у попередніх дослідженнях. В in silico дослідженнях використано метод гнучкого молекулярного докінгу.Результати та їх обговорення. Шляхом використання докінгових досліджень вивчено афінітет п’яти сполук до рецептора-ACE2 SARS-CoV-2 (PDB ID:7DF4), spike протеїну SARS-CoV-2 (PDB ID: 1WNC), PL протеїну SARS-CoV-2 (PDB ID: 7CJD) та ферменту зворотної транскриптази SARS-CoV-2 (PDB ID: 6YYT). Одержані результати докінгових досліджень дозволяють стверджувати, що 8,8-диметил-5-(фенілсульфоніл)-3,3a,4,5,8,9-гексагідроіндено[3a,4-b]фуран-2(7H)-он може бути потенційним інгібітором SARS-COV-2, що є підставою для його подальшого експериментального фармакологічного вивчення.Висновки. Подане дослідження є одним з етапів пошуку інгібіторів SARS-CoV-2. З огляду на одержані результати запропоновано шлях пошуку потенційних інгібіторів SARS-COV-2 на основі похідних крініпеліну А. Подальші дослідження з використанням найбільш перспективної похідної гексагідроіндено[3a,4-b]фурану відкривають ще один напрям пошуку сполук інгібіторів SARS-COV-2 та дають можливість заощадити час і лабораторних тварин у межах виконання цілеспрямованих експериментальних досліджень у майбутньому. National University of Pharmacy 2023-06-03 Article Article application/pdf https://ophcj.nuph.edu.ua/article/view/276412 10.24959/ophcj.23.276412 Journal of Organic and Pharmaceutical Chemistry; Vol. 21 No. 1 (2023); 54-60 Журнал органической и фармацевтической химии; Том 21 № 1 (2023); 54-60 Журнал органічної та фармацевтичної хімії; Том 21 № 1 (2023); 54-60 2518-1548 2308-8303 en https://ophcj.nuph.edu.ua/article/view/276412/273041 Copyright (c) 2023 National University of Pharmacy http://creativecommons.org/licenses/by/4.0 |
| institution |
Journal of Organic and Pharmaceutical Chemistry |
| collection |
OJS |
| language |
English |
| topic |
COVID-19 virus Crinipellin А flexible molecular docking SARS-COV-2 inhibitor COVID-19 вірус криніпелін А гнучкий молекулярний докінг інгібітор SARS-COV-2 |
| spellingShingle |
COVID-19 virus Crinipellin А flexible molecular docking SARS-COV-2 inhibitor COVID-19 вірус криніпелін А гнучкий молекулярний докінг інгібітор SARS-COV-2 Suleiman, Marharyta M. Fedosov, Andrii I. Mohapatra, Ranjan K. Sych, Irina A. Grinevich, Lina O. Kobzar, Nataliia P. Yaremenko, Vitaliy D. Perekhoda, Lina O. Пошук потенційних інгібіторів SARS-CoV-2 за допомогою in silico методів |
| topic_facet |
COVID-19 virus Crinipellin А flexible molecular docking SARS-COV-2 inhibitor COVID-19 вірус криніпелін А гнучкий молекулярний докінг інгібітор SARS-COV-2 |
| format |
Article |
| author |
Suleiman, Marharyta M. Fedosov, Andrii I. Mohapatra, Ranjan K. Sych, Irina A. Grinevich, Lina O. Kobzar, Nataliia P. Yaremenko, Vitaliy D. Perekhoda, Lina O. |
| author_facet |
Suleiman, Marharyta M. Fedosov, Andrii I. Mohapatra, Ranjan K. Sych, Irina A. Grinevich, Lina O. Kobzar, Nataliia P. Yaremenko, Vitaliy D. Perekhoda, Lina O. |
| author_sort |
Suleiman, Marharyta M. |
| title |
Пошук потенційних інгібіторів SARS-CoV-2 за допомогою in silico методів |
| title_short |
Пошук потенційних інгібіторів SARS-CoV-2 за допомогою in silico методів |
| title_full |
Пошук потенційних інгібіторів SARS-CoV-2 за допомогою in silico методів |
| title_fullStr |
Пошук потенційних інгібіторів SARS-CoV-2 за допомогою in silico методів |
| title_full_unstemmed |
Пошук потенційних інгібіторів SARS-CoV-2 за допомогою in silico методів |
| title_sort |
пошук потенційних інгібіторів sars-cov-2 за допомогою in silico методів |
| title_alt |
The Search for Potential SARS-CoV-2 Inhibitors Using the In Silico Research |
| description |
Aim. Using in silico technologies to search for potential SARS-CoV-2 inhibitors among novel tetracyclic ring systems, which are the common core of Crinipellin.Materials and methods. The study object was new compounds previously synthesized via oxidative dearomatization of Crinipellin A. The method of the flexible molecular docking was applied in the study.Results and discussion. Using the molecular docking, the affinity of five compounds for the receptor-ACE2 SARS-CoV-2 (PDB ID: 7DF4), a spike protein SARS-CoV-2 (PDB ID: 1WNC), a PL protein SARS-CoV-2 (PDB ID: 7CJD) and a reverse transcriptase enzyme SARSCoV-2 (PDB ID: 6YYT) was studied. The results of the molecular docking obtained suggest that 8,8-dimethyl-5-(phenylsulfonyl)-3,3a,4,5,8,9-hexahydroindeno[3a,4-b]furan-2(7H)-one may be a potential SARS-CoV-2 inhibitor; it is the basis for its further experimental pharmacological study.Conclusions. The study constitutes one of the stages of searching for SARS-CoV-2 inhibitors. According to the results obtained, a way to search for potential SARS-COV-2 inhibitors based on Crinipellin A derivatives was proposed. Using the most promising compound with hexahydroindeno[3a,4-b]furan core further studies open up another direction for searching for compounds of SARS-COV-2 inhibitors and will save time and laboratory animals while conducting targeted experimental research. |
| publisher |
National University of Pharmacy |
| publishDate |
2023 |
| url |
https://ophcj.nuph.edu.ua/article/view/276412 |
| work_keys_str_mv |
AT suleimanmarharytam thesearchforpotentialsarscov2inhibitorsusingtheinsilicoresearch AT fedosovandriii thesearchforpotentialsarscov2inhibitorsusingtheinsilicoresearch AT mohapatraranjank thesearchforpotentialsarscov2inhibitorsusingtheinsilicoresearch AT sychirinaa thesearchforpotentialsarscov2inhibitorsusingtheinsilicoresearch AT grinevichlinao thesearchforpotentialsarscov2inhibitorsusingtheinsilicoresearch AT kobzarnataliiap thesearchforpotentialsarscov2inhibitorsusingtheinsilicoresearch AT yaremenkovitaliyd thesearchforpotentialsarscov2inhibitorsusingtheinsilicoresearch AT perekhodalinao thesearchforpotentialsarscov2inhibitorsusingtheinsilicoresearch AT suleimanmarharytam pošukpotencíjnihíngíbítorívsarscov2zadopomogoûinsilicometodív AT fedosovandriii pošukpotencíjnihíngíbítorívsarscov2zadopomogoûinsilicometodív AT mohapatraranjank pošukpotencíjnihíngíbítorívsarscov2zadopomogoûinsilicometodív AT sychirinaa pošukpotencíjnihíngíbítorívsarscov2zadopomogoûinsilicometodív AT grinevichlinao pošukpotencíjnihíngíbítorívsarscov2zadopomogoûinsilicometodív AT kobzarnataliiap pošukpotencíjnihíngíbítorívsarscov2zadopomogoûinsilicometodív AT yaremenkovitaliyd pošukpotencíjnihíngíbítorívsarscov2zadopomogoûinsilicometodív AT perekhodalinao pošukpotencíjnihíngíbítorívsarscov2zadopomogoûinsilicometodív AT suleimanmarharytam searchforpotentialsarscov2inhibitorsusingtheinsilicoresearch AT fedosovandriii searchforpotentialsarscov2inhibitorsusingtheinsilicoresearch AT mohapatraranjank searchforpotentialsarscov2inhibitorsusingtheinsilicoresearch AT sychirinaa searchforpotentialsarscov2inhibitorsusingtheinsilicoresearch AT grinevichlinao searchforpotentialsarscov2inhibitorsusingtheinsilicoresearch AT kobzarnataliiap searchforpotentialsarscov2inhibitorsusingtheinsilicoresearch AT yaremenkovitaliyd searchforpotentialsarscov2inhibitorsusingtheinsilicoresearch AT perekhodalinao searchforpotentialsarscov2inhibitorsusingtheinsilicoresearch |
| first_indexed |
2024-09-01T18:15:53Z |
| last_indexed |
2024-09-01T18:15:53Z |
| _version_ |
1809018576198172672 |